Nghiên cứu được thực hiện nhằm xác định các nhân tố ảnh hưởng đến tính hữu hiệu của hệ thống kiểm soát nội bộ tại các doanh nghiệp thương mại trên địa bàn TP.HCM và mức độ ảnh hưởng của các nhân tố đó. Bằng việc sử dụng kết hợp phương pháp nghiên cứu định tính và phương pháp nghiên cứu định lượng, kết quả nghiên cứu đã xác định được có 6 nhân tố tác động đến tính hữu hiệu của hệ thống kiểm soát nội bộ tại các doanh nghiệp thương mại trên địa bàn TP.HCM, đó là nhân tố Môi trường kiểm soát, đánh giá rủi ro, hoạt động kiểm soát, thông tin truyền thông, hoạt động giám sát và đặc điểm doanh nghiệp thương mại và đều có ảnh hưởng cùng chiều đến hệ thống kiểm soát nội bộ của các doanh nghiệp. Kết quả này góp phần làm thay đổi quan điểm, nhận thức của các doanh nghiệp về vai trò, tầm quan trọng của các nhân tố cấu thành hệ thống kiểm soát nội bộ. Đồng thời, qua nghiên cứu, tác giả cũng đưa ra một số kiến nghị nhằm giúp các doanh nghiệp có thể nâng cao tinh hữu hiệu của hệ thống kiểm soát nội bộ. Mức độ tác động của từng nhân tố đến hệ thống kiểm soát nội bộ của các doanh nghiệp theo thứ tự từ cao nhất xuống thấp nhất như sau: nhân tố “Môi trường kiểm soát”; nhân tố “Đánh giá rủi ro; nhân tố “Thông tin và truyền thông”; nhân tố “Đặc điểm doanh nghiệp thương mại”; nhân tố “Hoạt động giám sát” và nhân tố “Hoạt động kiểm soát”. Từ kết quả nghiên cứu, tác giả đưa ra các hàm ý nhằm nâng cao tính hữu hiệu của hệ thống kiểm soát nội bộ tại các doanh nghiệp thương mại trên địa bàn TP.HCM, qua đó góp phần nâng cao hiệu quả quản trị nói chung và hiệu quả hoạt động kinh doanh của các đơn vị.