Nghiên cứu xác định một số căn nguyên vi rút gây hội chứng phát ban tại tỉnh bắc giang

TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Nghiên cứu xác định số nguyên vi rút gây hội chứng phát ban tỉnh Bắc Giang NGUYỄN THỊ MAI DUYÊN Ngành Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: GS.TS Nguyễn Văn Cách Viện: Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm TS Đỗ Phương Loan Viện: Vệ sinh Dịch tễ Trung ương HÀ NỘI, 2021 TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Nghiên cứu xác định số nguyên vi rút gây hội chứng phát ban tỉnh Bắc Giang NGUYỄN THỊ MAI DUYÊN Duyen.NTMCB190009@sis.hust.edu.vn Ngành Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: GS.TS Nguyễn Văn Cách Viện: Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm TS Đỗ Phương Loan Viện: Chữ ký GVHD Chữ ký GVHD Vệ sinh Dịch tễ Trung ương HÀ NỘI, 2021 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc BẢN XÁC NHẬN CHỈNH SỬA LUẬN VĂN THẠC SỸ Họ tên tác giả luận văn: Nguyễn Thị Mai Duyên Đề tài luận văn: Nghiên cứu xác định số nguyên vi rút gây hội chứng phát ban tỉnh Bắc Giang Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số SV: CB190009 Tác giả, Người hướng dẫn khoa học Hội đồng chấm luận văn xác nhận tác giả sửa chữa, bổ sung luận văn theo biên họp Hội đồng ngày 28 tháng 05 năm 2021 với nội dung sau: Bổ sung trích dẫn hình ảnh sử dụng phần tổng quan Cụ thể hóa phương pháp sử dụng nghiên cứu, bổ sung thuật toán tin sinh sử dụng để xây dựng phát sinh Chỉnh sửa tài liệu tham khảo theo định dạng chung Ngày tháng năm 2021 Giáo viên hướng dẫn Giáo viên hướng dẫn phụ Tác giả luận văn GS.TS Nguyễn Văn Cách TS Đỗ Phương Loan Nguyễn Thị Mai Duyên CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG PGS.TS Tô Kim Anh LỜI CẢM ƠN Em xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới GS.TS Nguyễn Văn Cách, TS Đỗ Phương Loan hướng dẫn tận tình, giúp đỡ chia sẻ khó khăn em suốt trình học tập nghiên cứu để thực luận văn Thầy, cô sát định hướng cho em từ ngày đầu làm luận văn Sự hướng dẫn tận tình kiến thức q báu thầy, đóng vai trị vơ quan trọng q trình học tập, nghiên cứu khoa học để em hoàn thành luận văn Em xin trân trọng cảm ơn ThS Triệu Thị Thanh Vân - phịng thí nghiệm Virus hơ hấp - Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ương ln tận tình quan tâm, hướng dẫn, tạo điều kiện mặt trình thực luận văn Em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới Ban Giám Hiệu, phòng Đào tạo Sau đại học, phòng ban chức năng, thầy cô giáo Trường đại học Bách Khoa Hà Nội dạy bảo, giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho em suốt trình học tập trình thực luận văn Lời cuối cùng, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến người thân gia đình bạn bè ln khích lệ, động viên chỗ dựa tinh thần giúp em hồn thành luận văn cách tốt Hà Nội, ngày tháng Học viên năm 2021 Nguyễn Thị Mai Duyên TÓM TẮT LUẬN VĂN THẠC SĨ Nghiên cứu phát tác nhân vi rút gây sốt phát ban giới cho thấy ngồi tác nhân sởi rubella vi rút parvo B19, Herpes 6/7, vi rút đường ruột Adeno có vai trị quan trọng gây hội chứng sốt phát ban Tại Bắc Giang, hệ thống giám sát sốt phát ban thực xét nghiệm với nguyên sởi, nguyên vi rút khác gây sốt phát ban chưa xác định Vì chúng tơi tiến hành đề tài “Nghiên cứu xác định số nguyên vi rút gây hội chứng phát ban tỉnh Bắc Giang”, giai đoạn 2013-2019 với mục tiêu cụ thể sau: - Xác định vai trò gây bệnh số nguyên vi rút gây sốt phát ban tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 - Phân tích đặc điểm dịch tễ sinh học phân tử số vi rút gây hội chứng sốt phát ban tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 Phương pháp nghiên cứu: Phương pháp nghiên cứu hồi cứu (2013-2018), tiến cứu (2019) kết hợp với thực nghiệm phịng thí nghiệm Kết quả: Trong tổng số 555 ca sốt phát ban, 73,69% (409 ca) xác định tác nhân vi rút: sởi (47,03%); vi rút đường ruột (13,33%); Parvo B19 (9,37%); HHV-6/7 (4,86%); Rubella (4,50%); Adeno 2,34% Có hai vụ dịch sởi xảy với số ca mắc 117 (2014) 144 (2018-2019) Hai vụ dịch gây hai chủng vi rút có kiểu gen khác H1 D8 Có vụ dịch rubella năm 2016 vi rút có kiểu gen 2B Sốt phát ban vi rút Parvo B19 thuộc kiểu gen 1A-1 Sốt phát ban vi rút Adeno thuộc typ huyết typ 57 Sốt phát ban vi rút đường ruột có đa dạng mặt di truyền, lưu hành lúc typ huyết thanh: CA9, E18, CA6, E9 Sốt phát ban HHV 6/7 Bắc Giang vi rút HHV6 typ B HHV7 gây Đây nghiên cứu Việt Nam xác định vai trò gây bệnh nguyên vi rút gây hội chứng sốt phát ban Kết nghiên cứu góp phần cơng bố làm phong phú thêm liệu gen quốc tế số loại vi rút adeno, HHV6/7 HỌC VIÊN Nguyễn Thị Mai Duyên MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ TỔNG QUAN TÀI LIỆU Đại cương hội chứng sốt phát ban Đặc điểm lâm sàng sốt phát ban Các tác nhân gây hội chứng sốt phát ban Tình hình nghiên cứu HCSPB Tình hình nghiên cứu HCSPB giới Tình hình nghiên cứu HCSPB Việt Nam Tình hình nghiên cứu HCSPB Bắc Giang Đặc điểm số vi rút thường gặp gây HCSPB Vi rút sởi Vi rút Rubella 14 Vi rút Parvo B19 17 Vi rút Adeno 19 Vi rút đường ruột 21 Vi rút Herpes 25 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 28 Đối tượng nghiên cứu 28 Thời gian địa điểm nghiên cứu 28 Tiêu chuẩn lựa chọn loại trừ đối tượng nghiên cứu 28 Tiêu chuẩn chọn lựa 28 Tiêu chuẩn loại trừ 28 Thiết kế nghiên cứu 29 Phương pháp nghiên cứu 29 Vật liệu trang thiết bị 30 Các kỹ thuật 33 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 50 Mục tiêu 1: Xác định số nguyên vi rút gây hội chứng sốt phát ban tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 50 Tổng quan tình hình Hội chứng sốt phát ban Bắc Giang, 20132019……………………………………………………………………… 50 i Một số nguyên vi rút gây HCSPB tỉnh Bắc Giang, 20132019……………………………………………………………………… 52 Mục tiêu 2: Phân tích đặc điểm dịch tễ sinh học phân tử số vi rút gây sốt phát ban tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 55 Một số đặc điểm dịch tễ sinh học phân tử ca mắc HCSPB vi rút sởi 55 Một số đặc điểm dịch tễ sinh học phân tử ca mắc HCSPB vi rút rubella .62 Một số đặc điểm dịch tễ sinh học phân tử ca mắc HCSPB vi rút Parvo B19 68 Một số đặc điểm dịch tễ sinh học phân tử ca mắc HCSPB vi rút đường ruột .73 Một số đặc điểm dịch tễ sinh học phân tử ca mắc HCSPB vi rút Adeno 82 Một số đặc điểm dịch tễ sinh học phân tử ca mắc HCSPB vi rút HHV6/7 87 KẾT LUẬN 92 TÀI LIỆU THAM KHẢO 95 PHỤ LỤC 105 ii CÁC CHỮ VIẾT TẮT aa Axit amin DNA Deoxyribonucleic acid RNA Ribonucleic acid CRS Congenital rubella syndrome ELISA Enzyme Linked Immunorbent assay EV Enterovirus MAC-ELISA IgM Antibody Capture ELISA cDNA Complement DNA Nt Nucleotide PTN Phịng thí nghiệm AdV Adenovirus SPB Sốt phát ban HCSPB Hội chứng sốt phát ban QĐ Quyết định RT PCR Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction rRT-PCR Realtime Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction SHPT Sinh học phân tử WHO Tổ chức Y tế Thế giới VSDTTƯ Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương NCBI National Center for Biotechnology Information iii DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1 Hình ảnh dạng ban đỏ [4] Hình 1.2 Vị trí phát ban [5] Hình 1.3 Nốt Koplik mọc niêm mạc miệng niêm mạc môi [6] Hình 1.4 Sơ đồ cấu trúc hạt vi rút sởi [18] Hình 1.5 Phân bố kiểu gen vi rút sởi giới 2019 10 Hình 1.6 Tình hình bệnh sởi Việt Nam 2006-2019 12 Hình 1.7 Cấu trúc vi rút Rubella [28] 14 Hình 1.8 Phân bố kiểu gen vi rút Rubella giới 2019 15 Hình 1.9 Cấu trúc vi rút Parvo B19 [33] 17 Hình 1.10 Cấu trúc vi rút Adeno [40] 19 Hình 1.11 Cấu trúc vi rút đường ruột [19] 22 Hình 1.12 Cấu trúc vi rút Herpes 6/7 26 Hình 2.1 Sơ đồ thiết kế nghiên cứu chung 29 Hình 2.2 Sơ đồ thiết kế nghiên cứu loại mẫu bệnh phẩm 30 Hình 2.3 Sơ đồ nguyên lý kỹ thuật miễn dịch gắn enzyme 33 Hình 3.1 Số ca mắc HCSPB vi rút phân bố theo huyện Bắc Giang, 51 Hình 3.2 Số mẫu dương tính theo kỹ thuật chẩn đốn vi rút gây HCSPB Bắc Giang năm 2019 55 Hình 3.3 Bản đồ phân bố ca mắc HCSPB vi rút sởi theo huyện tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 56 Hình 3.4 Phân bố ca mắc sởi theo nhóm tuổi, tiền sử tiêm phịng vắc xin sởi tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 57 Hình 3.5 Phân bố ca mắc sởi theo tháng tỉnh Bắc Giang, 58 Hình 3.6 Cây di truyền chủng vi rút sởi Bắc Giang, 2013-2019 60 Hình 3.7 Bản đồ phân bố ca mắc HCSPB vi rút rubella theo huyện tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 63 Hình 3.8 Phân bố ca mắc HCSPB vi rút rubella theo giới nhóm tuổi tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 64 Hình 3.9 Phân bố ca mắc HCSPB vi rút Rubella theo tháng tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 65 Hình 3.10 Cây di truyền chủng rubella lưu hành Bắc Giang 66 Hình 3.11 Bản đồ phân bố ca mắc HCSPB vi rút Parvo B19 theo huyện tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 69 Hình 3.12 Phân bố ca mắc Parvo B19 theo nhóm tuổi tỉnh Bắc Giang, 20132019 70 iv Hình 3.13 Phân bố ca mắc HCSPB vi rút Parvo B19 theo tháng tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 70 Hình 3.14 Cây di truyền chủng PVB19 phát Bắc Giang năm 2019 so với chủng chuẩn PVB19 Ngân hàng gen Chấm tròn đen chủng phát Bắc Giang 71 Hình 3.15 Bản đồ phân bố ca mắc HCSPB vi rút đường ruột theo huyện tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 74 Hình 3.16 Phân bố ca mắc VRĐR theo nhóm tuổi tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 74 Hình 3.17 Phân bố ca mắc HCSPB VRĐR theo tháng tỉnh Bắc Giang, 20132019 75 Hình 3.18 Cây di truyền chủng CA6 chủng lưu hành Bắc Giang với chủng khác giới Các chủng lưu hành Bắc Giang đánh dấu tròn đen 77 Hình 3.19 Cây di truyền chủng CA9 chủng lưu hành Bắc Giang với chủng khác giới Các chủng lưu hành Bắc Giang đánh dấu tròn đen 78 Hình 3.20 Cây di truyền chủng E18 chủng lưu hành Bắc Giang với chủng khác giới Các chủng lưu hành Bắc Giang đánh dấu tròn đen 79 Hình 3.21 Cây di truyền chủng E9 chủng lưu hành Bắc Giang với chủng khác giới Các chủng lưu hành Bắc Giang đánh dấu tròn đen 81 Hình 3.22 Bản đồ phân bố ca mắc HCSPB vi rút Adeno theo huyện tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 83 Hình 3.23 Phân bố ca mắc HCSPB vi rút Adeno theo nhóm tuổi tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 84 Hình 3.24 Phân bố ca mắc HCSPB vi rút Adeno theo tháng tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 84 Hình 3.25 Cây phả hệ chủng vi rút Adeno phát Bắc Giang năm 2019 85 Hình 3.26 Bản đồ phân bố ca mắc HCSPB vi rút HHV6/7 theo huyện tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 88 Hình 3.27 Phân bố ca mắc HCSPB vi rút HHV6/7 theo nhóm tuổi tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 88 Hình 3.28 Phân bố ca mắc HCSPB vi rút HHV6/7 theo tháng tỉnh Bắc Giang, 2013-2019 89 Hình 3.29 Cây phả hệ chủng vi rút HHV-6, HHV-7 phát Bắc Giang, 2013-2019 Các chủng Bắc Giang đánh dấu tròn đen 90 v 3–6, 2012 [68] M Verma, S Kulshrestha, and A Puri, “Genome Sequencing.,” Methods Mol Biol., vol 1525, pp 3–33, 2017, doi: 10.1007/978-1-4939-6622-6_1 [69] K Tamura, G Stecher, D Peterson, A Filipski, and S Kumar, “MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0,” Mol Biol Evol., vol 30, no 12, pp 2725–2729, 2013, doi: 10.1093/molbev/mst197 [70] N Thị, T Yến, T Thị, L Anh, P V Khang, and P Q Thái, “ĐẶC ĐIỂM LAN TRUYỀN VÀ PHÂN BỐ CA BỆNH TRONG VỤ DỊCH SỞI KHU VỰC MIỀN BẮC VIỆT NAM , 2013-2014,” vol 8, no 168, pp 2013–2014, 2015 [71] P C H Phan Trọng Lân, Nguyễn Vũ Thượng, Hồ Vĩnh Thắng and H X N P V H Võ Ngọc Quang, Nguyễn Thị Phương Lan, Hoàng Anh Thắng, Vũ Thị Quế Hương, Nguyễn Thanh Long, Hoàng Quốc Cường, “Đặc điểm dịch tễ vụ dịch sởi khu vực phía Nam Việt Nam,2013- 2014,” vol 3, no 24, 2014 [72] B Y Tế, “Báo cáo tổng kết Tiêm chủng mở rộng 2013,” 2014 [73] B Y Tế, “Báo cáo tổng kết tiêm chủng mở rộng 2019,” 2020 [74] L Phuong, T Thi, T Van, D Thi, M Nguyen, and P Van Khang, “Epidemiological and molecular characteristics of a measles outbreak in,” J Clin Virol., vol 139, no December 2020, p 104840, 2021, doi: 10.1016/j.jcv.2021.104840 [75] Đ Đ A Đặng Thị Thanh Huyền, Dương Thị Hồng, Bùi Huy Phương, “Đánh giá tình trạng kháng thể IgG kháng sởi trẻ từ 2-9 tháng tuổi huyện Tứ Kỳ, tỉnh Hải Dương,” Tạp chí y học dự phòng, vol 6, no 179, 2016 [76] T T H O Trịnh Quang Trí, Phạm Văn Lào, Mai Thị Phước Loan, Nguyễn Hữu Huyên, Trần Thiện Thuần, “Đánh giá tình trạng tồn lưu kháng thể IgG kháng sởi trẻ từ 3-9 tháng tuổi Đắk Lắk năm 2018,” Tạp chí y học dự phịng, vol 29, no 3, 2019 102 [77] World Health Organization, “Measles- Rubella bulletin,” 2015 [78] D T Hong et al., “Immunogenicity of the AIK-C measles vaccine in infants aged