Phân tích đặc điểm phân tử của canine parvovirus gây bệnh tiêu chảy cấp tính trên chó tại thành phố hồ chí minh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ NGUYỄNTHANH VIỆT Nguyễn Thanh Việt SINHHỌC THỰCNGHIỆM PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ CỦA CANINE PARVOVIRUS GÂY BỆNH TIÊU CHẢY CẤP TÍNH TRÊN CHĨ TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC THỰC NGHIỆM NĂM2021 Thành phố Hồ Chí Minh - 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ Nguyễ n Thanh Việt PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ CỦA CANINE PARVOVIRUS GÂY BỆNH TIÊU CHẢY CẤP TÍNH TRÊN CHĨ TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chun ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 8420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ NGÀNH: SINH HỌC THỰC NGHIỆM N G Ư Ờ I H Ư Ớ N G D Ẫ N K H O A H Ọ C : Hư ớn g dẫn 1: TS Th ân Vă n Th Hư ớn g dẫn 2: T S N gu yễ n H oà ng D ũn g Thành phố Hồ Chí Minh - 2021 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài “Phân tích đặc điểm phân tử Canine Parvovirus gây bệnh tiêu chảy cấp tính chó Thành phố Hồ Chí Minh” kết sư nghiên cứu nghiêm túc, được tiến hành dưa sư cố gắng học hỏi thân sư hướng dẫn nhiệt tình thầy TS Thân Văn Thái thầy TS Nguyễn Hoàng Dũng Tôi xin cam đoan số liệu, kết nghiên cứu kết luận luận văn hồn tồn trung thưc Tp Hồ Chí Minh, ngày tháng Người cam đoan (Ký ghi rõ họ tên) Nguyễn Thanh Việt năm 2021 LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình học tập hoàn thành luận văn, tôi nhận được nhiều sư quan tâm, giúp đỡ quý báu quý thầy cô, anh chị bạn Với lòng biết ơn sâu sắc, tôi xin gửi lời cám ơn chân thành tới thầy cô giáo khoa Công nghệ Sinh học, thầy cô giáo Học viện Khoa học Công nghệ chia sẻ tri thức tâm huyết mình để truyền đạt vốn kiến thức quý báu cho tôi suốt thời gian học tập trường Đặc biệt tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới thầy TS Thân Văn Thái, Trường Đại học PHENIKAA; TS Nguyễn Hoàng Dũng, Viện Sinh học Nhiệt Đới,Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam tận tình bảo, luôn giúp đỡ hướng dẫn tôi suốt trình nghiên cứu thưc khóa luận Tôi xin được gửi lời cảm ơn tới Ban lãnh đạo toàn thể anh chị, bạn Đại học Nguyễn Tất Thành, đặc biệt anh chị Viện Khoa học môi trường nơi tôi công tác tận tình hướng dẫn bảo, chia sẻ giúp đỡ tôi suốt thời gian thưc tập Cuối tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè, bạn tập thể lớp BIO2019B, người luôn động viên, giúp đỡ tôi vượt qua mọi khó khăn trình học tập nghiên cứu để hoàn thành tốt luận văn TP HCM, ngày tháng năm 2021 Học viên Nguyễn Thanh Việt MỤC LỤC MỤC LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC BẢNG DANH MỤC HÌNH MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 1.1 Tổng quan về Canine parvovirus 1.2 Phân loại Canine parvovirus 1.3 1.4 Cấu trúc genome CPVs Phương thức lây nhiễm CPVs 1.5 Đặc điểm sinh bệnh học CPVs 1.6 Phương pháp phòng điều trị bệnh 1.7 Các phương pháp thường dùng chẩn đoán bệnh C 1.8 Các nghiên cứu nước về lưu hành CPVs Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Thời gian địa điểm thưc 2.2 Nội dung nghiên cứu 2.3 Đối tượng nghiên cứu 2.4 Vật liệu nghiên cứu 2.4.1 Phương pháp thu nhận mẫu 2.4.2 Cách lấy mẫu bảo quản mẫu 2.5.1 Chẩn đoán CPVs Kít xét nghiệm nhanh 2.5.2 Phương pháp PCR 2.5.2.1 Tách chiết DNA 2.5.2.2 Thưc phản ứng Polymerase Chain Reaction (PCR) 2.5.3 Giải trình tư gen 2.5.4 Phân tích trình tư gene 2.5.5 Xây dưng phân tích phát sinh loài Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết thu nhận mẫu 3.2 Kết PCR phát CPVs mẫu bệnh phẩm 3.3 Kết PCR khuyếch đại gen VP2 3.4 Kết PCR genome hoàn chỉnh chủng CPVs tron 3.5 Kết giải trình tư gen VP2 3.6 3.8 Kết giải trình tư genome hoàn chỉnh chủng CPVs ng Kết phân tích so sánh trình tư amino acid (aa) 3.9 Kết phân tích phát sinh loài CHƯƠNG KẾT LUẬN - KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận 4.2 Kiến nghị CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ LIÊN QUAN CỦA TÁC GIẢ TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC CHŨ VIẾT TẮT CPV Canine parvovirus FPV Feline panleukopenia virus PCR Polymerase Chain Reaction NS1 Non-structural protein NS2 Non-structural protein ORF Open reading frame ssDNA Single-stranded DNA dsDNA Double-stranded DNA Ori origin of replication RCR rolling-circle replication PIF Parvovirus initiation factor SF3 superfamily ATP Adenosine triphosphat DNA Deoxyribonucleic acid TfR Transferrin receptor HI Hemagglutination Inhibition ddNTP dideoxynucleotide CL cell lysis PBS Phosphate-buffered saline WB1 washing buffer WB2 washing buffer EB elution buffer TAE Tris-acetate-EDTA Arg Arginine Lys Lysine Asn Asparagine Glu Axit glutamic Gly Glycine Ile Isoleucine Leu Leucine Met Methionine Phe Phenylalanin Pro Proline Ser Serine Thr Threonine Tyr Tyrosine Val Valine DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Các thành phần phản ứng PCR………………………………… 25 Bảng 2.2 Primers sử dụng phản ứng PCR………………………………… 26 Bảng 2.3 Các cặp mồi sử dụng khuếch đại trình tư genome CPV………26 Bảng 2.4 Nhiệt độ thời gian phản ứng PCR…………………………… 27 Bảng 3.1 Kết thu nhận mẫu phân chó tiêu chảy nghiên cứu này………29 Bảng 3.2 Kết sau điều trị có bị nhiễm CPV…………………………… 29 Bảng 3.3 Kết PCR phát CPVs mẫu thí nghiệm………………… 30 Bảng 3.4 Trình tư nucleotide amino acid gene VP2 mẫu CPVs sử dụng nghiên cứu này………………………………………………………….37 60 [30] [31] [32] [33] [34] [35] [36] [37] [38] [39] [40] [41] [42] [43] [44] phố Bến Tre, TNU Journal of Science and Technology, 197(04), pp 95-100 Chinchkar, S.R., Subramanian B.M., Rao N.H., Rangarajan P.N., Thiagarajan D., Srinivasan V.A., 2006, Analysis of VP2 gene sequences of canine parvovirus isolates in India, Archives of virology, 151(9), pp 1881-1887 Pedroza-Roldán C., Páez-Magallan V., Charles-Niño C., Elizondo-Quiroga D., Leonel De Cervantes-Mireles R., López-Amezcua M.A., 2015, Genotyping of Canine parvovirus in western Mexico Journal of veterinary diagnostic investigation, 27(1), pp 107-111 Woolford L., Crocker P., Bobrowski H., Baker T., Hemmatzadeh F., 2017, Detection of the canine parvovirus 2c subtype in Australian dogs Viral Immunology, 30(5), pp 371-376 De la Torre D., Mafla E., Puga B., Erazo L., Astolfi-Ferreira C., Ferreira A.P., 2018, Molecular characterization of canine parvovirus variants (CPV-2a, CPV-2b, and CPV-2c) based on the VP2 gene in affected domestic dogs in Ecuador, Veterinary world, 11(4), pp 480 Ju C., Cheng Y., Ji Y., Wang Y., Sun L., Huang, J., 2012, Genome sequence of canine parvovirus strain SC02/2011, isolated from a puppy with severe diarrhea in south China Han S.C., Guo H.C., Sun S.Q., Shu L., Wei Y.Q., Sun D.H., Liu X.T., 2015, Full-length genomic characterizations of two canine parvoviruses prevalent in Northwest China, Archives of microbiology, 197(4), pp 621-626 Silva S.P., Silva L.N.P.P., Rodrigues E.D.L., Cardoso J.F., Tavares Neto F., Souza W.M., Casseb A.R., 2017, Full-length genomic and molecular characterization of Canine parvovirus in dogs from North of Brazil Mira F., Purpari G., Di Bella S., Colaianni M.L., Schirò G., Chiaramonte G., Guercio A., 2019, Spreading of canine parvovirus type 2c mutants of Asian origin in southern Italy, Transboundary and emerging diseases, 66(6), pp 2297-2304 Ogbu K.I., Mira F., Purpari G., Nwosuh C., Loria G.R., Schirò G., Guercio, A., 2020., Nearly full‐length genome characterization of canine parvovirus strains circulating in Nigeria., Transboundary and emerging diseases, 67(2), pp 635-647 Hao X., He Y., Wang C., Xiao W., Liu R., Xiao X., Li S., 2020, The increasing prevalence of CPV-2c in domestic dogs in China, PeerJ, 8, pp e9869 Giraldo-Ramirez S., Rendon-Marin S., Ruiz-Saenz J., 2020, Phylogenetic, evolutionary and structural analysis of Canine Parvovirus (CPV-2) antigenic variants circulating in Colombia, Viruses, 12(5), pp 500 Hall T., 1999, BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT, In Nucleic Acids Symp Ser, 41, pp 95-98 NP L.M.B.G.B., Chenna R., McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I.M., Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J., Higgins D.G., 2007, Clustal W and Clustal X, 2, pp 2947-2948 Katsu K., Nijo T., Yoshida T., Okano Y., Nishikawa M., Miyazaki A., Yamaji Y., 2021, Complete genome sequence of pleioblastus mosaic virus, a distinct member of the genus Potyvirus Archives of Virology, 166(2), pp 645-649 Nguyễn Thị Yến Mai, Trần Ngọc Bích, Nguyễn Phúc Khánh, Keovongphet 61 Phuthavong, Trần Văn Thanh, 2018, Tình hình bệnh viêm ruột parvovirus chó phòng mạch thú y tỉnh Tiền Giang, Đồng Tháp thành phố Cần Thơ, Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 54, tr 136 [45] Shackelton L.A., Parrish C.R., Truyen U., Holmes E.C., 2005, High rate of viral evolution associated with the emergence of carnivore parvovirus, Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(2), pp 379-384 [46] Soma T., Taharaguchi S., Ohinata T., Ishii H., Hara M., 2013, Analysis of the VP2 protein gene of canine parvovirus strains from affected dogs in Japan, Research in veterinary science, 94(2), pp 368-371 Li C., Tang J., Chen Z., Li Q., Huang Z., Wang Q., Liu G., 2018., Genetic characterization of the complete genome of a mutant canine parvovirus isolated in China, Archives of virology, 163(2), pp 521-525 Mira F., Purpari G., Lorusso E., Di Bella S., Gucciardi F., Desario C., Guercio, A., 2018, Introduction 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protein cấu trúc VP2 chủng CPV-2c năm 2019 >CPV2-2c/Canine/HCM2019-01/VietNam/2019 ATGAGTGATGGAGGAGTTCAACCAGACGGTGGTCAACCTGCTGTCAGAAATGAAAGAGCTACAGGATCTGGGAACGGGT CTGGAGGCGGGGGTGGTGGTGGTTCTGGGGGTGTGGGGATTTCTACGGGTACTTTTAATAATCAGACGGAATTTAAATTT TTGGAAAACGGATGGGTGGAAATCACAGCAAACTCAAGCAGACTTGTGCATTTAAATATGCCAGAAAGTGAAAATTATA GAAGAGTGGTTGTAAATAATTTGGATAAAACTGCAGTTAACGGAAACATGGCTTTAGATGATACTCATGCACAAATTGTA ACACCTTGGTCATTGGTTGATGCAAATGCTTGGGGAGTTTGGTTTAATCCAGGAGATTGGCAACTAATTGTTAATACTATG AGTGAGTTGCATTTAGTTAGTTTTGAACAAGAAATTTTTAATGTTGTTTTAAAGACTGTTTCAGAATCTGCTACTCAGCCA CCAACTAAAGTTTATAATAATGATTTAACTGCGTCATTGATGGTTGCATTAGATAGTAATAATACTATGCCATTTACTCCA GCAGCTATGAGATCTGAGACATTGGGTTTTTATCCATGGAAACCAACCATACCAACTCCATGGAGATATTACTTTCAATG GGATAGAACATTAATACCATCTCATACTGGAACTAGTGGCACACCAACAAATATATACCATGGTACAGATCCAGATGATG TTCAATTTTACACTATTGAAAATTCTGTGCCAGTACACTTACTAAGAACAGGTGATGAATTTGCTACAGGAACATTTTATT TTGATTGTAAACCATGTAGACTAACACATACATGGCAAACAAACAGAGCATTGGGCTTACCACCATTTCTAAATTCTTTG 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ATGAGTGATGGAGGAGTTCAACCAGACGGTGGTCAACCTGCTGTCAGAAATGAAAGAGCTACAGGATCTGGGAACGGGT CTGGAGGCGGGGGTGGTGGTGGTTCTGGGGGTGTGGGGATTTCTACGGGTACTTTTAATAATCAGACGGAATTTAAATTT TTGGAAAACGGATGGGTGGAAATCACAGCAAACTCAAGCAGACTTGTGCATTTAAATATGCCAGAAAGTGAAAATTATA GAAGAGTGGTTGTAAATAATTTGGATAAAACTGCAGTTAACGGAAACATGGCTTTAGATGATACTCATGCACAAATTGTA ACACCTTGGTCATTGGTTGATGCAAATGCTTGGGGAGTTTGGTTTAATCCAGGAGATTGGCAACTAATTGTTAATACTATG AGTGAGTTGCATTTAGTTAGTTTTGAACAAGAAATTTTTAATGTTGTTTTAAAGACTGTTTCAGAATCTGCTACTCAGCCA CCAACTAAAGTTTATAATAATGATTTAACTGCGTCATTGATGGTTGCATTAGATAGTAATAATACTATGCCATTTACTCCA GCAGCTATGAGATCTGAGACATTGGGTTTTTATCCATGGAAACCAACCATACCAACTCCATGGAGATATTACTTTCAATG GGATAGAACATTAATACCATCTCATACTGGAACTAGTGGCACACCAACAAATATATACCATGGTACAGATCCAGATGATG TTCAATTTTACACTATTGAAAATTCTGTGCCAGTACACTTACTAAGAACAGGTGATGAATTTGCTACAGGAACATTTTATT TTGATTGTAAACCATGTAGACTAACACATACATGGCAAACAAACAGAGCATTGGGCTTACCACCATTTCTAAATTCTTTG CCTCAAGCTGAAGGAGGTACTAACTTTGGTTATATAGGAGTCCAACAAGATAAAAGACGTGGTGTAACTCAAATGGGAA 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Mục đích đề tài Phân tích đặc điểm phân tử Canine parvovirus gây bệnh tiêu chảy cấp tính chó. .. H oà ng D ũn g Thành phố Hồ Chí Minh - 2021 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài ? ?Phân tích đặc điểm phân tử Canine Parvovirus gây bệnh tiêu chảy cấp tính chó Thành phố Hồ Chí Minh? ?? kết sư... VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Nguyễ n Thanh Việt PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ CỦA CANINE PARVOVIRUS GÂY BỆNH TIÊU CHẢY CẤP TÍNH TRÊN CHĨ TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chun ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: