Xác định một số loài nấm hiện diện trên cây lúa (oryza sativa) nhiễm bệnh đạo ôn và cháy lá thu thập tại tỉnh an giang và kiên giang

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Vũ Thị Tuyết Nhung XÁC ĐỊNH MỘT SỐ LOÀI NẤM HIỆN DIỆN TRÊN CÂY LÚA (Oryza sativa) NHIỄM BỆNH ĐẠO ÔN VÀ CHÁY LÁ THU THẬP TẠI TỈNH AN GIANG VÀ KIÊN GIANG LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC THỰC NGHIỆM TP.Hồ Chí Minh, tháng năm 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Vũ Thị Tuyết Nhung XÁC ĐỊNH MỘT SỐ LOÀI NẤM HIỆN DIỆN TRÊN CÂY LÚA (Oryza sativa) NHIỄM BỆNH ĐẠO ÔN VÀ CHÁY LÁ THU THẬP TẠI TỈNH AN GIANG VÀ KIÊN GIANG Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 8420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC THỰC NGHIỆM NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC TS Nguyễn Hoàng Dũng TP.Hồ Chí Minh, tháng năm 2021 i LỜI CAM ĐOAN Người thực đề tài xin cam đoan: Đề tài cơng trình nghiên cứu thực cá nhân, thực hướng dẫn khoa học TS Nguyễn Hoàng Dũng Các số liệu thu thập kết phân tích đề tài trung thực, đề tài không trùng với đề tài nghiên cứu khoa học Những thông tin tham khảo trích dẫn cụ thể nguồn sử dụng Tp.HCM, ngày tháng năm 2021 Người thực Vũ Thị Tuyết Nhung ii LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin chân thành gửi lời cảm ơn đến ban lãnh đạo Viện Sinh học Nhiệt đới, Viện Hàn Lâm Khoa Học Công Nghệ Việt Nam tạo điều kiện cho tơi học hỗ trợ tồn kinh phí, máy móc trang thiết bị để tạo điều kiện giúp tơi hồn thành đề tài tốt nghiệp Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tri ân sâu sắc TS Nguyễn Hồng Dũng Trưởng phịng Vi Sinh, Viện Sinh Học Nhiệt Đới, Viện Hàn Lâm Khoa Học Công Nghệ Việt Nam phụ trách hướng dẫn đề tài cho tơi tận tình bảo, hướng dẫn, giảng dạy, giúp đỡ động viên suốt thời gian thực đề Tôi xin chân thành cảm ơn Học viện Khoa học Công nghệ, đặc biệt thầy cô giáo trực tiếp giảng dạy chun đề tồn khóa học tạo điều kiện, đóng góp ý kiến cho tơi suốt q trình học tập hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn anh chị phòng Vi sinh, Viện Sinh Học Nhiệt Đới, Viện Hàn Lâm Khoa Học Công Nghệ Việt Nam bạn lớp Sinh học thực nghiệm đồng hành, chia sẻ giúp đỡ em suốt thời gian học tập thực đề tài Bên cạnh đó, cơng lao khơng thể thiếu kể đến góp phần khơng nhỏ q trình tơi thực luận văn thạc sỹ nguồn lượng sống từ gia đình bạn bè tơi Tơi muốn nói lời cảm ơn tới gia đình chăm sóc, động viên thể chất lẫn tinh thần, mang cho động lực cố gắng Xin trân trọng cảm ơn! Người thực Vũ Thị Tuyết Nhung iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC KÍ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT .v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ VÀ ĐỒ THỊ vii MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Mục tiêu đề tài Nội dung nghiên cứu .2 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài CHƯƠNG TỔNG QUAN ĐỀ TÀI 1.1 TÌNH HÌNH NẤM GÂY BỆNH TRÊN CÂY LÚA TẠI TỈNH AN GIANG VÀ KIÊN GIANG 1.1.1 Tình hình nấm gây bệnh lúa tỉnh An Giang 1.1.2 Tình hình nấm gây bệnh lúa tỉnh Kiên Giang 1.2 MỘT SỐ BỆNH HẠI THƯỜNG GẶP TRÊN CÂY LÚA 1.2.1 Bệnh đạo ôn 1.2.2 Bệnh cháy 1.3 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU TRONG NƯỚC VÀ NGỒI NƯỚC 10 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 14 2.1 THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU 14 2.1.1 Thời gian 14 2.1.2 Địa điểm 14 2.2 ĐỐI TƯỢNG VÀ VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU 14 iv 2.2.1 Đối tượng nghiên cứu 14 2.2.2 Dụng cụ thiết bị 14 2.2.3 Mơi trường hóa chất 15 2.3 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 16 2.3.1 Phương pháp thu mẫu 16 2.3.2 Phân lập làm 16 2.3.3 Thí nghiệm lây bệnh nhân tạo 17 2.3.4 Định danh nấm phương pháp phân tích hình thái học phương pháp giải trình tự vùng gen ITS 18 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 23 3.1 THU MẪU 23 3.1.1 Thu mẫu tỉnh An Giang 23 3.1.2 Thu mẫu tỉnh Kiên Giang 23 3.2 PHÂN LẬP, LÀM THUẦN VÀ QUAN SÁT HÌNH THÁI .24 3.2.1 Phân lập, làm quan sát hình thái tỉnh An Giang .24 3.2.2 Phân lập, làm quan sát hình thái tỉnh Kiên Giang 30 3.3 TÁI NHIỄM THEO QUY TẮC KOCH 38 3.4 ĐỊNH DANH CÁC CHỦNG NẤM ĐƯỢC PHÂN LẬP BẰNG PHƯƠNG PHÁP SINH HỌC PHÂN TỬ 44 3.4.1 Khuếch đại vùng gen ITS 44 3.4.2 Giải trình tự gene ITS 45 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 51 4.1 KẾT LUẬN 51 4.2 KIẾN NGHỊ 51 TÀI LIỆU THAM KHẢO 52 PHỤ LỤC v DANH MỤC KÍ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT P:C:I Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol CTAB Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide ĐBSCL Đồng sông Cửu Long DNA Deoxyribonucleotide Acid EDTA Ethylene Diamin Tetracetic Acid ETS External Transcribed Spacer NCBI National Center for Biotechnology Informatic PCR Polymerase Chain Reaction PDA Potato Dextrose Agar RNA Ribonucleic acid SHPT Sinh học phân tử vi DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Kết phân lập làm mẫu tỉnh An Giang 24 Bảng 3.2 Kết phân lập làm mẫu tỉnh Kiên Giang 30 Bảng 3.3 Kết phân lập làm mẫu tái nhiễm 40 Bảng 3.4 Trình tự tương đồng ngân hàng gen NCBI chủng nấm T 1.3 46 Bảng 3.5 Trình tự tương đồng ngân hàng gen NCBI chủng nấm T 2.3 47 Bảng 3.6 Trình tự tương đồng ngân hàng gen NCBI chủng nấm T 3.3 48 Bảng 3.7 Trình tự tương đồng ngân hàng gen NCBI chủng nấm T 4.3 48 56 Utopo E.B., Ogbodo E.N., Nwogbaga A.C., 2011, Seedborne mycoflora asociated with rice and thỉ influence on growth at Abakaliki, Southeast AgroEcology, Nigeria, Libyan Agriculture Research Center Journal Internation, 2(2), pp 79-84 38 PHỤ LỤC Phụ lục Kết thu mẫu tỉnh An Giang Kiên Giang Bảng Kết thu mẫu tỉnh An Giang STT Kí hiệu mẫu 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 AG 1.1 AG 1.2 AG 1.3 AG 1.4 AG 2.1 AG 2.2 AG 2.3 AG 2.4 AG 3.1 AG 3.2 AG 3.3 AG 3.4 AG 4.1 AG 4.2 AG 4.3 AG 4.4 AG 4.5 AG 5.1 AG 5.2 AG 5.3 AG 5.4 AG 6.1 AG 7.1 AG 7.2 AG 7.3 AG 7.4 AG 8.1 AG 9.1 AG 9.2 AG 9.3 AG 9.4 AG 10.1 33 34 35 36 37 38 39 40 AG 10.2 AG 10.3 AG 10.4 AG 11.1 AG 11.2 AG 11.3 AG 11.4 AG 12.1 Bảng Kết thu mẫu tỉnh Kiên Giang STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 Ký hiệu mẫu KG 1.1 KG 1.2 KG 1.3 KG 2.1 KG 2.2 KG 2.3 KG 3.1 KG 3.2 KG 4.1 KG 4.2 KG 4.3 KG 5.1 KG 5.2 KG 6.2 KG 6.3 KG 7.1 KG 7.2 KG 7.3 KG 8.1 KG 8.2 KG 9.1 KG 9.2 KG 9.3 KG 10.1 KG 10.2 KG 10.3 KG 11.1 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 KG 11.2 KG 11.3 KG 12.1 KG 13.1 KG 13.2 KG 13.3 KG 14.1 KG 14.2 KG 15.1 KG 16.1 KG 16.2 KG 16.3 KG 17.1 KG 17.2 KG 18.1 KG 18.2 KG 18.3 KG 19.1 KG 19.2 KG 20.1 KG 20.2 KG 20.3 KG 21.1 KG 21.2 KG 21.3 KG 22.1 KG 22.2 KG 22.3 KG 23.1 KG 23.2 KG 24.1 KG 24.2 KG 24.3 KG 24.4 KG 25.1 KG 25.2 KG 25.3 KG 25.4 KG 26.1 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 KG 26.2 KG 26.3 KG 26.4 KG 27.1 KG 27.2 KG 28.1 KG 28.2 KG 28.3 KG 29.1 KG 29.2 KG 29.3 KG 30.1 KG 30.2 KG 31.1 KG 31.2 KG 31.3 KG 32.1 KG 32.2 KG 32.3 KG 33.1 KG 33.2 KG 33.3 KG 34.1 KG 34.2 KG 34.3 KG 35.1 KG 35.2 KG 36.1 KG 36.2 KG 36.3 KG 36.4 KG 37.1 KG 37.2 KG 37.3 Phụ lục Kết giải trình tự vùng gen ITS Chủng nấm T 1.3 Chủng nấm T 2.3 Chủng nấm T 3.3 Chủng nấm T 4.3 ... ? ?Xác định loài nấm diện lúa (Oryza sativa) nhiễm bệnh đạo ôn cháy thu thập tỉnh An Giang Kiên Giang? ?? thực Mục tiêu đề tài Xác định số loài nấm diện lúa nhiễm bệnh đạo ôn cháy thu thập tỉnh An. .. QUAN ĐỀ TÀI 1.1 TÌNH HÌNH NẤM GÂY BỆNH TRÊN CÂY LÚA TẠI TỈNH AN GIANG VÀ KIÊN GIANG 1.1.1 Tình hình nấm gây bệnh lúa tỉnh An Giang 1.1.2 Tình hình nấm gây bệnh lúa. .. DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Vũ Thị Tuyết Nhung XÁC ĐỊNH MỘT SỐ LOÀI NẤM HIỆN DIỆN TRÊN CÂY LÚA (Oryza sativa) NHIỄM BỆNH ĐẠO