Ứng dụng kỹ thuật lai tại chỗ gắn huỳnh quang khảo sát đồng mất đoạn nhiễm sắc thể 1p 19q trong u tế bào thần kinh đệm ít nhánh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH - NGUYỄN THÁI BÌNH ỨNG DỤNG KỸ THUẬT LAI TẠI CHỖ GẮN HUỲNH QUANG KHẢO SÁT ĐỒNG MẤT ĐOẠN NHIỄM SẮC THỂ 1p/19q TRONG U TẾ BÀO THẦN KINH ĐỆM ÍT NHÁNH Ngành: Kỹ thuật xét nghiệm y học Mã số: 8720601 LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT Y HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS NGÔ QUỐC ĐẠT TS TRẦN THỊ THANH LOAN TP HỒ CHÍ MINH – 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu riêng tơi Các số liệu, kết nghiên cứu hoàn toàn trung thực chưa công bố công trình nghiên cứu khác Tác giả luận văn Nguyễn Thái Bình MỤC LỤC Trang Lời cam đoan i Mục lục .ii Danh mục viết tắt iv Bảng thuật ngữ Anh Việt vi Danh mục bảng vii Danh mục biểu đồ viii Danh mục hình ix Đặt vấn đề Mục tiêu nghiên cứu CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan u tế bào thần kinh đệm lan tỏa 1.2 Đại cương nhiễm sắc thể người rối loạn di truyền bất thường nhiễm sắc thể 11 1.3 Các đột biến gen u tế bào thần kinh đệm 14 1.4 Cấu trúc sinh lý bệnh 1p/19q 24 1.5 Các kỹ thuật chẩn đoán đột biến gen 25 1.6 Tầm quan trọng đột biến gen 1p/19q 33 1.7 Triển vọng đề tài 35 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 38 2.1 Thiết kế nghiên cứu 38 2.2 Dân số nghiên cứu 38 2.3 Tiêu chuẩn chọn mẫu 38 2.4 Phương pháp chọn mẫu 38 2.5 Cỡ mẫu 38 2.6 Phương pháp thu thập quản lý số liệu 38 2.7 Hoá chất & vật tư 39 2.8 Trang thiết bị 40 i 2.9 Các bước tiến hành kỹ thuật lai huỳnh quang chỗ (FISH) 42 2.10 Xử lý số liệu 46 2.11 Địa điểm nghiên cứu 46 2.12 Y đức nghiên cứu 46 2.13 Các biến số nghiên cứu 46 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ 48 3.1 Mẫu nghiên cứu 48 3.2 Xây dựng quy trình 51 3.3 Mối liên quan mô bệnh học 58 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 61 4.1 Xây dựng quy trình 61 4.2 Đánh giá liên quan với đặc điểm mô bệnh học 76 KẾT LUẬN 79 I Mục tiêu chuẩn hóa quy trình kỹ thuật 79 II Đánh giá liên quan 1p/19q với đặc điểm mô bệnh học 79 KIẾN NGHỊ 80 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT α-KG α-Ketoglutarate ATRX Alpha-Thalassemia/Mental Retardation Syndrome X-linked BAC Bacterial Artificial Chromosome CBTRUS The Central Brain Tumor Registry of the United States CHG Comparative Genomic Hybridization CISH Chromogenic In Situ Hybridization EGFR Epidermal Growth Factor Receptor FISH Fluorescence In Situ Hybridization GBM Glioblastoma Multiform IDH Isocitrate Dehydrogenase MGMT O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase MLPA Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification NADP Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate NGS Next-Generation Sequencing NST Nhiễm Sắc Thể OS Overall Survival PAC P1 artificial chromosome PCR Polymerase Chain Reaction PCR-BMA PCR-based microsatellite analysis PDGFRA Platelet Derived Growth Factor Receptor Alpha PFS Progression-Free Survival PI3K Phosphatidylinositol-3-OH Kinase PTEN Phosphatase and Tensin Homolog PVC Procarbazine + Lomustine + Vincritine RB1 Retinoblastin p53 Tumor Protein p53 TCA Tricarboxylic TCGA The Cancer Genome Atlas TERT Telomerase Reverse Transcriptase TMZ Temozolomide UHHSBTKĐIN U tế bào hỗn hợp bào tế bào thần kinh đệm nhánh UTBTKĐLT U tế bào thần kinh đệm lan tỏa UTKĐIN U tế bào thần kinh đệm nhánh VEGF Vascular Endothelial Growth Factor VEGFR2 Vascular Endothelial Growth Factor Receptor WHO World Health Organization i BẢNG THUẬT NGỮ ANH VIỆT Denature Biến tính Frontal lobe Thùy trán Hybridize Lai hóa Mutant Đột biến Not Otherwise Specified Không xác định Occipital Chẩm Oncogenes Gen sinh ung thư Parietal lobe Thùy đính Probe Đoạn dị Proto-oncogenes Tiền ung thư Wildtype Không đột biến Temporal lobe Thùy thái dương Tumor supperessor gene Gen đè nén ung thư .i DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Triệu chứng lâm sàng UTKĐIN Bảng 1.2 Hệ thống phân độ theo Smith Bảng 1.3 Tỉ lệ đột biến gen TERT loại u khác 23 Bảng 1.4 Các kỹ thuật tương ứng mức phân tử 26 Bảng 1.5 Tỉ lệ sống hàng năm theo nghiên cứu CBTRUS 33 Bảng 1.6 Tỉ lệ sống không triệu chứng sống Nhật Bản 33 Bảng 2.1 Phân loại biến số nghiên cứu 46 Bảng 3.1 Phân bố mẫu giới theo mô bệnh học 48 Bảng 3.2 Xử lý mẫu với proteinase K 52 Bảng 3.3 Kết nghiên cứu 58 Bảng 4.1 Thời gian lưu trữ mẫu 63 Bảng 4.2 So sánh tuổi, giới phân độ mô bệnh học 64 Bảng 4.3 So sánh độ lát cắt, mật độ u đăc điểm loại trừ 64 Bảng 4.4 So sánh bước khử sáp 66 Bảng 4.5 Tiền xử lý với enzyme 68 Bảng 4.6 Xử lý với enzyme 70 Bảng 4.7 Xử lý với proteinase K 71 Bảng 4.8 So sánh quy trình lai 73 Bảng 4.9 So sánh phương pháp phân tích kết 74 Bảng 4.10 Phân tích lỗi thường gặp 75 Bảng 4.11 So sánh vị trí u với nghiên cứu khác 77 Bảng 4.12 So sánh tỉ lệ đột biến với nghiên cứu khác 78 Bảng 4.13 Bảng so sánh tỉ lệ đột biến phân độ mô bệnh học 78 ii DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ 3.1 Phân bố mẫu theo phân độ mô bệnh học 48 3.2 Phân bố mẫu theo giới tính 49 3.3 Phân bố mẫu theo nhóm tuổi 49 3.4 Tỉ lệ đột biến nghiên cứu 60 3.5 Tỉ lệ đại lượng theo phân nhóm mơ bệnh học 60 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Phân loại u tế bào đệm hệ thần kinh trung ương Hình 1.2 Đặc điểm mơ bệnh học u tế bào thần kinh đệm nhánh Hình 1.3 Đặc điểm hóa mơ miễn dịch u tế bào thần kinh đệm nhánh Hình 1.4 Cấu trúc nhiễm sắc thể 11 Hình 1.5 Sơ đồ băng nhiễm sắc thể 13 Hình 1.6 Bộ nhiễm sắc thể người 13 Hình 1.7 Kết đột biến thu nhận 17 Hình 1.8 Tỉ lệ đột biến gen tổng kết y văn 18 Hình 1.9 Cấu trúc tiểu đơn vị IDH 19 Hình 1.10 Cấu trúc phân tử IDH 20 Hình 1.11 Vị trí đột biến promoter TERT 22 Hình 1.12 Cộng hưởng từ phổ phát u nguyên bào thần kinh đệm 24 Hình 1.13 Cấu trúc 1p/19q 24 Hình 1.14 Đoạn mồi giải trình tự gắn vào mạch DNA 28 Hình 1.15 Ghi nhận trình tự base 28 Hình.1.16 Thơng tin chuỗi đươc giải mã 29 Hình.1.17 Sự khác biệt NGS trình tự tiêu chuẩn 30 Hình 1.18 Các cách đánh giá kết nhiễm sắc thể 1p/19q 31 Hình 1.19 Sơ đồ chẩn đoán 1p/19q 34 Hình 1.20 Phâm loại u thần kinh đệm 35 Hình 1.21 Tiên lượng dựa vào hình thái sinh học phân tử 36 Hình 2.1 Máy ủ nhiệt khô (Stuart) & Máy ủ nhiệt ướt (Precision Water Bath) 40 Hình 2.2 Máy đo pH (SCHOTT), Máy lắc (Hotplate& Magnetic stirrer) & Máy cất nước (Millli-Q, MILLIPORE) 41 Hình 2.3 Máy lai ThermoBrite & Kính hiển vi OLYMPUS CKX41 41 Các mảnh DNA không Thực lại bước rửa tiêu sau lai với 2xSSC/ 0.3% NP ~ 40 Dung dịch rửa sai thành phần Kiểm tra lại dung nhiệt độ dịch rửa 4.2 Đánh giá liên quan với đặc điểm mô bệnh học Điều trị UTKĐIN dựa đặc điểm mô bệnh học đột biến 1p/19q [36] Theo sau phẫu thuật thích hợp, hóa trị phương thức điều trị Xạ trị dùng cho dạng chuyển dạng độ III Hóa trị Hầu hết UTKĐIN đáp ứng với hóa trị, thường vịng tháng có giảm kích thước u Đáp ứng thay đổi dựa vào độ u thời gian điều trị Nếu đặc điểm mô bệnh học bệnh cảnh lâm sàng UTKĐIN độ III tiên đốn khả đáp ứng tốt với hóa trị u Tuy nhiên, allele nhánh ngắn nhiễm sắc thể số (1p) kết hợp nhánh ngắn nhiễm sắc thể số (1p) nhánh dài nhiễm sắc thể số 19 (19q), kiểu đột biến kết hợp đáp ứng với hóa trị Mất hai 1p 19q kết hợp có thời gian sống cịn dài sau hóa trị [36] - UTKĐIN độ II: Phẫu thuật khuyến cáo cho tổn thương cắt bỏ hết Nên lấy tồn u (sống cải thiện nhiều u bào) nhiên phải ý bảo tồn chức thần kinh - UTKĐIN độ III: Dữ liệu việc cải thiện sống cịn thuyết phục hơn, vài nghiên cứu cho thấy việc lấy toàn u khơng có lợi ích so với việc lấy phần u hay sinh thiết [36] UTKĐIN thùy trán sống lâu thùy thái dương (37 tháng so với 28 tháng sau phẫu thuật), điều u thùy trán dễ cắt u tận gốc [36] Trong nghiên cứu UTKĐIN thùy trán chiếm 46,1% (12 mẫu) thùy thái dương 7,6% (2 mẫu) (bảng phụ lục 4) Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bảng 4.11 So sánh vị trí u với nghiên cứu khác Yan-Xi Li Brat DJ Nghiên cứu Thùy trán 57,8% 62% 46,1% Thùy thái dương 12,9% 27% 7,6% Thùy đính 4,8% 8% 7,6% Thùy chẩm 2,4% 19,2% Mất nhánh ngắn NST số (1p) kết hợp 1q 19p kết hợp sống lâu [36]  Các tác giả cộng cho tỉ lệ đột biến sau:  Yan-Xi Li, Zhifeng Shi cộng cho tỉ lệ đột biến khoảng 39-70% [53]  Adam Wu cho tỉ lệ 40-70% [6]  Brat DJ cộng cho tỉ lệ > 70% [14]  Adelheid Woehrer cộng cho tỉ lệ > 70% [3]  Trong nghiên cứu chúng tơi có tổng số mẫu có đột biến đồng đoạn 10 mẫu chiếm 38,4%, tỉ lệ giới tính nữ phát đồng đoạn có mẫu chiếm 15,3% nam có mẫu đạt 23,1%  Nhóm tuổi 40-65 có tỉ lệ đột biến cao chiếm 26,9% (7 mẫu) độ tuổi từ 15- 40 chiếm 11,5% (3 mẫu) tổng số đột biến, nhóm tuổi cịn lại  Độ II mơ bệnh học có 18 mẫu (69,2%) tổng số mẫu có mẫu có đột biến đồng đoạn chiếm (19,2%), nữ giới chiếm 11,5% (3 mẫu), nam chiếm 7,6% (2 mẫu) - Độ II có 18 mẫu có đột biến đạt 27,8%  Độ III mơ bệnh học có có mẫu (30,8%) tổng số mẫu có mẫu (19,2%) có có đột biến đồng đoạn chiếm nữ giới chiếm 3,8% (1 mẫu), nam chiếm 15,3% (4 mẫu) Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Độ III cho thấy có mẫu có đột biến chiếm 62,5% - Bảng 4.12 Bảng so sánh tỉ lệ đột biến với nghiên cứu khác Yan-Xi Li Tỷ lệ đột 39 -70% Adam Wu A Woehrer Nghiên cứu 40-70% > 70% 38,4% biến Bảng 4.13 Bảng so sánh tỉ lệ đột biến phân độ mô bệnh học với nghiên cứu khác Yan-Xi Li  Brat DJ Nghiên cứu Độ II 43,3% 34,9% 19,2% Độ III 16,9% 28,4% 19,2% Tỉ lệ cho thấy có chênh lệch kết so với nghiên cứu nghiên cứu G Reifenberger, V.P Collins cộng sự, Yan-Xi Li, Zhifeng Shi cộng Sự khác biệt đột biết đồng đoạn 1p/19q u thần kinh đệm nhánh liên quan đến giới tính, chủng tộc, thói quen sinh hoạt… hay độ ngẫu nhiên mẫu Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn KẾT LUẬN I Xây dựng quy trình kỹ thuật  Các bước tiến hành kỹ thuật lai chỗ gắn huỳnh quang (FISH) UTBTKĐIN Chuẩn bị tiêu Lai chỗ gắn huỳnh quang Rửa lại sau lai Nhận định kết II Đánh giá liên quan đột biến đồng đoạn nhiễm sắc 1p/19q với đặc điểm mô bệnh học  Trong nghiên cứu có tổng số mẫu có đột biến đồng đoạn 10 mẫu chiếm 38,4%, tỉ lệ giới tính nữ phát đồng đoạn có mẫu chiếm 15,3% nam có mẫu đạt 23,1%  Nhóm tuổi 40-65 có tỉ lệ đột biến cao chiếm 26,9% (7 mẫu) độ tuổi từ 15- 40 chiếm 11,5% (3 mẫu) tổng số đột biến, nhóm tuổi cịn lại  Độ II mơ bệnh học có 18 mẫu (69,2%) tổng số mẫu có mẫu có đột biến đồng đoạn chiếm (19,2%), nữ giới chiếm 11,5% (3 mẫu), nam chiếm 7,6% (2 mẫu) - Độ II có 18 mẫu có đột biến đạt 27,8%  Độ III mơ bệnh học có có mẫu (30,8%) tổng số mẫu có mẫu (19,2%) có có đột biến đồng đoạn chiếm nữ giới chiếm 3,8% (1 mẫu), nam chiếm 15,3% (4 mẫu) - Độ III cho thấy có mẫu có đột biến chiếm 62,5% Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn KIẾN NGHỊ Dựa vào kết có nghiên cứu đưa số kiến nghị sau: Cần triển khai xét nghiệm bệnh viện cần xét nghiệm 1p/19q sử dụng chẩn đốn điều trị góp phần cải thiện chất lượng trì thời gian sống cịn bệnh nhân Cần có nghiên cứu với lượng mẫu lớn đột biến đồng đoạn 1p/19q để đưa thông tin đầy đủ dấu ấn sinh học người Việt Nam Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Trịnh Văn Bảo, Trần Thị Thanh Hương (2012), "Di truyền y học" Nhà xuất giáo dục, tr 27-58 Hứa Thị Ngoc Hà (2001), "Ứng dụng kỹ thuật hóa mơ miễn dịch giải phẫu bệnh" Tạp chí Y học TP.HCM, tập (4), tr 1-5 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG NƯỚC NGOÀI A.Woehrer (2011), "FISH-based detection of 1p 19q codeletionin oligodendroglial tumors: procedures and protocols for neuropathological practice –a publication under the auspices of Research Committee of the European Confederation of Neuropathological Societies (Euro-CNS)," Clinical Neuropathology, vol 30, pp 47-55 Adam Cohen (2013), "IDH1 and IDH2 Mutations in Gliomas," Curr Neurol Neurosci Rep, pp 1-13 Adam L Cohen (2015), "Glioma Biology and Molecular Markers," Cancer Treatment and Research, pp 15-29 Adam Wu (2011), "High rate of deletion of chromosomes 1p and 19q in insular oligodrendroglial tumors" PMC, pp 57-64 Adelheid Woehrer (2015), "Molecular diagnostics: techniques and recommendations for 1p/19q assessment," CNS Oncol, pp 1-12 Aden Ka.-Yin Chan (2014), "TERT promoter mutations contribute to subsetprognostication of lower-grade gliomas," Modern Pathology, pp 1-10 Agusti Alentorn (2015), "Molecular profiling of gliomas: potential therapeutic implications," Expert Rev Anticancer Ther, pp 1-8 10 Andrew L Lin and Lisa M De Angelis (2017) Reappraising the 2016 WHO classification for diffuse glioma Neuro-Oncology The Author(s), pp: 1-2 11 Angela Zacher (2016), “Molecular Diagnostics of Gliomas Using Next Generation Sequencing of a Glioma-Tailored Gene Panel,” Brain Pathology, pp 1-14 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 12 Anna S Berghoff (2012), "Clinical neuropathology practice guide 06-2012: MGMT testing in elderly glioblastoma patients – yes, but how?," Clinical Neuropathology, vol 21, no 6, pp 405-408 13 Arie Perry Histologic classification of gliomas Handbook of clinical neurology, Vol 134, gliomas, chapter pp 71-95 14 Brat DJ (2015), "Comprehensive, Integrative Genomic Analysis of Diffuse Lower-Grade Gliomas" N Engl J Med, pp 2481-2498 15 Bryant England (2013), "Current understanding of the role and targeting of tumor suppressor p53 in glioblastoma multiforme," Tumor Biol, pp 1-12 16 Christian L Appin (2015), "Biomarker-driven diagnosis of diffuse gliomas," Molecular Aspects of Medicine, pp 1-10 17 Craig Horbinski (2009), "Diagnostic Use of IDH1/2 Mutation Analysis in Routine Clinical Testing of Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Glioma Tissues," J Neuropathol Exp Neurol, vol 68, no 12, pp 1319-1325 18 David N Louis (2016)," The 2016 World Health Organization Classification of Tumors of the Central Nervous System: a summary, vol 131, pp 803–820 19 F Kramar (2016), "IDH1/2 Mutation and MGMT Promoter Methylation – the Relevant Survival Predictors in Czech Patients with Brain Gliomas," Folia Biologica (Praha), vol 62, pp 194-202 20 Fumiharu Ohka (2012), "Current Trends in Targeted Therapies for GlioblastomaMultiforme," Hindawi Publishing Corporation Neurology Research International, pp 1-14 21 G Reifenberger, V.P Collins, C Hartmann et al (2016), " Oligodendroglioma, IDH-mutant and 1p/19q-codeleted ", WHO Classification of Tumours of the Central Nervous System, 4th edition, IARC, pp 61 22 Hai Yan (2009), "IDH1 and IDH2 Mutations in Gliomas," The New England Journal of Medicine, Vol 360, No 8, pp 765-773 23 Hai Yan (2009), "Mutant Metabolic Enzymes Are at the Origin of Gliomas," Cancer Res, Vol 69, No 24, pp 9157-9159 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 24 Hideyuki Arita (2016), "A combination of TERT promoter mutation and MGMT methylation status predicts clinically relevant subgroups of newly diagnosed glioblastomas," Acta Neuropathologica Communications, vol 4, no 79, pp 1-14 25 Hiroko Ohgaki (2007), "Genetic Pathways to Primary and Secondary Glioblastoma," The American Journal of Pathology, vol 170, no 5, pp 14451453 26 Hyeonjin Kim (2016), "In-Vivo Proton Magnetic Resonance Spectroscopy of 2-Hydroxyglutarate in Isocitrate Dehydrogenase-Mutated Gliomas: A Technical Review for Neuroradiologists," Korean J Radiol , vol 17, no 5, pp 27 Ilyas M (2017), "Next-Generation Sequencing in Diagnostic Pathology " pathobiology 84(6):292-305 28 Jason T.Huse, Kenneth D.Aldape (2014), "The Evolving Role of Molecular Markers in the Diagnosis and Management of Diffuse Glioma," Clin Cancer Res, vol 20, pp 5601-5611 29 Jeanette E Eckel Passow (2015), "Glioma Groups Based on 1p/19q, IDH, and TERT Promoter Mutations in Tumors," N Engl J Med, vol 372, no 26, p 2499–2508 30 Joao Vinagre (2013), "Frequency of TERT promoter mutations in human cancers," nature communications, pp 1-6 31 Kenta Masui (2016), "Molecular classification of gliomas," in Handbook of Clinical Neurology, Dusseldorf, Elsevier, pp 97-120 32 Kenta Masui (2016), "Cancer metabolism as a central driving force of glioma pathogenesis," Brain Tumor Pathol, pp 1-8 33 Koichi Ichimura (2015), "Diffusely infiltrating astrocytomas: pathology, molecular mechanisms and markers," Acta Neuropathol, vol 129, pp 789–808 34 Laure Thomas (2013), "Predictive biomarkers in adult gliomas: the present and the future," Curr Opin Oncol, vol 25, pp 689–694 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 35 Matthew S Waitkus (2015), "Isocitrate dehydrogenase mutations in gliomas" Neuro-Oncology, pp 1-11 36 Mark S Green berg (2016), "Handbook of Neurosurgery," Thieme, pp 638 – 641 37 Martin J Van Den Bent (2016), Low-grade and anaplastic oligodendroglioma, vol 134, Rotterdam: Elsevier 38 Martin J van den Bent (2010) Interobserver variation of the histopathological diagnosis in clinical trials on glioma: a clinician’s perspective Acta Neuropathol, pp: 297–304 39 Mitchel S Berger (2016), "Astrocytic gliomas WHO grades II and III," in Handbook of Clinical Neurology,, California, Elsevier, pp 345-360 40 Patrick J Cimino (2017) Multidimensional scaling of diffuse gliomas: application to the 2016 World Health Organization classification system with prognostically relevant molecular subtype discovery Acta Neuropathologica Communications, pp1-14 41 Philipp Kickingereder (2015), IDH mutation status is associated with a distinct hypoxia/angiogenesis transcriptome signature which is noninvasively predictable with rCBV imaging in human glioma Scientific Reports, pp 1-9 42 Pinkham.M.B, Telfod N (2015), "FISHing Tips: What Every Clinician Should Know About 1p19q Analysis in Gliomas Using Fluorescence in situ Hybridisation" clinical oncology, Volume 27, Isue 8, pp 445-453 43 Robert B Jenkins, Hilary Blair, Karla V Ballman et al (2006), “A t(1;19)(q10;p10) Mediates the Combined Deletions of 1p and 19q and Predicts a Better Prognosis of Patients with Oligodendroglioma”, Cancer research, 66(20), pp.9854 44 Sameer Agnihotri (2014), " Isocitrate dehydrogenase status and molecular subclasses of glioma and glioblastoma" Neurosurg Focus, Volume 37, December 2014 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 45 S.Brandner (2015), "Invited review: Diagnostic, prognostic and predictive," Neuropathology and Applied Neurobiology, vol 41, pp 694–720 46 Stewart G Neil (2017) "Genomic Analysis in the Practice of Surgical Neuropathology "Arch Pathol Lab Med—Vol 141, March 2017 47 Subramanian Venkatesan (2016), "Genetic biomarkers of drug response for small-molecule therapeutics targeting the RTK/Ras/PI3K, p53 or Rb pathway in glioblastoma," CNS Oncol, pp 1-14 48 Tali Siegal (2014), "Clinical impact of molecular biomarkers in gliomas," Journal of Clinical Neuroscience, pp 1-8 49 Tali Siegal (2016), "Clinical Relevance of Prognostic and Predictive Molecular Markers in Gliomas," in Advances and Technical Standards in Neurosurgery, Switzerland, Springer International Publishing Switzerland, pp 91-108 50 Tanner M Johanns (2016), "High incidence of TERT mutation in brain tumor cell lines," Brain Tumor Pathol, pp 1-6 51 Therese A Dolecek (2012), "CBTRUS statistical report: primary brain and central nervous system tumors diagnosed in the United States in 2005–2009" Neuro-Oncology 14, pp 1-41 52 Tiantian Transcriptase Liu (TERT) (2016), Promoter "Cancer-Specific Mutations: Telomerase Biological and Reverse Clinical Implications," genes, pp 1-18 53 Yan-Xi Li, Zhifeng Shi (2016), "Not all 1p/19q non-codeleted oligodendroglial tumors are astrocytic," oncotarget.11378 54 Yan Yuan (2016), "Canadian brain cancer survival rates by tumour type and region: 1992–2008 " Canadian journal public heath, 107(1), pp 37– 42 55 Yashna Paul (2017), "DNA methylation signatures for 2016 WHO classification subtypes of diffuse gliomas," Clinical Epigenetics pp1-18 56 Yoshitaka Narita "Trends and outcomes in the treatment of gliomas based on data during 2001–2004 from the brain tumor registry of Japan," Neurol Med Chir (Tokyo) 55, 2015, pp 286–295 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 57 Zachary J.Reitman (2013), "Promoting a new brain tumor mutation: TERT promoter mutations in CNS tumors," Acta Neuropathol, Vol 126, No 6, pp 789–79 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn PHỤ LỤC BẢNG CHUYỂN ĐỔI MÃ NGHIÊN CỨU STT Mã số gốc Mã số Astro 101 Oligo 101 Astro 102 Oligo 102 Astro 104 Oligo 104 Astro 105 Oligo 105 Astro 106 Oligo 106 Astro 107 Oligo 107 Astro 108 Oligo 108 Astro 109 Oligo 109 Astro 110 Oligo 110 10 Astro 112 Oligo 112 11 Astro 113 Oligo 113 12 Astro 114 Oligo 114 13 Astro 115 Oligo 115 14 Astro 116 Oligo 116 15 Astro 117 Oligo 117 16 Astro 118 Oligo 118 17 Astro 119 Oligo 119 18 Astro 120 Oligo 120 19 Astro 121 Oligo 121 20 Astro 125 Oligo 125 21 Astro 126 Oligo 126 22 Astro 128 Oligo 128 23 Astro 129 Oligo 129 24 Astro 130 Oligo 130 25 Astro 131 Oligo 131 26 Astro 132 Oligo 132 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn PHỤ LỤC PHÂN BỐ TUỔI, GIỚI VÀ PHÂN ĐỘ MƠ BỆNH HỌC Mơ bệnh học độ STT Mẫu Tuổi Oligo 101 62 Oligo 102 47 Oligo 104 62 Nam II Oligo 105 44 Nam II Oligo 106 37 Oligo 107 38 Nam III Oligo 108 21 Nam II Oligo 109 48 Oligo 110 38 10 Oligo 112 50 11 Oligo 113 58 Nam II 12 Oligo 114 47 Nam III 13 Oligo 115 66 Nam III 14 Oligo 116 61 15 Oligo 117 61 16 Oligo 118 31 17 Oligo 119 48 18 Oligo 120 62 19 Oligo 121 47 20 Oligo 125 42 Nữ III 21 Oligo 126 10 Nữ II 22 Oligo 128 10 23 Oligo 129 25 24 Oligo 130 52 Nam II 25 Oligo 131 47 Nam II 26 Oligo 132 49 Nam II Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Giới Nam II Nữ Nữ Nữ Nam II II II II Nữ Nữ Nam II III III Nữ Nam II III Nữ Nam II III Nam II Nữ II PHỤ LỤC THỜI GIAN LƯU TRỮ MẪU STT Mẫu Ngày / tháng / năm lưu trữ Oligo 101 26 / 03 / 2015 Oligo 102 03 / 06 / 2015 Oligo 104 14 / 08 / 2015 Oligo 105 21 / 08 / 2015 Oligo 106 26 /08 / 2015 Oligo 107 01 / 09 / 2015 Oligo 108 30 / 11 / 2015 Oligo 109 02 / 12 / 2015 Oligo 110 16 / 12 /2015 10 Oligo 112 01 / 08 / 2016 11 Oligo 113 08 / 09/ 2016 12 Oligo 114 10 / 10 / 2016 13 Oligo 115 17 / 10 / 2016 14 Oligo 116 23 / 11 / 2016 15 Oligo 117 09 / 12 / 2016 16 Oligo 118 01 / 02 / 2017 17 Oligo 119 14 / 03 / 2017 18 Oligo 120 15 / 03 / 2017 19 Oligo 121 17 / 04 / 2017 20 Oligo 125 10 / 11 / 2017 21 Oligo 126 12 / 12 / 2017 22 Oligo 128 26 / 03 / 2018 23 Oligo 129 09 / 04 / 2018 24 Oligo 130 13 / 06 / 2018 25 Oligo 131 30 / 07 / 2018 26 Oligo 132 24 / 09 / 2018 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn PHỤ LỤC VỊ TRÍ U STT Mẫu Oligo 101 U màng não trán trái Oligo 102 U thùy trán trái Oligo 104 U não thất trái Oligo 105 U thùy trán trái Oligo 106 U não thất Oligo 107 U thái dương trái Oligo 108 U bán cầu não trái Oligo 109 U tiểu não phải Oligo 110 U thùy trán phải 10 Oligo 112 U thái dương phải 11 Oligo 113 U thùy trán phải 12 Oligo 114 U trán bên 13 Oligo 115 U thùy trán phải 14 Oligo 116 U chẩm phải 15 Oligo 117 U thùy trán phải 16 Oligo 118 U chẩm trái 17 Oligo 119 U thùy trán phải 18 Oligo 120 U chẩm phải 19 Oligo 121 U đính trái 20 Oligo 125 U thùy trán trái 21 Oligo 126 U hố sau 22 Oligo 128 U chẩm phải 23 Oligo 129 U trán trái 24 Oligo 130 U đính trái 25 Oligo 131 U thùy trán trái 26 Oligo 132 U chẩm trái Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Vị trí u ... gắn huỳnh quang để khảo sát đột biến đồng đoạn nhiễm sắc thể 1p/ 19q u tế bào thần kinh đệm nhánh Đánh giá mối liên quan đột biến đồng đoạn nhiễm sắc thể 1p/ 19q kỹ thuật lai chỗ gắn huỳnh quang. .. Mô u nguyên phát tế bào đệm U tế bào đệm U tế bào đệm lan tỏa WHO U bào U hỗn hợp U bào khác U tế nội tủy bào U tế bào đệm khác U đệm -thần kinh hỗn hợp khác U tế bào thần kinh đệm nhánh U bào. .. sử dụng kỹ thuật lai chỗ gắn huỳnh quang để khảo sát đột biến đồng đoạn1 p /19q u tế bào thần kinh đệm nhánh phù hợp thời điểm 1.6 Tầm quan trọng đột biến gen 1p/ 19q u tế bào thần kinh đệm nhánh