Một số căn nguyên vi rút gây hội chứng viêm não cấp tại tỉnh bắc giang, 2004 2017

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - DƯƠNG THỊ HIỂN MỘT SỐ CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO CẤP TẠI TỈNH BẮC GIANG, 2004 - 2017 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC HÀ NỘI - 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - DƯƠNG THỊ HIỂN MỘT SỐ CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO CẤP TẠI TỈNH BẮC GIANG, 2004 - 2017 Chuyên ngành: Vi sinh y học Mã số: 62 72 01 15 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học : GS.TS PHAN THỊ NGÀ TS VIÊN QUANG MAI HÀ NỘI - 2020 LỜI CẢM ƠN Với lịng kính trọng biết ơn sâu sắc, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới: GS.TS Phan Thị Ngà, Nguyên trưởng Khoa Đào tạo Quản lý Khoa học Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương TS Viên Quang Mai, nguyên Viện trưởng Viện Pasteur Nha Trang, người thầy tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, động viên, khuyến khích tơi suốt q trình xây dựng đề cương, thu thập số liệu, viết báo cáo hoàn thiện luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới Ban lãnh đạo Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; Khoa Vi rút, Trung tâm Đào tạo Quản lý khoa học Viện Vệ sinh Dịch Tễ Trung ương; Phịng thí nghiệm Nagasaki -NIHE friendship; TS Đỗ Phương Loan, thầy chương trình đào t ạo Nghiên cứu sinh tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ tơi suốt q trình học tập hồn thiện luận án Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc Ban lãnh đạo Sở Y tế Bắc Giang; Bác sỹ CKII Đặng Thanh Minh, Ban lãnh đạo Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Bắc Giang; Tập thể cán Khoa Xét nghiệm, Khoa Kiểm soát bệnh truyền nhiễm Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Bắc Giang hỗ trợ, giúp đỡ q trình thu thập số liệu, ln tạo điều kiện tốt suốt q trình nghiên cứu, hồn thiện luận án Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Bệnh Viện Đa khoa tỉnh Bắc Giang, Bệnh viện Đa khoa Khu vực Lục Ngạn, Bệnh viện Sản Nhi Bắc Giang hỗ trợ tơi q trình nghiên cứu, thu thập số liệu cho luận án Tôi xin cảm tạ tình cảm vơ bờ bố mẹ, người thân gia đình, bạn bè, đồng nghiệp giúp đỡ động viên ngày tháng học tập nghiên cứu Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Dương Thị Hiển LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu với hợp tác đồng nghiệp đồng ý cho công bố luận án Kết nghiên cứu luận án trung thực chưa công bố công trình khác Tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm lời cam đoan Tác giả luận án Dương Thị Hiển M CL C Đ TV NĐ CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 MỘT SỐ Đ C ĐIỂM CHUNG V HỘI CHỨNG VIÊM NÃO C P 1.1.1 Một số khái niệm 1.1.2 Tình hình hội chứng viêm não cấp 1.1.3 Căn nguyên gây hội chứng viêm não cấp 1.1.4 Căn nguyên vi rút gây hội chứng viêm não cấp 1.2 Đ C ĐIỂM MỘT SỐ VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO C P 1.2.1 Vi rút viêm não Nhật Bản 1.2.1.1 Đặc điểm cấu trúc 1.2.1.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 10 1.2.1.3 Đặc điểm dịch tễ 11 1.2.1.4 Đặc điểm lâm sàng 12 1.2.1.5 Đặc điểm phân tử 13 1.2.1.6 Chẩn đốn 15 1.2.1.7 Phịng điều trị 15 1.2.2 Vi rút Banna 16 1.2.2.1 Đặc điểm cấu trúc 16 1.2.2.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 17 1.2.2.3 Đặc điểm dịch tễ 18 1.2.2.4 Đặc điểm lâm sàng 18 1.2.2.5 Đặc điểm phân tử 19 1.2.2.6 Chẩn đốn 20 ii 1.2.2.7 Phịng điều trị 20 1.2.3 Vi rút Nam Định 21 1.2.3.1 Đặc điểm cấu trúc 21 1.2.3.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 22 1.2.3.3 Đặc điểm dịch tễ 22 1.2.3.4 Đặc điểm lâm sàng 22 1.2.3.5 Đặc điểm phân tử 22 1.2.3.6 Chẩn đốn 23 1.2.3.7 Phịng điều trị 23 1.2.4 Vi rút đường ruột 24 1.2.4.1 Đặc điểm cấu trúc 24 1.2.4.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 25 1.2.4.3 Đặc điểm dịch tễ 25 1.2.4.4 Đặc điểm lâm sàng 25 1.2.4.5 Đặc điểm phân tử 25 1.2.4.6 Chẩn đoán 28 1.2.4.7 Phòng điều trị 28 1.2.5 Vi rút Herpes 29 1.2.5.1 Đặc điểm cấu trúc 29 1.2.5.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 29 1.2.5.3 Đặc điểm dịch tễ 30 1.2.5.4 Đặc điểm lâm sàng 31 1.2.5.5 Đặc điểm phân tử 31 1.2.5.6 Chẩn đốn 33 1.2.5.7 Phịng điều trị 34 iii 1.3 PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN VÀ NGHIÊN CỨU PHÂN TỬ VI 34 RÚT 1.3.1 Phương pháp chẩn đoán 34 1.3.1.1 Phương pháp phân lập vi rút 35 1.3.1.2 Phương pháp miễn dịch Enzyme phát IgM 36 1.3.1.3 Phương pháp PCr/Rt-PCR 37 1.3.2 Phương pháp nghiên cứu phân tử vi rút 38 1.3.2.1 Giải trình tự nucleotid thê hệ thứ (Phương pháp Sanger) 39 1.3.2.2 Phương pháp giải trình tự gen hệ thứ hai (NGS) 39 1.3.2.3 Những ứng dụng kỹ thuật giải trình tự nucleotid 40 1.3.3 Phần mềm tin y sinh học 40 CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 42 2.1 Đối tượng nghiên cứu 42 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 42 2.1.2 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 42 2.1.3 Tiêu chuẩn lựa chọn loại trừ đối tượng nghiên cứu 42 2.1.3.1 Tiêu chuẩn lựa chọn 42 2.1.3.2 Tiêu chuẩn loại trừ 43 2.2 Thời gian, địa điểm nghiên cứu 43 2.3 Phương pháp nghiên cứu 44 2.4 Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 45 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu 45 2.4.2 Biến số nghiên cứu 45 2.4.3 Phương pháp thu thập số liệu 46 2.4.3.1 Lựa chọn bệnh nhân có chẩn đốn lâm sàng HCVNC nghi vi rút 46 iv 2.4.3.2 Lấy mẫu xét nghiệm 46 2.4.3.3 Tiêu chuẩn xác định ca bệnh vi rút 46 2.4.3.4 Vật liệu, trang thiết bị, hóa chất sử dụng cho nghiên cứu 47 2.4.3.5 Kỹ thuật xét nghiệm 48 2.5 Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 51 2.5.1 Thiết kế nghiên cứu 51 2.5.2 Các biến số nghiên cứu 53 2.5.3 Phương pháp thu thập số liệu 53 2.5.3.1 Vật liệu, trang thiết bị, hóa chất sử dụng cho nghiên cứu 53 2.5.3.2 Kỹ thuật ELISA-NS1 VNNB 54 2.5.3.3 Kỹ thuật nuôi cấy phân lập vi rút VNNB 55 2.5.3.4 Kỹ thuật nuôi cấy phân lập vi rút đường ruột 58 2.6 Các biện pháp hạn chế sai số 59 2.7 Phương pháp xử lý số liệu 60 2.8 Đạo đức nghiên cứu 60 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 Xác định số nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột, vi rút Herpes 61 gây hội chứng viêm não cấp Bắc Giang, 2004-2017 3.1.1 Chẩn đoán xác định nguyên vi rút gây HCVNC 61 3.1.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút 65 3.1.2.1 Một số đặc điểm HCVNC vi rút đường ruột 65 3.1.2.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút viêm não Nhật Bản 70 3.1.2.3 Một số đặc điểm HCVNC vi rút Banna 77 3.1.2.4 Một số đặc điểm HCVNC vi rút Nam Định 82 3.1.2.5 Một số đặc điểm HCVNC vi rút xác định 86 v 3.2 Một số đặc điểm phân tử vi rút VNNB, VRĐR gây HCVNC Bắc 88 Giang, 2004-2017 3.2.1 Một số đặc điểm phân tử vi rút VNNB 88 3.2.2 Một số đặc điểm sinh học phân tử vi rút đường ruột 95 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 4.1 Xác định số nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột, vi rút Herpes 99 gây hội chứng viêm não cấp Bắc Giang, 2004-2017 4.1.1 Chẩn đoán xác định nguyên vi rút gây HCVNC 99 4.1.1.1 Một số đặc điểm HCVNC 99 4.1.1.2 Chẩn đoán xác định nguyên vi rút gây HCVNC 101 4.1.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút 103 4.1.2.1 Một số đặc điểm HCVNC vi rút đường ruột 103 4.1.2.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút viêm não Nhật Bản 107 4.1.2.3 Một số đặc điểm HCVNC vi rút Banna 114 4.1.2.4 Một số đặc điểm HCVNC vi rút Nam Định 117 4.1.2.5 Một số đặc điểm HCVNC vi rút xác định 119 4.2 Một số đặc điểm phân tử vi rút VNNB, VRĐR gây HCVNC Bắc 122 Giang, 2004-2017 4.2.1 Một số đặc điểm sinh học phân tử vi rút VNNB 122 4.2.2 Đặc điểm sinh học phân tử vi rút đường ruột 129 4.3 Ưu điểm hạn chế nghiên cứu 132 KẾT LUẬN 134 KIẾN NGHỊ 136 CÁC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC vi CÁC CH VIẾT TẮT TỪ VIẾT TẮT Arbo ADN ARN TỪ TIẾNG ANH Arthropodborne Deoxyribonucleic acid Ribonucleic acid TỪ- NGHĨA TIẾNG VIỆT Mang côn trùng tiết túc Axit Deoxyribonuclêic Axit ribonucleic BAV cDNA dNTP Banna virus Complement DNA Deoxynucleotide triphosphate Vi rút Banna ADN bổ sung ddNTP Dideoxynucleotide triphosphate DNT Cerebrospinal fluid Dịch não tủy ELISA G Enzyme Linked Immunorbent assay Genotype Thử nghiệm miễn dịch gắn enzyme Kiểu gen HCVNC HSV HT KN KT AES Herpes simplex virus - Hội chứng viêm não cấp Vi rút Hec-pec Huyết Kháng nguyên Kháng thể MAC-ELISA MEM NDiV OD PBS P RT-PCR IgM Antibody Capture ELISA Minium Essential Medium Nidovirus Opital density Phosphate Buffer Saline Probability Reverse transcriptaze polymerase chain reaction Tris- Acetate – EDTA Kỹ thuật ELISA tóm bắt IgM Mơi trường thiết yếu Vi rút Nam Định Mật độ quang học Đệm muối phốt phát Xác suất Phản ứng chuỗi phiên mã ngược Japanese Encephalitis Virus Viêm não Nhật Bản Enterovirus World Health Organization Vi rút đường ruột Tổ chức Y tế Thế giới TAE VNNB VRĐR WHO 3.2 Hóa chất, sinh phẩm - Biotinylated Mab (anti-NS1 3E10) - Streptavidin, Peroxidase conjugated (Sigma Lot No S2438) - Dung dịch phủ pH 9,6 - Dung dịch đệm PBS - Dung dịch BSA 3% để block - Dung dịch rửa nhựa có 0,05% Tween 20 - Đệm chất TMB - Dung dich dừng phản ứng H2SO4.4N - Các sinh phẩm hóa chất cần thiết Thực kỹ thuật 4.1 Gắn - Pha kháng thể đơn dòng dung dịch phủ để với hàm lượng 2,5g/ml, cho vào giếng nhựa 100l, để qua đêm 40C - Loại bỏ dung dịch phủ lần dung dịch PBS - Block giếng nhựa BSA 3%, cho 100l/giếng - Loại bỏ dung dịch block lần dung dịch PBS 4.2 Cho mẫu kiểm tra mẫu chứng - Cho mẫu kháng nguyên chuẩn NS1 pha hiệu giá xác định đệm PBS có BSA 1% - Các mẫu xét nghiệm pha theo cơng thức sau: Huyết pha lỗng 1/10, dịch não tủy pha ½ - Ủ 370C/1 - Loại bỏ mẫu kháng nguyên chuẩn mẫu xét nghiệm dung dịch PBST lần 4.3 Cho biotinylated 3E 10 - Pha biotinylated 3E 10 dung dịch đệm PBS có BSA 1% để có hàm lượng 0,4g/ml - Cho 100l/giếng, ủ 370C/1 - Loại bỏ biotinylated 3E 10 rửa lần dung dịch PBS-T 4.4 Cho tiếp xúc với cộng hợp - Pha cộng hợp Streptavidin nồng độ 0,2g/ml; Cho 100l/giếng, ủ 370C/1 - Loại bỏ cộng hợp Streptavidin rửa lần dung dịch PBS-T 4.5 Cho chất Cho vào giếng 100l dung dịch chất TMB Để tránh ánh sáng nhiệt độ phòng 30 phút 4.6 Dừng phản ứng Cho 100l dung dịch dừng phản ứng H2SO4.4N tất giếng Đọc bước sóng kép 450nm/630nm Nhận định kết 5.1 Tính giá trị OD trung bình cut-off (CO) Giá trị CO = giá trị trung bình giếng mẫu chứng dương 5.2 Tính tỷ số mẫu Giá trị tỷ số mẫu = OD mẫu/CO Tỷ số mẫu Kết Giải thích Tỷ số < 0,5 Âm tính Khơng có kháng ngun NS1 0,5 < Tỷ số < Nghi ngờ Nghi ngờ có kháng nguyên NS1 Tỷ số  Dương tính Có kháng ngun NS1 Ghi chú: Có thể có mẫu dương tính có giá trị OD cao, vượt qua ngưỡng đọc máy ELISA Đề phòng - Đi găng tay tiếp xúc với huyết dịch não tủy - Rửa tay sau bước thực phản ứng sau kết thúc - Dung dịch dừng phản ứng: H2SO4.4N chất gây bỏng nặng Nếu bị bắn vào mắt, dùng nước dội rửa Không cho nước vào dung dịch Phụ lục Quy trình xác định kiểu gen vi rút viêm não Nhật Bản kỹ thuật giải trình tự Nguyên lý Kỹ thuật giải trình tự gen theo phương pháp Sanger dựa việc sử dụng dideoxynucleotides (ddNTP) bên cạnh nucleotide bình thường Dideoxynucleotides mặt cấu tạo giống nucleotide ngoại trừ có chứa nhóm hydrogen đầu Carbon 3’ thay nhóm hydroxyl (OH) Khi ddNTPs gắn vào đoạn gen, khơng cho nucleotide gắn vào tiếp sau cầu nối phosphodiester khơng thể hình thành ddNTP dNTP Do chuỗi DNA khơng kéo dài Kết phản ứng PCR giải trình tự gen đoạn DNA khuyếch đại có chiều dài khác Sau chạy điện di, đoạn DNA có chiều dài khác phân tách nhận diện máy giải trình tự Với mục đích xác định kiểu gen vi rút Viêm não Nhật Bản, toàn vùng gen E chọn để giải trình tự Nguyên vật liệu, trang thiết bị 2.1 Dụng cụ tiêu hao - Tấm 96 giếng 0.2ml dùng cho máy giải trình tự - Pippet: 5; 10; 20; 100; 200 1000 l - Đầu côn lọc: 10; 30; 100; 200 1000 l - Tuýp tiệt trùng: 0.2; 0.5 1.7 ml - Giá tích lạnh - Găng tay 2.2 Trang thiết bị - Pipet, Máy lắc, Máy luân nhiệt, Máy ly tâm, Tủ an tồn, Tủ lạnh - Máy giải trình tự gen ABI 2.3 Sinh phẩm - Nước khử ion khơng có nuclease - ExoSAP-IT™ PCR Product Cleanup Reagent: sinh phẩm dùng tinh sản phẩm PCR - BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit: Sinh phẩm cho phản ứng PCR giải trình tự gen + BigDye® Terminator v3.1 Ready Reaction Mix + 5X Sequencing Buffer - BigDye XTerminator® Purification Kit: sinh phẩm dùng tinh sản phẩm phản ứng Cycle Sequence + Dung dịch XTerminator™ + Dung dịch SAM™ - Bộ mồi cho phản ứng PCR giải trình tự gen vi rút Tên mồi Trình tự nucleotide (5’ – 3’) Vị trí JE- EF TGYTGGTCGCTCCGGCTTA 955-973 JE- ER AAGATGCCACTTCCACAYCTC 2516-2536 390 F GGCAGAAAGCAAAACAAAAG 390-410 939F CGCGATCAGTAAAGCCTTGT 939 -959 1273F AACGCTTCAGTGTTCAGTCC 1273-1293 1769F TGGCCTGATGTTAACTTCAC 1769-1789 1986R TAGCGCTGCTAGTCTCTGAG 1966-1986 2122R TGAAGACCCCTCCAATAGAG 2102-2122 2426R TCACAAACCACCACGGAAGT 2406-2426 Các bước tiến hành 3.1 Quy trình pha dung dịch/hóa chất/sinh phẩm 3.1.1 Chuẩn bị sinh phẩm cho phản ứng tinh sản phẩm PCR - ExoSAP-IT™ pha loãng với nước tinh theo tỉ lệ 1:7 cho đủ với lần sử dụng Khơng dùng lại pha lỗng nhiều mức cần sử dụng enzyme có ExoSAP-IT™ dễ bị bất hoạt Thành phần pha sinh phẩm Thành phần STT Thể tích (ul)/ phản ứng ExoSAP-IT™ 2.0 DNA mẫu 5.0 Tổng 7.0 3.1.2 Pha sinh phẩm cho phản ứng Cycle Sequence - Chuẩn bị sinh phẩm thực theo hướng dẫn sinh phẩm BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit Hỗn hợp phản ứng Cycle Sequence Thành phần STT Nồng độ Thể tích (ul) gốc NF water 5x Buffer Big Dye v3.1 Mồi xuôi ngược Tổng 6.3 5x 2.0 0.5 10 uM 0.2 9.0 3.1.3 Pha sinh phẩm cho phản ứng tinh sản phẩm Cycle Sequence - Chuẩn bị sinh phẩm thực theo hướng dẫn sinh phẩm BigDye XTerminator® Purification Kit Hỗn hợp phản ứng tinh sản phẩm Cycle Sequence Thành phần Thể tích(µl)/1 pư Dung dịch SAM™ 23.0 Dung dịch XTerminator™ 5.0 Tổng 28.0 3.2 Quy trình tinh sản phẩm PCR 3.2.1 Cài đặt thiết bị Nhiệt độ (oC) Thời gian 37 30:00 80 15:00  Chu kỳ lặp Tên chương trình ExoSap 3.2.2 Tra mẫu chạy máy - Cho µl sản phẩm DNA mẫu (đã khuyếch đại mồi JE-ER JE-EF vào hỗn hợp sinh phẩm chuẩn bị cho phản ứng tinh PCR - Đặt tuýp vào máy, khởi động kiểm tra chương trình trước chạy máy luân nhiệt cổ điển theo yêu cầu xét nghiệm 3.3 Quy trình chạy phản ứng Cycle Sequence 3.3.1 Cài đặt thiết bị Nhiệt độ (oC) Thời gian 96 5:00 x1 96 0:10 50 0:10  60 4:00  Chu kỳ lặp Tên chương trình Cycle Sequence x 35 3.3.2 Tra mẫu chạy máy - Cho 1µl mẫu DNA tinh vào tube chứa hỗn hợp phản ứng Cycle Sequence, ly tâm nhanh giữ giá tích lạnh Một mẫu có tuýp tương ứng với mồi - Đặt tuýp vào máy, khởi động kiểm tra chương trình trước chạy máy luân nhiệt cổ điển theo yêu cầu xét nghiệm 3.4 Quy trình tinh sản phẩm Cycle Sequence - Cho 10 µl sản phẩm DNA mẫu vào hỗn hợp sinh phẩm chuẩn bị cho phản ứng tinh sản phẩm Cycle Sequence - Đặt tuýp vào máy lắc, lắc 30 phút - Ly tâm 2000 vòng vòng phút 3.5 Quy trình chạy máy giải trình tự gen - Sản phẩm Cycle Sequence sau tinh nhỏ vào 96 giếng sử dụng cho máy giải trình tự - Khi tra mẫu phải nhập mã số mẫu vào sơ đồ vị trí khung 96 giếng Chú ý: Nếu chưa chạy nên giữ điều kiện 4oC tránh ánh sáng - Đặt vào máy, khởi động chương trình theo yêu cầu xét nghiệm Tạo tên tệp lưu giữ liệu Phụ lục 10 Thông tin chủng vi rút VNNB sử dụng để so sánh trình tự vùng gen E xây dựng phát sinh loài Năm Quốc Gia Genotype 10VN56 11VN92 VNHT VNHT 07VN72 02VN78 07VN310 07VN311 02VN34 10 VNKT 11 VNKT 12 02VN22 13 10VN58 14 02VN105 15 01VN88 16 90VN70 17 K95P05 18 94VN141 19 JaNAr0102 2010 2011 2006 2006 2007 2002 2007 2007 2002 2007 2007 2002 2010 2002 2001 1990 1991 1994 2002 20 LN02-102 2002 GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b 21 YN79-Bao83 1979 GI-b Muỗi 22 Ishikawa 23 ThCMAr6793 24 LA H07-05 25 LAH 2079-05 26 LA H06-05 27 LA-H-5330 28 CT-MO-P7 29 VNTN 1994 1992 2005 2005 2005 2005 2005 2008 Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Hàn Quốc Việt Nam Nhật Bản Trung Quốc Trung Quốc Nhật Bản Thái Lan Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Nguồn gốc Muỗi Muỗi Muỗi Muỗi Người Muỗi Muỗi Muỗi Muỗi Muỗi Muỗi Lợn Muỗi Muỗi Lợn Người Muỗi Muỗi Người Người GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b GI-b Muỗi Người Lợn Lợn Lợn Lợn Muỗi Muỗi STT Chủng Số đăng ký Genbank LC000636 LC000637 AB728497 AB728498 LC000634 AY376467 HM228922 HM228923 AY376466 AB728500 AB728499 AY376465 LC000635 AY376468 AY376464 HM228921 U34929 AB933311 AY377577 DQ404085 DQ404128 AB051292 D45363 FJ185154 FJ185155 FJ185153 HQ009265 HQ009266 AB728501 30 KK 1116 31 ThCMAr4492 32 M859 33 K91P55 34 Th2372 35 Th2322 36 FU 37 JKT5441 38 04VN79 39 04VN32 40 03VN89 41 02VN205 42 02VN203 43 04VN75 44 93VN118 45 Nakayama ori 46 Vellore GP78 47 79VN118 48 Beijing-1 49 64VN59 50 64VN60 51 Ha3 52 Naha-Meat54 53 86VN206 54 86VN207 55 K83P44 56 SW GZ 57 GZ-1 58 JE84 59 64VN51 60 89VN49 61 89VN50 Thái Lan Thái Lan Campuchia Hàn Quốc Thái Lan Thái Lan AUS n Độ Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Việt Nam Nhật Bản n Độ Việt Nam Trung 1949 Quốc 1964 Việt Nam 1964 Việt Nam Trung 1960s Quốc 1985 Nhật Bản 1986 Việt Nam 1986 Việt Nam 1983 Hàn Quốc Trung 2004 Quốc Trung 2011 Quốc 1984 Hàn Quốc 1964 Việt Nam 1989 Việt Nam 1989 Việt Nam 2005 1992 1967 1991 1972 1979 1995 1981 2004 2004 2003 2002 2002 2004 1993 1935 1978 1979 GI-b GI GI-a GI-a GI-a GI-a GII GII GIII GIII GIII GIII GIII GIII GIII GIII GIII GIII GIII Người Người Muỗi Người Người Người Người Muỗi Người Người Người Người Người Người Muỗi Người Người Muỗi Người DQ343290 DQ084229 U70410 U34928 D76424 U70401 AF217620 U70406 HQ009264 JF320944 JF320945 JF320946 JF320943 HQ009263 AB933310 U03694 AF080251 U70420 GIII GIII GIII Người Người Người LC000632 LC000631 GIII GIII GIII GIII GIII Người Người Người Người Người DQ355367 AY376460 AY376461 FJ938232 GIII Người GIII GIII GIII GIII Người Người Người Người L48961 JN381872 KF297916 KC915017 GQ415349 LC000633 AY376462 AY376463 Phụ lục 11 Thông tin chủng vi rút đường ruột sử dụng để so sánh trình tự vùng gen VP1 xây dựng phát sinh loài Chủng STT Năm Quốc Gia Nguồn gốc 29511 2007 Nga Người 02VN24 2002 Việt Nam Viêm Số đăng ký Genbank KC090713 màng KC999622 não Zhejiang/28/02 2002 Trung Quốc Người AY695092 PMKA0274 2010 Thái Lan Người KU574634 Zhejiang/28/02 2002 Trung Quốc Người AY695092 CSF2004-C7 2004 Trung Quốc Dịch Não tủy JX129877 Bc97-2601 1997 Trung Quốc Người AF127994 29288-PE 2002 BRA Người HQ152900 1301-93-TW 1993 TWN Người DQ842256 10 CF39/1996 1996 FRA CF AM946173 11 97-05 2005 ITA Người AJ295171 12 Zhejiang/17/2003 2003 Trung Quốc Người DQ246620 13 DS03-ZQ-02 2002 Trung Quốc Người DQ205335 14 4-YN-CHN 2016 Trung Quốc Người LC167441 15 4402/Cheboksar 2013 RUS Người KP261900 16 113B-YN 2010 Trung Quốc Người LC128685 17 C14-GD 2012 Trung Quốc Người KM034786 18 ZJ/LC-26 2013 Trung Quốc Người KP985780 19 CSF11-5 2005 Trung Quốc Người JX129814 20 A073-YN 2014 Trung Quốc Người LC411970 21 4588/PL14 2012 FIN Người KX683352 22 C82/SD 2014 Trung Quốc Người KY048046 23 JNEW100811.19 2010 Trung Quốc Người HQ82994 24 13-1-1/GD 2011 Trung Quốc Người KF487177 25 S25.01.MAR 2001 TUN Người HQ674749 26 CF1619 2000 FRA CF FN691456 27 90974.91 1991 AUS Người FJ868294 28 Anhui05-21 2005 Trung Quốc Người FJ542033 29 2005-29-1 2005 Trung Quốc Người KP266568 30 07071/SD 2007 Trung Quốc Người KJ772461 31 37010407088 2007 Trung Quốc Người JX138496 32 YN 2007 Trung Quốc Người KJ754038 33 Kor08-ecv6-16cn 2008 KOR Người HM048861 34 61252-70738 2008 Trung Quốc Người MF422579 35 N-510 2009 Người JN203683 36 CF2480761-05 2005 Pháp CF AM236919 37 96-85CSF 1996 Trung Quốc Người AF233852 38 20006013 2000 Nhật Bản Người AB166855 39 89096 1996 Nhật Bản Người AB166856 40 2F5 Mỹ Người MF554740 41 033/LS/AM 2008 Trung Quốc Người KF246759 42 AUS250G 2007 AUS Người FJ172447 43 JB14080305 2008 Trung Quốc Người KC867095 44 PMKA0138 2010 Thái Lan Người KU574622 45 ILIHUN13-6 2013 Trung Quốc Người KF512507 46 HB92 2014 Trung Quốc Người KP638484 47 65-YN/JK 2014 Trung Quốc Người LC120904 48 96-2688 1996 AUS Người AY167799 49 WHANG- 2000 Trung Quốc Người AY167765 n Độ 03.09.00 50 234024-05 2005 Pháp Người AM711014 51 CF235069 2005 Pháp Người HF948113 52 PMKA1174 2011 Thái Lan Người KU574620 53 N-1058 2009 n Độ Người JN203989 Phụ lục 12 Danh sách bệnh nhân Viêm não vi rút 2004-2017 TT HỌ VÀ TÊN NĂ M HUYỆN TT HỌ VÀ TÊN NĂM HUYỆN NGUYEN DUC TH 2004 YEN THE 36 TRUONG THI NGH 2005 LUC NAM NGUYEN VAN TH 2004 TAN YEN 37 HOANG THI THANH H 2005 LUC NAM TRAN VAN L 2004 SON DONG 38 NGUYEN THI H 2005 LUC NAM PHAM THU TR 2004 39 HOANG THI Y 2005 LUC NGAN DUONG THI T 2004 40 HOANG THI V 2005 LUC NAM TRAN MINH TH 2004 LUC NAM LANG GIANG LANG GIANG 41 NGUYEN THI D 2005 TA VAN H 2004 LUC NAM 42 DANG THI B 2005 HIEP HOA LANG GIANG NGUYEN VAN NH 2004 LUC NAM 43 NINH VAN H 2005 LUC NAM TO VAN L 2004 LUC NGAN 44 LE THI L 2005 TAN YEN 10 VI VAN T 2004 LUC NGAN 45 VUONG VAN CH 2005 LUC NGAN 11 NGUYEN THI L 2004 46 TAC THI M 2005 LUC NGAN 12 TRAN VAN M 2004 LUC NAM LANG GIANG 47 NGUYEN THI Y 2005 LUC NAM 13 LUONG THI L 2004 LUC NGAN 48 NONG THI TH 2005 SON DONG 14 LE VAN D 2004 HIEP HOA 49 NGUYEN TRONG C 2005 YEN DUNG 15 THAN VAN S 2004 VIET YEN 50 NGUYEN THI SAU NG 2005 16 NGO VAN T 2004 HIEP HOA 51 DANG THI TH 2005 HIEP HOA LANG GIANG 17 LE VAN S 2004 52 DO NGOC H 2005 TAN YEN 18 NGUYEN VAN K 2004 LUC NAM LANG GIANG 53 PHAM VAN D 2005 LUC NAM 19 DO THI TR 2004 LUC NAM 54 NGUYEN VAN D 2005 LUC NAM 20 PHUNG VAN Q 2004 LUC NAM 55 PHAM THI H 2005 YEN DUNG 21 HOANG VAN T 2004 56 TRAN THI H 2005 YEN THE 22 LUONG NGOC V 2004 SON DONG LANG GIANG 57 NGUYEN HUU V 2005 LUC NAM 23 TRAN THI Q 2004 HIEP HOA 58 DANG THI M 2005 SON DONG 24 DO THI TR 2004 LUC NAM 59 CHU BA K 2005 SON DONG 25 NGO THANH V 2004 LUC NAM 60 NGUYEN VAN CH 2005 LUC NAM 26 NGUYEN THI TH 2004 YEN DUNG 61 PHAM TIEN D 2005 LUC NAM 27 NGUYEN VAN L 2004 YEN DUNG 62 VI VAN D 2005 SON DONG 28 NGUYEN THI TH 2004 HIEP HOA 63 TO VAN TH 2005 29 HOANG TRUNG D 2004 SON DONG 64 DUONG THI TH 2005 SON DONG LANG GIANG 30 TRAN DUC TH 2004 65 LY VAN H 2005 LUC NGAN 31 HOANG THI TH 2004 TAN YEN LANG GIANG 66 LUU DUC CH 2005 LUC NAM 32 PHAM VAN H 2004 LUC NGAN 67 NGO QUANG TR 2005 HIEP HOA 33 2005 YEN DUNG 68 NGUYEN XUAN B 2005 LUC NGAN 34 DUONG HONG TH NGUYEN T THANH TH 2005 69 NGUYEN VAN D 2005 LUC NAM 35 NGUYEN THI TH 2005 70 VU VAN T 2006 YEN DUNG 71 NGUYEN VAN C 2006 YEN THE LANG GIANG LANG GIANG DAM VAN H 2007 LUC NGAN 110 72 TA THI Y 2006 111 LOAN VAN D 2007 SON DONG 2006 LUC NAM LANG GIANG 73 DUONG KHAC TH 112 PHAM XUAN D 2007 2006 TAN YEN 113 NGUYEN THUY H 2007 75 NGUYEN THI H NGUYEN THI HONG Q 2006 LUC NAM 114 VU THI KIM T 2007 76 LUONG THI TH 2006 LUC NGAN 115 LE MINH C 2007 VIET YEN LANG GIANG TP BAC GIANG LANG GIANG 74 77 NGUYEN VAN CH 2006 TAN YEN 116 LAM THI K 2007 LUC NGAN 78 DUONG VAN TR 2006 LUC NAM 117 PHAM THI L 2007 LUC NAM 79 HUA VAN H 2006 LUC NGAN 118 TO THI M 2007 LUC NAM 80 CHU THI PH 2006 119 BANG VAN D 2007 SON DONG 81 PHAM VAN H 2006 120 TRAN THI NG 2007 82 NGUYEN VAN B 2006 LUC NGAN TP BAC GIANG LANG GIANG 121 TRAN VAN H 2007 SON DONG LANG GIANG 83 DUONG GIA H 2006 LUC NGAN 122 MAI THI TH 2007 SON DONG 84 TONG VAN H 2006 LUC NGAN 123 DUONG THI Y 2007 LUC NGAN 85 TRUONG THI Q 2006 LUC NAM 124 LA THI H 2007 LUC NGAN 86 DAO QUANG TH 2006 HIEP HOA 125 NGUYEN HOANG L 2007 VIET YEN 87 ONG THI H 2006 126 THANG TIEN D 2007 LUC NGAN 88 NGUUYEN VAN H 2006 YEN DUNG TP BAC GIANG 127 NGUYEN TRUNG K 2007 VIET YEN 89 DO THUY TR 2006 TAN YEN 128 DUONG THI TR 2007 LUC NGAN 90 TA NGOC HOAI A 2006 HIEP HOA 129 NINH THI NG 2007 LUC NGAN 91 DUONG VAN TH 2006 LUC NAM 130 MA THI H 2007 LUC NGAN 92 HOANG VAN N 2006 LUC NGAN 131 LY HONG H 2007 LUC NGAN 93 TRAN VAN TR 2006 LUC NGAN 132 NGUYEN VAN TH 2007 LUC NGAN 94 BUI VAN H 2007 133 LUONG VAN H 2007 LUC NGAN 95 HOANG THI TH 2007 LUC NGAN LANG GIANG 134 PHAM THI O 2007 LUC NGAN 96 NGUYEN VAN S 2007 HIEP HOA 135 VI VAN D 2007 LUC NGAN 97 DOAN THE D 2007 VIET YEN 136 NGO VAN V 2007 LUC NGAN 98 NGUYEN THUY TR 2007 137 VI THI T 2007 LUC NGAN 99 NGUYEN THI TH 2007 138 LANG VAN H 2007 LUC NGAN 100 HA VAN S 2007 LUC NAM LANG GIANG LANG GIANG 139 TRUONG THI L 2007 LUC NGAN 101 2007 LUC NAM 140 LAI THI D 2007 LUC NGAN 102 DO TUAN A NGUYEN THI HONG NG 2007 TAN YEN 141 THAN QUANG D 2007 103 NGUYEN THI M 2007 TAN YEN 142 VU TRI C 2007 VIET YEN LANG GIANG 104 NGUYEN NGOC C 2007 LUC NGAN 143 NGUYEN VAN D 2008 LUC NAM 105 NGUYEN VAN TH 2007 LUC NAM 144 NGUYEN VAN TR 2008 YEN DUNG 106 NGUYEN VAN C 2007 145 TRAN BINH D 2008 HIEP HOA 107 NGO THI S 2007 LUC NAM LANG GIANG 146 LE THI H 2008 108 DIEP VAN B 2007 LUC NGAN 147 LY THI TH 2008 LUC NAM LANG GIANG 109 VI THI H 2007 LUC NGAN 148 VU DUC A 2008 TAN YEN 149 PHAN VAN L 2008 LUC NGAN 187 NGUYEN HOAI TH 2010 HIEP HOA 150 CHU THUY H 2008 188 PHUNG MINH D 2010 189 GIAP THI NH 2011 190 NGUYEN THANH X 2011 2008 LUC NAM LANG GIANG LANG GIANG TP BAC GIANG 191 PHAM DUY KH 2011 VIET YEN LANG GIANG LANG GIANG LANG GIANG 151 HA THI H 2008 152 2008 153 PHAM VAN D NGUYEN DANG XUAN H 154 155 NGUYEN HONG S 2008 LUC NGAN 192 CHU XUAN C 2011 YEN THE TRAC THI H 2008 193 THAN VAN D 2011 TAN YEN 156 NGUYEN CANH H 2008 LUC NAM LANG GIANG 194 THAN VAN H 2011 LUC NAM 157 TRAN VAN TR 2008 HIEP HOA 195 LE NGOC CH 2011 YEN THE 158 DINH THI KHANH H 2008 LUC NGAN 196 NGUYEN GIANG S 2011 YEN DUNG 159 DANG THU TR 2008 LUC NGAN 197 NGUYEN DUY H 2011 LUC NAM 160 DAO ANH KH 2008 198 NGUYEN VAN TR 2011 HIEP HOA 161 TRAN LE QUANG A 2008 YEN DUNG TP BAC GIANG 199 TRAN THI H 2011 LUC NGAN 162 NGUYEN THI TH 2008 200 NGO THI H 2011 YEN DUNG 163 DANG THI NG 2008 YEN DUNG LANG GIANG 164 HOANG CAM L 2008 165 PHAM THI V 2009 166 TA VAN NGH 2009 167 HOANG VAN T 2009 168 NGUYEN NGOC KH 169 201 NGUYEN NGOC A 2011 HIEP HOA VIET YEN TP BAC GIANG 202 TRAN VAN KH 2011 TAN YEN 203 NGO QUANG V 2011 HIEP HOA 204 TRIEU THI M 2011 YEN DUNG 205 DUONG VAN B 2011 LUC NGAN 2009 HIEP HOA LANG GIANG TP BAC GIANG 206 TO THI L 2011 LUC NGAN NGUYEN VAN TH 2009 TAN YEN 207 DUONG KIM L 2011 LUC NGAN 170 NINH THI H 2009 208 LUC VAN L 2011 LUC NGAN 171 NGUYEN VIET D 2009 LUC NAM TP BAC GIANG 209 VI THI LAN A 2011 172 TRINH VAN T 2009 210 DANG DINH TR 2012 173 PHAM NGOC M 2009 YEN DUNG TP BAC GIANG LUC NGAN LANG GIANG 211 NGUYEN BAO NG 2012 VIET YEN 174 THAN VAN T 2009 212 TRAN VAN H 2012 175 NGUYEN VAN N 2009 VIET YEN TP BAC GIANG 213 NGUYEN VAN H 2012 YEN DUNG LANG GIANG 176 HA NGOC K 2009 YEN DUNG 214 NGUYEN NGOC V 2012 LUC NAM 177 DO THI T 2009 YEN DUNG 215 HAO VAN T 2012 TAN YEN 178 NGUYEN THI TH 2009 HIEP HOA 216 NGUYEN VAN C 2012 179 NGUYEN THI NH 2009 YEN THE 217 TRUONG THI NH 2012 TP BG LANG GIANG 180 TRAN THI MY D 2009 LUC NGAN 218 NGUYEN QUANG T 2012 TAN YEN 181 CHU THI H 2010 VIET YEN 219 TRAN THI LAN A 2012 182 PHAM TRI H 2010 YEN DUNG 220 NGUYEN THI V 2012 TP BG LANG GIANG 183 NGO VAN D 2010 TAN YEN 221 NGUYEN DANH NH 2012 184 2010 YEN DUNG 222 NGUYEN MINH T 2012 185 HOANG THI TH NGUYEN HOANG THUY T TP BG LANG GIANG 2010 YEN THE 223 DUONG KIM Q 2012 LUC NGAN 186 PHAM THU TR 2010 YEN DUNG 224 DONG VAN Q 2012 YEN DUNG 225 CHU VAN D 2012 LUC NGAN 264 DO THI NGOC TH 2015 VIET YEN 226 LUONG VAN Q 2012 LUC NGAN 265 NGUYEN DUC A 2015 LUC NGAN 227 NGUYEN VAN L 2012 LUC NGAN 266 VU VAN A 2016 LANG GIANG 228 BUI TIEN L 2013 TP BG 267 NGUYEN DINH TUNG N 2016 LUC NAM 229 NGUYEN TUNG D 2013 TP BG 268 CHU VAN DUC NG 2016 YEN DUNG 230 PHAM VAN TH 2013 LUC NAM 269 HA THI THUY NH 2016 LUC NGAN 231 DUONG DUC NGH 2013 VIET YEN 270 LUONG DINH V 2016 TP BG 232 HOANG THI TH 2013 TP BG 271 NGUYEN VAN S 2016 YEN DUNG 233 TA VAN TH 2013 LUC NGAN 272 LUONG NGOC H 2016 LUC NAM 234 NGOC MINH NG 2013 SON DONG 273 NGYEN VAN C 2016 235 LAM VAN H 2013 LUC NGAN 274 PHAM ANH T 2016 TAN YEN LANG GIANG 236 PHAM THI L 2013 LUC NGAN 275 PHUNG THE V 2016 237 NGUYEN VAN L 2014 YEN DUNG 276 DONG KHAC CH 2016 238 NGUYEN HOAI N 2014 LUC NGAN 277 DUONG VAN S 2016 239 NINH TRUNG K 2014 LUC NGAN 278 NGO QUANG H 2016 YEN THE LANG GIANG 240 TRIEU VAN H 2014 LUC NGAN 279 NGUYEN VU N 2016 TP BG 241 NGUYEN THI THU H 2014 LUC NGAN 280 NGUYEN XUAN Q 2016 VIET YEN 242 DAM THI NHU Y 2014 LUC NGAN 281 TO VAN B 2016 LUC NAM 243 TRINH VAN T 2014 LUC NAM 282 HA MANH H 2016 TAN YEN 244 DOAN DUC GI 2014 LUC NAM 283 PHUNG THE KH 2016 LUC NAM 245 NGUYEN TRUNG KH 2014 YEN DUNG 284 PHAM HUU D 2016 TP BG 246 BUI QUOC H 2015 TAN YEN 285 NGUYEN DAC NGH 2016 LUC NAM 247 NGUYEN MANH C 2015 LUC NAM 286 NGUYEN MANH TH 2016 YEN THE 248 NGUYEN HAI N 2015 TAN YEN 287 NGUYEN QUOC B 2016 TP BG 249 TRAN MINH KH 2015 LUC NAM 288 NGUYEN VAN K 2016 LUC NAM 250 VI HA L 2015 LUC NGAN 289 NGUYEN THI ANH NG 2016 251 2015 YEN DUNG 290 TRAN VAN T 2016 252 NGUYEN QUANG TH LE HOANG THANH C HIEP HOA LANG GIANG 2015 LUC NAM 291 LUU THI C 2016 LUC NGAN 253 NGO MINH T 2015 HIEP HOA 292 NONG THI L 2016 YEN THE 254 HOANG NGOC H 2015 SON DONG 293 NGO THI HONG A 2016 YEN DUNG 255 NGO THI V 2015 LUC NAM 294 NGUYEN HAI A 2016 LUC NAM 256 VI VAN T 2015 295 NGUYEN MANH D 2016 LUC NAM 257 NGUYEN VAN T 2015 SON DONG LANG GIANG 296 NGUYEN VAN TH 2016 HIEP HOA 258 LUONG HUU H 2015 TPBG 297 NGUYEN VAN K 2017 LUC NAM 259 TRAN THI H 2015 HIEP HOA 298 2017 TAN YEN 260 NGUYEN THI LAN A 2015 HIEP HOA 299 LE QUOC TR NGUYEN TRAN XUAN M 2017 LUC NAM 261 NGUYEN VAN H 2015 300 TRAN MINH D 2017 LUC NAM 262 NGUYEN TRAC A 2015 VIET YEN LANG GIANG 301 DUONG THI THANH TH 2017 263 BANG THI BICH H 2015 LUC NGAN 302 TRINH THUY L 2017 LUC NGAN LANG GIANG YEN DUNG LANG GIANG XÁC NHẬN CỦA TRUNG TÂM KIỂM SOÁT BỆNH TẬT BẮC GIANG ... cứu: ? ?Một số nguyên vi rút gây hội chứng vi? ?m não cấp Bắc Giang, 2004- 2017? ?? với hai mục tiêu sau: Xác định số nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột vi rút Herpes gây hội chứng vi? ?m não cấp Bắc Giang,. .. 1.1 MỘT SỐ Đ C ĐIỂM CHUNG V HỘI CHỨNG VI? ?M NÃO C P 1.1.1 Một số khái niệm 1.1.2 Tình hình hội chứng vi? ?m não cấp 1.1.3 Căn nguyên gây hội chứng vi? ?m não cấp 1.1.4 Căn nguyên vi rút gây hội chứng. .. số nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột, vi rút Herpes 61 gây hội chứng vi? ?m não cấp Bắc Giang, 2004- 2017 3.1.1 Chẩn đoán xác định nguyên vi rút gây HCVNC 61 3.1.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút