NGHIÊN CỨU KHU HỆ VI SINH VẬT VÙNG RỄ CÂY NGHỆ VÀNG Curcuma longa L. NHẰM ĐỊNH HƢỚNG TĂNG NĂNG SUẤT VÀ CHẤT LƢỢNG CỦ NGHỆ TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Hoàng Kim Chi NGHIÊN CỨU KHU HỆ VI SINH VẬT VÙNG RỄ CÂY NGHỆ VÀNG Curcuma longa L NHẰM ĐỊNH HƢỚNG TĂNG NĂNG SUẤT VÀ CHẤT LƢỢNG CỦ NGHỆ Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 42 01 07 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội - 2020 Cơng trình hồn thành tại: Học viện Khoa học Công nghệ Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Người hướng dẫn khoa học 1: GS TS Lê Mai Hương Người hướng dẫn khoa học 2: TS Trần Thị Như Hằng Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: Luận án bảo vệ trước Hội đồng đánh giá luận án tiến sĩ cấp Học viện, họp Học viện Khoa học Công nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam vào hồi … ’, ngày … tháng … năm …… Có thể tìm hiểu luận án tại: - Thư viện Học viện Khoa học Công nghệ - Thư viện Quốc gia Việt Nam MỞ ĐẦU Tính cấp thiết luận án Curcumin chất curcuminoid thành phần hoạt chất có giá trị củ nghệ vàng Curcuma longa L Trong năm vừa qua, trước nhu cầu lớn curcumin để phục vụ công nghiệp dược nhằm tạo loại thuốc điều trị bệnh hiệu quả, lượng nghệ giới nói chung Việt Nam nói riêng đứng trước thực trạng không đáp ứng đủ nguyên liệu cho sản xuất Vấn đề giải cách cải tiến kỹ thuật canh tác bảo quản sau thu hoạch nghệ, kết hợp sử dụng công nghệ sinh học để làm tăng phẩm chất hàm lượng chất đối tượng nghiên cứu Trong bối cảnh cần phát triển nông nghiệp bền vững trì cân sinh thái việc canh tác sử dụng nhiều phân bón hóa học cần phải hạn chế, đồng thời cần trọng đến chế phẩm sinh học có thành phần vi sinh vật hữu hiệu Ngày nay, qua nhiều nghiên cứu thực hiện, vai trò vi sinh vật vùng rễ việc thúc đẩy trình sinh tổng hợp chất trao đổi thứ cấp thực vật nói chung curcuminoid nghệ nói riêng xác định chứng minh Vì vậy, chúng tơi thực đề tài “Nghiên cứu khu hệ vi sinh vật vùng rễ nghệ vàng Curcuma longa L nhằm định hướng tăng suất chất lượng củ nghệ” Mục tiêu nghiên cứu luận án Mục tiêu luận án nhằm nghiên cứu khai thác nguồn vi sinh vật vùng rễ nghệ, đặc biệt nhóm vi khuẩn nấm vùng rễ hữu hiệu nghệ vàng C longa, để tạo sở xaayd ựng hệ thống quản lý dinh dưỡng tổng hợp thích hợp cho nghệ trồng Việt Nam, giúp nâng cao suất chất lượng củ nghệ cách an toàn bền vững Các nội dung nghiên cứu luận án Nội dung nghiên cứu luận án bao gồm: (i) Nghiên cứu mối liên hệ chế độ bón phân đạm hóa học suất nghệ; (ii) Phân lập nghiên cứu hoạt tính số nhóm vi sinh vật vùng rễ nghệ vàng; (iii) Nghiên cứu đa dạng khu hệ vi sinh vật vùng rễ mối liên hệ với chế độ bón phân đạm hóa học cho suất cao; (iii) Nghiên cứu tạo chế phẩm khả tập nhiễm số vi sinh vật chế phẩm vào rễ nghệ vàng CHƢƠNG TỔNG QUAN 1.1 Cây nghệ vàng Cucuma longa L hợp chất curcumin củ nghệ Cây nghệ vàng (Curcuma longa L.) thuộc họ Gừng Zingiberaceae Các loài thực vật thuộc họ Gừng phân bố chủ yếu Nam Đông Nam Á, đa dạng nhiều Ấn Độ Thái Lan với 40 lồi, tiếp Bangladesh, Indonesia, Myanma Việt Nam [38] [39] Thành phần hóa học củ nghệ vàng Thành phần hóa học củ nghệ vàng C longa có chứa khoảng 6,3-7% protein, 5,1-7,5% chất béo, 3,5-5% khoáng chất, 69,4% carbonhydrate khoảng 9,5-13,1% nước [43] Thành phần chất củ nghệ vàng gồm có curcuminoid tinh dầu nghệ (gồm turmerone thơm (ar-turmerone), α-turmerone β- turmerone) Trong thành phần sản phẩm curcumin bán thị trường (còn gọi curcumin mix) có chứa khoảng 77% curcumin tinh (Cur), 17% DMC 3% BDMC [44] Kết nghiên cứu Naama cs (2013) cho thấy, curcumin DMC bền BDMC [45] Xét hoạt tính chống oxy hóa ức chế khối u curcumin chất có hoạt tính mạnh nhất, DMC va cuối BDMC [46] [44] Hoạt tính sinh y dược học hoạt chất curcumin củ nghệ vàng Tính đến có nhiều cơng trình liên quan đến hoạt tính sinh học củ nghệ vàng, kết nghiên cứu công trình khẳng định tác dụng củ nghệ vàng nói chung hoạt chất curcumin củ nghệ vàng nói riêng Chỉ tính đến năm 2011 có khoảng 7000 cơng trình nghiên cứu liên quan đến hoạt tính sinh học curcumin, bật hoạt tính chống oxy hóa, chống viêm chống ung thư Ngoài ra, hợp chất tự nhiên cịn phát có hoạt tính điều biến phân tử truyền tín hiệu thể chemokines, cytokines, gene ức chế khối u, phân tử kết dính, microRNAs, v.v [47] 1.2 Vi sinh vật vùng rễ cộng sinh với nghệ vàng Vùng rễ (rhizosphere) định nghĩa vùng nhỏ bao quanh rễ thực vật chịu ảnh hưởng hoạt động sống rễ [70] [71] [72] Trong vùng rễ này, có nhiều nhóm VSV có mối quan hệ tương tác với rễ thực vật với môi trường đất Các nghiên cứu chứng minh khu hệ vi sinh vật vùng rễ (VSVVR) ảnh hưởng đến sinh trưởng phát triển thực vật, khả chống chịu áp lực vô sinh hữu sinh ảnh hưởng đến trình hấp thụ dinh dưỡng vào tế bào thực vật, q trình trao đổi tín hiệu hóa học, tác động tới hoạt tính enzyme qua trình trao đổi chất [73] [74] Chẳng hạn, vi khuẩn PGPR ảnh hưởng trực tiếp gián tiếp tới nguồn N P cho thực vật, kích thích sinh trưởng phát triển, giảm hỗ trợ VSV gây bệnh điều chỉnh sức đề kháng thực vật với tác động ngoại cảnh [75] [76] Ở chiều ngược lại, thực vật làm thay đổi khu hệ VSVVR cách điều chỉnh nguồn vật chất lượng tín hiệu đất Các nghiên cứu có 21% lượng carbon cố định trình quang hợp thực vật vận chuyển vào đất nhiều cách khác nhau, chẳng hạn chất tiết thực vật, qua làm thay đổi cấu trúc quần xã VSVVR [77] Ở ngũ cốc, lượng chất đồng hóa sau q trình quang hợp vận chuyển khoảng 30-60% xuống đất, có khoảng 40-90% xuất theo dạng chất tiết, chất đóng vai trị yếu mối quan hệ chặt chẽ rễ thực vật VSV vùng rễ [78] Số lượng cấu trúc khu hệ VSVVR phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác nhau, điều kiện nhiệt độ, đặc tính lý hóa đất, thành phần cấu trúc khu hệ vi sinh vật đất điểm trồng, giai đoạn phát triển thực vật kiểu gene thực vật [79] Từ kết nghiên cứu nêu trên, nhận thấy việc nghiên cứu biện pháp nhằm làm tăng suất chất lượng trồng phải gắn với nghiên cứu khu hệ VSVVR thực vật đối tượng định Đối với nghệ vàng C longa, có số nghiên cứu hệ VSV cộng sinh thực vật nói chung vùng rễ nói riêng, sở để ta đề xuất phương thức phát triển suất nghệ cách bền vững thân thiện với môi trường CHƢƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Nguyên vật liệu 2.1.1 Giống nghệ mùa vụ Giống nghệ sử dụng nghiên cứu nghệ Hưng Yên (Curcuma longa var Hung-yen), trồng xã Đại Tập, huyện Khoái Châu, tỉnh Hưng Yên (20o47’35” N, 105o56’42” E) 2.1.2 Hóa chất, trình tự mồi, mơi trường chủng VSV 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 2.2.1 Thu mẫu xác định số lý hóa mẫu đất Thu mẫu: Các mẫu vùng rễ (bao gồm đất phần rễ cây) lấy độ sâu 10-15 cm mặt đất dụng cụ thu mẫu vô trùng Sau thu, mẫu giữ túi nilon bảo quản thùng xốp 4oC tiến hành phân lập VSV Xác định số lý hóa đất 2.2.2 Nghiên cứu ảnh hưởng hàm lượng phân bón N đến suất nghệ Bố trí thí nghiệm Thí nghiệm thực từ tháng 4-12/2016 lặp lại 4-12/2017 Lập 16 thí nghiệm tiêu chuẩn, thí nghiệm có diện tích 10 m2, theo chế độ bón: N0, N150, N350 N500 với phân N thay đổi từ đến 500 kg.ha-1.y-1 kết hợp bón P K (400:200 kg.ha-1.y-1) Mẫu đất thu độ sâu 10-15 cm, điểm thu lô thí nghiệm theo mơ hình W-pattern Thomas (1985) [115] Xác định tiêu nghiên cứu: Chiều cao (cm); Số lượng lá/cây; Năng suất tươi (kg/ha); Hệ số khối lượng khô/khối lượng tươi (%); Hàm lượng chất curcuminoid Sau xử lý, nghệ khô dạng bột chiết theo phương pháp chiết siêu âm (35 KHz, 25oC, 15 min) hệ dung môi chiết ethanol/nước (70:30, v/v) theo mô tả Mandal & cs (2009) [116] Hàm lượng curcuminoid cặn chiết ethanol phân tích sắc ký lỏng hiệu cao (HPLC) theo Jayaprakasha cs (2006) [46] 2.2.3 Nghiên cứu ảnh hưởng hàm lượng phân bón N đến đa dạng khu hệ VSVVR nghệ Tách DNA tổng số từ mẫu đất vùng rễ nghệ DNA tổng số chiết kit PowerSoil® DNA Isolation (Mo Bio Laboratories, Qiagen, Đức) nồng độ độ tinh máy Nano drop (Nanodrop 2000c, Thermo Fisher Scientific, USA), điện di agarose 1% bảo quản -20oC Giải trình tự metagenome amplicons Thư viện giải trình tự amplicons tạo kit TruSeq DNA PCR-Free Sample Preparation (Illumina, USA) chất lượng thư viện đánh giá hệ thống Agilent Bioanalyzer 2100 (Agilent, USA) trước giải trình tự máy Illumina Hiseq 2500 (Illumina, USA) Phân tích tin sinh học Luồng phân tích đa dạng khu hệ VSV vùng rễ nghệ thực nhờ cơng cụ Qiime2 (https://qiime2.org/) [118] Q trình phân tích gồm bước chính, là: (i) Tiền xử lý; (ii) Xác định vị trí phân loại; (iii) Phân tích đa dạng hiển thị hóa  Tiền xử lý: Sử dụng cơng cụ kiểm sốt chất lượng Qiime (V1.7.0, http://qiime.org/scripts/split_libraries_fastq.html) [146] thuật toán UCHIME (http://www.drive5.com/usearch/ manual/uchime_algo.html) [148]  Xác định vị trí phân loại: Sử dụng phần mềm Uparse (Uparse v7.0.1001, http://drive5.com/uparse/) [149], sở liệu Unite (https://unite.ut.ee/) [150] Silva (https://www.arbsilva.de/) [151]  Phân tích đa dạng hiển thị hóa  Một số số liên quan đến đa dạng khu hệ VSV Các số Shannon-Weaver (H), Simpson (D1), Chao1 số ACE xác định với công cụ Qiime  Phân tích thành phần/tọa độ Phương pháp phân tích thành phần (PCA) Phân tích tọa độ (PCoA) phần mềm R (v 3.1.2, R Core Team 2014)  Đường cong rarefaction  Phân tích thống kê: Sử dụng phân tích phương sai ANOVA Tukey’s Honest Significant Difference 2.2.4 Phân lập vi khuẩn PGPR xác định hoạt tính kích thích sinh trưởng Phân lập vi khuẩn vùng rễ có khả hịa tan phosphate vơ cơ: Sử dụng phương pháp pha loãng cấy trải đĩa thạch IPA [138] Xác định khả sinh IAA: Sử dụng phương pháp Salkowski cải tiến [139] Xác định khả kháng nấm gây bệnh thực vật: Sử dụng phương pháp khuếch tán đĩa thạch theo Ahmad & cs (1998) [140] Xác định đặc tính sinh lý, sinh hóa PGPR: Các đặc điểm đươc xác định theo khóa phân loại Bergey’s [141, 142] Xác định tên phân loại dựa trình tự đoạn gene 16S rDNA: Trình tự đoạn gene 16S rDNA chủng vi khuẩn khuếch đại PCR sử dụng cặp mồi Pr16F-Pr16R so sánh với trình tự cơng cơng cụ BLASTN, phân tích phần mềm BioEdit 7.0 [144] MEGA X [145] [146] 2.2.5 Phân lập nấm AM nghiên cứu đặc tính sinh học Phân lập bào tử nấm AM từ mẫu đất vùng rễ nghệ: Phân lập theo phương pháp lọc ướt mô tả lần đầu Gerdeman & Nicolson (1963) [147] Xác định tên phân loại dựa trình tự vùng gene 18S rRNA Xác định tên phân loại bào tử nấm AM cách khuếch đại vùng gene 18S rRNA cặp mồi NS31 hỗn hợp mồi AM1, AM2 AM3 phản ứng PCR [148] [149] [150] Phương pháp biến nạp, nuôi cấy, chọn lọc tế bào tái tổ hợp mang gene đích thực dựa phương pháp sinh học thường quy Tách plasmid, kiểm tra đoạn gene chèn sau giải trình tự máy ABI Prism 3130 (Applied Biosystems, Mỹ) 2.2.6 Nghiên cứu tạo thử nghiệm chế phẩm vi sinh vật vùng rễ cho nghệ Tạo chế phẩm VSV vùng rễ cho nghệ  Xác định khả gây độc chủng VSV: Theo phương pháp Carter cs với chút thay đổi theo điều kiện thí nghiệm [151]  Nhân nuôi nấm AM Nhân nuôi bào tử AM giống mã đề Ribwort (Plantago lanceolata) (được cung cấp Viện Nghiên cứu Giống Công nghệ Sinh học - Viện khoa học Lâm nghiệp Việt Nam)  Nhân sinh khối, tạo hỗn hợp vi khuẩn  Thu hồi bào tử, tạo hỗn hợp bào tử nấm rễ  Phối trộn, tạo chế phẩm: Phối trộn hỗn hợp vi khuẩn hỗn hợp bào tử nấm rễ theo tỉ lệ 1:1 (w/w) Thử nghiệm hiệu chế phẩm VSV vùng rễ cho nghệ nhiều tác giả thực hiện, nhiên kết nghiên cứu chưa đồng tồn quan điểm trái ngược Kết đạt khảo sát có ý nghĩa bổ sung khẳng định cho luận điểm tác dụng phân bón N đến suất hàm lượng curcumin củ nghệ vàng C longa mà nghiên cứu giới đề cập tới Mặt khác, kết nghiên cứu đưa số liệu đánh giá tác dụng phân bón hóa học đến suất nghệ vàng Việt Nam 3.2 Khảo sát số nhóm vi sinh vật hữu hiệu vùng rễ nghệ Dựa kết nghiên cứu nước liên quan đến khu hệ VSVVR cộng sinh với nghệ vàng C longa, thực khảo sát có mặt VSV thuộc hai nhóm chủ yếu vi khuẩn vùng rễ kích thích sinh trưởng (PGPR) nấm rễ cộng sinh (AM) vùng rễ nghệ vàng vùng chuyên canh nghệ, qua định hướng tuyển chọn số đối tượng tiềm để đề xuất chế phẩm sinh học làm tăng suất trồng 3.2.1 Khảo sát vi khuẩn rễ kích thích sinh trưởng (PGPR) vùng rễ nghệ 3.2.1.1 Phân lập tuyển chọn vi khuẩn PGPR Dựa đặc tính PGPR bao gồm: Khả tạo chất kích thích sinh trưởng thực vật (phytohormones); Khả cố định đạm; Khả đối kháng với vi sinh vật gây bệnh; Khả hòa tan phosphate chất dinh dưỡng khó tan [156] [157] [76], nghiên cứu tiến hành nhằm phân lập chủng vi khuẩn từ vùng rễ nghệ theo trình tự tiêu chí: (i) Hịa tan phosphate vơ cơ; (ii) Khả sinh chất kích thích sinh trưởng IAA; (iii) Khả cố định đạm (iv) Khả đối kháng với vi sinh vật gây bệnh Kết sàng lọc đặc tính cho 11 chủng VSV từ mẫu đất vùng rễ nghệ thể Bảng 3.6 Bảng Khả hòa tan phosphate, phát triển môi trường không chứa đạm sinh tổng hợp IAA chủng vi khuẩn T T Ký hiệu chủng PGP-V2 PGP-V4 PGP-V5 PGP-V15 PGP-V18 PGP-V20 PGP-V21 PGP-V22 PGP-V24 Hịa tan phosphate vơ (D-d, mm)* 5 4 Khả phát triển môi trƣờng không đạm + + + + + + + - Khả sinh tổng hợp IAA (ppm) 24,80±2,21 9,66±1,72 67,51±2,11 35,47±3,05 26,82±1,46 77,87±2,78 63,11±2,09 11,61±1,85 45,81±2,89 *Ghi chú: D: đường kính vịng phân giải chất xung quanh khuẩn lạc vi khuẩn; d: đường kính khuẩn lạc vi khuẩn đĩa thạch Để tìm hiểu thêm tác động kích thích gián tiếp chủng vi khuẩn PGPR lựa chọn, thực xác định khả kháng nấm bệnh thực vật in vitro dựa ức chế hình thành sợi nấm A niger F oxysporum đĩa thạch Kết thử nghiệm cho thấy, số chủng thử nghiệm, Bacillus sp PGPV21 chủng vi khuẩn biểu hoạt tính kháng hai chủng nấm kiểm định (thuộc A niger F oxysporum) với đường kính vòng phân giải mm Từ kết nghiên cứu thấy, PGP-V5, PGP-V20 PGP-V21 chủng biểu đặc điểm kích thích sinh trưởng thực vật tiêu biểu, bao gồm khả hịa tan P vơ cơ, cố định đạm, sinh IAA với lượng lớn nhất, lựa chọn để tiếp tục khảo sát số đặc điểm phân loại học, bao gồm đặc điểm hình thái, đặc điểm sinh lý, sinh hóa phân tích trình tự đoạn gene đặc trưng (gene 16S rRNA) 12 3.2.1.2 Đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa phân loại học chủng vi khuẩn lựa chọn Hình 3.2 Cây phân loại chủng PGP-V5, PGP-V20, PGPV21 số chủng vi sinh vật biết dựa trình tự đoạn gene 16S rRNA cơng bố (Phương pháp maximum likelihood, 100 bootstrap replicates, consensus tree) Nhóm ngồi chủng Methylobacterium populi AP014809 Đặc điểm hình thái khuẩn lạc đĩa thạch chứa môi trường LB chủng vi khuẩn xác định dựa quan sát mắt thường Đặc điểm hình thái hiển vi kích thước tế bào vi khuẩn xác định quan sát kính hiển vi Olympus (Japan) với độ phóng đại x1000 Đối chiếu đặc điểm hình thái, sinh lý sinh hóa với khóa phân loại Bergey’s [141] [142], xác định PGP-V5 chủng vi khuẩn thuộc nhóm Bacillus spp 3, PGP-V20 thuộc nhóm Enterobacteriaceae 2, PGP-V21 vi khuẩn thuộc nhóm Bacillus spp Dựa kết tìm kiếm 13 ngân hàng gen, kết hợp với phân tích trình tự xây dựng phân loại chủng PGP-V5, PGP-V20 PGP-V21 (Hình 3.3) Kết hợp với đặc điểm hình thái, sinh lý, hóa sinh có khóa phân loại Bergey xác định chủng lựa chọn Bacillus sp PGP-V5, Enterobacter sp V20 Bacillus sp V21 Trong nghiên cứu này, sàng lọc số chủng PGPR có tiềm ứng dụng cao từ nghệ vàng vùng chuyên canh Đây kết nghiên cứu lần công bố đối tượng nghệ vàng C longa Việt Nam 3.2.2 Khảo sát nấm AM vùng rễ nghệ 3.2.2.1 Phân lập khảo sát số lượng bào tử nấm AM từ mẫu đất vùng rễ nghệ Bên cạnh nhóm vi khuẩn PGPR, cộng sinh nấm AM với nghệ vàng C longa số tác giả giới đề cập tới, đặc biệt nghiên cứu thực với giống nghệ vàng Ấn Độ [160] [161], nhiên đến chưa có nghiên cứu tương tự thực đối tượng nghệ địa Việt Nam Bằng phương pháp gạn lọc ướt [147], diện bào tử nấm AM tất mẫu đất vùng rễ nghệ vàng vùng nghiên cứu thời điểm (cây 2, tháng tuổi) xác định Kết cho thấy, số lượng bào tử thu điểm phân lập thuộc khu vực nghiên cứu thay đổi khoảng từ 23,6±5,5 đến 45,1±6,2 bào tử/100 g đất thời điểm tháng tuổi, từ 40,3±8,2 đến 66,5±7,5 bào tử/100 g thời điểm tháng tuổi 3.2.2.2 Đặc điểm hình thái phân loại học số chủng nấm AM đất vùng rễ nghệ Dựa tần xuất xuất bào tử nấm AM, lựa chọn nhóm bào tử nấm điển hình từ rây lọc 14 kích thước khác nhau, để tiến hành tách bào tử, lưu giữ nhân nuôi Qua phân loại sơ xác định AM-N1, AM-N2 AM-N3 bào tử nấm thuộc chi Glomus Hình Cây phân loại chủng AM-N1, AM-N2 AMN3 số chủng vi sinh vật biết dựa trình tự đoạn gene 18S rRNA cơng bố (Phương pháp maximum likelihood, 100 bootstrap replicates) Nhóm ngồi chủng Gigaspora margarita BEG152 Để xác định vị trí phân loại chủng nấm AM trên, tiến hành tách DNA thực phương pháp NestedPCR Kết định danh cho thấy mẫu AM có mức độ tương đồng so với lồi ngân hàng gene từ 86% trở lên, phần lớn thuộc chi Glomus Dựa kết tìm kiếm được, kết hợp với phân tích Maximum likelihood xây dựng phân loại chủng AM-N1, AM-N2 AM-N3 (Hình 3.5) 15 Kết hợp với đặc điểm hình thái, xác định chủng nấm AM Glomus sp AM-N1, Glomus intraradices AM-N2 Glomus mosseae AM-N3 3.3 Nghiên cứu tác đọng chế độ bón phân N đến đa dạng khu hệ vi sinh vật vùng rễ 3.3.1 Đánh giá đa dạng khu hệ vi khuẩn đất vùng rễ nghệ liên quan đến chế độ bón phân N 3.3.1.1 Phân tích số đa dạng khu hệ vi khuẩn vùng rễ nghệ OTU vùng đất rễ nghệ chế độ bón phân đạm (N0, N150, N350 N500) phân tích phần mềm Uparse, sở liệu Unite thuật toán Blast, kết hợp phần mềm Qiime Số lượng loài nấm trung bình mẫu DNA tổng số chế độ N0, N150, N350 N500 3105, 2286, 2760 2843 loài (Bảng 3.16) Bảng Kết phân tích phân loại học liệu giải trình tự metagenome 16S số đa dạng Tên mẫu Số lượng lồi trung bình N0 (n=3) Chỉ số Simpson 0,703 ± 0,11 Chỉ số ACE Chỉ số Chao1 Chỉ số ShannonWeaver 3105 N150 (n=3) N350 (n=3) N500 (n=3) 2286 2760 2843 0,665 ± 0,712 ± 0,10 0,733 ± 0,12 0,08 2012 ± 354 1893 ± 196 2068 ± 244 1992 ± 259 1765 ± 103 1994 ± 262 1549 ± 306 1266 ± 220 3,77 ± 0,50 2,95 ± 0,25 4,04 ± 0,71 3,73 ± 0,56 Phân tích tọa độ (PCoA) dựa số đa dạng sinh học (Hình 3.10) cho phép phân tách hai nhóm L (màu xanh) H (màu đỏ) Nói cách khác, có khác biệt quần xã vi khuẩn từ nhóm suất cao H (N150 N350) nhóm suất thấp L (N0, N500) 16 3.3.1.2 Thành phần phân loài quần xã vi khuẩn vùng rễ nghệ Kết phân tích cho thấy thành phần phân loài vi khuẩn mức độ ngành lớp mẫu đất vùng rễ nghệ thuộc nhóm L H tương đối đồng Trong đó, đáng kể có lớp Alphaproteobacteria thuộc ngành Proteobacteria hai nhóm chiếm 40% tổng số OTU xác định (p 0,05) Ở mức độ lớp, lớp nấm Sordariomycetes thuộc ngành Ascomycota phân bố nhiều mẫu thuộc chế độ N350 N500, lớp Eurotiomycetes tìm thấy với tỷ lệ cao đáng kể mẫu từ chế độ khơng bón phân N (N0) (p