Nghiên cứu di truyền quần thể cá sặc bướm (trichoppdus trichopterus) ở lưu vực sông mekong

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC & MÔI TRƯỜNG 0o0 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP NGHIÊN CỨU DI TRUYỀN QUẦN THỂ CÁ SẶC BƯỚM (Trichopodus trichopterus) Ở LƯU VỰC SÔNG MEKONG Giảng viên hướng dẫn : TS Đặng Thúy Bình Sinh viên thực : Nguyễn Thị Vân Anh Mã số sinh viên : 56131358 Khánh Hịa – 2018 TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VIỆN CƠNG NGHỆ SINH HỌC & MÔI TRƯỜNG BỘ MÔN SINH HỌC 0o0 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP NGHIÊN CỨU DI TRUYỀN QUẦN THỂ CÁ SẶC BƯỚM (Trichopodus trichopterus) Ở LƯU VỰC SÔNG MEKONG GVHD : TS Đặng Thúy Bình SVTH : Nguyễn Thị Vân Anh MSSV : 56131358 Khánh Hòa, tháng 07/2018 LỜI CAM ĐOAN Em xin cam đoan cơng trình nghiên cứu thân em thực hiện, hướng dẫn TS Đặng Thúy Bình th ̣c Viện Cơng nghệ Sinh ho ̣c Môi trường, Trường Đại ho ̣c Nha Trang chưa công bố cơng trình khoa ho ̣c khác thời điểm Các số liệu luận văn trung thực mô ̣t phần dự án PEER 100 “Xây dựng mạng lưới nghiên cứu đa dạng sinh học di truyền sông Mekong (Building a Mekong River Genetic Biodiversity Research Network)” TS Đặng Thúy Bình đồng chủ trì Nha Trang, ngày 13 tháng năm 2018 Sinh viên Nguyễn Thị Vân Anh i LỜI CẢM ƠN Trong q trình học tập hồn thành đồ án tốt nghiệp trường em nhận nhiều giúp đỡ quý báu từ gia đình, quý thầy cô bạn bè Em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến giúp đỡ Lời đầu tiên, em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành sâu sắc đến TS Đặng Thúy Bình (Viện Cơng nghệ Sinh ho ̣c Môi trường, Trường Đại ho ̣c Nha Trang) tận tình giúp đỡ hướng dẫn tơi suốt q trình thực đề tài Em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến NCS Vũ Đặng Hạ Quyên (Viện Công nghệ Sinh ho ̣c Mơi trường), Ths Đồn Vũ Thịnh (Khoa Cơng nghệ Thông tin), Ths Trương Thị Oanh Ths Trần Quang Sáng (Viện Công nghệ Sinh học Môi trường) nhiệt tình hỗ trợ giúp đỡ để em hồn thành tốt đồ án tốt nghiệp Em xin gửi lời cảm ơn đến quý thầy cô giáo viện Công nghệ Sinh ho ̣c Môi trường tận tâm giảng dạy, truyền đạt kiến thức chuyên ngành cho em suốt trình ho ̣c tập Em xin cảm ơn dự án PEER - 100 “Xây dựng mạng lưới nghiên cứu đa dạng sinh học di truyền sông Mekong (Building a Mekong River Genetic Biodiversity Research Network)” USAID tài trợ cung cấp kinh phí hỗ trợ cho em thực nghiên cứu Cuối cùng, em xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, người thân bạn bè ln bên cạnh giúp đỡ suốt trình học tập Do thời gian kiến thức hạn chế nên đồ án tốt nghiệp em tránh khỏi thiếu sót, em mong nhận đóng góp ý kiến quý thành viên Hô ̣i đồng để đồ án hoàn thiện Em xin chân thành cảm ơn! Sinh viên Nguyễn Thị Vân Anh ii TĨM TẮT Lưu vực sơng Mekong với tổng diện tích 795000 km2 chảy qua sáu nước gồm Trung Quốc, Myanmar, Lào, Thái Lan, Campuchia Việt Nam Sông Mekong biế t đế n với đa dạng sinh học cao đứng thứ sau sông Amazon ở Nam Mỹ với khoảng 1200 loài cá đại diện cho nhiều họ, đa dạng mặt hình thái tập tính.Tuy nhiên, đa dạng sinh ho ̣c lưu vực sông Mekong phải đối mặt với thách thức từ bùng nổ dân số, khai thác mức, ô nhiễm nguồn nước, hoạt động thủy điện biến đổi khí hậu Nghiên cứu thu mẫu cá sặc bướm Trichopodus trichopterus Pakse (Lào), Kratie (Campuchia), Vĩnh Long – ĐBSCL Đak Lak - lưu vực sông Serepok (Việt Nam) Nghiên cứu áp dụng phương pháp ezRAD sử dụng kỹ thuật giải trình tự hệ để phát thị phân tử SNPs nghiên cứu di truyền quần thể cá sặc bướm Từ khảo sát cấu trúc kết nối/phân tách quần thể cá sặc bướm hạ lưu sông Mekong Nghiên cứu thu 156 thư viện DNA quần thể cá sặc bướm T trichopterus khu vực nghiên cứu Sau xây dựng hệ gen tham chiếu so sánh, nghiên cứu phát 46443 SNPs thô Sau bước sàng lo ̣c thu 1508 SNPs mang ý nghĩa di truyền 138 cá thể Sự khác biệt di truyền có ý nghĩa thống kê quần thể Pakse, Kratie, Vĩnh Long Đak Lak ghi nhận Trong đó, quần thể Pakse Vĩnh Long thể phân tách rõ rệt (FST = 0,23552; p