Đang tải... (xem toàn văn)
Bài viết tiến hành phân tích mã vạch DNA của 18 mẫu giống đinh lăng được thu thập ở Việt Nam để nhận diện và phân loại các nhóm giống đinh lăng.
KHOA H C CƠNG NGH PHÂN TÍCH TRÌNH TN DNA BARCODE C:A M)T S MOU $INH LPNG $84C THU THHP TGI VI T NAM Tr\nh Tr\nh Vi1t Nga1, 2, Nguy$n Nguy$n Cao Ki1t1, Bùi Minh Trí1, Ph4m Ph4m Th\ Minh Tâm , Nguy$n Nguy$n H3u Ha2, Hu nh V n Bi t1 TÓM T"T T"T Nghiên cRu nhAm m;c Iích phân tích mã v4ch DNA c/a 18 mfu giWng Iinh l ng I Jc thu thBp c Vi1t Nam Các mfu Iinh l ng I Jc thu thBp tb nhiLu vùng khác c Vi1t Nam Mfu DNA tinh s4ch thu thBp tb mfu giWng sau Ió I Jc khu ch I4i v)i m i matK, rbcL trnH-psbA Các sGn phgm khu ch I4i sau Ió I Jc giGi trình t+ I phân tích nh3ng thay Iai c mRc IO nucleotide Các k t quG chd rAng tKt cG mfu Iinh l ng thu thBp có mRc IO t ng I ng cao chd có khác bi1t c mOt sW nucleotide K t quG c7ng chd rAng vùng gen matK rbcL c/a Iinh l ng có tính bGo t n cao Trong Ió vùng trnH-psbA th ng có nhiLu bi n Iai Tb khóa: inh l ng, DNA barcode, matK, rbcL, trnH-psbA, khác bi1t di truyLn TV N t n, khai thác phát tri.n ngu n gen Iinh l ng Cây Iinh l ng có ngu n gWc tb vùng IGo Polynesie thuOc Thái Bình D Trong ph ng pháp pha bi n hi1n nay, kj thuBt ng phân bW rGi rác c DNA barcode mOt kj thuBt hi1u quG, không chd vùng nhi1t I)i cBn nhi1t I)i (Võ V n Chi Trkn cho phép ki.m tra trình t+ vùng gen c/a mfu HJp, 1999) Cây Iinh l ng thuOc h5 Ng7 gia bì nhanh chóng mà giúp mc rOng nghiên cRu (Araliaceae) h5 v)i Nhân sâm, lo4i Trong nghiên cRu vL Ia d4ng sinh h5c th+c vBt, DNA quen thuOc (Võ Duy HuKn, 1998) barcode rKt h3u ích vi1c tìm mWi quan h1 gi3a Theo phân lo4i c/a Ph4m Hoàng HO (2002), mfu mNc dù chúng không giWng vL hình Iinh l ng bao g m nhiLu lồi I Jc tr ng c vùng thái Ngoài ra, kj thuBt cịn Ióng góp vào n’ l+c khác M’i lo4i l4i có thành phkn d Jc chKt xác I\nh mã v4ch cho tKt cG loài sinh vBt trái giá tr\ d Jc li1u khác Vi1c phát hi1n so sánh IKt nói chung Trên c sc Ió, matK, rbcL trnH- trình t+ gen, s+ t psbA ba vùng gen th+c vBt I Jc Rng d;ng nghiên ng I ng khác bi1t nucleotide c/a vùng c loài Iinh l ng s• có giá cRu sW vùng gen th tr\ ba trJ cho nghiên cRu theo h )ng tiêu chugn kj thuBt (Kress ctv, 2005) Nghiên cRu hóa ki.m I\nh nguyên li1u d Jc, góp phkn vào I Jc ti n hành nhAm ki.m tra s+ t vi1c xác I\nh tbng loài Iinh l ng I tránh nhkm lfn bi1t c/a ba vùng trên, góp phkn vào nhBn di1n giWng c7ng nh phân lo4i nhóm giWng Iinh l ng ngu n ngun li1u thuWc cịn gNp nhiLu khó kh n Nc bi1t góp phkn xác I\nh I Jc lồi có INc Ii.m hình thái t ng t+ I Jc tr ng c vùng khác Vì vBy, ph ng ng I Jc nghiên cRu c ng I ng khác V T LI U VÀ PH NG PHÁP NGHIÊN C U 2.1 VBt VBt li1u M i tám mfu Iinh l ng Iã I Jc thu thBp c pháp so sánh s+ trình t+ vùng gen h’ trJ xác vùng khác d+a INc Ii.m hình thái I\nh loài th+c vBt d+a h1 gen (DNA) INc thù khác c/a giWng Iinh l ng nh : Iinh l ng c/a chúng nhi1m v; cKp thi t công tác bGo nhm, Iinh l ng r ng, Iinh l ng tra, Iinh l ng I“a Iinh l ng trịn (Hình 1, bGng 1) Trường Đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh Viện Sinh học Nhiệt đới Email: trinhvietnga@gmail.com Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 7/2019 25 KHOA H C CƠNG NGH Hình Các mfu mfu Iinh l ng D1 — D18 nghiên cRu cRu BGng Nc Ii.m hình hình thái c/a c/a 18 mfu mfu Iinh l ng Iã Iã I Jc s= d;ng nghiên cRu STT Tên mfu Ký hi1u mfu i.m thu mfu Mô tG Phân nhóm theo ki.u hình inh l ng nhm D1 Ngu n giWng c/a Vi1n Sinh A Lá nhuy$n, xœ thùy, màu xanh h5c Nhi1t I)i inh l ng nhm D2 TiLn Giang Lá nhuy$n, xœ thùy, màu xanh A inh l ng nhm D3 Khánh Hòa Lá nhm, xœ thùy, màu xanh B inh l ng nhm D4 Vi1n D Jc li1u, Hà NOi Lá nhm, xœ thùy, màu xanh B inh l ng nhm D5 Nam \nh Lá nhm, xœ thùy, màu xanh B inh l ng nhm D6 HGi D ng Lá nhm, xœ thùy, màu xanh B inh l ng nhm D7 Th/ Lá nhm, xœ thùy, màu xanh B inh l ng nhm D8 Lá nhm, xœ thùy, màu xanh B Lá có xœ thùy nhiLu r ng c a, màu xanh C 10 11 12 13 26 inh l ng to inh l ng to inh l ng to inh l ng I“a inh l ng r ng Rc, TP HCM ng Nai D9 HGi D ng D10 Côn Lá l)n, màu xanh D D11 Ngu n giWng c/a Vi1n Sinh Lá l)n, màu xanh h5c Nhi1t I)i D D12 Th/ E D13 Vi1n D Jc li1u, Hà NOi Go Rc, TP HCM Lá hình I“a, màu xanh Lá hai lkn kép có r ng c a, màu F xanh lỏ Nông nghiệp phát triển nông thôn - KỲ - TH¸NG 7/2019 KHOA H C CƠNG NGH 14 15 16 17 18 inh l ng r ng D14 inh l ng trịn D15 Cơn Lá hai lkn kép có r ng c a, màu F xanh Go Bình ThuBn Lá to trịn, màu xanh D16 Bình ThuBn Lá to trịn, màu xanh lá, có viLn G trŠng inh l ng trịn D17 Bình ThuBn Lá to trịn, màu xanh G Vi1n D Jc li1u, Hà NOi Lá hình bku d;c, có viLn màu b4c r ng c a H inh l ng tròn inh l ng tra 2.2 Ph D18 ng pháp 2.2.1 Ly trích DNA tang sW NghiLn 50 mg mfu Iinh l ng 600 µl dung d\ch ly trích (NaCl 0,125 M; HCl 0,01 M; EDTA 0,01 M; SDS 0,5%) sau Ió vortex nh™ / mfu c 65˚C gi , thêm 600 Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol (25:24:1), sau Ió vortex ly tâm 12.000 vịng/phút 10 phút, hút d\ch nai Th+c hi1n thêm mOt l Jng th tích Chloroform:Isoamyl Alcohol (24:1) bAng th tích d\ch nai Iã hút, vortex nh™, ly tâm 12.000 vòng/phút 10 phút, hút d\ch nai Sau Ió, thêm mOt l Jng th tích Isopropanol bAng th tích d\ch Iã hút Ti p theo, IGo nh™, / 4˚C 15 phút Ti p I n, ly tâm 12.000 vòng/phút 10 phút, bm d\ch Sau Ió, r=a ethanol 70% l4nh lkn, ly tâm 12.000 vòng/phút phút, bm d\ch, ph i mfu, thêm 50 µl TE 1X Sau Ió, bGo quGn l4nh — 20˚C Th+c hi1n ki.m tra chKt l Jng c/a DNA thông qua ch4y Ii1n di gel agarose 1%, td l1 A260/A280 n ng IO DNA máy BioDrop (BioDrop µLITE, Anh) 2.2.2 PhGn Rng PCR Ii1n di S= d;ng primer vùng matK v)i primer matK472F 5’-CCCRTYCATCTGGAAATCTT GGTTC-3’và matK1248R 5’- GCTRTRATAATGAGAAAGATTTCTGC-3’ (Jing ctv, 2011), vùng rbcL v)i primer rbcL1F 5’ATGTCACCACAAACAGAGACTAA-3’ (Sameera ctv, 2011) rbcL1460R 5’CTTTTAGTAAAAGATTGGGCCGAG-3’ (Olmstead ctv, 1992), vùng trnH-psbA v)i primer psbAF 5’GTTATGCATGAACGTAATGCTC-3’ trnHR 5’CGCGCATGGTGGATTCACAAATC-3’ (Srirama R ctv, 2010) Thành phkn phGn Rng: 15 µl master mix 2X; 0,75 µl m’i primer có n ng IO 10 µM; 12,5 µl n )c nuclease free; µl DNA mfu n ng IO 50 ng/µl Tang th tích 30 µl Chu trình nhi1t cho phGn Rng PCR c/a cNp primer matK Bi n tính ban Iku Bi n tớnh Gn m i Kộo di chui Ôn I\nh K t thúc phGn Rng 95oC 95oC 52oC 72oC 72oC 4oC G phút 30 giây 30 giây 50 giây 35 chu k phút - Chu trình nhi1t cho phGn Rng PCR c/a cNp primer rbcL Bi n tính ban Iku 95oC phút Bi n tính 95oC phút o phút GŠn m i 57 C 35 chu k o phút Kéo dài chu’i 72 C ¤n I\nh 72oC phút K t thúc phGn Rng 4oC Chu k nhi1t c bGn cho phGn Rng PCR c/a cNp primer trnH-psbA Bi n tính ban Iku 95oC phút o Bi n tính 95 C phút phút 35 chu k GŠn m i 52oC o phỳt Kộo di chui 72 C o Ôn I\nh 72 C phút K t thúc phGn 4oC Rng SGn phgm PCR I Jc phát hi1n bci Ii1n di gel agarose 1,5% th i gian 30 phút, nhuOm v)i gel red ch;p hình máy soi gel UV Transilluminator 2.2.3 Phân tích Iánh giá mWi quan h1 di truyLn c/a 18 mfu Iinh l ng PhGn Rng PCR c/a tbng mfu phân tích I Jc ti n hành lkn lNp l4i, mfu có sGn phgm DNA khu ch I4i có kích th )c bAng I Jc s= d;ng cho vi1c giGi trình t+ L+a ch5n sGn phgm PCR c m’i mfu I tinh s4ch giGi trình t+ hai chiLu nhAm IGm bGo tính xác c/a nucleotide Các trình t+ I Jc hi1u chdnh bAng phkn mLm Bioedit, so sánh v)i bAng công c; Clustal omega (European Bioinfomatics Institute, 2017) so sánh v)i trình t+ t ng I ng có sŒn c sc d3 li1u GenBank Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 7/2019 27 KHOA H C CƠNG NGH thông qua vi1c s= d;ng công c; BLAST Xây d+ng phát sinh loài bAng phkn mLm MEGA 7.1 v)i thuBt toán Construct/Test Maximun Likelihood Tree from DNA sequences v)i h1 sW bootstrap 1000 K T QU VÀ TH O LU N 3.1 Khu ch I4i gen K t quG ki.m tra sGn phgm khu ch I4i gen matK, rbcL trnH-psbA gel agarose (hình 2, hình 3, hình 4) cho thKy gen matK, rbcL trnH-psbA I Jc khu ch I4i tWt c tKt cG mfu Iinh l ng nghiên cRu Các b ng thu I Jc ILu sáng rõ, t4o mOt sGn phgm nhKt v)i kích th )c khoGng 700 bp (IWi v)i gen matK so sánh v)i thang DNA chugn 100 bp), kích th )c khoGng 1400 bp (IWi v)i gen rbcL so sánh v)i thang DNA chugn kb), kích th )c khoGng 500 bp (IWi v)i gen trnH-psbA so sánh v)i thang DNA chugn 100 bp ), phù hJp I th+c hi1n ti p t;c b )c giGi trình t+ K t quG khu ch I4i vùng gen matK tWt h n nghiên cRu c/a Yu ctv (2011) s= d;ng cNp primer t ng t+ chd I4t 93,1% c nhóm th+c vBt h4t kín, t ng t+ vùng gen rbcL I Jc khu ch I4i tWt h n nghiên cRu c/a Sameera ctv (2011) chd I4t 88% c 26 loài th+c vBt khác (bao g m 14 h5) tb ” RBp Saudi dùng mOt primer t ng t+ ng th i, k t quG khu ch I4i vùng gen trnH-psbA tWt t ng Rng nghiên cRu c/a Srirama ctv (2010) I4t 100% c nhóm lồi Phyllanthus Hình Các b ng sGn sGn phgm PCR cNp primer matK c/a c/a mfu Iinh l ng D1 — D18 I Jc Ii1n di gel agarose 1,5%, M: thang DNA 100 bp Hình Các b ng sGn sGn phgm PCR cNp primer rbcL c/a mfu Iinh l ng D1 — D18 I Jc Ii1n di gel agarose 1,5%, M: thang DNA kb Hình Các b ng sGn trnH-psbA c/a mfu Iinh l ng D1 — D18 I Jc Ii1n di sGn phgm PCR cNp primer trnHgel agarose 1,5%, 1,5%, M: thang DNA 100 bp 3.2 Phân tích Iánh giá mWi mWi quan h1 di truyLn trình t+ c/a 18 mfu Iinh l ng có IO t ng I ng cao, c/a 18 mfu Iinh l ng chd khác bi1t c hai v\ trí Trên c sc k t quG khu ch I4i vùng DNA T4i v\ trí khác bi1t có th phân chia mfu barcode matK, rbcL, trnH-psbA, trình t+ 18 mfu Iinh Iinh l ng thành hai nhóm bao g m nhóm thR nhKt l ng Iã I Jc phân tích s+ khác bi1t di truyLn (D9, D12, D13, D14) có chRa nucleotide T nhóm Gen matK có hku h t th+c vBt, có tính pha thR hai v)i mfu cịn l4i chRa nucleotide C T4i v\ qt có tính Ia d4ng h n nh3ng gen khác có trí khác bi1t 454 có th phân thành hai nhóm bao l;c l4p, vBy gen matK trc thành gen chd th\ quan g m nhóm thR nhKt (D12) chRa nucleotide A tr5ng I giúp phân lo4i th+c vBt, INc bi1t cho s+ nhóm thR hai v)i mfu cịn l4i chRa nucleotide G nghiên cRu gi3a loài (Asahina ctv, 2010; D+a vào hai v\ trí trên, có th thKy rAng D12 chRa Sharma ctv, 2012) Trình t+ vùng matK sau x= nucleotide T, A khác bi1t v)i nhóm cịn l4i chRa lý có IO dài 648 bp K t quG so sánh bŠt cNp cho thKy, nucleotide T, G (D9, D13, D14) nhóm chRa nucleotide C, G (các mfu cịn l4i) 28 Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 7/2019 KHOA H C CƠNG NGH Hình V\ V\ trí Ii.m nucleotide khác bi1t vùng gen matK Hollingsworth (2009) cho rAng rbcL mOt x= lý có IO dài khoGng 1.375 bp K t quG so nh3ng trình t+ gen tiLm n ng nhKt cho nghiên sánh bŠt cNp cho thKy, trình t+ c/a 18 Io4n trình t+ cRu DNA barcode c th+c vBt Trình t+ vùng rbcL sau có IO t ng I ng cao, chd khác bi1t c bWn v\ trí Hình V\ V\ trí Ii.m nucleotide khỏc bi1t trờn vựng gen rbcL Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - THáNG 7/2019 29 KHOA H C CƠNG NGH T4i v\ trí khác bi1t 363 có th phân chia mfu Iinh l ng thành hai nhóm bao g m nhóm thR nhKt (D12, D13, D14) có chRa nucleotide G nhóm thR hai v)i mfu l4i chRa nucleotide A T4i v\ trí khác bi1t 620 có th phân thành hai nhóm bao g m nhóm thR nhKt (D13, D14) chRa nucleotide G nhóm thR hai v)i mfu cịn l4i chR nucleotide T T4i v\ trí khác bi1t 665 có th phân chia mfu Iinh l ng thành hai nhóm bao g m nhóm thR nhKt (D13, D14) có chRa nucleotide C nhóm thR hai v)i mfu cịn l4i chRa nucleotide T T4i v\ trí khác bi1t 895 có th phân thành hai nhóm bao g m nhóm thR nhKt (D12, D13, D14) chRa nucleotide C nhóm thR hai v)i mfu cịn l4i chRa nucleotide G Nh vBy d+a vào v\ trí khác bi1t, có th phân chia nhóm g m (D12), (D13, D14) nhóm mfu cịn l4i Gen trnH-psbA vùng gen có kích th )c trung bình khoGng 450 bp, nh ng thay Iai tb 296 I n 1120 bp, trnH-psbA I Jc chRng minh có khG n ng xác I\nh lồi cao (Vijayan K, 2010) Trình t+ gen trnHpsbA sau x= lý có IO dài 504 bp K t quG so sánh bŠt cNp cho thKy, trình t+ c/a 18 mfu khác 68 v\ trí nucleotide Hình V\ trnH-psbA tb v\ trí — 356 V\ trí Ii.m nucleotide khác bi1t bi1t vùng gen trnHT4i v\ trí khác bi1t có th chia thành hai nhóm nhóm g m nhóm thR nhKt (D12) chRa nucleotide A g m nhóm thR nhKt (D12) chRa nucleotide A và nhóm thR hai v)i mfu cịn l4i chRa nucleotide nhóm thR hai v)i mfu l4i chRa nucleotide G T T4i v\ trí khác bi1t 351, có th chia thành thành hai 30 Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 7/2019 KHOA H C CƠNG NGH Hình V\ trnH-psbA tb v\ trí 357 — 504 V\ trí Ii.m nucleotide khác bi1t vùng gen trnHT4i v\ trí khác bi1t 462, có th chia thành thành Hosam00272 Nh vBy, vùng gen matK c/a mfu hai nhóm g m nhóm thR nhKt (D12) chRa nucleotide Iinh l ng nghiên cRu có trình t+ gen t ng A nhóm thR hai v)i mfu cịn l4i chRa I ng cao v)i hai giWng Polyscias fruticosa voucher nucleotide T T ng t+, t4i v\ trí khác bi1t 473, có th VTN993 Polyscias balfouriana voucher chia thành thành hai nhóm thR nhKt (D12) chRa Hosam00272 iLu chRng tm, vùng gen matK có nucleotide G nhóm thR hai v)i mfu cịn l4i tính bGo t n, có s+ bi n Iai gi3a mfu Iinh l ng chRa nucleotide C T4i v\ trí khác bi1t 499, có th nghiên cRu ckn k t hJp chd th\ phân t= chia thành hai nhóm g m nhóm thR nhKt (D1, D2) khác I h’ trJ vi1c Iánh giá s+ khác bi1t di truyLn chRa nucleotide G nhóm thR hai v)i mfu chuyên sâu h n l4i chRa nucleotide T Các v\ trí khác có s+ khác bi1t Trình t+ vùng rbcL sau x= lý có kích th )c nucleotide, nhiên vfn ch a có s+ INc tr ng cho 1375 bp Tuy nhiên, trình t+ gen rbcL nhóm tbng mfu, nhóm mfu Nhìn chung gen trnH-psbA có Polyscias GenBank có kích th )c khGng 500 — s+ khác bi1t nucleotide nhiLu h n so v)i hai vùng 900 bp, chd có mOt lồi Polyscias guilfoylei gen matK rbcL (U50251.1) có kích th )c 1428 bp Do Ió th+c Ki.m tra bAng cơng c; BLAST ngân hàng hi1n BLAST, chd xuKt hi1n s+ t ng I ng v)i GenBank v)i trình t+ vùng matK cho thKy cG 18 mfu nhóm thuOc h5 Araliaceae lồi Polyscias nói ILu thuOc lồi chi Iinh l ng Polyscias có guilfoylei iLu chRng tm, c sc d3 li1u vùng gen GenBank v)i mRc IO bao ph/ IO t ng rbcL thuOc chi Polyscias GenBank ch a cao, I ng tb 99 — 100% M i bWn mfu Iinh l ng bao g m không I/ c sc I so sánh v)i mfu nghiên D1, D2, D3, D4, D5, D6, D7, D8, D18, D10, D11, D15, cRu D16, D17 có IO t ng I ng IO bao ph/ 100% v)i Th+c hi1n BLAST vùng gen trnH-psbA c/a 18 giWng Polyscias fruticosa voucher VTN993 giWng mfu cho thKy 18 mfu có IO bao ph/ 92% IO Polyscias balfouriana voucher Hosam00272 Ba mfu t ng I ng 95,72% — 99,15% v)i giWng Polyscias D13, D14, D9 có IO t ng I ng 100% IO bao ph/ australiana voucher Wen 1070 (JX106123.1), có IO 99% v)i giWng Polyscias fruticosa voucher VTN993 bao ph/ 92% IO t ng I ng 95,09% — 98,09% v)i giWng Polyscias balfouriana voucher Hosam00272 giWng Polyscias sp Wen 1070 (JX106126.1), có IO Riêng mfu D12 có IO t ng I ng 99,85% IO bao bao ph/ 83% — 84% IO t ng I ng 96,74% — 99,29% ph/ 99% v)i giWng Polyscias fruticosa voucher v)i loài Polyscias fruticosa (HQ220595.1) Trong c VTN993 giWng Polyscias balfouriana voucher sc d3 li1u c/a GenBank vfn cịn lồi Polyscias N«ng nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 7/2019 31 KHOA H C CƠNG NGH khác Iã cơng bW trình t+ gen trnH-psbA, nhiên k t quG BLAST chd xuKt hi1n giWng loài h5 Araliaceae cho thKy 18 mfu có s+ t ng I ng cao v)i ba giWng lồi nói trên th gi)i d3 li1u giWng loài Iinh l ng t4i Vi1t Nam vfn nhiLu h4n ch Hình Cây phát sinh lồi d+a d+a vào k t quG giGi trình trình t+ t+ gen matK D+a vào phân lồi vùng gen matK (Hình 9) guilfoylei voucher OP74 Polyscias balfouriana cho thKy mfu có xu h )ng x p gkn t ng voucher Hosam00272 GenBank có s+ t ng I ng Rng phân lo4i theo hình thái (BGng 1) mfu cao Tb Ió cho thKy, 18 mfu nghiên cRu ILu có s+ nhm (lá nhuy$n) (D1, D2), mfu nhm (D3, D4, D5, t ng I ng cao c vùng gen rbcL, giá tr\ di truyLn b\ D6, D7, D8), mfu to (xœ thùy) (D9), mfu to bi n Iai bci hình thái mfu khu v+c thu mfu, I ng (không xœ thùy) (D10, D11), mfu I“a (D12), mfu th i, cG 18 mfu ILu t ng I ng cao v)i bWn giWng r ng (D13, D14), mfu tròn (D15, D16, D17), mfu Polyscias guilfoylei voucher OP75, Polyscias sp OP31, tra (D18) Tuy nhiên, giá tr\ khác bi1t di truyLn gi3a Polyscias guilfoylei voucher OP74 Polyscias 18 mfu không cao Hai giWng Polyscias fruticosa balfouriana voucher Hosam00272 GenBank voucher VTN993 giWng Polyscias balfouriana Riêng loài Polyscias guilfoylei GenBank có s+ voucher Hosam00272 GenBank t ng I ng cao, khác bi1t nhKt I\nh v)i mfu giWng cịn l4i khơng khác bi1t di truyLn Tb Ió cho thKy, 18 mfu nghiên cRu ILu có s+ t ng I ng cao c vùng gen matK, giá tr\ di truyLn b\ bi n Iai bci hình thái mfu khu v+c thu mfu, I ng th i, cG 18 mfu ILu t ng I ng cao v)i hai giWng Polyscias fruticosa voucher VTN993 Polyscias balfouriana voucher Hosam00272 GenBank T ng t+ phân lồi vùng rbcL (Hình 10) có mfu nhm (lá nhuy$n) (D1, D2), mfu nhm (D3, D3, D5, D6, D7, D8), mfu to (xœ thùy) (D9), mfu to (không xœ thùy) (D10, D11), mfu I“a (D12), mfu tròn (D16, D17) mfu tra (D18), có xu h )ng x p gkn t ng Rng phân lo4i theo hình thái (BGng 1) Riêng mfu r ng (D13, D14) x p gkn mfu trịn (D15) Nhìn chung, giá tr\ khác bi1t di Hình 10 Cây phát sinh lồi d d+a qu trình +a vào k t q uG giGi tr ình truyLn không cao gi3a 18 mfu BWn giWng Polyscias t+ gen rbcL guilfoylei voucher OP75, Polyscias sp OP31, Polyscias 32 Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 7/2019 KHOA H C CƠNG NGH ng th i, k t quG phân lồi trình t+ trnHpsbA (Hình 11) có s+ t ng I ng v)i vùng gen matK rbcL Các nhóm mfu x p c4nh t ng t+ ây có th vùng gen DNA barcode tiLm n ng I phát tri.n trc thành marker phân t= vi1c phân bi1t loài Iinh l ng phân lo4i theo hình thái, nhóm mfu nhm (lá nhuy$n) (D1, D2), mfu nhm (D3, D4, D5, D6, D7, D8), mfu to (xœ thùy) (D9), mfu to (không xœ thùy) (D10, D11), mfu r ng (D13, D14), mfu tròn (D15, D16, D17) Riêng mfu I“a (D12) mfu tra (D18) x p c4nh mfu nhm (lá nhuy$n) (D1, D2) K T LU N K t quG khu ch I4i phân tích vùng DNA barcode matK, rbcL, trnH-psbA c 18 mfu Iinh l ng cho thKy có s+ giWng khác vL trình t+ nucleotide gi3a mfu Iã thu thBp Vùng gen matK có s+ khác bi1t nucleotide v\ trí v\ trí 454 Vùng gen rbcL có s+ khác bi1t nucleotide c v\ trí 363, v\ trí 620, v\ trí 665, v\ trí 895 Vùng gen trnH-psbA có s+ khác bi1t nucleotide nhiLu v\ trí h n hai vùng matK rbcL Trong Ió, ý v\ trí 1, 351, 462, 473, 499 có chRa nucleotide INc tr ng cho mOt nhóm mfu S+ khác bi1t trình t+ vùng gen trnH-psbA c sc I th+c hi1n nghiên cRu vL marker phân t= vi1c phân bi1t loài Iinh l ng K t quG phát sinh loài c/a vùng gen matK, rbcL có tính bGo t n, có tính t ng I ng cao s+ khác bi1t gi3a mfu Iinh l ng nghiên cRu Vùng gen trnH-psbA có s+ khác bi1t di truyLn nhiLu h n 0.0097 0.0040 0.0026 0.0018 0.0061 0.0020 0.0022 0.0041 0.0081 0.0040 0.0000 0.0020 0.0020 0.0021 0.0020 0.0081 0.0020 0.0000 0.0080 0.0000 D4 D17 D15 D16 D10 D11 D9 0.0019 D18 0.0156 0.0040 0.0089 0.0048 0.0061 0.0072 0.0354 0.0002 D5 D8 0.0041 0.0040 D6 D3 0.0000 0.0000 D7 0.0039 D12 D1 D2 D14 D13 Hình 11 Cây phát sinh lồi d+a d+a vào k t quG quG giGi trình trình t+ gen trnHtrnH-psbA Vùng gen matK Iinh l ng c mfu có s+ t ng I ng cao khác v)i k t quG nghiên cRu c/a Nguy$n Th\ Thanh Nga (2012) vL mOt sW loài d Jc li1u thuOc chi Gng Sâm (Codonopsis sp.) có vùng gen matK t ng IWi khác bi1t (61 Ii.m Ia hình 871 bp) Vùng gen rbcL Iinh l ng c mfu có s+ t ng I ng cao t ng t+ nghiên cRu c/a Hoàng ng Hi u (2012) vL tBp Iồn dó bku (Aquilaria sp.) có vùng gen rbcL v)i IO t ng I ng cao (99,0 - 100%) Tuy nhiên, vùng gen trnH-psbA cho k t quG khác k t quG nghiên cRu c/a Hoàng ng Hi u vL tBp Ioàn dó bku (Aquilaria sp.) - có IO t ng I ng rKt cao (99,1-100%) Nh vBy, cG hai vùng gen matK rbcL ILu có tính bGo t n b\ bi.n Iai bci hình thái khu v+c thu mfu Iinh l ng nghiên cRu Vùng gen trnHpsbA ch a th hi1n rõ s+ t ng quan gi3a trình t+ gen hình thái Tuy nhiên, vùng gen trnH-psbA có s+ khác bi1t nhiLu h n vL trình t+ gen gi3a mfu Iinh l ng phân tích so v)i trình t+ gen matK rbcL TÀI LI U THAM KH O Asahina H., Shinozaki J., Masuda K., Morimitsu Y., and Satake M, 2010 Identification of medicinal Dendrobium species by phylogentic analyses using matK and rbcL sequences, J Nat Med, 64(2): 133-138 European Bioinfomatics Institute, 2017 Programmatic access to bioinformatics tools from EMBL-EBI update Truy cBp tb https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ ngày 10/4/2019 Hoàng ng Hi u, 2012 S= d;ng kj thuBt sinh h5c phân t= phân tích Ia d4ng I\nh danh lồi c tBp Iồn dó bku (Aquilaria sp.) t4i Hà T“nh, LuBn v n th4c s“ Sinh h5c, Tr ng 4i h5c Khoa h5c T+ nhiên, HQG Hà NOi Hollingsworth P M., Forrest L L., Spouge J L., Hajibabaei M., Ratnasingham S., van der Bank M., Chase M W., Cowan R S., Erickson D L., Fazekas A J., 2009 A DNA barcode for land plants, Proceedings of the National Academy of Sciences, 106, pp 2794-12797 Jing YU, Jian-Hua XUE, Shi-Liang ZHOU, 2011 New universal matK primers for DNA barcoding angiosperms, Journal of Systematics and Evolution 49 (3): 176 — 181 Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - TH¸NG 7/2019 33 KHOA H C CƠNG NGH Kress J W., Wurdack K J., Zimmer E A., Weigt L A & Janzen D H., 2005 Use of DNA barcodes to identify flowering plants, Proc Natl Acad Sci USA, 102, pp 8369-8374 Nguy$n Th\ Thanh Nga, 2012 ánh giá Ia d4ng di truyLn mOt sW loài d Jc li1u Vi1t Nam thuOc chi Gng Sâm (Codonopsis sp.) bAng kj thuBt ADN mã v4ch, LuBn v n Th4c s“ Khoa h5c, Tr ng 4i h5c Khoa h5c T+ nhiên, HQG Hà NOi Olmstead R G., H J Michaels, K M Scott, and J D Palmer, 1992 Monophyly of the Asteridae and identification of their major lineages inferred from DNA sequences of rbcL Ann Missouri Bot Gard 79: 249-265 Ph4m Hoàng HO, 2002 Cây cm Vi1t Nam, quy.n III Nhà xuKt bGn Trœ, trang 516 — 518 10 Sachidanandam R, Weissman D, Schmidt S C., Kakol J M., Stein L D., Marth G., Sherry S., Mullikin J C., Mortimore B J., and Willey D L., 2001 A map of human genome sequence variation containing 1.42 million single polymorphisms Nature 409: 928-933 nucleotide 11 Sameera O Bafeel, Ibrahim A Arif , Mohammad A Bakir, Haseeb A Khan, Ahmad H Al Farhan, Ali A Al Homaidan, Anis Ahamed, Jacob Thoma, 2011 Comparative evaluation of PCR success with universal primers of maturase K (matK) and ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase oxygenase large subunit (rbcL) for barcoding of some arid plants, Plant Omics Journal, POJ 4(4):195198 12 Sharma S K., Dkhar J., Kumaria S., Tandon P., and Rao S R., 2012 Assessment of phylogentic inter-relationships in the genus Cymbidium (Orchidaceae) based on internal transcribed spacer region of rDNA, Gene, 495(1): 10-15 13 Srirama R., Senthilkumar U., Sreejayan N., Ravikanth G., Gurumurthy B R., Shivanna M B., Sanjappa M., Ganeshaiah K N., Shaanker R U., 2010 Assessing species admixtures in raw drug trade of Phyllanthus, a hepato-protective plant using molecular tools, J Ethnopharmacol., Jul 20; 130(2): 208-15 doi: 10.1016/j.jep.2010.04.042 Epub 2010 May 14 Võ Duy HuKn, Satoshi Yamamura, Kazuhiro Ohtani, Ryoji Kasai, Kazuo Yamasaki, Nguyen Thoi Nham and Hoang Minh Chau, 1998, Oleanane saponin from Polyscias fruticosa, Phytochemistry, 47(3): 451-457 15 Võ V n Chi Trkn HJp, 1999 Tb Ii.n thuWc Vi1t Nam NXB Y h5c, trang 425 — 428 DNA BARCODE ANALYSIS OF POLYSCIAS SAMPLES SAMPLES COLLECTED IN VIETNAM Trinh Viet Nga1, 2, Nguyen Cao Kiet1, Bui Minh Tri1, Pham Thi Minh Tam1, Nguyen Huu Ho2, Huynh Van Biet1 Nong Lam University Institute of Tropical Biology Summary Summary This study aimed to analyze the DNA barcode of eighteen Polyscias spp accessions collected in Vietnam Polyscias samples were collected from various regions in Viet Nam The DNA extracts of the samples then amplified with matK, rbcL and trnH-psbA primers Subsequently, the amplicons were sequenced for nucleotide variation analysis The results indicated that the all Polyscias accessions had high level of similarity with some nucleotide vatiations It was also shown that matK and rbcL regions of Polyscias were highly conservative While, trnH-psbA region of Polyscias was more variable Keywords: Polyscias, DNA barcode, matK, rbcL, trnH-psbA , genetic variation Ng i phGn bi1n: PGS.TS Nguy$n V n Ngày nhBn nhBn bài: 26/4/2019 Ngày thông qua phGn phGn bi1n: 29/5/2019 Ngày duy1t duy1t I ng: 5/6/2019 34 ng Nông nghiệp phát triển nông thôn - K - THáNG 7/2019 ... dài khoGng 1.375 bp K t quG so nh3ng trình t+ gen tiLm n ng nhKt cho nghiên sánh bŠt cNp cho thKy, trình t+ c/a 18 Io4n trình t+ cRu DNA barcode c th+c vBt Trình t+ vùng rbcL sau có IO t ng I... quG phân lồi trình t+ trnHpsbA (Hình 11) có s+ t ng I ng v)i vùng gen matK rbcL Các nhóm mfu x p c4nh t ng t+ ây có th vùng gen DNA barcode tiLm n ng I phát tri.n trc thành marker phân t= vi1c phân. .. D2) K T LU N K t quG khu ch I4i phân tích vùng DNA barcode matK, rbcL, trnH-psbA c 18 mfu Iinh l ng cho thKy có s+ giWng khác vL trình t+ nucleotide gi3a mfu Iã thu thBp Vùng gen matK có s+ khác