Xác định và phân tích tính đa dạng di truyền của một số dòng và giống xoài đang đƣợc trồng tại tỉnh Đồng Tháp

Xác định và phân tích tính đa dạng di truyền của một số dòng và giống xoài đang đƣợc trồng tại tỉnh Đồng Tháp.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ***OOO*** ĐỖ THỊ HỒNG DIỄM XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ GIỐNG XỒI ĐANG ĐƢỢC TRỒNG TẠI TỈNH ĐỒNG THÁP Luận văn kỹ sƣ Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 08/2006 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ***OOO*** XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT GIỐNG XỒI ĐANG ĐƢỢC TRỒNG TẠI TỈNH ĐỒNG THÁP Luận văn kỹ sƣ Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học Giáo viên hƣớng dẫn: TS BÙI MINH TRÍ Sinh viên thực hiện: ĐỖ THỊ HỒNG DIỄM Khóa: 2002 - 2006 Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 08/2006 MINISTRY OF EDUCATION AND TRAING NONG LAM UNIVERSITY, HCMC DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY IDENTIFY AND CHECK THE BIODIVERSITY IN SOME SPECIES OF MANGIFERA INDICA – GROWN IN DONG THAP PROVINCE GRADUATIONTHESIS Major: Biotechnology Guide: Ph.D Bui Minh Tri Student: Do Thi Hoang Diem Term: 2002 – 2006 Ho Chi Minh City 08/2006 LỜI CẢM TẠ   Tôi xin trân trọng gửi lòng biết ơn đến Thầy - TS Bùi Minh Trí tận tình hƣớng dẫn, bảo, truyền đạt kinh nghiệm quý báu tạo điều kiện tốt cho việc thực hồn thành đề tài tốt nghiệp  Tơi xin chân thành cảm ơn : Ban giám hiệu trƣờng Đại Học Nơng Lâm TP Hồ Chí Minh Ban giám đốc Trung tâm Phân tích Thí nghiệm trƣờng Đại Học Nơng Lâm Thành phố Hồ Chí Minh Ban Chủ nhiệm, Thầy, Cô Bộ môn Công nghệ sinh học hỗ trợ tạo điều kiện tốt suốt trình học tập thực đề tài  Tơi biết ơn gia đình hết lịng hỗ trợ mặt để tơi hồn thành đề tài tốt nghiệp  Đồng chân thành cảm ơn đến Anh, Chị Trung tâm Phân tích Thí nghiệm: chị Võ Thị Thúy Huệ, chị Phan Đặng Thái Phƣơng, anh Hồ Viết Thế, chị Nguyễn Thị Phƣơng Dung anh chị công tác Trung Tâm bạn sinh viên lớp Công nghệ sinh học 28 nhiệt tình giúp đỡ hỗ trợ tơi suốt trình thực đề tài, lúc khó khăn TP Hồ Chí Minh tháng 08/2006 Đỗ Thị Hồng Diễm TĨM TẮT KHỐ LUẬN  Tên đề tài: “Xác định phân tích tính đa dạng di truyền số dịng giống xồi đƣợc trồng tỉnh Đồng Tháp”   Thời gian nghiên cứu: từ tháng 3/2006 đến 8/2006 Địa điểm nghiên cứu: Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Trƣờng Đại Học Nơng Lâm TP Hồ Chí Minh  Cơ sở nghiên cứu: Sử dụng marker phân tử Microsatellite sở phƣơng pháp PCR phân tích trình tự tự động để phân tích tính đa dạng di truyền giống xồi thƣơng phẩm thuộc dịng: xồi cát, xồi hịn, xoài ca, xoài ghép xoài xiêm đƣợc canh tác tỉnh Đồng Tháp  Mục đích nghiên cứu - Nghiên cứu đa dạng di truyền chủng loại xoài khác - Tạo sở cho trình quản lý khai thác nguồn tài nguyên giống Phƣơng pháp nghiên cứu:  - Ly trích DNA từ mẫu giống xoài thu đƣợc sau khuếch đại PCR primer - Tiến hành phân tích microsatellite máy giải trình tự DNA (ABI3100), sử dụng phần mềm Gene Mapper để phân tích liệu microsatellite thu đƣợc - Sử dụng phần mềm NTSYSpc2.1 để phân tích tính đa dạng di truyền giống xồi đem phân tích  Kết quả: Có thể thấy đƣợc đa dạng giống xoài đem khảo sát  Kết luận - Có khơng xác tên nhƣ đặc tính giống đƣợc trồng vƣờn tình Đồng Tháp - Cặp primer đƣợc sử dụng cho hiệu phân tích tốt MỤC LỤC   Lời cảm tạ iii Tóm tắt iv Mục lục v Danh mục chữ viết tắt viii MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích 1.3 Yêu cầu 1.4 Giới hạn đề tài 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu đa dạng sinh học 2.1.1 Định nghĩa đa dạng sinh học 2.1.2 Ý nghĩa tầm quan trọng 2.1.3 Phân mức đa dạng sinh học 2.1.3.1 Sự đa dạng hệ sinh thái 2.1.3.2 Sự đa dạng loài 2.1.3.3 Sự đa dạng di truyền 2.2 Giới thiệu xoài 2.2.1 Nguồn gốc 2.2.2 Đặc tính thực vật học 2.2.3 Yêu cầu sinh thái phân bố địa lý 2.2.3.1 Khí hậu 2.2.3.2 Đất 2.3 Các giống xoài Việt Nam 2.4 Quy trình ly trích DNA tế bào thực vật 10 2.4.1 Quy trình ly trích DNA tế bào thực vật 10 2.4.2 Các phƣơng pháp kiểm tra sản phẩm ly trích 11 2.5 Kỹ thuật PCR (polymerase chain reaction) 12 2.5.1 Khái niệm nguyên tắc kỹ thuật PCR 12 2.5.2 Các điều kiện cần thiết cho phản ứng PCR 15 2.5.2.1 Thành phần phản ứng 15 2.5.2.2 Quy trình nhiệt 16 2.5.2.3 Số chu kỳ 17 2.5.2.4 Tối ƣu hóa điều kiện cho phản ứng PCR 18 2.5.3 Ƣu, nhƣợc điểm kỹ thuật PCR 23 2.6 Kỹ thuật Microsatellite 25 2.6.1 Những khái niệm kỹ thuật microsatellite 25 2.6.2 Giới thiệu chung 26 2.6.2.1 Tính chất 26 2.6.2.2 Khuếch đại microsatellite 27 2.6.2.3 Sự phát triển primers microsatellite 27 2.6.2.4 Những giới hạn microsatellite 28 2.6.3 Các loại microsatellite 29 2.6.3.1Các loại microsatellite 29 2.6.3.2 Cơ chế hình thành microsatellite 30 2.6.3.3 Vai trò microsatellite 31 2.6.3.4 Các phƣơng pháp phát microsatellite 33 2.7 Tình hình nghiên cứu xoài Việt Nam 34 VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 35 3.1 Vật liệu 35 3.1.1 Các giống xồi thí nghiệm 35 3.1.2 Các hố chất thí nghiệm 35 3.1.2.1 Hóa chất dùng ly trích DNA 35 3.1.2.2 Các hóa chất dùng phản ứng PCR 36 3.1.2.3 Các hóa chất dùng phân tích trình tự 37 3.1.3 Trang thiết bị thí nghiệm 37 3.2 Phƣơng Pháp Nghiên Cứu 38 3.2.1 Thời gian địa điểm thực 38 3.2.2 Kỹ thuật ly trích DNA 38 3.2.3 Kiểm tra định lƣợng định tính DNA 39 3.2.3.1 Định tính DNA phƣơng pháp điện di 39 3.2.3.2 Định lƣợng DNA quang phổ kế 39 3.2.4 Qui trình phản ứng Microsatellite 39 3.2.5 Điện di sản phẩm PCR 40 3.2.6 Phân tích kết từ sản phẩm PCR mẫu xoài máy giải trình tự ABI 3100 41 3.2.7 Phân tích kết dựa phần mềm phân tích đa dạng di truyền NTSYSpc2.1 42 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 43 4.1 Quá trình sản phẩm DNA ly trích 43 4.2 Phản ứng PCR 44 4.3 Kết phân đoạn sản phẩm PCR máy ABI 3100 46 4.4 Kết phân tích NTSYSpc2.1 49 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 52 5.1 Kết Luận 52 5.2 Đề Nghị 53 TÀI LIỆU THAM KHẢO 54 PHỤ LỤC DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT  µg: microgram  µl: microlite  µM: micromol/lite  Al: Allele  bp: base pair  cm: centimét  CTAB: Cetyltrimethylammonium bromide  DNA: Deoxyribonucleic acid  dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate  Kb: kilobases  mM: milimolar (milimol/lite)  m: mét  nm: nanomét  OD: Optical density  PCR: Polymerase chain reaction  pmol: picomol  RNA: Ribonucleic acid  Rnase: Ribonuclease  SSR: Single sequence repeat  Ta : Annealing temperature (nhiệt độ bắt cặp)  TAE: Tris-glacial acetic acid- ethylenne diamine tetra acetic acid  TE: Tris-EDTA (ethylenne diamine tetra acetic acid)  Tm: Melting temperature (nhiệt độ nóng chảy)  U: Đơn vị hoạt tính Taq  USDA: United States Department of Agriculture  USA: United State of America Phần I MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề Xoài đƣợc xem ăn quan trọng giới sau cam quýt, nho, chuối, táo tây Trên giới, diện tích xồi vào khoảng 1,8 - 2,2 triệu đƣợc trồng rộng khắp 87 quốc gia Năng suất trái tăng lên năm, đến tổng sản lƣợng trái Việt Nam đạt khoảng 20 triệu tấn/năm (Phạm Thị Hƣơng - Trần Thế Tục - Nguyễn Quang Thạch; 2003); Tuy nhiên số đáp ứng chủ yếu cho thị trƣờng nƣớc Thêm vào từ giai đoạn đầu trình sản xuất, chế biến đến tiêu thụ chậm phát triển cam quýt, chuối, dứa, táo, bom nhiều lần (Vũ Công Hậu; 2000) Từ thấy, xồi có tiềm kinh tế lớn tiêu thụ nƣớc xuất vào thị trƣờng tiêu thụ mới, đặc biệt Mỹ nƣớc EU Theo xu hƣớng xuất ngày tăng việc sử dụng giống xồi có phẩm chất tốt, có khả xuất cao cần đƣợc quan tâm Ở Việt Nam xồi đƣợc trồng từ Nam chí Bắc Vùng xồi tập trung có sản lƣợng hàng hóa từ Bình Định trở vào, chủ yếu tỉnh Đồng Bằng Sông Cửu Long (Tiền Giang, Cần Thơ, Đồng Tháp, Vĩnh Long, An Giang…) tỉnh miền Đông Nam Bộ (Bình Phƣớc, Bình Dƣơng, Đồng Nai…) (Viện nghiên cứu ăn miền nam; 2001) Diện tích trồng xồi lớn nhƣng giống xồi có phẩm chất tốt không nhiều cho suất không cao Một số giống xồi có suất cao lại khơng có khả cạnh tranh so với giống xoài khác khu vực nhƣ xoài bƣởi, ca so với xoài xiêm Đề tài: “Xác định phân tích tính đa dạng di truyền số dịng giống xồi đƣợc trồng tỉnh Đồng Tháp” đƣợc thực nhằm đánh giá tiềm năng, tính đa dạng quĩ di truyền giống xoài đƣợc canh tác, tạo điều kiện thuận lợi cho việc quản lý nguồn tài nguyên giống nƣớc qua dễ dàng kiểm sốt đƣợc phẩm chất giống xồi đƣợc nhập vào nƣớc ta Đồng thời, đề tài góp phần tạo tảng khoa học cho cơng tác lai chọn tạo giống để cải thiện phẩm chất giống xoài nội địa 4.4 Kết phân tích NTSYSpc2.1 Từ kết phân tích máy sequencing, ta thu đƣợc kích thƣớc đoạn DNA đƣợc khuếch đại từ mã hố chúng dƣới dạng ma trận 0, sau đƣa vào xử lý với NTSYSpc 2.1 ta thu đƣợc phân loại nhƣ trình bày dƣới đây: Hình 4.4 Cây phân loại thể mối quan hệ giống xoài sau phân tích với phần mềm NTSYSpc2.1 Do có khơng xác tên giống ban đầu nên khó xác định tính khác biệt trội giống khó so sánh khoảng cách di truyền nhƣ đặc tính xác giống với Theo kết thu đƣợc sau xử lý phần mềm NTSYSpc2.1 ta thấy: - Nhóm có mối quan hệ di truyền gồm cá thể sau (nhóm 1): Bao gồm cá thể I3 (xồi thơm), I7 (xoài Ù), J1 (cát Hoà Lộc), M3 (Thanh Ca), K4 (xồi Ù), K5 (xồi bƣởi) Trong nhóm có cá thể giống hình thái bên ngồi nhƣng có giống khác hồn tồn so với cá thể cịn lại + Nhóm 1A: Các cá thể giống nhau: I7, J1 K4 Cả cá thể có to, đầu bầu, thn dài, kích cở trái to + Nhóm 1B: Ba cá thể cịn lại có đặc trƣng riêng K5 có vừa phải, xanh nhẹ, phiến mỏng, trái trung bình M3 nhỏ, xanh đậm, phiến dày, trái nhỏ I3 to, trái nhỏ, nhiều thơm Điều điều kiện chăm sóc, chế độ phân bón vƣờn khác hay ảnh hƣởng vùng đất canh tác khác dẫn đến tƣợng thƣờng biến - Nhóm có quan hệ gần với I6 (xồi bƣởi), hình thái I6 giống với nhóm 1A với to, khác tán chiều cao so theo tuổi suất trái: I6 cao hơn, tán hẹp cho trái nhỏ nhiều - Cá thể K2 (cát Chu) giống nhóm hình thái trái: to, ít; giống I6 hình dạng thân, nhƣng K2 có tán rộng so với nhóm - Nhóm cá thể khác hoàn toàn mặt di truyền nhƣ hình thái nhƣng lại có mối quan hệ tƣơng đối gần so với nhóm khác gồm cá thể: H6 (hòn xanh), I2 (hòn dâu), L5 (xồi xiêm), J2 (cát Hịa Lộc) So sánh hình thái giống có khác biệt lớn H6: có thân cao, to, trái to, I2: thân thấp, cành khoẻ, nhỏ, trái nhỏ mọc thành chùm có màu phớt tím cuống L5: thân thấp, thon dài đều, trái dài dẹt J2: thân trung bình, to, trái trung bình, trịn Có thể giải thích đƣợc mối quan hệ gần H6 I2 thuộc nhóm xồi Hịn, cịn L5 J2 cần phải có phân tích, khảo sát cụ thể vùng đất canh tác, nguồn gốc giống - Giải thích mối quan hệ lân cận I4 (cát Chu) L1 (cát Hịa Lộc) thuộc dịng xồi cát, khả chống chịu khác thời gian trổ hoa (I4 trổ hoa sớm), suất trái (L1 cho suất) cao - Đối với cá thể C1 so sánh với nhánh cịn lại có phần giống với đặc điểm giống nhƣ suất, hình thái Một phần giống với giống khác nhƣ hình dạng thân, tính chống chịu….nhƣng khác biệt C1 hoa nhiều khả đậu trái thấp - Giống có mối quan hệ di truyền xa nhóm cá thể phân tích L3 Các cá thể có mối quan hệ di truyền tiến gần lần lƣợt L2, D1, M1, J3 A3 Từ kết phân tích cho thấy sản phẩm khuếch đại PCR thu nhận bắt cặp đƣợc primer lên vùng bảo tồn gene, chƣa có chắn có mặt microsatellite vùng bảo tồn dựa kết thu đƣợc từ máy giải trình tự ABI 3100 Tuy kết đạt đƣợc khơng nhƣ mục đích ban đầu nhƣng cặp primer dùng để phân tích tính đa dạng di truyền giống xoài hiệu PHẦN V KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết Luận Từ kết thu đƣợc ta rút kết luận sau: - Các kết phân tích cho thấy chín giống xồi thuộc năm dịng khác phân tích có mức độ đa dạng di truyền thấp - Có khơng thống tên giống kiểu di truyền phân tích Điều đặt giả thuyết có biểu phổ biến lẩn tạp giống đƣợc trồng vƣờn - Nguồn quỹ gene giống xoài phân tích tƣơng đối nghèo nàn Điều thể qua xuất nhiều band đồng hình sản phẩm PCR Sự nghèo nàn nguồn quỹ di truyền nghiên cứu biểu việc dần tính đa dạng quần thể lai tạo - Các đặc điểm trội giống xoài nhà vƣờn cung cấp phụ thuộc lớn vào cảm nhận chủ quan họ nên việc tìm thấy đoạn gene mã hoá đặc trƣng cho đặc tính sản xuất khó khăn - Đối với cá thể cho sản phẩm khuếch đại PCR giống hoàn toàn nhƣ: I3, I7, J1, M3, K4, K5 với band 110 bp nhất, nên có nghiên cứu sâu nhƣ tiến hành đọc trình tự đoạn để so sánh trình tự nucleotide cá thể với nhằm giải thích cho khác biệt tƣơng ứng với kiểu hình bên ngồi - Phân tích tính đa dạng xoài với cặp primer cho hiệu phân tích tƣơng đối tốt nhƣng lặp lại vùng microsatellite không chắn Các kết thu đƣợc bắt cặp đƣợc primer lên vùng bảo tồn gene - Để hỗ trợ cho cơng tác lai, chọn tạo giống ứng dụng kỹ thuật PCR sử dụng primer để phân biệt số giống xoài nhƣ marker 534 bp đặc trƣng cho giống xồi cát Hịa Lộc; marker 320, 501 bp đặc trƣng cho giống xoài cát Chu… 5.2 Đề Nghị Trong cơng trình nghiên cứu microsatellite để mang lại kết khả quan việc thu nhận đoạn DNA mã hố cho tính trạng có lợi nhƣ khả cho trái, phẩm chất trái, khả chống chịu…cần lƣu ý số vấn đề sau: - Tìm nguồn tin cậy trình lấy mẫu kết hợp với việc chọn lọc mẫu đƣợc trồng đại trà để có sở xác nguồn giống từ dễ dàng so sánh giống với Yếu tố tuổi cần đƣợc quan tâm thu thập mẫu yếu tố ảnh hƣởng đến nhận định hình thái hay đặc trƣng giống - Tiếp tục áp dụng kỹ thuật microsatellite để lập hồ sơ kiểu gene cho giống xoài phục vụ cho việc trao đổi liệu, thông tin đa dạng di truyền loại giống, đồng thời phục vụ cho công tác lai tạo giống - Từ kết nghiên cứu lần tiếp tục phát triển thêm độ xác giống, chọn lựa primer phù hợp hơn…để xây dựng sở di truyền hoàn chỉnh tin cậy cho giống có phẩm chất cao Việt Nam nhằm xây dựng thƣơng hiệu tạo thuận lợi cho nhận định, kiểm tra, phân tích sau - Đề tài sử dụng phần mềm NTSYSpc2.1 nên việc phân tích khơng sâu Để phân tích sâu nhóm tƣơng tự mặt di truyền nhƣng khác xa hình thái ta tiến hành đọc trình tự đoạn tƣơng đồng để khảo sát khác biệt TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Bùi Chí Bửu – Nguyễn Thị Lang-1999 Di truyền phân tử - Những nguyên tắc chọn giống trồng- Nhà xuất Nông nghiệp Thành Phố Hồ Chí Minh, 278 trang Lê Trọng Cúc – 2002 Đa dạng sinh học bảo tồn thiên nhiên – Nhà xuất Đại học Quốc gia Hà Nội, 247 trang Hồ Huỳnh Thùy Dƣơng- 1997 Sinh học phân tử - Nhà xuất giáo dục, 301 trang Nguyễn Thị Lang – 2002 Các phƣơng pháp nghiên cứu công nghệ sinh học – Nhà xuất Nơng nghiệp Thành phố Hồ Chí Minh, 219 trang Phạm Kim Duệ - 2005 Giáo trình kỹ thuật trồng ăn - Nhà xuất Hà Nội, trang 105 – 113 Phạm Thị Hƣơng - Trần Thế Tục - Nguyễn Quang Thạch – 2003 Cây xồi Những điều cần biết – Nhà xuất Nơng nghiệp, 76 trang Phạm Bình Quyền - Nguyễn Nghĩa Thìn – 2002 Đa dạng sinh học - Nhà xuất Đại học Quốc gia Hà Nội, 155 trang Nguyễn Nghĩa Thìn – 2005 Đa dạng sinh học tài nguyên di truyền thực vật Nhà xuất Đại học Quốc gia Hà Nội, 214 trang Trần Thế Tục –1998 Giáo trình ăn - Nhà xuất Nông Nghiệp Hà Nội, trang 151 – 168 10 Các kết nghiên cứu KHCN năm 2001 - Viện ăn miền nam, 678 trang Tiếng Anh SCHNELL R J, OLANO C.T, UINTANILLA W.E MEEROW A W – 2005 Isolation and characterization of 15 microsatellite loci from mango(Mangifera indicaL.) and cross-species amplification in closely related taxa - Molecular Ecology Notes WILLIAMS D.A, STERNBERG L.DA S.L & HUGHES C.R – 2002 Characterization of polmorphic microsatelliteloci in invasive Brazilian pepper, Schinus terebinthifolius – Molercular Ecology Notes Website: 1.http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.14718286.2005.01076.x;jsessionid=eDkq1htlXI59_pp3S?cookieSet=1&journalCode=men 2.http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.14718286.2005.01076.x http://www.actahort.org/members/showpdf?booknrarnr=575_13 4.http://www.ingentaconnect.com/content/klu/molb/2005/00000015/00000004 /00007982;jsessionid=2s379bbtd9doh.alice www.blackwell-synergy.com/ doi/pdf/10.1111/j.1471-8286.2005.01018.x www.cabi-publishing.org/Pdf/SampleJournals/PGR9.pdf 7.http://www.springerlink.com/(fghgocesrp24cx3vl5ufn1uo)/app/home/contrib ution.asp?referrer=parent&backto=issue, 8.www.ncl-india.org/reportsandpress/annualReport/PDFReport/17Biotechnology.pdf http://www.lal.ufl.edu/academics/faculty/burns/pdf/192-197.pdf 10.http://www.electronicipc.com/JournalEZ/ 11.http://www.ars.usda.gov/research/publications/Publications.htm?seq_no_11 5=175357 12.http://www.ctu.edu.vn/departments/dsapp/khcn/detai/captruong.htm Phụ Lục Danh sách mẫu xoài thu thập đƣợc số nhà vƣờn tỉnh Đồng Tháp Ngày 26/1/2006 Mẫu A : nhà vƣờn Bùi Thanh Sơn xã Tân Long – Thanh Bình tơ 6-7năm A1: Cát Hòa Lộc (HL): Trái to, vỏ mỏng, ngon, thơm A2: Thanh Ca (TC): trái to, nhiều, thanh,vỏ dày A3: Hòn Xanh (XH): trái nhiều, to, thịt nhiều nƣớc, mềm Mẫu B: Vƣờn Bùi Thanh Sang xã Tân Long – Thanh Bình B1: TC: Thân bị sùng, hoa trái nhiều, trái nhỏ 15 năm tuổi B2: TC: Trái to, ngọt, cành dễ gãy, tơ Mẫu C: Vƣờn Phan Văn Gấu: Tân Long – Thanh Bình tơ 6-7 tuổi C1:TC: Trái sai, đều, C2: TC: Trái to Ngày 2/2/2006 Mẫu D: Võ Minh Ba, Mỹ Thới, Mỹ Thọ, Cao Lãnh D1: Cát Chu (CC): Trái to, hoa trái nhiều Mẫu E: Võ Văn Thăng Mỹ Thới - Mỹ Thọ - Cao Lãnh E1: CC: Hoa trái nhiều, dễ đậu E2: HL: Phát triển tốt, hoa trổ sớm, đậu trái tốt Mẫu F: Vƣờn Trƣơng Khắc Phục Mỹ Thới - Mỹ Thọ - Cao Lãnh F1 :HL ghép gốc xoài Bƣởi: Hoa trái nhiều, trổ sớm kéo dài F2: HL ghép gốc xoài Bƣởi: Hoa trổ sớm, nhiều Mẫu G: Phan Văn Bé Đông Mỹ- Mỹ Hội – Cao Lãnh: tơ G1: HL: Trái lớn, suất cao G2:Xoài cát Ù(XU): Trái lớn, suất cao, không ngon Mẫu H: Nguyễn Hữu Thiền, Mỹ Thới, Mỹ Xƣơng, Cao Lãnh H1: Xoài Thơm(XT): Thân mục, cành nhỏ, dễ gãy H2: Hòa Lộc : Hoa nở trể, nhiều, trái non rụng nhiều H3: Cát Chu: Vỏ sần sùi, trái ít, trái to H4: Ghép Bƣởi(XB): Hoa nở kéo dài, trái nhiều, nhỏ H5: Xoài Ù: Đậu trái ít, trái to, xốp, nhẹ H6: Hịn xanh: Trái to, thơm Ngày 15/3/2006 Mẫu I: Nguyễn Thị Ngọc Quyên, Mỹ Thới, Mỹ Xƣơng, Cao Lãnh I1: HL: Thân cành bị sùng, gãy ít, hoa trễ, cháy đốm đen tròn I2:Hòn Dâu(HD) – ca chùm??: Cành yếu, thân mục vỏ, trái nhỏ, nhiều, dể đậu trái, vỏ mỏng, nhỏ cháy mép (10t) I3: Xoài Thơm(XT): Thân mục, cành gãy ít, nhỏ I4: CC: Hoa trái sớm, đều, cháy mép, khô quăn, đốm vàng I5: Cát Chu: Thân mục , bị sùng, trái nhiều I6: Ghép Bƣởi(XB): Trái nhiều, hoa nở kéo dài I7: XU: Trái to, không ngon Ngày 16/3/2006 Mẫu J: Võ Bá Ngôn, Đông Mỹ, Mỹ Hội, Cao Lãnh J1: HL: Hoa nở sớm, kéo dài, rụng nhiều J2:HL: Hoa nở trể, nhiều, rụng nhiều J3: CC: Trái sớm, rụng nhiều, cháy, quăn mép+ đốm đen J4:HL: Cành yếu, hoa nở kéo dài, đậu trái tƣơng đối, trái to Mẫu K: Trần Tấn Phúc, Đông Mỹ,Mỹ Hội,Cao Lãnh K1:HL: Vỏ cây, cành nứt, xì mủ, hoa nở ko đều, rụng nhiều, trái K2: CC: Vỏ sần sùi, trái ít, trái xì mủ K3:XB: Đậu trái tốt, trái bị xì mủ, vàng K4: XU: Đậu trái ít, trái xì mủ, da cám, trái to K5: XB: Ngã đổ trái nhiều, sức sống tốt, hoa nhiều, NS cao, ổn định Mẫu L: Hồng Văn Hải, Đơng Mỹ, Mỹ Hội, Cao Lãnh L1:HL: NS cao, ổn định, vàng quăn mép L2:CC: NScao, trổ đều, trái nhỏ L3: XB: Trổ sớm, đậu tốt, trái nhỏ,cành mục gãy L4: XU: Hoa trổ sớm, ko đồng loạt, rụng trái non, dễ nứt L5: Xoài Xiêm: (XX) giòn, đậu trái tốt, đốm đen Mẫu M: ngẫu nhiên: Nguyễn Văn Tấn, An Phú, An Bình, Cao Lãnh 8t M1: XB: Cây phát triển tốt, trái to, M2: XB: Cây tốt, mối ăn, rụng trái non nhiều M3: TC: Trái nhiều, đều, vỏ nứt Phụ lục Kết phân tích máy ABI3100 Dye/Sample Peak Ngày 120606 B,8 Ngày 150606 B,13 B,14 Sample File Name Size Tên mẫu I2 ngày 17/4 Ta 52 ABI3100_M1_003_2006-06-15.fsa ABI3100_M1_003_2006-06-15.fsa I4 ngày 17/4 52 347 396 B,14 ABI3100_M3_007_2006-06-15.fsa L52 ngày 17/4 52 148 B,22 B,23 B,24 B,25 B,26 ABI3100_M4_009_2006-06-15.fsa ABI3100_M4_009_2006-06-15.fsa ABI3100_M4_009_2006-06-15.fsa ABI3100_M4_009_2006-06-15.fsa ABI3100_M4_009_2006-06-15.fsa M12 ngày 17/4 52 105 260 409 606 620 B,53 Ngày 1606 lần B,10 ABI3100_M6_013_2006-06-15.fsa H6 ngày 13/6 55 602 ABI3100_1.J1_006_2006-06-16.fsa J1 ngày 18/4 52 110 B,11 ABI3100_22.K4_011_2006-06-16.fsa K4 ngày 6/5 52 110 B,10 Ngày 1606 L2 30 B,10 B,11 B,12 B,13 ABI3100_24.M3_015_2006-06-16.fsa M3 ngày 6/5 52 110 B,10 B,11 ABI3100_11.I62_006_2006-06-16.fsa I62 ngày 3/5 ABI3100_11.I62_006_2006-06-16.fsa 52 110 658 B,12 B,13 B,14 B,15 B,16 B,17 B,18 B,19 ABI3100_12.L2_008_2006-06-16.fsa L2 ngày 3/5 ABI3100_12.L2_008_2006-06-16.fsa ABI3100_12.L2_008_2006-06-16.fsa ABI3100_12.L2_008_2006-06-16.fsa ABI3100_12.L2_008_2006-06-16.fsa ABI3100_12.L2_008_2006-06-16.fsa ABI3100_12.L2_008_2006-06-16.fsa ABI3100_12.L2_008_2006-06-16.fsa 52 139 148 155 277 372 449 493 635 B,27 B,28 B,29 ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa L3 ngày 3/5 ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa 52 105 110 125 ABI3100_M5_011_2006-06-12.fsa ABI3100_10.C1_004_2006-06-16.fsa C1 ngày 3/5 ABI3100_10.C1_004_2006-06-16.fsa ABI3100_10.C1_004_2006-06-16.fsa ABI3100_10.C1_004_2006-06-16.fsa 208 110 314 436 473 B,30 B,31 B,32 B,33 B,34 B,35 B,36 B,37 B,38 B,39 ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa ABI3100_13.L3_010_2006-06-16.fsa 241 258 323 329 350 477 485 493 585 658 B,9 B,10 B,11 ABI3100_15.A3_014_2006-06-16.fsa A3 ngày 3/5 ABI3100_15.A3_014_2006-06-16.fsa ABI3100_15.A3_014_2006-06-16.fsa 52 135 247 356 B,7 ABI3100_2.J22_003_2006-06-16.fsa J22 ngày 18/4 52 314 B,11 B,12 B,13 B,14 B,15 ABI3100_3.J32_005_2006-06-16.fsa J32 ngày 18/4 52 ABI3100_3.J32_005_2006-06-16.fsa ABI3100_3.J32_005_2006-06-16.fsa ABI3100_3.J32_005_2006-06-16.fsa ABI3100_3.J32_005_2006-06-16.fsa 135 143 148 320 501 B,10 B,11 B,12 B,13 B,14 B,15 ABI3100_5.D1_009_2006-06-16.fsa D1 ngày 19/4 ABI3100_5.D1_009_2006-06-16.fsa ABI3100_5.D1_009_2006-06-16.fsa ABI3100_5.D1_009_2006-06-16.fsa ABI3100_5.D1_009_2006-06-16.fsa ABI3100_5.D1_009_2006-06-16.fsa 52 143 200 208 236 241 354 B,10 ABI3100_6.I3_011_2006-06-16.fsa I3 ngày 19/4 52 110 B,8 ABI3100_7.I7_013_2006-06-16.fsa I7 ngày 19/4 52 110 B,11 B,12 ABI3100_8.K2_015_2006-06-16.fsa K2 ngày 13/6 ABI3100_8.K2_015_2006-06-16.fsa 55 110 200 B,8 B,9 ABI3100_9.L1_002_2006-06-16.fsa L1 ngày 19/4 ABI3100_9.L1_002_2006-06-16.fsa 52 213 534 B,11 ABI3100_23.K5_013_2006-06-16.fsa K5 ngày 6/5 52 110 Phụ lục Bảng OD mẫu thí nghiệm # 10 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 Name I1 I2 I3 I4 I5 I6 I7 J2 J3 J4 K1 K2 K3 K4 K5 L1 L2 L3 L4 L5 M1 M2 M3 F1 F2 G1 G2 H1 H2 H3 F2S H4 H5 H6 Dilut Factor 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 Ratio 1.81260 1.83870 1.74950 1.87450 1.99500 2.02890 1.93730 2.02800 1.96900 1.81140 1.88940 1.98650 1.97500 1.88680 1.95050 1.91260 1.86340 1.86110 1.94870 1.85190 1.96280 1.87500 1.80140 2.00810 1.71660 1.83530 2.17750 1.80660 2.06630 2.06870 1.86330 1.82320 1.72720 1.72400 Abs Abs 0.31665 0.17470 0.16376 8.9066E-2 0.94226 0.53859 6.8121E-2 3.6340E-2 0.43032 0.21570 0.67489 0.33264 0.24591 0.12693 0.79770 0.39335 1.31580 0.66826 0.43096 0.23792 0.77546 0.41044 0.59841 0.30123 1.03510 0.52408 0.85344 0.45231 0.53627 0.27494 1.26160 0.65964 0.32478 0.17430 0.36803 0.19775 1.06040 0.54413 0.80807 0.43634 0.80008 0.40762 0.72339 0.38581 0.43336 0.24057 0.18178 9.0522E-2 0.20828 0.12133 1.82780 0.99592 0.35520 0.16312 2.03180 1.12460 0.12330 5.9673E-2 1.16020 0.56084 0.16867 9.0518E-2 1.23870 0.67944 2.94780 1.70670 0.66116 0.38350 Phụ lục Bảng mã hoá band DNA thu đƣợc từ ABI 3100 để phân tích NTSYSpc2.1 Band 105 110 125 135 139 143 148 155 200 208 213 236 241 247 258 260 277 314 320 323 329 347 A3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C1 D1 H6 I2 I3 I4 I6 I7 J1 J2 J3 K2 K4 K5 L1 L2 L3 L5 M1 M3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 350 354 356 372 396 409 436 449 473 477 485 493 501 534 585 602 606 620 635 658 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... so với xoài xiêm Đề tài: ? ?Xác định phân tích tính đa dạng di truyền số dịng giống xồi đƣợc trồng tỉnh Đồng Tháp? ?? đƣợc thực nhằm đánh giá tiềm năng, tính đa dạng quĩ di truyền giống xoài đƣợc canh... GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ***OOO*** XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT GIỐNG XOÀI ĐANG ĐƢỢC TRỒNG TẠI TỈNH ĐỒNG THÁP Luận... Mapper để phân tích liệu microsatellite thu đƣợc - Sử dụng phần mềm NTSYSpc2.1 để phân tích tính đa dạng di truyền giống xoài đem phân tích  Kết quả: Có thể thấy đƣợc đa dạng giống xoài đem khảo