Nghiên cứu đa hình trình tự vùng điều khiển (d-loop) hệ gen ty thể của gà ri, gà đông tảo và gà tre .pdf

Nghiên cứu đa hình trình tự vùng điều khiển (d-loop) hệ gen ty thể của gà ri, gà đông tảo và gà tre .pdf

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM -0o0 - LÊ TIẾN NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH TRÌNH TỰ VÙNG ĐIỀU KHIỂN (D-LOOP) HỆ GEN TY THỂ CỦA GÀ RI, GÀ ĐÔNG TẢO VÀ GÀ TRE LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC THÁI NGUYÊN - 2009 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM -0o0 - LÊ TIẾN NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH TRÌNH TỰ VÙNG ĐIỀU KHIỂN (D-LOOP) HỆ GEN TY THỂ CỦA GÀ RI, GÀ ĐÔNG TẢO VÀ GÀ TRE Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60.42.30 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: PGS TS Nông Văn Hải Thái Nguyên - 2009 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi Các số liệu, kết nghiên cứu luận văn trung thực chƣa đƣợc công bố cơng trình Tác giả luận văn Lê Tiến Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS TS Nơng Văn Hải tận tình hƣớng dẫn, bảo tạo điều kiện giúp đỡ tơi q trình hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn TS Nguyễn Đăng Tôn, KS Vũ Hải Chi, CN Địch Thị Kim Hƣơng tập thể cán Phịng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Gen, Viện Công nghệ sinh học, Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam tạo điều kiện giúp đỡ tơi q trình thực luận văn Đề tài đƣợc hỗ trợ kinh phí từ đề tài nhánh thuộc đề tài "Xác định sai khác di truyền giống gà nội" PGS TS Lê Thị Thuý, Viện Chăn nuôi, Bộ Nông nghiệp Phát triển Nông thôn làm chủ nhiệm Tôi xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo trƣờng Đại học Sƣ phạm - Đại học Thái Nguyên, Ban chủ nhiệm khoa Sinh - KTNN thầy cô cán khoa Sinh - KTNN tạo điều kiện giúp đỡ tơi q trình học tập hồn thành luận văn Tơi xin cảm ơn gia đình bạn bè tạo điều kiện giúp đỡ, động viên khích lệ tơi suốt thời gian học tập thực luận văn Tác giả luận văn Lê Tiến Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn MỤC LỤC Trang MỞ ĐẦU…………………………………………………………… 01 Chƣơng TỔNG QUAN TÀI LIỆU………………………… ……… 04 1.1 SƠ LƢỢC VỀ NGUỒN GỐC VÀ VỊ TRÍ PHÂN LOẠI GÀ NHÀ 04 1.2 MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM CỦA CÁC GIỐNG GÀ NGHIÊN CỨU…… 06 1.2.1 Gà Ri……………………………………………………………… 06 1.2.2 Gà Đông Tảo (Ðông Cảo)…………………….……………… … 07 1.2.3 Gà Tre…………………………………………………………… 08 1.3 ĐẶC ĐIỂM HỆ GEN TY THỂ VÀ VAI TRÒ CỦA D-LOOP TRONG ĐỊNH LOẠI GÀ………… …………………………… … 08 1.3.1 Ty thể đặc điểm cấu trúc, chế di truyền hệ gen ty thể gà… 08 1.3.1.1 Đặc điểm cấu trúc ty thể……………………………… ……… 08 1.3.1.2 Cấu trúc hệ gen ty thể gà………………… …………… 09 1.3.1.3 Cơ chế di truyền mtDNA………… ………….……….….… 13 1.3.2 Cấu trúc vai trò vùng D-loop đánh giá đa dạng di truyền ……………………………… …………… 14 1.4 MỘT SỐ THÀNH TỰU VỀ ĐỊNH LOẠI PHÂN TỬ DỰA TRÊN GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG D-LOOP TY THỂ TRÊN THẾ GIỚI VÀ VIỆT NAM…………………… …………………………… …… 16 1.4.1 Các nghiên cứu giới………………………………….… 16 1.4.2 Các nghiên cứu Việt Nam…………………………………… 20 Chƣơng VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.1 VẬT LIỆU VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU 22 2.1.1 Nguyên liệu 22 2.1.2 Thiết bị 22 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 2.1.3 Hoá chất 23 2.1.4 Địa điểm nghiên cứu……………………………………….…… 23 2.2 CÁC PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU…… ………………….…… 24 2.2.1 Điện di gel agarose………… ………………………….…… 24 2.2.2 Khuếch đại vùng D-loop kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction)………………… …… … ………………… … 26 2.2.3 Tinh sản phẩm PCR…… ……….………… ……….… 28 2.2.4 Giải trình tự vùng D-loop…………………………….….……… 29 2.2.5 Phân tích liệu phần mềm chuyên dụng.……….……… 30 Chƣơng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN… ………………….……… 31 3.1 Nhân vùng D-loop kỹ thuật PCR…… …………………… 31 3.2 Xác định so sánh trình tự nucleotide mẫu nghiên cứu với trình tự chuẩn GenBank…… …………… …….… 36 3.3 Sự đồng trình tự nucleotide giống gà… …….…… 56 3.4 Phân tích mối quan hệ di truyền giống gà nghiên cứu … 56 3.5 So sánh mức độ đa dạng di truyền giống gà nghiên cứu với số quần thể gà châu Á…………… …………… … 58 3.6 Xây dựng phát sinh chủng loại…… ……………… ….……… 60 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 62 CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO…… …… …………………… …………… 65 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn NHƢNG CHỮ VIÊT TĂT ̃ ́ ́ ATP Adenosine triphosphate bp Base pair (căp bazơ) ̣ CJF Gà rừng Cyelon ddNTP Dideoxynucleoside triphosphate DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxynucleoside triphosphate DNase Deoxyribonuclease đtg Đồng tác giả EDTA Ethylene diamine tetra-acetic acid EtBr Ethidium bromide ETOH Ethanol GJF Gà rừng màu xám GrJF Gà rừng màu xanh mtDNA Hệ gen ty thể Nxb Nhà xuất PCR Polymerase Chain Reaction RJF Gà rừng đỏ RNA Ribonucleic acid RNase Ribonuclease rpm Vòng/ phút TAE Tris – acetate – EDTA Tm Nhiệt độ biến tính Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 3.1 Thành phần phản ứng khuếch đại DNA………….…… … 34 Bảng 3.2 Chu trình nhiệt phản ứng PCR……………………… 35 Bảng 3.3 Các điểm đa hình vùng D-loop giống gà nghiên cứu 51 Bảng 3.4 Sự phân bố 71 mẫu gà nghiên cứu theo kiểu đơn bội…………….…… ………………………………….…… 55 Bảng 3.5 Mối quan hệ di truyền giống gà nghiên cứu….…… 58 Bảng 3.6 So sánh mức độ đa dạng di truyền gà Việt Nam với số quần thể gà châu Á 59 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn DANH MỤC CÁC HÌNH Trang Hình 1.1 Sơ đồ cấu trúc ty thể .09 Hình 1.2 Sơ đồ mtDNA gà………………………………………….…… 12 Hình 3.1 Ảnh điện di sản phẩm PCR số mẫu gà nghiên cứu……………….…………………………………………………… 35 Hình 3.2 So sánh trình tự vùng D-loop 71 mẫu gà nghiên cứu với trình tự mang mã số GenBank AP003580 50 Hình 3.3 Hai đa hình phổ biến mẫu nghiên cứu C197T T426C………………………………………………………………… 52 Hình 3.4 Tỷ lệ % kiểu thay nucleotide 71 mẫu nghiên cứu……………………….………………………………………… … 53 Hình 3.5 Tần số phân bố kiểu đơn bội vùng D-loop hệ gen ty thể giống gà nghiên cứu……………………….…………… … 56 Hình 3.6 Cây phát sinh chủng loại giống gà nghiên cứu 60 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn MỞ ĐẦU Đặt vấn đề Gà nhà (Gallus gallus domesticus) giống vật nuôi phổ biến giới Theo Tổ chức Lƣơng thực Nông nghiệp Thế giới (FAO), số lƣợng gà toàn cầu năm 2007 ƣớc tính đạt khoảng 17 tỉ con, nửa số châu Á Đây nguồn thực phẩm thiết yếu ngƣời, đặc biệt nƣớc phát triển, cung cấp gần nhƣ toàn nhu cầu thịt trứng cho vùng nông thôn hẻo lánh khoảng 20% nhu cầu cho khu vực thị [31] Ngồi mục đích làm thực phẩm, gà nhà cịn đƣợc ni làm cảnh, chọi gà hay làm thuốc Không thế, gà đối tƣợng đƣợc sử dụng rộng rãi nghiên cứu y sinh [29], [59] Trong ngành nông nghiệp nƣớc ta, chăn nuôi gà chiếm tới 72 - 73% tổng đàn gia cầm hàng năm Năm 2006, Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn xây dựng chiến lƣợc phát triển chăn nuôi gia cầm Việt Nam giai đoạn 2006 - 2015 Theo đó, ngành chăn ni phải phấn đấu đến năm 2015 tăng tỷ trọng thịt gia cầm lên 32% tổng sản lƣợng thịt loại, sản lƣợng thịt gà chiếm 88% tổng đàn gia cầm, đạt 350 triệu con, khối lƣợng thịt 1.992.000 tấn, sản lƣợng trứng 9,236 tỷ [3] Để đạt đƣợc mục tiêu cần thiết phải cải thiện nguồn giống, đồng thời phải bảo tồn phát triển giống gia cầm quý địa phƣơng Ở nƣớc ta có 27 giống gà, có tới 16 giống gà nội Các giống gà nội nhƣ gà Ri, gà Đông Tảo, gà H’Mông, gà Tre giống có phẩm chất thịt trứng thơm ngon, khả chịu đựng kham khổ, khả chống chịu bệnh tật cao, nguồn gen quý cần đƣợc đầu tƣ chọn tạo để nâng cao suất dùng lai tạo với giống khác để cải tiến suất, tạo lai suất cao cung cấp giống cho sản xuất [2], [3], [11] Tuy nhiên, truyền thống chăn ni nhỏ lẻ theo hộ gia đình, giống gà thƣờng đƣợc chăn thả tự với giống gà nội khác địa Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn Bảng 3.6 So sánh mức độ đa dạng di truyền gà Việt Nam với số quần thể gà châu Á Nhóm Đặc điểm Gà rừng đỏ - RJF (Gallus gallus) Gà nhà (G g domesticus) Việt Nam Nhật Bản Trung Quốc murghi gallus 12 104 551 56 21 41 6 26 82 42 15 12 16 30 49 45 31 23 47 16 37 55 113 36 29 10 0,015 0,021 0,018 0,029 0,022 0,023 0,012 Ấn Độ Indonesia Số mẫu 71 43 (n) Số kiểu 23 đơn bội Đột biến đồng 15 30 hóan Đột biến 20 dị hóan Số vị trí 15 55 đa hình Hệ số khoảng 0,0052 0,018 cách di truyền spadecius bankiva Qua bảng cho thấy, 71 mẫu gà Việt Nam đƣợc phân vào kiểu đơn bội, số xét tổng số mẫu nhóm gà thấp nhiều so với nhóm gà khác, chẳng hạn so sánh với nhóm có số lƣợng mẫu thấp gà Indonesia (n = 12) gà rừng G g bankiva (n = 6), hai nhóm tƣơng ứng với kiểu đơn bội Tất đột biến thay nucleotide nhóm gà Việt Nam đột biến đồng hóan, giống với nhóm gà Indonesia gà rừng G g bankiva Tổng số 71 mẫu gà Việt Nam có 15 vị trí đa hình nhóm khác số lớn nhiều Nếu xét nội nhóm gà giá trị hệ số khoảng cách di truyền mẫu gà Việt Nam đạt thấp (d = 0,0052), giá trị thấp nhiều so với nhóm gà cịn lại chẳng hạn nhƣ so sánh với gà Ấn Độ gà Trung Quốc (d = 0,018), gà rừng G g murghi (d = 0,029) Sự khác biệt đáng kể cho thấy mức độ đồng di truyền cao giống gà Ri, Đông Tảo gà Tre, tƣơng đồng trình tự nucleotide 71 mẫu thuộc giống gà 99,48% Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 59 http://www.lrc-tnu.edu.vn 3.6 Xây dựng phát sinh chủng loại Cây phát sinh chủng loại đƣợc xây dựng theo phƣơng pháp tối thiểu Maximum Likelihood (ML) phƣơng pháp Neighbor-Joining sử dụng kết so sánh ClustalW trình tự 71 mẫu gà nghiên cứu trình tự thu thập GenBank mã số AP003580, AB009434 NC007235 Cả hai phƣơng pháp cho có dạng hình học tƣơng đồng (Hình 3.6), chứng tỏ Ri09 Ri12 Ri-1 Ri-23 Ri-29 0.002 Ri -08 Ri -0 Ri -0 00 Tr94 05 34 00 35 80 0.000 Ri-20 Tr-1 10 Tr- 09 Tr- -07 Tr -0 Tr -1 Tr AB AP Ri-26 kết phân tích đảm bảo độ tin cậy R 0.004 Tr16 Tr14 Tr-1 i-0 -2 Dt -21 Dt 13 Dt12 Dt- Dt-1 0.006 Ri-02 Tr-12 Dt-20 Tr-08 Dt-19 Tr-04 Dt-18 Tr-03 Dt-17 Tr-02 Dt-16 Dt-15 Tr-01 Ri-11 Tr-1 Dt-1 Dt-1 Dt09 06 Dt17 Tr-31 Ri -3 Ri -2 Ri Ri-15 Ri-17 Ri-16 Ri-18 Ri22 Ri21 Ri-1 R i-2 Ri -2 Ri -24 Ri-0 Ri-0 Ri-06 Ri-14 Ri-10 t-0 D -0 Dt -0 235 Dt 007 - NC0 Dt Dt -08 Dt -0 Dt -0 Hình 3.6 Cây phát sinh chủng loại giống gà nghiên cứu AP003580: White Leghorn, AB009434: G g gallus NC007235: G g spadecius, Dt: gà Đông Tảo, Ri: gà Ri, Tr: gà Tre (Boostrap 500) Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 60 http://www.lrc-tnu.edu.vn Trên phát sinh chủng loại, 74 mẫu so sánh đƣợc chia thành nhóm tách biệt, nhóm I gồm mẫu gà Tre (các mẫu Tr-05, Tr-06, Tr-07, Tr-09, Tr-10, Tr-11 Tr-15) Mẫu AP003580 mẫu AB009434 thuộc vào nhóm I, điều phù hợp với phân tích cho thấy gà White Leghorn AP003580 gà rừng đỏ AB009434 có mối quan hệ di truyền gần gũi với gà Tre chúng với gà Ri gà Đơng Tảo Nhóm II gồm mẫu giống gà Ri Đơng Tảo; mẫu cịn lại giống gà Tre mẫu NC007235 Nhóm tách thành hai nhóm nhỏ, nhóm gồm mẫu gà Tre, nhóm cịn lại gồm mẫu gà Đơng Tảo gà Ri, mẫu NC007235 thuộc vào nhóm này, kết phù hợp với phân tích quan hệ di truyền cho thấy gà rừng NC007235 gần gũi mặt di truyền với gà Ri gà Đông Tảo với gà Tre Nhƣ vậy, giống gà giống gà Ri Đơng Tảo có mối quan hệ gần gũi với chúng với gà Tre, hai giống thuộc nhánh Gà Tre thuộc hai nhánh phát sinh chủng loại, điều phù hợp với phân tích cho thấy có biến đổi di truyền lớn bên nội giống gà Tre Từ kết giả thiết rằng, có hai dạng tổ tiên tham gia vào q trình hình thành giống gà Tre Giống gà Ri gà Đơng Tảo có chung nguồn gốc, độ tƣơng đồng hai giống cao, chứng tỏ thời gian phân ly từ chủng gốc ban đầu tƣơng đối ngắn Trƣờng hợp ngoại lệ, số mẫu nằm phân tán không theo quy luật nhƣ mẫu Tr-17 giống gà Tre nằm lẫn với mẫu gà Ri Đông Tảo, mẫu gà Ri mã số Ri-11 nằm lẫn vào mẫu gà Tre mẫu gà Đông Tảo mã số Dt-06 nằm tách biệt khỏi mẫu khác Sự khác biệt có dạng tổ tiên khác tham gia vào tiến hóa xảy lai tạp giống gà nghiên cứu Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 61 http://www.lrc-tnu.edu.vn KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ KẾT LUẬN Vùng điều khiển (D-loop) hệ gen ty thể 71 mẫu thuộc giống gà Đơng Tảo, Ri, Tre với kích thƣớc khoảng 1,3 kb đƣợc khuếch đại kỹ thuật PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu H1255 L16725 Trình tự 609 nucleotide từ vị trí 21 đến vị trí 629 vùng D-loop 71 mẫu gà nghiên cứu đƣợc xác định phát đƣợc 619 điểm đa hình/ đột biến, tƣơng ứng với thay đổi nucleotide 15 vị trí so với trình tự chuẩn White Leghorn AP003580 Đã phân loại 71 mẫu cá thể nghiên cứu theo kiểu đơn bội Trong đó, kiểu đơn bội A đƣợc tìm thấy giống gà với 36 mẫu, kiểu đơn bội B có gà Ri gà Đông Tảo với 16 mẫu, kiểu đơn bội C đƣợc tìm thấy gà Ri gà Tre với 10 mẫu, kiểu đơn bội D, E, G H tìm thấy gà Tre, kiểu đơn bội F tìm thấy gà Đơng Tảo Các phân tích mối quan hệ di truyền bƣớc đầu cho thấy gà Đông Tảo gà Ri có mối quan hệ di truyền gần gũi với so với gà Tre, đồng trình tự nucleotide giống 99,89%; giống riêng rẽ gà Đơng Tảo có đồng trình tự nucleotide cao 99,91% Trong giống gà nghiên cứu, gà Tre có quan hệ di truyền gần gũi với gà White Leghorn AP003580 gà rừng đỏ Việt Nam AB009434, gà Đơng Tảo gà Ri có quan hệ di truyền gần gũi với gà rừng đỏ NC007235 Cây phát sinh chủng loại giống gà đƣợc xây dựng gồm nhánh gà Tre thuộc nhánh, gà Đông Tảo gà Ri thuộc nhánh Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 62 http://www.lrc-tnu.edu.vn ĐỀ NGHỊ Phân tích sai khác trình tự 609 nucleotide vùng D-loop đƣa kết luận sơ đa dạng di truyền mối quan hệ giống gà Ri, Đông Tảo, Tre Cần tiến hành nghiên cứu sâu nhiều cá thể thuộc nhiều giống gà địa phƣơng Việt Nam, xác định trình tự tồn vùng D-loop để đƣa kết luận xác đầy đủ Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Ngun 63 http://www.lrc-tnu.edu.vn CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ Lê Tiến, Nguyễn Đăng Tôn, Vũ Hải Chi, Địch Thị Kim Hƣơng, Lê Thị Th, Nơng Văn Hải (2009), "Đa hình trình tự vùng điều khiển (D-loop) hệ gen ty thể gà Ri, gà Đơng Tảo gà Tre", Tạp chí Cơng nghệ Sinh học, 7(2), tr.169-176 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 64 http://www.lrc-tnu.edu.vn TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Lê Trần Bình, Phan Văn Chi, Nơng Văn Hải, Trƣơng Nam Hải, Lê Quang Huấn (2003), Áp dụng kỹ thuật phân tử nghiên cứu tài nguyên sinh vật Việt Nam, Nxb Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội, tr.45-52 Đặng Vũ Bình (2002), Di truyền số lượng chọn giống vật nuôi, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội, tr.16-17, 101-112 Cục Chăn nuôi, Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn (2007), Chiến lược phát triển chăn nuôi gia cầm Việt Nam giai đoạn 2006-2015 Cục Chăn nuôi, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội Nguyễn Hải Hà, Lê Thị Thu Thủy, Nguyễn Đăng Tơn, Lê Trần Bình, Trƣơng Văn Lã, Đặng Gia Tùng, Nông Văn Hải (2000), "Tách dòng đoạn gen D-loop vùng điều khiển AND ti thể lồi gà lơi đặc hữu Việt Nam (Lophura hatinhensis L edwardsi)", Kỷ yếu 2000-2001, Nxb Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội, tr.237-244 Nguyễn Minh Hoàn (2005), Cơ sở di truyền chọn giống vật nuôi, Đại học Huế, Huế, tr.13-16 Nguyễn Đức Hƣng, Phùng Thăng Long, Nguyễn Xuân Bả (2005), Chăn nuôi đại cương, Đại học Huế, Huế, tr.10-59 Lê Đức Long (2008), Nghiên cứu khả sinh trưởng, thành phần sinh hóa thịt đánh giá sai khác di truyền gà Mông nuôi Thái Nguyên, Luận văn thạc sĩ khoa học sinh học, Trƣờng Đại học Sƣ phạm Thái Nguyên, Thái Nguyên Phạm Nhật, Đỗ Quang Huy (1998), Động vật rừng, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội, tr.88 Kim Thị Phƣơng Oanh (1999), Ứng dụng phương pháp sinh học phân tử nghiên cứu khác biệt di truyền số lồi gà Lơi Việt Nam, Luận văn thạc sĩ khoa học sinh học, Trƣờng Đại học Sƣ phạm Hà Nội, Hà Nội Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 65 http://www.lrc-tnu.edu.vn 10 Võ Q (1975), Chim Việt Nam Hình thái phân loại, Nxb Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội, 1, tr.250-251 11 Lê Thị Thuý, Nguyễn Đăng Vang, Hồng Kim Giao (2002), "Tính đa dạng sinh học vấn đề bảo tồn nguồn gen động vật nuôi Việt Nam", Báo cáo khoa học hội nghị toàn quốc lần thứ - Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống, Nxb Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội, tr.260-263 12 Bùi Thị Kiều Vân (2008), So sánh đặc điểm hóa sinh trứng trình tự vùng điều khiển D-loop giống gà Ri, gà Mông gà Sao nuôi Thái Nguyên, Luận văn thạc sĩ khoa học sinh học, Trƣờng Đại học Sƣ phạm Thái Nguyên, Thái Nguyên 13 Trần Thị Xô, Nguyễn Thị Lan (2008), Cơ sở di truyền công nghệ gen, Trƣờng Đại học Bách khoa, Đại học Đà Nẵng, Đà Nẵng, tr.156-166 Tài liệu tiếng Anh 14 Avise J.C (1994), "Molecular markers: natural history and evolution", Chapman and Hall, New York, USA 15 Berlin S., Ellegren H (2001), “Evolutionary genetics Clonal inheritance of avian mitochondrial DNA”, Nature, 41(6851), pp.37-38 16 Berthouly C., Leroy G., T Nhu Van, H Hoang Thanh, B Bed’Hom, B Trong Nguyen, C Vu Chi, Monicat F., Tixier-Biochard M., Verrier E., Maillard J.C and Rognon X (2009), “Genetic analysis of local Vietnamese chickens provides evidence of gene flow from wild to domestic populations”, BMC Genetics, doi:10.1186/1471-2156-10-1 17 Brown W.M., George M.B., Wilson A.C (1979), “Rapid evolution of animal mitochondrial DNA”, Proc Natl Acad Sci USA, 76(4), pp.19671971 18 Brown W.M., Prager E.M., Wang A., Wilson A.C (1982), "Mitochondrial Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 66 http://www.lrc-tnu.edu.vn DNA sequences of primates: tempo and mode of evolution", J Mol Biol, 18(4), pp.225-239 19 Buehler D.M and Baker A.J (2003), “Characterization of the red knot (Calidris canutus) mitochondrial control region”, Genome, 46(4), pp.565-572 20 Chinnery P.F., Schon E.A (2003), "Mitochondria", J Neurol Neurosurg Psychiatry, 74, pp.1188-1199 21 Clayton D.A (1982), "Replication of animal mitochondrial DNA", J Cell Biol, 28(4), pp.693-705 22 Desjadins P., Morais R (1990), “Sequence DNA gene organization of the chicken mitochondrial genome A novel gene order in higher vertebrates”, J Mol Biol, 212(4), pp.599-634 23 Ernster L., Schatz G (1981), "Mitochondria: A historical review", J Cell Biol, 91(3), pp.227-255 24 Fernández-Moreno A.M., Bornstein B., Petit N., Garesse R (2000), “The pathophysiology of mitochondrial biogenesis: Towards four decades of mitochondrial DNA research”, Mol Genet Metab, 71(3), pp.481-495 25 Fu Y., Niu D., Ruan H., Luo J., Chen G., Yu X.P., Zhang Y.P (2001),“Studies of genetic diversity of Zhejiang native chicken breeds”, Yi Chuan Xue Bao, 28(7), pp.606-613 26 Fumihito A., Miyake T., Sumi S., Takada M., Kondo N., Ohno S (1994), "One subspecies of the red junglrfowl (Gallus gallus gallus) suffices as the matriarchic ancestor of all domestic breeds", Proc Natl Acad Sci USA, 91(26), pp.12505-12509 27 Fumihito A., Miyake T., Takada M., Shingu R., Endo T., Gojobori T., Kondo N., Ohno S (1996), "Monophyletic origin and unique dispersal patterns of domestic fowls", Proc Natl Acad Sci USA, 93(13), pp.67926795 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 67 http://www.lrc-tnu.edu.vn 28 Gongora J., Rawlence N.J., Mobegi V.A., Alcalde J.A., Mtus J.T., Hanotte O., Moran C., Austin J.J., Ulm S., Anderson A.J., Larson G., Cooper A (2008), "Indo-European and Asian origins for Chilean and Pacific chickens revealed by mtDNA", Proc Natl Acad Sci USA, 105(30), pp.10308-10313 29 Granevitze Z., Hillel J., Chen G.H., Cuc N.T.K., Feldman M., Eding H., Weigend S (2007), "Genetic diversity within chicken populations from different continents and management histories", Animal Genetics, (38), pp.576-583 30 Guan X., Geng T., Silva P., Smith E.J (2007), “Mitochondrial DNA sequence and haplotype variantion analysis in the chicken (Gallus gallus)”, J Hered, 98(7), pp.723-726 31 Halifa M (2008), "Poultry sector country review", ftp://ftp.fao.org/docrep/fao/011/ai349e/ai349e00.pdf 32 Hayashi Y., Nishida T, Fujioka T., Tsugiyama I and Mochizuki K (1985), "Osteometrical studies on the phylogenetic relationships of Japanese native fowls", Nippon Juigaku Zasshi, 47(1), pp.25-37 33 Ingman M (2003), “Mitochondrial genome variation and evolutionary history of Australian and New Guinean aborigines”, Genome Res, 13(7), pp.1600-1606 34 Kanginakudru S., Metta M., Jakati R.D., Nagaraju J (2008), “Genetic evidence from Indian red jungle fowl corroborates multiple domestication of modern day chicken”, BMC Evol Biol, 8:174 35 Kidd M.G., Friesen V.L (1998), "Sequence variation in the Guillemot (Alcidae: Cepphus) mitochondrial control region and its nuclear homolog", Mol Biol Evol, (15), pp.61-70 36 Komiyama T., Ikeo K., Gojobori T (2004), “The evolutionary origin of long-crowing chicken: its evolutionary relationship with fighting cocks Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 68 http://www.lrc-tnu.edu.vn disclosed by the mtDNA sequence analysis”, Gene, 333, pp.9-91 37 Komiyama T., Ikeo K., Gojobori T (2003), “Where is the origin of the Japanese gamecocks?”, Gene, 317(1-2), pp.195-202 38 Kvist L (2000), "Phylogeny and phylogeography of European Parids, Chapter Introduction: Evolution and mitochondrial DNA in birds", Department of Biology, Oulu University Library 39 L’abbé D., Duhaime J.F., Lang B.F and Morais R (1991), “The transcription of DNA in chicken mitochondria initiates from one major bidirectional promoter”, J Bio Chem, 266(17), pp.10844-10850 40 Li S., Aggrey S E., Zadworny D., Fairfull W and Kuhnlein U (1998), “Evindence for a genetic variation in the mitochondrial genome affecting traits in White Leghorn chickens”, J Hered, 89(3), pp.222-226 41 Liu Z.G., Lei C.Z., Luo J., Ding C., Chen G.H., Chang H., Wang K.H., Liu X.X., Zhang X.Y., Xiao X.J., Wu S.L (2004), “Genetic variability of mtDNA sequences in Chinese native chicken breeds”, Science, 17(7), pp.903-909 42 Lui Y.P., Wu G.S., Yao Y.G., Miao Y.W., Luikart G., Baig M., BejaPereira A., Ding Z.L., Palanichamy M.G., Zhang Y.P (2006), "Multiple matenal origins of chickens: out of the Asian jungles", Mol Phylogenet Evol, 38(1), pp.12-19 43 Mindell D.P., Sorenson M.D., Dimcheff D.E (1998), “Multiple independent origins of mitochondrial gene order in birds”, Proc Natl Acad Sci USA, 95(18), pp.10693-1697 44 Miyake T (1997), "Gallus gallus mitochondrial DNA for D-loop region", Tetsuo Miyake, Wakunaga Pharmaceutical co.,Ltd., Hiroshima Campus; Shimokotachi, Koda-Cho, Takata-Gun, Hiroshima, Japan, 1624, pp.711739 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 69 http://www.lrc-tnu.edu.vn 45 Moiseyeva I.G., Romanov M.N., Nikiforov A.A., Sevastyanove A.A., Semyenova S.K (2002), "Evolutionary relationships of Red jungle fowl and chicken breeds", Genet Sel Evol, 35(4), pp.403-423 46 Muchadeyi F.C., Eding H., Simianer H., Wollny C.B., Groeneveld E., Weigend S (2008), "Mitochondrial DNA D-loop sequences suggest a Southeast Asian and Indian origin of Zimbabwean village chickens", Anim Genet, 39(6), pp.615-622 47 Nguyen Dang Ton, Dich Thi Kim Huong, Vu Hai Chi, Huynh Thu Hue, Le Thi Thuy, Nong Van Hai (2008), "Polymorphism of mitochondrial and DNA control (D-loop) region in four Vietnamses chicken breeds", 13th AAAP Animal Sciences Congress Hanoi - Vietnam September 22 26, 2008 48 Nishibori M., Shimogiri T., Hayashi T., Yasue H (2005), “Molecular evidence for hybridization of species in the genus Gallus except for Gallus varius”, Anim Genet, 36(5), pp.75-367 49 Niu D., Fu Y.D., Luo J., Ruan H., Yu X.P., Chen G., Zhang Y.P (2002), “The origin and genetic diversity of Chinese native chicken breeds”, Biochem Genet, 40(5-6), pp.74-163 50 Oka T., Ino Y., Nomura K., Kawashima S., Kuwayama T., Hanada H., Amano T., Takada M., Takahata N., Hayashi Y., Akishinonomiya F (2007), "Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins", Anim Genet, 38(3), pp.187-293 51 Randi E., Lucchini V (1998), “Organization and evolution of the mitochondrial DNA control region in the avian genus Alectoris”, J Mol Evol, 47(4), pp.449-462 52 Razafindraibe H., Mobegi V.A., Ommeh S.C., Rakotondravao M.L., Bjørnstad G., Hanotte O., Jianlin H (2008), "Mitochondrial DNA origin of indigenous malagasy chicken", Ann N Y Acad Sci, 1149, pp.77-79 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 70 http://www.lrc-tnu.edu.vn 53 Reyes A., Yang M.Y., Bowmaker M., Holt I.J (2005), “Bidirectional replication initiates at sites throughout the mitochondrial genome of birds”, J Biol Chem, 280(5), pp.3242-3250 54 Ruokonen M and Kvist L (2002), “Structure and evolution of the avian mitochondrial control region”, Mol Phylogenet Evol, 23(3), pp.422-432 55 Saccone C., Pesole G., Sbisá E (1991), "The main regulatory region of mammalian mitochondrial DNA: structure-function model and evolutionary pattern", J Mol Evol, 33(1), pp.83-91 56 Sanger F., Nicklen S and Coulson A.R (1977), “DNA sequencing with Chain-terminating inhibitors”, Proc Natl Acad Sci USA, Vol.74, pp.5463-5463 57 Savolainen P., Zhang Y.P., Luo J., Lunderberg J., Leitner T (2002), “Genetic evidence for an East Asian origin of domestic dogs”, Science, 298(55987), pp.1610-1613 58 Shoffner J.M., Wallace D.C (1995), "Oxidative phosphrylation disease", Clin Neurosci, 3(1), pp.43-53 59 Siegel P.B., Dodgson J.B., Andersson L (2006),"Progress from chicken genetics to the chicken genome", Poul Sci, (85), pp.2050-2060 60 Sorenson M.D., Fleischer R.C (1996), “Multiple independent transpositions of mitochondrial DNA control region sequences to the neucleus”, Proc Natl Acad Sci USA, 93(26), pp.15239-15243 61 Steven S.L (1991), "Genetic and evolution of the domestic fowl", New York, Cambridge University Press 62 Storey A.A., Ramirez J.M., Quiroz D., Burley D.V., Addison D.J., Walter R., Anderson A.J., Hunt T.L., Athens J.S., Huynen L., Matisoo-Smith E.A (2007), “Radiocarbon and evidence for a pre-Columbian introduction of Polynesian chickens to Chile”, Proc Natl Acad Sci USA, 104(25), pp.10335-10339 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 71 http://www.lrc-tnu.edu.vn 63 Tamura K., Dudley J., Nei M., Kurmar S (2007) “MEGA4: Molecular evolution genetics analysis (MEGA) software version 4.0”, Mol Biol Evol, 24, pp.1596-1599 64 Yamamoto Y., Kakizawa R., Yamagishi S (2006), “Mitochondrial Genome Project on Endangered Birds in Japan: Red-tailed Tropicbird, Phaethon rubricauda”, J Ymashina Inst Ornithol, 37, pp.137-146 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên 72 http://www.lrc-tnu.edu.vn PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH CỦA GIỐNG GÀ NGHIÊN CỨU Gà Ri (Hà Nội) Gà Đông Tảo (Hƣng Yên) Gà Tre (Long An) ... tích trình tự vùng điều khiển (D-loop), chúng tơi tiến hành đề tài: ? ?Nghiên cứu đa hình trình tự vùng điều khiển (D-loop) hệ gen ty thể gà Ri, gà Đông Tảo gà Tre? ?? Mục tiêu nghiên cứu Đề tài đƣợc... ĐẠI HỌC SƢ PHẠM -0o0 - LÊ TIẾN NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH TRÌNH TỰ VÙNG ĐIỀU KHIỂN (D-LOOP) HỆ GEN TY THỂ CỦA GÀ RI, GÀ ĐÔNG TẢO VÀ GÀ TRE Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60.42.30... GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG D-LOOP TY THỂ TRÊN THẾ GIỚI VÀ VIỆT NAM 1.4.1 Các nghiên cứu giới Kể từ năm 1990, trình tự tồn hệ gen ty thể gà đƣợc công bố lần đầu tiên, việc nghiên cứu DNA ty thể gà đƣợc