Nhà nƣớc thực hiện điều tiết hoạt động XNK thông qua công cụ thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, nhƣ quy định thuế suất thuế xuất khẩu cao đối với
nguyên liệu thô, sản phẩm chƣa qua chế biến nhằm hạn chế xuất khẩu nguyên liệu thô, đồng thời, khuyến khích xuất khẩu sản phẩm hoàn chỉnh. Đối với nguyên liệu nhập cần cho sản xuất nội địa mà trong nƣớc chƣa sản xuất đƣợc hoặc đã sản xuất đƣợc nhƣng chƣa đủ đáp ứng đƣợc nhu cầu thì Nhà nƣớc quy định mức thuế thấp thậm chí bằng 0% để tạo điều kiện cho phát triển sản xuất trong nƣớc. Đối với những sản phẩm mà đã đƣợc sản xuất trong nƣớc và đáp ứng đủ nhu cầu tiêu dùng nội địa hoặc những sản phẩm tiêu dùng cao cấp (ô tô, điều hoà…), thuế suất thuế nhập khẩu thƣờng đƣợc quy định ở mức thuế cao để hạn chế và hạn chế tiêu dùng hàng nhập khẩu vào trong nƣớc.
Các nƣớc đang phát triển nhƣ Việt Nam luôn cần có chính sách bảo hộ các doanh nghiệp mới hình thành hoạt động hoặc một số lĩnh vực ngành sản xuất cơ bản của nền kinh tế để có thời gian tích lũy, nâng cấp cải thiện tình hình, tăng khả năng cạnh tranh với các Doanh nghiệp nƣớc ngoài hoặc so với hàng nhập khẩu. Chính sách bảo hộ phù hợp tối ƣu với nền kinh tế có tác dụng khuyến khích sản xuất trong nƣớc để xuất khẩu khi các doanh nghiệp có cơ hội nhiều hơn trong chiếm lĩnh thị trƣờng, có động lực hơn để sản xuất kinh doanh.
Tuy nhiên bảo hộ không đi đôi với kiểm tra, kiểm soát hoặc bảo hộ không đúng sẽ gây thất thu thuế xuất khẩu, nhập khẩu vì có những hàng hóa có thuế suất cao, giá cao nhƣng nhu cầu thị trƣờng vẫn giữ mức cao đối với hàng đó thì hầu nhƣ tác động hạn chế nhập khẩu dễ gia tăng hoạt động ngầm không nộp thuế – là một mục tiêu của thủ đoạn gian lận nhằm đoạt nhiều tỷ đồng tiền thuế.
1.4.4. Khó đảm bảo hài hòa giữa thực hiện mục tiêu cân đối cho thu-chi ngân sách nhà nước và tối đa lợi nhuận của doanh nghiệp kinh doanh XNK
Hệ thống thuế quan chịu ảnh hƣởng rất lớn bởi các quy định, luật lệ, cam kết quốc tế mà quốc gia đó tham gia thành viên. Thuế XNK là nguồn thu chủ yếu trong tổng thu ngân sách nhà nƣớc. Khi nhu cầu chi tiêu gia tăng hoặc bị thiếu hụt ngân sách, Chính phủ có thể áp dụng ban hành mức thuế nhập khẩu cao vào hàng hóa nhập khẩu (ví dụ là hàng tiêu dùng) và hạn chế
các trƣờng hợp đƣợc ƣu đãi miễn thuế, giảm thuế nhập khẩu. Giải pháp này không hợp lý, có phần tác động tăng mâu thuẫn về lợi ích do doanh nghiệp XNK luôn mong muốn tối đa lợi nhuận, khi nhà nƣớc quyết định tăng mức thuế thì không ít doanh nghiệp thực hiện lợi dụng cơ chế tự khai, tự nộp thuế hoặc miễm kiểm tra để gian lận tiền thuế phải nộp vào NSNN.