Nghiên cứu đa dạng haplotype y STR của quần thể người kinh việt nam

Tạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên Công nghệ, Tập 33, Số 2S (2017) 212-218 Nghiên cứu đa dạng Haplotype Y- STR quần thể người Kinh - Việt Nam Trịnh Tuấn Toàn1,3,*, Hà Quốc Khanh1, Vũ Lê Lợi1, Nguyễn Quang Vinh2, Nguyễn Quang Huy3 Viện Khoa học Hình sự, Bộ Cơng an, 99 Nguyễn Tn, Thanh Xuân, Hà Nội, Việt Nam Công ty Cổ phần Phân tích Di truyền (Gentis), Tây Hồ, Hà Nội, Việt Nam Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN, 334 Nguyễn Trãi, Thanh Xuân, Hà Nội, Việt Nam Nhận ngày 16 tháng năm 2017 Chỉnh sửa ngày 20 tháng năm 2017; Chấp nhận đăng ngày 10 tháng 10 năm 2017 Tóm tắt: Các mẫu ADN tách chiết từ máu, gốc tóc, móng tay móng chân 205 người đàn ơng khỏe mạnh, khơng có quan hệ huyết thống, thuộc dân tộc Kinh Việt Nam lấy mẫu ngẫu nhiên khuếch đại sử dụng kit AmpFlSTR® Yfiler™ PCR Amplification Kit (Yfiler) Áp dụng phương pháp đếm trực tiếp phân tích phần mềm Arlequin 3.1 để xác định tần số alen, xác định khoảng cách di truyền sử dụng sở liệu trực tuyến Y-Chromosome haplotype Kết thu 205 haplotype, mức độ đa dạng haplotype 1, đa dạng locus trung bình 0,7506 dao động từ 0,2373 locus DYS438 đến 0,9049 locus DYS385 Đây kết đánh giá đa dạng di truyền quần thể dựa 17 thị di truyền STR (short tandem repeat) nhiễm sắc thể giới tính Y (Y-STR) quần thể người Kinh (Việt Nam) Từ khóa: Nhiễm sắc thể Y; Y-STR; đa dạng haplotype; quan hệ huyết thống; Yfiler kit Mở đầu biến Do vậy, phân tích Y-STR quan trọng cho giám định ADN hình sự, việc nhận dạng người chưa rõ tung tích; trường hợp bị xâm hại tình dục, mà phân tích ADN nhiễm sắc thể Y tách riêng kiểu gen nam giới mẫu dịch âm đạo trường hợp mẫu lẫn; xác định quan hệ huyết thống theo dòng cha trường hợp người cha chết; xác định amelogenin Y thiếu người đàn ông; nghiên cứu di cư người, nghiên cứu tiến hóa phả hệ,… [2-3] Tần số haplotype quần thể quan trọng, đặc biệt với tính tốn xác suất giám định ADN hình Việc tăng cường sử dụng marker Y-STR người ứng dụng pháp y, nghiên cứu nhân chủng học khảo cổ học tạo nỗ lực hợp tác để Ở người, nhiễm sắc thể giới tính Y nhỏ nhiều so với nhiễm sắc thể giới tính X số gen Y chiếm khoảng 2% tổng số gen hệ gen đơn bội dài khoảng 60 Mb Các vùng không tái tổ hợp (NRY) nhiễm sắc thể giới tính Y người chiếm xấp xỉ 95% toàn nhiễm sắc thể [1] Các đoạn lặp ngắn nhiễm sắc thể giới tính Y (Y-STR) có độ dài từ 2-7 bp vùng không tái tổ hợp (NRY), xuất nam giới truyền từ nguyên vẹn từ cha sang trai, trừ trường hợp đột _  Tác giả liên hệ ĐT.: 84-975155747 Email: toantt1974@gmail.com https://doi.org/10.25073/2588-1140/vnunst.4539 212 T.T Tồn nnk / Tạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên Công nghệ, Tập 33, Số 2S (2017) 212-218 thu thập liệu haplotype từ quần thể khác để xây dựng sở liệu Y [4] Bài báo công bố nghiên cứu cấu trúc di truyền người Việt (Kinh) thị di truyền Y-STR nhiễm sắc thể Y sở cho việc giám định ADN hình sự, xác định huyết thống góp phần xây dựng sở liệu cho nghiên cứu phả hệ Vật liệu phương pháp nghiên cứu 2.1 Mẫu nghiên cứu Toàn 205 mẫu cá thể đàn ông người Việt Nam (dân tộc Kinh) khỏe mạnh, khơng có quan hệ huyết thống trực hệ với thu thập từ tháng 10/2010 đến tháng 3/2015 từ tỉnh, thành phố lớn Việt Nam (Hà Nội, Đà Nẵng, TP Hồ Chí Minh) vùng lân cận Đã có số tác giả nghiên cứu 17 thị nhiễm sắc thể Y (Y-STR), nhiên chưa có nghiên cứu khảo sát với số lượng mẫu lớn (hơn 200 mẫu) người Kinh - Việt Nam Các mẫu nghiên cứu phân tích chủ yếu mẫu tóc, số trường hợp mẫu móng tay, móng chân Đối với cá nhân đến trực tiếp phịng thí nghiệm, mẫu tiến hành thu chủ động mẫu máu thu giấy FTA™ chuyên dụng, lượng mẫu máu lưu giấy FTA™ có kích thước 22 (mm) 2.2 Tách chiết phân tích ADN ADN mẫu tóc, móng tách chiết dung dịch Chelex-100™ kết hợp bổ sung proteaza K ủ nhiệt độ 56oC Với mẫu móng chân tay: bổ sung đệm Tris - EDTA pH 8,0 để hòa tan bảo quản ADN Với mẫu máu thu giấy FTA™: rửa với dung dịch FTA™ DDW™ sử dụng trực tiếp mẫu FTA™ cho phản ứng PCR ADN định lượng phương pháp Realtime PCR sử dụng kít Quantifiler™ Human DNA (Applied Biosystems, Mỹ) với hệ thống Real-Time 7500 (Applied Biosystems, Mỹ) [5] 1,0 ng ADN khuôn cho mẫu phân tích kít Yfiler nhằm khuếch đại 17 213 locus Y-STR bao gồm: DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS385, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS635, GATAH4 Phản ứng PCR thực máy khuếch đại gen GeneAmp 9700 (Applied Biosystems, Mỹ) Sản phẩm khuếch đại Y-STR điện di phân tích máy giải trình tự gen ABI 3130 Genetic Analyzer với phần mềm Genemaper-ID, sử dụng kích thước chuẩn (GeneScan-500 LIZ, Applied Biosystems, Mỹ) thang alen chuẩn nhà sản xuất cung cấp theo kít Y filer 2.3 Phân tích thống kê Alen nhận diện tính tần suất haplotype cách đếm trực tiếp Chỉ số đa dạng locus haplotype (H) tính cách sử dụng phần mềm Arlequin 3.1 [6] theo công thức: k n  2 H   Pi  n 1  Trong đó: H số đa dạng haplotyep, n số lượng mẫu nghiên cứu Pi tần suất haplotype thứ I (k số Haplotype quan sát được) Đa dạng di truyền locus (GD) tính tốn theo cơng thức trên, sử dụng tần số alen thay tần suất haplotype để tính tốn (k số alen nhận diện locus gen khảo sát n mẫu nghiên cứu) Sử dụng công cụ trực tuyến YHRD (www.yhrd.org) để thực đánh giá khoảng cách di truyền quần thể nghiên cứu với quần thể khác công bố sở liệu Khoảng cách di truyền quần thể (Rst) phần mở rộng biện pháp FST tính theo cơng thức: Rst = (Sb - Sw)/Sb Trong Sw tổng lấy theo quĩ đạo lần trung bình trọng số phương sai bên quần thể V(A) V(B), Sb tổng theo quĩ đạo lần phương sai V(A+B) quần thể kết hợp Giá trị P tính tốn phân tích phương sai phân tử (AMOVA) với 10.000 hốn vị, sử dụng cơng cụ trực tuyến YHRD Kiểm định với mức ý nghĩa P