Nghiên cứu cơ chế phản ứng giữa một số kháng sinh β lactam và enzym PBP2a bằng các phương pháp hóa tin

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - NGUYỄN HỌA MI NGHIÊN C U CƠ CHẾ PHẢN NG GIỮA MỘT SỐ KHÁNG SINH β-LACTAM VÀ ENZYM PBP2a BẰNG CÁC PHƯƠNG PHÁP HÓA TIN U N ÁN TIẾN S HÓA HỌC Hà Nội – 2012 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - NGUYỄN HỌA MI NGHIÊN C U CƠ CHẾ PHẢN NG GIỮA MỘT SỐ KHÁNG SINH β-LACTAM VÀ PBP2a BẰNG CÁC PHƯƠNG PHÁP HĨA TIN Chun ngành: Hóa lí thuyết Hóa lí Mã số: 62 44 31 01 U N ÁN TIẾN S HÓA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC GS.TSKH ĐẶNG ỨNG VẬN GS.TS TRƯƠNG NGUYỆN THÀNH Hà Nội – 2012 MỤC LỤC STT NỘI DUNG TRANG DANH MỤC CÁC BẢNG 05 DANH MỤC CÁC HÌNH 06 CÁC KÝ HIỆU VIẾT TẮT TRONG LUẬN VĂN 09 MỞ ĐẨU 11 CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN 14 CHƢƠNG 2: CƠ SỞ LÝ THUYẾT VÀ PHƢƠNG 25 PHÁP TÍNH 2.1 MƠ PHỎNG ĐỘNG LỰC CƠ HỌC PHÂN TỬ (MM/MD) 25 2.1.1 Mẫu học phân tử (M/M) 26 2.1.2 Phƣơng pháp động lực phân tử MD 38 2.2.2 Cơ cở phƣơng pháp tính gần lƣợng tử 52 2.3 65 PHƢƠNG PHÁP QM/MM (HYBRID QUANTUM MECHANICS/MOLECULAR MECHANICS) 2.3.1 Phƣơng pháp lai hóa QM/MM ONIOM CHƢƠNG 3: CHUẨN BỊ INPUT VÀ CÁC ĐIỀU KIỆN 79 89 NGHIÊN CỨU CHO HỆ CỤ THỂ 3.1 ĐIỀU KIỆN TÍNH VỚI PHƢƠNG PHÁP MM/MD 89 3.1.1 Nghiên cứu đặc điểm tâm hoạt động khe hẹp 89 gần tâm 3.1.2 Nghiên cứu tính hoạt động protein phối tử 94 3.1.3 Tính lƣợng tự gắn kết methicillin 96 nitrocefin lên cấu trúc khác protein PBP2a 3.2 ĐIỀU KIỆN TÍNH VỚI PHƢƠNG PHÁP QM/MM 98 (ONIOM) 3.2.1 Các mơ hình tâm hoạt hóa 98 3.2.2 Các mơ hình enzym 99 4.1 CHƢƠNG 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 103 KẾT QUẢ TÍNH MM/ND 103 4.1.1 Về tồn khe hẹp gần tâm hoạt động 103 SER403 PBP2a 4.1.2 Về tính linh động phối tử axit amin vùng 108 tâm hoạt động phức axyl phức michaelis methicillin(MC1) nitrocefin (NC1) với PBP2a 4.1.3 Năng lƣợng tự gắn kết nitrocefin methicillin 114 lên cấu trúc khác PBP2a 4.2 KẾT QUẢ TÍNH QM/MM 119 4.2.1 Đƣờng lƣợng phản ứng mơ hình tâm hoạt hóa 4.2.2 Đƣờng lƣợng phản ứng mơ hình 126 protein 4.2.3 Lý cho khác biệt hoạt tính MC1 130 NC1 4.2.4 Thảo luận 134 KẾT LUẬN 136 TÀI LIÊU THAM KHẢO 140 PHỤ LỤC 154 DANH MỤC CÁC BẢNG TÊN BẢNG STT Bảng 4.1 Các liệu phức michaelis tính tốn Trang 94 phần mềm AutoDock GROMACS Bảng 4.2 RMSF (nm) véctơ riêng (nm2) phối tử Ser403 103 phức michaelis khe β3Z mở PBP2a* với meticillin nitrocefin Bảng 4.3 So sánh thành phần lượng tự gắn kết * 104 (kJ.mol-1) Bảng 4.4 Năng lượng tương đối (kcal/mol) phức phản ứng, 111 trạng thái chuyển tiếp, trạng thái trung gian, sản phẩm phản ứng MC1 NC1 Bảng 4.5 Năng lượng tương tác tĩnh điện tương tác vdW 118 nguyên tử QM môi trường Protein (kcal/mol) Bảng 4.6 Góc căng phối tử (theo độ), 121 xác định hình 4.10 Bảng4.7 Điện tích nguyên tử Mulliken meticillin 122 Bảng 4.8 Điện tích nguyên tử Mulliken nitrocefin 122 Bảng 4.9 Điện tích ngun tử Mulliken mơ hình SER403 123 DANH MỤC CÁC HÌNH STT TÊN HÌNH Hình 1.1 Hình 1.2 Ảnh SEM hiển vi meticillin- kháng Staphylococcus aureus Trang Cấu trúc phức axyl hóa 1MWU từ ngân hàng liệu protein data bank Hình 1.3 Sản sinh men β-lactamase có khả xúc tác thủy phân β- lactam Hình 1.4 Cơ chế axyl hóa nhóm cacbonyl β-lactam bị 11 công SER403 tâm hoạt hóa Hình 1.5 Các chất MC1 NC1 12 Hình 2.1 Các loại lượng mẫu MM: 16 a: kéo căng, b: góc liên kết, c: góc nhị diện, d: Coulomb Hình 2.2 Sự khác biệt Morse (đường nét liền) điều hồ 17 (đường nét rời) Hình 2.3 Biến thiên lượng góc nhị diện có 1, hàng rào 18 Hình 2.4 Mẫu tương tác site-site hai phân tử lưỡng nguyên R: 20 khoảng cách tâm khối; r1A2B r2A1B : khoảng cách site không phân tử 10 Hình 2.5 11 Hình 2.6 Minh hoạ hai phương trình Newton 28 Thuật tốn bước nhảy ếch để tính tích phân phương trình 32 Newton (trục t xác định giá trị số tính tích phân) 12 Hình 2.7 Các dạng lai hóa tự nhiên: Rồng từ thời Lý, chạm 55 khắc Nghê mái đình 13 Hình 2.8 Minh họa phân lớp tính tốn ONIOM 14 Hình 3.1 Cơ chế axyl hóa nhóm (OH) SER403 73 79 PBP2a cơng nhóm (CO) cacbonyl -lactam 15 Hình 3.2 Nếp gấp β3 (gồm axit amin 594-603); cuộn Z (bao gồm 81 axit amin 436 đến 448) 16 Hình 3.3 Cấu hình PBP2a (vùng mầu đậm nhạt), PBP2a* (mầu 82 đậm) Ser 403 (các cầu) 17 Hình 3.4 RMSD meticillin phức axyl với PBP2a nhận 83 khớp bình phương tối thiểu MC1 với cấu hình ban đầu PBP2a đầy đủ (mầu nhạt) với riêng phân mảnh PBP2a* (mầu đậm) 18 Hình 3.5 Mơ hình phối tử tính tốn QM 89 19 Hình 3.6 Cấu trúc X-ray PBP2a phức với MC1 (mã 90 PDB 1MWU) 20 Hình 4.1 Minh họa trạng thái khe hoạt động Trạng thái mở 93 (mầu sẫm) cấu trúc phức acyl metixilin trạng thái đóng (mầu nhạt) cấu trúc apo protein Các axit amin Glu447 Thr444 thuộc cuộn Z axit Lys597 Ala601 21 Hình 4.2 RMSD khung protein (trên) phối tử (dưới) nhận 98 cách khớp bình phương tối thiểu với khung protein ban đầu phức acyl, phức Michaelis khe β3Z mở cấu trúc apo 22 Hình 4.3 Sự sai lệch khoảng cách Cα trung bình (nm) axit 100 amin xoắn α2 đầu N (3 nhóm đồ thị bên trái hình trên) nếp gấp β3 (6 nhóm đồ thị tính từ trái qua hình trên) xoắn α2 đầu N nếp gấp β3 23 Hình 4.4 Phân tích RMSF RMSF trung bình/axit amin cấu trúc 101 apo (đường liền), phức acyl PBP2a* với MC1 (hình trịn) NC1 (hình vuông) phức Michaelis khe β3Z mở PBP2a* với MC1 (hình tam giác) NC1 (hình thoi) Hình cùng: nếp gấp β3 cuộn Y; hình giữa: cuộn Z; hình cùng: xoắn α2 đầu N 24 Hình 4.5 Đường lượng phản ứng (kcal/mol) mơ hình QM 111 tâm hoạt hóa 25 Hình 4.6 Các cấu hình tối ưu (khoảng cách liên kết, đơn vị Å) 113 phản ứng MC1 mơ hình enzym ONIOM(DFT:MM) mơ hình QM tâm hoạt hóa (trong ngoặc đơn) 26 Hình 4.7 Các cấu hình tối ưu (các khoảng cách liên kết, đơn vị Å) phản ứng NC1 với mơ hình 114 enzym ONIOM(DFT:MM) mơ hình QM tâm hoạt hóa (trong ngoặc đơn) 27 Hình 4.8 Chồng chập vị trí cấu trúc X-ray (mã 1MWU theo PDB) 116 cấu trúc sản phẩm tối ưu (P) ONIOM (màu đỏ nguyên tử Cacbon, cầu màu trắng cấu trúc X-ray, dạng que cấu trúc ONIOM) 28 Hình 4.9 Các axit amin chìa khóa xung quanh phối tử TS1 119 29 Hình 4.10 Xác định góc căng phối tử MC1 NC1 mơ 120 hình đơn giản hóa 30 Hình 4.11 Bền hóa cộng hưởng Int’ NC1 121 CÁC KÝ HIỆU VIẾT TẮT TRONG U N ÁN KÝ HIỆU SA DIỄN GIẢI Chủng vi khuẩn tụ cầu vàng Staphylococcus aureus QM/MM Lai hóa học phân tử kết hợp với học lượng tử MM/MD Động lực học học phân tử ONIOM Our own N-layered Integrated molecular Orbital molecular Mechanics MM PBP2a Cơ học phân tử molecular mechanics Protein Binding penicillin 2a (protein liên kết với penicillin 2a kháng thuốc) MRSA PBP DFT NR Phức michaelis Phức axyl cấu trúc apo 1MWU Chủng vi khuẩn tụ cầu vàng kháng methicillin Protein liên kết với penicillin Lý thuyết phiếm hàm mật độ Density Functional Theory Phương pháp Newton-Raphson Phức khơng cộng hóa trị Phức cộng hóa trị Cấu trúc enzym PBP2a chưa phản ứng với cấu tử Phức axyl hóa methicillin với protein binding penicillin 1MWS Phức axyl hóa nitrocefin với protein binding penicillin PBP2a* Phần protein PBP2a bao gồm axit amin 310 đến 668 cắt 300 axit amin từ 27 đến 300 SER403 Axit amin SERINE vị trí thứ 403 chuỗi protein PBP2a MC1 Methicillin NC1 Nitrocefin MM-PBSA Molecular Mechanics- Poisson Bolzmann Surface Area MD Molecular Dynamics – Động lực học phân tử QM Quantum mechanics – Cơ học lượng tử MM+, AMBER, BIO+ (CHARMM), OPLS MM+ AMBER BIO+ (CHARMM) Tên riêng trường lực Merck Molecular Assisted Model Building and Energy Refinement Chemistry at HARvard Molecular Mechanics OPLS Optimized Potential for Liquid Simulations UHF Unrestricted Hartree-Fock - Phương trình Hartree-Fock cho cấu hình khơng hạn chế RHF Restricted Hartree-Fock - Phương trình Hartree-Fock cho cấu hình hạn chế RMSD Độ sai lệch bình phương trung bình (root mean square deviation) RMSF Độ sai lệch độ lệch bình phương trung bình (the root mean square fluctuation) MO-LCAO Obitan phân tử dạng tổ hợp tuyến tính obitan nguyên tử SCF Phương pháp trường tự hợp LA Nguyên tử kết nối LAC Nguyên tử liên kết với nguyên tử kết nối the link atom connection LAH Nguyên tử thay the link atom host H 27.68044 H 32.48102 H 33.22502 H 31.80709 H 30.85543 28.1996 80 28.5445 64 26.1736 90 24.3885 03 23.7402 17 86.63743 86.16867 86.10201 87.02216 89.18174 C 25.00368 N 25.05027 C 26.19732 C 25.59879 C 25.34304 O 25.71711 C 26.25691 C 26.55852 C 23.53308 O 23.10645 O 22.71705 N 27.49137 C 28.47342 O 28.34807 C 29.75933 C 30.59313 C 31.83899 C 32.25424 C 31.45506 C 30.22039 O 29.38345 C 29.95321 O 30.11211 C 31.02895 31.4624 00 30.1653 92 29.9074 15 33.0784 00 29.0169 55 29.0528 79 28.4384 49 33.4236 60 31.8834 22 33.0159 10 30.8788 21 27.9344 71 27.4065 27 27.1796 02 27.0672 17 28.0713 44 27.7601 93 26.4315 44 25.4153 89 25.7397 86 24.8183 11 23.5889 01 29.3436 14 30.4247 60 87.1804 83 87.8420 55 88.6932 79 89.1005 61 86.9924 31 85.8213 48 88.1301 55 86.8067 94 87.1654 92 87.3602 40 86.9396 89 87.6022 81 88.3721 70 89.5736 57 87.6433 27 87.1176 52 86.5551 10 86.5224 14 87.0418 80 87.6149 16 88.1724 12 88.5748 67 87.2131 84 87.1860 70 H 29.20025 H 30.21114 H 31.81451 H 31.50766 H 30.43963 23.0762 09 22.9458 61 30.2981 55 30.5462 77 31.3152 10 89.17744 87.72023 87.94358 86.20584 87.40923 === Int (MC1, ONIOM) === c 22.44773 26.84412 C 22.9857 28.0921 40 07 H 23.4138 28.7528 55 00 H 22.1439 28.6093 74 55 O 23.97459 27.74292 H 23.0839 30.1101 20 56 S 27.2301 30.9177 92 09 C 25.8949 32.1451 08 50 C 24.7817 31.2082 87 14 N 24.7611 29.9202 01 61 C 25.9631 29.6673 62 62 C 25.4556 32.9377 56 31 C 25.1311 28.6252 78 35 O 25.58898 28.89876 C 26.1396 28.2385 39 01 C 26.3852 33.0970 87 29 C 23.3675 31.7799 65 10 O 23.02574 32.92350 85.2807 99 85.9968 10 85.2390 88 86.4776 02 86.9653 41 87.9357 14 88.1519 41 87.7489 53 87.1966 65 87.8826 72 88.6783 59 88.9846 72 86.9372 41 85.7953 12 88.0917 13 86.6546 08 87.2559 04 87.0210 49 O 28.30158 C 29.72066 C 30.52000 C 31.77863 C 32.24141 C 31.47751 C 30.23164 O 29.43849 C 30.04242 O 29.99633 C 30.87957 H 25.02057 H 25.82774 H 24.65168 H 25.10335 H 26.30062 H 25.78932 H 26.75486 H 25.56098 H 27.19616 H 27.59158 H 32.39129 27.0779 96 27.0498 29 28.0768 77 27.8081 96 26.4959 78 25.4560 15 25.7385 06 24.7879 21 23.5580 29 29.3341 98 30.4419 21 30.9931 57 29.7312 74 33.6347 26 32.2827 51 33.5206 71 27.4831 11 32.5448 00 33.7503 40 33.7403 51 28.1650 43 28.6131 73 89.5267 19 87.6053 86 87.0711 15 86.5138 69 86.4884 62 87.0134 94 87.5851 36 88.1576 41 88.5007 74 87.1504 38 87.1547 94 86.1404 75 89.7636 44 88.7286 60 89.7892 79 89.3700 51 88.7957 93 85.7866 43 86.3457 75 87.0250 81 86.6137 67 86.1217 34 O 22.47676 30.84145 87.5908 11 N 27.4242 27.8601 87.5730 16 54 15 C 28.4172 27.3409 88.3288 21 98 58 H 33.22093 H 31.86553 H 30.96450 H 29.32053 H 30.27756 H 31.65011 H 31.37971 H 30.25853 26.2688 97 24.4422 32 23.7032 57 23.0146 88 22.9449 05 30.3340 39 30.5889 96 31.3128 31 86.0708 90 86.9972 69 89.0795 76 89.1144 80 87.6175 29 87.9306 55 86.1888 49 87.3705 69 === TS2 (MC1, ONIOM) === c 22.433247 26.900856 85.304331 H 24.71406 33.7024 88.65064 99 H 25.12039 32.3438 89.71748 79 H 26.34746 33.5665 89.33602 55 H 25.79769 27.5387 88.77290 40 H 26.87020 32.6120 85.75643 17 H 25.66776 33.8174 86.29668 30 H 27.28850 33.7982 87.01247 76 H 27.62381 28.1832 86.59473 05 H 32.41160 28.6164 86.13733 95 H 33.23047 26.2690 86.08883 48 H 31.86420 24.4483 87.01106 87 H 30.95031 23.7061 89.08193 08 H 29.30256 23.0265 89.10799 20 H 30.26378 22.9595 87.61357 64 H 31.67968 30.3434 87.92875 C 22.95813 H 23.36240 H 22.13068 O 23.97025 H 23.51085 S 27.26459 C 25.95725 C 24.83975 N 24.79748 C 25.97845 C 25.50436 C 25.14900 O 25.59370 C 26.14902 C 26.48399 C 23.39190 O 23.02243 O 22.62222 N 27.43884 C 28.41935 O 28.28449 C 29.72846 C 30.53498 C 31.79414 28.1478 96 28.8287 21 28.6457 73 27.7919 15 30.1768 43 30.9479 67 32.2082 83 31.3007 50 30.0136 30 29.7199 08 32.9973 18 28.5948 59 28.8257 30 28.2798 77 33.1604 45 31.8309 14 32.9651 83 30.8808 70 27.8892 87 27.3615 54 27.0972 04 27.0651 69 28.0889 87 27.8145 79 86.0314 85 85.2805 66 86.5497 83 86.9814 95 88.0490 67 88.1118 16 87.6939 64 87.1143 62 87.8032 46 88.6191 68 88.9262 63 86.8740 16 85.7305 36 88.0535 88 86.6196 82 87.2526 55 86.9771 52 87.7170 64 87.5533 14 88.3220 81 89.5168 56 87.6114 69 87.0809 67 86.5279 90 81 H 31.40173 30.5936 86.18718 97 H 30.29031 31.3270 87.37190 94 === P (MC1, ONIOM) === c 22.36330 27.01195 85.4412 8 79 C 22.7602 28.3049 86.1815 68 76 21 H 23.0830 29.0670 85.4840 42 40 62 H 21.9113 28.7055 86.7314 c 22.14390 27.02233 84.7488 82 54 26 97 O 87.1989 C 23.77832 22.6322 28.07863 28.3698 85.2922 38 14 14 80 H H 24.5271 22.9246 30.9260 28.9766 89.7141 84.4243 88 09 89 83 78 09 S 27.3327 30.9921 88.3008 H 21.7766 28.8829 85.7699 37 09 24 79 52 08 C 26.0245 28.13386 32.2912 87.9251 O 23.68274 86.1995 91 03 33 99 C 24.7997 31.3683 87.7077 H 24.1878 28.9665 86.3208 07 04 45 29 02 50 N 24.7464 30.4269 88.8332 S 29.2177 27.5539 89.3434 82 42 13 12 83 03 C 26.0117 28.3422 29.7585 88.9099 N 27.1645 87.6351 50 58 98 54 07 45 C 25.8546 33.2917 89.0682 C 27.5560 29.6792 87.5610 71 15 66 26 60 45 C 25.0487 28.3425 86.8856 O 26.33163 27.62614 85.5144 18 55 23 60 O 25.43675 28.47374 85.7409 C 29.2952 24.7366 87.1530 64 73 21 47 H 29.95291 23.0279 87.51385 O 28.92444 88.1285 24.10545 62 06 H 31.64295 30.3719 87.52332 23.7792 79 C 31.6496 87.0887 46 04 30 H 31.16536 30.5314 85.82615 30.6464 80 C 26.5280 86.9072 00 51 28 H 30.20634 31.3481 87.09019 31.67195 75 O 26.99319 86.3655 15 O 25.35101 30.21601 86.9382 62 === RC4 (NC1, ONIOM) === C 31.0908 33.0499 87.6616 53 06 95 C 32.3898 33.5348 88.0118 76 37 53 C 31.9017 35.7172 87.1464 83 64 93 N 33.4079 32.7076 88.6710 C 26.00267 C 26.36184 C 23.38634 O 23.06215 O 22.68872 N 27.31194 C 28.31506 O 28.22667 C 29.58527 C 30.38004 C 31.60753 C 32.03993 C 31.27168 C 30.05723 O 29.25775 C 29.79421 O 29.88710 C 30.78165 H 25.04939 H 26.25570 H 24.95960 H 25.72002 H 26.73218 H 25.66555 28.3866 22 33.0202 03 31.9333 94 33.1032 67 31.0757 17 27.9788 81 27.4715 01 27.2519 24 27.1171 02 28.0977 19 27.7742 20 26.4528 18 25.4543 78 25.7893 71 24.8738 04 23.5851 20 29.3656 24 30.4536 54 30.7759 51 29.4982 00 33.8895 40 32.7924 41 33.9445 25 27.6411 43 88.1034 87 86.6219 10 87.3746 49 87.6865 24 86.7814 11 87.6132 94 88.3755 96 89.5819 61 87.6122 32 86.9847 73 86.3896 63 86.4023 24 86.9950 76 87.6043 37 88.2225 26 88.4491 11 87.0143 26 86.8483 93 86.8260 41 89.9419 94 88.8638 62 90.0349 18 89.1604 84 88.8293 90 C 28.85082 29.9672 87.91812 79 === TS1 (NC1, ONIOM) === c 22.567098 27.009787 85.134425 C 23.165307 28.334168 85.638220 C 27.38500 H 26.74061 C 30.50611 H 30.14823 H 30.85388 C 29.81918 H 30.77546 H 30.04962 C 33.93001 H 34.99591 C 32.94530 H 33.13158 C 31.64402 H 30.73723 C 26.79800 C 29.32268 H 28.54476 C 30.63868 H 31.41539 C 30.21988 26.2505 57 25.3984 40 24.3515 10 23.5982 30 25.2074 30 28.8258 40 29.1657 81 28.3146 52 23.2671 88 23.2425 26 22.5113 37 21.7635 87 22.8007 27 22.3105 31 27.4583 34 31.3253 07 32.0753 56 31.6883 15 30.9458 74 34.0106 31 87.37409 87.59589 86.29599 85.57973 85.70888 88.14824 88.54375 87.20665 87.98805 88.17163 88.56063 89.32669 88.04675 88.38175 86.60933 87.86749 87.81599 87.82850 87.90877 87.06633 H 23.63281 H 22.34637 O 24.08080 H 24.46162 S 28.26287 N 26.41679 C 26.95230 O 25.92920 C 28.22698 O 27.75328 C 30.58936 C 26.03849 O 26.49834 O 24.77922 C 30.73578 C 32.08207 C 31.82151 N 33.01086 O 32.77475 O 34.01058 N 32.40079 O 31.71298 O 33.55390 C 26.65684 28.8134 18 28.9791 02 28.2264 98 29.4262 01 27.6259 16 28.6569 23 29.8958 48 27.9948 31 25.0894 96 24.4431 39 24.4640 95 30.9030 75 31.8881 94 30.5737 15 32.9998 15 33.3476 50 35.5902 60 32.4179 20 31.2027 78 32.8870 87 36.8834 23 37.6758 43 37.1159 80 27.5424 01 84.7761 87 85.9841 61 86.7287 46 86.8345 18 89.1485 65 87.3706 73 87.3226 04 85.0698 61 87.0848 47 88.0029 40 87.7041 52 86.6317 40 86.0614 87 86.6766 80 87.6631 38 88.0204 27 87.2030 83 88.6669 53 88.6407 65 89.2238 04 86.8958 44 86.2409 81 87.2752 26 88.2680 65 H 29.36992 C 32.41820 H 33.30931 C 31.55187 H 31.65343 C 30.50797 H 29.72197 C 25.82059 C 28.80818 H 28.10418 C 30.15411 H 30.85311 C 29.97542 H 28.96283 C 30.48960 H 29.90096 C 32.60365 H 33.61856 N 27.48064 H 27.95492 S 28.3991 51 24.4245 94 24.6223 48 23.3733 25 22.5905 51 23.3974 61 22.6527 97 27.8086 63 31.4268 83 32.2380 14 31.6956 75 30.8916 34 34.0631 92 33.8533 26 35.3152 16 36.0941 82 34.6221 08 34.8454 83 26.0286 08 26.6715 43 87.14727 89.41815 89.99870 89.53283 90.28099 88.55913 88.50979 86.27034 87.75801 87.62097 87.82267 87.97814 87.08187 86.76358 86.84326 86.37410 87.80709 88.10295 86.42717 85.79406 31.965331 25.465096 88.106942 === Int (NC1, ONIOM) === c 22.53627 26.86219 84.9458 32 C 23.1827 28.0516 85.6723 67 00 17 C 28.24457 O 27.58320 C 30.46914 C 26.61418 O 27.18500 O 25.27995 C 31.68047 C 33.07731 C 33.19716 N 33.82536 O 33.34281 O 34.93290 N 33.95286 O 33.37833 O 35.13547 C 26.57408 H 25.76861 C 28.66011 C 26.43288 H 26.01980 C 29.74170 H 29.83677 H 30.20630 C 29.22419 25.4542 94 24.5634 26 24.7761 35 31.5739 84 32.3601 61 31.5394 03 32.6355 70 32.6959 21 35.0662 27 31.5510 41 30.4106 11 31.7453 92 36.2906 00 37.3224 22 36.2628 80 28.2053 50 28.0081 95 30.3276 16 27.0809 56 26.1839 52 25.2660 64 24.5052 65 26.1855 70 29.0056 88 87.0486 91 87.5576 87 87.9984 51 86.8129 23 86.0852 52 86.9293 93 87.7687 29 88.1478 67 87.7279 85 88.6441 74 88.5430 00 89.1698 40 87.7277 03 87.3432 67 88.0994 04 88.3727 51 89.0856 87 87.8198 77 87.2498 45 87.7151 85 86.7722 81 85.9880 92 86.3991 44 88.2699 65 H H O H S N C O C H C H C H C H C H N H S 23.5718 62 22.4458 92 24.21912 25.1556 72 28.1052 62 26.3398 08 27.2654 20 25.84775 29.48363 28.97503 30.86998 31.38751 31.13492 30.10789 31.84532 31.39962 33.79873 34.82951 27.69124 28.28804 28.7530 84.9414 26 42 28.5414 86.3119 06 41 27.59261 86.5629 13 30.6997 87.4752 86 11 28.0664 89.4043 72 69 29.4909 87.7956 51 01 30.3938 87.5547 00 23 27.85637 85.0128 92 31.4538 87.68362 82 32.3771 87.43923 23 31.4720 87.82654 60 30.5506 88.02821 20 33.8978 87.33887 19 33.9219 86.99926 85 35.0665 87.31297 08 35.9953 86.97860 81 33.8891 88.1356 19 51 33.8922 88.45848 79 26.6508 86.69427 11 27.3450 86.25529 67 31.481491 25.844602 88.941391 === TS2 (NC1, ONIOM) === c 22.56590 26.87125 84.9583 25 C 23.2180 28.0632 85.6771 86 88 29 C 33.28949 N 33.90536 O 33.41991 O 35.01222 N 34.04915 O 33.47456 O 35.23211 C 26.59477 H 25.78077 C 28.72779 C 26.45371 H 26.03502 C 29.76479 H 29.85763 H 30.22562 C 29.26752 H 30.18916 H 29.53493 C 31.89520 H 32.59074 C 31.25230 H 31.35214 C 30.45109 H 29.86363 34.9736 54 31.4534 15 30.3159 39 31.6438 04 36.1986 47 37.2344 80 36.1629 26 28.1497 97 27.9624 88 30.2633 65 27.0444 77 26.1420 67 25.2375 96 24.4808 49 26.1600 33 28.9335 04 29.0473 23 28.2796 96 24.5546 62 24.7257 55 23.3912 67 22.4733 85 23.5010 04 22.6806 86 87.7333 17 88.6414 17 88.5340 49 89.1676 05 87.7432 34 87.3737 38 88.1097 67 88.4063 47 89.1111 09 87.8560 92 87.2661 08 87.7164 33 86.7687 44 85.9803 78 86.3985 93 88.3202 19 88.8864 38 87.4831 20 90.0587 85 90.8691 29 89.7381 03 90.3127 50 88.5627 24 88.1631 56 H H O H S N C O C O C C O O C C C H N H S 23.6151 87 22.4837 30 24.25063 25.4513 75 28.1223 18 26.4191 89 27.3519 30 25.88572 28.2689 91 27.60890 30.4989 50 26.6069 17 27.18061 25.32618 31.7657 87 33.1603 12 33.88796 34.91834 27.71447 28.30366 31.53058 28.7568 84.9437 63 40 28.5626 86.3111 65 15 27.60704 86.5788 53 30.1952 87.4826 17 02 28.0019 89.4387 96 14 29.4549 87.8545 95 69 30.3572 87.5926 46 07 27.83499 85.0296 14 25.4220 87.0530 69 34 24.52824 87.5580 10 24.7443 87.9898 64 98 31.5029 86.8346 64 71 32.36535 86.1817 87 31.26410 86.8812 74 32.5518 87.7699 95 70 32.6047 88.1481 56 25 33.7944 88.13816 99 33.7935 88.46222 76 26.6218 86.71207 02 27.3194 86.26836 59 25.8072 88.91843 78 === P (NC1, ONIOM) === c 22.55652 26.90271 84.9609 31 C 23.2003 28.0981 85.6823 07 86 23 H H O H S N C O C O C C O O C C C N O O N O O C C 23.6008 28.7955 84.9550 60 90 56 22.4621 28.5946 86.3135 29 77 32 24.22946 27.64285 86.5914 58 25.3176 29.8260 87.9100 49 74 52 28.0425 28.0447 89.4816 98 28 40 26.2784 29.4774 87.9922 47 73 34 27.1646 30.4263 87.6349 27 58 67 25.87435 27.85736 85.0480 64 28.2499 25.4613 87.0713 49 10 52 27.59207 24.56020 87.5663 27 30.4837 24.8060 88.0104 29 75 17 26.4173 31.5769 86.8271 13 83 95 27.13085 32.30656 86.1167 31 25.16700 31.47985 86.8916 21 31.5700 32.6118 87.7018 76 02 75 32.9667 32.6716 88.0589 50 91 42 33.0717 35.0415 87.6545 57 47 52 33.7350 31.5176 88.5181 73 66 69 33.25806 30.37847 88.4033 05 34.85333 31.71122 89.0158 09 33.8225 36.2755 87.6650 23 48 49 33.24117 37.30359 87.2890 65 35.00214 36.24991 88.0395 8 84 26.5120 28.1404 88.4697 51 25 51 22.891780 30.9131 89.4271 94 H H H 25.71023 C 28.53839 C 26.42166 H 26.00564 C 29.74561 H 29.84116 H 30.20054 C 29.12914 H 30.04659 H 29.42546 C 31.87412 H 32.56312 C 31.25701 H 31.37376 C 30.45854 H 29.89008 C 25.50993 C 29.37613 H 28.84525 C 30.75188 H 31.27070 27.8897 32 30.3075 94 27.0687 79 26.1509 55 25.2835 33 24.5193 66 26.2050 79 29.0062 40 29.1704 89 28.3498 34 24.6454 77 24.8306 40 23.4689 56 22.5528 99 23.5620 52 22.7292 66 27.5720 41 31.4329 06 32.3284 43 31.4438 34 30.5285 42 O 89.16481 87.85398 87.28946 87.71156 86.78539 86.00487 86.40602 88.33999 88.89906 87.51559 90.08548 90.89830 89.76206 90.33646 88.58332 88.18124 86.16417 87.65303 87.35632 87.79163 88.01762 H S C C N C C O C C O O H H H H H H S 21.879525 31.2077 98 23.462893 31.8443 29 23.516533 30.0294 45 23.629698 30.5374 18 27.631891 31.3340 85 26.546192 32.4199 26 26.014917 31.5973 17 26.169699 30.1986 27 26.582186 29.8810 88 26.948896 29.2048 79 27.243773 28.9488 94 27.313186 28.6284 43 24.537975 32.0566 21 24.423905 32.8314 32 23.650869 31.6439 21 26.627425 31.7613 42 25.752414 29.7474 06 26.844278 27.6706 87 28.387549 28.5840 96 27.122520 33.2903 67 25.702090 32.7502 29 70 89.0989 13 89.5881 54 88.5329 42 87.6758 08 88.1840 82 87.1400 84 85.9277 73 86.3245 96 87.6927 63 85.7581 30 84.6106 61 87.1487 74 85.6194 11 84.6561 33 86.4246 84 85.0370 64 88.3884 62 87.3947 00 87.3421 15 86.8175 96 87.7500 07 31.488844 25.890499 88.943401 ===TS1 (MC1 simplified, QM) ===RC (MC1 simplified, QM) === H 22.794339 30.410438 90.399815 === H C H H O H S C 23.834577 27.2531 61 24.191007 28.2165 76 24.960095 28.0330 54 23.345164 28.7422 66 24.755036 28.9909 45 24.350351 29.9389 50 27.587547 32.0846 60 26.881715 33.0866 09 86.4242 82 86.0300 36 85.2672 34 85.5687 34 87.0692 26 87.0277 47 89.1520 14 87.7281 99 C 26.034411 32.1425 86.8072 46 00 N 26.395032 30.8284 35 26.571669 30.5968 50 26.608297 29.5036 39 26.901095 29.0512 34 27.098416 29.1772 78 24.483679 32.4175 49 24.137465 33.6094 32 23.743020 31.3798 39 26.322562 32.2843 42 25.653319 30.5975 49 C C O C C O O H H 87.2326 42 88.6259 38 86.8178 58 85.7185 13 88.2799 80 86.9115 73 86.9358 38 86.9188 68 85.7585 24 89.2263 62 ===RC (NC1 simplified, QM) === H C 23.901173 25.9133 88.1130 73 93 24.165198 26.8095 87.5323 37 25 C 28.276525 25.8630 87.09831 06 H 27.654944 25.3406 87.82884 10 C 30.519801 29.3578 87.18406 10 H 30.727039 29.7313 88.19694 40 H 31.358628 29.6866 86.55652 H 24.164848 25.4701 87.0839 18 24 19 C 27.470497 26.7617 86.12817 C 24.500748 26.3934 86.5705 35 58 78 H 29.205518 30.9958 86.47633 48 H 24.862844 26.1130 85.5666 61 16 H 28.970684 25.1761 86.6062 12 86 H 23.611018 27.0348 86.4384 76 04 O 25.497083 27.0569 87.2893 78 51 ===TS1 (NC1 simplified, QM) H 25.599424 28.5034 86.7604 55 12 === S 30.448390 27.4145 87.3447 35 30 N 27.760217 28.0119 87.1730 22 26 C 27.989289 29.2656 86.6544 43 81 O 27.037454 26.5711 85.3354 52 39 C 26.785774 29.9926 86.0876 21 85 O 26.908514 31.0656 85.5143 25 37 O 25.600784 29.4381 86.2968 37 08 C 28.683127 27.2546 87.9644 30 04 H 28.691960 27.5313 89.0245 32 20 H H O H S N C O C O O C H C 24.312914 26.5069 19 23.297206 27.4925 24 25.323419 27.3744 59 25.547935 28.1618 09 30.657986 27.5063 93 28.001950 27.9060 39 28.072123 29.2765 60 26.736884 26.5627 67 26.771737 30.0319 48 26.928837 31.1360 45 25.706161 29.4511 28 28.881633 27.1893 41 28.702271 27.4279 72 29.225193 29.9249 76 86.4841 78 87.5643 67 88.0970 61 87.5236 31 87.2049 99 86.7147 55 86.4270 20 85.1912 13 86.0458 04 85.4963 21 86.4024 03 87.6142 26 88.6660 30 86.6648 39 C H H 27.151085 26.7840 25 29.244353 30.9087 53 28.583668 25.1741 02 86.5368 62 86.3836 00 87.1170 ... tài “ Nghiên cứu chế phản ứng số kháng sinh β- lactam enzym PBP2a phương pháp Hóa tin? ?? nhằm đến có đóng góp vào việc giải vấn đề nan giải nói trên, tức nghiên cứu lý giải chế kháng sinh β- lactam. .. NGUYỄN HỌA MI NGHIÊN C U CƠ CHẾ PHẢN NG GIỮA MỘT SỐ KHÁNG SINH β- LACTAM VÀ PBP2a BẰNG CÁC PHƯƠNG PHÁP HĨA TIN Chun ngành: Hóa lí thuyết Hóa lí Mã số: 62 44 31 01 U N ÁN TIẾN S HÓA HỌC NGƯỜI HƯỚNG... chế kháng β- lactam MRSA bật nên giả thiết kháng β- lactam MRSA sau: Cơ chế thứ nhất34,108 việc sản sinh enzym β- lactamase có khả thủy phân β- lactam Theo chế đề xuất phổ biến việc kháng kháng sinh