Nghiên cứu sự lưu hành của virus cúm b tại miền bắc việt nam​

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - PHẠM HOÀI LINH LY NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM B TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 60420107 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC : TS Nguyễn Lê Khánh Hằng GS TS Phạm Văn Ty HÀ NỘI-2014 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng Các số liệu, kết luận văn trung thực chưa cơng bố cơng trình khác HỌC VIÊN Phạm Hồi Linh Ly LỜI CẢM ƠN Tơi xin tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới:  Ban Giám hiệu Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học QGHN  Ban Giám đốc, Ban Chủ nhiệm Khoa Virút, Viện Vệ sinh Dịch tễ TƯ Đã tạo điều kiện giúp đỡ suốt q trình học tập nghiên cứu Tơi xin tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Thầy hướng dẫn khoa học: TS Nguyễn Lê Khánh Hằng, Khoa Virút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương tận tình bảo dìu dắt tơi suốt q trình nghiên cứu từ bước đầu tới hoàn thiện luận văn, tạo điều kiện nghiên cứu thuận lợi để có kết ngày hơm Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến GS TS Phạm Văn Ty, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN hướng dẫn kiến thức chun ngành hữu ích suốt q trình học tập nghiên cứu Tôi xin trân trọng cảm ơn Thầy, Cô Bộ môn Vi sinh vật học, Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN cho kiến thức chuyên ngành quý báu tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành khóa học Tơi xin trân trọng gửi lời cảm ơn tới PGS TS Lê Thị Quỳnh Mai, Phó Viện trưởng Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, ThS Hoàng Vũ Mai Phương, ThS Nguyễn Cơ Thạch anh chị cơng tác Phịng Thí nghiệm Cúm, Khoa Virút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương tạo điều kiện thuận lợi, nhiệt tình hướng dẫn, giúp đỡ tơi suốt q trình nghiên cứu hồn thành luận văn Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè đồng nghiệp - người tiếp thêm cho nguồn động viên quý giá, bên cạnh chia sẻ giúp đỡ để đạt thành hôm Hà Nội, ngày 14 tháng năm 2014 Phạm Hoài Linh Ly MỤC LỤC Trang phụ bìa Lời cam đoan Mục lục Danh mục chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình MỞ ĐẦU……………………………………………………… CHƯƠNG TỔNG QUAN…………………………………………… 1.1 VIRUS CÚM B………… ……………………………… 1.1.1 Đặc điểm chung……………………………… ………………… 1.1.2 Hình thái cấu trúc virion virus cúm B 1.1.3 Cấu trúc phân tử virus cúm B chức năng….…………… 1.1.4 Cơ chế nhân lên virus cúm B…………………… ………… 1.2 SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM B TRÊN THẾ G 1.3 SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM B TẠI VIỆT NA 1.4 SỰ TIẾN HÓA CỦA VIRUS CÚM B………… … … 1.5 BIỂU HIỆN LÂM SÀNG VÀ SINH BỆNH HỌC BỆ 1.5.1 Biểu lâm sàng bệnh cúm……………………………… 1.5.2 Sinh bệnh học bệnh cúm………………………….……………… 1.6 ĐIỀU TRỊ VÀ DỰ PHÒNG BỆNH CÚM…………… 1.6.1 Các thuốc kháng virus…………………………… …… …… 1.6.2 Dự phòng…………….…………………………………… …… 1.7 CHẨN ĐỐN VIRUS HỌC… ……………………… ……… 1.7.1 An tồn phịng thí nghiệm……………………………………… 1.7.2 Thu thập mẫu để chẩn đoán virus … ………….…………… … 1.7.3 Phương pháp phân lập chủng định typ virus…………… 1.7.4 Phương pháp xác định trình tự gen (Sequence)……………… CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU… 2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU ……………… 2.2 VẬT LIỆU …………………………………… 2.2.1 Chủng virus cúm B……….…………………… 2.2.2 Sinh phẩm…………… ……………………… 2.2.3 Trang thiết bị dụng cụ……………… ……… 2.3 PHƯƠNG PHÁP ……………… ………………… ………… 25 2.3.1 Định typ virus phản ứng ngăn ngưng kết hồng cầu (HAI)…………………………………………………… ……… 25 2.3.2 Giải trình tự gen………………………… ……… ………… 27 2.3.3 Phương pháp phân tích kết xử lý số liệu……… ………… 34 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN……………….………….… 36 3.1 KẾT QUẢ PHÂN LẬP VÀ KHUẾCH ĐẠI CÁC CHỦNG VIRUS CÚM B TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 2010-2012…….…… 3.1.1 Sự lưu hành virus cúm B miền Bắc Việt Nam, 2010-2012 36 36 3.1.2 Kết phân lập virus cúm B miền Bắc Việt Nam, 20102012………………………………………………….……… 37 3.2 ĐẶC TÍNH KHÁNG NGUYÊN CỦA VIRUS CÚM B, 20102012 ……………………………………………………………………… 39 3.3 ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN VÀ PROTEIN HA CÁC CHỦNG VIRUS CÚM B TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 2010-2012……….… 46 3.3.1 Sự 3.3.2 Kế 3.3.3 Câ 3.3.4 Pro 3.4 ĐẶ C ĐI ỂM DI TR UY ỀN VÀ PR OT EI N NA CÁ C CH ỦN G VI RU S C ÚM B TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 2010-2012…………… 3.4.1 Kết khuếch đại đoạn gen NA virus cúm B …………… 3.4.2 Cây gia hệ gen NA……………………………………………… 3.4.3 Protein NA………………………………………… …………… KẾT LUẬN…………………………………………………………… … KIẾN NGHỊ……………………………………………………… TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC 7 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN Acid Deoxy Ribonucleic ARN Acid Ribonucleic CDC Centers for Disease Control and Prevention (Trung tâm phòng chống kiểm soát bệnh tật Hoa Kỳ) HA Hemaglutination Assay (Phương pháp ngưng kết hồng cầu) HI Hemaglutination Inhibition test (Phản ứng ngăn ngưng kết hồng cầu) ILI Influenza like illness (Hội chứng cúm) MDCK Madin-Darby Canine Kidney Cells (Tế bào thận chó thường trực) PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng tổng hợp chuỗi polymerase) QIV Quadrivalent Influenza Vaccine (Vắc xin gồm thành phần virus H1N1, H3N2, B/Yamagata B/Victoria) RNP Phức hợp Ribonucleoprotein TCYTTG World Health Oganization (Tổ chức Y tế Thế giới ) VSDTTƯ Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Bảng 1.1 Tên bảng Trang Các phân đoạn ARN vi 3.1 38 Kết phân lập virus cúm 3.2 39 Kết định typ virus cúm 3.3 41 Hiệu giá HI chủng 3.4 So sánh hiệu giá42HAI 3.5 So sánh kháng nguyên viru thành phần vắc xin cúm 43 TCYTTG, 2010-2012… 3.6 46 Số lượng chủng phân tích g 3.7 Vị trí axit amin thay đổi trê 53 2012 3.8 Vị trí axit amin thay đổi trê 55 2012……………………… 3.9 Số lượng trung bình axit am 57 xin virus dự tuyển vắc 3.10 Vị trí axit amin thay đổi trê 64 2012……………………… 3.11 Vị trí axit amin thay đổi trê 65 2012……………………… 3.12 Số lượng trung bình axit am 66 xin virus dự tuyển vắc DANH MỤC HÌNH Trang Hình 1.1 1.2 1.3 16 3.1 37 40 3.2 47 3.3 47 3.4 3.5 48 3.6 49 3.7 50 53 3.8 54 3.9 3.10 56 30 Knipe, D.M.H., Peter M (2007), Fields Virology, 5th Edition, , Lippincott Williams & Wilkins, II (II), Specific Virus Families, 48 31 Li CK, C.B., Wong TW (2006), “Influenza - related deaths and hospital izations in HongKong: a subtropical area”, Public Health, 120, pp 517-24 32 Lindsay MI, Hermann EC, Morrow GW, Brown AL (1970), “Hong Kong influenza: clinical, microbiologic, and pathologic features in 127 cases”, 33 Linstrom SE, Y.H., H Nishimura, T Saito, R Nerome and K Nerome (1999), “Comparative analysis of evolutionary mechanism of the heamagglutinin and three internal protein genes of influenza B virus: multiple cocirculating lineages and frequent teasorrtment of the NP, M and NS genes”, J Virol, 73, pp 4413-4426 34 Liu YZ, Zhao X, Huang YW, Chen Z, Li FC, Gao LD, et al (2012), “Analysis of genetic features of influenza B virus in Hunan province from 2007 to 2010”, Chinese Journal of Preventive Medicine, 46(3), pp 258-63 35 Martin CM, Kunin CM, Gottlieb LS, Barnes MW, Liu C, Finland M (1959), “Asian influenza A in Boston, 1957-1958 I Observations in thirtytwo influenza-associated fatal cases”, AMA Arch Intern Med, 103, pp 51531 36 McCuller, J., GC Wang, S He and R Webter (1999), “Reassortment and insertion-deletion are strategies for the evolution of influenza B viruses in nature”, J Virol, 73, pp 7343-7348 37 McCullers JA, Saito T, Iverson AR (2004), “Multiple genotypes of influenza B virus circulated between 1979 and 2003”, J Virol, 78(23), pp 12817-28 38 Morens DM, Taubenberger JK, Fauci AS (2008), “Predominant role of bacterial pneumonia as a cause of death in pandemic influenza: implications for pandemic influenza preparedness”, J Infect Dis, 198, pp 962-70 86 39 Neumann G, W.T., Ito H, Watanabe S, Goto H, et al (1999), “Generation of influenza A viruses entirely from cloned cDNAs”, Proc Natl Acad Sci USA, 96, pp 9345-9350 40 Neumann G, F.K., Kino Y, Kawaoka Y (2005), “An improved reverse genetics system for influenza A virus generation and its implications for vaccine production”, Proc Natl Acad Sci USA, 102, pp 16825-16829 41 Nichol KL, M.P., Mallon KP, Jackson LA, Gorse GJ, et al (1999), “Effectiveness of live, attenuated intranasal influenza virus vaccine in healthy, working adults: a randomized controlled trial”, JAMA, 282, pp 137144 42 Nicolson C, M.D., Wood JM, Robertson JS (2005), “Generation of influenza vaccine viruses on Vero cells by reverse genetics: an H5N1 candidate vaccine strain produced under a quality system”, Vaccine, 23, pp 2943-2952 43 Pasteur Institute of Iran, I.U Avaiable from: http://www.pasteur.ac.ir/researchDepartment/flu/images/flu_structure.gif&i mgrefurl 44 Pereira, H G (1979), “Influenza : antigenic spectrums”, Prog Med Virol, 11, pp 46-69 45 Puzelli S, Frezza F, Fabiani C, Ansaldi F, Campitelli L, et al (2004), “Changes in the hemagglutinins and neuraminidases of human influenza B viruses isolated in Italy during the 2001-02, 2002-03, and 2003-04 seasons”, Journal of Medical Virology, 74(4), pp 629-40 46 Q Sue Huang (2010), “Recommendation for seasonal influenza vaccine composition for New Zealand 2011”, Institude of Environmental Science and Research Limited 47 Q Wang, F Cheng, M Lu, X Tian, J Ma (2008), “Crystal structure of unliganded influenza B virus hemagglutinin”, Journal of Virology, 82, 301120 87 48 Rota PA, T.W., MW Harmon, JS Rota, AP Kendal and K Nerome (1990), “Cocirculation of two distinct evolutionary lineages of influenza type B virus since 1983”, Virology, 175, pp 59-68 49 Shaw MW, X.X., Y Li, S Normand, RT Ueki, et al (2002), “Reappearance and global spread of variants of influenza B/Victoria/2/87 lineage viruses in the 2000-2001 and the 2001-2002 seasons”, Virology, 303, pp 1-8 50 Shuji Hatakeyama, Norio Sugaya, Mutsumi Ito, et al (2007), “Emergence of Influenza B Viruses With Reduced Sensitivity to Neuraminidase Inhibitors”, JAMA, pp.1435-1442 51 Starko KM, et al (1980), “ReyeŽs syndrome and salicylate use”, 52 Steinhaer DA, S.J (2002), “Gennetic of Influenza viruses”, Ann Rev Genet, 36, pp 305-332 53 Tamura K, D.J., Nai M, Kumar S (2007), “MEGA 4: Molecular Evolutionary Genetics analysis (MEGA) software version 4.0”, Mol Biol Evol, 24(8), pp 1596-1599 54 Tiffany G Sheu, Varough M Deyde, Margaret Okomo-Adhiambo, et al (2008), “Surveillance for Neuraminidase Inhibitor Resistance among Human Influenza A and B Viruses Circulating Worldwide from 2004 to 2008”, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, pp 3284-3292 55 Toback SL, Rothstein E, Bhatt P, Carr W, Ambrose CS (2012), “In- office influenza vaccination by US pediatric providers varies greatly and is higher among smaller offices”, Clin Pediatr (Phila), 51(6), pp 551-9 56 Traynor K (2012), “First quadrivalent flu vaccine approved”, Am J Health Syst Pharm, 69(7), pp 538 57 X Sherry Chi, T.V.B., Ping Zhao, Ruth Rappaport and Sheau-Mei Cheng (2003), “Cocirculation and evolution of two lineages of influenza B viruses 88 in Europe nad Isarel in the 2001-2002 season”, J Clin Microbiol, 41(12), pp 5770-5773 89 PHỤ LỤC 1, Hiệu giá HI chủng virus cúm B, 2010 Kháng nguyên chuẩn A/ H1N1 A/H3N2 B/ Florida/4/2006 B/Brisbane/60/2008 Chủng virus cúm phân lập STT Mã số PTN TX 72 TX 73 NC 433 N 101 TX 121 N 121 N 131 N 133 90 N 134 10 N 343 11 N 351 91 2, Hiệu giá HI chủng virus cúm B, 2011 (Bộ sinh phẩm 2011-2012 TCYTTG) Kháng nguyên chuẩn A/ H1N1 A/H3N2 B/ Wisconsin/01/2010 B/Brisbane/60/2008 Chủng virus cúm phân lập ST Mã số T PTN BS 282 B2 283 TX 23 BS 288 N 32 CBD 96/4 DV 1103 LS 71 LS 91 10 N 33 92 11 N 50 12 N 54 13 N 62 14 TB 102 15 TB 54 16 TB 55 17 TB 71 18 TB 72 19 TB 75 20 TB 76 21 TB 79 22 TB 83 23 TB 87 24 TB 88 25 TB 90 26 TB 92 27 TB 96 28 TB 98 29 TX 66 30 TX 68 31 BS 02 32 BS 14 33 N 85 34 TB 107 35 TB 114 93 36 TB 143 37 TX 114 38 TX 81 39 TX 85 40 LS 147 41 LS 182 42 TX 116 43 TX 120 44 N 155 45 N 254 46 N 334 47 N 361 48 N 370 49 N 373 94 3, Hiệu giá HI chủng virus cúm B, 2012 (Bộ sinh phẩm 2012-2013 TCYTTG) Kháng nguyên chuẩn A/ H1N1 A/H3N2 B/ Wisconsin/01/2010 B/Brisbane/60/2008 Chủng virus cúm phân lập STT Mã số PTN LS 28 LS 30 LS 32 20154 20201 IS/02/12/39 IS/09//12/057 LS 39 LS 46 10 LS 50 11 LS 56 95 12 LS 58 13 LS 62 14 LS 65 15 N 11 16 N 15 17 N 22 18 N 27 19 N 38 20 TB 30 21 TB 31 22 TB 52 23 IS/07/12/92 24 IS/09/12/091 25 LS 93 26 N 61 27 IS/07/12/302 28 IS/02/12/401 29 IS/02/12/424 30 IS/02/12/007 31 IS/02/12/010 32 IS/02/12/014 33 IS/02/12/021 34 IS/02/12/024 35 IS/02/12/044 36 IS/02/12/045 96 37 IS/02/12/048 38 IS/02/12/090 39 IS/07/12/040 40 IS/07/12/053 41 IS/07/12/079 42 IS/07/12/081 43 IS/07/12/106 44 IS/07/12/107 45 IS/07/12/115 46 IS/07/12/143 47 IS/09/12/048 48 IS/09/12/049 49 IS/09/12/061 50 IS/09/12/068 51 IS/09/12/080 52 IS/09/12/081 53 IS/09/12/094 54 IS/09/12/103 55 IS/09/12/114 97 4, Viết tắt ký hiệu mẫu - TX: Thanh Xuân - LS: Lạng Sơn - TB: Thái Bình - N: Nhi Trung ương - IS/02: Nhi Trung ương - IS/07: Thái Bình - IS/09: Lạng Sơn 98 5, Trình tự nucleotide gen HA B/Vietnam/TB55/2011: B/Vietnam/TX81/2011: B/Vietnam/NC433/2010: B/Vietnam/TB31/2012: B/Vietnam/IS0912057/2012: 99 6, Trình tự nucleotide gen NA B/Vietnam/TX73/2010: B/Vietnam/LS62/2012: B/Vietnam/N121/2010: B/Vietnam/BS288/2011: B/Vietnam/N27/2010: 100 ... virus cúm B 1.1.3 Cấu trúc phân tử virus cúm B chức năng….…………… 1.1.4 Cơ chế nhân lên virus cúm B? ??………………… ………… 1.2 SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM B TRÊN THẾ G 1.3 SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM B TẠI VIỆT... virus cúm B Việt Nam cần thiết Vì vậy, tiến hành nghiên cứu đề tài: ? ?Nghiên cứu lưu hành virus cúm B miền B? ??c Việt Nam” Với mục tiêu: Xác định đặc điểm di truyền gen HA NA virus cúm B lưu hành miền. .. CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ B? ?N LUẬN……………….………….… 36 3.1 KẾT QUẢ PHÂN LẬP VÀ KHUẾCH ĐẠI CÁC CHỦNG VIRUS CÚM B TẠI MIỀN B? ??C VIỆT NAM, 2010-2012…….…… 3.1.1 Sự lưu hành virus cúm B miền B? ??c Việt Nam, 2010-2012