Phân tích đa hình một số gen liên quan đến chất lượng thịt lợn bằng phương pháp pcr rflp

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM    NGUYỄN THỊ HOA PHÂN TÍCH ĐA HÌNH MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN CHẤT LƢỢNG THỊT LỢN BẰNG PHƢƠNG PHÁP PCR-RFLP LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Thái Nguyên - 2010 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM    NGUYỄN THỊ HOA PHÂN TÍCH ĐA HÌNH MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN CHẤT LƢỢNG THỊT LỢN BẰNG PHƢƠNG PHÁP PCR-RFLP Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 62.42.70 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: PGS.TS Nguyễn Văn Cƣờng Thái Nguyên - 2010 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Nguyễn Văn Cường, phịng Cơng nghệ gen động vật, viện Cơng nghệ sinh học, viện Khoa học Công nghệ Việt Nam; PGS nhiệt tình bảo, định hướng tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình cơng tác, học tập nghiên cứu để thực luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ nhiệt tình nghiên cứu viên, cán phịng Cơng nghệ gen động vật bảo, hướng dẫn mặt kỹ thuật, chuyên môn, giúp đỡ tơi học tập làm việc Để hồn thành tốt luận văn, nhận ủng hộ, động viên khuyến khích gia đình, bạn bè suốt q trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn‼ Thái Nguyên, ngày 22 tháng năm 1010 Tác giả Nguyễn Thị Hoa Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT Kí hiệu chữ Tên Tiếng Anh Tên Tiếng Việt Amplifed Fragment Length Đa hình chiều dài đoạn DNA Polymorphism khuyếch đại bp Base paire cặp bazơ BF Backfat Độ dày mỡ lưng dNTP Deoxynucleoside triphosphate Deoxynucleosit triphotphat DGAT Diacyl glycerol acyltransferase Enzyme Diacyl glycerol AFLP acyltransferase H-FABP Heart fatty acid binding protein Protein liên kết acid béo tim EDTA Ethylene diamine tetracetic acid Axit ethylen diamin tetracetic EtBt Ethidium bromid Ethiđium bromit IMF Intramuscular fat content Hàm lượng mỡ giắt Lpin1 Lipin1 gene Gen Lpin1 LB Loading buffer DNA vi vệ tinh OD Optical density Mật độ quang học PAP Phosphatidate phosphatase Enzyme Phosphatidate phosphatase PPARα Peroxisome proliferator Thụ thể Peroxisome PGC-1α Coactivator-1α Coactivator-1α QTL Quantitative trait loci Vị trí tính trạng số lượng RAPD Random Amplified Polymorphic Đa hình DNA khuyếch đại DNA ngẫu nhiên Restriction Fragment Length Đa hình độ dài đoạn cắt giới Polymorphism hạn RNase Ribonucleasa Ribonucleaza SDS Sodium dodecyl sulfate Sodium dodexyl sunfat TAG Triacylglycerol Triacylglycerol TE Tris- EDTA Đệm TE TBE Tris boric acid- EDTA Đệm TBE RFLP Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn MỤC LỤC Trang MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu nhiệm vụ đề tài CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Chỉ thị di truyền (Genetic marker) 1.1.1 Chỉ thị loại (known function) 1.1.2 Chỉ thị loại (unknown function) 1.2 Ứng dụng thị di truyền đến tính trạng số lượng lợn 1.2.1 Nghiên cứu gen lợn nước 1.2.2 Nghiên cứu gen lợn Việt Nam 1.3 Gen Heart- fatty acid binding protein (H-FABP) 11 1.3.1 Vị trí, cấu trúc, chức gen H-FABP 11 1.3.2 Đa hình di truyền gen H-FABP 15 1.4 Gen Lipin (Lpin1) 18 1.4.1 Vị trí, cấu trúc, chức gen Lpin1 18 1.4.2 Đa hình di truyền gen Lpin1 25 CHƢƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 28 2.1 Nguyên liệu, hoá chất trang thiết bị 28 2.1.1 Nguyên liệu 28 2.1.2 Hoá chất 28 2.1.3 Máy móc, trang thiết bị 30 2.2 Phương pháp nghiên cứu 30 2.2.1 Phương pháp tách chiết DNA từ mẫu mô tai lợn 32 2.2.2 Phương pháp kiểm tra DNA điện di gel agarose 33 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 2.2.3 Định lượng DNA quang phổ kế 35 2.2.4 Phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction) 36 2.2.5 Phương pháp phân tích đa hình đoạn cắt giới hạn (RFLP) 38 CHƢƠNG III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 40 3.1.Tách chiết DNA tổng số từ mẫu mô tai lợn 40 3.2 Phân tích đoạn gen H-FABP phương pháp PCR-RFLP 41 3.2.1 Phân tích đoạn gen H-FABP phương pháp PCR 41 3.2.2 Phân tích đoạn gen H-FABP enzyme cắt giới hạn HaeIII 42 3.3 Phân tích gen Lpin1 phương pháp PCR- RFLP 47 3.3.1 Phương pháp phân tích gen Lpin1 phương pháp PCR 47 3.3.2 Phân tích gen Lpin1 enzyme cắt giới hạn MspI 48 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 51 KẾT LUẬN 51 ĐỀ NGHỊ 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO 53 TIẾNG VIỆT 53 TIẾNG ANH 55 PHỤ LỤC 61 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU Bảng Tên bảng Trang Bảng 1.1 Các loại thị di truyền phân tử động vật Bảng 1.2 Một số gen thị di truyền phân tử có tương quan với tính trạng quan trọng lợn Bảng 1.3 Vị trí yếu tố phiên mã bám vùng phía 12 trước đầu 5’ gen mã hóa H-FABP Bảng 2.1 Danh mục hoá chất sử dụng luận văn 28 Bảng 2.2 Trình tự mồi điều kiện phản ứng 29 Bảng 2.3 Đệm dung dịch pha chế 29 Bảng 2.4 Trang thiết bị dụng cụ thí nghiệm 30 Bảng 2.5 Tương quan nồng độ gel agarose kích thước 34 đoạn DNA cần phân tích theo Sambrook CS Bảng 2.6 Thành phần phản ứng PCR gen H-FABP 37 Lpin1 Bảng 2.7 Chu trình nhiệt phản ứng PCR gen H-FABP 38 Lpin1 Bảng 2.8 Thành phần phản ứng cắt sản phẩm PCR 39 Bảng 3.1 Tần số alen vị trí RFLP gen H-FABP 43 số giống lợn Bảng 3.2 Các điểm cắt enzyme HaeIII đoạn gen H- 44 FABP Bảng 3.3 Kết phân tích đa hình RFLP kiểu gen H-FABP 45 enzyme HaeIII Bảng 3.4 Điểm cắt MspI đoạn gen Lpin1 48 Bảng 3.5 Tần số alen tần số kiểu gen Lpin1 49 DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ VÀ ĐỒ THỊ Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn Tên hình vẽ, Bảng biểu Hình Trang Hình 1.1 Vị trí gen mã hóa H-FABP nhiễm sắc thể số 11 lợn Hình 1.2 Trình tự aminoacid loại F-ABP 14 Hình 1.3 Cơ chế hoạt động H-FABP tế bào 15 Hình 1.4 Vị trí gen Lpin1 lợn nhiễm sắc thể số 19 Hình 1.5 Chức phân tử gen Lipin 1, 2, 20 Hình 1.6 Các loại Lpins: Lpin-1A, Lpin-1B, Lpin-2, Lpin-3 25 Hình 1.7 Gen Lpin1 loại tế bào 26 Sơ đồ 31 Quy trình thí nghiệm Hình 3.1 Điện di đồ sản phẩm DNA tách chiết từ mơ tai 40 lợn Hình 3.2 Phổ hấp thụ tử ngoại DNA lợn Móng 41 Yorshire Hình 3.3 Điện di đồ sản phẩm PCR nhân đoạn gen H- 42 FABP Sơ đồ Vị trí cắt enzyme HaeIII đoạn gen H- 44 FABP Hình 3.4 Điện di đồ sản phẩm cắt đoạn gen H-FABP 44 enzyme HaeIII Đồ thị Tần số kiểu gen H-FABP 46 Hình 3.5 Điện di đồ sản phẩm PCR nhân đoạn gen Lpin1 47 Sơ đồ 48 Vị trí cắt MspI đoạn gen Lpin1 Hình 3.6 Điện di đồ sản phẩm cắt đoạn gen Lpin1 49 enzyme MspI Đồ thị Tần số kiểu gen Lpin1 50 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài Ngành chăn ni lợn Việt Nam đóng vai trị quan trọng sản xuất nông nghiệp với sản lượng thịt chiếm 80% lượng thịt tiêu thụ chiếm 25% giá trị sản suất nông nghiệp Việt Nam [7] Từ nhiều năm qua phát triển nghành chăn nuôi lợn góp phần đáng kể việc nâng cao chất lượng sống cho người dân Theo thông báo FAO, 55% số lượng lợn giới thuộc vùng Châu Á – Thái Bình Dương Trong đó, Việt Nam có số lượng lợn lớn với khoảng 12 triệu Các giống lợn nội Việt Nam đa dạng, chiếm 60 – 90% mặt số lượng chúng thích nghi với điều kiện khí hậu nhiệt đới điều kiện chăn nuôi vùng nông thôn nghèo [26] Các giống lợn thường cho chất lượng thịt tốt, ngon chế biến Song nhược điểm giống lợn tăng trưởng chậm, trọng lượng thấp, thành phần mỡ nhiều, thịt xẻ tỷ lệ tiêu tốn thức ăn cao Do vậy, hướng nghiên cứu nhằm cải thiện giống vật nuôi cho suất cao mà giữ chất lượng thịt ngon, phù hợp với điều kiện khí hậu Việt Nam có ý nghĩa quan trọng sản xuất Trong công tác lai tạo chọn giống truyền thống lợn, tiêu chọn lọc thuộc kiểu hình mà chủ yếu tiêu hình thái số tiêu hóa sinh như: tốc độ sinh trưởng xác định cân, đo; chất lượng thịt xác định màu sắc thịt, số lượng cơ, độ pH [17] Phương pháp góp phần vào việc cải tạo giống lợn nuôi Việt Nam Tuy nhiên việc lựa chọn ngoại hình có trở ngại địi hỏi nhiều thời gian, thường khơng ổn định nhiều khơng xác khơng thể thực Những thành tựu giải mã gen người động vật làm sáng tỏ nhiều locus tính trạng số lượng có ý nghĩa kinh tế Thành tựu mở khả Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn ứng dụng thị di truyền phân tử hỗ trợ chọn giống ngành công nghiệp chăn nuôi lợn Phương pháp cho phép khắc phục hạn chế phương pháp chọn lọc truyền thống như: rút ngắn thời gian chọn lọc, chọn lọc xác hơn, thực chọn lọc tính trạng khó xác định dựa vào ngoại hình Do tính ưu việt nên thời gian qua hướng nghiên cứu phát triển mạnh mẽ Đến có 4928 QTLs liên quan đến 499 tính trạng khác xác định chủ yếu tập chung vào tính trạng có ý nghĩa kinh tế như: chất lượng thịt, tốc độ tăng trọng, số sinh lứa, gen kháng bệnh [27] Để nâng cao xuất, năm vừa qua tiến hành lai lợn ngoại với lợn nội Trong chương trình nghiên cứu này, lợn ngoại sử dụng Yorshire cho lai với lợn nội Móng Cái Với mục đích xác định tính đa hình số ứng cử gen liên quan đến chất lượng thịt lợn, góp phần phát triển thị di truyền phân tử phục vụ cho công tác chọn giống tiến hành nghiên cứu “ Phân tích đa hình số gen liên quan đến chất lượng thịt lợn phương pháp PCR -RFLP’’ Mục tiêu nhiệm vụ đề tài Mục tiêu Xác định biến thể DNA gen Lpin1, H-FABP liên quan đến chất lượng thịt lợn, nhằm hỗ trợ cơng tác chọn giống Nhiệm vụ Phân tích đa hình gen Lpin1, H-FABP lợn Móng Cái Yorshire phương pháp PCR-RFLP Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 2 ĐỀ NGHỊ Qua q trình nghiên cứu, chúng tơi đưa số đề nghị sau: * Đánh giá tương quan kiểu gen hàm lượng mỡ giắt dựa mơ hình lai phân tích * Phát triển thị phân tử gen H-FABP Lpin1, sử dụng tiên đoán sớm chất lượng thịt lợn Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Nguyễn Văn Cường, Nguyễn Thị Diệu Thúy, Đậu Hùng Anh, Nguyễn Kim Độ, Nguyễn Thu Thúy, Lê Thị Phương Thảo, Nguyễn Văn Đức, Nguyễn Đăng Vang (2002), Xác định tần xuất kiểu gen RYR-1 số giống lợn kỹ thuật PCR-RFLP Tạp chí di truyền học ứng dụng, (4), tr.2630 Nguyễn Văn Cường, Nguyễn Thị Diệu Thúy, Đậu Hùng Anh, Nguyễn Kim Độ (2003), Nghiên cứu đa hình gen số giống lợn Việt Nam, Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống, tr.852-857 Hồ Huỳnh Thùy Dương (1997), Sinh học phân tử, NXB Giáo dục Hà Nội Văn Lệ Hằng (1998), Nghiên cứu số đặc điểm di truyền tiêu sinh lý, hóa sinh có liên quan đến khả kháng bệnh lợn nội (Móng Cái) lợn ngoại (Yorshire Landrace) nuôi Việt Nam, Luận án tiến sĩ nông nghiệp, Viện khoa học kỹ thuật nông nghiệp Việt Nam, Hà Nội Lê Đình Lương (2001), Nguyên lý kỹ thuật di truyền, Nxb Khoa học kỹ thuật Hà Nội Nguyễn Ngọc Tuân, Trần Thị Dân, Lê Thanh Hiền, Ngụ Tiến Dũng, Châu Thanh Trúc (2001), Tần số gen Halothane ảnh hưởng gen lên sức tăng trưởng, phẩm chất quày thịt khả sinh sản lợn trại TPHCM, tóm tắt báo cáo khoa học hội nghị sinh học phân tử hóa sinh, 2529/6/2001, TpHCM Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 53 Tạ Thị Thoa, Trần Thị Quỳnh Anh, Nguyễn Văn Cường, Đặng Thị Thu Thảo, Nguyễn Vân Anh (2009) Phân tích đa hình di truyền gen liên quan đến chất lượng thịt (RYR-1, H-FABP) lợn Móng Cái, Landrace lai F1, F2 Tóm tắt báo cáo hội nghị hóa sinh sinh học phân tử phục vụ nông, sinh, y học cơng nghiệp thực phẩm Hội nghị khoa học tồn quốc lần thứ IV, tháng 10-2008, tr.413-415 Nguyễn Thu Thúy, Nguyễn Thị Diệu Thúy, Nguyễn Kim Độ, Nguyễn Văn Cường (2005) Phân tích đa hình trình tự đoạn gen mã hóa heart fatty acidbinding protein số giống lợn Việt Nam Tạp chí di truyền ứng dụng Nguyễn Thị Diệu Thúy, Geldermann H (2004), Đa hình di truyền số giống lợn nội Việt Nam Châu Âu dựa thị Microsatelite, Tạp chí khoa học tự nhiên công nghệ, (4), tr.1-10 10 Nguyễn Thị Diệu Thúy, Nguyễn Thu Thúy, Nguyễn Văn Cường, A.W.Kuss.H Geldermann (2004) Đa hình gen hormone kích thích bao nỗn (FSH) số giống lợn Việt Nam Di truyền học ứng dụng, (1), tr.1418 11 Nguyễn Thị Diệu Thúy, Nguyễn Văn Cường, Nguyễn Thu Thúy, Nguyễn Đăng Vang, Phạm Anh Tuấn (2003) Phát triển thị di truyền tính trạng có ý nghĩa kinh tế phục vụ chọn giống động vật Báo cáo khoa học hội nghị cơng nghệ sinh học tồn quốc năm 2003, tr.1238-1243 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 54 TIẾNG ANH 12 Anderson L (2001), Genetic dissection of phenotypic diversity in farm animals, Nature Review Genetic, 2, pp.130-138 13 Carman G.M., and Han G.S (2009), Phosphatidic acid phosphatase, a key enzyme in the regulation of lipid synthesis J Biol Chem 284, pp.2593-2597 14 Chmurzyruska A (2006), The multigene family of fatty acid-binding proteins (FABPs): Function, structure and polymorphism, J Appl Genet 47(1), pp.39-48 15 Crovetii and et al (2007), Assessment of variability of genes associated with meat quality trait in Cinta Senese pigs, Ital J Animal.Sci 6(1), pp.101 16 Coleman R.A and Lee D.P (2004), Enzymes of triacylglycerol synthesis and their regulation, Prog Lipid Res 43, pp.134-176 17 Huyen L.T.T., Roessler R., Lemke U., Zorate A.V (2005), Impact of the use of exotic compared to local pig breeds on socio-economic development and biodiversity in Vietnam, VERLAG GRAUER, Beuren, Stuttgart, pp.3-5 18 Donkor J., Sariahmetoglu M., Dewald J., Brindley D.N and Reue K (2007), Three mammalian lipins act as phosphatidate phosphatases with distinct tissue expression patterns, J Biol Chem 282, pp.3450-3457 19 Gerbens F., Rettenberger G., Lenstra J.A., Veerkamp J.H., Tepas M.F.W (1997), Characterization, chromosomal localization, and genetic variation of the porcine heart fatty acid-binding protein gene, Mamm Genome, 8, pp.328332 20 Gerbens F., Van Erp A.J.M., Harder F., Meuwissen T.H.E (1998), The adipocyte fatty acid- binding protein locus: characterization and association with intramuscular fat content in pig, Mamm Genome, 9, pp.1022- 1026 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 55 21 Gerbens F., Koning D.J., Harder F.L., Meuwissen T.H., Janss L.L., Groenen M.A., Veerkamp J.H., Van Arendonk J.A and Pas M.F (2000), The effect of adipocyte and heart fatty acid-binding protein genes on intramuscular fatand backfat content in Meishan crossbred pigs, J.Anim Sci 78, pp.552-559 22 Han G.S., Wu W.I and Carman G.M (2006), The Saccharomyces cerevisiae Lipin homolog is a Mg2+ dependent phosphatidate phosphatase enzyme, J Biol Chem 281, pp.9210-9218 23 Harmelen V., Ryden M., Sjolin E and Hoffstedt J (2007), A role of lipin in human obesity and insulin resistance: relation to adipocyte glucose transport and GLUT4 expression, J Lipid Res 48, pp.201-206 24 Hugo Montaldo H., Cesar Meza-Herrera A., (1998) Use of molecular markers and major genes in the genetic improvement of livestock, Review article, pp.83-89 25 Huffman T.A, Mothe-Satney I and Lawrence J.C (2002), Insulinstimulated phosphorylation of lipin mediated by the mammalian target of rapamycin, Proc Natl Acad Sci USA 99, pp.1047-1052 26 http://www.dad.fao.org/en/Home.htm 27 http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/summary 28 http://www.en.wikipedia.org/wiki/Genetic Marker 29 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 30 http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ 31 Li C.L., Sa X.Y., Meng H., Pan Y.C (2009), Effects of H-FABP gene polymorphisms and nutritional factors on pork quality, Yi Chuan Xue Bao, 31(7), pp.713-718 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 56 32 Lin W.H., Huang L.S., Ren J., Deng S.H., Wang W.J., Liu B.S., Zhou L.H., Chen C.Y (2002), Research on genetic variation of heart fatty acidbinding protein gene in ten pig breeds, Yi Chuan Xue Bao, 29 (1),pp.12-15 33 Lecker S.H., Thomas Jagoe*,1 R., Alexander Gilbert., Marcelo Gomes , Vickie Baracos , James Bailey , Russ Price S., William Mitch E and Alfred Goldberg ,2 L (2004), Multiple types of skeletal muscle atrophy involve a common program of changes in gene expression, The FASEB Journa, 18, pp.39-51 34 Lindegaard B., Larsen L.F., Hansen A.B., Gerstoft J., Pedersen B.K and Reue K (2006), Adipose tissue lipin expression levels distinguish HIV patients with and without lipodystrophy, Int J Obes 31, pp.449-456 35 Lee J., Xu W.N., Phan J., Saad M.F., Reue K and Kurland I.J (2006), Lipin deficiency impairs diurnal metabolic fuel switching, Diabetes, 55, pp.3429-3438 36 Matassino D., Castellano N., Incoronato C., Occidente M., Ricciardi L., Barone C.M.A (2007), Genotyping of H-FABP loci in two pig ancient autochthonous genetic types: Calabrese and Casertana, Ital.J.Anim.Sci 6(1), pp.164 37 Mulder N.J., Apweiler R., Attwood T.K., Bairoch A., Bateman A., Binns D (2007), New developments in the InterPro database Nucleic acid Res, 35, pp.D224-D228 38 Nadra K., de Preux Charles A.S., Medard J.J., Hendriks W.T., Han G.S., Gres S., Carman G.M., Saulnier-Blache J.S., Verheijen M.H and Chrast R (2008), Phosphatidic acid mediates demyelination in Lpin1 mutant mice, Genes Dev, 22, pp.1647-1661 39 Ovilo C., Clop A., Noguera J.L., Oliver M.A., Barragan C., Rodriguez C., Silio L., Toro M.A., Coll A., Folch J.M., Sanchez A., Babot D., Varona L., Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 57 Perez-Enciso M (2002a), Quantitative trait locus mapping for meat quality in an Iberian * Landrace F2 pig population J Anim Sci 80, pp.2801-2808 40 Ovilo C., Oliver M.A., Noguera J.L., Clop A., Barragan C., Varona L., Rodriguez C., Toro M., Sanchez A., Perez-Enciso M., Silio L (2002b), Test for positional candidate genes for body composition pig chromosome 6, Genet Sel Evol 34, pp.465-479 41 Pang W J., Bai L., Yang G.S (2006), Relationship among H-FABP gene polymorphism, intramuscular fat content, and adipocyte lipid droplet content in main pig breeds with different genotypes in western China, Yi Chuan Xue Bao, 33 (6), pp.515-524 42 Phan J., Reue K (2005), Lipin, a lipodystrophy and obesity gene Cell Metab, 1, pp.73-83 43 Peterfy M., Phan J., Xu P., Reue K (2001), Lypodystrophy in the fld mouse results from mutation of a new gene encoding a nuclear protein, lipin, Nat Genet, 27, pp.121-124 44 Phan J., Peterfy M., and Reue K (2004), Lipin expression preceding peroxisome proliferator-activated receptor-gamma is critical for adipogenesis in vivo and in vitro, J Biol Chem 279, pp.29558-29564 45 Suviolahti E et al (2006), Cross-species analyses implicate Lipin involvement in human glucose metabolism, Hum Mol Genet 15, pp.377386 46 Rothschild M.F., Liu H.C., Tuggle C.K., Yu T.P and Wanng L (1995), Molecular genetic markers for growth and carcass trait in pig, J.Anima Breed Genet 112, pp.341-348 47 Rothschild M.F (2006), Pig genome Coordinator’s Annual Update: brief summary of the pig genome coordination program for 2005, USDA/CSREES pig Genome Coordination, Jannuary 14/ 2006 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 58 48 Reue K., Peterfy M., Phan J (2005), Alternatively spliced lipin isoforms exhibit distinct expression pattern, subcellular localization, and role in adipogenesis, J Biol Chem 280, pp.32883-32889 49 Reue K., Phan J (2005), Lipin, a lipodystrophy and obesity gene, Cell Metab, 1, pp.73-83 50 Reue Karen (2009), The lipin family: mutations and metabolism, J Biol Chem 3, pp.165-170 51 Rosen E.D and MacDougald O.A (2006), Adipocyte differentiation from the inside out, Nat Rev Mol Cell Biol 7, pp.885-896 52 Suviolahti E., Reue K., Cantor R.M., Phan J., Gentile M., Naukkarinen J., Soro-Paavonen A., Oksanen L., Kaprio J., Rissanen A., et al (2006), Crossspecies analyses implicate Lipin involvement in human glucose metabolism, Hum Mol Genet 15, pp.377-386 53 Spurlock M.E., Gabler N.K (2008), The development of porcine models of obesity and the metabolic syndrome, J Nutr, 138(2), pp.397-402 54 Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T.(1989), Molecular cloning Cold Spring Harbor Laboratory Press Second edition 55 Vance J.E and Vance D.E (2004), Phospholipid biosynthesis in mammalian cells, Biochem Cell Biol 82, pp.113-128 56 Yerle M., Pinton P., Robic A., Alfonso A., Palvadeau Y., Delcros C (1998), Construction of a whole-genome radiation hybrid panel for high resolution gene mapping in pigs, Cytogenet Cell Genet , 82, pp.182-188 57 Yao-Borengasser A., et al (2006), Lipin expression is attenuated in adipose tissue of insulin-resistant human subjects and increases with peroxisome proliferator-activated receptor gamma activation, Diabetes, 55, pp.2811-2818 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 59 58 Wiedmann S., Fischer M., Koehler M., Neureuther K., Riegger G., Doering A., Schunkert H., Hengstenberg C and Baessler A (2008), Genetic variants within the LPIN1 gene, encoding lipin, are influencing phenotypes of the metabolic syndrome in humans, Diabetes 57, pp.209-217 59 Farmer S.R (2006), Transcriptional control of adipocyte formation, Cell Metab, 4, pp.263-273 60 Fagone P., Sriburi R., Ward-Chapman C., Frank M., Wang J., Gunter C., Brewer J.W and Jackowski S (2007), Phospholipid biosynthesis program underlying membrane expansion during B-lymphocyte differentiation, J Biol Chem 282, pp.7591-7605 61 Finck B.N., Gropler M.C., Chen Z., Leone T.C., Croce M.A., Harris T.E., Lawrence Jr J.C and Kelly D.P (2006), Lipin is an inducible amplifier of the hepatic PGC-1alpha/PPARalpha regulatory pathway, Cell Metab, 4, pp.199-210 62 Zhao S.M., Ren L.J., Chen L., Zhang X., Cheng M.L., Li W.Z., Zhang Y.Y., Gao S.Z (2009), Differential expression of lipid metabolism related genes in porcine muscle tissue leading to different intramuscular fat deposition , Zhao SM, 44(11), pp.1029-1037 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 60 PHỤ LỤC H-FABP cắt HaeIII STT Số Giống ống giới H- tính FABP STT Số Giống ống giới H- tính FA BP 1 Yorkshire Cái DD 83 30 Móng Cái Cái DD 2 Yorkshire Cái Dd 84 31 Móng Cái Cái DD 3 Yorkshire Cái DD 85 32 Móng Cái Cái DD 4 Yorkshire Cái Dd 86 33 Móng Cái Cái DD 5 Yorkshire Cái Dd 87 34 Móng Cái Cái DD 6 Yorkshire Cái Dd 88 35 Móng Cái Cái DD 7 Yorkshire Cái Dd 89 36 Móng Cái Cái DD 8 Yorkshire Cái Dd 90 37 Móng Cái Cái DD 9 Yorkshire Cái Dd 91 38 Móng Cái Cái DD 10 10 Yorkshire Cái Dd 92 39 Móng Cái Cái DD 11 11 Yorkshire Cái Dd 93 40 Móng Cái Cái DD 12 12 Yorkshire Cái Dd 94 41 Móng Cái Cái DD 13 13 Yorkshire Cái DD 95 42 Móng Cái Cái DD 14 14 Yorkshire Cái Dd 96 43 Móng Cái Cái DD 15 15 Yorkshire Cái DD 97 44 Móng Cái Cái DD 16 16 Yorkshire Cái dd 98 45 Móng Cái Cái DD 17 17 Yorkshire Cái dd 99 46 Móng Cái Cái DD 18 18 Yorkshire Cái Dd 100 47 Móng Cái Cái DD 19 19 Yorkshire Cái Dd 101 48 Móng Cái Cái DD 20 20 Yorkshire Cái Dd 102 49 Móng Cái Cái DD 21 21 Yorkshire Cái 103 50 Móng Cái Cái DD 22 22 Yorkshire Cái DD 104 51 Móng Cái Cái DD 23 23 Yorkshire Cái DD 105 52 Móng Cái Cái DD Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 61 24 24 Yorkshire Cái Dd 106 53 Móng Cái Cái DD 25 25 Yorkshire Cái dd 107 54 Móng Cái Cái DD 26 26 Yorkshire Cái Dd 108 55 Móng Cái Cái DD 27 27 Yorkshire Cái dd 109 56 Móng Cái Cái DD 28 28 Yorkshire Cái Dd 110 57 Móng Cái Cái DD 29 29 Yorkshire Cái DD 111 58 Móng Cái Cái DD 30 30 Yorkshire Cái Dd 112 59 Móng Cái Cái DD 31 31 Yorkshire Cái DD 113 60 Móng Cái Cái DD 32 32 Yorkshire Cái DD 114 61 Móng Cái Cái DD 33 33 Yorkshire Cái Dd 115 62 Móng Cái Cái DD 34 34 Yorkshire Cái Dd 116 63 Móng Cái Cái DD 35 35 Yorkshire Cái Dd 117 64 Móng Cái Cái DD 36 36 Yorkshire Cái Dd 118 65 Móng Cái Cái DD 37 37 Yorkshire Cái Dd 119 66 Móng Cái Cái DD 38 38 Yorkshire Cái DD 120 67 Móng Cái Cái DD 39 39 Yorkshire Cái Dd 121 68 Móng Cái Cái DD 40 40 Yorkshire Cái DD 122 69 Móng Cái Cái DD 41 41 Yorkshire Cái DD 123 70 Móng Cái Cái DD 42 42 Yorkshire Cái Dd 124 71 Móng Cái Cái DD 43 43 Yorkshire Cái DD 125 72 Móng Cái Cái DD 44 44 Yorkshire Cái Dd 126 73 Móng Cái Cái DD 45 45 Yorkshire Cái DD 127 74 Móng Cái Cái DD 46 46 Yorkshire Cái Dd 128 75 Móng Cái Cái DD 47 47 Yorkshire Cái Dd 129 76 Móng Cái Cái DD 48 48 Yorkshire Cái DD 130 77 Móng Cái Cái DD 49 49 Yorkshire Cái Dd 131 78 Móng Cái Cái DD 50 50 Yorkshire Đực DD 132 79 Móng Cái Cái DD 51 51 Yorkshire Đực DD 133 80 Móng Cái Cái DD 52 52 Yorkshire Đực DD 134 81 Móng Cái Cái DD 53 53 Yorkshire Đực DD 135 82 Móng Cái Cái DD 54 Móng Cái Cái DD 136 83 Móng Cái Cái DD Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 62 55 Móng Cái Cái DD 137 84 Móng Cái Cái DD 56 Móng Cái Cái DD 138 85 Móng Cái Cái DD 57 Móng Cái Cái DD 139 86 Móng Cái Cái DD 58 Móng Cái Cái DD 140 87 Móng Cái Cái DD 59 Móng Cái Cái DD 141 88 Móng Cái Cái DD 60 Móng Cái Cái DD 142 89 Móng Cái Cái DD 61 Móng Cái Cái DD 143 90 Móng Cái Cái DD 62 Móng Cái Cái 144 91 Móng Cái Cái DD 63 10 Móng Cái Cái DD 145 92 Móng Cái Cái DD 64 11 Móng Cái Cái DD 146 93 Móng Cái Cái DD 65 12 Móng Cái Cái DD 147 94 Móng Cái Cái DD 66 13 Móng Cái Cái DD 148 95 Móng Cái Cái DD 67 14 Móng Cái Cái DD 149 96 Móng Cái Cái DD 68 15 Móng Cái Cái DD 150 97 Móng Cái Cái DD 69 16 Móng Cái Cái DD 151 98 Móng Cái Cái DD 70 17 Móng Cái Cái DD 152 99 Móng Cái Cái DD 71 18 Móng Cái Cái DD 153 100 Móng Cái Cái DD 72 19 Móng Cái Cái DD 154 101 Móng Cái Cái DD 73 20 Móng Cái Cái DD 155 102 Móng Cái Cái DD 74 21 Móng Cái Cái DD 156 103 Móng Cái Đực DD 75 22 Móng Cái Cái DD 157 104 Móng Cái Đực Dd 76 23 Móng Cái Cái DD 158 105 Móng Cái Đực DD 77 24 Móng Cái Cái DD 159 106 Móng Cái Đực DD 78 25 Móng Cái Cái DD 160 107 Móng Cái Đực DD 79 26 Móng Cái Cái DD 161 108 Móng Cái Đực DD 80 27 Móng Cái Cái DD 162 109 Móng Cái Đực DD 81 28 Móng Cái Cái DD 82 29 Móng Cái Cái DD Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 63 Lpin1 cắt enzyme MspI STT Số Giống ống giới Lpin1 STT Số Giống ống tính giới Lpin1 tính 1 Yorkshire Cái TC 83 30 Móng Cái Cái CC 2 Yorkshire Cái TC 84 31 Móng Cái Cái CC 3 Yorkshire Cái CC 85 32 Móng Cái Cái CC 4 Yorkshire Cái CC 86 33 Móng Cái Cái CC 5 Yorkshire Cái CC 87 34 Móng Cái Cái TC 6 Yorkshire Cái CC 88 35 Móng Cái Cái CC 7 Yorkshire Cái TC 89 36 Móng Cái Cái CC 8 Yorkshire Cái TC 90 37 Móng Cái Cái CC 9 Yorkshire Cái TC 91 38 Móng Cái Cái CC 10 10 Yorkshire Cái TC 92 39 Móng Cái Cái CC 11 11 Yorkshire Cái TC 93 40 Móng Cái Cái CC 12 12 Yorkshire Cái TC 94 41 Móng Cái Cái CC 13 13 Yorkshire Cái TC 95 42 Móng Cái Cái CC 14 14 Yorkshire Cái TC 96 43 Móng Cái Cái CC 15 15 Yorkshire Cái CC 97 44 Móng Cái Cái CC 16 16 Yorkshire Cái CC 98 45 Móng Cái Cái CC 17 17 Yorkshire Cái CC 99 46 Móng Cái Cái CC 18 18 Yorkshire Cái CC 100 47 Móng Cái Cái CC 19 19 Yorkshire Cái CC 101 48 Móng Cái Cái CC 20 20 Yorkshire Cái CC 102 49 Móng Cái Cái CC 21 21 Yorkshire Cái CC 103 50 Móng Cái Cái CC 22 22 Yorkshire Cái CC 104 51 Móng Cái Cái CC 23 23 Yorkshire Cái TC 105 52 Móng Cái Cái CC 24 24 Yorkshire Cái TC 106 53 Móng Cái Cái CC 25 25 Yorkshire Cái TC 107 54 Móng Cái Cái CC 26 26 Yorkshire Cái TT 108 55 Móng Cái Cái CC Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 64 27 27 Yorkshire Cái TT 109 56 Móng Cái Cái CC 28 28 Yorkshire Cái TT 110 57 Móng Cái Cái CC 29 29 Yorkshire Cái TC 111 58 Móng Cái Cái CC 30 30 Yorkshire Cái TC 112 59 Móng Cái Cái CC 31 31 Yorkshire Cái CC 113 60 Móng Cái Cái CC 32 32 Yorkshire Cái TC 114 61 Móng Cái Cái CC 33 33 Yorkshire Cái CC 115 62 Móng Cái Cái CC 34 34 Yorkshire Cái TC 116 63 Móng Cái Cái CC 35 35 Yorkshire Cái TC 117 64 Móng Cái Cái CC 36 36 Yorkshire Cái CC 118 65 Móng Cái Cái CC 37 37 Yorkshire Cái TC 119 66 Móng Cái Cái CC 38 38 Yorkshire Cái CC 120 67 Móng Cái Cái CC 39 39 Yorkshire Cái CC 121 68 Móng Cái Cái CC 40 40 Yorkshire Cái CC 122 69 Móng Cái Cái CC 41 41 Yorkshire Cái CC 123 70 Móng Cái Cái CC 42 42 Yorkshire Cái CC 124 71 Móng Cái Cái TC 43 43 Yorkshire Cái TC 125 72 Móng Cái Cái TC 44 44 Yorkshire Cái TC 126 73 Móng Cái Cái TC 45 45 Yorkshire Cái CC 127 74 Móng Cái Cái CC 46 46 Yorkshire Cái CC 128 75 Móng Cái Cái CC 47 47 Yorkshire Cái TC 129 76 Móng Cái Cái TC 48 48 Yorkshire Cái CC 130 77 Móng Cái Cái CC 49 49 Yorkshire Cái TC 131 78 Móng Cái Cái CC 50 50 Yorkshire Đực CC 132 79 Móng Cái Cái TC 51 51 Yorkshire Đực CC 133 80 Móng Cái Cái TC 52 52 Yorkshire Đực CC 134 81 Móng Cái Cái CC 53 53 Yorkshire Đực TC 135 82 Móng Cái Cái CC 54 Móng Cái Cái CC 136 83 Móng Cái Cái CC 55 Móng Cái Cái TC 137 84 Móng Cái Cái CC 56 Móng Cái Cái CC 138 85 Móng Cái Cái TC 57 Móng Cái Cái CC 139 86 Móng Cái Cái TC Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 65 58 Móng Cái Cái CC 140 87 Móng Cái Cái CC 59 Móng Cái Cái CC 141 88 Móng Cái Cái TC 60 Móng Cái Cái CC 142 89 Móng Cái Cái CC 61 Móng Cái Cái CC 143 90 Móng Cái Cái CC 62 Móng Cái Cái 144 91 Móng Cái Cái CC 63 10 Móng Cái Cái CC 145 92 Móng Cái Cái CC 64 11 Móng Cái Cái CC 146 93 Móng Cái Cái TC 65 12 Móng Cái Cái CC 147 94 Móng Cái Cái TC 66 13 Móng Cái Cái CC 148 95 Móng Cái Cái TC 67 14 Móng Cái Cái CC 149 96 Móng Cái Cái CC 68 15 Móng Cái Cái CC 150 97 Móng Cái Cái CC 69 16 Móng Cái Cái CC 151 98 Móng Cái Cái - 70 17 Móng Cái Cái CC 152 99 Móng Cái Cái CC 71 18 Móng Cái Cái CC 153 100 Móng Cái Cái CC 72 19 Móng Cái Cái CC 154 101 Móng Cái Cái CC 73 20 Móng Cái Cái CC 155 102 Móng Cái Cái CC 74 21 Móng Cái Cái CC 156 103 Móng Cái Đực CC 75 22 Móng Cái Cái CC 157 104 Móng Cái Đực CC 76 23 Móng Cái Cái TC 158 105 Móng Cái Đực CC 77 24 Móng Cái Cái CC 159 106 Móng Cái Đực CC 78 25 Móng Cái Cái CC 160 107 Móng Cái Đực CC 79 26 Móng Cái Cái CC 161 108 Móng Cái Đực CC 80 27 Móng Cái Cái CC 162 109 Móng Cái Đực CC 81 28 Móng Cái Cái CC 82 29 Móng Cái Cái CC Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên - http://www.lrc-tnu.edu.vn 66 ... “ Phân tích đa hình số gen liên quan đến chất lượng thịt lợn phương pháp PCR -RFLP? ??’ Mục tiêu nhiệm vụ đề tài Mục tiêu Xác định biến thể DNA gen Lpin1, H-FABP liên quan đến chất lượng thịt lợn, ... 3.1.Tách chiết DNA tổng số từ mẫu mơ tai lợn 40 3.2 Phân tích đoạn gen H-FABP phương pháp PCR- RFLP 41 3.2.1 Phân tích đoạn gen H-FABP phương pháp PCR 41 3.2.2 Phân tích đoạn gen H-FABP enzyme cắt... H-FABP enzyme cắt giới hạn HaeIII 42 3.3 Phân tích gen Lpin1 phương pháp PCR- RFLP 47 3.3.1 Phương pháp phân tích gen Lpin1 phương pháp PCR 47 3.3.2 Phân tích gen Lpin1 enzyme cắt giới hạn MspI 48