Luận văn thạc sĩ nghiên cứu một số gen liên quan đến khả năng kháng carbapenem của các chủng acinetobacter baumannii

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - LƯU THỊ NGỌC HÂN NGHIÊN CỨU MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN KHẢ NĂNG KHÁNG CARBAPENEM CỦA CÁC CHỦNG Acinetobacter baumannii PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN PHỔI TRUNG ƯƠNG LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - 2019 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - LƯU THỊ NGỌC HÂN NGHIÊN CỨU MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN KHẢ NĂNG KHÁNG CARBAPENEM CỦA CÁC CHỦNG Acinetobacter baumannii PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN PHỔI TRUNG ƯƠNG Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 8420101.07 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS PHẠM BẢO YÊN Hà Nội - 2019 LỜI CẢM ƠN Đầu tiên xin gửi lời cảm ơn chân thành bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Tiến sĩ Phạm Bảo Yên, người trực tiếp giúp đỡ hướng dẫn tơi suốt q trình thực luận văn cao học Xin chân thành cám ơn ln tận tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức để tơi hồn thành luận văn tốt nghiệp Tơi xin gửi lời cảm ơn đến Trường đại học khoa học tự nhiên, cán Phịng Thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzyme Protein, Khoa Vi sinh Bệnh viện Phổi Trung Ương thành viên nhóm nghiên cứu đề tài Q6.17.60 tạo điều kiện môi trường cho thực nghiên cứu Xin cảm ơn bạn sinh viên Phịng Thí nghiệm Enzyme học Phân tích hoạt tính sinh học giúp đỡ nhiều thời gian qua Tôi xin gửi lời cảm ơn đến thầy cô Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên truyền đạt kiến thức quý báu hỗ trợ cho tơi hồn thành chương trình đào tạo thạc sĩ Cuối xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, bạn bè đồng nghiệp Trung tâm kiểm nghiệm Thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm Hà Nội tạo điều kiện, cổ vũ động viên trình học tập thực luận văn Mặc dù cố gắng nỗ lực, luận văn không tránh khỏi thiếu sót hạn chế Rất mong nhận đóng góp từ thầy cơ, nhà khoa học để tơi tiếp tục hồn thiện cơng trình nghiên cứu Một lần nữa, xin chân thành cảm ơn Hà Nội, ngày 09 tháng 12 năm 2019 Học viên Lưu Thị Ngọc Hân DANH MỤC CÁC KÍ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT Viết đầy đủ Chữ viết tắt, ký hiệu A baumannii Acinetobacter baumannii AMEs Aminoglycoside-modifying enzymes CDC Centers for Disease Control and Prevention CTX-M Cefotaxime hydrolyzing capabilities DMSO Dimethyl sulfoxide DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxynucleotide triphosphate ECDC European Centre for Disease Prevention and Control Fw Forward GES Guiana extended spectrum ICU Intensive care unit IMP Imipenemase KPC Klebsiella pneumoniae carbapenemase LAMP Loop-mediated isothermal amplification LPS Lipopolysaccharide MATE Multidrug and toxic compound extrusion MDR Multidrug-resistant MFS Major facilitator superfamily MIC Minimum Inhibitory Concentration OXA Oxacillinase PBP Penicillin-Binding Protein PCR Polymerase Chain Reaction PDR Pandrug-resistant RNA Ribonucleic acid RND Resistance-nodulation-division Rv Reverse SHV Sulfhydryl Variable SIM Seoul Imipenemase SMR Small multidrug resistance TEM Temoneira VAP Ventilator Associated Pneumonia VEB Vietnam extended-spectrum β-lactamase VIM Verona Imipenemase WHO World Health Organization XDR Extensively drug-resistant DANH MỤC HÌNH Hình 1: Các vị trí tác dụng kháng sinh …………………………………………4 Hình 2: Cấu trúc hóa học carbapenem………………………………………….9 Hình 3: Hình ảnh tế bào vi khuẩn A baumannii ………………………………… 12 Hình 4: Hình thái khuẩn lạc mơi trường thạch……………………………13 Hình 5: Các chế kháng kháng sinh A baumannii………………………… 19 Hình 6: Nguyên tắc kỹ thuật multiplex PCR………………………………… 25 Hình 7: Chu trình nhiệt tối ưu phản ứng multiplex PCR…………… 31 Hình 8: Kết phản ứng multiplex PCR…………………………………… 33 Hình 9: Biểu đồ tỷ lệ % gen nghiên cứu………………………………… 34 Hình 10: Tỷ lệ % kháng carbapenem mẫu A baumannii nghiên cứu…….40 Hình 11: Mức độ kháng A baumannii với kháng sinh nhóm beta-lactam 42 Hình 12: Mức độ kháng A baumannii với số kháng sinh khác………… 43 Hình 13: Kết giải trình tự gen OXA-51 với mồi xi so sánh kết giải trình tự với ngân hàng gen………………………………………………… …….47 Hình 14: Mức độ tương đồng nucleotide……………………………………….49 Hình 15: Mức độ tương đồng acid amin……………………………………… 50 DANH MỤC BẢNG Bảng 1: Phân loại kháng sinh theo cấu trúc hóa học……………………………… Bảng 2: Tiêu chuẩn đánh giá mức độ kháng kháng sinh A baumannii…………19 Bảng 3: Bảng danh mục kháng sinh sử dụng làm kháng sinh đồ để đánh giá mức độ nhạy cảm Acinetobacter spp………………………………………… 29 Bảng 4: Trình tự cặp mồi cho gen OXA-23, OXA-51, VIM IMP……… 30 Bảng 5: Các thành phần tham gia phản ứng multiplex PCR……………………… 31 Bảng 6: Thống kê tần suất xuất gen OXA-51 giới Việt Nam.…… 34 Bảng 7: Thống kê tần suất xuất gen OXA-23 giới Việt Nam ……….36 Bảng 8: Tổng hợp tổ hợp gen đích…………………………………………… 39 Bảng 9: Kết PCR kháng sinh đồ mẫu A baumannii…….…………44 Bảng 10: Kết PCR kháng sinh đồ số chủng giải trình tự………….48 Bảng 11: Sự thay đổi nucleotide acid amin so với trình tự tham chiếu………….48 MỤC LỤC MỞ ĐẦU……………………………………………………… ………………….1 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Kháng sinh ………………………………… …………………………… 1.1.1 Định nghĩa kháng sinh phân loại theo cấu trúc hóa học………………… 1.1.2 Cơ chế vị trí tác dụng kháng sinh…………………………………… 1.1.2.1 Ức chế trình sinh tổng hợp protein…….……….…….…………………5 1.1.2.2 Ức chế trình sinh tổng hợp acid nucleic……………… ……………… 1.1.2.3 Kìm hãm trình trao đổi chất…………………………………… … 1.1.2.4 Tác động lên thành tế bào vi khuẩn…………………………………… ……6 1.1.2.5 Tác động lên màng tế bào vi khuẩn……………………………………….…7 1.1.3 Kháng sinh nhóm beta-lactam……………………………………………… 1.1.3.1 Penicilin ………………………………………………………….……… 1.1.3.2 Cephalosporin ………………………………………………………… …8 1.1.3.3 Monobactam…………………………………………………… ……… 1.1.3.4 Carbapenem ………………………………………………………… ……9 1.1.3.5 Nhóm ức chế beta-lactamase…………………………………………… 10 1.1.4 Phối hợp kháng sinh điều trị …………………………………………10 1.2 Vi khuẩn Acinetobacter baumannii………………………… …………….11 1.2.1 Giới thiệu chung vị trí phân loại…………………………………………11 1.2.2 Đặc điểm hình thái, sinh lý - sinh hóa………………………………………12 1.2.3 Dịch tễ học…………………………………………………………… ……13 1.2.4 Thực trạng kháng kháng sinh A baumannii……………………… … 15 1.2.4.1 Trên giới……………………………………………………………… 15 1.2.4.2 Tại Việt Nam……………………………………………………………… 16 1.2.4.3 Các chế kháng kháng sinh A baumannii……………………………17 1.2.4.4 Tần suất xuất gen carbapenemase…………………………………19 1.2.4.5 Tiêu chuẩn đánh giá mức độ kháng kháng sinh A baumannii…………21 1.3 Các phương pháp nghiên cứu A baumannii ………………………….…… 22 1.3.1 Phương pháp nuôi cấy………………………………………………………22 1.3.2 Phương pháp sinh học phân tử………………………………………………24 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tượng nghiên cứu …………………………………………………… 27 2.2 Phương pháp nghiên cứu ………………………………………………….27 2.2.1 Nuôi cấy định danh A baumannii từ mẫu bệnh phẩm ………… ………27 2.2.1.1 Nguyên tắc…………………………………………………………… … 27 2.2.1.2 Hóa chất sinh phẩm……………………………………………………… 27 2.2.1.3 Các bước tiến hành…………………………………………….………… 27 2.2.2 Tách DNA ………………………………………………………… ………28 2.2.3 Kháng sinh đồ ………………………………………………………………28 2.2.4 Multiplex PCR …………………………………………………………… 30 2.2.4.1 Hóa chất, thiết bị ………………………………………………………… 30 2.2.4.2 Tối ưu hóa phản ứng multiplex PCR……………………………………….30 2.2.4.3 Các cặp mồi sử dụng ……………………………………………………….29 2.2.4.4 Thành phần phản ứng………………………………………………………31 2.2.4.5 Chu trình nhiệt …………………………………………………………… 31 2.2.4.6 Điện di …………………………………………………………………… 31 2.2.5 Phân tích kết quả… ………………………………………………….…….32 2.2.5.1 Phân tích trình tự DNA ……………………………… ………………… 32 2.2.5.2 Xử lý số liệu…….…………………………………………… ……… …32 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Tần suất có mặt gen kháng kháng sinh A baumannii Bệnh viện Phổi Trung ương ……….………………………………………….33 3.1.1 Tần suất xuất gen đơn……………………………………………….33 3.1.2 Sự có mặt tổ hợp gen …………………………………………………38 3.2 Phân tích mức độ kháng kháng sinh mẫu A baumannii thu được…39 3.2.1 Khả kháng beta-lactam carbapenem ………………………………… 39 3.2.2 Các nhóm beta-lactam khác ……………………………………………… 41 3.2.3 Các kháng sinh khác……………………………………………………… 42 3.2.4 Đánh giá chung…………………………………………………………… 43 3.3 So sánh kết có mặt gen khả kháng kháng sinh dựa kháng sinh đồ xác định mối liên quan …………………………… ….44 3.4 Phân tích trình tự số mẫu để khẳng định độ xác phương pháp tìm hiểu khác biệt chủng thu số chủng khác giới………………………………………………………………………….47 3.4.1 Phân tích trình tự nhằm khẳng định độ xác phương pháp……….47 3.4.2 Phân tích biến đổi trình tự chủng thu số chủng khác giới……………………………………………………… 48 KẾT LUẬN………………………………… ………………………………… 51 KIẾN NGHỊ VÀ HƯỚNG NGHIÊN CỨU TIẾP THEO……… …………….52 TÀI LIỆU THAM KHẢO…………………………………………………… …53 KẾT LUẬN Kết PCR đa mồi 100 mẫu A baumannii Bệnh viện phổi Trung ương cho thấy chiếm ưu beta-lactamase thuộc phân lớp D với OXA-51 88 % OXA-23 77 % Trong gen thuộc phân lớp B lại xuất với tần suất thấp % IMP có mẫu xuất VIM chiếm tỷ lệ % Tổ hợp hai gen OXA-51 OXA-23 tổ hợp xuất với tỷ lệ cao 68 % Sự vắng mặt gen OXA-23 làm tăng tính nhạy cảm với carbapenem chủng A baumannii nghiên cứu Ít 95 % mẫu A baumannii nghiên cứu chủng đa kháng kháng sinh Tỷ lệ kháng cao kháng sinh thuộc nhóm beta-lactam thử nghiệm bao gồm kháng sinh thuộc nhóm carbapenem, tất 90% A baumannii có tỷ lệ nhạy cảm cao với kháng sinh nằm nhóm tetracycline (26-55%) Phản ứng multiplex PCR tối ưu hóa đảm bảo nhân lên xác vị trí đoạn gen đích Kết giải trình tự đoạn gen OXA-51 tìm điểm khác biệt acid amin so với mẫu tham chiếu Các biến đổi xuất nhiều chủng giới 51 KIẾN NGHỊ VÀ HƯỚNG NGHIÊN CỨU TIẾP THEO Tiếp tục tối ưu hóa kỹ thuật PCR đa mồi phát triển tiếp tục đề tài kỹ thuật nhạy Real-time PCR để có kết xác với mẫu mà nồng độ DNA thấp Mở rộng cỡ mẫu đồng thời nghiên cứu phát gen khác liên quan đến khả kháng kháng sinh A baumannii kết hợp với nghiên cứu chế beta-lactamase 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Anh: Abhisek R, P Lavanya, R Soniya (2013), “Multiplex PCR for genes encoding prevalent OXA and NDM-1 carbapenemases in Acinetobacter”, Journal of pharmacy research, 7(4), pp.324–326 Afsaneh K, Shahin N.P, Ali H.S (2013), “Distribution of OXA-Type Class D βLactamase Genes Among Nosocomial Multi Drug Resistant Acinetobacter baumannii Isolated in Tehran Hospitals”, Jundishapur Journal of Microbiology, 6(5) Aksoy M.D, Çavuşlu Ş, Tuğrul H.M et al (2015), “Investigation of Metallo Beta Lactamases and Oxacilinases in Carbapenem Resistant Acinetobacter baumannii Strains Isolated from Inpatients”, Balkan medicine journal, 32, pp 79-83 Alkasaby N.M, El Sayed Zaki M (2017), “Molecular Study of Acinetobacter baumannii Isolates for Metallo-β-Lactamases and Extended-Spectrum-βLactamases Genes in Intensive Care Unit, Mansoura University Hospital, Egypt.”, International journal of microbiology, 3925868 Anton Y.P, Harald S, David L.P (2008), “Acinetobacter baumannii: Emergence of a Successful Pathogen”, Clinical Microbiology Review, 21(3), pp 538–582 Antunes L.C, Visca P, Towner K.J (2014), “Acinetobacter baumannii: evolution of a global pathogen” Pathogens and Disease, 71(3), pp 292-301 Antunes N.T, Lamoureaux T.L, Toth M et al (2014), “Class D β-lactamases: are they all carbapenemases?”, Antimicrobial agents and chemotherapy, 58(4), pp 2119-2125 Asif M, Alvi I.A, Rehman S.U (2018), “Insight into Acinetobacter baumannii: pathogenesis global resistance, mechanisms of resistance, treatment options, and alternative modalities”, Infection and drug resistance, 11, pp 1249-1260 Benjamin Andrew Evans (2010), Thesis “Significance of the OXA-51-like βlactamases of Acinetobacter baumannii” 10 Biglari S, Alfizah H, Ramliza R, Rahman M.M (2015), “Molecular characterization of carbapenemase and cephalosporinase genes among clinical 53 isolates of Acinetobacter baumannii in a tertiary medical centre in Malaysia”, Journal of Medical Microbiology, 64, pp 53–58 11 Bogaerts P, Naas T, El Garch F et al (2010), “GES Extended-Spectrum betaLactamases in Acinetobacter baumannii Isolates in Belgium”, Antimicrobial agents and chemotherapy, 54(11), pp 4872–4878 12 Brown S, Young H.K, Amyes S.G (2005), “Characterisation of OXA-51, a novel class D carbapenemase found in genetically unrelated clinical strains of Acinetobacter baumannii from Argentina.”, Clinical microbiology and infection, 11(1), pp 15-23 13 Calderon C B & Sabundayo B P (2007), “Antimicrobial classifications: Drugs for bugs”, Antimicrobial susceptibility testing protocols CRC Press, Taylor and Frances group 14 Diene S.M, Rolain J.M (2014), “Carbapenemase genes and genetic platforms in Gram-negative bacilli: Enterobacteriaceae, Pseudomonas and Acinetobacter species.”, Clinical microbiology and infection, 20(9), pp.831-838 15 Dijkshoorn L, Nemec A, Seifert H (2007), “An increasing threat in hospitals: multidrug-resistant Acinetobacter baumannii”, Nature review – Microbiology, 5(12), pp 939-951 16 Ebimieowei E, Ibemologi A (2016), “Antibiotics: Classification and mechanisms of action with emphasis on molecular perspectives”, International Journal of Applied Microbiology and Biotechnology Research, 4, pp 90-101 17 Ellis D, Cohen B, Liu J, Larson E (2015), “Risk factors for hospital-acquired antimicrobial-resistant infection caused by Acinetobacter baumannii”, Antimicrobial Resistance and Infection Control, 4:40 18 Evans B.A, Amyes S.G (2014), “OXA β-Lactamases”, Clinical Microbiology Reviews, 27(2), pp 241-263 19 Evans B.A, Hamouda A, Towner K.J, Amyes S.G (2008), “OXA-51-like betalactamases and their association with particular epidemic lineages of Acinetobacter baumannii.”, 14(3), pp 268-275 54 20 Firoz K (2018), “Antibiotics Classification and Visual Target Sites for Bacterial Inhibition”, Advances in Pharmacology and Clinical Trials, 3, Issue 21 Francesca L, Claudia V, Gianfranco D (2014), “Biofilm formation in Acinetobacter baumannii”, New Microbiologica, 37, pp 119-127 22 Francis S.C, Eric S.D (2018), “Carbapenem Resistance: A Review”, Medical sciences, 6(1) 23 Hasan B, Perveen K, Olsen B, Zahra R (2014), “Emergence of Carbapenem resistant Acinetobacter baumannii in the hospitals from Pakistan”, Journal of Medical Microbiology, 63, pp 50–55 24 Héritier C, Poirel L, Lambert T, Nordmann P (2005), “Contribution of Acquired Carbapenem-Hydrolyzing Oxacillinases to Carbapenem Resistance in Acinetobacter baumannii”, Antimicrobial agents and chemotherapy, 49(8), pp 3198–3202 25 Hou C, Yang F (2015), “Drug-resistant gene of blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 and blaOXA-58 in Acinetobacter baumannii”, International journals of clinical and experimental medicine, 8(8), pp 13859-13863 26 Hsu L.Y, Apisarnthanarak A, Khan E et al (2014), “Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii and Enterobacteriaceae in South and Southeast Asia.” Clinical microbiology reviews, 30(1), pp 1-22 27 Joshi P.R, Acharya M, Kakshapati T et al (2017), “Co-existence of blaOXA-23 and blaNDM-1 genes of Acinetobacter baumannii isolated from Nepal : antimicrobial resistance and clinical significance” , Antimicrobial Resistance and Infection Control, 6:21 28 Kusradze I, Diene S.M, Goderdzishvili M, Rolain J.M (2018), “Molecular detection of OXA carbapenemase genes in multidrug-resistant Acinetobacter baumannii isolates from Iraq and Georgia.”, International journals of antimicrobial agents, 38(2), pp.164-168 29 Lee C.R, Lee J.H, Park M et al (2017), “Biology of Acinetobacter baumannii: Pathogenesis, Antibiotic Resistance Mechanisms, and Prospective Treatment Options”, Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 7:55 55 30 Leite G.C, Oliveira M.S, Perdigão-Neto L.V et al (2016), “Antimicrobial Combinations against Pan-Resistant Acinetobacter baumannii Isolates with Different Resistance Mechanisms.”, PloS One, 11(3) 31 Li P, Niu W1 Li H et al (2015), “Rapid detection of Acinetobacter baumannii and molecular epidemiology of carbapenem-resistant A baumannii in two comprehensive hospitals of Beijing, China.”, Frontier in microbiology, 6:997 32 Lin M.F, Lan C.Y (2014), “Antimicrobial resistance in Acinetobacter baumannii: From bench to bedside”, World J Clin Cases, 2(12), pp 787-814 33 Magiorakos A.P, Srinivasan A, Carey R.B et al (2012), “Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance”, Clinical microbiology and infection, 18(3), pp 268-81 34 Martins N, Picão R.C, Cerqueira-Alves M et al (2016), “A new trilocus sequencebased multiplex-PCR to detect major Acinetobacter baumannii clones”, Infection, Genetics and Evolution, 42, pp.41-45 35 Matthew J.E, James K, David M.L, Woodford N, (2007), “Multiplex PCR for rapid detection of genes encoding acquired metallo-β-lactamases”, Journal of Antimicrobial Chemotherapy, pp 321-322 36 Mohajeri P, Farahani A, Feizabadi M.M et al (2013), “Antimicrobial susceptibility profiling and genomic diversity of Acinetobacter baumannii isolates: A study in western Iran.”, Iranian journal of microbiology, 5, pp 195202 37 Mugnier P.D, Poirel L, Naas T, Nordmann P (2010), “Worldwide dissemination of the blaOXA-23 carbapenemase gene of Acinetobacter baumannii.”, Emerging Infectious Diseases, 16(1), pp 35-40 38 Munita J.M, Arias C.A (2016), “Mechanisms of Antibiotic Resistance”, Microbiology spectrum, 4(2) 39 Neves F.C, Clemente W.T, Lincopan N et al (2016), “Clinical and microbiological characteristics of OXA-23 56 and OXA-143- producing Acinetobacter baumannii in ICU patients at a teaching hospital, Brazil.”, The Brazilian Journal of infectious diseases, 20(6), pp 556–563 40 Novovic K, Mihajlovic S, Vasiljevic Z et al (2015), “Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii from Serbia: revision of CarO classification”, PloS One, 10(3) 41 Nowak P, Paluchowska P, Budak A (2012) “Distribution of blaOXA genes among carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii nosocomial strains in Poland”, New Microbiologica, 35, pp 317-325 42 Perez F, Hujer A.M, Hujer K.M, et al (2007), “Global Challenge of MultidrugResistant Acinetobacter baumannii”, Antimicrobial agents and chemotherapy, 51(10), pp 3471–3484 43 Peters L, Olson L, Khu D.T.K et al (2019), “Multiple antibiotic resistance as a risk factor for mortality and prolonged hospital stay: A cohort study among neonatal intensive care patients with hospital-acquired infections caused by gramnegative bacteria in Vietnam”, PloS One, 14(5) 44 Raible K.M, Sen B, Law N et al (2017), “Molecular characterization of βlactamase genes in clinical isolates of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii.”, Annals of clinical microbiology and antimicrobials,16(1):75 45 Ramadan R.A, Gebriel M.G, Kadry H.M, Mosallem A (2018), “Carbapenemresistant Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa: characterization of carbapenemase genes and E-test evaluation of colistin-based combinations.”, Infection and Drug Resistance, 11, pp 1261-1269 46 Ramette A, Kronenberg A (2018), “Prevalence of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii from 2005 to 2016 in Switzerland”, BMC Infectious Diseases,18(1):159 47 Rolain J.M, Loucif L, Al-Maslamani M et al (2016), “Emergence of multidrugresistant Acinetobacter baumannii producing OXA-23 Carbapenemase in Qatar.”, New Microbes and New Infections, 11, pp 47–51 57 48 Smith C.A, Antunes N.T, Stewart N.K et al (2013), “Structural basis for carbapenemase activity of the OXA-23 β-lactamase from Acinetobacter baumannii.”, Chemistry and biology, 20(9), pp 1107–1115 49 Tan TY, Hsu L.Y, Koh T.H et al (2008), “Antibiotic resistance in gram-negative bacilli: a Singapore perspective.”, Annals of the Academy of Medicine-Singapore, 37, pp 819-825 50 Turton J.F, Woodford N, Glover J et al (2006), “Identification of Acinetobacter baumannii by Detection of the blaOXA-51-like Carbapenemase Gene Intrinsic to This Species”, Journal of clinical microbiology, 44(8), pp 2974-2976 51 Vahaboglu H, Budak F, Kasap M et al (2006), “High prevalence of OXA-51-type class D b-lactamases among ceftazidime-resistant clinical isolates of Acinetobacter spp.: co-existence with OXA-58 in multiple centres”, Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 58, pp 537–542 52 Wang D, Yan D, Hou W et al (2015), “Characterization of blaOxA-23 gene regions in isolates of Acinetobacter baumannii.”, Journal of Microbiology, Immunology and Infection, 48, pp 284-290 53 Woodford N Ellington M J, Coelho J M, Turton J F, et al (2006), “Multiplex PCR for genes encoding prevalent OXA carbapenemases in Acinetobacter spp” International Journal of Antimicrobial Agents, pp 351–353 54 Xie R, Zhang X.D, Zhao Q, Peng B, Zheng J (2018), “Analysis of global prevalence of antibiotic resistance in Acinetobacter baumannii infections disclosed a faster increase in OECD countries”, Emerging Microbes & Infections, 7:31 55 Xin W, Li-Jie Q (2019), “A review on Acinetobacter baumannii”, Journal of Acute Disease, 8(1), pp 16-20 56 Yang Y, Xu Q, Li T et al (2019), “OXA-23 Is a Prevalent Mechanism Contributing to Sulbactam Resistance in Diverse Acinetobacter baumannii Clinical Strains”, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 63(1), 1676-18 58 57 Zhao Y, Hu K, Zhang J et al (2019), “Outbreak of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii carrying the carbapenemase OXA-23 in ICU of the eastern Heilongjiang Province, China.”, BMC Infectious Diseases, 19(1):452 Tài liệu tiếng Việt: 58 Bộ Y tế (2015), “Hướng dẫn sử dụng kháng sinh”, Nhà xuất Y học 59 Bộ Y tế (2017), “Hướng dẫn thực hành xét nghiệm vi sinh lâm sàng”, Nhà xuất Y học 60 Bùi Hồng Giang (2013), “Nghiên cứu đặc điểm vi khuẩn điều trị nhiễm khuẩn bệnh viện khoa Hồi sức tích cực Bệnh viện Bạch Mai 2012”, Luận văn Thạc sĩ Y học, Đại học Y Hà Nội 61 Hà Sơn Bình (2015), “Nhận xét số yếu tố liên quan hiệu điều trị bệnh nhân viêm phổi liên quan đến thở máy”, Luận văn Bác sỹ chuyên khoa cấp 2, Bệnh viện Bạch Mai 62 Huỳnh Hồng Quang (2018), “Nghiên cứu ứng dụng quan kỹ thuật LAMP chẩn đoán phát tác nhân gây bệnh truyền nhiễm”, Viện sốt rét ký sinh trùng côn trùng Quy Nhơn 63 Lê Nữ Xuân Thanh, Lê Thị Ánh Ngọc, Nguyên Thị Nam Liên cộng (2017), “Đặc điểm gen mã hóa Carbapenemase chủng Acinetobacter baumannii kháng thuốc Carbapenem”, Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế, tập 7, số 5, trang 52-57 64 Ngô Thị Hồng Phương, Nguyễn Quốc Hiệu, Cao Hữu Nghĩa cộng (2013), “ Tình hình kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii phát viện Pasteur TP Hồ Chí Minh”, Tạp chí Khoa học ĐHSP TP Hồ Chí Minh, số 47, trang 112-118 65 Nguyễn Đắc Trung, Nguyễn Thị Huyền (2017), “Đặc điểm kháng kháng sinh chủng Acinetobacter baumannii phân lập Thái Nguyên”, Tạp chí Y dược học Quân sự, số 2, trang 40-44 66 Nguyễn Thị Thanh Bình, Vũ Đình Thắng (2014), “Khảo sát đặc điểm đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện bệnh nhân máy điều trị 59 khoa Hồi sức tích cực bệnh viện 115”, Y học TP Hồ Chí Minh, tập 18, phụ số 1, trang 324-329 67 Nguyễn Việt Quang (2013), “Tỉ lệ vi khuẩn kháng thuốc bệnh nhân viêm phổi thở máy phòng hồ sức sau mổ A Bệnh viện Trung ương Huế, Y học thực hành, số 12, trang 36-39 68 Phạm Hùng Vân, Phạm Thái Bình (2013), Kháng sinh- Đề kháng kháng sinh kỹ thuật kháng sinh đồ, vấn đề thường gặp, Nhà xuất Y học 69 Phạm Hùng Vân (2009), PCR real-time PCR - Các vấn đề áp dụng thường gặp, Nhà xuất Y học 70 Phạm Lục (2013), “Khảo sát invitro vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện khoa Hồi sức cấp cứu bệnh viện Phạm Ngọc Thạch năm 2010-2011”, Y học TP Hồ Chí Minh, tập 17, trang 97-104 71 Trần Diệu Linh, “Nghiên cứu mức độ phân tử khả kháng carbapenem số vi khuẩn Gram âm phân lập từ bệnh nhân Bệnh viện Việt Đức Bệnh viện Trung ương Quân đội 108”, Luận án tiến sĩ, Đại học Khoa học tự nhiên 72 Trần Đức Hậu (2007), Hóa Dược – Tập 2, NXB Y Học, Hà Nội 73 Trần Văn Ngọc (2008), “Sự đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện phương pháp điều trị thích hợp giai đọan nay”, Đại học Y dược TP Hồ Chí Minh Trang web 74 World Health Organization: https://www.who.int/news-room/detail/27-02-2017who-publishes-list-of-bacteria-for-which-new-antibiotics-are-urgently-needed 75 Macrogen: https://dna.macrogen.com/eng/ 76 https://www.biomerieux-usa.com/clinical/api 77 https://www.biomerieux-usa.com/clinical/etest 78 http://www.chimicare.org 79 https://www.alamy.com/multi-drug-resistant-acinetobacter-baumanniibacteriacomputer-illustrationabaumannii-is-gram-negativeoxidasenegativeaerobiccoccobacillusit-has-always-been-naturally-resistant-to-multiple- 60 antibioticsit-can-be-especially-resistant-to-penicillin-chloramphenicolit-causesvarious-nosocomial-image283261939.html 80 https://www.microbiologiaitalia.it/batteriologia/acinetobacter-baumannii/ 81 https://catalog.hardydiagnostics.com/cp_prod/content/hugo/acinetobactermedia html 82 https://gentis.com.vn/giai-trinh-tu-bang-phuong-phap-sanger-d39 61 PHỤ LỤC Trình tự nucleotide acid amin mẫu đem giải trình tự gen tham chiếu Trình tự gen protein tương ứng gen OXA-51 tham thiếu ATGAACATTAAAACACTCTTACTTATAACAAGCGCTATTTTTATTTCAGC CTGCTCACCTTATATAGTGACTGCTAATCCAAATCACAGCGCTTCAAAAT CTGATGAAAAAGCAGAGAAAATTAAAAATTTATTTAACGAAGTACACA CTACGGGTGTTTTAGTTATCCAACAAGGCCAAACTCAACAAAGCTATGG TAATGATCTTGCTCGTGCTTCGACCGAGTATGTACCTGCTTCGACCTTCA AAATGCTTAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACCAC AGAAGTATTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTATTCCCAGAATGGGA AAAGGACATGACCCTAGGCGATGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGTT TATCAAGATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAAGGAAGT GAAGCGTGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAAT TTTTGGCTGGTGGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAGTT TGCTTACAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCCAAAAGTCCAA GATGAAGTGCAATCCATGTTATTCATAGAAGAAAAGAATGGAAATAAA ATATACGCAAAAAGTGGTTGGGGATGGGATGTAGACCCACAAGTAGGC TGGTTAACTGGATGGGTTGTTCAGCCTCAAGGAAATATTGTAGCGTTCTC CCTTAACTTAGAAATGAAAAAAGGAATACCTAGCTCTGTTCGAAAAGAG ATTACTTATAAAAGTTTAGAACAATTAGGTATTTTATAG MNIKTLLLITSAIFISACSPYIVTANPNHSASKSDEKAEKIKNLFNEVHTTGVL VIQQGQTQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKW DGQKRLFPEWEKDMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGY GNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQEAQFAYKLANKTLPFSPKVQDEVQSM LFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQVGWLTGWVVQPQGNIVAFSLNLEMK KGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL Trình tự gen protein tương ứng gen OXA-51 mẫu số 24 TAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACTACAGAAGTA TTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTATTCCCAGAATGGGAAAAGAAC ATGACCCTAGGCGATGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGTTTATCAAG ATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAATGAAGTGAAGCGT GTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAATTTTTGGCT GGTGGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAATTTGCTTAC AAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCAAAAAGTCCAAGATGAAG TGCAATCCA NALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEKNMTLGDAMKASAIPVYQDL ARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQEAQFAYKL ANKTLPFSQKVQDEVQS Trình tự gen protein tương ứng gen OXA-51 mẫu số 25 TAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACTACAGAAGTA TTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTATTCCCAGAATGGGAAAAGAAC ATGACCCTAGGCGATGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGTTTATCAAG ATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAATGAAGTGAAGCGT GTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAATTTTTGGCT GGTGGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAATTTGCTTAC AAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCAAAAAGTCCAAGATGAAG TGCAATCCA NALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEKNMTLGDAMKASAIPVYQDL ARRIGLELMSNEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQEAQFAYKL ANKTLPFSQKVQDEVQS Trình tự gen protein tương ứng gen OXA-51 mẫu số 32 TAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACCACAGAAATA TTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTGTTCCCAGAATGGGAAAAGGAC ATGACCCTAGGTGATGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGTTTATCAAG ATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAAGGAAGTGAAGCG TGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAATTTTTGGC TGGTGGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAGTTTGCTTA CAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCAAAAAGTCCAAGATGAA GTGCAATCCA NALIGLEHHKATTTEIFKWDGQKRLFPEWEKDMTLGDAMKASAIPVYQDL ARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQEAQFAYKL ANKTLPFSQKVQDEVQS Trình tự gen protein tương ứng gen OXA-51 mẫu số 35 TAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACCACAGAAGTA TTTAAGTGGGATGGTAAAAAAAGGTTATTCCCAGAATGGGAAAAGGAC ATGACCCTAGGCGATGCCATGAAAGCTTCCGCTATTCCAGTTTATCAAG ATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAGCTCATGTCTAAGGAAGTGAAGCG TGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAATTTTTGGC TGGTGGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAGTTTGCTTA CAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCAAAAAGTCCAAGATGAA GTGCAATCCA NALIGLEHHKATTTEVFKWDGKKRLFPEWEKDMTLGDAMKASAIPVYQDL ARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQEAQFAYKL ANKTLPFSQKVQDEVQS Trình tự gen protein tương ứng gen OXA-51 mẫu số 50 TAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACCACAGAAGTA TTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTATTCCCAGAATGGGAAAAGGAC ATGACCCTAGGCGACGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGTTTATCAAG ATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAAGGAAGTGAAGCG TGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAATTTTTGGC TGGTGGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAATTTGCTTA CAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCCAAAAGCCCAAGATGAA GTGCAATCCA NALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPEWEKDMTLGDAMKASAIPVYQDL ARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQEAQFAYKL ANKTLPFSPKAQDEVQS ... HÂN NGHIÊN CỨU MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN KHẢ NĂNG KHÁNG CARBAPENEM CỦA CÁC CHỦNG Acinetobacter baumannii PHÂN LẬP TẠI BỆNH VIỆN PHỔI TRUNG ƯƠNG Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 8420101.07 LUẬN... mức độ kháng kháng sinh mẫu A baumannii thu Nghiên cứu mối liên quan khả kháng carbapenem với có mặt bốn gen đích mã hóa carbapenemase So sánh kết có mặt gen khả kháng kháng sinh dựa kháng sinh... tài: ? ?Nghiên cứu số gen liên quan đến khả kháng carbapenem chủng Acinetobacter baumannnii phân lập Bệnh viện Phổi Trung ương” với mục tiêu: Thống kê tần suất có mặt gen kháng kháng sinh A baumannii