Ứng dụng chỉ thị phân tử pcr và dòng bac để xác định gen mùi thơn trên cây lúa oryza sative l

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM - CHÂU TẤN PHÁT ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ PCR VÀ DÒNG BAC ĐỂ XÁC ĐỊNH GEN MÙI THƠM TRÊN CÂY LÚA (Oryza sativa L.) LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP Cần Thơ - 2012 ii Cộng Hòa Xã Hội Chủ Nghĩa Việt Nam Độc lập – Tự Do – Hạnh Phúc - LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu:”Ứng dụng thị phân tử PCR dòng BAC để xác định gen mùi thơm lúa (Oryza sativa L.)” riêng Các số liệu, kết nêu luận án trung thực chưa công bố cơng trình khác Tác giả luận án Châu Tấn Phát iii LỜI CẢM TẠ Xin chân thành biết ơn Thầy, Cô hướng dẫn khoa học: - GS.TS Nguyễn Thị Lang, hết lòng dẫn nội dung cần thiết thực môn học, thí nghiệm nội dung nghiên cứu để hồn thành luận án - GS.TS Bùi Chí Bửu, tận tình bảo hướng dẫn nội dung, phương pháp kế hoạch triển khai thành công môn học, thực thí nghiệm - Các thầy tham gia giảng dạy lớp nghiên cứu sinh khóa sở đào tạo Viện Lúa đồng sông Cửu Long Khơng thể hồn thành luận án khơng có giúp đở hướng dẫn khoa học động viên Cô Thầy Xin chân thành biết ơn Hội đồng đánh giá luận án cấp Cơ Sở: dành nhiều thời gian để đọc đóng góp nhiều ý kiến qúi báu cho luận án hoàn thiện Xin chân thành cảm ơn: - Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam - Ban giám đốc Viện Lúa đồng sông Cửu Long, giúp đỡ tạo điều kiện cho học tập thực đề tài - Ban giám hiệu Trường Đại Học Cần Thơ - Ban giám hiệu tập thể thầy cô giáo trường đại học Nộng Nghiệp I Trâu Quỳ - Gia Lâm - Hà Nội tạo điều kiện giúp đỡ nhiều suốt thời gian theo học chương trình cao học - Phịng Khoa học Hợp tác quốc tế - Viện Lúa đồng sông Cửu Long, theo dõi, động viên suốt trình học tập thực đề tài tốt nghiệp - Bộ môn Di Truyền Chọn Giống – Viện Lúa đồng sông Cửu Long, giúp đỡ trang thiết bị hướng dẫn chuyên mơn suốt q trình thực đề tài tốt nghiệp iv - Bộ môn Công Nghệ Hạt Giống - Viện Lúa đồng sông Cửu Long, động viên tạo điều kiện thời gian giúp hồn thành luận án thời gian qui định - TS Bùi Thị Thanh Tâm, TS Phạm Trung Nghĩa đóng góp nhiều ý kiến q báu để hồn thiện cho mơn học chun đề luận án - Sau cùng, xin cảm thông hy sinh, chia động viên cha mẹ, em gái, vợ người thân gia đình, bạn bè, đồng nghiệp góp phần khơng nhỏ vào thành cơng luận án Tác giả luận án Châu Tấn Phát MỞ ĐẦU 1.Tính cấp thiết đề tài Cây lúa (Oryza sativa L.) loại lương thực ni sống 50 % dân số giới [62] Trước đây, với điều kiện vật chất thiếu thốn, lương thực không đủ ăn người ta có nhu cầu ăn no Nhưng ngày mức sống người dân ngày nâng cao nhu cầu ăn no thay đổi, việc ăn ngon, có dinh dưỡng cao trở thành nhu cầu quan trọng thiếu người Mặt khác, ngày nước ta qua thời kỳ thiếu lương thực chuyển sang thời kỳ sản xuất phải có lời xuất mơ hình sản xuất vừa có lời, vừa bền vững mơi trường sinh thái lành Một mơ hình làm lúa thơm đặc sản, chất lượng gạo xem mục tiêu hàng đầu, mùi thơm đánh giá cao thị trường xuất gạo giới Sản lượng gạo thơm từ giống lúa thơm cổ truyền như: Tám Thơm, Nàng Thơm Chợ Đào, Séng Cù, Nếp Cái Hoa Vàng, Khao Dawk Mali, Basmati, có khơng đủ đáp ứng nhu cầu thị trường khó mở rộng diện tích Do nhà chọn giống liên tục nghiên cứu lai tạo giống lúa có chất lượng cao giữ mùi thơm đặc trưng giống Trong năm gần đây, với tiến ngành công nghệ sinh học ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử tái tổ hợp DNA, giải mã chuỗi trình tự gen Ứng dụng thư viện nhiễm sắc thể nhân tạo vi khuẩn (BAC Bacterial Artificial Chromosome) cơng cụ có sức thuyết phục mạnh mẽ để xây dựng thư viện gen cho lúa, thành lập đồ vật lý có chất lượng cao dùng để hợp đồ vật lý với đồ di truyền Bên cạnh đó, việc sử dụng thị phân tử PCR dòng BAC để xác định gen mùi thơm lúa ứng dụng từ thư viện BAC Xuất phát từ cấp thiết trên, đề tài: ”Ứng dụng thị phân tử PCR dòng BAC để xác định gen mùi thơm lúa (Oryza sativa L.)” thực 2.Mục tiêu nghiên cứu - Ứng dụng thị phân tử DNA liên kết chặt với gen qui định mùi thơm “fgr” dòng giống làm bố mẹ quần thể lai nhằm xác định dịng lai có chứa gen mùi thơm - Khai thác thư viện BAC để hổ trợ tìm kiếm thị liên kết với tính trạng mùi thơm lúa Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài 3.1 Ý nghĩa khoa học - Xác định dấu chuẩn phân tử riêng biệt liên kết với gen “fgr” lúa giúp cho việc chọn dòng lai hiệu - Xác định dòng BAC DNA để tạo thị liên kết với gen qui định mùi thơm khai thác từ nguồn dòng BAC để hiểu rõ kỹ thuật dịng hóa gen mục tiêu, phục vụ nghiên cứu sâu chức gen 3.2 Ý nghĩa thực tiễn - Đề tài góp phần bổ sung dịng lúa có triển vọng biểu thị mùi thơm thông qua ứng dụng dấu chuẩn phân tử riêng biệt liên kết chặt với gen “fgr” phục vụ cho việc phát triển giống lúa thơm cao sản ĐBSCL - Với kết đạt từ việc khai thác thư viện BAC, đề tài tìm phân tích thị từ chuyển sang thị chứa đoạn gen mùi thơm phục vụ cho chọn giống lúa Đối tượng phạm vi nghiên cứu - Nghiên cứu đối tượng giống lúa mùa giống lúa cao sản trì nhân giống - Khai thác thư viện BAC DNA để xác định dòng BAC chứa gen mùi thơm - Phạm vi nghiên cứu: + Chỉ xác định nội dung có liên quan đến thị phân tử liên kết với gen “fgr” nhiễm sắc thể số ứng dụng kết để chọn giống lúa cao sản có gen mục tiêu + Phân lập đoạn phân tử mang gen mục tiêu + Chưa phân tích phổ chức (gene profile) + Chưa nghiên cứu điều kiện để gen thể (gene expression) qui mô khác CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI 1.1 Cơ sở khoa học đề tài 1.1.1 Hợp chất tạo mùi thơm, gen thơm số yếu tố mơi trường ảnh hưởng đến việc hình thành mùi thơm lúa 1.1.1.1 Hợp chất tạo mùi thơm thể chúng phận lúa Mùi thơm hạt gạo xác định nhóm formaldehyde, ammonia hydrogen sulfide tạo nên Một vài nghiên cứu ghi nhận mùi thơm tăng propanol, pentanol hexanol trình tồn trữ Ngày phương pháp đại xác định mùi thơm tạo thành hàng trăm lọai hydrocacbon, alcohol, aldehyde, keton, acid, phenol, pyridine hợp chất khác ghi nhận cơm [3], [70] Tác giả Kim [64] báo cáo hợp phần hydrocacbon khơng khác có ý nghĩa lúa thơm khơng thơm, nhiên lúa thơm có mức độ cao alcohol, aldehyde, keton, acid; lúa thơm có nồng độ 2-acetyl-1-pyrroline cao gấp 15 lần so với lúa không thơm Lorieux ctv [76] phân tích mẫu gạo giống lúa Azucena (thơm) IR64 (khơng thơm), kết khơng tìm thấy chất 2-acetyl-1-pyrroline IR64 (khơng thơm), giống lúa thơm Azucena có hàm lượng cao chất Trong số 89 hợp chất phân tích, xử lý thống kê cho thấy chất sau có khác biệt giống lúa thơm khơng thơm là: pentanol, 2-acetyl-1-pyrroline, benzaldehyde, octanol, pentadecan-2-1,6,10,14-imethylpentadecan-2-1 hexanol Tác giả Buttery ctv [39] đề nghị khác lúa thơm không thơm không diện hay vắng mặt chất 2-acetyl-1-pyrroline mà khác số lượng hoạt chất có lúa gạo Nhiều alen gen thơm tạo biến đổi nhỏ enzyme kết dẫn đến tính thơm khác Tác giả Buttery ctv [40] phân tích xác định 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) thành phần quan trọng đóng góp vào mùi thơm giống lúa thơm Theo đánh giá chất lượng mùi thơm 2-acetyl-1-pyrroline mô tả giống mùi ngô nổ Xác định nồng độ mùi thơm 10 giống lúa, khoảng nồng độ từ ppb đến 90ppb với lúa chà trắng Lúa chưa chà trắng nồng độ 2-acetyl1-pyrroline 100-200ppb Vì nghĩ bề mặt lớp aloron hạt gạo giữ vai trò quan trọng việc hình thành mùi thơm cơm nấu Mũi người phát hợp chất thơm 2-acetyl-1-pyrroline nồng độ 0,007ppm Do đó, đánh giá cảm quan điều kiện định với người có khứu giác bình thường kết tin tưởng được.[47] Các tác giả Ahmed ctv [31], Lin ctv [74] khẳng định lại báo cáo Buttery ctv [40], Paule ctv [84] 2-acetyl-1-pyrroline hợp chất tạo nên mùi đặc trưng cho giống lúa thơm Bên cạnh đó, Buttery ctv [38] phân tích lá dứa (Pandabases amaryllifolius) nhận thấy thành phần bay 2-acetyl-1pyrroline (2AP) có liên hệ mật thiết chất 2-acetyl-1-pyrroline lá dứa lúa thơm Nồng độ chất 2-acetyl-1-pyrroline lá dứa cao gấp 10 lần lúa thơm cao gấp 100 lần lúa khơng thơm Tóm lại, có hai quan điểm thành phần chất thơm lúa gạo Quan điểm thứ cho chất thơm tạo từ hợp chất aldehyde (CHO) keton (C=O) hợp chất với lưu hùynh Quan điểm thứ hai cho chất thơm lúa gạo, vòng ryrrol kiểm sóat tính thơm chất 2-acetyl-1-pyrroline [34] Tác giả Kader Delseny [59] cho có khác việc thể mùi thơm phận lúa, hợp chất 2AP thể cách tự nhiên từ giai đoạn mạ chín đặc biệt giai đoạn hạt trưởng thành phận lúa ngoại trừ rễ, mùi thơm tích lũy nhiều phận hạt lúa Bên cạnh đó, tác giả Chen ctv [42], Vanavichit ctv [102] khẳng định mùi thơm thể thấp không đáng kể phận rễ lúa 1.1.1.2 Gen thơm Li Gu [71] nghiên cứu di truyền vị trí gen thơm lúa Sự lai thuận nghịch giống lúa thơm cho thấy gen chúng có alen với Tác giả Bradbury ctv [78] phân tích mùi thơm lúa Basmati Jasmine với thể 2-acetyl-1-pyrroline Một gen lặn fgr NST số lúa qui định thể tính trạng quan trọng có gen tương ứng mã hóa protein có tên gọi Betaine Aldehyde Dehydrogenase (BAD) thể đa hình có ý nghĩa vùng chứa gen thơm Gen fgr có tương đồng với gen mã hóa BAD2 lúa xem gen fgr dạng đột biến gen mã hóa BAD2 Ngược lại, gen mã hóa BAD1 định vị nhiễm sắc thể số Gen mã hóa BAD liên kết với gen kháng stress trồng Tác giả Shi ctv [107] kết luận gen fgr gen lặn nằm NST số liên quan đến mùi thơm lúa Gen có alen lặn chức bad2 alen trội BAD2 mã hóa protein BAD2 làm cho lúa khơng thơm Tổng số 34 giống lúa thơm không thơm nghiên cứu giải trình tự đoạn phân tử BAD2/bad2 Trong số 24 giống lúa thơm có 12 giống chứa alen bad2 (bad2-E7), với kiện cặp bazơ SNPs exon số 7, số cịn lại có alen bad2 (bad2-E2) - chuỗi trình tự tương đồng với bad2-E7 cặp bazơ exon số Cả hai alen qui định mùi thơm lúa Dựa chuỗi trình tự khác BAD2 alen lặn bad2 phát triển thị phân tử giúp cho việc xác định dòng lúa thơm, phân biệt rõ dịng khơng thơm thơm xét kiểu gen Tuy nhiên, kiểu hình biểu thị bên ngồi vơ phức tạp điều điều kiện mơi trường qui định ức chế kích hoạt promoter để gen thể mùi thơm 111 Bảng 3.20: So sánh kiểu gen kiểu hình quần thể BC2F2 tổ hợp lai OM2517/OM3536 sau đánh giá thị phân tử 25D10 31F5 Chỉ thị phân tử Số cá thể mang kiểu hình mùi thơm lúa 25D10 15 31F5 15 Số cá thể mang kiểu gen mùi thơm lúa Mùi Không Dị Chưa thơm thơm hợp xác định 20 78 11 20 78 11 Ước đoán thơm (%) 75 75 112 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 KẾT LUẬN 4.1.1 Khảo sát đặc tính thơm khơng thơm giống lúa mùa lúa cao sản trì nhân giống Viện Lúa đồng sông Cửu Long - Mùi thơm biểu phận lúa không đồng Mùi thơm tích lũy nhiều hạt, tiếp Mùi thơm biểu thấp thân lúa - Đánh giá kiểu hình mùi thơm lúa mùa địa phương: 40 giống có mùi thơm hạt, 40 giống có mùi thơm thân 46 giống có mùi thơm Số giống có mùi thơm tồn diện thân, hạt 25 giống - Sử dụng thị RM223 đánh giá kiểu gen mùi thơm giống thuộc lúa mùa so sánh với đánh giá kiểu hình cho kết trùng 100% - Đánh giá kiểu hình mùi thơm lúa cao sản: 66 giống có mùi thơm hạt, 45 giống có mùi thơm thân 49 giống có mùi thơm Số giống có mùi thơm tồn diện thân, hạt 44 giống - Sử dụng thị RM223, SP6 RG28FL-RB đánh giá kiểu gen mùi thơm giống lúa thuộc cao sản so sánh với đánh giá kiểu hình cho kết trùng 80% 4.1.2 Đánh giá kiểu hình kiểu gen mùi thơm giống sử dụng làm vật liệu lai quần thể lai sau lai tạo - Sử dụng thị RG28FL-RB đánh giá kiểu gen mùi thơm quần thể lai F1 20 tổ hợp lai so sánh với đánh giá kiểu hình cho kết trùng 78% - Đánh giá mùi thơm cá thể F3 từ tổ hợp lai OM2517/OM3536 có 31 cá thể thơm, đặc biệt có cá thể mùi thơm cấp toàn diện lá, thân hạt - Đánh giá mùi thơm cá thể BC2F2 từ tổ hợp lai OM2517/OM3536 có 14 cá thể thơm cấp 1, đặc biệt có cá thể mùi thơm cấp toàn diện lá, thân hạt 113 4.1.3 Khai thác thư viện BAC nhằm dịng hóa vùng chứa gen qui định mùi thơm - Ba thị phân tử RM223, RG28FL-RB, SP6 lọc 36 dòng BAC tổng số 220 dịng BAC chạy phân tích cho thị - Kiểm tra mối tương quan với gen mùi thơm thị neo RM223, RG28FL-RB SP6 liên kết với gen mục tiêu cho thấy khoảng cách thị đến gen mục tiêu có giá trị tương ứng 8,5cM thị RM233; 1,1cM với thị SP6 4,3cM thị RG28FL-RB Đồng thời cho thấy hai thị 25D10 31F5 có liên kết với gen mùi thơm - Ứng dụng thị phân tử 25D10 31F5 chọn lọc dòng mang gen mùi thơm chọn 31 cá thể mang gen mùi thơm từ quần thể hồi giao BC2F2 tổ hợp lai OM2517/OM3536 4.2 ĐỀ NGHỊ - Khai thác nguồn vật liệu ngân hàng gen lúa để tạo giống lúa cao sản có gạo thơm nhờ kết hợp phương pháp chọn giống truyền thống chọn giống nhờ thị phân tử - Tiếp tục phát triển đánh giá mùi thơm cá thể lai từ tổ hợp lai OM2517/OM3536 tổ hợp khác làm sở cho việc tạo giống sau - Đẩy mạnh khai thác thư viện BAC để xác định dòng BAC khác chứa gen mùi thơm làm tảng cho việc thiết kế mồi tạo thị đặc hiệu cho gen mùi thơm TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Bùi Chí Bửu (2006), “Nghiên cứu chọn tạo giống lúa suất cao, phẩm chất tốt phục vụ xuất 2003-2005”, Nghiên cứu chọn tạo giống trồng Nông Lâm Nghiệp giống vật nuôi, Viện Lúa đồng sơng Cửu Long Bùi Chí Bửu Nguyễn Thị Lang (1999), Di truyền phân tử: Những nguyên tắc chọn giống trồng, Quyển I, Nxb Nông Nghiệp, Tp.Hồ Chí Minh, tr.278 Bùi Chí Bửu Nguyễn Thị Lang (2004), Di truyền phân tử, Nxb Nông Nghiệp, Tp.Hồ Chí Minh, tr.151-153 Bùi Chí Bửu Nguyễn Thị Lang (2007), Hội thảo khoa học kỷ niệm 30 năm thành lập Viện, Bộ NN&PTNT, Viện Lúa đồng sông Cửu Long, Cờ Đỏ Hồ Huỳnh Thùy Dương (1998), Sinh học phân tử, NXB giáo dục Nguyễn Văn Hòa, Nguyễn Quốc Lý, Đào Quang Hưng Lê Thanh Tùng (2006), Giống thời vụ sản xuất đồng sông Cửu Long, Nxb Nông Nghiệp -TP.Hồ Chí Minh Bùi Thị Dương Khuyều (2004), Ứng dụng đánh dấu vi vệ tinh (microsatellite marker) chọn giống lúa (Oryza sativa L.) có mùi thơm, Luận án thạc sĩ CNSH, Viện nghiên cứu phát triển công nghệ sinh học, trường đại học Cần Thơ Nguyễn Thị Lang (2002), Phương pháp nghiên cứu công nghệ sinh học, Nxb Nơng Nghiệp, Tp Hồ Chí Minh Nguyễn Thị Lang (2005), Nghiên cứu phát triển số giống lúa đặc sản cho số vùng sinh thái ĐBSCL 2001-2005, Cần Thơ 10 Nguyễn Thị Lang Bùi Chí Bửu (2002), “Chọn giống lúa có gen kháng bệnh đạo ôn nhờ marker phân tử”, Cơ sở di truyền tính kháng sâu bệnh hại trồng, Nxb Nơng Nghiệp,Tp.Hồ Chí Minh, tr.183-195 11 Nguyễn Thị Lang Bùi Chí Bửu (2004), “Nghiên cứu di truyền cho gen kháng mặn quần thể trồng dồn lúa”, Tạp chí NN&PTNT , (6), tr.824826 12 Nguyễn Thị Lang Bùi Chí Bửu (2005), Sinh học phân tử: Giới thiệu Ứng dụng, NXB Nông Nghiệp, Tp.Hồ Chí Minh 13 Nguyễn Thị Lang, Bùi chí Bửu, Đặng Minh Tâm, Trịnh Hòang Khải, Bùi Thị Dương Khuyều, Nguyễn Hữu Nghị, Trần Ngọc Ân Nguyễn Trúc Phương (2005), Ứng dụng CNSH chọn giống lúa chất lượng cao phục vụ cho tỉnh Tiền Giang 2003-2005, Sở KH-CN tỉnh Tiền Giang 14 Nguyễn Thị Lang, Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thúy Kiều Tiên, Bùi Thị Dương Khuyều, Nguyễn Thị Tâm, Nguyễn Văn Việt, Lâm Tấn Tài, Thạch Sơn Nguyễn Thị Ngọc Hà (2006), Xây dựng phát triển mạng lưới nhân giống lúa cung cấp giống lúa thơm tác giả cho tỉnh Trà Vinh 2004-2006, Đề tài cấp tỉnh, Trà Vinh 15 Nguyễn Thị Lang, Bùi Thị Dương Khuyều, Nguyễn Tiến Huyền, Vũ Hiếu Đơng Bùi Chí Bửu (2005), “Đánh giá tài nguyên di truyền lúa đặc sản địa phương vùng ĐBSCL marker vi vệ tinh (microsatellite)”, Tạp chí NN&PTNT, (17), tr.15-18-22 16 Nguyễn Thị Lang, Nguyễn Thị Tâm, Trịnh Thị Lũy, Đặng Minh Tâm Bùi Chí Bửu (2004), “Nghiên cứu chọn giống lúa phẩm chất cao phục vụ cho ĐBSCL”, Báo cáo khoa học hội nghị quốc gia chọn tạo giống lúa, Cần Thơ 17 Nguyễn Thị Lang Nguyễn Thúy Liễu (2006), “Ứng dụng marker phân tử nghiên cứu gen mùi thơm lúa Nàng Thơm Chợ Đào giống lúa cao sản ngắn ngày ĐBSCL”, Tạp chí NN&PTNT, (11), tr.12-17 18 Nguyễn Thị Lang, Trương Bá Thảo Bùi Chí Bửu (2004), “Nghiên cứu di truyền gen thơm lúa”, Tạp chí NN&PTNT, (6), tr.827-829 19 Trần Danh Sửu, Lưu Ngọc Trình Bùi Bá Bổng (2006), “Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa Tám thị microsatellite”, Tạp chí NN&PTNT (12), tr.15-18 20 Nguyễn Quang Thạch, Nguyễn Thị Lý Anh Nguyễn Thị Phương Thảo (2005), Giáo trình cơng nghệ sinh học nơng nghiệp, Nxb Nơng Nghiệp 21 Viện Lúa đồng sông Cửu Long (2009), Báo cáo hội thảo đánh giá giống lúa vụ Hè Thu 2009, Thới Lai, Cần Thơ 22 Viện Lúa đồng sông Cửu Long (2011), Báo cáo hội thảo đánh giá giống lúa vụ Đông Xuân 2010-2011, Thới Lai, Cần Thơ 23 Website: http://www.clrri.org (2002), “OM2514”, Đặc tính số giống lúa cao sản sản xuất miền Nam, Viện Lúa đồng sông Cửu Long, Thới Lai, Cần Thơ, tr.27 24 Website: http://www.clrri.org (2002), “OMCS2000”, Đặc tính số giống lúa cao sản sản xuất miền Nam, Viện Lúa đồng sông Cửu Long, Thới Lai, Cần Thơ, tr.19 25 Website: http://www.clrri.org (2004), “IR64”, Đặc tính số giống lúa cao sản sản xuất miền Nam, Viện Lúa đồng sông Cửu Long, Thới Lai, Cần Thơ, tr.13 26 Website: http://www.clrri.org (2004), “Jasmine 85”, Nhóm lúa đặc sản, Viện Lúa đồng sông Cửu Long, Thới Lai, Cần Thơ, tr.25 27 Website: http://www.clrri.org (2004), “Khao Dawk Mali 105”, Nhóm lúa đặc sản, Viện Lúa đồng sông Cửu Long, Thới Lai, Cần Thơ, tr.25 28 Website: http://www.clrri.org (2004), “OM3536”, Đặc tính số giống lúa cao sản sản xuất miền Nam, Viện Lúa đồng sông Cửu Long, Thới Lai, Cần Thơ, tr.19 29 Website: http://www.clrri.org (2005), “OM2717”, Đặc tính số giống lúa cao sản sản xuất miền Nam, Viện Lúa đồng sông Cửu Long, Thới Lai, Cần Thơ, tr.24 TIẾNG ANH 30 Adams D.C and F.J Rohlf (2000), “Ecological character displacement in Plethodon: Biomechanical differences found from a geometric morphometric study”, P Natl Acad Sci USA, (97), pp 4106-4111 31 Ahmed S.A., I Borua, C.R Sarkar and A.C Thakur (1996), “Volatile component (2-acetyl-1-pyrroline) in scented rice”, Proceedings of the Seminar on Problems and Prospects of Agricultural Research and Development in North-east India, Assam Agric Univ., Jorhat, India, (95), pp 55-57 32 Ahn S.N., C.N Bollich and S.D Tanksley (1992), “RFLP tagging of a gene for aroma in rice”, Theor Appl Genet., (84), pp 825-828 33 Ali S.S., S.J.H Jafri, M.J Khan and M.A Butt (1993), “Inheritance studies on aroma in two aromatic varieties of Pakistan”, Intl Rice Res Newslt., 18(2), pp 34 Ayano K., E Tsuzuki (1976), “Components of aroma”, Sci Rice plant, (3), Tokyo, Japan, pp 437- 440 35 Berner D.K and B.J Hoff (1986), “Inheritance of scent in American long grain rice”, Crop Sci., (26), pp 876-878 36 Bocchi S., A.C Sparaciono, F Sciorati and A Tava (1997), “Effect of soil characteristics on aromatic quality of rice”, Informatore Agrario, (53), pp 60-62 37 Bollich C.N., J.N Rutger and B.D Webb (1992), “Development in rice research in United States”, Intl Rice Comm Newslt., (41), pp 32-34 38 Buttery R.G., B.O Juliano and L.C Ling (1983b), “Identification of rice aroma compound 2-acetyl-1-pyrroline in Pandan leaves”, Chem Ind (Lond.), pp 478-479 39 Buttery R.G., L.C Ling and T.R Mon (1986), “Quantitative analysis of 2acetyl-1-pyrroline in rice”, J Agr Food Chem.,( 34), pp.112-114 40 Buttery R.G., L.C Ling, B.O Juliano and J Tumbaugh (1983a), “Cooked rice aroma and 2-acetyl-1-pyrroline”, J Agr Food Chem., (31), pp 823-826 41 Chakravarty A.K (1948), “A genetic study of the botanical characters in rice”, Bull Bot Bengal, (2), pp 50-57 42 Chen S., Y Yang, W Shi, Q Ji, F He, Z Zhang, Z Cheng, X Liu and M Xu (2008), “Badh2, encoding betaine aldehyde dehydrogenase, inhibits the biosynthesis of 2-acetyl-1-pyrroline, a major component of rice fragrance”, The Plant Cell , (20), pp.1850-1861 43 Dhulappanavar C.V (1976), “Inheritance of scent in rice”, Euphytica., (25), pp 659-662 44 Dhulappanavar C.V and S.W Mensikai (1969), “Inheritance of scent in rice”, Karnakata Univ J., (14), pp 125-129 45 Fjellstrom R.G., A.M Mc Clung, M.H Chen, H.E Bockelman and W Yan (2007), “Analysis of an SFP marker in the rice fgr/BAD2 gene and fragrance in US rice germplasm”, American Soc Agro Abst., pp.259-260 46 Fuknoka S., T Inone, A Miyao, L Monna, H.S Zhong, T Sasaki and Y Minobe (1994), “Mapping of sequence tagged sites in rice by single strand conformation polymorphism”, DNA Res., (I), pp 271-277 47 Gay F., C Maetres, C.V Phụng, N.T Lang, Đ.K Thịnh, M Laguerre, R Boulanger and F Davrieux (2004), “Promissing new technologies for classifying aromatic rice”, OmonRice, (12), pp 155-159 48 Geetha S (1994), “Inheritance of aroma in two rice crosses”, Intl Rice Res Notes, (19), pp.5 49 Ghareyazie B., N Huang, G Second and J Bennett (1995), “Classification of rice germplasm I - Analysis using ALP and PCR based RFLP”, Theor Appl Genet., (91), pp 218-227 50 Ghose R.L.M and W.T Butany (1952), “Studies on the inheritance of some characters in rice (Oryza sativa L.)”, Indian J Genet Plant Breed., (12), pp 26-30 51 Giovanni M.C., M.J Christopher, R.J Henry and R.F Reinke (2002), “Identification of microsatellite markers for fragrance in rice by analysis of the rice genome sequence”, Mol Breed., (9), pp 245-250 52 Hanahan D and M Meselson (1980), “Plasmid screening at high colony density”, Gene., (10),pp 63-67 53 Huang H.Q and Z.X Ying (1992), “Inheritance of aroma in two aromatic rice varieties”, Intl Rice Res Newslt., 17(5), pp 54 Huang N., E.R Angenles, J Domingo, G.Magpantay, S Singh, G Zhang, N Kumaravadivel, J Bennett and G.S Khush (1997), “Ryramiding of bacterial blight resistance genes in rice: marker-aided selection using RFLP and PCR”, Theor Appl Genet., (95), pp 313-320 55 IRRI (1996), Report of the INGER Monitoring visit on Fine Grain Aromatic Rice in India, Iran, Pakistan and Thailand, Manila, Philippines, 128p 56 Jin Q.S., A Vanavichit and S Tragoonrung (1996), “Identification and potential use of RAPD marker for aroma in rice”, J Genet Breed., 50(4), pp 367370 57a Jodon N.E and E.A Sonnier (1973), “Registration of Della rice”, Crop Sci., (13), pp.773 57b Juliano B.O (1972), “Physicochemical properties of starch and protein in relation to grain quality and nutrition valueof rice”, Rice Breeding, IRRI, pp.389-404 58 Kadam B.S and V.K Patankar (1938), “Inheritance of aroma in rice”, Chron Bot IV, (6), pp 496-497 59 Kader J.C and M Delseny (2010), “Molecular Aspects of Fragrance and Aroma in rice”, Adv Bot Res., (56), pp.51-52 60 Katare N.B and N.D Jambhale (1995), ”Inheritance of scent in rice”, Oryza, (32), pp.193-194 61 Kato T and I Tomio (1996), “Effects of the gene for scented grain in a rice cultivar BG-1 on agronomic performance”, Sabrao J., Japan, 28(1), pp 19 62 Khush G.S and D.S Brar (2001), “Rice Genetics from Mendel to functional genomics”, Rice Gene IV, IRRI, Science Publishers, Inc., pp 3-27 63 Khush G.S., C.M Paule and N.M Dela Cruz (1979), “Chemical Aspects of Rice Grain Quality: Rice grain quality evaluation and improvement at IRRI”, IRRI, Los Baños, Philippines, pp 21-31 64 Kim C.Y (1999), A study on the Growth Characteristics and Analysis of Chemical compounds of Grains as Affected by Cultivation Method in Coloured and Aromatic rice Varieties, Ph.D Thesis submitted to Chungnam National University, Taejeon, Korea, pp 112 65 Lang N.T and B.C Buu (2002), “Identification and fine mapping of SSR marker linked to fgr gene of rice”, OmonRice, (10), pp 16-22 66 Lang N.T and B.C Buu (2003), “Genetic and physical map of gene Bph-10 controlling Brown Plant Hopper Resistance in Rice (Oryza sativa L.)”, OmonRice, (11), pp 35-41 67 Lang N.T., John Bennett, G.S Khush, Z Li and Ning Huang (1999), “PCR analysis with STS primer: A tool for identifying overlapping bacterial artificial chromosome (BAC) clones in rice”, OmonRice, 7(99), pp 35-41 68 Lee K S., Y.D Kim and H.T Shin (1997), “Effects of genotype x soil interaction on rice grain quality in Japonica rice”, Intl Rice Res Notes, (22), pp 22 69 Leister D., J Kurth, D.A Laurie, M Yano, T Sasaki, A Graner and P.Schulze-Lefert (1999), “RFLP and physical mapping of resistance gene homologues in rice (O.sativa) and Barley (H.vulgare)”, Theor Appl Genet., (98), pp.509-520 70 Leister D., J Kurth, D.A Laurie, M Yano, T Sasaki, A Graner, P.Schulze, Li Jun, Ku Defa and Li Linfeng (1996), “Analysis of fragrance inheritance in scented rice variety, Shenxiangjing 4”, Acta Agr Shanghai, 12(3), pp 7881 71 Li J and G Defa (1997), “Analysis of inheritance of scented rice variety Shenxiangjing”, China Rice Res Newslt., 5(1), pp 4-5 72 Li J., K Defa and L Linfeng (1997), “Analysis of fragrance inheritance in scented rice variety”, Acta Agr Shanghai, (3), pp 87-89 73 Li X., M Gu, Z Cheng and H Yu (1995), “Chromosome location of a gene for aroma in rice”, Chinese J Rice Res., 4(2), pp 5-6 74 Lin C.F., R.C.Y Hsieh and B.J Hoff (1999), “Identification and quantification of the pop corn –like aroma in Louisiana aromatic Della rice (O.sativa L.)”, J Food Sci., (35), pp.1466-1467 75 Liu Y.G and R.F Whittier (1995), “Thermal asymmetric interlaced PCR automatable amplification and sequencing of insert and fragments from P1 and YAC clones for chromosome walking”, Genomics, (25), pp.674-681 76 Lorieux M., M Petrov, N Huang, E Guiderdoni and A Ghesquiere (1996), “Aroma in rice: genetic analysis of a quantitative trait”, Theor Appl Genet., (7), pp 1145-1151 77 Louis M., T Bradbury, R.J Henry, Q Jin, R.F Reinke and D.L.E Waters (2005), “A perfect marker for fragrance genotyping in rice”, Mol Breed., (16), pp 279-283 78 Louis M., T Bradbury, T.L Fitzgerald, R.J Henry, Q Jin and D.L.E Waters (2004), “The gene for fragrance in rice”, Plant Bio J., (3), pp 363-370 79 Mandy C., G Cordeiro, D.L.E Waters and R Henry (2004), “Marker assisted selection in rice improvement”, A report for the Rural Industries Research and Development Corporation, (8), 22 pages 80 Melissa A.F., N.R.S Hamilton, M.N Calingacion, H.A Verhoeven and V.M Butardo (2008), “Is there a second fragrance gene in rice?”, Plant Bio J., (6), 10 pages 81 Mew T., C.M.V Cruz and E.S Medalla (1992), ”Changes in race frequency of Xanthomonas oryza pv Oryzae in response to rice cultivars planted in Philippines”, Plant Dis., (76), pp.1029-1032 82 Nagaraju M., D Chowdhary and M.J.B.K Rao (1975), “A simple technique to identify scent in rice and inheritance pattern of scent”, Curr Sci., 44(16), pp 599 83 Pan Q., J Wendel and R Fluhr (2000), ’’Divergent evolution of plant NBSLRR resistance gene homologues in dicot and cereal genomes”, J Mol Evol., (50), pp.203-213 84 Paule C.M and J.J Powers (1989), “Sensory and chemical examination aromatic and non-aromatic rice”, J Food Sci., (54), pp 345 85 Pinson S.R.M (1994), “Inheritance of aroma in six cultivars”, Crop Sci., (34), pp 1151-1157 86 Reddy P.R and K Sathyanarayanaiah (1980), “Inheritance of aroma in rice”, Indian J Genet Plant Breed., (40), pp 327-329 87 Reddy V.D and G.M Reddy (1987), “Genetic and biochemical basis of scent in rice (Oryza sativa)”, Theor Appl Genet.,(73), pp 699-700 88 Richharia R.H., B Mishra and V.A Kulkami (1965), “Studies in the world genetic stock of rice IV”, Oryza, (2), pp 57-59 89 Robert H and D Waters (2006), “New markers for Australia Rice Improvement”, A report for the Rural Industries Research and Development Corporation, (11), RIRDC Publication, 25 pages 90 Sadhukhan R.N., K Roy and P Chattopadhyay (1997), “Inheritance of aroma in two local aromatic rice cultivars”, Environ Ecol., 15(2), pp 315-317 91 Shekhar B.P.S and G.M Reddy (l981), “Genetic basis of aroma and flavour components studies in certain scented cultivars of rice”, IV International SABRO Congress, (48)(Abst.) 92 Siddiq E.A (1983), “Rice in West Bengal IV: Breeding for quality improvement in rice-Present state and strategy for future”, Directorate of Agriculture, West Bengal, pp 73-95 93 Singh R.K and U.S Singh (1997), “Indigenous scented rices: Farmers’ perceptions and commitment”, Paper presented at International Conference on Creativity and Innovation at Grassroots, IIM, Hyderabad 94 Singh R.K., U.S Singh and G.S Khush (1998), “Indian indigenous aromatic rice: Indian some selection of aromatic rices for quality traits”, Mysore J Agr Sci (31), pp 201-204 95 Song W., Z Chen and Y Zhang (1989), ”Inheritance of aroma in autotetraploid and diploid rices”, Report of the National Rice Research Institute, pp 277 96 Sood B.C and E.A Siddiq (1978), “A rapid technique for scent determination in rice”, Indian J Genet Plant Breed., (38), pp 268-271 97 Sood B.C and E.A Siddiq (1980), “Studies on component quality attributes of Basmati rice”, Z Plunzenzuecht., (84), pp 299-301 98 Stephen G and R Henry (2001), “Application of molecular markers to rice Breeding in Australia”, A report for the Rural Industries Research and Development Corporation, RIRDC Publication, (38), 27 pages 99 Tanksley S.D., M.V Ganal and G.B Martin (1995) “Chromosome landing: a paradigm for map-based gene cloning in plants with large genomes”, Trends Genet., (11), pp.63-68 100 Tripathi R.S and M.J.B.K Rao (1979), “Inheritance and linkage relationship of scent in rice”, Euphytica., (28), pp 319-323 101 Tsuzuki E and E Shimokawa (1990), “Inheritance of aroma in rice”, Euphytica., (46), pp.157-159 102 Vanavichit A., S Tragoonrung, T Theerayut, S Wanchana, W Kamolsukyunyong (2005), “Transgenic rice plants with reduced expression of Os2AP and elevated levels of 2-acetyl-1-pyrroline”, United States Patent, Patent No US 7,319,181 B2 103 Vivekanandan P and S Giridharan (1994), “Inheritance of aroma and breadthwise grain expansion in Basmati and non-Basmati rices”, Intl Rice Res Notes, 19(2), pp 4-5 104 Wang G.L., T.E Holsten, W.Y Song, H.P Wang and P.C Ronald (1995), “Construction of a rice bacterial artificial chromosome library and identification of clones linked to the Xa-21 disease resistance locus”, Plant J., (7), pp 525-533 105 Wang W.M., W.X Zhai, G.H Jiang, X.W Chen, X.B Li and L.H Zhu (2007), “Construction of a BAC contig containing Xa-4 locus on chromosome 11”, Rice Genet Newslt., (17), pp.108-110 106 Website: http://www.amplicon-express.com 107 Weiwei S., Y Yang, S Chen and M Xu (2008), “Discovery of a new fragrance allece and the development of functional markers for the breeding of fragrant rice varieties”, Mol Breed., Springer Science + Business Media B.V.2008 108 William M.N.V., N Pande, S Nair, M Mohan and J Bennett (1991), “Restriction fragment length polymorphism analysis of polymerase chain reaction products amplified from mapped loci of rice (Oryza sativa L.) genomic DNA”, Theor Appl Genet., (82), pp 489-498 109 Woo S.S., J Jiang, B.S Grill, A.H Paterson and R.A Wing (1994), “Construction and characterization of a bacterial artificial chromosome library of Sorghum bicolor”, Nucleic Acids Res., (22), pp 4922-4931 110 Xianran L., T Lubin, H Huang, Z Zhu, C Li, S Hu and C Sun (2008), “Construction of a bacterial artificial chromosome (BAC) library of common wildrice (Oryza rufipogon Griff.) for map-based cloning of genes selected during the domestication of rice”, Biotechnology Letter J., (30), pp 555-561 111 Xiao J., T Fulton, S McCouch, S Tanksley, N Kishimoto, R Ohsawa, Y Ukai and A Saito (1992), “Progress in integration of the molecular maps of rice”, Rice Genet Newslt., (9), pp.124-128 112 Xu J., D Yang, J Domingo, J Ni and N Huang (1998), “Screening for overlapping bacterial artificial chromosome clones by PCR analysis with an arbitrary primer”, IRRI, Manila, Philippines, PMCID: PMC20435 113 Xu J., S.V Constantino, G Magpantay, J Bennett, S Sarkarung and N Huang (1998), “Classification of rice germplasm II: Discrimination of indica from japonica via analysis of amplicon length polymorphism”, Plant Cell Reports, (17), pp 640-645 114 Yang D (1997), Construction of a bacterial artificial chromosome library and initial physical map of rice genome, Ph.D thesis, Wuhan Univ., China 115 Yang D., A Parco, S Nandi, P Subudhi, Y Zhu, G Wang and N Huang (1997), “Construction a bacterial artificial chromosome (BAC) library and identification of overlapping BAC clones with chromosome specific RFLP markers in rice”, Theor Appl Genet., (95), pp 1147-1154 116 Yoshihashi T (2000), ”Simple and rapid DNA extraction from milled rice and its application to Thai aromatic rice”, JIRCAS J., (8), pp 41-47 117 Yoshimura S., R Nelson, A Yoshimura, T.W Mew and N Iwata (1992), ”RFLP mapping of the bacterial blight resistance genes Xa-3 and Xa-4”, Rice Genet Newslt., (9), pp.136-138 118 Yu Y.G., G.R Buss and M.A Maroof (1996), “Isolation of a superfamily of candidate disease resistance genes in soybean based on a conserved nucleotide-binding site”, P Natl Acad Sci USA, (93), pp 11751-11756 119 Zhang H.B., S Choi and S.S Woo (1995), “Construction and characterization of two rice bacterial artificial chromosome libraries from the parents of a permanent recombinant inbred mapping population”, Poster 276, Plant Gene III, San Diego, California, pp.15-19 120 Zhang H.B., S Choi, S.S Woo, Z Li and R.A Wing (1996), “Construction of a bacterial artificial chromosome library and identification of clones linked to Xa21 disease resistance locus”, Plant J., (7), pp 525-533 ... ứng dụng từ thư viện BAC Xuất phát từ cấp thiết trên, đề tài: ? ?Ứng dụng thị phân tử PCR dòng BAC để xác định gen mùi thơm l? ?a (Oryza sativa L. )” thực 2 2.Mục tiêu nghiên cứu - Ứng dụng thị phân. .. mẽ để xây dựng thư viện gen cho l? ?a, thành l? ??p đồ vật l? ? có chất l? ?ợng cao dùng để hợp đồ vật l? ? với đồ di truyền Bên cạnh đó, việc sử dụng thị phân tử PCR dòng BAC để xác định gen mùi thơm l? ?a. .. viện BAC DNA để xác định dòng BAC chứa gen mùi thơm - Phạm vi nghiên cứu: + Chỉ xác định nội dung có liên quan đến thị phân tử liên kết với gen “fgr” nhiễm sắc thể số ứng dụng kết để chọn giống l? ?a