Hoàn thiện kỹ thuật lai so sánh hệ gen aCGH trong chẩn đoán một số bất thường nhiễm sắc thể

BỢ GIÁO DỤC VÀ DÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỞNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI ĐINH THỊ MỸ LINH HOÀN THIỆN KỸ THUẬT LAI so SÁNH HỆ GEN aCGH TRONG CHÂN ĐOÁN MỘT SỐ BÁT THƯỜNG NHIẺM SÁC THÉ Ngành đào tạo : Bác sỳ đa khoa Mà số :D720101 KHÓA LUẬN TÓT NGHIỆP BÁC SỸ Y KHOA KHÓA 2015-2021 Người hướng dẫn khoa học: TS.BS Vũ Thị Hả HÀ NỘI-2021 LỜI CÁM ƠN 41 Với lông cùa người học trò bảng tắt cá kinh trọng biết ơn sáu sẩc em xin bày tỏ lõng cam ơn tới TS.BS Vũ Thị Hà - Giáng viên Bộ Y sinh học - Di truyền - Trường Đại hục Y Hà Nội đà tận lình giúp dờ hướng dẫn -W -ÍM Qỉ ugc tạo điều kiện tốt cho em V Hl trinh học tập nghiên cứu đê hoãn thành khỏa luận Em xin giri lởi cám ơn tới càc thầy, cị Bộ mơn Y sinh học Di truyền Trưởng Đại học Y Hà Nội dà giúp đờ chi bao tận tinh; bác sỹ anh chị nội trú Trung tàm tư vấn di truyền Bệnh viện Dại học Y Hà Nội dã tạo điều kiện thuận lợi cho em thu thập số liệu thời gian hoán thảnh khóa luụn Em xin chân thành cám ơn Ban Giám hiệu, phòng Đảo tạo Dại học phòng ban chức nâng cùa Trường Dại học Y Hà Nội giúp dờ tạo điều kiện thuận lợi cho em trinh nghiên cứu học tập dê có thê hồn thành khóa luận Vã cuối cũng, em xin dành lời yêu thương, cam ơn đen gia dính, bạn bỏ ln bên khích lộ động viên, ung hộ đe em ưong suốt thời gian thực klỉõa luận Hà Nội ngày 26 thảng năm 2021 Sinh viên Đinh Thị Mỹ Lỉnh LỜI CAM DOAN Tôi Đinh Thị Mỳ Linh, sinh viên ¥6 chuyên ngành Bác sỹ đa khoa, xin cam đoan khóa luận hồn tồn thực Các sổ liệu kết quã nghiên cứu hoàn toàn trung thực khách quan, chưa còng bố bẩt còng trinh nghiên cứu khác Hà Nội ngày 26 thăng nảtn 2021 -ÍM Qỉ ugc V Hl Sinh viên Dinh Th| Mỹ Lỉnh -ÍM Qỉ ugc V Hl CHỦ VIÉT TÁT aCGH array Comparative Genomic Hybridization BAC Bacterial Artificial Chromosome BTBS Bất thường bấm sinh cDNA complementary DN A CNP Copy Number Polymorphism CNV Copy Number Variant DMA Deoxyribonucleic Acid FISH Fluorescence In Situ Hybridization HI Haploinsufficient MFISH Multicolor FISH NST Nhiễm sac the MLPA Multiplex Ligation dependent Probe Amplification PTTT Phát triển tàm thằn PTVĐ Phát triền vận động QF-PCR Quantitive Fluorescence Polimerase Chain Reaction SKY Spectral karyotyping LTD vưs Uniparental disomy Variants of uncertain significance TÀI LlịX' THAM KHÁO MỤC LỤC DANH MỤC BANG Bang I I So sánh độ bao phu gcn vả độ phân giãi cua sổ kỹ thuật phát r-u -ÍM Qỉ ugc V Hl DANH MỤC HÌNH r-u -ÍM Qỉ ugc V Hl HOÀN THIỆN KỶ THUẬT LAI so SÁNH IIẸ GEN aCGII TRONG CHÁN ĐỐN MỘT SĨ BÁT THƯỜNG NHIÊM SÁC THÈ TÓM TÁT Hiện kỳ thuật di truyền dà đạt dược nhùng tiền đặc biệt kỳ thuật lai so sảnh hộ gen aCGH với độ phản giai cao phân tích bắt thưởng vật chất di truyền mức dộ tế bào phân tư Kỳ thuật phô biến trẽn thề giới cỏn khã mé Việt Nam Mục tiêu: hoàn thiện kỳ thuật lai so sánh hệ gen phản tích bất thường nhiêm sẳc the vả mỏ ta sổ bất thường NST phát đưực bang kỹ thuật lai so sánh hệ gen Đối tượng phương pháp nghiên cứu: Mô tá cat ngang 24 mầu máu vã 24 mầu dịch ối dược thực hiyn kỹ thuật aCGH Bộ môn Y si nil học Di truyền Trường Đại học Y Hà Nội Kct quã nghiên cửu: Tất cà cãc mầu du tiêu chuàn dê phân tích kết qua vói ty lệ phát bắt thường vật chất di truyền NST lên tởi 292% Kct luận: Hồn thiện thảnh cịng quy trinh kỳ thuật lai so sánh hộ gen với nhiều bước thực hiện, vã sau mỏi bước có phương pháp kiêm chứng dam baơ quy trinh thực thành công, chinh xác phát bất thường NST với ty lệ cao với kỳ' thuật nhiễm sắc thè dồ thơng thường Từ khóa: aCGH lai so sánh hộ gen bất thường nhỉễni sắc thê chân đoán trước sinh, nhiễm sẳc đồ Đ/\T VÁN ĐÈ Bất thường nhiễm sắc thê (NST) nhùng rối loạn cắu trúc sổ lượng cùa hay nhiều NST có the xay NST thường hay NST giới tinh ca hai Nhiều bất thường NST đe lại hậu quã nặng ne sấy thai, thai lưu hay lư vong sơ sinh gày bệnh lý truyền, dặc biệt nguyên nhân gây bất thường bẩm sinh (BTBS) [1] Tuy nhiên cớ bat thường NST không biêu triệu chứng lảm sàng lại truyền cho the hộ sau NST bất thường đõ có biểu kiều hình hệ sau Đa sổ cãc BTBS chưa có phương pháp điều ưị dặc hiệu mang lại hiộu qua cao Do dó việc phát then phương pháp thảm dỏ chắn đoán trước sinh hay chân dỗn BTBS có liên quan đến rối loạn vật chất di truyền lã triền vọng dang dược tích cực dầu tư nghiên cửu phát triển nhằm giâm thiêu ti lệ mắc bệnh, điều trị sớm lư vần hôn nhân gia đỉnh hiệu him chề ti lệ bộnh di truyền cho hệ sau Theo Tô chức Y tế The giới, ưỏc tinh cỏ khống 6% ưc em sinh với BTBS trẽn tồn the giới mồi nám dần tới hàng trâm nghìn ca tư vong liên quan [2] Tại Việt Nam theo thòng tin từ Tống cục Dãn số - Ke hoạch hỏa gia dinh, mỏi nãm có khống 40000 trê bị dị tật bầm sinh, chiếm 1.5 2% sỗ trè sinh: số trê tứ vong bầt thưởng bầm sinh khoang 1700 trẻ [3] Các bât thường bàm sinh lã nguyên nhàn quan ưọng dẫn dển tư vong ưe sơ sinh tre nho bệnh tính tản tật: cỏ nhùng tác dộng dáng kẽ tới mồi cá nhân, gia dính, hệ thống chăm sóc sức khoe toàn xã hội .MỘI sổ nguyên nhân di truyền cùa BTBS cảc biền sỗ lượng ban (CNV) dược xác dinh bang phương pháp lai so sánh hệ gen (aCGH) Giã trị sàng lọc cua aCGH xét nghiệm đầu tay tre em vái nhiều BTBS dà dưực nhiều nghiên cửu vã thuận thông qua [4] lã test dũng chân đoán trước sinh Do kha phát bất thưởng ưên tồn bộ gcn nên -ÍM Qỉ ugc V Hl 88 aCGH tạo cách mạng ưong chắn đốn di truyền lâm sàng Kỳ thuật aCGH khơng bị giới hạn gen locus thời diêm, đặc biệt cỏ già trị trưởng họp pliát rối loạn gập Thêm vào dó aCGI đặc hiệu rắt cỏ ích nghiên cứu cảc vùng gen cụ thê Neu vũng gen hụp dược kiêm tra aCGH có độ phân giai cực cao tới vài trảm cập base có thê cho phép phát cãc biến thè mã phương pháp phản tích gen kỉiác sần có the bỏ sót Sự ứng dụng đa dạng cua kỳ thuật aCGH lớn vã cỏ thê có nhiều img dụng cùa aCGH dược nghiên cứu tưcmg lai [5] Việt Nam áp dụng kỳ thuật aCGH cho chấn đốn di truyền me kỳ thuật đòi hòi thực quỵ trinh phức lụp nghiêm ngặt; dịi hói nhản lực đào lạo chuyên sâu phản tích, giai thích lư vắn kct di truyền Củng với việc triẽn khai ãp dụng kỹ thuật để nâng cao hiệu quà chân doán bất thường di truyền, chúng tỏi thực dề tải: “lioàn thiện kỹ thuật lai so sánh hệ gen (aCGH) chấn đoán sổ bắt thường nhiêm sảc the*’ nhầm mục tiêu sau: Hoàn thiện kỳ thuật lai so sánh hệ gen (aCGH) phán tích bất thường NST Mỏ tã bấthệ thường NST phát kỳ thuật Ỉỉìi sosố sánh gen (aCGH) -■c -ÍM -ÍM Qỉ Qỉ ugc ugc V V Hl Hl CHƯƠNG TÔNG QL AN 1.1 Bất thưịìig bẩm sinh 1.1.1 Dịnh nghĩa Theo định nghía cùa Tổ chức Y *tế Thể giới WHO bắt thưởng bấm sinh lã bất thưởng VC cấu trúc chức nâng xay trước sinh có thê phát trước sinh, sau sinh giai đoạn muộn him [6] 1.12 Nguyên nhàn gày bất thường bẩm sinh Cân nguyên cua bất thường bâm sinh vản chưa rò ràng cho bệnh đa cân nguyên, bao gồm: - Do di truyền: chiêm khống lơ-30% Ngun nhãn di truyền dơng vai trị quan trọng nhiều bất thưởng bấm sinh Bắt thường bâm sinh cô thê hậu qua cua dột biền gen di truyền gen mà hóa bầt thường Hịn nhản cận huyết tâng ti lộ mắc bầt thường bam sinh di truyền hiốn gập vã tâng gần gấp đôi ti lộ tư vong ỡ trẻ sơ sinh vã tre nho khuyết tật tri tuệ vã càc khuyết tụt khác Một số dản tộc (người Do Thãi Ashkenazi hoộc người Phần Lan) cỏ ti lộ tương dối cao dột biến gen gập bệnh xơ nang vã Haemophiliac - Do mỏi trường: chiếm khoang 5-10% Việc mọ tiếp xúc với sơ loại thuồc trừ sâu vá hóa chất khác, sỗ loụi thuốc định rượu, thuốc vả bửc xạ thời kì có thai có thê làm lủng nguy cư thai nhi trỏ sơ sinh bị anh hường bin cãc bất thường bầm sinh Làm việc sống gần đồ rác hầm mo ló luyện yếu tố nguy đặc biệt người mẹ tiếp xúc với yếu tố nguy môi trưởng kliãc thiếu dinh dường - Do nhiễm tiling: Các bệnh nhi cm trùng thời ki tliai san giang mai vã rubella lã nguyên nhàn dáng kẽ gãy bất thường bẩm sinh nước cõ thu nhập thấp trung binh - Do di truyền đa nhân tồ (do tác động qua lại cua yếu tố di truyền vã môi trường): chiếm 20-35% - Nguyên nhân chưa rõ: chiêm khoang 30-45% [6] [7], BTBS gáy nhiều nguyên nhân, có đơn độc cõ klũ phối hợp với nhau, việc xác định xác cân nguyên gãy BTBS lả thãch thức cho ncn y học dại Trong cảc nguyên nhản BTBS gảy bời yếu tổ mỏi trường nhiêm trùng cỏ thê phịng tránh dược cách châm sóc tốt cho phụ nừ độ tuổi sinh de, dặc biệt lã dồi tượng phụ nừ cỏ thai; khám tiền hôn nhân dicu trị nhiêm trũng sớm kịp thời BTBS nguyên nhãn bất thường vật chầt di truyền cỏn gày khó khản cơng tác chan đốn Sự phát triển cua y sinh học di truyền giúp cho chấn đốn sớm BTBS từ thịi kì bào thai vã đưa dược lư vấn di truyền hiệu qua nhầm giám bót ti lộ mắc diều trị sớm BTBS 1.Ỉ3 Dịch tề but thường bum sình Theo WHO BTBS ánh hưởng đền ưong số 33 tre sơ sinh dần đến khoang 3.2 triệu khuyết tật trén toàn the giới (s] Theo nghiên cửu gánh nặng bệnh tật toàn cầu (GBD) BTBS lã nguyên nhàn gày 510400 ca tư vong trài toàn the giỏi, chiêm 1% tỏng số ca tư vong (6% sổ ca tư vong tre sơ sinh sau sơ sinh 2.5% sổ ca tử vong trẻ từ 1-4 tuỏi) đứng thử 23 ưong tẩt ca càc nguyên nhãn gày tư vong [9] Các diều tra dịch tề học BTBS nhiều nơi trẽn giói với cãc yếu tồ môi trưởng, tinh trạng kinh tế xà hội chúng tộc khác cỏ kha cung cấp thông tin quan trọng ti lệ lưu hành, mô hỉnh yếu tố nguy cùa BTBS khu vực khác Theo Trung tâm kiếm sốt vã phịng ngừa dịch bệnh Hoa kỳ (CDC) Mỳ B I BS dược ghi nhận khoảng 2- 5% tỏng số tré sinh sống [10] Ớ nước Trung Dóng, nơi nhân cận huyết khả phố biến, ti lộ mắc cãc di tật bam sinh lớn báo cáo 2-2.5% ti lệ cao 7% 61 Karyotype Kỳ thuật dơn giàn Thời gian xét nghiệm làu Phụ Đánh giá lúc loàn thuộc nhiều vào kỳ nâng cùa NST phát dược dột biến người xét nghiệm NST cân bang không càn Độ phân giai thấp (5-10Mb) bang FISH Thời gian xét nghiệm nhanh Hạn chề số lượng đoạn dõ Độ phân giai cao(100-800Kb) Sự chồng lấp tín hiệu vi Chi phí thấp trường Khơng xác định dược ban trung tính trạng thái dị hợp từ QF-PCR Tự dộng hõa quy trinh xét Không pliát dưọc cãc bất nghiệm mẫu với sổ lượng lớn thường số lượng cua NST khảc chi phi thấp dột biển cấu trúc NST Phát số rối loạn số số trường hợp khâm, khơng lượng NST chinh (NST cho phcp đánh giá tồnbộNST 13.18.21 X Y) Thòi gian xét nghiệm nhanh MLPA Thời gian xét nghiệm nlianh Không phãt mức độ Trên 60 đích cho phan ứng kham thấp, thê tam bội nữ Giá thành thấp bắt thường NST cân bàng dao doạn vã chuyên đoạn Nảm 2017 Donaghue cộng đà cóng bó kết qua nghiên cửu tiến hành năm từ tháng năm 201 đến tháng năm 2016 3805 mầu xét nghiệm: kỳ thuật QF-PCR phát thê dị bội/tambội 25.6% sổ mầu Ki' thuật aCGH phát thêm dược 9.6% rói loạn NST dạng khơng cân bang, -ÍM Qỉ ugc V Hl 62 bao gồm 1.8% nhùng loạn không cán bang 0.5% trường hợp có ý nghía lâm sảng khơng chắn Phương pháp nảy có tý lệ thất bụi 1.4% so với 30% dối với phân lích karyotype bâng G (61] Năm biến) 2010 Ahn vả cộng công bo kết qua nghiên cứu xác nhận cho thực phương pháp kỳ karyotype thuật aCGH lựa chân chọn doán dầu bấtlà tay thường thay nhiêm I sẳc test thê theo không sau cản dối với bệnh sau sinh: nhản có aCGH kết qua thực karyotype bính khà thường phát (n 1245) bất thường NST test không dầu cán taybằng (n=l 169) 26% cho vã phô 22% tirong ứng (khơng 89% bao gồm bầt biền thê lành tính, -ÍM Qỉ ugc V Hl 63 thưởng dược phát bỡi aCGH (như test dầu tay) không dưực phát hiộn ki'thuật karyotype tiêu chuân [62] Một nghiên cứu dược tiến hành 4406 thai phụ chân đoán trước sinh nám 201 Wapner cộng dà đưa kết qua: mầu có karyotype bình thưởng aCGH pỉiár 6% rối loạn bất thường cầu trúc NST (mất lặp đoạn) [63] Tương tự nglũèn círu cua Kan cộng nám 2014 có kct aCGH tãng kha phát bất thường NST không càn bang thêm 6% so với lãm kaiyotype 3.2% cãc mầu dược phát CNV bảng aCGH không dược phát kf thuật tniyền tế bào thông thường [64] Từ nghiên cứu dã có aCGII mang lại ưu diem vượt trội VC độ phàn giai, cai thiện ty lệ phát bat thường NST so với phương pháp dùng, dó nghiên cứu sư dụng aCGH kỳ thuật đè phát bất thướng NST 4.2 Quy trình kỹ thuật lai so sánh I1Ộ gen (aCGH) Kỳ thuật lai so sánh hộ gcn áp dụng rộng lài the giới me Việt Nam Đây lả kỳ thuật với quy trinh phức tạp nghiêm ngụt, giả thành cịn cao: địi hói nhân lực đào tạo chun sâu phân tích, giai thích vả tư vấn kết qua di truyền, vi đẽ hạn chề tối đa sai sót trinh thực thi sau mói bước thực cỏ tiêu chuân dê kiêm chửng chắt lượng trước chuyên sang bước Quá trinh tách chiết DNA lã nhùng khâu quan trọng dịnh ĩhàiúi cõng cua kỹ thuật sinh học phản tư dặc biệt với kỳ thuật cao aCGH Nếu phàn tư DNA dược tách tốt không bị dirt gày không bĩ tạp nhiễm thi cãc phan ứng có dộ chinh xác cao Trong nghiên cứu tiến hãnh tách chiết DNA theo kit QIAGEN dược thực qua nhiêu bước lập lại nhiều lần đê loại bo tạp chất giúp DNA có độ tinh cao Tất cà -ÍM Qỉ ugc V Hl 64 24 mầu DNA tàch chiết từ máu ngoại ũ cho nịng độ DNA tói thiểu 27,5ng/pL Tuy nhiên, với 24 mầu dịch ổi chi cô 22 mầu đạt nồng độ chuan 20ng/uL mầu thấp hon 20ng/pL tiến hành cô DNA bảng phương pháp cồn thông thường, vã thu nồng dộ cao dam bao du lượng DNA tông số cho phan ứng Tất ca mầu DNA kiêm tra độ tinh bang phương pháp đo mật dộ quang Nguyên lý phương pháp dựa trẽn nâng hấp thụ ánh sáng với bước sóng khác cúa chất dung dịch Trong đinh hấp thu cực đại cua DNA 260nm, protein lã 280nm, RNA 230nm Một mầu DNA dược xem tý số OD260/OD280 nằm khoang l.s 2.2 ; OD260'OD230 > 1,8 Trong nghiên cứu tất cá 48 mầu xét nghiệm đạt chuân độ tinh DNA Phan ửng phản đoạn DNA bang enzyme giới hạn thu dược mầu sau dó diện di gel agarose 0.8% tất ca cảc màu nam dai tiêu chuàn từ 200-500 bp để thực phan ủng gắn huỳnh quang lai Sau đánh dấu huỳnh quang, mẫu tính san lượng đánh dấu (Yield) vã hoạt tính dục hiệu (Specific Activity) cua loại màu huỳnh quang dược lựa chọn giừa mầu bệnh mầu chứng phủ họp dê tiến hành lai chúng với nhau, cho mảu bệnh vã mầu chửng cỏ giã trị sán lượng đánh dấu hoạt tính đặc hiệu tương thích thí khà nâng lai thành cóng cao Sau tiến hành phan ứng lai xét nghiệm dược kiêmqua kết traclúnh tín hiệu xác.lai Cảcdè thõng dam baocác số màumàu du tiêu chuân dè cho dành giá lã độ nhicu (BGNoise: background noise), cường độ tin hiộu chi số áp lưới Các dầu dò điều khiên âm (negative control probes) dược gần lên array de tróc tính độ nhiều, số liệu dược tinh toán cho mồi kênh mảu dạng độ lệch chuẩn cùa cãc dầu dò điểu khiên ám Độ nhiều cao lảm nhiễu cường độ tin hiệu lai cụ thê cỏ thể kết qua cua việc xứ lý slide thin gian lai kẽo dải thuốc nhuộm bị dinh tạp chất sai sót quy trinh rua Đồi với mồi kênh máu giá trị cưởng độ tin hiệu trung binh dược tính sau đà trừ độ nhiều Array sè không dược đọc kct qua cường độ tin hiệu thấp -ÍM Qỉ ugc V Hl 65 Cường độ tin hiệu thấp cỏ mẫu DNA kẽm chất lượng, giảng hỏa ozone DNA trinh đánh dấu vã tinh Trong nghiên cứu tất thõng sỗ độ ãp lưới, độ nhiều cưởng độ tin hiệu lai cua kênh màu nằm giới hạn yêu cằu phũ hợp cho phàn tích kểt dê cho độ chinh xác cao Quy trinh kỳ thuật có nhiều bước, bước có thõng số dành giá kiêm tra chất lượng mầu giúp cho việc phát lồi kịp thời, tránh làng phi hóa chất vả nguyên liệu xét nghiộm bước dam bao cho thành công tin cậy cua kết qua xét nghiệm 4.3 Tỳ lệ phát bất thường NST bàng kỳ thuật aCGH Trong nghiên cứu cúa chúng tỏi 24 mẫu máu ngoại vi 24 mầu dịch ối dược lảm aCGH cho kết qua bang 3.8 phát dược 29.2% sổ mầu cỏ bất thường NST (14 mầu), kết qua nhiêm sắc thê dồ phát 12.5% bất thường Do dó aCGH dà giúp câi thiện khà phát bắt thường NST thêm 16.7% so với kỳ thuật lập karyotype truyền thống Như đà đề cộp ti lộ nây cao ti lộ số nghiên cửu khác nghiên cứu cùa Wapner R.J cộng năm 2012 [63] nghiên cửu cua Kan cộng năm 2014 [64] 6% Ti lệ cao so với nghiên citu cua Rosenfeld vã cộng nảm 2015 lã 6.9% [65] Có khác biệt nảy cỏ thê khác biệt đỗi tượng nghiên cứu Nghiên cứu cua Wapner cộng tiến hãnh trẽn 4406 thai phụ có 1109 thai phụ cỏ bất thường thai nhi phát siêu âm 2054 thai phụ cỏ tuôi mẹ cao 827 thai phụ có kết qua sàng lọc hội chứng Down dương tính 416 thai phụ cịn lại khơng thuộc nhỏm ưẽn: sinh bệnh phẩm cõ thê lã sinh thiết gai rau dịch ối Nghiên cinu cua Kan với cờ mầu 370 thai phụ 220 mẫu dược chọn lãm aCGH test đầu tay 150 mầu lại cõ kết qua karypotypc bính thường sau dược làm thèm aCGH Và nghiên cúru cua Rosenfeld tiên 515 mầu bệnh phấm từ thai chết lưu bất ki tuổi thai não Cõ -ÍM Qỉ ugc V Hl 66 thề thấy nghiên cứu cua chúng tỏi tiến hành dối tượng cô BTBS (chậm PTTT chậm PTVĐ bắt thưởng hình thái, thai phụ có siêu âm thai bầt thường hĩnh thãi) lã đổi tượng cỏ nguyên nhân bất thường di truyền cao Như tống quan cua Pawel Stankiewicz vã cộng tông hợp nhiều nghiên cứu cho thấy aCGH tâng khả nâng phát bẩt thường NST lên từ 10 - 15% so với karyotype trựyền thống (dặc biệt bầt thường lộp doạn xã đoạn) trẽn nhóm dối tượng bầt thường hình thái, chậm PTVĐ chậm PTTT [66] Trong màu nghiên cứu có 48 bệnh nhản, ghi nhận 14 bệnh nhàn cỏ (29.2%) kha nâng maig gây CNV bệnh gảy bệnh, nhản bệnh (10.42%) nhân (2.03%) mang mang CNV chưa kha nàng rò ýlà lãnh nghía tính lâm vã sàng bệxih bệnh nhân nhãn (4.17%) (4,17%) mang mang CNV CNV lãnh cõ tinh Gurkan Ket cộng qua nàm 2020 tiến tương hãnh dồng với mẫu nghiên tương cữu dối cua nhỏ thích với dược 123 cho bệnh kết nhãn qua có phát chậm PTTT 31.7% chậm (39/123) PTVĐ không CNV, giai 9,75% CNV Một chưa nghiên rị cứu ý nghía khác làm cua sàng Wang vả 5,69% cộng CNV lãnh trẽn tinh 489 bệnh [67], nhân có mang với CNV chậm gáy PITÍ7VĐ bệnh [68] phát Một nghiên 25.8% (126/489) cứu lớn lum bệnh nhãn 1015 lại cho bệnh kết nhân qua củng khã mác khác chậm biệt PTTT/VĐ vói tý cua lệ phàt Di Gregorio CNV thi gảy bệnh giai chi thích bới 11% đối [69] tượng Một nghiên lẩn nừa cứu khác khác biệt biệt gi ùa cỏ thê nghiên cứu -ÍM Qỉ ugc V Hl KÉT LUẬN Qua nghiên cửu 24 mảu máu ngoại vi 24 mầu dịch ối cua bệnh nhàn có BTBS (hu 48 kết qua aCGH chúng tỏi rút kết luận sau: 1.48 mảu đạt nồng độ DNA tối thiêu lã 20ng/pL với thê tích tối thiêu lã 40uL điện di san phắm phân đoạn DMA có kích (hước từ 200-500 bp dạt tiêu chuẩn, san lượng sau gan huỳnh quang cùa 48 mầu nghiên cửu tử 3- 6pg tương ứng với hoạt tính đặc hiệu từ 15-50pmol/pg Quỵ trinh kỳ thuật aCGH có nhiều giai đoạn khác nhau, giai đoạn có bước kiềm định, dam bao quy trinh dược thành công kct qua phản tích rỏ ráng Bước dầu hỗn thiện quy trinh kỳ thuật aCGH Kỹ thuật aCGH cho phép phát bất thường NST với ty lệ cao (29.2%) tâng 16.7% so với kỳ thuật karyotype truyền thống khâng định giá trị cao cua kỹ thuật aCGH phát bầt thường NST 68 KIẾN NGHỊ Thực hiộn kỳ thuật aCGH trẽn mầu rộng theo quy trinh chuẩn hóa nhầm thống kê phát bất thường NST thường gập vã lư vẩn di truyền Thiết ke thường NST cua nghiên aCGH so cửuvới đế so sảnh phương khàpháp năngkhác phát bất TÀI LIỆU THAM KHÁO Redon R Ishikawa S Fitch K.R et al (2006) Global variation in copy number Ũ1 the human genome Nature, 444(7118) 444-454 Congenital anomalies accessed: 11/18/2020 Bộ Y tc khuyển cáo: Phát nhiều trường hợp bệnh lý thai nhi nhờ sàng lọc trước sinh, sơ sinh - Chương trinh mục tiêu quốc gia - cống thông tin Bộ Y tể accessed: 11/10/2020 Szczaluba K Nowakowska B Sobccka K et aL (2016) Application of Array Comparative Genomic Hybridization in Newborns with Multiple Congenital Anomalies Adv Exp Med Biol 912 1-9 Boone P.M and Stankiewicz p (2013) Array Comparative Genomic Hybridization Brenner's Encyclopedia of Genetics (Second Edition) Academic Press San Diego 193-197 Congenital anomalies, accessed: 11/04/2020 Kumar p Burton B (2008) Congenital malformations 1st edition McGraw-Hill Professional Publishing -ÍM CỊỈ ugc V Hl 69 Prevent and control birth defects accessed: 11/21/2020 Lozano R Naghavi M Foreman K et aL (2012) Global and regional mortality from 235 causes of death for 20 age groups in 1990 and 2010: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2010 The Lancet 380(9859) 2095 2128 10 Sekhobo J.p and Druscheỉ C.M (2001) An evaluation of congenital malformations suneillance in New York State: an application of Centers for Disease Conuol aid Prevention (CDC) guidelines for evaluating surveillance systems Public Health Rep 116(4) 296 305 11 Mashuda F Zuechner A Chalya P.L et al (2014) Pattern and factors associated with congenital anomalies among young infants admitted at Bugando medical cenưe Mwanza Tanzania BMC Res Notes, 195 12 Parmar D.A Rathod D.SP Patel D.S.V et al A Study of Congenital Anomalies In Newborn 13 Emanuel I Huang s.-w Gutman L.T et al (1972) The incidence of congenital malformations in a Chinese population: The Taipei collaborative study Teratology- 5(2) 159-169 14 (2020) Number of neonatal deaths - by cause accessed: 11/19/2020 15 (2020) Number of postneonatal deaths - by cause, accessed: 11/14/2020 -ÍM CỊỈ ugc V Hl 16 Hu T Zhang z Wang J., et al (2019) Chromosomal Aberrations in Pediatric Patients with Developmental Delay/Intellectual Disability: A Single-Center Clinical Investigation BioMed Res Int 2019 17 Sadek A.A and Mohamed M.A (2018) Yield of kaiyotyping in children with developmental delay and/or dysmorphic features in Sohag University Hospital, upper Egypt Egypt J Med Hum Genet 19(3) 253- 259 18 Brown K.A Parikh s and Patel D.R (2020) Understanding basic concepts of developmental diagnosis in children Transỉ Pediaư 9(Suppl 1) S9-S22 19 Todros T Capuzzo E and Gaglioti P (2001) Prenatal diagnosis of congenital anomalies Images Paediatr Cardiol 3(2) 18 20 Dobrescu M.A Burada F Cucu M.G et al (2018) Prenatal Genetic Counseling in Congenital Anomalies IntechOpen 21 (2020) Chromosomes Fact Sheet Genome.gov accessed: 11/22/2020 22 (2020) Chromosome Genome.gov accessed: 11/23/2020 36 Cirigliano V Voglino G Ordoiiez E., et al (2009) Rapid prenatal diagnosis of common chromosome aneuploidies by QF-PCR results of -ÍM CỊỈ ugc V Hl years of clinical experience Prenat Diagn 29(1) 40-49 37 Schouten J.p_ McElgunn C.J Waaijer R et al (2002) Relative quantification of 40 nucleic acid sequences by multiplex ligation* dependent probe amplification .Vucleic Acids Res 30(12) e57 38 de Boer s and White S.J (2017) Genotyping Multiallelic Copy Number Variation with Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) Genotyping Springer New York New York NY, 147 -153 39 Schouten J., van Vught p and Galjaard R.-J (2019) Multiplex LigationDependent Probe Amplification (MLP A) for Prenatal Diagnosis of Common Aneuploidies Prenatal Diagnosis Springer New York New York NY, 161-170 40 Bejjani B.A and Shaffer L.G (2006) Application of Array-Based Comparative Genomic Hybridization to Clinical Diagnostics J Mol DiagnJMD 8(5) 528-533 41 Bejjani B.A Saleki R Ballif B.C et al (2005) Use of targeted arraybased CGH for the clinical diagnosis of chromosomal imbalance: Is less more? Am J Med Genet A 134 A(3) 259 267 42 Coe B.P Lockwood WAV Chari R., et al (2009) Comparative Genomic Hybridization on BAC Arrays Microarray Analysis of the Physical Genome Humana Press, Totowa NJ 19 43 Davies JJ Wilson I.M and Lam W.L (2005) Array CGH technologies and their applications to cancer genomes Chromosome Res 13(3), 237248 44 Costa J.L Meijer G Ylstra B., et al (2008) Array Comparative Genomic Hybridization Copy Number Profiling: A New Tool for Translational Research in Solid Malignancies Semin Radi ar Oncol 18(2), 98 104 45 Ylstra B van den IJssel p Carvalho B., et al (2006) BAC to die future! -c -ÍM -ÍMCỊỈ CỊỈugc ugcV Hl V Hl or oligonucleotides: a perspective for micro array comparative genomic hybridization (array CGH) Nucleic Acids Res 34(2) 445 450 46 Pinkel D and Albertson D.G (2005) Array comparative genomic hybridization and its applications in cancer Nat Genet 37(S6) s 11 SI 47 Carvalho B Ouwerkerk E Meijer G.A et al (2004) High resolution microarray comparative genomic hybridisation analysis using spotted oligonucleotides J Clin Pathol, 57(6) 644 646 48 Pollack J.R., Perou C.M Alizadeh A.A., et al (1999) Genome-wide analysis of DNA copy-number changes using cDNA microarrays Nat Genet 23(1), 41-46 49 on behalf of the ACMG Professional Practice and Guidelines Committee, Waggoner D., Wain K.E., el aL (2018) Yield of additional genetic testing after chromosomal microarray for diagnosis of neurodevelopmental disability and congenital anomalies: a clinical practice resource of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) Genet Med 20(10), 1105-1113 50 Zhang c Cerveira E Romanoxitch M et al (2017) Array-Based Comparative Genomic Hybridization (aCGH) Cancer Cytogenetics Springer New York New York NY 167 179 51 Lucito R (2003) Representational Oligonucleotide Microanay Analysis: A High-Resolution Method to Detect Genome Copy Number Variation Genome Res 13(10), 2291 2305 52 Ou z Kang S.-H.L Shaw C.A et al (2008) Bacterial artificial chromosome-emulation oligonucleotide arrays for targeted clinical arraycomparative genomic hybridization analyses Genet Med, 10(4) 278-289 53 Lai \V.R_ Johnson M.D Kucherlapati R et al (2005) Comparative analysis of algorithms for identifying amplifications and deletions in array CGH data Bio informatics 21(19) 3763 3770 -ÍM CỊỈ ugc V Hl 54 Carter N.p (2007) Methods and strategies for analyzing cop} number variation using DNA microarrays Nat Genet 39(S7), s 16-S21 55 Freeman J.L (2006) Cop}' number variation: New insights in genome diversity Genome Res, 16(8), 949 -961 56 Sharp A.J Locke D.p, McGrath S.D., et al (2005) Segmental Duplications and Copy-Number Variation in the Human Genome Am J Hum Genet 77(1), 7$ 88 57 Riggs E.R_ Andersen E.F Cherry A.M, et at (2020) Technical standards for the interpretation and reporting of constitutional copy number variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and the Clinical Genome Resource (ClinGen) Genet Med Off J Am Coll Med Genet 22(2), 245-257 58 Armour C.M Dougan S.D Brock J -A, et al (2018) Practice guideline: joint CCMG-SOGC recommendations for the use of chromosomal microarray analysis for prenatal diagnosis and assessment of fetal loss in Canada J Med Genet, 55(4) 215 221 59 Buchanan J.A Chitayat D Kolomietz E et aL (2015) Prenatal genomic microarray and sequencing in Canadian medical practice: towards consensus J.Med Genet, 52(9) 585 586 60 Donaghue c Davies N Ahn J.W., et al (2017) Efficient and costeffective genetic analysis of products of conception and fetal tissues using a QF-PCR/airav CGH strategy; five years of data Mol Cytogenet, 10 61 Alm J.W., Mann K Walsh s.f et al (2010) Validation and implementation of array comparative genomic hybridisation as a first line test in place of postnatal kaiyotyping for genome imbalance Mol Cytogenet 3.9 62 Wapner R.J Martin C.L Levy B et al (2012) Chromosomal Microarray versus Karyotyping for Prenatal Diagnosis .V Engl J Med 367(23) 21752184 63 Kail A.S.Y Lau E.T Tang W.F, et al (2014) Whole-Genome Array CGH -c -ÍM -ÍMCỊỈ CỊỈugc ugcV Hl V Hl Evaluation for Replacing Prenatal Karyotyping in Hong Kong PLoS ONE 9(2) e87988 64 Rosenfeld J.A Tucker M.E Escobar L.F et al (2015) Diagnostic utility of microarray testing in pregnancy’ loss Ultrasound Obstet Gynecol OffJlnt Soc Ultrasound1 Obstet Gynecol 46(4) 478 486 65 Stankiewicz p and Beaudet A.L (2007) Use of array CGH in the evaluation of dysmorphologv malformations, developmental delay, and idiopathic mental retardation Curr Opm Genet Dew 17(3) 182 192 66 Gũrkan H., Alli E.Ĩ Alli E et al (2020) Chromosomal Microarray Analysis in Turkish Patients with Unexplained Developmental Delay and Intellectual Developmental Disorders Noro Psikiyatri Arsivi 57(3) 177191 67 War§ R Lei T Fu F et al (2019) Application of chromosome microarray analysis in patients with unexplained developmental delay intellectual disability in South China Pediarr Neonatal 60(1) 35 42 68 Di Gregorio E- Riberi E Belligni E.F et al (2017) Copy number variants analysis in a cohort of isolated and syndromic developmental delay/intellectual disability reveals novel genomic disorders, position effects and candidate disease genes Clin Genet 92(4) 415 422 -ÍM CỊỈ ugc V Hl ... Hoãn thiện quy trinh kỳ thuật lai so sánh hộ gen aCGH -ÍM Qỉ ugc V Hl 48 - Đợc kct quã cua kỳ thuật lai so sảnh hộ gen aCGH - Mõ ta sỗ bất thường NST phát dược kỳ thuật lai so sánh hệ gen aCGH. .. nhiêm sảc the*’ nhầm mục tiêu sau: Hoàn thiện kỳ thuật lai so sánh hệ gen (aCGH) phán tích bất thường NST Mỏ tã bấthệ thường NST phát kỳ thuật Ỉỉìi sosố sánh gen (aCGH) -■c -ÍM -ÍM Qỉ Qỉ ugc ugc... phát bất thường NST với ty lệ cao với kỳ' thuật nhiễm sắc thè dồ thơng thường Từ khóa: aCGH lai so sánh hộ gen bất thường nhỉễni sắc thê chân đoán trước sinh, nhiễm sẳc đồ 7 Đ/T VÁN ĐÈ Bất thường