Bài giảng Giới thiệu ngôn ngữ R Markdown và mục tiêu tái lập; một session với R Markdown; một document của R Markdown; phân tích mô hình hồi quy tuyến tính...
Tuan V Nguyen Garvan Institute of Medical Research Professor, UNSW School of Public Health and Community Medicine Professor of Predictive Medicine, University of Technology Sydney Adj Professor of Epidemiology and Biostatistics, School of Medicine Sydney, University of Notre Dame Australia Phân tích liệu ứng dụng | Đại học Dược Hà Nội | 12/6 to 17/6/2019 © Tuan V Nguyen RMardown, RStudio, R • R tảng • R Studio xây dựng R – có 'menu' giao diện biểu đồ • R Mardown phần RStudio – giúp 'document' mã R – tái lập (reproducibility) R Studio • Download R Studio https://www.rstudio.com/products/RStudio/#Desktop • R Markdown có R Studio R mardown Mã R Data objects Output Vận hành R Studio Có thể lưu mã R output cách dùng File/Save R Markdown mục tiêu tái lập Đảm bảo tính reproducibility: liệu + mã R + văn R Markdown • R + Markdown = RMarkdown • Có thể xem "markup language" • Lưu trữ mã R • Export output sang Word, pdf, html Một session với R Markdown Một document R Markdown • Header • R codes • Output Một document R Markdown # Phân tích tương quan BMI pcfat ## Dữ liệu obesity data, Việt Nam ### PI: Tuan Nguyen • Header • R codes # Đọc liệu vào R ``` {r} • Output ob = read.csv("~/Dropbox/_Lectures and Talks/UTS Data Analytics 2019/obesity data.csv") head(ob) summary(lm(pcfat ~ bmi, data=ob)) Giữa ``` ``` R codes # Vẽ mối tương quan BMI pcfat library(ggplot2) p = ggplot(data=ob, aes(x=bmi, y=pcfat, ol=gender)) p + geom_point() + geom_smooth(method="lm") ``` Header Header R codes R codes in-line R codes Output R Markdown codes and output title: "Analysis of obesity" author: "Tuan Nguyen" date: "4/22/2019" output: html_document # Analysis of obesity dataset ## Data are from a study in Vietnam ### PI: Tuan Nguyen R Markdown codes and output # Đọc liệu vào R ```{r} ob = read.csv("~/Dropbox/_Lectures and Talks/UTS Data Analytics 2019/obesity data.csv") head(ob) ``` # Phân tích mơ hình hồi qui tuyến tính ```{r} summary(lm(pcfat ~ bmi, data=ob)) ``` ### Summary The mean of percent body fat is `r mean(ob$pcfat)` # Vẽ mối tương quan BMI pcfat ``` {r} library(ggplot2) p = ggplot(data=ob, aes(x=bmi, y=pcfat, col=gender)) p + geom_point() + geom_smooth(method="lm") ``` Sau viết xong, "Knit" html output rpubs.com rpubs.com/nguyet RStudio RMarkdown • Hai 'additions' quan trọng cho phân tích liệu với R • RStudio cung cấp giao diện 'thân thiện' R • RMarkdown 'ngơn ngữ bị chú' cho cơng trình phân tích liệu – phương tiện có ích cho lưu trữ mã R – đảm bảo tính tái lập phân tích liệu – xuất sang Word, html pdf ... bảo tính reproducibility: liệu + mã R + văn R Markdown • R + Markdown = RMarkdown • Có thể xem "markup language" • Lưu trữ mã R • Export output sang Word, pdf, html Một session với R Markdown Một... Studio https://www.rstudio.com/products/RStudio/#Desktop • R Markdown có R Studio R mardown Mã R Data objects Output Vận hành R Studio Có thể lưu mã R output cách dùng File/Save R Markdown mục tiêu...RMardown, RStudio, R • R tảng • R Studio xây dựng R – có 'menu' giao diện biểu đồ • R Mardown phần RStudio – giúp 'document' mã R – tái lập (reproducibility) R Studio • Download R Studio