Đánh giá đa dạng di truyền cá tra chọn giống bằng chỉ thị phân tử microsatellite

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HCM KHOA CNSH - TP - MT - - ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁ TRA CHỌN GIỐNG BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ MICROSATELLITE Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Cán hướng dẫn: Ths Trần Nguyễn Ái Hằng Sinh viên thực hiện: Lê Tấn Thành MSSV: 1151110031 Lớp: 11DSH01 Tp.HCM, tháng năm 2015 Đồ án tốt nghiệp LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài nghiên cứu thân thực khơng chép dƣới hình thức Các số liệu đề tài có nguồn gốc rõ ràng, tuân thủ nguyên tắc Kết trình bày đề tài đƣợc thu thập trình nghiên cứu trung thực chƣa đƣợc cơng bố trƣớc Tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm nội dung khoa học đề tài nghiên cứu Tp Hồ Chí Minh, tháng năm 2015 Sinh viên, Lê Tấn Thành Đồ án tốt nghiệp LỜI CẢM ƠN Đầu tiên, em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến quý thầy cô trƣờng Đại học Cơng Nghệ Tp HCM nói chung, q thầy khoa Công Nghệ Sinh Học – Thực Phẩm – Môi Trƣờng nói riêng tận tình dạy dỗ, giúp em hồn thiện kiến thức, kỹ chuyên môn tạo điều kiện thuận lợi cho em suốt trình học tập Xin gửi đến Ths Trần Nguyễn Ái Hằng, Ths Bùi Thị Liên Hà, Ks Lê Ngọc Thùy Trang anh chị phịng thí nghiệm Di truyền phân tử, Viện Nghiên Cứu Nuôi Trồng Thủy Sản II lời cảm tạ sâu sắc tạo điều kiện thuận lợi, trực tiếp hƣớng dẫn, dìu dắt em suốt thời gian qua Xin ghi nhận công sức đóng góp q báu, nhiệt tình bạn Tạ Thanh Thế toàn thể bạn lớp 11DSH01 đóng góp ý kiến, giúp đỡ động viên tơi suốt q trình học tập nghiên cứu Đặc biệt, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến bố mẹ anh chị gia đình ni dạy đến ngày khơn lớn cho ăn học thành tài Vì chƣa có nhiều kinh nghiệm, dựa vào kiến thức hạn hẹp với thời gian ngắn ngủi nên chắn không tránh khỏi sai sót Kính mong nhận đƣợc góp ý quý thầy, cô để kiến thức chúng em ngày hoàn thiện hơn, rút đƣợc kinh nghiệm bổ ích cho q trình học tập, làm việc sau Cuối cùng, xin kính chúc quý thầy cô trƣờng Đại học Công Nghệ Tp HCM dồi sức khỏe thành công nghiệp cao q Đồng kính chúc q thầy cơ, anh chị phịng thí nghiệm Di truyền phân tử, Viện Nghiên Cứu Nuôi Trồng Thủy Sản II dồi sức khỏe đạt đƣợc nhiều thành công tốt đẹp sống Tp Hồ Chí Minh, tháng năm 2015 Sinh viên, Lê Tấn Thành Đồ án tốt nghiệp Mục Lục Trang DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT v DANH MỤC CÁC BẢNG vi DANH MỤC BIỂU ĐỒ, ĐỒ THỊ, SƠ ĐỒ, HÌNH ẢNH vii PHẦN MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Mục dích nghiên cứu Mục tiêu nghiên cứu Nội dung nghiên cứu Giới hạn đề tài CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Đa dạng di truyền ý nghĩa 1.1.1 Khái niệm 1.1.2 Tầm quan trọng đa dạng di truyền 1.2 Sơ lƣợc tình hình cá Tra Việt Nam 1.2.1 Tình hình ni cá Tra đồng Sông Cửu Long 1.2.2 Tình hình chọn giống cá Tra chất lƣợng giống 1.2.3 Một số chƣơng trình nghiên cứu liên quan đến cá Tra 1.2.4 Các nghiên cứu di truyền chọn giống thuỷ sản đƣợc triển khai áp dụng Việt Nam 12 1.3 Tổng quan cá Tra (Pangasianodon hypophthamus) 14 1.3.1 Đặc điểm chung 14 1.3.2 Đặc điểm sinh thái môi trƣờng sống 15 1.3.3 Đặc điểm sinh trƣởng 15 1.3.4 Đặc điểm sinh sản 16 1.3.5 Hiện trạng nghiên cứu cá Tra Việt Nam 16 1.4 Một số thị DNA sử dụng nghiên cứu đa dạng di truyền 17 i Đồ án tốt nghiệp 1.4.1 Phân loại 17 1.4.2 Các loại thị DNA 19 1.4.2.1 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) 19 1.4.2.2 Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) 19 1.4.2.3 Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD) 20 1.4.2.4 SSR (Microsatellite) 21 1.5 Giới thiệu kỹ thuật SSR (Microsatellite) 21 1.5.1 Khái niệm 21 1.5.2 Tính chất 22 1.5.3 Sự phát triển primer microsatellite 23 1.5.4 Giới hạn microsatellite 24 1.5.5 Các loại microsatellite 25 1.5.6 Cơ chế hình thành microsatellite 26 1.5.7 Vai trò microsatellite 27 1.5.8 Các phƣơng pháp phát microsatellite 28 1.5.8.1 Phƣơng pháp lai 28 1.5.8.2 Phƣơng pháp PCR 29 CHƢƠNG 2: NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 30 2.1 Địa điểm thời gian nghiên cứu 30 2.1.1 Địa điểm nghiên cứu 30 2.1.2 Thời gian nghiên cứu 30 2.2 Vật liệu nghiên cứu 30 2.2.1 Nguồn mẫu 30 2.2.1.1 Mẫu cá Tra 30 ii Đồ án tốt nghiệp 2.2.1.2 Microsatellite primers 30 2.2.2 Hóa chất, dụng cụ thiết bị 31 2.2.2.1 Hóa chất 31 2.2.2.2 Dụng cụ thiết bị 31 2.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 32 2.3.1 Phƣơng pháp thu mẫu 32 2.3.2 Phƣơng pháp bảo quản mẫu 32 2.3.3 Phƣơng pháp tách chiết DNA 32 2.3.3.1 Quy trình 32 2.3.3.2 Kiểm tra sản phẩm DNA ly trích 35 2.3.4 Phản ứng PCR 35 2.3.4.1 Khái niệm 35 2.3.4.2 Thành phần vai trò chất phản ứng PCR 35 2.3.4.3 Nguyên tắc phản ứng PCR 37 2.3.5 Kỹ thuật điện di DNA gel 38 2.3.6 Phƣơng pháp điện di mao quản (CE) 41 2.4 Bố trí thí nghiệm 44 2.4.1 Thí nghiệm 1: Tách chiết DNA 44 2.4.2 Thí nghiệm 2: Khảo sát tính hoạt động cặp mồi microsatellite 44 2.4.3 Thí nghiệm 3: Phân tích đa dạng di truyền thị microsatellite quần đàn cá Tra 47 2.4.3.1 Thí nghiệm 3.1: PCR hàng loạt cặp mồi microsatellite 47 2.4.3.2 Thí nghiệm 3.2: Điện di agarose sản phẩm PCR 47 2.4.3.3 Thí nghiệm 3.3: Điện di mao quản sản phẩm PCR 48 iii Đồ án tốt nghiệp 2.5 Phƣơng pháp xử lý số liệu 48 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 49 3.1 Sản phẩm tách chiết DNA 49 3.2 Khảo sát tính hoạt động cặp mồi microsatellite 49 3.3 Khảo sát đa dạng di truyền quần đàn cá Tra 51 3.3.1 Thông tin đa dạng di truyền quần đàn cá Tra 51 3.3.2 Biến động di truyền bên quần đàn cá Tra 56 3.3.2.1 Sự đa dạng gene (Gene diversity) 56 3.3.3.2 Sự sai khác di truyền quần thể 57 CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 59 4.1 Kết luận 59 4.2 Kiến nghị 60 TÀI LIỆU THAM KHẢO 61 PHỤ LỤC 63 iv Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT µg: microgam µM: micromol/lít mM: milimol/lít bp: base pair Kb: kilobases cm: centimet V: volt mA: miliampe DNA: Deoxyribonucleic acid RNA: Ribonucleic acid dNTP: Deoxynucleotide triphosphate EDTA: Ethylene diaminetetra acetic acid TBE: Tris-borate-EDTA TE: Tris-EDTA Ta: Annealing temperature (nhiệt độ bắt cặp) U: đơn vị tính hoạt tính Taq UV: Ultra Violet ĐBSCL: Đồng sông Cửu Long NCNTTS: Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản v Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Hệ số di truyền hiệu chọn lọc số loài cá (Viện NCNTTS I) 12 Bảng 1.2 Các loại DNA marker (Bùi Chí Bửu Nguyễn Thị Lang, 2005) 18 Bảng 2.1 Trình tự primers sử dụng 30 Bảng 2.2 Hóa chất sử dụng tách chiết DNA 34 Bảng 2.3 Sự phân tách đoạn DNA gel agarose 40 Bảng 2.4 Sự phân tách đoạn DNA gel polyacrylamide 40 Bảng 2.5 Thành phần phản ứng PCR 45 Bảng 2.6 Chu trình nhiệt mồi CB13, CB14, CB18, CB19 45 Bảng 2.7 Chu trình nhiệt mồi Pg-13 46 Bảng 2.8 Chu trình nhiệt mồi Ph-7 46 Bảng 2.9 Trình tự nucleotide, nhiệt độ gắn mồi nồng độ MgCl2 cặp mồi microsatellite sử dụng (Tạ Thanh Thế, 2015) 46 Bảng 3.1 Hiệu suất PCR số allele cặp mồi microsatellite 120 mẫu cá tra 50 Bảng 3.2 Thông tin di truyền chung cặp mồi microsatellite 51 Bảng 3.3 Thông tin đa dạng di truyền cặp mồi microsatellite quần đàn cá Tra 53 Bảng 3.4 Thông tin tần số allele cặp microsatellite 55 Bảng 3.5 Thông tin đa dạng gene cặp mồi microsatellite 57 Bảng 3.6 Thông tin sai khác di truyền quần đàn cá Tra 58 vi Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC BIỂU ĐỒ, ĐỒ THỊ, SƠ ĐỒ, HÌNH ẢNH Trang Hình 1.1: Cá Tra nguồn thủy sản chủ lực Đồng sông Cửu Long Hình 1.2: Cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus, Sauvage 1878) 15 Hình 1.3: Cơ chế bắt chéo lỗi trình giảm phân 26 Hình 1.4: Cơ chế trƣợt lỗi trình mã 26 Hình 2.1: Quy trình tách chiết DNA Salt extraction (Miller ctv, 1988) 33 Hình 2.2: Các giai đoạn phản ứng PCR 38 Hình 2.3: Các bƣớc kỹ thuật điện di 39 Hình 2.4: Mơ hình cấu tạo đơn giản máy điện di mao quản 42 Hình 2.5: Sơ đồ bố trí thí nghiệm 44 Hình 3.1: Kết diện di tách chiết DNA 49 Hình 3.2: Kết điện di mao quản sản phẩm PCR cặp mồi Pg-13 50 Hình 3.3: Đồ thị so sánh đa hình allele locus 52 vii Đồ án tốt nghiệp quần đàn cá Tra phân tích, số PIC trung bình quần đàn G2-2002 thấp nhất: 0,451+0,19 Ba quần đàn cịn lại có số PIC cao hơn, cụ thể G2-2001: 0,497+0,14; G2-2003: 0,502+0,11; G3-2001: 0,509+0,10 Nhƣ nhìn chung số thơng tin đa hình PIC quần đàn mức trung bình Điều chứng tỏ locus microsatellite có tiềm việc đánh giá đa dạng di truyền quần thể cá Tra Theo định luật Hardy-Weinberg: “Trong điều kiện định lịng quần thể ngẫu phối, tần số tƣơng đối alen gen có khuynh hƣớng trì khơng đổi từ hệ sang hệ khác” Độ lệch so với phân phối cân HWE quần thể cho thấy trạng thái di truyền quần thể phối ghép cá thể trạng thái giao phối ngẫu nhiên hay xu giao phối dƣới áp lực chọn lọc Quần thể lệch khỏi phân phối cân HWE dần dẫn đến phân chia quần thể gặp vấn đề gene nhƣ: đột biến, di nhập gene, … Theo kết phân tích từ bảng 3.3 đa số locus microsatellite cho thấy quần đàn G2-2003 phân phối tuân theo cân HWE Quần đàn G22001 có loci CB13 CB19; quần đàn G2-2002 có loci CB13 khác biệt có ý nghĩa với phân phối cân HWE Tƣơng tự, quần đàn G3-2001 có loci CB18 CB19 khác biệt có ý nghĩa với phân phối cân HWE Những cặp loci cho kết lệch khỏi cân HWE có có số kiểu gene dị hợp tử quan sát thấp số kiểu gene dị hợp tử mong đợi Kết lệch khỏi cân HardyWeinberg lỗi thao tác đọc kết (score) băng hình bảng gel, lỗi xử lý số liệu (nhập sai giá trị allele) hay tƣợng vƣợt mức đồng hợp tử hay dị hợp tử quần thể… Vì nên hình thành chiến lƣợc phối ghép giống bố mẹ hợp lý nhằm giảm thiểu rủi ro suy giảm vật liệu di truyền cận huyết Việc quần thể có dấu hiệu cận huyết làm tăng số kiểu gene đồng hợp tử dẫn đến khả gây suy giảm sức sống, giảm khả tăng trƣởng sinh sản, … Giá trị FIS (hệ số cận huyết bên quần thể), thể suy thoái di truyền cận huyết nội quần thể khảo sát Mức độ cận huyết 54 Đồ án tốt nghiệp quần thể giống mức độ giao phối cá thể giống có quan hệ huyết thống gần gũi với Mức độ cận huyết đƣợc đánh giá qua giá trị FIS, giá trị FIS biến thiên từ -1,0 đến 1,0 Giá trị FIS cao hệ số cận huyết lớn (Martinez, 2007) Trong số nghiên cứu nguyên nhân khiến số tăng cao hiểu diện mức kiểu gene đồng hợp Khi FIS có giá trị cao phản ánh thiếu hụt kiểu gene dị hợp tử dƣ thừa kiểu gene đồng hợp tử, điều dẫn đến tƣợng “cổ chai quần thể” Ngƣợc lại, FIS có giá trị thấp xuất kiểu gene dị hợp tử cao kiểu gene đồng hợp tử Khi FIS có giá trị âm có nghĩa quần thể xuất nhiều kiểu gene dị hợp tử (Hamilton, 2009) Giá trị cận huyết FIS quần đàn nghiên cứu lần lƣợt 0,411 (G2-2001), 0,280 (G2-2002), 0,249 (G2-2003), 0,263 (G3-2001) Nhìn chung số FIS quần đàn tƣơng đối cao nằm mức cảnh báo Nguyên nhân giới hạn phạm vi đề tài, số lƣợng mẫu cịn (30 mẫu/quần đàn) nên chƣa thể đƣợc tính đại diện nguồn mẫu phân tích; số lƣợng bố mẹ ban đầu ít, chƣa phong phú dẫn đến nhiều cá thể quần đàn cặp bố mẹ cận huyết, dẫn đến số FIS cao quần đàn Thông tin chung tần số allele quần đàn cá Tra nghiên cứu cặp mồi microsatellite đƣợc trình bày bảng 3.3 Bảng 3.4 Thông tin tần số allele cặp microsatellite Locus Allele Tần số allele CB13 258 0,12 264 0,55 279 0,30 291 0,03 241 0,09 256 0,36 262 0,21 274 0,24 289 0,10 CB14 55 Đồ án tốt nghiệp CB18 CB19 Ph-7 Pg-13 326 0,52 359 0,20 368 0,09 383 0,19 250 0,36 262 0,52 280 0,03 295 0,09 137 0,13 149 0,33 157 0,13 165 0,21 173 0,11 181 0,09 217 0,52 232 0,43 250 0,02 332 0,03 Thông tin tần số allele cặp mồi microsatellite khảo sát có chênh lệch tùy theo cặp mồi Tuy nhiên, số allele đƣợc tìm thấy xuất với tần số thấp nhƣ: allele 291 locus CB13 (tần số 0,03), allele 280 locus CB19 (tần số 0,03), allele 250 332 locus Pg-13 (tần số tƣơng ứng 0,02 0,03) Các allele xem nhƣ allele đặc hiệu riêng cho quần thể nghiên cứu, có tiềm việc phân biệt di truyền quần thể nghiên cứu với quần thể khác 3.3.2 Biến động di truyền bên quần đàn cá Tra 3.3.2.1 Sự đa dạng gene (Gene diversity) 56 Đồ án tốt nghiệp Đa dạng gene thông số thƣờng đƣợc sử dụng để mô tả mức độ biến dị di truyền đƣợc áp dụng lĩnh vực đa dạng di truyền quần thể Đa dạng gene đƣợc sử dụng để định lƣợng đánh giá tỷ lệ cá thể có kiểu gene dị hợp tử quần thể theo giả định định luật cân Hardy-Weinberg (Driscoll ctv 2002; Hoelzel ctv 2002)… Trong số nghiên cứu di truyền quần thể, tác giả tìm thấy mối quan hệ tuyến tính chặt chẽ đa dạng gene khoảng cách di truyền (Nei Roychoudhury 1974; DeGiorgio Rosenberg, 2009) Bảng 3.5 Thông tin đa dạng gene cặp mồi microsatellite Locus G2-2001 G2-2002 G2-2003 G3-2001 CB13 0,685 0,550 0,475 0,423 CB14 0,677 0,590 0,645 0,700 CB18 0,513 0,708 0,525 0,691 CB19 0,517 0,459 0,690 0,564 Ph-7 0,734 0,718 0,687 0,655 Pg-13 0,336 0,097 0,484 0,508 Trung bình 0,577+0,14 0,520+0,21 0,584+0,09 0,590+0,10 Giá trị đa dạng gene quần đàn khảo sát nằm khoảng 0,520 – 0,590 Ở nhóm G2-2003 G3-2001 giá trị gần mức tƣơng đối cao Ở quần đàn G2-2002 có số đa dạng gene thấp 0,520 Nhìn chung số đa dạng gene cặp mồi microsatellite nội quần thể tƣơng đối Tuy nhiên quần đàn G2-2002 có biến động lớn từ 0,097 (Pg-13) – 0,718 (Ph-7) Theo kết phân tích quần đàn khảo sát có số đa dạng gene mức trung bình ổn định 3.3.3.2 Sự sai khác di truyền quần thể Sự sai khác di truyền quần đàn mẫu đƣợc ƣớc lƣợng theo giá trị FST (chỉ số sai khác di truyền quần thể) Theo Nei (1978), FST < 0,05 đƣợc cho sai khác nhỏ; 0,05 < FST < 0,15 sai khác trung bình, FST > 0,15 sai khác 57 Đồ án tốt nghiệp lớn FST cung cấp hiểu biết quan trọng vào q trình tiến hóa tác động đến cấu trúc di truyền bên quần thể với (Hartl Clark, 1997) Bảng 3.6 Thông tin sai khác di truyền quần đàn cá Tra G2-2001 G2-2002 G2-2003 G3-2001 0,1919* 0,2042* 0,2910* (p < 0,00833) (p < 0,00833) (p < 0,00833) 0,0733* 0,1443* (p < 0,00833) (p < 0,00833) G2-2001 G2-2002 0,1919 G2-2003 0,2042 0,0733 G3-2001 0,2910 0,1443 0,0868 0,0868* (p < 0,00833) *: Mức ý nghĩa sau hiệu chuẩn với Bonferroni p < 0,00833 Kết cho thấy, quần đàn cá Tra nghiên cứu có sai khác di truyền với cặp với mức ý nghĩa sau hiệu chuẩn với Bonferroni p < 0,00833 Cụ thể quần đàn G2-2001 có sai khác di truyền so với nhóm G22002 0,1919; so với nhóm G2-2003 0,2042; so với nhóm G3-2001 0,2910 Quần đàn G2-2002 có sai khác di truyền so với nhóm G2-2003 0,0733; so với nhóm G3-2001 0,1443 Quần đàn G2-2003 có sai khác di truyền so với nhóm G3-2001 0,0868 Khả việc dẫn đến sai khác di truyền quần đàn hiệu việc bắt cặp bố mẹ ngẫu nhiên phân bố lại kiểu gene số lƣợng bố mẹ lớn hệ sau 58 Đồ án tốt nghiệp CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Dựa kết thu đƣợc, rút đƣợc số kết luận sau: - Sử dụng mẫu vây đuôi để ly trích DNA cá Tra phù hợp DNA thu đƣợc có độ tinh khiết cao, đồng không đứt gãy - cặp mồi microsatellite đƣợc chọn có tiềm việc đánh giá đa dạng di truyền quần đàn cá Tra Đặc biệt cặp mồi Ph-7, Pg13 CB14 với số allele hiệu suất PCR cao - Nhìn chung quần đàn cá Tra phân tích có tính đa hình cao với số đa hình thơng tin đa dạng gene tƣơng đối cao ổn định Đa số loci tuân theo định luật cân di truyền Hardy – Weinberg, nhiên có vài loci không tuân theo định luật cân di truyền Việc hệ số cận huyết nằm mức cảnh báo ngun nhân cho việc khơng tuân theo định luật cân di truyền loci Ngồi ra, cỡ mẫu khơng đủ lớn sai sót thao tác thực hiện, đọc kết gây ảnh hƣởng đến kết nghiên cứu - Các quần đàn cá Tra nghiên cứu có sai khác di truyền với mức trung bình cao Do sử dụng quần đàn làm nguyên liệu chọn giống để làm tăng nguồn vật liệu biến dị di truyền hệ sau 59 Đồ án tốt nghiệp 4.2 Kiến nghị - Tiếp tục nghiên cứu, áp dụng hoàn thiện kỹ thuật microsatellite để lập hồ sơ kiểu gene cho quần thể cá Tra nhằm phục vụ cho việc trao đổi liệu, thông tin đa dạng di truyền quần thể, đồng thời phục vụ cho công tác lai tạo chọn giống - Từ kết nghiên cứu tiếp tục phát phát triển thêm cặp mồi microsatellite khác phù hợp cho việc đánh giá đa dạng di truyền cách xác Từ xây dựng sở di truyền hoàn chỉnh tin cậy giúp đánh giá mối quan hệ di truyền cá thể cá Tra, tạo thuận lợi cho nhận định, kiểm tra phân tích giống sau - Tiếp tục nghiên cứu thành lập quần thể bố mẹ ban đầu đa dạng vật liệu di truyền đƣợc quản lý theo phả hệ, hình thành chiến lƣợc phối ghép quần đàn khác để giảm thiểu tƣợng phối ghép cá thể có chung huyết thống 60 Đồ án tốt nghiệp TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (1999) Di truyền phân tử - Những nguyên tắc chọn giống trồng, Nhà xuất Nơng nghiệp thành phố Hồ Chí Minh Hồ Huỳnh Thùy Dƣơng (1997) Sinh học phân tử, Nhà xuất Giáo dục Phạm Thành Hổ Di truyền học, Nhà xuất Giáo dục Hà Phƣớc Hùng, Nguyễn Thị Thu Thủy, Supawadee Poompuang, Uthairat NaNakorn Biến động di truyền quần đàn cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus, sauvage 1878) Việt Nam, Trƣờng Đại học Cần Thơ Nguyễn Thị Lang (2002) Các phương pháp nghiên cứu công nghệ sinh học, Nhà xuất Nơng nghiệp thành phố Hồ Chí Minh Phạm Dỗn Lân, Nguyễn Trọng Bình, Vũ Chí Cƣơng, Jean-Charles Maillard (2008) Sử dụng kỹ thuật Microsatellite để đánh giá tính đa dạng di truyền cấu trúc di truyền quần thể bị ni tỉnh Hà Giang, Tạp chí Khoa học ĐHQGHN, Khoa học Tự nhiên Công nghệ, 24 (2008), 310-317 Lâm Vỹ Nguyên (2008) Nghiên cứu đa dạng di truyền Đước Đôi (Rhizophora apiculata BLUME.) khu dự trữ sinh rừng ngập mặn Cần Giờ kỹ thuật RAPD, Luận văn tốt nghiệp, Trƣờng đại học Nơng Lâm thành phố Hồ Chí Minh Nguyễn Hoàng Nghĩa (1999) Bảo tồn đa dạng sinh học, Nhà xuất Nông nghiệp TÀI LIỆU TIẾNG NƢỚC NGOÀI J.S.C Barker, S.S Moore, D.J.S Hetzel, D Evans, S.G Tan, K Byrne, Genetic diversity of Asian water buffalo (Bubalus bubalis): microsatellites variation and a comparison with protein coding loci, Animal genetics 28 (1997)103 10 Ha, P.H., An, N.T.T., Trieu, N.V., Yen, D.T., Na-Nakorn, U Nguyen T.T.T., 2008 Some technical and management aspects of catfish hatcheries in Hong 61 Đồ án tốt nghiệp Ngu district, Dong Thap province, Vietnam Aquac Asia Mag., OctoberDecember, pp 23-25 11 M Nei, Estimation of average heterozygosity and genetic distance from small number of individuals, Genetics 89 (1978) 283 12 Rainboth, W.J 1996 Fishes of the Cambodian Mekong FAO identification sheets for fishery purposes Food and Agriculture Organization Rome 13 T.Vanhala, M Tuiskula-Haavisto, K Elo, J.Vilkki and A Maki-Tanila, Evaluation of genetic variability and genetic distances between eight chicken lines using microsatellite markers, Poultry Science 77 (1998) 783 14 Thang, N.V 2006 Development of fishery seed produced technology Journal of science activities Department of Dong Nai Science and Technology, Vietnam 02-2006 15 Trong, T.Q., N.V Hao and D Griffiths 2002 Status of Pangasiid aquaculture in Viet Nam MRC Technical Paper No Mekong River Commission Phnom Penh ISSN: 1683-1489 TÀI LIỆU TRÊN WEB 16 http://www.fistenet.gov.vn/thong-tin-huu-ich/thi-truong-thuy-san 17 http://vasep.com.vn/123/Thong-ke-thuy-san/XNK-thuy-san-Viet-Nam.htm 18 http://ria1.org/ria1/Defaults.aspx?ctl=ListResearch&stID=56&tab=56&LangID =1 19 http://vienthuysan2.org.vn/index.php/vi/hoat-dong-nckh/ 20 http://www.fao.org/publications/en/ 62 Đồ án tốt nghiệp PHỤ LỤC A Một số hình ảnh kết chạy điện di mao quản cặp mồi microsatellite Cặp mồi CB13 Cặp mồi CB14 63 Đồ án tốt nghiệp Cặp mồi CB18 Cặp mồi CB19 64 Đồ án tốt nghiệp Cặp mồi Ph-7 Cặp mồi Pg-13 65 Đồ án tốt nghiệp B Các kết tính tốn phần mềm Cervus Fstat **** Summary statistics **** Locus k N HObs HExp PIC NE-1P NE-2P NE-PP NE-I NE-SI HW CB13 114 0.184 0.597 0.528 0.816 0.671 0.512 0.230 0.510 *** CB14 119 0.622 0.752 0.709 0.656 0.478 0.294 0.103 0.401 *** CB18 115 0.200 0.651 0.599 0.768 0.599 0.420 0.173 0.469 *** CB19 114 0.175 0.592 0.511 0.821 0.689 0.538 0.247 0.517 *** Ph- 118 0.737 0.795 0.763 0.582 0.402 0.217 0.072 0.372 *** Pg-13 120 0.433 0.546 0.442 0.851 0.752 0.627 0.310 0.556 NS Number of individuals: 120 Number of loci: Mean number of alleles per locus: 4.500 Mean proportion of loci typed: 0.9722 Mean expected heterozygosity: 0.6553 Mean polymorphic information content (PIC): 0.5921 Combined non-exclusion probability (first parent): 0.16699424 Combined non-exclusion probability (second parent): Combined non-exclusion probability (parent pair): Combined non-exclusion probability (identity): Combined non-exclusion probability (sib identity): 0.03992552 0.00461972 0.00002258 0.01028482 ************************************************ Gene diversity per locus and population : CB1 0.550 0.475 0.423 0.685 66 Đồ án tốt nghiệp CB1 0.590 0.645 0.700 0.677 CB1 0.708 0.525 0.691 0.513 CB1 0.459 0.690 0.564 0.517 Ph- 0.718 0.687 0.655 0.734 Pg-1 0.097 0.484 0.508 0.336 ************************************************ number of alleles sampled : CB1 3 4 CB1 3 4 CB1 4 CB1 4 Ph- 4 Pg-1 3 ************************************************ Allelic Richness per locus and population based on sample size of: 26 diploid individuals CB1 2.999 2.897 3.982 3.991 3.841 CB1 3.000 3.000 4.000 3.984 4.994 CB1 4.000 3.000 4.000 3.000 3.997 CB1 3.000 4.000 3.000 2.000 3.789 Ph- 4.000 5.991 3.991 4.000 5.994 Pg-1 1.998 3.983 2.984 2.984 3.532 ************************************************ Fis Per population : 67 Đồ án tốt nghiệp CB1 0.731 0.492 0.511 0.799 CB1 0.039 -0.070 0.095 0.114 CB1 0.482 0.487 0.950 0.740 CB1 0.533 0.482 0.755 1.000 Ph- -0.067 -0.004 -0.159 0.002 Pg-1 -0.036 0.105 -0.575 -0.192 All 0.307 0.235 0.274 0.421 ************************************************ 0.0000 0.1919 0.2042 0.2910 0.1919 0.0000 0.0733 0.1443 0.2042 0.0733 0.0000 0.0868 0.2910 0.1443 0.0868 0.0000 68 ... hiền đề tài ? ?Đánh giá đa dạng di truyền cá Tra chọn giống thị phân tử microsatellite? ?? Nghiên cứu đƣợc hy vọng tạo tiền đề cho nghiên cứu việc đánh giá tính đa dạng di truyền quần thể cá Tra (Pangasianodon... nghĩa 1.1.1 Khái niệm Đa dạng di truyền đa dạng thành phần gen cá thể loài loài khác nhau; đa dạng gene di truyền đƣợc quần thể quần thể Đa dạng di truyền biểu đa dạng biến dị di truyền loài, quần... đa dạng di truyền quần đàn cá Tra Sử dụng cặp mồi chọn để đánh giá đa dạng di truyền tìm hiểu mối quan hệ di truyền quần đàn cá Tra Đồ án tốt nghiệp Nội dung nghiên cứu - Tách chiết DNA mẫu cá