Thực trạng kháng kháng sinh nhóm betalactam phổ rộng của vi khuẩn đường ruột ở người khỏe mạnh tại một xã, tỉnh hà nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - TRẦN ĐẮC TIẾN THỰC TRẠNG KHÁNG KHÁNG SINH NHÓM BETALACTAM PHỔ RỘNG CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT Ở NGƯỜI KHỎE MẠNH TẠI MỘT XÃ, TỈNH HÀ NAM LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y TẾ CÔNG CỘNG HÀ NỘI – 2021 ii BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - TRẦN ĐẮC TIẾN THỰC TRẠNG KHÁNG KHÁNG SINH NHÓM BETALACTAM PHỔ RỘNG CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT Ở NGƯỜI KHỎE MẠNH TẠI MỘT XÃ, TỈNH HÀ NAM Chuyên ngành: Y tế công cộng Mã số: 62.72.03.01 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y TẾ CÔNG CỘNG Người hướng dẫn khoa học: PGS TS Trần Như Dương TS Nguyễn Thị Phương Liên HÀ NỘI – 2021 iii LỜI CẢM ƠN Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Ban lãnh đạo Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương; Ban lãnh đạo Đơn vị Nghiên cứu Lâm sàng Đại học Oxford Hà Nội; Ban lãnh đạo Sở Y tế Hà Nam; Ban lãnh đạo Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Hà Nam; Trung tâm Đào tạo quản lý khoa học; Khoa Vi khuẩn Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; Phòng Kháng kháng sinh Phòng Vi khuẩn đường ruột - Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; Tạp chí Y học dự phịng Thầy, Cơ giáo tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ q trình học tập hồn thiện luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Trần Như Dương Ts Nguyễn Thị Phương Liên thầy, cô trực tiếp hướng dẫn, động viên khích lệ, tận tình giúp đỡ định hướng tơi suốt thời gian học tập, nghiên cứu thực luận án Tôi gửi lời cảm ơn chân thành đến TS Trần Huy Hồng Phó trưởng khoa Vi khuẩn, Trưởng phòng xét nghiệm Kháng kháng sinh tạo điều kiện, đóng góp ý kiến quý báu để tơi hồn thành luận án Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới người dân, lãnh đạo Đảng ủy, UBND xã Thanh Hà, Thanh Liêm, Hà Nam ủng hộ tơi suốt q trình nghiên cứu, để có số liệu trung thực luận án Cuối tơi xin cảm tạ tình cảm vơ bờ bến gia đình, bạn bè, đồng nghiệp giúp đỡ động viên ngày tháng học tập nghiên cứu Hà Nội, ngày tháng năm 2021 Nghiên cứu sinh Trần Đắc Tiến iv LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu với hợp tác đồng nghiệp đồng ý cho công bố luận án này, kết nêu luận án trung thực chưa công bố cơng trình khác Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm lời cam đoan Tác giả NCS Trần Đắc Tiến v DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT A baumani Acinetobacter baumanii AK Amikacin ADN Acid Deoxyribonucleic ANSORP Asian Network for Surveillance of Resistant Pathogens (Mạng lưới Châu Á giám sát tác nhân gây bệnh kháng thuốc) ARN Ribonucleic acid B cereus Bacillus cereus CAZ Ceftazidime CIP Ciprofloxacin CS Colistin CTX Cefotaxime DDD Liều xác định hàng ngày (Defined Daily Dose) E coli Escherichia coli ECDC Trung tâm phòng chống bệnh tật châu Âu (European Centre for Disease Control) ESBL Men beta-lactamase phổ rộng Extended-spectrum-β-lactamase GARP Global Antibiotic Resistance Partnership (Hợp tác toàn cầu kháng kháng sinh) GM Gentamicin GyrA DNA gyrase subunit A Đột biến gen A GyrB DNA gyrase subunit B Đột biến gen B vi IMP Imipenem INH Isoniazid K pneumoniea Klebsiella pneumoniea KKS Môi trường Luria-Bertani LB Meropenem MEM MRSA Kháng kháng sinh chủng S aureus kháng methicillin (Methicillin resistant – Staphylococcus aureus) Men New Delhi Metallo-β-lactamases-1 NDM-1 NIHE P aeruginosa ParC PAS PCR Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Pseudomonas aeruginosa DNA topoisomerase IV para aminosalisylic acid Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) Pulsed-field gel electrophoresis PFGE (Kỹ thuật điện di xung trường) Random amplified polymorphic DNA- PCR fingerprinting RAPD-PCR RFLPA Phân tích đa dạng chiều dài đoạn cắt giới hạn Restriction fragment length polymorphism Canh thang Trypto casein soy broth TSB VK VK KKS VKĐR WHO Vi khuẩn Vi khuẩn kháng kháng sinh Vi khuẩn đường ruột Tổ chức Y tế Thế giới World Health - Organization vii MỤC LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG xi ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Kháng kháng sinh vấn đề y tế công cộng 1.1.1 Khái niệm kháng kháng sinh 1.1.2 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn 1.1.3 Tác động kháng kháng sinh tới sức khỏe cộng đồng 1.2 Thực trạng kháng kháng sinh nhóm β-lactam nhóm vi khuẩn đường ruột 1.2.1.Thực trạng kháng kháng sinh chung giới Việt Nam 1.2.2 Thực trạng kháng kháng sinh nhóm β- lactam phổ rộng nhóm vi khuẩn đường ruột 17 1.2.3 Thực trạng kháng kháng sinh nhóm β - lactam phổ rộng nhóm vi khuẩn đường ruột giới Việt Nam 20 1.3 Một số yếu tố liên quan đến tình trạng kháng kháng sinh lan truyền vi khuẩn mang gen kháng kháng sinh 25 1.3.1 Các yếu tố liên quan đến tình trạng kháng kháng sinh vi khuẩn 25 1.3.2 Sự lan truyền vi khuẩn đường ruột kháng kháng sinh 30 1.3.3 Đặc điểm sinh học phân tử vi khuẩn đường ruột kháng kháng sinh nhóm β-lactam phổ rộng 32 1.4 Chiến lược phòng chống vi khuẩn kháng kháng sinh 35 1.4.1 Chiến lược phòng chống vi khuẩn kháng kháng sinh giới 35 viii 1.4.2 Chiến lược phòng chống vi khuẩn kháng kháng sinh Việt Nam 37 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40 2.1 Đối tượng nghiên cứu 40 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu mục tiêu 2: 40 2.1.2 Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 3: 40 2.2 Địa điểm nghiên cứu: 41 2.3 Thời gian nghiên cứu 42 2.4 Phương pháp nghiên cứu 42 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu .42 2.4.2 Cỡ mẫu nghiên cứu .42 2.4.3 Cách chọn mẫu nghiên cứu 44 2.5 Phương pháp công cụ thu thập số liệu 49 2.5.1 Phương pháp thu thập thông tin 49 2.5.2 Phương pháp thu thập mẫu xét nghiệm .49 2.5.3 Các tiêu chuẩn áp dụng nghiên cứu 50 2.5.4 Các công cụ thu thập thông tin 51 2.5 Các kỹ thuật xét nghiệm 51 2.6 Các nhóm số nghiên cứu 53 2.6.1 Các số mục tiêu 53 2.6.2 Các số mục tiêu 54 2.6.3 Các số nghiên cứu mục tiêu 56 2.7 Quản lý phân tích số liệu 56 2.8 Sai số cách khống chế sai số 58 2.8.1 Các sai số gặp phải 58 2.8.2 Cách khống chế sai số 58 2.9 Đạo đức nghiên cứu 58 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 60 ix 3.1 Thực trạng người khỏe mạnh mang VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, tỉnh Hà Nam, 2015 3.2 Một số yếu tố liên quan đến tình trạng người khỏe mạnh mang VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, tỉnh Hà Nam, 2015 70 3.2.1 Mối liên quan số yếu tố tình trạng người khỏe mạnh cộng đồng mang VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng 3.2.2 Mối liên quan số yếu tố với tình trạng người khoẻ mạnh cộng đồng mang VKĐR KKS cephalosprin hệ 3.3 Một số đặc điểm sinh học phân tử VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng phân lập điểm nghiên cứu CHƯƠNG BÀN LUẬN 4.1 Thực trạng người khỏe mạnh mang VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, tỉnh Hà Nam, 2015 4.2 Một số yếu tố liên quan đến tình trạng người khỏe mạnh mang VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, tỉnh Hà Nam, 2015 109 4.3 Một số đặc điểm sinh học phân tử VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng phân lập điểm nghiên cứu 4.3.1 Tỷ lệ kiểu gen từ chủng VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng phân lập từ mẫu thu thập điểm nghiên cứu 4.3.2 Tỷ lệ tương đồng kiểu gen chủng VKĐR KKS cephalosprin hệ phân lập mẫu thu thập điểm nghiên cứu 4.4 Điểm mạnh hạn chế nghiên cứu KẾT LUẬN x Thực trạng người khỏe mạnh mang vi khuẩn đường ruột kháng kháng sinh nhóm β- lactam phổ rộng xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, tỉnh Hà Nam, 2015 127 Một số yếu tố liên quan đến tình trạng người khỏe mạnh mang VKĐR KKS nhóm β- lactam phổ rộng xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, tỉnh Hà Nam, 2015 127 Một số đặc điểm sinh học phân tử vi khuẩn đường ruột kháng kháng sinh nhóm β-lactam phổ rộng phân lập điểm nghiên cứu KIẾN NGHỊ DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CƠNG BỐ CĨ LIÊN QUAN ĐẾN ĐỀ TÀI LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC B32 kháng sinh 161 Trong tháng vừa B33 Chị h có bị ốm khơng Nếu có, đưa người bệnh B34 đến đâu để khám dùng thuốc điều trị Nếu phải nằm viện có thực B35 khơng B36 Nếu phải nằm viện thời gian nằm điều trị? Khi B37 A nhà Anh Chị bị Ho có dùng kháng sinh khơng B38 B39 Nếu có, tên kháng sinh dùng Nếu có, thời gian dùng Khi B40 nhà Anh Chị bị Sốt có dùng kháng sinh khơng B41 Nếu dùng A B42 B43 B44 Nếu có, thời gian dùng Khi Anh, Chị người nhà Anh Chị bị đường hóa có dùng kháng sinh khơng Nếu 162 dùng B45 Nếu có, thời gian dùng Khi Anh, Chị người nhà Anh Chị bị B46 thương bị đau xương khớp có dùng kháng sinh khơng B47 B48 Nếu có, tên kháng dùng Nếu có, thời gian dùng Họ tên cán vấn:……………………………………………… 163 PHỤ LỤC 4: DANH SÁCH NGƯỜI THAM GIA NGHIÊN CỨU STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 164 STT 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 165 STT 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 Mã số H114-S02 H114-S03 H114-S04 H114-S05 H117-S01 H117-S02 H117-S05 H119-S03 H119-S04 H119-S05 H119-S06 H127-S01 H127-S02 H130-S01 H130-S02 H130-S04 H131-S01 H131-S02 H131-S04 H136-S01 H136-S02 H136-S03 H136-S04 H137-S01 H137-S02 H137-S03 H137-S04 H138-S01 H138-S02 H142-S01 H142-S02 H142-S03 H142-S04 H144-S02 H144-S03 H144-S04 H145-S01 H145-S02 H145-S03 166 STT 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 167 STT 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 168 STT 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 169 STT 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 170 PHỤ LỤC 4: Biểu mẫu theo dõi thu thập mẫu nghiên cứu Mẫu phân người Mã cá STT nhân S[ | ] S[ | ] S[ | ] S[ | ] Theo dõi lấy mẫu thực phẩm Hộ gia Loại thực phẩm đình □ Rau và/hoặc rau sống □ Thịt và/hoặc cá 171 Theo dõi lấy mẫu nước ăn uống /nước sinh hoạt Loại mẫu nước ( [ [ [ Theo dõi lấy mẫu phân động vật nuôi Loại mẫu phân động vật Ngày (ngày/th [ | ]/[_ [ | ]/[_ 172 ... Y TẾ VI? ??N VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* - TRẦN ĐẮC TIẾN THỰC TRẠNG KHÁNG KHÁNG SINH NHÓM BETALACTAM PHỔ RỘNG CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT Ở NGƯỜI KHỎE MẠNH TẠI MỘT XÃ, TỈNH HÀ NAM Chuyên... trạng kháng kháng sinh nhóm β-lactam nhóm vi khuẩn đường ruột 1.2.1 .Thực trạng kháng kháng sinh chung giới Vi? ??t Nam 1.2.2 Thực trạng kháng kháng sinh nhóm β- lactam phổ rộng nhóm. .. cộng đồng Vi? ??t Nam Chính cần thiết ý nghĩa thực tiễn nêu thực đề tài nghiên cứu ? ?Thực trạng kháng kháng sinh nhóm Betalactam phổ rộng vi khuẩn đường ruột người khỏe mạnh xã, tỉnh Hà Nam? ?? thực với