Xác định tính trạng enzyme tyrosine kinase trong vi khuẩn escherichia coli

Báo cáo thí nghiệm mơn: Tin Sinh học Họ tên: Nguyễn Hồng Bằng MSSV: 20174454 Buổi thí nghiệm: Thứ Đề tài: Xác định tính trạng enzyme Tyrosine kinase vi khuẩn Escherichia coli Mục đích - Xác định tính trạng quan tâm xác định gene định tính trạng báo khoa học - Tìm kiếm số gene mã hóa protein quan tâm ngân hàng liệu - Align trình tự mã hóa protein Clutal Omega - Xác định vùng bảo thủ (mồi thiết kế nằm vùng bảo thủ này) - Trình tự protein mà gene tách dịng mã hóa - Dự đốn chức protein - Khối lượng phân tử (molecular weight), điểm đẳng điện (isoelectric point) - Vị trí protein tế bào: tế bào chất, màng, hay ngoại bào? - Xác định cấu trúc 3D Tổng quan - Tyrosine kinase enzyme chuyển nhóm phosphate từ ATP đến protein tế bào Nó hoạt động cơng tắc "bật" "tắt" nhiều chức tế bào Tyrosine kinase phân lớp protein kinase - Nhóm phosphate gắn với axit amin tyrosine protein Tyrosine kinase phân lớp lớp protein kinase lớn Kinase cịn gắn nhóm phosphate vào axit amin khác (serine threonine) Phosphoryl hóa protein kinase chế quan trọng việc truyền tín hiệu tế bào điều hịa hoạt động tế bào, chẳng hạn phân chia tế bào - Protein kinase trở nên đột biến, ví dụ bị mắc kẹt trạng thái "bật", gây tăng trưởng khơng kiểm sốt tế bào, bước quan trọng phát triển ung thư Do đó, chất ức chế kinase, chẳng hạn imatinib, thường liệu pháp điều trị ung thư hiệu - Hầu hết tyrosine kinase có protein tyrosine phosphatase liên quan, giúp loại bỏ nhóm phosphate - Escherichia coli (viết tắt: E coli) hay trực khuẩn lị loài vi khuẩn Gram âm, phân bố rộng môi trường sống Trái Đất, hay có mặt thực phẩm, nguồn nước, thường kí sinh ruột già người hầu hết loài Thú đẳng nhiệt Đa số chủng E coli vơ hại kí sinh, số dịng gây ngộ độc thức ăn, gây bệnh đường ruột Trong trường hợp định, chúng giúp vật chủ nhờ sản xuất vitamin K2 chống xâm lấn vài mầm bệnh khác, tạo nên mối quan hệ cộng sinh - E coli thường nhắc đến chủ yếu lồi sinh vật mơ hình quan trọng Sinh học đại, đặc biệt Di truyền phân tử Ngồi ra, có mặt chúng nguồn nước tiêu quan trọng để đo độ nước, E coli bị thải mơi trường qua phân, có khả tiếp tục tạo nên quần thể sống tự do, sinh trưởng mạnh phân tươi điều kiện hiếu khí vài ba ngày giảm tăng trưởng - E.coli biến đổi, dễ tìm kiếm tự nhiên, có nhiều ứng dụng thực tiễn, sinh trưởng nhanh nên thường dùng để nhân giống gen Vì xác tịnh tính trạng enzyme E.coli cần thiết Các bước thực 3.1 Xác định tính trạng tìm kiếm thơng tin - Xác nhận tính trạng quan tâm: enzyme: Tyrosine kinase vi khuẩn Escherichia coli - Truy cập trang ncbi.nlm.nih.gov, chọn protein, ấn từ khóa “Tyrosine kinase Escherichia coli” - Chọn đoạn gen mã hóa thích hợp - Ấn vào CDS gần cuối sở: - Ấn vào FASTA, trình tự gen cần - Các đoạn gen mã hóa protein ngân hàng liệu chọn: > AUP46350.1 mtekvkqhaa lvqieqnsgn fgagwdrlmg kkegvtlmve qirdilnsia dlpleakavl rvtampktqq kpkkgliilg svktikgvkr tfvcanlaav iakfdliprg ttlmvaryav pvtgsdeidi slvqdigsal rqnetvkvtt aihaspgsef rnyqeqnier dsmvnidaql eivrltrdve aiilglmlsi ykqsqllavg isqtnkrvll qvppnpsell ntlkevetsl grlvgtviea ankppasdae fnrpkemvdq tvtkystlgm ksaeasksla neltfkeaei sgqqvymqll vgvllrslfn nptdlaieai idcdmrkgyt mserftelvn srfeqngipv rwwvigitav iqlirsrlvl vftlnvldnk inqlqnsltv flaqqlpevr sklytkvhpa nkeqelkite rgiespqvle rslrtslhfa hellgtnnvn wasknydlvl kgvilnsifr falcavvytf gktvddldld nytlssdggf tengkdagvl srldvaenkl yrtllekrqa astvgdvriv ehgisvyasi mmqaqnnvlm glseiligqg idtppilavt rasayqdygy fatpiysada iavskntfpi sargqagqml sltytgedre nafrqdkdsv leeekaklng dpaitqpgvl plsewqkard mtgvspsigk dittaakpts daaivgrhvg yeyeyksdak > CTT58788.1 mtekvkqhaa pvtgsdeidi grlvgtviea rwwvigittv falcavvytf fatpiysada lvqieqnsgn slvqdigsal ankppasdae iqlirsrlvl gktvddldld iavskntfpi fgagwdrlmg rqnetvkvtt fnrpkemadq vftlnvldnk nytlssdggf sargqagqml kkegvtlmve aihaspgsef tvtkystlgm inqlqnsltv tengkdagvl sltytgedre qirdilnsia rnyqeqnier ksaeasksla flaqqlpevr srldvaenkl nafrqdkdsv dlpleakavl dsmvnidaql neltfkeaei sklytkvhpa yrtllekrqa ledekaklng rvtampktqq eivrltrdve sgqqvymqll nkeqelkite astvgdvriv dpaitqpgvl kpkkgliilg aiilglmlsi vgvllrslfn rgiespqvle ehgisvyasi plsewqkard 481 svktikgikr ykqsqllavg nptdlaieai rslrtslhfa mmqaqnnvlm mtgvspsigk 541 tfvcanlaav isqtnkrvll idcdmrkgyt hellgtnnvn glseiligqg dittaakpts 601 iakfdliprg qvppnpsell mserfaelvn wasknydlvl idtppilavt daaivgrhvg 661 ttlmvaryav ntlkevetsl srfeqngipv kgvilnsifr rasayqdygy yeyksdak >CTV15119.1 61 121 181 241 301 361 421 481 541 601 661 mtekvkqhaa lvqieqnsgn fgagwdrlmg kkegvtlmve qirdilnsia dlpleakavl rvtampktqq kpkkgliilg svktikgikr tfvcanlaav iakfdliprg ttlmvaryav pvtgsdeidi slvqdigsal rqnetvkvtt aihaspgsef rnyqeqnier dsmvnidaql eivrltrdve aiilglmlsi ykqsqllavg isqtnkrvll qvppnpsell ntlkevetsl grlvgtviea ankppasdae fnrpkemadq tvtkystlgm ksaeasksla neltfkeaei sgqqvymqll vgvllrslfn nptdlaieai idcdmrkgyt mserfaelvn srfeqngipv rwwvigittv iqlirsrlvl vftlnvldnk inqlqnsltv flaqqlpevr sklytkvhpa nkeqelkite rgiespqvle rslrtslhfa hellgtnnvn wasknydlvl kgvilnsifr falcavvytf gktvddldld nytlssdggf tengkdagvl srldvaenkl yrtllekrqa astvgdvriv ehgisvyasi mmqaqnnvlm glseiligqg idtppilavt rasayqdygy fatpiysada iavskntfpi sargqagqml sltytgedre nafrqdkdsv ledekaklng dpaitqpgvl plsewqkard mtgvspsigk dittaakpts daaivgrhvg yeyksdak pvtgsdeidi slvqdigsal rqnetvkvtt aihaspgsef rnyqeqnier dsmvnidaql eivrltrdve aiilglmlsi ykqsqllavg isqtnkrvll qvppnpsell ntlkevetsl grlvgtviea ankppasdae fnrpkemadq tvtkystlgm ksaeasksla neltfkeaei sgqqvymqll vgvllrslfn nptdlaieai idcdmrkgyt mserfaelvn srfeqngipv rwwvigittv iqlirsrlvl vftlnvldnk inqlqnsltv flaqqlpevr sklytkvhpa nkeqelkite rgiespqvle rslrtslhfa hellgtnnvn wasknydlvl kgvilnsifr falcavvytf gktvddldld nytlssdggf tengkdagvl srldvaenkl yrtllekrqa astvgdvriv ehgisvyasi mmqaqnnvlm glseiligqg idtppilavt rasayqdygy fatpiysada iavskntfpi sargqagqml sltytgedre nafrqdkdsv ledekaklng dpaitqpgvl plsewqkard mtgvspsigk dittaakpts daaivgrhvg yeyksdak >CTS09930.1 61 121 181 241 301 361 421 481 541 601 661 mtekvkqhaa lvqieqnsgn fgagwdrlmg kkegvtlmve qirdilnsia dlpleakavl rvtampktqq kpkkgliilg svktikgikr tfvcanlaav iakfdliprg ttlmvaryav - Chuyển sang dạng FASTA: >AUP46350.1 ATGACAGAAAAAGTAAAACAACATGCCGCTCCGGTAACGGGCAGTGATGAAATCGATATTGGTCGCCTGG TCGGCACCGTCATTGAAGCGCGCTGGTGGGTAATTGGCATCACCGCCGTATTCGCCCTCTGTGCCGTGGT TTACACCTTCTTCGCCACGCCGATATACAGCGCCGACGCACTGGTACAAATCGAGCAAAACAGCGGCAAT TCGTTAGTGCAGGATATCGGCTCGGCATTAGCCAACAAACCGCCAGCATCGGATGCTGAGATCCAGTTGA TTCGTTCGCGCCTGGTGCTTGGTAAAACGGTGGACGATCTCGACCTCGATATTGCGGTGAGCAAAAACAC GTTCCCGATTTTCGGTGCGGGCTGGGATCGCCTGATGGGACGTCAGAACGAGACAGTAAAAGTGACCACC TTTAACCGTCCAAAAGAGATGGTGGATCAGGTGTTTACGCTTAATGTGCTGGACAACAAAAACTACACTT TGAGCAGCGACGGCGGCTTTAGCGCTCGTGGGCAAGCGGGTCAGATGCTGAAAAAAGAAGGCGTCACGCT GATGGTTGAAGCCATTCACGCCAGCCCGGGCAGTGAGTTTACCGTCACTAAATACTCCACGCTGGGGATG ATCAATCAACTGCAAAACAGCCTGACGGTAACAGAGAATGGCAAAGACGCTGGCGTACTGAGCCTGACTT ATACCGGTGAAGATCGCGAACAGATCCGCGACATTCTTAACAGTATCGCCCGTAACTATCAGGAACAAAA TATTGAGCGCAAATCGGCGGAAGCGTCGAAAAGCCTCGCCTTCCTCGCGCAACAGTTACCAGAAGTACGC AGCCGCCTTGATGTTGCTGAAAACAAACTGAATGCCTTCCGTCAGGATAAAGATTCTGTTGATCTGCCGC TGGAAGCGAAAGCGGTGCTTGATTCAATGGTGAACATCGACGCGCAGTTGAACGAACTGACCTTTAAAGA GGCGGAAATCTCCAAGCTGTACACCAAAGTTCACCCGGCGTACCGCACGCTGCTGGAGAAACGTCAGGCA CTGGAAGAAGAGAAAGCCAAACTTAACGGTCGCGTAACGGCGATGCCGAAAACCCAGCAGGAGATTGTCC GTCTGACGCGCGATGTCGAGTCTGGGCAGCAGGTCTATATGCAACTGTTGAATAAAGAGCAGGAGCTGAA AATTACCGAGGCCAGCACCGTCGGCGATGTGCGTATTGTTGACCCGGCAATCACCCAGCCTGGCGTGCTG AAACCGAAGAAAGGGCTGATTATTCTCGGCGCAATCATCCTCGGCCTGATGCTTTCTATCGTGGGTGTGC TGCTGCGCTCGTTGTTCAATCGCGGCATTGAAAGCCCGCAGGTGCTGGAAGAACACGGCATCAGCGTCTA TGCCAGCATCCCGCTGTCGGAATGGCAAAAAGCGCGCGATAGCGTCAAAACCATCAAAGGGGTTAAACGC TATAAACAGAGCCAGCTACTGGCGGTGGGGAATCCAACCGATCTGGCGATTGAAGCCATCCGTAGTCTGC GTACCAGTTTGCACTTCGCGATGATGCAGGCACAGAACAATGTGTTGATGATGACCGGGGTTAGCCCGTC AATCGGTAAAACCTTTGTCTGCGCTAACCTGGCGGCGGTGATCAGTCAGACCAATAAACGGGTGTTGTTG ATCGACTGCGATATGCGCAAAGGCTACACCCACGAGCTGTTGGGCACCAATAACGTCAATGGCCTGTCGG AAATTCTGATTGGTCAGGGCGATATTACTACCGCTGCTAAACCGACCTCTATTGCCAAATTTGACCTGAT CCCGCGCGGCCAGGTGCCGCCAAATCCTTCTGAACTGTTGATGAGCGAACGCTTTACCGAACTGGTGAAC TGGGCGAGTAAAAACTACGACCTGGTGTTAATTGATACGCCGCCGATTCTGGCAGTGACCGATGCCGCGA TTGTCGGGCGGCATGTCGGAACCACGTTGATGGTGGCGCGTTATGCGGTCAACACCTTGAAAGAAGTGGA AACCAGTCTGAGCCGCTTTGAGCAAAACGGTATTCCGGTGAAAGGGGTGATTCTGAACTCTATCTTCCGC CGCGCCAGCGCGTATCAGGATTATGGCTATTACGAATACGAATATAAGTCGGACGCGAAATAA >CTT58788.1 ATGACAGAAAAAGTAAAACAACATGCCGCTCCGGTAACGGGCAGTGATGAAATCGATATTGGTCGCCTGG TCGGCACCGTCATTGAAGCGCGCTGGTGGGTGATTGGCATCACCACCGTATTCGCCCTCTGTGCCGTGGT TTACACCTTCTTCGCCACGCCGATTTATAGTGCCGACGCACTGGTACAAATCGAGCAAAACAGCGGCAAT TCGTTAGTGCAGGACATTGGTTCGGCATTAGCCAACAAACCGCCTGCATCGGACGCCGAGATCCAGTTGA TTCGTTCGCGTCTGGTGCTTGGTAAAACGGTGGACGATCTCGACCTCGATATTGCAGTGAGCAAAAACAC GTTCCCGATTTTCGGTGCGGGCTGGGATCGCCTGATGGGACGTCAGAACGAGACGGTGAAAGTGACCACC TTTAACCGCCCGAAAGAGATGGCGGATCAGGTGTTTACGCTTAATGTGCTGGACAACAAAAACTACACCC TGAGCAGCGACGGCGGCTTTAGCGCCCGGGGGCAAGCGGGCCAGATGCTGAAAAAAGAAGGCGTCACGCT GATGGTTGAAGCCATTCACGCCAGCCCGGGCAGTGAGTTTACCGTCACCAAATACTCCACGCTGGGGATG ATCAACCAACTGCAAAACAGCCTGACGGTAACGGAGAACGGCAAAGACGCTGGCGTTTTGAGCCTGACTT ATACCGGTGAAGATCGTGAACAGATCCGCGACATTCTTAACAGCATCGCCCGTAACTATCAGGAACAAAA TATTGAGCGCAAATCGGCGGAAGCGTCGAAAAGCCTCGCCTTCCTCGCGCAACAGTTACCGGAAGTACGT AGCCGCTTGGATGTTGCCGAAAACAAACTGAATGCCTTCCGTCAGGATAAAGATTCTGTTGATCTGCCGC TGGAAGCAAAAGCGGTGCTCGATTCGATGGTGAACATCGATGCGCAGTTGAACGAACTGACCTTTAAAGA GGCGGAAATCTCCAAGCTGTACACCAAAGTTCACCCGGCGTACCGCACGCTGCTGGAGAAACGTCAGGCG CTGGAAGACGAAAAAGCCAAACTTAACGGTCGCGTAACGGCGATGCCGAAAACCCAGCAGGAGATTGTCC GTCTGACCCGCGATGTCGAGTCTGGTCAGCAGGTCTATATGCAACTGCTGAATAAAGAGCAGGAGCTGAA AATCACCGAGGCCAGCACCGTCGGCGATGTGCGCATTGTTGACCCGGCAATCACTCAGCCTGGCGTGCTG AAACCGAAGAAAGGGCTGATTATCCTCGGCGCGATTATCCTTGGCCTGATGCTTTCTATCGTGGGTGTGC TGCTGCGCTCGTTGTTTAATCGCGGCATTGAAAGCCCGCAAGTACTGGAAGAACACGGTATTAGCGTCTA TGCCAGCATCCCGCTGTCGGAATGGCAGAAAGCGCGTGATAGCGTCAAAACCATCAAAGGGATTAAACGC TATAAACAGAGCCAGCTACTGGCGGTGGGGAATCCAACCGATCTGGCGATTGAAGCCATCCGTAGTCTGC GTACCAGTTTGCACTTCGCGATGATGCAGGCACAGAACAATGTGTTGATGATGACCGGGGTTAGCCCGTC AATTGGTAAAACCTTTGTCTGCGCCAACCTGGCGGCGGTGATCAGCCAGACCAATAAACGCGTGTTGTTG ATCGACTGCGATATGCGCAAAGGCTACACCCACGAGCTGTTGGGCACTAATAACGTTAATGGCCTGTCGG AAATTCTGATTGGTCAGGGCGATATTACTACCGCTGCTAAACCGACCTCTATTGCCAAATTTGACCTGAT CCCGCGCGGTCAGGTGCCGCCAAATCCTTCTGAACTGTTGATGAGCGAACGCTTTGCCGAACTGGTGAAC TGGGCGAGTAAAAACTATGACCTGGTGTTGATTGATACGCCGCCGATTCTGGCAGTGACCGATGCGGCAA TTGTTGGTCGTCATGTCGGAACCACGTTAATGGTGGCGCGTTATGCGGTCAACACATTGAAAGAAGTGGA AACCAGTCTGAGCCGCTTTGAGCAAAACGGTATTCCGGTGAAAGGGGTGATTCTGAACTCCATCTTCCGC CGCGCCAGCGCGTATCAGGATTATGGCTATTACGAATATAAGTCGGATGCGAAATAA >CTV15119.1 ATGACAGAAAAAGTAAAACAACATGCCGCTCCGGTAACGGGCAGTGATGAAATCGATATTGGTCGCCTGG TCGGCACCGTCATTGAAGCGCGCTGGTGGGTGATTGGCATCACCACCGTATTCGCCCTCTGTGCCGTGGT TTACACCTTCTTCGCCACGCCGATTTATAGTGCCGACGCACTGGTACAAATCGAGCAAAACAGCGGCAAT TCGTTAGTGCAGGACATTGGTTCGGCATTAGCCAACAAACCGCCTGCATCGGACGCCGAGATCCAGTTGA TTCGTTCGCGTCTGGTGCTTGGTAAAACGGTGGACGATCTCGACCTCGATATTGCAGTGAGCAAAAACAC GTTCCCGATTTTCGGTGCGGGCTGGGATCGCCTGATGGGACGTCAGAACGAGACGGTGAAAGTGACCACC TTTAACCGCCCGAAAGAGATGGCGGATCAGGTGTTTACGCTTAATGTGCTGGACAACAAAAACTACACCC TGAGCAGCGACGGCGGCTTTAGCGCCCGGGGGCAAGCGGGCCAGATGCTGAAAAAAGAAGGCGTCACGCT GATGGTTGAAGCCATTCACGCCAGCCCGGGCAGTGAGTTTACCGTCACCAAATACTCCACGCTGGGGATG ATCAACCAACTGCAAAACAGCCTGACGGTAACGGAGAACGGCAAAGACGCTGGCGTTTTGAGCCTGACTT ATACCGGTGAAGATCGTGAACAGATCCGCGACATTCTTAACAGCATCGCCCGTAACTATCAGGAACAAAA TATTGAGCGCAAATCGGCGGAAGCGTCGAAAAGCCTCGCCTTCCTCGCGCAACAGTTACCGGAAGTACGT AGCCGCTTGGATGTTGCCGAAAACAAACTGAATGCCTTCCGTCAGGATAAAGATTCTGTTGATCTGCCGC TGGAAGCAAAAGCGGTGCTCGATTCGATGGTGAACATCGATGCGCAGTTGAACGAACTGACCTTTAAAGA GGCGGAAATCTCCAAGCTGTACACCAAAGTTCACCCGGCGTACCGCACGCTGCTGGAGAAACGTCAGGCG CTGGAAGACGAAAAAGCCAAACTTAACGGTCGCGTAACGGCGATGCCGAAAACCCAGCAGGAGATTGTCC GTCTGACCCGCGATGTCGAGTCTGGTCAGCAGGTCTATATGCAACTGCTGAATAAAGAGCAGGAGCTGAA AATCACCGAGGCCAGCACCGTCGGCGATGTGCGCATTGTTGACCCGGCAATCACTCAGCCTGGCGTGCTG AAACCGAAGAAAGGGCTGATTATCCTCGGCGCGATTATCCTTGGCCTGATGCTTTCTATCGTGGGTGTGC TGCTGCGCTCGTTGTTTAATCGCGGCATTGAAAGCCCGCAAGTACTGGAAGAACACGGTATTAGCGTCTA TGCCAGCATCCCGCTGTCGGAATGGCAGAAAGCGCGTGATAGCGTCAAAACCATCAAAGGGATTAAACGC TATAAACAGAGCCAGCTACTGGCGGTGGGGAATCCAACCGATCTGGCGATTGAAGCCATCCGTAGTCTGC GTACCAGTTTGCACTTCGCGATGATGCAGGCACAGAACAATGTGTTGATGATGACCGGGGTTAGCCCGTC AATTGGTAAAACCTTTGTCTGCGCCAACCTGGCGGCGGTGATCAGCCAGACCAATAAACGCGTGTTGTTG ATCGACTGCGATATGCGCAAAGGCTACACCCACGAGCTGTTGGGCACTAATAACGTTAATGGCCTGTCGG AAATTCTGATTGGTCAGGGCGATATTACTACCGCTGCTAAACCGACCTCTATTGCCAAATTTGACCTGAT CCCGCGCGGTCAGGTGCCGCCAAATCCTTCTGAACTGTTGATGAGCGAACGCTTTGCCGAACTGGTGAAC TGGGCGAGTAAAAACTATGACCTGGTGTTGATTGATACGCCGCCGATTCTGGCAGTGACCGATGCGGCAA TTGTTGGTCGTCATGTCGGAACCACGTTAATGGTGGCGCGTTATGCGGTCAACACATTGAAAGAAGTGGA AACCAGTCTGAGCCGCTTTGAGCAAAACGGTATTCCGGTGAAAGGGGTGATTCTGAACTCCATCTTCCGC CGCGCCAGCGCGTATCAGGATTATGGCTATTACGAATATAAGTCGGATGCGAAATAA >CTS09930.1 ATGACAGAAAAAGTAAAACAACATGCCGCTCCGGTAACGGGCAGTGATGAAATCGATATTGGTCGCCTGG TCGGCACCGTCATTGAAGCGCGCTGGTGGGTGATTGGCATCACCACCGTATTCGCCCTCTGTGCCGTGGT TTACACCTTCTTCGCCACGCCGATTTATAGTGCCGACGCACTGGTACAAATCGAGCAAAACAGCGGCAAT TCGTTAGTGCAGGACATTGGTTCGGCATTAGCCAACAAACCGCCTGCATCGGACGCCGAGATCCAGTTGA TTCGTTCGCGTCTGGTGCTTGGTAAAACGGTGGACGATCTCGACCTCGATATTGCAGTGAGCAAAAACAC GTTCCCGATTTTCGGTGCGGGCTGGGATCGCCTGATGGGACGTCAGAACGAGACGGTGAAAGTGACCACC TTTAACCGCCCGAAAGAGATGGCGGATCAGGTGTTTACGCTTAATGTGCTGGACAACAAAAACTACACCC TGAGCAGCGACGGCGGCTTTAGCGCCCGGGGGCAAGCGGGCCAGATGCTGAAAAAAGAAGGCGTCACGCT GATGGTTGAAGCCATTCACGCCAGCCCGGGCAGTGAGTTTACCGTCACCAAATACTCCACGCTGGGGATG ATCAACCAACTGCAAAACAGCCTGACGGTAACGGAGAACGGCAAAGACGCTGGCGTTTTGAGCCTGACTT ATACCGGTGAAGATCGTGAACAGATCCGCGACATTCTTAACAGCATCGCCCGTAACTATCAGGAACAAAA TATTGAGCGCAAATCGGCGGAAGCGTCGAAAAGCCTCGCCTTCCTCGCGCAACAGTTACCGGAAGTACGT AGCCGCTTGGATGTTGCCGAAAACAAACTGAATGCCTTCCGTCAGGATAAAGATTCTGTTGATCTGCCGC TGGAAGCAAAAGCGGTGCTCGATTCGATGGTGAACATCGATGCGCAGTTGAACGAACTGACCTTTAAAGA GGCGGAAATCTCCAAGCTGTACACCAAAGTTCACCCGGCGTACCGCACGCTGCTGGAGAAACGTCAGGCG CTGGAAGACGAAAAAGCCAAACTTAACGGTCGCGTAACGGCGATGCCGAAAACCCAGCAGGAGATTGTCC GTCTGACCCGCGATGTCGAGTCTGGTCAGCAGGTCTATATGCAACTGCTGAATAAAGAGCAGGAGCTGAA AATCACCGAGGCCAGCACCGTCGGCGATGTGCGCATTGTTGACCCGGCAATCACTCAGCCTGGCGTGCTG AAACCGAAGAAAGGGCTGATTATCCTCGGCGCGATTATCCTTGGCCTGATGCTTTCTATCGTGGGTGTGC TGCTGCGCTCGTTGTTTAATCGCGGCATTGAAAGCCCGCAAGTACTGGAAGAACACGGTATTAGCGTCTA TGCCAGCATCCCGCTGTCGGAATGGCAGAAAGCGCGTGATAGCGTCAAAACCATCAAAGGGATTAAACGC TATAAACAGAGCCAGCTACTGGCGGTGGGGAATCCAACCGATCTGGCGATTGAAGCCATCCGTAGTCTGC GTACCAGTTTGCACTTCGCGATGATGCAGGCACAGAACAATGTGTTGATGATGACCGGGGTTAGCCCGTC AATTGGTAAAACCTTTGTCTGCGCCAACCTGGCGGCGGTGATCAGCCAGACCAATAAACGCGTGTTGTTG ATCGACTGCGATATGCGCAAAGGCTACACCCACGAGCTGTTGGGCACTAATAACGTTAATGGCCTGTCGG AAATTCTGATTGGTCAGGGCGATATTACTACCGCTGCTAAACCGACCTCTATTGCCAAATTTGACCTGAT CCCGCGCGGTCAGGTGCCGCCAAATCCTTCTGAACTGTTGATGAGCGAACGCTTTGCCGAACTGGTGAAC TGGGCGAGTAAAAACTATGACCTGGTGTTGATTGATACGCCGCCGATTCTGGCAGTGACCGATGCGGCAA TTGTTGGTCGTCATGTCGGAACCACGTTAATGGTGGCGCGTTATGCGGTCAACACATTGAAAGAAGTGGA AACCAGTCTGAGCCGCTTTGAGCAAAACGGTATTCCGGTGAAAGGGGTGATTCTGAACTCCATCTTCCGC CGCGCCAGCGCGTATCAGGATTATGGCTATTACGAATATAAGTCGGATGCGAAATAA 3.2 Chạy so sánh đoạn gen với - So sánh đoạn với bằng: http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/ - Kết quả: TTGTTTTCGGCAACATCCAAGCGGCTACGTACTTCCGGTAACTGTTGCGCGAGGAAGGCG AGGCTTTTCGACGCTTCCGCCGATTTGCGCTCAATATTTTGTTCCTGATAGTTACGGGCG ATGCTGTTAAGAATGTCGCGGATCTGTTCACGATCTTCACCGGTATAAGTCAGGCTCAAA ACGCCAGCGTCTTTGCCGTTCTCCGTTACCGTCAGGCTGTTTTGCAGTTGGTTGATCATC CCCAGCGTGGAGTATTTGGTGACGGTAAACTCACTGCCCGGGCTGGCGTGAATGGCTTCA ACCATCAGCGTGACGCCTTCTTTTTTCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAG CCGCCGTCGCTGCTCAGGGTGTAGTTTTTGTTGTCCAGCACATTAAGCGTAAACACCTGA TCCGCCATCTCTTTCGGGCGGTTAAAGGTGGTCACTTTCACCGTCTCGTTCTGACGTCCC ATCAGGCGATCCCAGCCCGCACCGAAAATCGGGAACGTGTTTTTGCTCACTGCAATATCG AGGTCGAGATCGTCCACCGTTTTACCAAGCACCAGACGCGAACGAATCAACTGGATCTCG GCGTCCGATGCAGGCGGTTTGTTGGCTAATGCCGAACCAATGTCCTGCACTAACGAATTG CCGCTGTTTTGCTCGATTTGTACCAGTGCGTCGGCACTATAAATCGGCGTGGCGAAGAAG GTGTAAACCACGGCACAGAGGGCGAATACGGTGGTGATGCCAATCACCCACCAGCGCGCT TCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACTGCCCGTTACCGGAGCG GCATGTTG 3.4 Xác định tính trạng đoạn protein - Sử dụng Blastx: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi - Copy đoạn PCR test vào ô “Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)” - Ấn BLAST để chạy so sánh - Kết quả: - Chọn Description có Per.Ident (Giống %) gần 100% tốt, E.value ) tốt, Query Cover cao tốt - Theo quy định: có trình tự giống chức tương tự - Chọn số lấy protein để chạy - Vào trang Accession tương ứng với Description chọn để xem chức - Ấn FASTA để tìm đoạn protein - Kết đoạn protein: >AKK12343.2 MGAGIERRAGIRMTEKVKQHAAPVTGSDEIDIGRLVGTVIEARWWVIGITTVFALCAVVYTFFATPIYSA DALVQIEQNSGNSLVQDIGSALANKPPASDAEIQLIRSRLVLGKTVDDLDLDIAVSKNTFPIFGAGWDRL MGRQNETVKVTTFNRPKEMADQVFTLNVLDNKNYTLSSDGGFSARGQAGQMLKKEGVTLMVEAIHASPGS EFTVTKYSTLGMINQLQNSLTVTENGKDAGVLSLTYTGEDREQIRDILNSIARNYQEQNIERKSAEASKS LAFLAQQLPEVRSRLDVAENKLNAFRQDKDSVDLPLEAKAVLDSMVNIDAQLNELTFKEAEISKLYTKVH PAYRTLLEKRQALEDEKAKLNGRVTAMPKTQQEIVRLTRDVESGQQVYMQLLNKEQELKITEASTVGDVR IVDPAITQPGVLKPKKGLIILGAIILGLMLSIVGVLLRSLFNRGIESPQVLEEHGISVYASIPLSEWQKA RDSVKTIKGIKRYKQSQLLAVGNPTDLAIEAIRSLRTSLHFAMMQAQNNVLMMTGVSPSIGKTFVCANLA AVISQTNKRVLLIDCDMRKGYTHELLGTNNVNGLSEILIGQGDITTAAKPTSIAKFDLIPRGQVPPNPSE LLMSERFAELVNWASKNYDLVLIDTPPILAVTDAAIVGRHVGTTLMVARYAVNTLKEVETSLSRFEQNGI PVKGVILNSIFRRASAYQDYGYYEYEYKSDAK Chọn đúng: (Kiểm tra mục Alignments Blast) QHAAPVTGSDEIDIGRLVGTVIEARWWVIGITTVFALCAVVYTFFATPIYSA DALVQIEQNSGNSLVQDIGSALANKPPASDAEIQLIRSRLVLGKTVDDLDLDIAVSKNTFPIFGAGWDRL MGRQNETVKVTTFNRPKEMADQVFTLNVLDNKNYTLSSDGGFSARGQAGQMLKKEGVTLMVEAIHASPGS EFTVTKYSTLGMINQLQNSLTVTENGKDAGVLSLTYTGEDREQIRDILNSIARNYQEQNIERKSAEASKS LAFLAQQLPEVRSRLDVAENKLNAFRQDKDSVDLPLEAKAVLDSMVNIDAQLNELTFKEAEISKLYTKVH PAYRTLLEKRQALEDEKAKLNGRVTAMPKTQQEIVRLTRDVESGQQVYMQLLNKEQELKITEASTVGDVR IVDPAITQPGVLKPKKGLIILGAIILGLMLSIVGVLLRSLFNRGIESPQVLEEHGISVYASIPLSEWQKA RDSVKTIKGIKRYKQSQLLAVGNPTDLAIEAIRSLRTSLHFAMMQAQNNVLMMTGVSPSIGKTFVCANLA AVISQTNKRVLLIDCDMRKGYTHELLGTNNVNGLSEILIGQGDITTAAKPTSIAKFDLIPRGQVPPNPSE LLMSERFAELVNWASKNYDLVLIDTPPILAVTDAAIVGRHVGTTLMVARYAVNTLKEVETSLSRFEQNGI PVKGVILNSIFRRASAYQDY - Chức năng: Vào trang: https://www.uniprot.org/uniref/ Ấn BLAST  https://www.uniprot.org/blast/ - Copy đoạn protein vào ấn Run BLAST - Kết quả: - Chọn có Identity cao (tốt 100%), chọn Entry tương ứng - Kết chức mục Function:  Required for the extracellular polysaccharide colanic acid synthesis The autophosphorylated form is inactive Probably involved in the export of colanic acid from the cell to medium (Cần thiết cho tổng hợp axit polysacarit ngoại bào Các hình thức autophosphorylated khơng hoạt động Có lẽ liên quan đến việc xuất axit colanic từ tế bào sang môi trường) - Khối lượng phân tử pI: Vào trang: https://web.expasy.org/protparam/ - Nhập đoạn protein vào: - Chọn Computer parameters - Kết khối lượng: 77128,58 Da - Kết pI= 6.50 - Vị trí protein: http://phobius.sbc.su.se/ - Copy đoạn protein vào: - Ấn Gửi  Kết - Kết quả: Protein xuyên màng (CytoplasmicMembrane) 3.5 Xem cấu trúc 3D đoạn protein - Copy đoạn protein vào mục: “Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)” trang: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&PAGE_TYPE=Blast Search&BLAST_SPEC=&LINK_LOC=blasttab&LAST_PAGE=tblastn - Chọn dạng Database Protein Data Bank proteins(pdb)  ấn BLAST - Kết quả: + Chọn kết có tương đồng cao nhất: Per Ident cao + E.value thấp (càng tiến tốt); Query cover cao  Ấn vào đường link mục Accession - Ấn vào mục Protein 3D Structure - Hoặc vào trang: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/  chọn hộp thư Structure  Copy mã 3LA6 vào chạy - Kết quả: - Ấn Dowload máy  Sử dụng phần mềm Cn3D 4.3.1  mở file vừa tải để xem cấu trúc 3D - Vào mục Style  Coloring Shortcuts: Chọn màu để thể cấu trúc 3D - Các vùng khác xác định trang cấu trúc 3D download cấu trúc - Hoặc ấn vào full-featured 3D viewer - Kết sử dụng công cụ phần mềm Cn3D - Xác định tính trạng, cấu trúc Ví dụ: Chuỗi α β: Style  Coloring Shortcuts  Secondary Structure Vùng: Style  Coloring Shortcuts  Domain Vùng kỵ nước: Style  Coloring Shortcuts  Hydrophobicity Các phân tử: Style  Coloring Shortcuts  Molecule Vùng bảo thủ: Style  Coloring Shortcuts  Sequence Conservation Nhiệt độ: Style  Coloring Shortcuts  Temperature Nhận xét - Đã hồn thành mục đích thí nghiệm - Biết cách sử dụng trang mạng phổ dụng thường sử dụng CNSH - Có nhiều thơng tin nên cần lọc chọn tài liệu nhanh xác với yêu cầu - Các điều kiện chạy quan trọng, định đến kết chọn mồi - Xác định tính trạng phù hợp, xem cấu trúc để hiểu rõ protein, giúp nhiều việc làm thí nghiệm sau ... định tính trạng tìm kiếm thơng tin - Xác nhận tính trạng quan tâm: enzyme: Tyrosine kinase vi khuẩn Escherichia coli - Truy cập trang ncbi.nlm.nih.gov, chọn protein, ấn từ khóa ? ?Tyrosine kinase Escherichia. .. E .coli biến đổi, dễ tìm kiếm tự nhiên, có nhiều ứng dụng thực tiễn, sinh trưởng nhanh nên thường dùng để nhân giống gen Vì xác tịnh tính trạng enzyme E .coli cần thiết Các bước thực 3.1 Xác định. ..- Escherichia coli (vi? ??t tắt: E coli) hay trực khuẩn lị loài vi khuẩn Gram âm, phân bố rộng môi trường sống Trái Đất, hay có mặt