một số căn nguyên vi rút gây hội chứng viêm não cấp tại tỉnh bắc giang, 2004 2017

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - DƯƠNG THỊ HIỂN MỘT SỐ CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO CẤP TẠI TỈNH BẮC GIANG, 2004 - 2017 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC HÀ NỘI - 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - DƯƠNG THỊ HIỂN MỘT SỐ CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO CẤP TẠI TỈNH BẮC GIANG, 2004 - 2017 Chuyên ngành: Vi sinh y học Mã số: 62 72 01 15 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học : GS.TS PHAN THỊ NGÀ TS VIÊN QUANG MAI HÀ NỘI - 2020 LỜI CẢM ƠN Với lòng kính trọng biết ơn sâu sắc, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới: GS.TS Phan Thị Ngà, Nguyên trưởng Khoa Đào tạo Quản lý Khoa học Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương TS Viên Quang Mai, nguyên Viện trưởng Viện Pasteur Nha Trang, người thầy tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, động viên, khuyến khích tơi suốt q trình xây dựng đề cương, thu thập số liệu, viết báo cáo hoàn thiện luận án Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Ban lãnh đạo Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; Khoa Vi rút, Trung tâm Đào tạo Quản lý khoa học Viện Vệ sinh Dịch Tễ Trung ương; Phòng thí nghiệm Nagasaki -NIHE friendship; TS Đỗ Phương Loan, thầy chương trình đào t ạo Nghiên cứu sinh tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ tơi suốt q trình học tập hồn thiện luận án Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc Ban lãnh đạo Sở Y tế Bắc Giang; Bác sỹ CKII Đặng Thanh Minh, Ban lãnh đạo Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Bắc Giang; Tập thể cán Khoa Xét nghiệm, Khoa Kiểm soát bệnh truyền nhiễm Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Bắc Giang hỗ trợ, giúp đỡ q trình thu thập số liệu, ln tạo điều kiện tốt suốt q trình nghiên cứu, hồn thiện luận án Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Bệnh Viện Đa khoa tỉnh Bắc Giang, Bệnh viện Đa khoa Khu vực Lục Ngạn, Bệnh viện Sản Nhi Bắc Giang hỗ trợ tơi q trình nghiên cứu, thu thập số liệu cho luận án Tôi xin cảm tạ tình cảm vơ bờ bố mẹ, người thân gia đình, bạn bè, đồng nghiệp giúp đỡ động viên ngày tháng học tập nghiên cứu Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Dương Thị Hiển LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu với hợp tác đồng nghiệp đồng ý cho công bố luận án Kết nghiên cứu luận án trung thực chưa công bố công trình khác Tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm lời cam đoan Tác giả luận án Dương Thị Hiển M CL C Đ TV NĐ CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 MỘT SỐ Đ C ĐIỂM CHUNG V HỘI CHỨNG VIÊM NÃO C P 1.1.1 Một số khái niệm 1.1.2 Tình hình hội chứng viêm não cấp 1.1.3 Căn nguyên gây hội chứng viêm não cấp 1.1.4 Căn nguyên vi rút gây hội chứng viêm não cấp 1.2 Đ C ĐIỂM MỘT SỐ VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO C P 1.2.1 Vi rút viêm não Nhật Bản 1.2.1.1 Đặc điểm cấu trúc 1.2.1.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 10 1.2.1.3 Đặc điểm dịch tễ 11 1.2.1.4 Đặc điểm lâm sàng 12 1.2.1.5 Đặc điểm phân tử 13 1.2.1.6 Chẩn đốn 15 1.2.1.7 Phòng điều trị 15 1.2.2 Vi rút Banna 16 1.2.2.1 Đặc điểm cấu trúc 16 1.2.2.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 17 1.2.2.3 Đặc điểm dịch tễ 18 1.2.2.4 Đặc điểm lâm sàng 18 1.2.2.5 Đặc điểm phân tử 19 1.2.2.6 Chẩn đốn 20 ii 1.2.2.7 Phòng điều trị 20 1.2.3 Vi rút Nam Định 21 1.2.3.1 Đặc điểm cấu trúc 21 1.2.3.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 22 1.2.3.3 Đặc điểm dịch tễ 22 1.2.3.4 Đặc điểm lâm sàng 22 1.2.3.5 Đặc điểm phân tử 22 1.2.3.6 Chẩn đốn 23 1.2.3.7 Phòng điều trị 23 1.2.4 Vi rút đường ruột 24 1.2.4.1 Đặc điểm cấu trúc 24 1.2.4.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 25 1.2.4.3 Đặc điểm dịch tễ 25 1.2.4.4 Đặc điểm lâm sàng 25 1.2.4.5 Đặc điểm phân tử 25 1.2.4.6 Chẩn đoán 28 1.2.4.7 Phòng điều trị 28 1.2.5 Vi rút Herpes 29 1.2.5.1 Đặc điểm cấu trúc 29 1.2.5.2 Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 29 1.2.5.3 Đặc điểm dịch tễ 30 1.2.5.4 Đặc điểm lâm sàng 31 1.2.5.5 Đặc điểm phân tử 31 1.2.5.6 Chẩn đốn 33 1.2.5.7 Phòng điều trị 34 iii 1.3 PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN VÀ NGHIÊN CỨU PHÂN TỬ VI 34 RÚT 1.3.1 Phương pháp chẩn đoán 34 1.3.1.1 Phương pháp phân lập vi rút 35 1.3.1.2 Phương pháp miễn dịch Enzyme phát IgM 36 1.3.1.3 Phương pháp PCr/Rt-PCR 37 1.3.2 Phương pháp nghiên cứu phân tử vi rút 38 1.3.2.1 Giải trình tự nucleotid thê hệ thứ (Phương pháp Sanger) 39 1.3.2.2 Phương pháp giải trình tự gen hệ thứ hai (NGS) 39 1.3.2.3 Những ứng dụng kỹ thuật giải trình tự nucleotid 40 1.3.3 Phần mềm tin y sinh học 40 CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 42 2.1 Đối tượng nghiên cứu 42 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 42 2.1.2 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 42 2.1.3 Tiêu chuẩn lựa chọn loại trừ đối tượng nghiên cứu 42 2.1.3.1 Tiêu chuẩn lựa chọn 42 2.1.3.2 Tiêu chuẩn loại trừ 43 2.2 Thời gian, địa điểm nghiên cứu 43 2.3 Phương pháp nghiên cứu 44 2.4 Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 45 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu 45 2.4.2 Biến số nghiên cứu 45 2.4.3 Phương pháp thu thập số liệu 46 2.4.3.1 Lựa chọn bệnh nhân có chẩn đốn lâm sàng HCVNC nghi vi rút 46 iv 2.4.3.2 Lấy mẫu xét nghiệm 46 2.4.3.3 Tiêu chuẩn xác định ca bệnh vi rút 46 2.4.3.4 Vật liệu, trang thiết bị, hóa chất sử dụng cho nghiên cứu 47 2.4.3.5 Kỹ thuật xét nghiệm 48 2.5 Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 51 2.5.1 Thiết kế nghiên cứu 51 2.5.2 Các biến số nghiên cứu 53 2.5.3 Phương pháp thu thập số liệu 53 2.5.3.1 Vật liệu, trang thiết bị, hóa chất sử dụng cho nghiên cứu 53 2.5.3.2 Kỹ thuật ELISA-NS1 VNNB 54 2.5.3.3 Kỹ thuật nuôi cấy phân lập vi rút VNNB 55 2.5.3.4 Kỹ thuật nuôi cấy phân lập vi rút đường ruột 58 2.6 Các biện pháp hạn chế sai số 59 2.7 Phương pháp xử lý số liệu 60 2.8 Đạo đức nghiên cứu 60 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 Xác định số nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột, vi rút Herpes 61 gây hội chứng viêm não cấp Bắc Giang, 2004-2017 3.1.1 Chẩn đoán xác định nguyên vi rút gây HCVNC 61 3.1.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút 65 3.1.2.1 Một số đặc điểm HCVNC vi rút đường ruột 65 3.1.2.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút viêm não Nhật Bản 70 3.1.2.3 Một số đặc điểm HCVNC vi rút Banna 77 3.1.2.4 Một số đặc điểm HCVNC vi rút Nam Định 82 3.1.2.5 Một số đặc điểm HCVNC vi rút xác định 86 v 3.2 Một số đặc điểm phân tử vi rút VNNB, VRĐR gây HCVNC Bắc 88 Giang, 2004-2017 3.2.1 Một số đặc điểm phân tử vi rút VNNB 88 3.2.2 Một số đặc điểm sinh học phân tử vi rút đường ruột 95 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 4.1 Xác định số nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột, vi rút Herpes 99 gây hội chứng viêm não cấp Bắc Giang, 2004-2017 4.1.1 Chẩn đoán xác định nguyên vi rút gây HCVNC 99 4.1.1.1 Một số đặc điểm HCVNC 99 4.1.1.2 Chẩn đoán xác định nguyên vi rút gây HCVNC 101 4.1.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút 103 4.1.2.1 Một số đặc điểm HCVNC vi rút đường ruột 103 4.1.2.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút viêm não Nhật Bản 107 4.1.2.3 Một số đặc điểm HCVNC vi rút Banna 114 4.1.2.4 Một số đặc điểm HCVNC vi rút Nam Định 117 4.1.2.5 Một số đặc điểm HCVNC vi rút xác định 119 4.2 Một số đặc điểm phân tử vi rút VNNB, VRĐR gây HCVNC Bắc 122 Giang, 2004-2017 4.2.1 Một số đặc điểm sinh học phân tử vi rút VNNB 122 4.2.2 Đặc điểm sinh học phân tử vi rút đường ruột 129 4.3 Ưu điểm hạn chế nghiên cứu 132 KẾT LUẬN 134 KIẾN NGHỊ 136 CÁC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC vi CÁC CH VIẾT TẮT TỪ VIẾT TẮT Arbo TỪ TIẾNG ANH Arthropodborne TỪ- NGHĨA TIẾNG VIỆT Mang côn trùng tiết túc ADN ARN BAV Deoxyribonucleic acid Ribonucleic acid Banna virus Axit Deoxyribonuclêic Axit ribonucleic Vi rút Banna cDNA dNTP Complement DNA Deoxynucleotide triphosphate ADN bổ sung ddNTP Dideoxynucleotide triphosphate DNT Cerebrospinal fluid Dịch não tủy ELISA G HCVNC Enzyme Linked Immunorbent assay Genotype AES Thử nghiệm miễn dịch gắn enzyme Kiểu gen Hội chứng viêm não cấp HSV HT KN Herpes simplex virus - Vi rút Hec-pec Huyết Kháng nguyên KT - Kháng thể MAC-ELISA MEM IgM Antibody Capture ELISA Minium Essential Medium Kỹ thuật ELISA tóm bắt IgM Mơi trường thiết yếu NDiV OD PBS Nidovirus Opital density Phosphate Buffer Saline Vi rút Nam Định Mật độ quang học Đệm muối phốt phát P RT-PCR TAE VNNB Probability Xác suất Reverse transcriptaze polymerase Phản ứng chuỗi phiên mã ngược chain reaction Tris- Acetate – EDTA Viêm não Nhật Bản Japanese Encephalitis Virus VRĐR WHO Enterovirus World Health Organization Vi rút đường ruột Tổ chức Y tế Thế giới ... cứu: Một số nguyên vi rút gây hội chứng vi m não cấp Bắc Giang, 2004- 2017 với hai mục tiêu sau: Xác định số nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột vi rút Herpes gây hội chứng vi m não cấp Bắc Giang,. .. 1.1 MỘT SỐ Đ C ĐIỂM CHUNG V HỘI CHỨNG VI M NÃO C P 1.1.1 Một số khái niệm 1.1.2 Tình hình hội chứng vi m não cấp 1.1.3 Căn nguyên gây hội chứng vi m não cấp 1.1.4 Căn nguyên vi rút gây hội chứng. .. số nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột, vi rút Herpes 61 gây hội chứng vi m não cấp Bắc Giang, 2004- 2017 3.1.1 Chẩn đoán xác định nguyên vi rút gây HCVNC 61 3.1.2 Một số đặc điểm HCVNC vi rút