Xây dựng quy trình aso pcr xác định điểm đa hình rs2231142 trên abcg2

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - LÊ THỊ KIM HOÀNG XÂY DỰNG QUY TRÌNH ASO PCR XÁC ĐỊNH ĐIỂM ĐA HÌNH rs2231142 TRÊN ABCG2 LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - LÊ THỊ KIM HOÀNG XÂY DỰNG QUY TRÌNH ASO PCR XÁC ĐỊNH ĐIỂM ĐA HÌNH rs2231142 TRÊN ABCG2 CHUYÊN NGÀNH XÉT NGHIỆM Y HỌC Mã số: 60720333 LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT Y HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS.BS MAI PHƯƠNG THẢO THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - 2017 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi Các tài liệu trích dẫn, số liệu hoàn toàn trung thực tuân theo u cầu cơng trình nghiên cứu Cơng trình chưa cơng bố cơng trình khác Tác giả luận văn LÊ THỊ KIM HOÀNG MỤC LỤC Trang ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan ABCG2 1.1.1 Vị trí, cấu trúc ABCG2 1.1.2 Chức ABCG2 1.1.3 Biến thể Q141K ABCG2 10 1.2 Các kỹ thuật sinh học phân tử 18 1.2.1 Kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction) 18 1.2.2 Giải trình tự bằng phương pháp Sanger 20 1.2.3 RFLP PCR 22 1.2.4 AFLP PCR 23 1.2.5 ASO PCR 25 1.3 ASO PCR 26 1.3.1 Thiết kế mồi 26 1.3.2 Phản ứng ASO PCR 28 1.3.3 Kiểm tra sản phẩm bằng phương pháp điện di 28 CHƯƠNG VẬT LIỆU - PHƯƠNG PHÁP 30 2.1 Đối tượng nghiên cứu 30 2.2 Vật liệu nghiên cứu 30 2.2.1 Cặp mồi phản ứng PCR ASO PCR 30 2.2.2 Thiết bị - Dụng cụ 30 2.2.3 Hóa chất 30 2.2.4 Phần mềm tin-sinh 32 2.3 Thời gian địa điểm thực nghiên cứu 32 2.4 Phương pháp nghiên cứu 32 2.4.1 Thu nhận mẫu máu 33 2.4.2 Tách chiết DNA từ mẫu máu 33 2.4.3 Thiết kế mồi 33 2.4.4 Phản ứng PCR giải trình tự bằng kỹ thuật Sanger 34 2.4.5 Phản ứng ASO PCR 38 2.4.6 Tối ưu hóa quy trình ASO PCR 42 2.5 Y đức nghiên cứu 43 2.6 Tính ứng dụng nghiên cứu 43 CHƯƠNG KẾT QUẢ 44 3.1 So sánh kết ASO PCR với phương pháp PCR giải trình tự gen bằng kỹ thuật Sanger 44 3.1.1 Kết ly trích DNA 44 3.1.2 Kết phản ứng PCR 44 3.1.3 Kết giải trình tự bằng kỹ thuật Sanger 46 3.1.4 Giai đoạn ASO PCR 49 3.1.5 So sánh kết ASO PCR với phương pháp PCR giải trình tự bằng kỹ thuật Sanger 55 3.2 Xác định điều kiện tối ưu phản ứng ASO PCR với các cặp mời đặc hiệu nhận diện điểm đa hình rs2231142 gen ABCG2 58 3.2.1 Tối ưu nhiệt độ bắt cặp phản ứng ASO PCR 59 3.2.2 Tối ưu số chu kỳ phản ứng ASO PCR 61 3.2.3 Tối ưu nồng độ DNA thực phản ứng ASO PCR 63 CHƯƠNG BÀN LUẬN 67 4.1 So sánh kết ASO PCR với phương pháp PCR giải trình gen bằng kỹ thuật Sanger 67 4.2 Xác định điều kiện tối ưu phản ứng ASO PCR với các cặp mồi đặc hiệu nhận diện điểm đa hình rs2231142 gen ABCG2 70 KẾT LUẬN 73 KIẾN NGHỊ 74 TÀI LIỆU THAM KHẢO I DANH MỤC HÌNH Trang Hình 1.1 Cấu trúc gen ABCG2 Hình 1.2 Sơ đờ ABCG2/BCRP biến thể amino acid Hình 1.3 Giản đờ minh họa tái hấp thu tiết acid uric thận Hình 1.4 Sinh lý bệnh hội chứng tăng acid uric máu Hình 1.5 Sơ đờ minh họa ABCG2 các điểm đa hình khơng đờng 12 Hình 1.6 Sơ đờ rối loạn chức ABCG2 13 Hình 1.7 Các bước kỹ thuật PCR 20 Hình 1.8 Sơ đồ biểu diễn thiết kế mồi ASO-PCR 27 Hình 1.9 Phân tích các đặc trưng cho SNP mồi B oleracea 29 Hình 2.1 Sơ đờ xây dựng quy trình nghiên cứu 33 Hình 2.2 Hình ảnh kết điện di mẫu CC, CA, AA 42 Hình 3.1 Kết điện di sản phẩm PCR khuếch đại exon gen ABCG2 45 Hình 3.2 Kết giải trình tự ba kiểu gen CA, CC, AA 46 Hình 3.3 Kết tỷ lệ kiểu gen 48 Hình 3.4 Hình ảnh kết điện di mẫu P8, P13, P21, P22, P26 49 Hình 3.5 Hình ảnh kết điện di mẫu P32, P33, P35, P36, P40 50 Hình 3.6 Hình ảnh kết điện di mẫu P41, P45, P46, P47, P48 51 Hình 3.7 Hình ảnh kết điện di mẫu P49, P50, P51, P56, P57 51 Hình 3.8 Hình ảnh kết điện di mẫu P58, P60, P62, P63, P74 52 Hình 3.9 Hình ảnh kết điện di mẫu P75, P78, P82, P83, P84 53 Hình 3.10 Kết điện di sản phẩm ASO PCR tối ưu nhiệt độ bắt cặp 60 Hình 3.11 Kết điện di sản phẩm ASO PCR tối ưu chu kỳ khuếch đại 62 Hình 3.12 Kết điện di sản phẩm ASO PCR tối ưu nờng độ DNA 65 Hình 4.1 Tổng thời gian tiến hành thực phản ứng ASO PCR 70 DANH MỤC BẢNG Trang Bảng 2.1 Hóa chất sử dụng đề tài 31 Bảng 2.2 Thành phần thể tích phản ứng PCR 35 Bảng 2.3 Chu trình luân nhiệt phản ứng PCR 35 Bảng 2.4 Trình tự mời dùng cho phản ứng PCR ASO PCR 39 Bảng 2.5 Thành phần thể tích phản ứng ASO PCR 40 Bảng 2.6 Chu trình luân nhiệt phản ứng ASO PCR 40 Bảng 3.1 Kết giải trình tự 30 mẫu DNA 47 Bảng 3.2 Kết kiểu gen xác định bằng phương pháp ASO PCR 53 Bảng 3.3 So sánh kết giải trình tự kết ASO PCR 56 Bảng 3.4 Kết so sánh độ nhạy độ đặc hiệu bốn cặp mồi 58 Bảng 3.5 Chu trình luân nhiệt phản ứng ASO PCR tối ưu nhiệt độ bắt cặp 59 Bảng 3.6 Chu trình luân nhiệt phản ứng ASO PCR tối ưu chu kỳ khuếch đại 61 Bảng 3.7 Thành phần thể tích phản ứng ASO PCR tối ưu nờng độ DNA 63 Bảng 3.8 Chu trình ln nhiệt phản ứng ASO PCR tối ưu nồng độ DNA 64 Bảng 3.9 Thành phần thể tích phản ứng ASO PCR tối ưu quy trình 66 Bảng 3.10 Chu trình luân nhiệt phản ứng ASO PCR tối ưu quy trình 66 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ABCG2: Adenine triphosphate (ATP) - binding cassette (ABC) subfamily G member BCRP: Breast cancer resistance protein PCR: Polymerase Chain Reaction ASO PCR: Allele Specific Oligonucleotide Polymerase Chain Reaction SNP: Single-Nucleotide Polymorphism RFLP PCR: Restriction Fragment Length Polymorphism Polymerase Chain Reaction AFLP PCR: Amplified Fragment Length Polymorphism Polymerase Chain Reaction MDR: Multidrug resistance DNA: Deoxyribonucleic Acid GWAS: Genome-wide association studies dNTP: deoxynucleotide triphosphate ddNTP: dideoxynucleotide triphosphate ddATP: dideoxynucleotide Adenine Triphotphat ddTTP: dideoxynucleotide Thymine Triphotphat ddGTP: dideoxynucleotide Guanine Triphotphat ddCTP: dideoxynucleotide Cytosine Triphotphat bp: base pair rs: Reference Single-Nucleotide Polymorphism Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM 71 Chúng tơi nhận thấy kết tối ưu hóa sau: Nhiệt độ bắt cặp mời quan trọng đóng vai trị định sản phẩm khuếch đại có đặc hiệu hay khơng Chúng tơi tiến hành khảo sát nhiệt độ bắt cặp 54 - 56 - 58oC điều kiện số chu kỳ khuếch đại nồng độ DNA, so sánh kiểu gen nhận thấy nhiệt độ 54oC 56oC mẫu cho băng sản phẩm điện di đẹp, rõ tương ứng với kích thước khơng có sản phẩm phụ, nhiệt độ 58oC sản phẩm điện di có khơng có xuất sản phẩm, có thể nhiệt độ cao làm cho mồi bị phân hủy nên không khuếch đại sản phẩm Cả nhiệt độ có thể chọn nhiên nguyên tắc lựa chọn nhiệt độ bắt cặp nên chọn nhiệt độ cao để mồi gắn đặc hiệu nhằm thu sản phẩm mong muốn tránh sản phẩm phụ Do chúng tơi chọn nhiệt độ 56oC để khảo sát các điều kiện phản ứng sau chọn chung điều kiện nhiệt độ cho phản ứng PCR khuếch đại exon giải trình tự bằng kỹ thuật Sanger Khi thay đổi số chu kỳ khuếch đại, mục tiêu việc khảo sát số chu kỳ số chu kỳ ngắn thu sản phẩm nhiều để thuận lợi cho việc phân tích hình ảnh điện di tốt rút ngắn thời gian thực Chúng nhận thấy giảm số chu kỳ xuống cịn 20, 30 chu kỳ có thể rút ngắn thời gian sản phẩm khuếch đại không đạt mong muốn nên hình ảnh điện di có mẫu xuất vạch băng điện di có mẫu khơng có vạch băng điện di Do để thu sản phẩm khuếch đại mong muốn cho hình ảnh điện di đẹp rõ bắt buộc phải giữ lại 40 chu kỳ khuếch đại làm điều kiện tối ưu để khảo điều kiện phản ứng Khảo sát nờng độ DNA nhằm mục đích tiết kiệm nồng độ DNA mà thu lượng sản phẩm mong muốn Chúng nhận thấy nồng độ 20ng DNA 25µl phản ứng kết điện di cho băng đẹp rõ ràng Điều cho thấy cần lượng DNA nhỏ có thể thực phản ứng cho kết đặc Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM 72 hiệu cao Chính chúng tơi chọn nờng độ DNA thấp 20ng/25µl làm điện kiện khảo sát phản ứng ASO PCR Với kết đạt xây dựng thành cơng quy trình xác định điểm đa hình rs2231142 (Q141K) gen ABCG2 bằng kỹ thuật ASO PCR với độ đặc hiệu cao: nhiệt độ tối ưu 56oC, 40 chu kỳ nồng độ DNA 20ng 25µl phản ứng Quy trình kỹ thuật ASO PCR dễ thực hiện, thời gian trả kết nhanh đặc biệt giảm chi phí cho bệnh nhân thời gian chờ đợi ABCG2 có liên quan đến nhiều chức vận chuyển thuốc hóa trị, hội chứng chuyển hóa… đặc biệt có liên quan đến bệnh gout Parkinson hai bệnh có ảnh hưởng trực tiếp đến sống bệnh nhân làm giảm chất lượng sống gây gánh nặng cho toàn xã hội Kết đề tài cho phép khẳng định giá trị phương pháp ASO PCR việc xác định biến thể Q141K gen ABCG2 khơng cho kết xác mà cịn rút ngắn thời gian trả kết Đây sở để nghiên cứu sau tiếp tục thực số lượng lớn hơn, nghiên cứu mối liên quan biến thể bệnh lý có liên quan Bên cạnh đó, đề tài đưa cách thiết kế mời nhận diện điểm đa hình đặc hiệu, có thể áp dụng việc xác định các điểm đa hình nhiều gen khác Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM 73 KẾT LUẬN Qua kết nghiên cứu từ 30 mẫu máu bệnh nhân chẩn đoán Parkinson đến khám Phòng khám Thần kinh, Bệnh viện Đại Học Y Dược Thành Phố Hờ Chí Minh từ tháng 09/2016 đến tháng 05/2017, rút kết luận sau: Xác định hai cặp mồi F2.3 F2.4 nhận diện vị trí A với độ nhạy độ đặc hiệu 100% giá trị chẩn đoán âm 100%, cho kết hoàn tồn trùng hợp với phương pháp PCR giải trình gen bằng kỹ thuật Sanger Trình tự hai mời sau: F2.3: GACGGTGAGAGAAAACTGAA F2.4: GACGGTGAGAGAAAACCTAA Nghiên cứu xác định các điều kiện tối ưu giúp xác định điểm đa hình rs2231142 (Q141K) gen ABCG2 bằng kỹ thuật ASO PCR với độ đặc hiệu cao sau: nhiệt độ tối ưu 56oC, 40 chu kỳ nờng độ DNA 20ng/25µl Tn thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM 74 KIẾN NGHỊ Từ kết đề tài nghiên cứu, đưa kiến nghị sau: - Áp dụng kỹ thuật ASO PCR xác định biến thể gen ABCG2 (Q141K), làm tiền đề cho nghiên cứu mối liên quan điểm đa hình rs2231142 (Q141K) gen ABCG2 bệnh lý liên quan bệnh gout, bệnh lý tim mạch chuyển hóa, Parkinson, các trường hợp đa kháng thuốc đột biến gen ABCG2 - Mở rộng ứng dụng kỹ thuật ASO PCR để nhận diện các đa hình các gen khác dựa cách thiết kế mồi đặc hiệu nucleotide ngồi vị trí đột biến cần quan tâm gây thêm vị trí đột biến cách nucleotide so với vị trí nhận diện để có độ đặc hiệu cao Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM I TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT: Nguyễn Đức Thành (2014), "Các kỹ thuật thị DNA nghiên cứu chọn lọc thực vật " Tạp chí sinh học, Nguyễn Văn Thanh (2009), Sinh học phân tử, NXB Giáo Dục, Hà Nội TIẾNG ANH: Aronica E., Gorter J A., Redeker S., van Vliet E A., Ramkema M., Scheffer G L., Scheper R J., van der Valk P., Leenstra S., Baayen J C., Spliet W G., Troost D (2005), "Localization of breast cancer resistance protein (BCRP) in microvessel endothelium of human control and epileptic brain" Epilepsia, 46 (6),pp.849-57 Ascherio Alberto, LeWitt Peter A, Xu Kui, Eberly Shirley, Watts Arthur, Matson Wayne R, Marras Connie, Kieburtz Karl, Rudolph Alice, Bogdanov Mikhail B (2009), "Urate as a predictor of the rate of clinical decline in Parkinson disease" Archives of neurology, 66 (12),pp.1460-1468 Bhatnagar V., Richard E L., Wu W., Nievergelt C M., Lipkowitz M S., Jeff J., Maihofer A X., Nigam S K (2016), "Analysis of ABCG2 and other urate transporters in uric acid homeostasis in chronic kidney disease: potential role of remote sensing and signaling" Clin Kidney J, (3),pp.444-53 Cha R S., Zarbl H., Keohavong P., Thilly W G (1992), "Mismatch amplification mutation assay (MAMA): application to the c-H-ras gene" PCR Methods Appl, (1),pp.14-20 Chen Z., Shi T., Zhang L., Zhu P., Deng M., Huang C., Hu T., Jiang L., Li J (2016), "Mammalian drug efflux transporters of the ATP binding cassette (ABC) family in multidrug resistance: A review of the past decade" Cancer Lett, 370 (1),pp.153-64 Dehghan Abbas, Köttgen Anna, Yang Qiong, Hwang Shih-Jen, Kao WH Linda, Rivadeneira Fernando, Boerwinkle Eric, Levy Daniel, Hofman Albert, Astor Brad C (2008), "Association of three genetic loci with uric acid concentration Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM II and risk of gout: a genome-wide association study" The Lancet, 372 (9654),pp.1953-1961 Doyle L A., Yang W., Abruzzo L V., Krogmann T., Gao Y., Rishi A K., Ross D D (1998), "A multidrug resistance transporter from human MCF-7 breast cancer cells" Proc Natl Acad Sci U S A, 95 (26),pp.15665-70 10 Drenkard E., Richter B G., Rozen S., Stutius L M., Angell N A., Mindrinos M., Cho R J., Oefner P J., Davis R W., Ausubel F M (2000), "A simple procedure for the analysis of single nucleotide polymorphisms facilitates mapbased cloning in Arabidopsis" Plant Physiol, 124 (4),pp.1483-92 11 Gedeon C., Anger G., Piquette-Miller M., Koren G (2008), "Breast cancer resistance protein: mediating the trans-placental transfer of glyburide across the human placenta" Placenta, 29 (1),pp.39-43 12 Green E K (2002), "Allele-specific oligonucleotide PCR" Methods Mol Biol, 187,pp.47-50 13 Hosomi A., Nakanishi T., Fujita T., Tamai I (2012), "Extra-renal elimination of uric acid via intestinal efflux transporter BCRP/ABCG2" PLoS One, (2),pp.e30456 14 Huls M, Brown CDA, Windass AS, Sayer R, Van Den Heuvel JJMW, Heemskerk S, Russel FGM, Masereeuw R (2008), "The breast cancer resistance protein transporter ABCG2 is expressed in the human kidney proximal tubule apical membrane" Kidney international, 73 (2),pp.220-225 15 Imai Yasuo, Nakane Minoru, Kage Kumie, Tsukahara Satomi, Ishikawa Etsuko, Tsuruo Takashi, Miki Yoshio, Sugimoto Yoshikazu (2002), "C421A Polymorphism in the Human Breast Cancer Resistance Protein Gene Is Associated with Low Expression of Q141K Protein and Low-Level Drug Resistance Supported in part by grants from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, the Ministry of Health, Labour and Welfare, Japan, and the Virtual Research Institute of Aging of Nippon Boehringer Ingelheim 1" Molecular cancer therapeutics, (8),pp.611-616 Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM III 16 Ishikawa T., Aw W., Kaneko K (2013), "Metabolic Interactions of Purine Derivatives with Human ABC Transporter ABCG2: Genetic Testing to Assess Gout Risk" Pharmaceuticals (Basel), (11),pp.1347-60 17 Kim In‐ Suk, Kim Hoon‐ Gu, Kim Dong Chul, Eom Hyeon‐ Seok, Kong Sun‐ Young, Shin Ho‐ Jin, Hwang Sang‐ Hyun, Lee Eun‐ Yup, Lee Gyeong‐ Won (2008), "ABCG2 Q141K polymorphism is associated with chemotherapy‐ induced diarrhea in patients with diffuse large B‐ cell lymphoma who received frontline cyclophosphamide/doxorubicin/vincristine/prednisone rituximab plus chemotherapy" Cancer science, 99 (12),pp.2496-2501 18 Li Rui, Miao Lei, Qin Liyan, Xiang Yang, Zhang Xiaojin, Peng Hui (2015), "A meta-analysis of the associations between the Q141K and Q126X ABCG2 gene variants and gout risk" International journal of clinical and experimental pathology, (9),pp.9812 19 Litvan Irene, Bhatia Kailash P, Burn David J, Goetz Christopher G, Lang Anthony E, McKeith Ian, Quinn Niall, Sethi Kapil D, Shults Cliff, Wenning Gregor K (2003), "SIC Task Force appraisal of clinical diagnostic criteria for parkinsonian disorders" Movement Disorders, 18 (5),pp.467-486 20 Liu Jing, Huang Shunmou, Sun Meiyu, Liu Shengyi, Liu Yumei, Wang Wanxing, Zhang Xiurong, Wang Hanzhong, Hua Wei (2012), "An improved allelespecific PCR primer design method for SNP marker analysis and its application" Plant Methods, (1),pp.1 21 Magdeldin Sameh, Zhang Ying, Xu Bo, Yoshida Yutaka, Yamamoto Tadashi (2012), "Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis–a practical perspective" Gel Electrophoresis-Principles and Basics, 22 Mao Q., Unadkat J D (2015), "Role of the breast cancer resistance protein (BCRP/ABCG2) in drug transport an update" AAPS J, 17 (1),pp.65-82 23 Matsuo H., Nakayama A., Sakiyama M., Chiba T., Shimizu S., Kawamura Y., Nakashima H., Nakamura T., Takada Y., Oikawa Y., Takada T., Nakaoka H., Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM IV Abe J., Inoue H., Wakai K., Kawai S., Guang Y., Nakagawa H., Ito T., Niwa K., Yamamoto K., Sakurai Y., Suzuki H., Hosoya T., Ichida K., Shimizu T., Shinomiya N (2014), "ABCG2 dysfunction causes hyperuricemia due to both renal urate underexcretion and renal urate overload" Sci Rep, 4,pp.3755 24 Matsuo H., Tomiyama H., Satake W., Chiba T., Onoue H., Kawamura Y., Nakayama A., Shimizu S., Sakiyama M., Funayama M., Nishioka K., Shimizu T., Kaida K., Kamakura K., Toda T., Hattori N., Shinomiya N (2015), "ABCG2 variant has opposing effects on onset ages of Parkinson's disease and gout" Ann Clin Transl Neurol, (3),pp.302-6 25 Mizuarai S., Aozasa N., Kotani H (2004), "Single nucleotide polymorphisms result in impaired membrane localization and reduced atpase activity in multidrug transporter ABCG2" Int J Cancer, 109 (2),pp.238-46 26 Mo W., Zhang J T (2012), "Human ABCG2: structure, function, and its role in multidrug resistance" Int J Biochem Mol Biol, (1),pp.1-27 27 Morisaki K., Robey R W., Ozvegy-Laczka C., Honjo Y., Polgar O., Steadman K., Sarkadi B., Bates S E (2005), "Single nucleotide polymorphisms modify the transporter activity of ABCG2" Cancer Chemother Pharmacol, 56 (2),pp.161-72 28 Nakanishi T., Ross D D (2012), "Breast cancer resistance protein (BCRP/ABCG2): its role in multidrug resistance and regulation of its gene expression" Chin J Cancer, 31 (2),pp.73-99 29 Noguchi K., Katayama K., Sugimoto Y (2014), "Human ABC transporter ABCG2/BCRP expression in chemoresistance: basic and clinical perspectives for molecular cancer therapeutics" Pharmgenomics Pers Med, 7,pp.53-64 30 Ozvegy C., Varadi A., Sarkadi B (2002), "Characterization of drug transport, ATP hydrolysis, and nucleotide trapping by the human ABCG2 multidrug transporter Modulation of substrate specificity by a point mutation" J Biol Chem, 277 (50),pp.47980-90 Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM V 31 Paun O., Schonswetter P (2012), "Amplified fragment length polymorphism: an invaluable fingerprinting technique for genomic, transcriptomic, and epigenetic studies" Methods Mol Biol, 862,pp.75-87 32 Pollex E K., Anger G., Hutson J., Koren G., Piquette-Miller M (2010), "Breast cancer resistance protein (BCRP)-mediated glyburide transport: effect of the C421A/Q141K BCRP single-nucleotide polymorphism" Drug Metab Dispos, 38 (5),pp.740-4 33 Qiu Y., Liu H., Qing Y., Yang M., Tan X., Zhao M., Lin M., Zhou J (2014), "The ABCG2 gene Q141K polymorphism contributes to an increased risk of gout: a meta-analysis of 2185 cases" Mod Rheumatol, 24 (5),pp.829-34 34 Takada T., Ichida K., Matsuo H., Nakayama A., Murakami K., Yamanashi Y., Kasuga H., Shinomiya N., Suzuki H (2014), "ABCG2 dysfunction increases serum uric acid by decreased intestinal urate excretion" Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids, 33 (4-6),pp.275-81 35 Wen M., Zhou B., Chen Y H., Ma Z L., Gou Y., Zhang C L., Yu W F., Jiao L (2017), "Serum uric acid levels in patients with Parkinson's disease: A metaanalysis" PLoS One, 12 (3),pp.e0173731 36 Woodward Owen M, Köttgen Anna, Coresh Josef, Boerwinkle Eric, Guggino William B, Köttgen Michael (2009), "Identification of a urate transporter, ABCG2, with a common functional polymorphism causing gout" Proceedings of the National Academy of Sciences, 106 (25),pp.10338-10342 37 Xie Y., Wang M., Zhang Y., Zhang S., Tan A., Gao Y., Liang Z., Shi D., Huang Z., Zhang H., Yang X., Lu Z., Wu C., Liao M., Sun Y., Qin X., Hu Y., Li L., Peng T., Li Z., Yang X., Mo Z (2013), "Serum uric acid and non-alcoholic fatty liver disease in non-diabetic Chinese men" PLoS One, (7),pp.e67152 38 Xu X., Li C., Zhou P., Jiang T (2016), "Uric acid transporters hiding in the intestine" Pharm Biol, 54 (12),pp.3151-3155 39 Yamagishi K., Tanigawa T., Kitamura A., Kottgen A., Folsom A R., Iso H., Investigators Circs (2010), "The rs2231142 variant of the ABCG2 gene is Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM VI associated with uric acid levels and gout among Japanese people" Rheumatology (Oxford), 49 (8),pp.1461-5 40 Zhang L., Spencer K L., Voruganti V S., Jorgensen N W., Fornage M., Best L G., Brown-Gentry K D., Cole S A., Crawford D C., Deelman E., Franceschini N., Gaffo A L., Glenn K R., Heiss G., Jenny N S., Kottgen A., Li Q., Liu K., Matise T C., North K E., Umans J G., Kao W H (2013), "Association of functional polymorphism rs2231142 (Q141K) in the ABCG2 gene with serum uric acid and gout in US populations: the PAGE Study" Am J Epidemiol, 177 (9),pp.923-32 Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn VII Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM PHỤ LỤC: KẾT QUẢ GIẢI TRÌNH TỰ CỦA 30 MẪU DNA Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM VIII Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn IX Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn X Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn trích dẫn XI ... HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - LÊ THỊ KIM HOÀNG XÂY DỰNG QUY TRÌNH ASO PCR XÁC ĐỊNH ĐIỂM ĐA HÌNH rs2231142 TRÊN ABCG2 CHUYÊN NGÀNH XÉT NGHIỆM Y HỌC Mã số: 60720333 LUẬN... điểm đa hình rs2231142 gen ABCG2 58 3.2.1 Tối ưu nhiệt độ bắt cặp phản ứng ASO PCR 59 3.2.2 Tối ưu số chu kỳ phản ứng ASO PCR 61 3.2.3 Tối ưu nồng độ DNA thực phản ứng ASO PCR. .. hình rs2231142 gen ABCG2 Mục tiêu cụ thể 2.1 So sánh kết ASO PCR với phương pháp PCR giải trình tự gen bằng kỹ thuật Sanger xác định cặp mồi đặc hiệu cho phản ứng ASO PCR nhận diện điểm đa