Đề tài đã hệ thống được các lý thuyết liên quan đến hệ thống kiểm soát nội bộ tại các đơn vị khu vực công theo INTOSAI 2004. Vận dụng các cơ sở lý thuyết này, kết hợp với các bài nghiên cứu trước của các tác giả trong và ngoài nước, từ đó xây dựng được mô hình nghiên cứu gồm năm nhân tố: Môi trường kiểm soát, Đánh giá rủi ro, Hoạt động kiểm soát, Thông tin và truyền thông và Giám sát với tổng 33 biến quan sát. Kết quả phân tích hồi quy đa biến đã xác định hiệu quả công tác thu thuế chịu sự ảnh hưởng của 5 nhân tố thuộc thành phần hệ thống kiểm soát nội bộ bao gồm: Môi trường kiểm soát, Đánh giá rủi ro, Hoạt động kiểm soát, Thông tin và truyền thông và Giám sát, trong đó nhân tố Giám sát có tác động mạnh nhất, các nhân tố đều có tác động tích cực đến hiệu quả công tác thu thuế tại các cơ quan thuế trên địa bàn Tp. Hồ Chí Minh. Từ đó đưa ra các hàm ý chính sách liên quan đến công tác thu ngân sách nhà nước của ngành Thuế, nhằm giúp công tác thu thuế tại các cơ quan thuế trên địa bàn Tp. Hồ Chí Minh sẽ có những chuyển biến tích cực hơn, ngoài việc đạt được mục tiêu thu ngân sách nhà nước hàng năm được giao, các đơn vị còn kiểm soát tốt trong công tác giảm nợ đọng, giảm rủi ro trong công tác chống thất thu thuế, từ đó nâng cao hiệu quả thu thuế, đảm bảo nguồn thu không những của Tp. Hồ Chí Minh mà còn của cả nước.