Nghiên cứu sự phân bố của các trimer trong các trình tự sense và antisense của các nhiễm sắc thể vi khuẩn burkholderia lata

ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA TRẦN THỊ HƯƠNG THẢO NGHIÊN CỨU SỰ PHÂN BỐ CỦA CÁC TRIMER TRONG CÁC TRÌNH TỰ SENSE VÀ ANTISENSE CỦA CÁC NHIỄM SẮC THỂ VI KHUẨN BURKHOLDERIA LATA Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 60 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ TP HỒ CHÍ MINH, tháng năm 2018 CƠNG TRÌNH ĐƯỢC HỒN THÀNH TẠI TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA –ĐHQG –HCM Cán hướng dẫn khoa học: TS Phan Thị Huyền (Ghi rõ họ, tên, học hàm, học vị chữ ký) Cán chấm nhận xét 1: PGS.TS Nguyễn Đức Lượng (Ghi rõ họ, tên, học hàm, học vị chữ ký) Cán chấm nhận xét 2: TS Trần Trung Hiếu (Ghi rõ họ, tên, học hàm, học vị chữ ký) Luận văn thạc sĩ bảo vệ Trường Đại học Bách Khoa, ĐHQG Tp HCM ngày 21 tháng 07 năm 2018 Thành phần Hội đồng đánh giá luận văn thạc sĩ gồm: (Ghi rõ họ, tên, học hàm, học vị Hội đồng chấm bảo vệ luận văn thạc sĩ) Chủ tịch: PGS.TS Nguyễn Thúy Hương Thư ký: TS Hoàng Mỹ Dung Phản biện 1: PGS.TS Nguyễn Đức Lượng Phản biện 2: TS Trần Trung Hiếu Ủy viên: TS Huỳnh Ngọc Oanh Xác nhận Chủ tịch Hội đồng đánh giá LV Trưởng Khoa quản lý chuyên ngành sau luận văn sửa chữa (nếu có) CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG TRƯỞNG KHOA PGS.TS Nguyễn Thúy Hương GS.TS Phan Thanh Sơn Nam i ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên học viên: Trần Thị Hương Thảo MSHV: 1670262 Ngày, tháng, năm sinh: 09/12/1993 Nơi sinh: Kiên Giang Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số : 60 42 02 01 TÊN ĐỀ TÀI: Nghiên cứu phân bố trimer trình tự sense antisense nhiễm sắc thể vi khuẩn Burkholderia lata NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Khảo sát phân bố trimer trình tự sense antisense nhiễm sắc thể khác vi khuẩn Burkholderia lata 383 NGÀY GIAO NHIỆM VỤ :(Ghi theo QĐ giao đề tài) 10/07/2017 NGÀY HOÀN THÀNH NHIỆM VỤ:(Ghi theo QĐ giao đề tài) 03/12/2017 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN (Ghi rõ học hàm, học vị, họ, tên): TS Phan Thị Huyền Tp HCM, ngày 13 tháng 07 năm 2018 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN CHỦ NHIỆM BỘ MÔN ĐÀO TẠO (Họ tên chữ ký) (Họ tên chữ ký) TS Phan Thị Huyền PGS.TS Nguyễn Thúy Hương TRƯỞNG KHOA (Họ tên chữ ký) GS.TS Phan Thanh Sơn Nam ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành đề tài luận văn thạc sĩ này, em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới: Cô Phan Thị Huyền, người Cơ đáng kính với dẫn khoa học q báu, ln theo sát dìu dắt em hoàn thành đề tài luận văn thạc sĩ Thầy Phan Thanh Sơn Nam, cô Nguyễn Thúy Hương thầy Phịng Đào tạo Sau Đại học tạo điều kiện vật chất lẫn tinh thần tốt để em hồn thành luận văn Em xin cảm ơn tất Thầy, Cô Khoa Kỹ thuật Hóa học – Cơng nghệ sinh học truyền đạt cho em kiến thức khoa học suốt hai năm em ngồi ghế giảng đường Cảm ơn chị Ngân, anh Minh, chị Hân, chị Vi tất anh chị lớp Cao học Khóa 2016 ln quan tâm, giúp đỡ cho em thật nhiều niềm vui kỉ niệm đáng quý suốt thời gian học tập mái trường Đại học Bách Khoa thành phố Hồ Chí Minh Cảm ơn An, Đăng, Kha Nguyên Khoa sát cánh bên hồn cảnh Thật may mắn đời có bạn bên cạnh Và hết, cảm ơn Mẹ, anh Hai gia đình ln tạo điều kiện tốt để học tập, bên cạnh, động viên cổ vũ Mọi người niềm yêu thương vô bờ bến Cầu chúc cho điều tốt đẹp đến với người Hy vọng đoạn đường tới, ln có người bên cạnh Xin chân thành cảm ơn tất cả! Trần Thị Hương Thảo iii TÓM TẮT LUẬN VĂN Đa số vi khuẩn có nhiễm sắc thể (NST) sợi đơi DNA hình vịng trịn khép kín, có điểm khởi đầu chép điểm kết thúc chép, tạo thành hai replichore có chiều dài gần NST vi khuẩn chứa đoạn trình tự mang thơng tin mã hóa protein, rRNA, tRNA trình tự khơng mã hóa Trong sợi đơn đoạn trình tự này, thành phần nucleotide không giống nhau, tức đoạn trình tự khơng đối xứng Tuy nhiên, toàn sợi đơn NST hoàn chỉnh, số lượng adenine (A) số lượng thymine (T) gần nhau, đồng thời số lượng cytosine (C) số lượng guanine (G) gần nhau, tức nhiễm sắc thể đối xứng Không thế, oligomer kích thước ngắn oligomer bổ sung đảo ngược (BSĐN) tương ứng, ví dụ GAT ATC, có số lượng gần Các vi khuẩn khác có NST có kích thước khác trình tự nucleotide khác nhau, nhiên giống đặc điểm đối xứng Đặc điểm có liên quan mật thiết với tốc độ chép phân bố nucleoid tế bào, việc can thiệp làm tính đối xứng NST làm ảnh hưởng nghiêm trọng đến trình tổng hợp DNA phân chia tế bào Vì thế, vấn đề nucleotide phân bố NST khác cho NST trở nên đối xứng cần quan tâm tìm hiểu Đề tài khảo sát phân bố trimer trình tự protein sense antisense, tức trình tự mang thơng tin mã hóa protein, NST khác vi khuẩn Burkholderia lata 383 Kết khảo sát cho thấy mật độ phân bố trimer bất kỳ, tức số lần xuất trung bình trimer kbp, nhóm trình tự sense (hoặc antisense) replichore NST gần mật độ phân bố trimer BSĐN tương ứng nhóm trình tự antisense (hoặc sense) replichore lại Mật độ phân bố trimer nhóm trình tự sense antisense hai replichore NST vi khuẩn Tần suất xuất khoảng cách trimer loại liền kề trình tự sense (hoặc antisense) replichore tương đồng với tần suất xuất khoảng cách trimer BSĐN tương ứng trình tự antisense (hoặc sense) replichore lại Mặc dù ba NST khác kích thước trình tự, kiểu phân bố trimer/trimer BSĐN giống ba NST iv SUMMARY Most bacteria have only one circular chromosome, which is a double-stranded DNA molecule, possessing an origin and a terminus of replication, forming two replichores which are nearly equal in length The bacterial chromosome contains DNA segments which carry information for encoding proteins, rRNA, tRNA and those that are nonencoding In these local single-stranded chromosomal segments, the nucleotide composition is skewed, i.e these segments are asymmetric Nevertheless, in the whole single-stranded chromosome, the numbers of adenine (A) and thymine (T) are similar, as are those of cytosines and guanines, i.e the whole chromosome is symmetric Also, short oligomers and their respective reverse complements, such as GAT and ATC, have similar frequencies Different bacteria have their chromosomes of different sizes and different nucleotide sequences, however, they all have the same symmetric property This property has a close relationship with the replication rate and the distribution of nucleoid in the cell, thus interfering to cause this property lost from the chromosome seriously affects the processes of DNA synthesis and cell division Therefore, how the nucleotides asymmetrically distribute in different bacterial chromosomes to make these whole chromosomes symmetric needs to be uncovered This research investigates the distribution of trimers in the protein sense and antisense sequences, i.e sequences that carry information for encoding proteins, of the Burkholderia lata 383 The investigation results show that densities of trimers, i.e the average trimer frequencies per kbp, in the sense (or antisense) sequences on the one replichore and those of their respective reverse complements in the antisense (or sense) sequences on the other replichore are almost equal The trimer densities in the sense or antisense sequences on the two replichores of all the three different chromosomes of this bacterium are similar On the distribution of the trimer and their respective reverse complements in the sense and antisense sequences on the replichores of each of the three B lata chromosomes, we found that the frequencies of distance between the adjacent trimers in the sense (or antisense) sequences on the one replichore were almost similar to those between the adjacent respective reverse complements in the antisense (or sense) sequences on the other replichore Although the three chromosomes were different in size and nucleotide sequence, these patterns of the v distribution of the trimer/trimer reverse complement were observed to be similar in all these three chromosomes vi LỜI CAM ĐOAN Tôi tên Trần Thị Hương Thảo, học viên cao học ngành Cơng nghệ Sinh học, Khóa 2016 đợt 1, Khoa Kỹ thuật Hóa học, Trường đại học Bách khoa Thành phố Hồ Chí Minh, xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi thực hiện, số liệu kết nghiên cứu thực hướng dẫn khoa học TS Phan Thị Huyền Tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm kết nghiên cứu luận văn tốt nghiệp Tp Hồ Chí Minh, ngày 13 tháng 07 năm 2018 Học viên thực Trần Thị Hương Thảo vii MỤC LỤC NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ ii CÁN BỘ HƯỚNG DẪN ii CHỦ NHIỆM BỘ MÔN ĐÀO TẠO ii TRƯỞNG KHOA ii LỜI CẢM ƠN iii TÓM TẮT LUẬN VĂN iv SUMMARY v DANH MỤC HÌNH x DANH MỤC BẢNG xi DANH MỤC HÌNH PHỤ xii DANH MỤC BẢNG PHỤ xiii CÁC TỪ VIẾT TẮT xiv MỞ ĐẦU 15 CHƯƠNG TỔNG QUAN LÝ THUYẾT 17 1.1 NHIỄM SẮC THỂ VI KHUẨN 17 1.2 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGỒI NƯỚC 18 1.3 TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI 20 1.4 LUẬN ĐIỂM MỚI CỦA ĐỀ TÀI 20 1.5 MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU 21 1.6 Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI 21 1.6.1 Ý nghĩa khoa học 21 1.6.2 Ý nghĩa thực tiễn 22 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 2.1 VẬT LIỆU .23 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 24 2.2.1 Xác định nucleotide skew 24 2.2.2 Trích xuất trình tự sense antisense 24 2.2.3 Xác định số lần xuất trimer trình tự 24 2.2.4 Xác định mật độ phân bố trimer trình tự 24 2.2.5 Khảo sát phân bố trimer replichore NST 25 viii CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN 26 3.1 Số lượng trimer trình tự sense antisense NST 26 3.2 Vị trí khởi đầu kết thúc chép NST 29 3.3 Số lượng trimer nhóm trình tự sense antisense replichore 31 3.4 Mật độ phân bố trimer nhóm trình tự sense antisense replichore 33 3.5 Sự phân bố trimer trimer BSĐN trình tự sense antisense replichore .35 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 42 4.1 KẾT LUẬN 42 4.2 KIẾN NGHỊ .42 TÀI LIỆU THAM KHẢO 43 PHỤ LỤC 45 ix 16 Esnault E., Valens M., Espe´li O., Boccard F 2007 Chromosome structuring limits genome plasticity in Escherichia coli PLoS Genet 3: e226 17 Liu G.R., Liu W.Q., Johnston R.N., Sanderson K.E., Li S.X., Liu S.L 2006 Genome lasticity and ori-ter rebalancing in Salmonella typhi Mol Biol Evol 23: 365-371 18 Darling A.E., Miklós I., Ragan M.A 2008 Dynamics of genome rearrangement in bacterial populations PLoS Genet 4: e1000128 19 Wang J.D., Berkmen M.B., Grossman A.D 2007 Genome-wide coorientation of replication and transcription reduces adverse effects on replication in Bacillus subtilis Proc Natl Acad Sci USA 104: 5608-5613 20 Srivatsan A., Tehranchi A., MacAlpine D.M., Wang J.D 2010 Co-orientation of replication and transcription preserves genome integrity PloS Genet 6: e1000810 21 Itaya M., Tsuge K., Koizumi M., Fujita K 2005 Combining two genomes in one cell: Stable cloning of the Synechocystis PCC6803 genome in the Bacillus subtilis 168 genome Proc Natl Acad Sci USA 44: 15971-15976 22 Gibson D.G., Benders G.A., Andrews-Pfannkoch C., Denisova E.A., BadenTillson H., Zaveri J., Stockwell T.B., Brownley A., Thomas D.W., Algire M.A., Merryman C., Young L., Noskov V.N., Glass J.I., Venter J.C., Hutchison III C.A., Smith H.O 2008 Complete chemical synthesis, assembly, and cloning of a Mycoplasma genitalium genome Science 319: 1215 23 Phan Thị Huyền, 2015 Nghiên cứu xếp DNA oligomer nhiễm sắc thể vi khuẩn nấm men Luận án tiến sĩ khoa học, Trường Đại học Bách khoa – ĐHQG Tp HCM 24 Phan Thi Huyen, Nguyen Duc Luong 2013 DNA trimer arrangement rule in the sense and antisense sequences of Burkholderia lata 383 chromosomes Tạp chí Khoa học Cơng nghệ 51: 472-476 25 Genskew: Harhay GP, Murray RW, Lubbers B, Griffin D, Koren S, Phillippy AM, Harhay DM, Bono J, Clawson ML, Heaton MP, Chitko-McKown CG, Smith TPL 2014 Completed closed genome sequences of four Mannheimia varigena isolates from cattle with shipping fever Genome Announc 2: e0008814 26 Rice P., Longden I., Bleasby A., 2000 EMBOSS: the European molecular biology open software suite Trends Genet 16: 276-277 27 Thi Huyen Phan, Duc Luong Nguyen 2012 Species-specificity of DNA trimer densities in chromosomes and their use in the classification of closely related organisms J Microbiol Methods 91: 30-37 44 PHỤ LỤC 4105 17162 CTT 2132 13325 15457 1463 TGT 544 957 1501 4032 22404 CGT 4897 17557 22454 941 685 1626 ACT 855 702 1557 ATG 12300 3719 16019 CAT 4082 11929 16011 ATT 2680 2277 4957 AAT 2691 2275 4966 CAA/TTG CAA 3008 2822 5830 TTG 3267 2496 5763 CAG/CTG CAG 16286 27657 43943 CTG 29881 15561 45442 1773 AAG/CTT AAG 15383 1779 ACA/TGT ACA 1000 463 ACG/CGT ACG 18372 AGT/ACT AGT ATG/CAT ATT/AAT Trimer 2437 Số lượng S+AS_Trimer BSĐN 1950 AAA Số lượng AS_Trimer BSĐN 2155 AAA/TTT Số lượng S_Trimer BSĐN Trimer BSĐN TTT Số lượng AS_Trimer 4210 Số lượng Trimer Số lượng S+AS_Trimer Trimer/Trimer BSĐN Bảng phụ Số lượng trimer tổng số trình tự sense antisense NST CCA/TGG CCA 801 6974 7775 TGG 7585 762 8347 CCG/CGG CCG 21946 6564 28510 CGG 6990 20578 27568 CCT/AGG CCT 1038 475 1513 AGG 566 981 1547 CGA/TCG CGA 1457 14397 15854 TCG 15247 1233 16480 CTA/TAG CTA 508 130 638 TAG 119 395 514 GAA/TTC GAA 13446 17225 30671 TTC 18484 11988 30472 GAC/GTC GAC 23986 18048 42034 GTC 19088 21950 41038 GAG/CTC GAG 14473 19840 34313 CTC 20401 13025 33426 GAT/ATC GAT 8799 21279 30078 ATC 22497 7705 30202 GCA/TGC GCA 7908 4142 12050 TGC 4459 6992 11451 GCG/CGC GCG 42983 23884 66867 CGC 25665 40198 65863 GCT/AGC GCT 2910 7715 10625 AGC 8214 2111 10325 GGA/TCC GGA 1527 3400 4927 TCC 3601 1251 4852 GGC/GCC GGC 33705 19592 53297 GCC 20973 32232 53205 GGG/CCC GGG 5841 5267 11108 CCC 5603 5338 10941 GGT/ACC GGT 4857 9282 14139 ACC 9662 4090 13752 GTA/TAC GTA 1427 9031 10458 TAC 9743 1240 10983 GTG/CAC GTG 20924 8427 29351 CAC 9250 19484 28734 GTT/AAC GTT 2171 11657 13828 AAC 11991 1625 13616 TAT/ATA TAT 3785 282 4067 ATA 359 3439 3798 TCA/TGA TCA 781 1090 1871 TGA 1191 625 1816 TCT/AGA TCT 497 233 730 AGA 320 447 767 TTA/TAA TTA 218 383 601 TAA 421 190 611 45 12581 CTT 1769 11000 12769 1603 TGT 555 1076 1631 3851 22236 CGT 3902 18036 21938 893 742 1635 ACT 576 906 1482 ATG 11549 4519 16068 CAT 4340 11767 16107 ATT 2369 2459 4828 AAT 2590 2404 4994 CAA/TTG CAA 2835 3549 6384 TTG 3589 2810 6399 CAG/CTG CAG 14759 28243 43002 CTG 28285 14357 42642 1926 2015 AAG/CTT AAG 10792 1789 ACA/TGT ACA 1041 562 ACG/CGT ACG 18385 AGT/ACT AGT ATG/CAT ATT/AAT Số lượng S+AS_Trimer BSĐN 4164 AAA Số lượng AS_Trimer BSĐN 2098 AAA/TTT Số lượng S_Trimer BSĐN Trimer BSĐN 2066 Số lượng AS_Trimer TTT Số lượng Trimer 3941 Trimer Số lượng S+AS_Trimer Trimer/Trimer BSĐN Bảng phụ Số lượng trimer tổng số trình tự sense antisense NST CCA/TGG CCA 723 7591 8314 TGG 7773 762 8535 CCG/CGG CCG 20563 8388 28951 CGG 8243 20527 28770 CCT/AGG CCT 939 658 1597 AGG 683 959 1642 CGA/TCG CGA 1457 14779 16236 TCG 14461 1534 15995 CTA/TAG CTA 351 176 527 TAG 196 393 589 GAA/TTC GAA 11024 17222 28246 TTC 16737 11163 27900 GAC/GTC GAC 21384 17677 39061 GTC 17834 21567 39401 GAG/CTC GAG 11549 18534 30083 CTC 18717 12162 30879 GAT/ATC GAT 8744 20265 29009 ATC 20250 8502 28752 GCA/TGC GCA 6725 4450 11175 TGC 4571 6723 11294 GCG/CGC GCG 42569 23970 66539 CGC 23749 41087 64836 GCT/AGC GCT 2020 8886 10906 AGC 8748 2103 10851 GGA/TCC GGA 1549 3587 5136 TCC 3372 1586 4958 GGC/GCC GGC 32712 19935 52647 GCC 20243 31651 51894 GGG/CCC GGG 6749 5549 12298 CCC 5668 6748 12416 GGT/ACC GGT 3918 9792 13710 ACC 9423 3793 13216 GTA/TAC GTA 1268 8928 10196 TAC 8942 1215 10157 GTG/CAC GTG 20397 8170 28567 CAC 7932 20099 28031 GTT/AAC GTT 1700 11030 12730 AAC 11220 1638 12858 TAT/ATA TAT 3978 320 4298 ATA 261 3937 4198 TCA/TGA TCA 757 1113 1870 TGA 1096 784 1880 TCT/AGA TCT 356 313 669 AGA 261 420 681 TTA/TAA TTA 152 302 454 TAA 290 186 476 46 Số lượng S+AS_Trime r BSĐN 1098 2055 TTT 1138 892 2030 3904 934 4838 CTT 1026 4031 5057 ACA/TGT ACA 521 303 824 TGT 318 552 870 ACG/CGT ACG 6049 1637 7686 CGT 1507 6739 8246 AGT/ACT AGT 508 323 831 ACT 350 528 878 ATG/CAT ATG 4423 1870 6293 CAT 1756 4698 6454 ATT/AAT ATT 1236 1244 2480 AAT 1279 1275 2554 CAA/TTG CAA 1278 1920 3198 TTG 1769 1316 3085 CAG/CTG CAG 5208 10728 15936 CTG 10050 5575 15625 CCA/TGG CCA 432 3062 3494 TGG 2805 468 3273 CCG/CGG CCG 6935 3501 10436 CGG 3287 7677 10964 CCT/AGG CCT 504 382 886 AGG 479 477 956 CGA/TCG CGA 870 5574 6444 TCG 4842 905 5747 CTA/TAG CTA 210 95 305 TAG 100 204 304 GAA/TTC GAA 4121 6303 10424 TTC 5953 4339 10292 GAC/GTC GAC 7746 6844 14590 GTC 6395 8136 14531 GAG/CTC GAG 4654 6557 11211 CTC 6126 4941 11067 GAT/ATC GAT 3416 7786 11202 ATC 7308 3545 10853 GCA/TGC GCA 2702 1845 4547 TGC 1804 2816 4620 GCG/CGC GCG 14035 8425 22460 CGC 7877 15234 23111 GCT/AGC GCT 927 3634 4561 AGC 3287 915 4202 GGA/TCC GGA 972 1547 2519 TCC 1552 972 2524 GGC/GCC GGC 10925 8020 18945 GCC 7620 11741 19361 GGG/CCC GGG 2656 2182 4838 CCC 2208 2859 5067 GGT/ACC GGT 1678 3996 5674 ACC 3614 1653 5267 GTA/TAC GTA 623 3374 3997 TAC 3202 614 3816 GTG/CAC GTG 6837 3101 9938 CAC 2950 7590 10540 GTT/AAC GTT 897 4266 5163 AAC 3944 890 4834 TAT/ATA TAT 1659 198 1857 ATA 209 1643 1852 TCA/TGA TCA 385 426 811 TGA 386 408 794 TCT/AGA TCT 227 192 419 AGA 202 231 433 TTA/TAA TTA 100 96 196 TAA 106 88 194 Số lượng S_Trimer BSĐN 957 AAG Trimer BSĐN AAA AAG/CTT 47 Số lượng AS_Trimer BSĐN Số lượng S+AS_Trime r Số lượng AS_Trimer AAA/TTT Trimer Số lượng Trimer Trimer/Trim er BSĐN Bảng phụ Số lượng trimer tổng số trình tự sense antisense NST Bảng phụ Số lượng trimer nhóm trình tự sense nhóm antisense R2_AS_Trimer BSĐN 1026 TTT 1502 937 653 1013 AAG 9711 759 5672 1020 CTT 1388 4777 744 8548 ACA 561 183 439 280 TGT 409 553 135 404 ACG 11496 1443 6876 2589 CGT 3592 7554 1305 10003 AGT 662 336 279 349 ACT 538 325 317 377 ATG 7780 1606 4520 2113 CAT 2680 4722 1402 7207 ATT 1870 998 810 1279 AAT 1814 914 877 1361 CAA 1731 1106 1277 1716 TTG 2342 1283 925 1213 CAG 9944 11430 6342 16227 CTG 18513 6284 11368 9277 CCA 426 2875 375 4099 TGG 4588 442 2997 320 CCG 13365 2616 8581 3948 CGG 4540 8576 2450 12002 R2_S_Trimer BSĐN R1_AS_Trimer BSĐN 1109 R1_S_Trimer BSĐN R2_AS_Trimer 747 Trimer BSĐN R2_S_Trimer 1328 R1_S_Trimer AAA Trimer R1_AS_Trimer replichore NST CCT 625 203 413 272 AGG 407 486 159 495 CGA 897 5968 560 8429 TCG 9402 563 5845 670 CTA 254 66 254 64 TAG 73 208 46 187 GAA 8000 7232 5446 9993 TTC 11173 5211 7311 6777 GAC 14171 7826 9815 10222 GTC 11601 9462 7487 12488 GAG 9432 9086 5041 10754 CTC 11785 4628 8616 8397 GAT 5837 9117 2962 12162 ATC 13685 2959 8812 4746 GCA 4866 1906 3042 2236 TGC 2636 3347 1823 3645 GCG 27435 10557 15548 13327 CGC 14846 15958 10819 24240 GCT 1932 3560 978 4155 AGC 4914 862 3300 1249 GGA 992 1658 535 1742 TCC 2049 605 1552 646 GGC 20512 9410 13193 10182 GCC 11763 14073 9210 18159 GGG 4164 2683 1677 2584 CCC 2818 1892 2785 3446 GGT 3448 4556 1409 4726 ACC 5453 1511 4209 2579 GTA 865 3804 562 5227 TAC 5735 645 4008 595 GTG 13710 3887 7214 4540 CAC 5182 7251 4068 12233 GTT 1558 5058 613 6599 AAC 7150 683 4841 942 TAT 2549 149 1236 133 ATA 215 1465 144 1974 TCA 428 447 353 643 TGA 716 341 475 284 TCT 322 100 175 133 AGA 204 187 116 260 TTA 129 171 89 212 TAA 258 103 163 87 48 Bảng phụ Số lượng trimer nhóm trình tự sense nhóm antisense AAA 1017 745 909 1270 AAG 6473 690 4319 ACA 554 198 487 ACG 10659 1341 AGT 600 ATG ATT R2_AS_Trimer BSĐN R2_S_Trimer BSĐN R1_AS_Trimer BSĐN R1_S_Trimer BSĐN Trimer BSĐN R2_AS_Trimer R2_S_Trimer R1_AS_Trimer R1_S_Trimer Trimer replichore NST TTT 1292 1016 774 1082 1099 CTT 1087 4214 682 6786 364 TGT 365 513 190 563 7726 2510 CGT 2549 7524 1353 10512 331 293 411 ACT 343 288 233 618 6787 1846 4762 2673 CAT 2514 4807 1826 6960 1536 950 833 1509 AAT 1602 863 988 1541 CAA 1451 1126 1384 2423 TTG 2363 1340 1226 1470 CAG 8552 11914 6207 16329 CTG 15877 5874 12408 8483 CCA 394 3196 329 4395 TGG 4524 358 3249 404 CCG 11890 3104 8673 5284 CGG 4789 8478 3454 12049 CCT 524 246 415 412 AGG 415 384 268 575 CGA 793 6496 664 8283 TCG 8173 661 6288 873 CTA 172 76 179 100 TAG 111 164 85 229 GAA 5907 7418 5117 9804 TTC 9311 4975 7426 6188 GAC 11868 7862 9516 9815 GTC 9824 9400 8010 12167 GAG 7246 8679 4303 9855 CTC 9761 4229 8956 7933 GAT 5406 8980 3338 11285 ATC 11164 3155 9086 5347 GCA 3579 1913 3146 2537 TGC 2664 3097 1907 3626 GCG 25327 10742 17242 13228 CGC 12735 16186 11014 24901 GCT 1260 3940 760 4946 AGC 4864 859 3884 1244 GGA 914 1795 635 1792 TCC 1780 642 1592 944 GGC 18591 9596 14121 10339 GCC 10487 13769 9756 17882 GGG 4316 2781 2433 2768 CCC 2760 2204 2908 4544 GGT 2545 4777 1373 5015 ACC 4799 1384 4624 2409 GTA 728 3825 540 5103 TAC 4843 528 4099 687 GTG 12347 3816 8050 4354 CAC 4103 7475 3829 12624 GTT 1089 4716 611 6314 AAC 6383 597 4837 1041 TAT 2465 129 1513 191 ATA 159 1533 102 2404 TCA 399 478 358 635 TGA 608 362 488 422 TCT 216 112 140 201 AGA 145 178 116 242 TTA 97 148 55 154 TAA 148 73 142 113 49 Bảng phụ Số lượng trimer nhóm trình tự sense nhóm antisense AAA 506 418 451 680 AAG 2338 453 1566 ACA 290 122 231 ACG 3478 585 AGT 317 ATG ATT R2_AS_Trimer BSĐN R2_S_Trimer BSĐN R1_AS_Trimer BSĐN R1_S_Trimer BSĐN Trimer BSĐN R2_AS_Trimer R2_S_Trimer R1_AS_Trimer R1_S_Trimer Trimer replichore NST TTT 680 404 458 488 481 CTT 657 1417 369 2614 181 TGT 220 284 98 268 2571 1052 CGT 952 2415 555 4324 144 191 179 ACT 216 182 134 346 2509 741 1914 1129 CAT 998 1695 758 3003 747 443 489 801 AAT 760 473 519 802 CAA 681 687 597 1233 TTG 1157 600 612 716 CAG 3017 3935 2191 6793 CTG 5616 2089 4434 3486 CCA 240 1222 192 1840 TGG 1596 247 1209 221 CCG 3921 1248 3014 2253 CGG 1975 2840 1312 4837 CCT 302 136 202 246 AGG 317 203 162 274 CGA 514 1947 356 3627 TCG 2756 401 2086 504 CTA 125 38 85 57 TAG 64 124 36 80 GAA 2128 2503 1993 3800 TTC 3362 1874 2591 2465 GAC 4196 2722 3550 4122 GTC 3576 3248 2819 4888 GAG 2937 2886 1717 3671 CTC 3186 1849 2940 3092 GAT 2060 2927 1356 4859 ATC 4011 1459 3297 2086 GCA 1535 703 1167 1142 TGC 1018 1287 786 1529 GCG 8285 3620 5750 4805 CGC 3996 5406 3881 9828 GCT 580 1333 347 2301 AGC 1798 410 1489 505 GGA 584 655 388 892 TCC 842 422 710 550 GGC 5868 3388 5057 4632 GCC 3742 4216 3878 7525 GGG 1725 1054 931 1128 CCC 1102 838 1106 2021 GGT 1083 1574 595 2422 ACC 1826 588 1788 1065 GTA 357 1321 266 2053 TAC 1752 280 1450 334 GTG 4168 1267 2669 1834 CAC 1592 2525 1358 5065 GTT 578 1518 319 2748 AAC 2235 329 1709 561 TAT 988 99 671 99 ATA 135 624 74 1019 TCA 209 160 176 266 TGA 220 204 166 204 TCT 143 90 84 102 AGA 122 127 80 104 TTA 52 36 48 60 TAA 50 54 56 34 50 Bảng phụ Mật độ phân bố trimer nhóm trình tự sense nhóm Trimer BSĐN R1_S_Trimer BSĐN R1_AS_Trimer BSĐN R2_S_Trimer BSĐN R2_AS_Trimer BSĐN R2_S_Trimer R2_AS_Trimer R1_AS_Trimer AAA 1.2832 1.1300 1.7086 1.1446 TTT 1.4513 1.4174 1.0061 1.1301 AAG 9.3834 1.1482 8.7386 ACA 0.5421 0.2768 0.6763 1.1379 CTT 1.3412 7.2264 1.1463 9.5357 0.3124 TGT 0.3952 0.8365 0.2080 0.4507 ACG 11.1082 2.1829 10.5936 2.8882 CGT 3.4708 11.4272 2.0106 11.1589 AGT 0.6397 0.5083 0.4298 0.3893 ACT 0.5198 0.4916 0.4884 0.4206 ATG ATT 7.5175 2.4295 6.9638 2.3572 CAT 2.5896 7.1432 2.1600 8.0398 1.8069 1.5097 1.2479 1.4268 AAT 1.7528 1.3826 1.3512 1.5183 CAA 1.6726 1.6731 1.9674 1.9143 TTG 2.2630 1.9408 1.4251 1.3532 CAG 9.6085 17.2906 9.7709 18.1021 CTG 17.8884 9.5061 17.5142 10.3490 CCA 0.4116 4.3491 0.5777 4.5726 TGG 4.4332 0.6686 4.6174 0.3570 CCG 12.9141 3.9573 13.2204 4.4042 CGG 4.3868 12.9733 3.7746 13.3889 CCT 0.6039 0.3071 0.6363 0.3034 AGG 0.3933 0.7352 0.2450 0.5522 CGA 0.8667 9.0280 0.8628 9.4030 TCG 9.0848 0.8517 9.0052 0.7474 Trimer R1_S_Trimer trình tự antisense replichore NST CTA 0.2454 0.0998 0.3913 0.0714 TAG 0.0705 0.3146 0.0709 0.2086 GAA 7.7301 10.9401 8.3904 11.1477 TTC 10.7961 7.8829 11.2638 7.5601 GAC 13.6929 11.8387 15.1216 11.4032 GTC 11.2096 14.3135 11.5349 13.9310 GAG 9.1138 13.7448 7.7665 11.9966 CTC 11.3874 7.0010 13.2743 9.3673 GAT 5.6401 13.7917 4.5634 13.5673 ATC 13.2233 4.4762 13.5763 5.2944 GCA 4.7018 2.8833 4.6867 2.4944 TGC 2.5471 5.0631 2.8086 4.0662 GCG 26.5094 15.9700 23.9542 14.8670 CGC 14.3451 24.1403 16.6684 27.0410 GCT 1.8668 5.3854 1.5068 4.6351 AGC 4.7482 1.3040 5.0842 1.3933 GGA 0.9585 2.5081 0.8243 1.9433 TCC 1.9799 0.9152 2.3911 0.7206 GGC 19.8200 14.2349 20.3259 11.3586 GCC 11.3662 21.2888 14.1895 20.2573 GGG 4.0235 4.0587 2.5837 2.8826 CCC 2.7229 2.8621 4.2907 3.8442 GGT 3.3317 6.8920 2.1708 5.2721 ACC 5.2690 2.2858 6.4846 2.8770 GTA 0.8358 5.7545 0.8659 5.8310 TAC 5.5415 0.9757 6.1750 0.6638 GTG 13.2475 5.8800 11.1143 5.0646 CAC 5.0072 10.9689 6.2674 13.6466 GTT 1.5054 7.6514 0.9444 7.3615 AAC 6.9088 1.0332 7.4583 1.0509 TAT 2.4630 0.2254 1.9043 0.1484 ATA 0.2077 2.2162 0.2219 2.2021 TCA 0.4136 0.6762 0.5439 0.7173 TGA 0.6918 0.5158 0.7318 0.3168 TCT 0.3111 0.1513 0.2696 0.1484 AGA 0.1971 0.2829 0.1787 0.2900 TTA 0.1246 0.2587 0.1371 0.2365 TAA 0.2493 0.1558 0.2511 0.0971 51 Bảng phụ Mật độ phân bố trimer nhóm trình tự sense nhóm Trimer BSĐN R1_S_Trimer BSĐN R1_AS_Trimer BSĐN R2_S_Trimer BSĐN R2_AS_Trimer BSĐN R2_S_Trimer R2_AS_Trimer R1_AS_Trimer AAA 1.1367 1.1232 1.3393 1.4006 TTT 1.4440 1.5318 1.1404 1.1932 AAG 7.2346 1.0403 6.3637 ACA 0.6192 0.2985 0.7176 1.2120 CTT 1.2149 6.3532 1.0049 7.4836 0.4014 TGT 0.4079 0.7734 0.2799 0.6209 ACG 11.9130 2.0217 11.3836 2.7680 CGT 2.8489 11.3435 1.9935 11.5926 AGT 0.6706 0.4990 0.4317 0.4532 ACT 0.3834 0.4342 0.3433 0.6815 ATG ATT 7.5855 2.7831 7.0164 2.9478 CAT 2.8098 7.2472 2.6905 7.6755 1.7167 1.4323 1.2274 1.6641 AAT 1.7905 1.3011 1.4557 1.6994 CAA 1.6217 1.6976 2.0392 2.6721 TTG 2.6410 2.0202 1.8064 1.6211 CAG 9.5581 17.9620 9.1455 18.0076 CTG 17.7449 8.8559 18.2821 9.3550 CCA 0.4404 4.8184 0.4848 4.8468 TGG 5.0563 0.5397 4.7871 0.4455 CCG 13.2889 4.6797 12.7789 5.8272 CGG 5.3524 12.7817 5.0892 13.2876 CCT 0.5856 0.3709 0.6115 0.4544 AGG 0.4638 0.5789 0.3949 0.6341 CGA 0.8863 9.7936 0.9783 9.1345 TCG 9.1346 0.9965 9.2648 0.9627 Trimer R1_S_Trimer trình tự antisense replichore NST CTA 0.1922 0.1146 0.2637 0.1103 TAG 0.1241 0.2473 0.1252 0.2525 GAA 6.6020 11.1836 7.5395 10.8118 TTC 10.4064 7.5005 10.9416 6.8241 GAC 13.2643 11.8530 14.0210 10.8240 GTC 10.9798 14.1718 11.8021 13.4177 GAG 8.0985 13.0848 6.3401 10.8681 CTC 10.9094 6.3758 13.1959 8.7485 GAT 6.0420 13.5386 4.9183 12.4451 ATC 12.4775 4.7566 13.3875 5.8967 GCA 4.0001 2.8841 4.6354 2.7978 TGC 2.9774 4.6691 2.8098 3.9987 GCG 28.3067 16.1950 25.4046 14.5878 CGC 14.2333 24.4026 16.2282 27.4608 GCT 1.4082 5.9401 1.1198 5.4544 AGC 5.4363 1.2951 5.7227 1.3719 GGA 1.0215 2.7062 0.9356 1.9762 TCC 1.9894 0.9679 2.3457 1.0410 GGC 20.7782 14.4673 20.8061 11.4018 GCC 11.7208 20.7586 14.3746 19.7202 GGG 4.8238 4.1927 3.5848 3.0525 CCC 3.0847 3.3228 4.2847 5.0111 GGT 2.8444 7.2020 2.0230 5.5305 ACC 5.3636 2.0866 6.8131 2.6566 GTA 0.8136 5.7667 0.7956 5.6276 TAC 5.4128 0.7960 6.0395 0.7576 GTG 13.7996 5.7531 11.8610 4.8016 CAC 4.5857 11.2696 5.6417 13.9217 GTT 1.2171 7.1100 0.9003 6.9631 AAC 7.1340 0.9001 7.1269 1.1480 TAT 2.7550 0.1945 2.2293 0.2106 ATA 0.1777 2.3112 0.1503 2.6511 TCA 0.4459 0.7207 0.5275 0.7003 TGA 0.6795 0.5458 0.7190 0.4654 TCT 0.2414 0.1689 0.2063 0.2217 AGA 0.1621 0.2684 0.1709 0.2669 TTA 0.1084 0.2231 0.0810 0.1698 TAA 0.1654 0.1101 0.2092 0.1246 52 Bảng phụ Mật độ phân bố trimer nhóm trình tự sense nhóm Trimer BSĐN R1_S_Trimer BSĐN R1_AS_Trimer BSĐN R2_S_Trimer BSĐN R2_AS_Trimer BSĐN R2_S_Trimer R2_AS_Trimer R1_AS_Trimer AAA 1.5475 1.7617 1.7885 1.7943 TTT 2.0797 1.7027 1.8163 1.2877 AAG 7.1505 1.9092 6.2102 ACA 0.8869 0.5142 0.9161 1.2692 CTT 2.0093 5.9721 1.4633 6.8975 0.4776 TGT 0.6728 1.1970 0.3886 0.7072 ACG 10.6370 2.4656 10.1957 2.7759 CGT 2.9116 10.1783 2.2009 11.4096 AGT 0.9695 0.6069 0.7574 0.4723 ACT 0.6606 0.7671 0.5314 0.9130 ATG ATT 7.6734 3.1230 7.5903 2.9790 CAT 3.0522 7.1438 3.0060 7.9239 2.2846 1.8671 1.9392 2.1136 AAT 2.3244 1.9935 2.0582 2.1162 CAA 2.0827 2.8954 2.3675 3.2535 TTG 3.5385 2.5288 2.4270 1.8893 CAG 9.2271 16.5846 8.6888 17.9244 CTG 17.1758 8.8044 17.5838 9.1984 CCA 0.7340 5.1503 0.7614 4.8551 TGG 4.8812 1.0410 4.7945 0.5831 CCG 11.9919 5.2599 11.9525 5.9449 CGG 6.0403 11.9695 5.2030 12.7632 CCT 0.9236 0.5732 0.8011 0.6491 AGG 0.9695 0.8556 0.6424 0.7230 CGA 1.5720 8.2059 1.4118 9.5704 TCG 8.4289 1.6901 8.2724 1.3299 Trimer R1_S_Trimer trình tự antisense replichore NST CTA 0.3823 0.1602 0.3371 0.1504 TAG 0.1957 0.5226 0.1428 0.2111 GAA 6.5082 10.5492 7.9036 10.0269 TTC 10.2822 7.8982 10.2751 6.5043 GAC 12.8329 11.4722 14.0781 10.8766 GTC 10.9367 13.6891 11.1792 12.8978 GAG 8.9824 12.1634 6.8091 9.6865 CTC 9.7440 7.7928 11.6591 8.1587 GAT 6.3002 12.3362 5.3775 12.8213 ATC 12.2671 6.1491 13.0748 5.5042 GCA 4.6946 2.9629 4.6279 3.0134 TGC 3.1134 5.4242 3.1170 4.0345 GCG 25.3386 15.2569 22.8026 12.6788 CGC 12.2212 22.7843 15.3908 25.9328 GCT 1.7739 5.6181 1.3761 6.0716 AGC 5.4989 1.7280 5.9049 1.3325 GGA 1.7861 2.7606 1.5387 2.3537 TCC 2.5751 1.7786 2.8156 1.4513 GGC 17.9465 14.2792 20.0544 12.2223 GCC 11.4444 17.7689 15.3789 19.8559 GGG 5.2757 4.4422 3.6920 2.9764 CCC 3.3703 3.5319 4.3860 5.3327 GGT 3.3122 6.6338 2.3596 6.3908 ACC 5.5846 2.4782 7.0906 2.8102 GTA 1.0918 5.5675 1.0549 5.4172 TAC 5.3583 1.1801 5.7502 0.8813 GTG 12.7473 5.3399 10.5844 4.8393 CAC 4.8689 10.6419 5.3854 13.3648 GTT 1.7677 6.3978 1.2650 7.2510 AAC 6.8354 1.3866 6.7773 1.4803 TAT 3.0217 0.4172 2.6610 0.2612 ATA 0.4129 2.6299 0.2935 2.6888 TCA 0.6392 0.6743 0.6980 0.7019 TGA 0.6728 0.8598 0.6583 0.5383 TCT 0.4373 0.3793 0.3331 0.2691 AGA 0.3731 0.5353 0.3173 0.2744 TTA 0.1590 0.1517 0.1904 0.1583 TAA 0.1529 0.2276 0.2221 0.0897 53 Bảng phụ 10 Các NST vi khuẩn có hàm lượng GC khác RefSeq * NC_0018417.1 NST giàu hàm lượng AT NST có hàm lượng GC trung bình NST giàu hàm lượng GC (*) NC_007795.1 NC_004757.1 NC_000913.3 NC_002516.2 NZ_GG657756.1 Tên vi khuẩn Candidatus Carsonella ruddii HT isolate Thao2000 Staphylococcus aureus subsp aureus NCTC 8325 Nitrosomonas europaea ATCC 19718 Escherichia coli str K-12 substr MG1655 Pseudomonas aeruginosa PAO1 Streptomyces lividans TK 24 RefSeq: số hiệu trình tự NST sở liệu NCBI 54 14.6 Hàm lượng nucleotide trình tự sense antisense (%) 94.3 32.9 83.4 50.7 85.6 50.8 85.1 66.6 89.3 72.2 80.3 Hàm lượng GC (%) Hình phụ Mật độ phân bố trimer nhóm trình tự sense nhóm trình tự antisense replichore NST vi khuẩn giàu hàm lượng AT (A) Candidatus Carsonella ruddii HT isolate Thao2000 (B) Staphylococcus aureus subsp aureus NCTC 8325 S, AS, R1 R2 thích Hình 3.5 55 Hình phụ Mật độ phân bố trimer nhóm trình tự sense nhóm trình tự antisense replichore NST vi khuẩn có hàm lượng GC trung bình (A) Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (B) Escherichia coli str K-12 substr MG1655 S, AS, R1 R2 thích Hình 3.5 56 Hình phụ Mật độ phân bố trimer nhóm trình tự sense nhóm trình tự antisense replichore NST vi khuẩn có hàm lượng GC cao (A) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (B) Streptomyces lividans TK 24 S, AS, R1 R2 thích Hình 3.5 57 LÝ LỊCH TRÍCH NGANG Họ tên: Trần Thị Hương Thảo Ngày, tháng, năm sinh: 09/12/1993 Nơi sinh: Kiên Giang Địa liên lạc: 159 Hưng Phú, phường 8, quận 8, Hồ Chí Minh Q TRÌNH ĐÀO TẠO 2011 đến 2015 : Sinh viên Khoa Sinh học- Ngành Công nghệ Sinh học - Đại học Khoa học Tự nhiên thành phố Hồ Chí Minh 2016 đến nay: Học viên cao học Khoa Kỹ thuật Hóa học – Chuyên ngành Công nghệ Sinh học – Đại học Bách Khoa thành phố Hồ Chí Minh Q TRÌNH CƠNG TÁC 12/2015 đến 6/2017: Trợ lý giám đốc Cty Cổ phần TM DV Brand-Viet 7/2017 đến nay: Nhân viên Marketing Cty TNHH TM DV Anh Minh 58 ... TÀI: Nghiên cứu phân bố trimer trình tự sense antisense nhiễm sắc thể vi khuẩn Burkholderia lata NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Khảo sát phân bố trimer trình tự sense antisense nhiễm sắc thể khác vi khuẩn. .. LUẬN ĐIỂM MỚI CỦA ĐỀ TÀI Sự phân bố trimer trình tự sense antisense nghiên cứu kỹ NST vi khuẩn B cereus ATCC 10987 [23] Sự phân bố trimer trình tự sense antisense NST B lata nghiên 20 cứu bước đầu... tài khảo sát phân bố trimer trình tự sense antisense NST vi khuẩn B lata 383, nhằm tìm hiểu xem liệu phân bố trimer trình tự sense antisense NST khác vi khuẩn có tìm thấy NST vi khuẩn B cereus