Tóm tắt luận án Tiến sĩ Sinh học: Xác định và phân tích hoàn chỉnh trình tự hệ gen ty thể của 6 giống lợn bản địa tại một số tỉnh Miền Bắc Việt Nam

Mục tiêu của đề tài: Thu được dữ liệu hoàn chỉnh hệ gen ty thể của 6 giống lợn bản địa Việt Nam (lợn Ỉ, lợn Móng Cái, lợn Mường Lay, lợn Hương, lợn Mường Khương và lợn Hạ Lang) và đăng ký trên Ngân hàng gen; xác định thành phần, cấu trúc hệ gen ty thể, so sánh sự sai khác trình tự, xác định đặc điểm di truyền đặc trưng của sáu giống lợn bản địa trên, qua đó đóng góp vào cơ sở dữ liệu phục vụ công tác nhận dạng và bảo tồn.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Bùi Anh Tuấn XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH HỒN CHỈNH TRÌNH TỰ HỆ GEN TY THỂ CỦA GIỐNG LỢN BẢN ĐỊA TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã sỗ: 94 20 20 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội - Năm 2020 Cơng trình hồn thành tại: Học viện Khoa học Công nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Người hướng dẫn khoa học 1: GS TS Nghiêm Ngọc Minh Người hướng dẫn khoa học 2: PGS TS Võ Thị Bích Thủy Phản biện 1: … Phản biện 2: … Phản biện 3: … Luận án bảo vệ trước Hội đồng đánh giá luận án tiến sĩ cấp Học viện, họp Học viện Khoa học Công nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam vào hồi … ’, ngày … tháng … năm 20… Có thể tìm hiểu luận án tại: - Thư viện Học viện Khoa học Công nghệ - Thư viện Quốc gia Việt Nam MỞ ĐẦU Tính cấp thiết luận án Trong điều kiện chăn nuôi tại, giống lợn địa bị giảm dần số lượng, nguồn gen quý địa phương quốc gia, số giống bị tuyệt chủng đứng bờ tuyệt chủng Cho đến nay, chưa có cơng trình nghiên cứu khoa học đầy đủ hệ gen giống lợn địa Việt Nam, qua làm sáng tỏ nguồn gốc quan hệ phát sinh chủng loại, nhằm phục vụ cho công tác bảo tồn nguồn tài nguyên quý Việc xây dựng sở liệu phân tử nguồn gen giống lợn chưa tiến hành khai thác cách đầy đủ Từ vấn đề cấp bách nêu trên, tiến hành nghiên cứu đề tài: “Xác định phân tích hồn chỉnh trình tự hệ gen ty thể giống lợn địa số tỉnh Miền Bắc Việt Nam" Mục tiêu nghiên cứu luận án - Thu liệu hoàn chỉnh hệ gen ty thể giống lợn địa Việt Nam (lợn Ỉ, lợn Móng Cái, lợn Mường Lay, lợn Hương, lợn Mường Khương lợn Hạ Lang) đăng ký Ngân hàng gen - Xác định thành phần, cấu trúc hệ gen ty thể, so sánh sai khác trình tự, xác định đặc điểm di truyền đặc trưng sáu giống lợn địa trên, qua đóng góp vào sở liệu phục vụ công tác nhận dạng bảo tồn - Xác định mối quan hệ di truyền, nhận định nguồn gốc, phát sinh chủng loại giống lợn địa Việt Nam Các nội dung nghiên cứu luận án - Điều tra, khảo sát giống, nơi cư trú, thu thập mẫu máu của sáu giống lợn địa nghiên cứu - Giải trình tự tồn hệ gen ty thể sáu giống lợn địa Lắp ráp, xác định trình tự hồn chỉnh toàn hệ gen ty thể giải - Phân tích thành phần, cấu trúc hệ gen - Nghiên cứu đa hình trình tự, so sánh trình tự hệ gen ty thể giống lợn với số giống lợn Châu Á, Châu Âu - Xây dựng phát sinh chủng loại dựa trình tự vùng D-loop trình tự hồn chỉnh hệ gen ty thể, phân tích mối quan hệ nguồn gốc phát sinh chủng loại giống lợn địa số giống lợn khác giới Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Nguồn gốc, phân loại q trình hóa lợn nhà Tổ tiên xa xưa lợn lợn rừng, săn bắn để cung cấp thực phẩm cho sống người nguyên thủy Tất giống lợn coi dạng Sus scrofa domestica Các chứng phát sinh chủng loại địa lý cho thấy trình hóa lợn diễn nhiều lần nhiều nơi giới Có quan điểm cho tổ tiên lợn ngày xác định lợn rừng nguyên thủy quê hương chúng vùng Đông Nam Á 1.2 Ứng dụng hệ gen ty thể nghiên cứu phát sinh chủng loại, xác định nguồn gốc Xác định mối quan hệ phát sinh chủng loại nhờ trình tự mtDNA dựa ngun lý: thơng tin q trình tiến hóa thu qua phân tích liệu trình tự mtDNA sử dụng rộng rãi để nghiên cứu phát sinh chủng loại với lý sau: Thứ nhất, tiến hóa mtDNA động vật có vú diễn trước hết từ thay cặp nucleotide, mà xảy tái xếp phần hệ gen Thứ hai, tốc độ tiến hóa mtDNA cho nhanh gấp 10 lần so với DNA nhân Thứ ba, mtDNA di truyền theo dòng mẹ, đơn bội không xảy tái tổ hợp 1.3 Phát sinh chủng loại phân tử, xây dựng phân tích phát sinh chủng loại phân tử 1.3.1 Cây phát sinh chủng loại Cây phát sinh chủng loại biểu đồ hình nhánh biểu diễn mối quan hệ tiến hóa thực thể sinh vật, nêu lên giả thuyết sinh vật có quan hệ họ hàng với Hình học tơ-pơ xác định mối quan hệ thực thể đại diện phát sinh Chiều dài nhánh phản ánh mức độ quan hệ đối tượng Chỉ nhánh nối hai nút Các nút đại diện cho đơn vị phân loại (các taxon mà cụ thể trình tự DNA protein), nút giao điểm hay điểm tận hai nhiều nhánh Một đơn vị phân loại hoạt động (OTU) taxon có có mặt nút ngồi hay cịn gọi 1.3.2 Phân tích phát sinh chủng loại Phân tích phát sinh chủng loại phân tử chia làm năm bước: (1) Thu nhận trình tự, lựa chọn trình tự: thu nhận trình tự từ sở liệu bao gồm hàng ngàn họ protein sinh vật nhân thực, hay kết từ cơng cụ BLAST (2) Dóng hàng đa trình tự: Sử dụng phép dóng hàng đa trình tự nhóm trình tự tương đồng (homologous) (3) Lựa chọn mơ hình thay chuỗi DNA amino acid: Đây mơ hình mơt tả các thức thay đơn phân trình tiến hóa (4) Xây dựng cây: Có bốn phương pháp để dựng cây: dựa vào khoảng cách, maximum parsimony, maximum likelihood suy luận Bayes Phương pháp Bayes giúp suy luận dựa mơ hình để phân tích phát sinh chủng loại MrBayes lượng giá phân bố xác suất tiên nghiệm, khả tạo thỏa mãn liệu quan sát (5) Phân tích phát sinh chủng loại: Tính xác đánh giá phân tích bootstrap Bootstrap mơ tả độ mạnh hình học tơ-pơ Việc xác định gốc giúp đánh giá tổng thể chiều hướng biến đổi Có thể xác định gốc dựa vào trung điểm nhờ nhóm đối chứng Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tượng địa điểm nghiên cứu Các cá thể lợn thuộc giống lợn địa Việt Nam (Ỉ, Móng Cái, Mường Khương, Mường Lay, Hương Hạ Lang) lựa chọn ngẫu nhiên đàn lợn số địa phương: Điện Biên, Lào Cai, Cao Bằng, Hải Phòng Thanh Hóa 2.2 Phương pháp nghiên cứu 2.3.1 Phương pháp điều tra dựa đặc điểm ngoại hình lợn Quan sát bên ngồi vật nhóm tiêu màu sắc lơng, da nhóm tiêu đánh giá hình dạng, đặc điểm phận thể lợn, đo đạc khối lượng, số: dài thân, vịng ngực cao vai Tiêu chí đánh giá đối chiếu với Át lát Các giống vật nuôi Việt Nam Chuyên khảo Bảo tồn khai thác nguồn gen vật Nuôi Việt Nam 2.3.2 Xác định trình tự hệ gen ty thể Tách chiết DNA, khuếch đại phân đoạn mtDNA PCR, giải trình tự hệ gen ty thể phương pháp phân đoạn (shotgun) theo nguyên lý Sanger 2.3.3 Nhóm phương pháp lắp ráp, dóng hàng trình tự, dự đốn giải hệ gen 2.3.3.1 Lắp ráp hệ gen Dữ liệu trình tự đánh giá chỉnh sửa phần mềm BioEdit v7.2.5 Các đoạn contig thu từ trình cắt gọt ghép nối lại dựa phần trình tự gối lên hai đầu đoạn phần mềm DNA Dragon v1.6.0 (SequentiX) phần mềm EditSeq (DNASTAR) 2.3.3.2 Dóng hàng đa trình tự Các trình tự vùng D-loop trình tự vùng mã hóa hệ gen ty thể vừa lắp ráp tách riêng Các đoạn trình tự lặp ngắn trước sau 5' -CGTGCGTACA-3' xác định số lượng đơn vị lặp loại bỏ Trình tự hệ gen ty thể giống lợn giới dóng hàng đa trình tự, sử dụng thuật tốn MUSCLE Xác định mơ hình tiến hóa thích hợp phần mềm MEGA7 2.3.3.3.Phân tích, giải hệ gen Phân tích giải hệ gen gen tRNA giống lợn địa Việt Nam công cụ trực tuyến Dogma Mitos Web Server Tất giải kiểm tra công cụ BLAST GenBank 2.3.4 Phân tích trình tự phương pháp xác định mức độ tương đồng trình tự Với trình tự thu được, chúng tơi tiến hành phân tích số tỷ lệ bất đối xứng loại nucleotide phần trăm loại nucleotide sử dụng phần mềm DAMBE v6.3.17 (http://dambe.bio.uottawa.ca/), với hai số độ lệch: GC skew AT skew tính tốn dựa theo cơng thức sau: 2.3.5 Phương pháp xây dựng phân tích chủng loại phát sinh 2.3.5.1 Khoảng cách tiến hóa Khoảng cách p (p-distance) cặp trình tự tính tốn sử dụng thuật tốn hai thơng số Kimura phần mềm MEGA 2.3.5.2 Phân tích phát sinh chủng loại Trình tự vùng Dloop tồn vùng mã hóa hệ gen ty thể sử dụng riêng biệt làm liệu đầu vào để dựng phát sinh chủng loại tương ứng Phương pháp Bayes sử dụng phần mềm BEAST v1.8.3, thiết lập Yule process MCMC 10000000 để tính tốn xác suất hậu nghiệm Cây tối thích tìm phần mềm Tree Annotater v.1.8.4 Gốc xác định phương pháp sử dụng nhóm đối chứng (out - group Kiểm tra thứ tự phân nhánh tính xác phân tích bootstrap sau 1000 lần lặp lại Cuối cùng, phần mềm Figure Tree v1.4.2 sử dụng để đọc tệp tin kết xuất xây dựng phát sinh chủng loại Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Chọn lựa, thu thập mẫu Tính đến Việt Nam, để nhận diện giống lợn địa nhà chọn giống chưa có sở liệu phân tử mà chủ yếu tiêu đặc điểm hình thái cơng bố phê chuẩn Để đảm bảo độ tin cậy việc thu mẫu phục vụ nghiên cứu, tiến hành khảo sát đặc điểm ngoại hình dựa nhóm tiêu là: (1) Đặc điểm lơng, da; (2) tầm vóc, khối lượng (3) hình dáng thể, số lượng núm vú a Nhóm tiêu đặc điểm lông da Ở giống Mường Lay, qua quan sát thấy phân bố màu sắc lông da thường kèm theo với số tiêu ngoại hình để tạo thành phân nhóm nhỏ (gọi tên: nhóm A+) Số lượng cá thể lợn quan sát màu sắc lơng da phân vào nhóm A+, A B theo thứ tự giảm dần tiêu đặc trưng giống Chỉ cá thể có đầy đủ tiêu giống (nhóm A A+) chọn lựa để sàng lọc nhóm tiêu Bảng 3.1 Kết khảo sát đặc điểm lông, da giống lợn địa Đặc điểm màu sắc lông da Tổng số N Nhóm % Lợn Ỉ Lơng thưa, thơ Lơng, da đen khơng bóng 9 A 100 100 82 B 82,0 18 A 18,0 77 B 77,0 23 A 23,0 22 B 57,8 16 A 42,1 13 B 31,7 28 A 68,3 35 B 50,0 - Có thêm đốm trắng chân, trán, đuôi, lưng thẳng, đầu núm vú cách mặt 10-15 cm A 11,4 - Có thêm lưng võng, bụng sệ, đầu núm vú không sa sệ 27 A+ 38,5 Lợn Móng Cái - Thân lang đen trắng, đầu đen, tiếp giáp lơng đen trắng có khoảng mờ - Thân lang đen trắng, đầu đen trán có đốm trắng, tiếp giáp lơng đen trắng có khoảng mờ Lợn Mường Khương - Màu sắc lông da đen tuyền Lông thưa mềm 100 - Màu sắc lông da đen tuyền đen có đốm trắng đầu đuôi chân, lông thưa mềm Lợn Hương - Thân chân trắng, có mảng lơng da màu đen mông da đầu Phần tiếp giáp đen trắng rộng khoảng 2-3 cm, da đen, lơng trắng 38 - Có thêm đặc điểm: trán có điểm trắng, bốn chân có mầu trắng Lợn Hạ Lang - Bụng trắng có dải trắng vắt vai có dải đen gần giống yên ngựa - 41 Có thêm đặc điểm: Giữa trán có điểm trắng gần giống hình nêm Lợn Mường Lay - Đen tuyền, lưng thẳng, đầu núm vú cách mặt đất 10-15cm 70 (N: Số cá thể lựa chọn có đặc điểm màu sắc lông da phù hợp với Át lát; %: phần trăm cá thể có đặc điểm phù hợp tổng số cá thể quan sát) Chỉ cá thể nhóm A A+ chọn lựa để tiến hành khảo sát nhóm tiêu chí tầm vóc, khối lượng b Đặc điểm kích thước chiều đo khối lượng Bảng 3.2 Kết khảo sát khối lượng kích thước giống lợn địa Khối lượng Dài thân Vòng ngực Cao vai ± SD 40,34 ± 0,92 51,47 ± 0,32 40,55 ± 0,22 42,68 ± 042 52,64 ± 0,92 40,43 ± 0,95 ± SD 85,76 ± 1,32 92,41 ± 1,35 86,73 ± 1,33 87,12 ± 1,33 93,94 ± 1,32 85,71 ± 1,38 ± SD 83,93 ± 1,44 90,77 ± 1,46 81,31 ± 1,42 84,34 ± 1,43 90,52 ± 1,46 83,97 ± 1,46 ± SD 39,58 ± 0,91 45,25 ± 0,93 42,56 ±0,36 43,68 ±0,98 46,14 ±0,96 43,25±0,94 Giống lợn Ỉ Móng Cái Hương Hạ Lang Mường Khương Mường Lay (ĐVT: Khối lượng: Kg; kích thước: cm) : Trị số trung bình ± SD: độ lêch chuẩn Kết cho thấy 100% cá thể khảo sát nhóm tiêu tầm vóc kích thước thể mang đặc điểm đặc trưng giống c Khảo sát nhóm tiêu hình dáng thể Bảng 3.3 Khảo sát đặc điểm hình dáng thể giống lợn địa Đặc điểm hình dáng thể (số lượng núm vú) Tổng số N % 9 100 18 15 83,3 Lợn Ỉ - Đầu to vừa phải, trán gần phẳng, mặt nhăn, nọng cổ má chảy sệ béo, mõm ngắn, - Bụng sệ, thân, chân dài cao so với lợn Ỉ Mỡ Lợn Móng Cái - Đầu to, mõm nhỏ dài, tai nhỏ nhọn, có nếp nhăn to ngắn miệng 11 giống lợn địa Việt Nam với giống lợn khác giới bảng 3.6 Bảng 3.6 Thành phần trình tự nhóm lợn giới Khu vực Giống lợn Ỉ Móng Cái Lợn Hạ Lang địa Hương Việt Nam Mường Khương Mường Lay Jeju Korean native pig Đông WB-China Bắc Á northeast WB-Japan WB-Korea Sơng Bamei Hồng Huzu Hà Berkshire Duroc Khu vực Hampshire Iberian nước Landrace Châu Âu Large White Pietrain WB-European Banna mini Dahe Lưu vực Thailand indigenous pig sông Mê WB-Malaysia Kông WB-Vietnam WB-Yunnan Khu vực Lantang Nam Lanyu Trung WB-Fujian Quốc WB-Hainan Aba Lưu vực Bihu sơng Jinhua Trình tự hồn chỉnh GC AT %GC skew skew 39,35 -0,33 0,15 39,23 -0,33 0,15 39,24 -0,33 0,15 39,25 -0,33 0,15 39,25 -0,33 0,15 39,29 -0,33 0,15 - Trình tự D-loop GC AT %GC skew skew 39,91 -0,32 0,16 38,77 -0,33 0,16 38,47 -0,34 0,16 39,25 -0,30 0,14 38,79 -0,33 0,16 39,59 -0,31 0,16 38,55 -0,35 0,17 38,76 -0,35 0,15 39,25 -0,33 0,15 38,2 -0,34 0,15 39,19 -0,33 39,21 -0,33 0,15 0,15 39,09 -0,33 38,59 -0,33 38,69 -0,34 0,16 0,16 0,16 39,2 -0,33 0,15 38,69 -0,34 0,16 39,28 39,32 39,33 39,29 39,28 39,27 39,28 39,28 39,28 39,24 39,18 39,26 39,28 39,22 39,25 39,19 39,19 39,21 39,81 39,22 -0,33 -0,33 -0,33 -0,34 -0,33 -0,33 -0,34 -0,34 -0,33 -0,33 -0,33 -0,33 -0,33 -0,33 -0,30 -0,33 -0,33 -0,33 -0,31 -0,33 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,15 0,12 0,15 0,15 0,15 0,14 0,15 38,47 38,66 38,27 38,37 38,47 38,47 38,52 38,56 39,16 38,92 38,7 38,59 38,69 39,27 38,57 38,55 38,71 38,68 38,69 38,69 38,46 0,16 0,16 0,16 0,16 0,15 0,16 0,16 0,17 0,16 0,16 0,16 0,19 0,16 0,15 0,16 0,16 0,16 0,15 0,16 0,16 0,16 -0,34 -0,35 -0,36 -0,35 -0,35 -0,35 -0,35 -0,35 -0,34 -0,33 -0,33 -0,38 -0,34 -0,31 -0,34 -0,34 -0,33 -0,33 -0,34 -0,34 -0,34 12 Trình tự hồn chỉnh GC AT %GC skew skew Trường Kele Giang Taoyuan WB-Jiangxi 39,22 -0,33 0,15 Wei 39,2 -0,33 0,15 Xiang pig 39,18 -0,33 0,15 "-" : Trình tự hồn chỉnh chưa cơng bố Khu vực Giống lợn Trình tự D-loop GC AT %GC skew skew 38,68 -0,34 0,16 38,66 -0,34 0,16 38,59 -0,34 0,16 38,69 -0,34 0,16 38,59 -0,33 0,16 Các số GC skew giống lợn mang giá trị âm, AT skew mang giá trị dương Như vậy, xét tiến hóa, xu hướng thay đổi thành phần nucleotide giống lợn khơng có khác biệt lớn Đối với trình tự hồn chỉnh, tồn sáu giống lợn nghiên cứu giống trị số GC skew AT skew với giá trị tương ứng -0,33 0,15 Ở hai giống Hương Mường Lay với giống WB-Yunnan Trung Quốc trình tự hồn chỉnh có chênh lệch C G tương ứng 0,30 0,31 Giống lợn Hương giống có độ lệch hai loại nucleotide A T thấp (0,14) So sánh vùng trình tự D-loop trình tự hồn chỉnh, thấy vùng D-loop đa phần giống lợn có số AT skew cao hơn, tức có mức độ biến đổi thành phần nucleotide loại A T cao Giá trị trung bình cộng trị số GC skew giống lợn địa Việt Nam (-0,32) cao so với giá trị trung bình cộng giống lợn khác giới (-0,34) Về lý thuyết, số độ lệch cho phép đánh giá phần độ đa dạng di truyền gián tiếp xác định mối quan hệ phát sinh chủng loại Tuy nhiên khác biệt chưa đủ lớn đối tượng nghiên cứu, nên chưa thể đưa suy luận khoa học cụ thể theo hai hướng từ số GC skew AT skew 3.3.2 Chú giải cấu trúc hệ gen ty thể Kết giải cấu trúc hệ gen ty thể giống lợn 13 nghiên cứu bao gồm 37 gen có gen mã hóa RNA ribosome, 13 gen mã hóa protein, 22 gen mã hóa RNA vận chuyển vùng kiểm sốt D-loop Ngồi cịn có mười hai vùng khơng mã hóa nhỏ nằm rải rác khắp hệ gen ty thể Kết giải hệ gen sử dụng công cụ trực tuyến GenomeVx cho thấy giống lợn địa Việt Nam có hệ gen ty thể mạch kép, khép vịng, với kích thước là: lợn Móng Cái: 16.711 base pairs (bp), lợn Mường Lay: 16.740 bp, lợn Mường Khương: 16.679 bp, lợn Hạ Lang: 16.722 bp, lợn Hương:16.753 bp lợn Ỉ: 16.731 bp So sánh trình tự lặp trước sau theo motif 5'-tacacgtgcg-3' vùng D-loop cho thấy có khác biệt lớn nhóm lợn Việt Nam so với giống lợn nhóm Châu Âu, Châu Á Kết phân tích cấu trúc, tổ chức hệ gen ty thể giống lợn địa Việt Nam cho thấy có tương đồng với cấu trúc hệ gen ty thể lồi động vật có vú khác Thành phần loại base có hệ gen ty thể giống lợn theo hướng giàu A+T (trên 60%), tương tự với nhóm lợn Châu Á khác 3.3.3 Cấu trúc thành phần gen RNA vận chuyển Thông tin cấu trúc thành phần gen tRNA liệt kê bảng 3.13 Bảng 3.13 Thành phần nucleotide 22 gen tRNA STT Tên gen tRNA Phe tRNA Val tRNA Leu2 tRNA Ile tRNA Gln tRNA Met tRNA Trp Sợi (+/-) + + + + + + Chiều dài (bp) 70 68 75 69 73 70 68 AT GC skew skew Thành phần Nucleotide A 26 26 23 28 16 20 26 G 13 10 14 11 20 13 12 C 16 14 17 8 20 14 T 15 18 21 22 29 17 16 -0,10 -0,17 -0,10 0,16 0,43 -0,21 -0,08 0,27 0,18 0,05 0,12 -0,29 0,08 0,24 14 STT Tên gen tRNA Ala tRNA Asn 10 tRNA Cys 11 tRNA Tyr 12 tRNA Ser2 13 tRNA Asp 14 tRNA Lys 15 tRNA Gly 16 tRNA Arg 17 tRNA His 18 tRNA Ser1 19 tRNA Leu1 20 tRNA Glu 21 tRNA Thr 22 tRNA Pro Tổng chiều dài Giá trị trung bình Sợi (+/-) + + + + + + + + - Chiều dài (bp) 68 75 66 65 69 68 67 69 69 69 59 70 69 68 65 1509 68,59 Thành phần Nucleotide A 19 21 18 21 17 23 20 25 29 29 20 27 17 22 13 486 22,09 G 15 18 16 15 20 12 14 10 13 17 12 19 297 13,50 C 11 12 11 11 16 13 12 11 18 10 264 12,00 T 26 25 20 18 21 24 17 21 25 24 18 19 27 16 23 462 21,00 AT GC skew skew 0,30 0,24 0,14 0,15 0,29 0,14 -0,07 -0,13 -0,20 0,00 -0,14 0,08 0,36 -0,20 0,31 -0,16 -0,09 -0,05 0,08 -0,11 -0,02 0,08 0,09 0,07 0,09 0,05 0,17 -0,23 0,16 -0,28 0,06 0,02 22 gen tRNA có kích thước tổng thể 1509 bp chiều dài trung bình 68,6 bp, nằm khoảng từ 59 bp (tRNAPro) đến 75 bp tRNALeu(CTA) Thành phần nucleotide toàn 22 gen tRNA theo hướng độ lệch thiên hàm lượng AT với tỉ lệ loại nucleotide là: 32,2% A, 30,6% T, 19,6% G 17,5% C, theo thứ tự A > T > G >C Giá trị số GC skew 22 gen tRNA có 10 gen mang giá trị âm (chiếm 0,45%), gen tRNA có số AT skew âm (chiếm 36%) giá trị trung bình số AT skew, GC skew mang giá trị dương (0,06 0,02 %) Điều chứng tỏ diện nucleotide loại A sợi DNA nhiều T đa số gen tRNA tỉ lệ chênh lệch G, C gần tương đương số 22 gen tRNA hệ gen ty thể giống lợn địa Việt Nam Duy có gen tRNA His có tần số G C với số GS skew 3.3.4 Phân tích cấu trúc bậc hai tRNA 15 Kết dự đoán cấu trúc bậc hai 22 tRNA cho thấy, cấu trúc 21 tRNA ngoại trừ tRNASer-1 có dạng cỏ ba điển hình tạo thành từ ba thùy dihydrouridine DHU, pseudouridin (TψC ) anti-codon 21 tRNA có gốc nhánh gắn amino acid (amino acid acceptor) gốc nhánh ba đối mã (aniticodon) tương ứng bp bp, ngoại trừ tRNA Ser-1 có chiều dài gốc nhánh ba đối mã bp Riêng tRNA Ser-1 có kích thước gen ngắn, có phần thùy dihydrouridine (DHU) khơng hình thành cấu trúc bền vững 3.4 So sánh đa hình trình tự Do có khác biệt đặc điểm cấu trúc vai trị tiến hóa hai vùng trình tự, nên kết phân tích đa hình trình tự thể hai nhóm kết quả: đa hình vùng D-loop đa hình vùng mã hóa 3.4.1 Trình tự vùng D-loop 3.4.1.1 Mức độ tương đồng Kết so sánh hệ số tương đồng trình tự vùng D-loop đạt mức thấp giống lợn Ỉ (< 0,951), tiếp đến giống lợn Mường Lay (