CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN SARSCoV2Phân họ Coronavirus gồm bốn chi: Alpha, Beta(động vật có vú); Gamma và Delta Coronavirus(chim).7 loại lây nhiễm cho người (HCoV) là:229E (alpha coronavirus)NL63 (alpha coronavirus)OC43 (beta coronavirus)HKU1 (beta coronavirus)SARSCoV SARS, 2002 (beta coronavirus)MERSCoV Hội chứng hô hấp Trung Đông, 2012(beta coronavirus)SARSCoV2, COVID19, 2019 (beta coronavirus)
CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2 PGS.TS.BS Nguyễn Thị Băng Sương Trưởng khoa Xét nghiệm BV Đại học Y Dược TP.HCM UNIVERSITY MEDICAL CENTER NỘI DUNG TỔNG QUAN CÁC PHƯƠNG PHÁP XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN SARS-CoV-2 KẾT LUẬN UNIVERSITY MEDICAL CENTER TỔNG QUAN Phân họ Coronavirus gồm bốn chi: Alpha, Beta (động vật có vú); Gamma Delta Coronavirus (chim) loại lây nhiễm cho người (HCoV) là: 229E (alpha coronavirus) NL63 (alpha coronavirus) OC43 (beta coronavirus) HKU1 (beta coronavirus) SARS-CoV - SARS, 2002 (beta coronavirus) MERS-CoV - Hội chứng hô hấp Trung Đông, 2012 (beta coronavirus) SARS-CoV-2, COVID-19, 2019 (beta coronavirus) UNIVERSITY MEDICAL CENTER Cấu trúc virus SARS-CoV-2 • Virus hình cầu, đường kính ~ 125 nm • Các protein bề mặt lên hình gai, • Chứa protein cấu trúc chính; protein gai (Sspike), protein màng (M), protein vỏ (E), nucleocapsid (N) • Thay đổi protein gai dẫn đến thay đổi khả lây truyền vi rút hay mức độ nghiệm trọng bệnh • Khi có nhiều lây nhiễm cộng đồng dân cư, khả đột biến vi rút cao UNIVERSITY MEDICAL CENTER THỜI GIAN Ủ BỆNH ‒ Khoảng thời gian ủ bệnh: 2- 14 ngày ‒ Thời gian ủ bệnh trung bình: Virus Incubation Period (typical cases) Novel Coronavirus (COVID-19) 2-14 or 0-24 days * ‒ Đã có báo cáo cho thấy SARS 2-7 days, as long as 10 days thời gian ủ bệnh kéo dài tới 27 MERS days (range: 2-14) 5-7 1-4 days, as long as days Swine Flu Thời gian ủ bệnh kéo dài tạo Seasonal Flu days (1-4 range) điều kiện tăng khả lây lan bệnh dịch Symptoms of Novel Coronavirus (2019-nCoV) - CDC https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/index.html Coronavirus incubation could be as long as 27 days, Chinese provincial government says - Reuters, Feb 22, 2020 UNIVERSITY MEDICAL CENTER CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐỐN SARS-CoV-2 Giải Trình Tự Gene Ni Cấy Vi Rút Tỉnh • Xác định trình tự gen virus • Khẳng định mơ tả đặc điểm virus • Nghiên cứu Huyện Hệ th ốn g Ph ò ng Xé tn gh iệ m ph ân cấ p • Phịng xét nghiệm chun Quốc Gia sâu đạt An tồn sinh học cấp (BLS-3) Khu Vực • Phát virus sống • Nghiên cứu Xét nghiệm miễn dịch XN khuếch đại acid nucleic • Phát kháng nguyên virus: NAAT (Real time RT-PCR, PCR-LAMP) • Phát vật chất di truyền virus • Có thể sàng lọc khẳng định nhiễm Covid-19 QĐ 2022/QĐ-BYT: 28/4/2021 • Phát kháng thể kháng virus (Hiện khơng áp dụng cho mục đích sàng lọc chẩn đoán) UNIVERSITY MEDICAL CENTER PHÂN LOẠI PHƯƠNG PHÁP XÉT NGHIỆM Phát virus thành Phát kháng thể (gián tiếp phần virus (trực tiếp) - Nuôi cấy Kháng thể IgM, IgG - Phát ARN virus: Real-time RT-PCR,… - Kháng nguyên virus IgM IgG UNIVERSITY MEDICAL CENTER Nuôi cấy tế bào virus Mẫu covid-19 nuôi cấy thành công sử dụng làm mẫu chuẩn sản xuất sinh phẩm chẩn đoán, nghiên cứu vaccine, dược phẩm UNIVERSITY MEDICAL CENTER Giải trình tự gen - Khẳng định xác định đặc điểm vi rút - Giám sát mặt virus học, theo dõi/ phát đột biến q trình tiến hóa virus - Truy vết ổ dịch, khu vực có dịch để áp dụng biện pháp can thiệp, đánh giá test chẩn đốn UNIVERSITY MEDICAL CENTER Tóm tắt biến thể đáng lo ngại (VOC) SARS-CoV-2 Tên (dòng PANGO) Quốc gia phát Tên nhánh theo GISAID Tên nhánh theo NextStrain Tên khác Thời điểm phát Đột biến Protein hình gai Các đột biến khác B.1.1.7 B.1.351 B.1.1.28.1 Anh Nam Phi Brazil GRY GH GR 20I/501Y.V1 20H/501Y.V2 20J/501Y.V3 VOC 202012/01 9/2020 501Y.V2 8/2020 501Y.V3 12/2020 • Xóa đoạn 69-70 • Xóa đoạn 144 • N501Y • A5700 • D614G • P681H • Xóa đoạn L242/A243/L244 • N501Y • D614G • E484K • K417N • N501Y • D614G • E484K K417N Xóa đoạn S106/G107/F108 Protein phi cấu trúc (NSP 6) Khi phát kháng nguyên SARS-CoV-2? Triệu chứng xuất Lây nhiềm hầu hết nhóm Ngưỡng phát xn nhanh KN Ngưỡng phát nuôi cấy vi rút Tải lượng vi rút Ngưỡng phát PCR Conference | Presentation title Time (days) 20 Khi phát kháng nguyên SARS-CoV-2? • • XN KN SARS-CoV-2 phải đáp ứng yêu cầu hiệu tối thiểu độ nhạy ≥80% độ đặc hiệu ≥97% so với xét nghiệm phân tử NAAT (xét nghiệm khuếch đại axit nucleic) phê duyệt Vì XN nhanh kháng nguyên SARS-CoV-2 dễ thực cho kết nhanh chóng, chúng giúp mở rộng xét nghiệm giảm chậm trễ chẩn đoán cách chuyển xét nghiệm từ phòng xét nghiệm tham chiếu sang sở lâm sàng • Đánh đổi cho đơn giản giảm độ nhạy so với xét nghiệm phân tử NAAT Những trường hợp bị bỏ sót thực XN kháng nguyên SARS-CoV-2 Antigen-detection in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection using rapid immunoassays Interim guidance – 11 September 2020 Geneva: World Health Organization; 2020 Sensitivity refers to the percentage of SARS-CoV-2 infected patients who are correctly identified as having SARS-CoV-2 infection Conference | Presentation title Xét nghiệm miễn dịch: Kháng nguyên QUAN TRỌNG: Tại khu vực có tỷ lệ lây nhiễm thấp, XN kháng nguyên không đáng tin chúng có độ đặc hiệu cao (>99%) Khơng khuyến cáo: • Khu vực có tỷ lệ lây nhiễm thấp; khơng có có ca bệnh đơn lẻ • XN cho người khơng có triệu chứng (trừ trường hợp người tiếp xúc với ca bệnh khẳng định • Cửa khẩu/Sàng lọc cách ly • Giá trị tiên lượng dương tính giá trị tiên lượng âm tính kết XN kháng nguyên nhanh không đủ | Lưu Ý quan trọng lựa chọn test Lựa chọn test • Chất lượng số liệu dùng để thẩm định • Chất lượng test ghi nhận • Tình trạng đánh giá, thẩm định – WHO EUL: 20 RT-PCR, test nhanh kháng nguyên – US-FDA – Bộ Y tế • Năng lực sản xuất chứng chất lượng • Khả phân phối hỗ trợ kỹ thuật • Điều kiện vận chuyển, bảo quản; thời hạn sử dụng thành phần kit • Dễ sử dụng • Giá thành • Đáp ứng nhu cầu mục đích sử dụng Áp dụng • • • Đúng đối tượng yêu cầu nêu hướng dẫn sử dụng test Tập huấn • Lấy mẫu • Thực XN • Phiên giải kết XN • Quản lý chất thải • An tồn sinh học Đánh giá sau sử dụng • Kiểm tra theo dõi • Phản hồi Lưu ý: Nếu test kit không áp dụng cho đối tượng đề hướng dẫn sử dụng PXN phải làm thẩm định Phương pháp đầy đủ thay đổi mục đích so với nhà sản xuất đưa Xét nghiệm phát kháng thể Test nhanh Kết vòng 15 phút ELISA Kết 2-4 tiếng CMIA /ECLIA (điện hóa phát quang) Kết 15-60 phút UNIVERSITY MEDICAL CENTER Diễn tiến xét nghiệm SARS-CoV-2 - Phát đáp ứng miễn dịch với virus • IgM: kháng thể Khơng kéo dài • IgG: xuất sau Kéo dài lâu • Total Antibodies: Tất kháng thể: IgM, IgG, IgA v.v From: Sethuraman et al, JAMA Published online May 6, 2020 doi:10.1001/jama.2020.8259 UNIVERSITY MEDICAL CENTER Phiên giải kết xét nghiệm kháng thể Dương tính Âm tính • Khi kháng thể (+) có nghĩa • Có nghĩa người có bị nhiễm SARS-CoV-2 thể không bị nhiễm hệ thống miễn dịch thể • Cũng nhiễm đáp ứng với vi rút thời xảy đáp ứng điểm trước miễn dịch chưa đủ mạnh • Xét nghiệm huyết học để tạo đủ lượng kháng không phát người thể để phát hiện nhiễm SARS- • Hoặc chưa đủ thời gian để CoV-2 KHÔNG dùng để tạo kháng thể sau bị chẩn đốn tình trạng nhiễm phơi nhiễm COVID-19 UNIVERSITY MEDICAL CENTER Xét nghiệm kháng thể: xem xét tỷ lệ mắc https://academic.oup.com/ajcp/advancearticle/doi/10.1093/ajcp/aqaa082/5837473 UNIVERSITY MEDICAL CENTER Xét nghiệm kháng thể: xem xét tỷ lệ mắc Ví dụ: Một loại test COVID-19 có độ đặc hiệu 98% 100 tests có kết dương tính giả Nếu tỷ lệ mắc COVID-19 tổng quần thể dân số 50% 100 tests có 50 kết dương tính thật kết dương tính giả (PPV=96%) Nếu tỷ lệ mắc COVID-19 1% thì: 100 test có kết dương tính thật kết dương tính giả (PPV=33%) UNIVERSITY MEDICAL CENTER Xét nghiệm phát kháng thể Nhiều điều chưa biết đáp ứng miễn dịch với SARS-CoV-2 người nhiễm vi rút Các nghiên cứu giai đoạn thực Khơng dùng cho mục đích sàng lọc chẩn đoán xác định nhiễm SARS-CoV-2 đánh giá khả bảo vệ chống lại phơi nhiễm vi rút lần và/ cho mục đích truy tìm tiếp xúc Theo dõi hiệu vaccine UNIVERSITY MEDICAL CENTER Diễn giải chung kết KẾT QUẢ XÉT NGHIỆM RNA Antigen BIỆN GIẢI KẾT QUẢ** IgM IgG + – – – Bệnh nhân thời kỳ đầu nhiễm kháng nguyên kháng thể giới hạn phát chưa tạo + + – – Bệnh nhân thời kỳ đầu nhiễm kháng thể chưa tạo giới hạn phát + + + – Bệnh nhân giai đoạn nhiễm hoạt động bắt đầu phát triển phản ứng miễn dịch với sản xuất kháng thể IgM – + + – Bệnh nhân giai đoạn đầu nhiễm Kết RNA âm tính giả IgM dương tính giả – + + + Bệnh nhân giai đoạn đầu nhiễm Kết RNA âm tính giả + + + + Bệnh nhân giai đoạn nhiễm hoạt động; phản ứng miễn dịch tiến triển + + – + Bệnh nhân giai đoạn muộn nhiễm phát triển nhiễm tái phát (rất hiếm) – – + + Bệnh nhân giai đoạn muộn hồi phục nhiễm RNA âm tính giả – – – + Bệnh nhân khỏi bệnh bị nhiễm khứ CENTER **Kết xét nghiệm phải xem xét với liệu lâm sàng khác sẵn cóUNIVERSITY bác sĩ lâm sàngMEDICAL European Commission Current performance of COVID-19 test methods and devices and proposed performance criteria April 16 th, 2020 Tóm tắt: Phân biệt phương pháp xét nghiệm UNIVERSITY MEDICAL CENTER KẾT LUẬN Có nhiều phương pháp xét nghiệm chẩn đốn COVID-19 Real-time RT-PCR: xét nghiệm sàng lọc khẳng định chẩn đốn thường quy Ni cấy virus & giải trình tự gene: sử dụng cho mục đích nghiên cứu & sản xuất vaccine XN phát kháng ngun: ngày hồn thiện, hữu ích cho thực tiễn lâm sàng XN phát kháng thể: khơng sử dụng cho mục đích sàng lọc & chẩn đốn xác định nhiễm SARS-CoV-2, có tác dụng hỗ trợ chẩn đoán đánh giá dịch tễ học UNIVERSITY MEDICAL CENTER TÀI LIỆU THAM KHẢO Đỗ Thị Thanh Thủy, CDC Việt Nam, Cập nhật phương pháp xét nghiệm SARS- CoV2 CDC Hoa Kỳ Việt Nam FDA • https://www.fda.gov/medical-devices/coronavirus-disease-2019-covid-19-emergency-use-au thorizations-medical-devices/eua-authorized-serology-test-performance Bộ y tế • Quyết định 3468/QĐ-BYT ngày 7/8/2020, Hướng dẫn tạm thời giám sát phòng, chống COVID-19 • Quyết định 4042/QĐ-BYT, ngày 21/9/2020, Kế hoạch xét nghiệm nhiễm SARS-CoV-2 giai đoạn dịch COVID -19 U.S CDC: • Overview of Testing for SARS-CoV-2 (COVID-19): https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/testing-overview.html • Interim Guidelines for COVID-19 Antibody Testing: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antibody-tests-guidelines.html • Interim Guidance for Rapid Antigen Testing for SARS-CoV-2: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antigen-tests-guidelines.html Tài liệu tập huấn xét nghiệm SARS-COV2 viện Pasteur UNIVERSITY MEDICAL CENTER www.bvdaihoc.com.vn TRÂN TRỌNG CẢM ƠN UNIVERSITY MEDICAL CENTER ... xét nghiệm phân tử NAAT (xét nghiệm khuếch đại axit nucleic) phê duyệt Vì XN nhanh kháng nguyên SARS-CoV-2 dễ thực cho kết nhanh chóng, chúng giúp mở rộng xét nghiệm giảm chậm trễ chẩn đoán cách... Phân biệt phương pháp xét nghiệm UNIVERSITY MEDICAL CENTER KẾT LUẬN Có nhiều phương pháp xét nghiệm chẩn đốn COVID-19 Real-time RT-PCR: xét nghiệm sàng lọc khẳng định chẩn đốn thường quy ... UNIVERSITY MEDICAL CENTER XÉT NGHIỆM MIỄN DỊCH Xét nghiệm kháng nguyên UNIVERSITY MEDICAL CENTER Xét nghiệm kháng nguyên UNIVERSITY MEDICAL CENTER Xét nghiệm kháng nguyên Test nhanh Phương pháp