MỘT SỐ LƯU Ý ĐỂ ĐẢM BẢO VÀ KIỂM TRA CHẤT LƯỢNG XÉT NGHIỆM SINH HỌC PHÂN TỬ

MỘT SỐ LƯU Ý ĐỂ ĐẢM BẢO VÀ KIỂM TRA CHẤT LƯỢNG XÉT NGHIỆM SINH HỌC PHÂN TỬ Nguyen Le Thanh (MRes) thanhnl@pnt.edu.vn November 2018 BM HS-SHPT YH 1 GIỚI THIỆU CHUNG November 2018 BM HS-SHPT YH Chất lượng XNSHPT • Mơi trường XN – XNSHPT gì? • DNA/RNA/protein? – Mơi trường, hóa chất, dụng cụ thí nghiệm, v.v…: sạch, vơ trùng • Mục đích, kiến thức xét nghiệm: – Tham khảo tài liệu (ISO?) – Phải qua huấn luyện sử dụng máy móc • Máy móc: – Hiệu máy móc – Lập trình chương trình • Các sai lầm XN SHPT – Sai lầm loại loại sai lầm kết nghiên cứu cho thấy có khác biệt (như giả thuyết đặt ra), thực tế khác biệt – Sai lầm loại kết nghiên cứu cho thấy khơng có mối quan hệ yếu tố, thực tế có November 2018 BM HS-SHPT YH Các bước quy trình XN Sample collection (Blood, urine, feaces, tissue, etc.) Sample treatment, record, & storage Analysis (Diagnostic tests) Report & Diagnosis November 2018 BM HS-SHPT YH (1) Thu thập mẫu • Mẫu gì? • Lúc nào? • Trước phát bệnh? • Sau phát bệnh? • Như nào? November 2018 BM HS-SHPT YH (2) Xử lý bảo quản mẫu • Tinh loại bỏ tạp chất • Di chuyển vận chuyển • Chất chống đông? November 2018 BM HS-SHPT YH (3) PP phân tích Bảng 7.1 Một số ví dụ XN SHPT y học lâm sàng Mục đích Ví dụ XN SHPT November 2018 Tầm sốt nguy Kiểm tra dấu hiệu xơ nang Tầm soát Định tính định type HPV Chẩn đốn Tiên lượng Hướng điều trị Phân loại Xác định ung thư vú tình vào Nhiễm trạng phân nhóm đột biến vi sử dụng khuẩn gen (OncoType lao KRAS, Dx hay BRAF, Mamma Her2 Print) BM HS-SHPT YH Theo dõi Định lượng (đo tải lượng) siêu vi viêm gan C (3) PP phân tích • Định tính • PCR • Real-time PCR • Lai PT • Định lượng tuyệt đối • Real-time PCR Đường tiêu chuẩn • Định lượng tương đối • Real-time PCR gen tham chiếu • Nghiên cứu di truyền học • Giải trình tự DNA November 2018 BM HS-SHPT YH (3) PP phân tích • Các đối chứng – Chứng dương gì? – Chứng âm gì? November 2018 BM HS-SHPT YH (3) PP Phân tích: Đối chứng • Nhóm kiểm tra nhóm chứng: – Nhóm kiểm tra: Xem phản ứng có thay đổi – Nhóm chứng: Khơng tạo thay đổi • Chứng dương: – Phản ứng biết trước, chắn xảy có thay đổi • Chứng âm: – Không ứng dụng thay đổi – Để làm gì? • False positive/False negative: Dương giả/Âm giả November 2018 BM HS-SHPT YH 10 Southern Blotting - Những lỗi thường mắc phải cách giải Vấn đề Nguyên nhân Cách giải Mẫu tràn khỏi giếng (1) Ethanol mẫu (2) (1) Để ethanol bay trước Bơm mẫu vào giếng bơm mẫu vào (2) Bơm nhanh chậm Không thấy band Không đủ chất nhuộm (EthBr) Nhuộm lại gel Thấy thang Không đủ lượng DNA không thấy DNA DNA chất lượng mẫu Thử nghiệm lượng chất DNA cách chạy thử 1ug DNA khơng cắt Nền có chấm Bột từ găng tay Sử dụng găng tay không bột Band mờ (1) Ít DNA (2) Thời gian (1) Tăng lượng DNA (2) Tăng chuyển hóa thời gian lai thời gian lai chuyển hóa q (3) Nhiệt độ lai gắt (3) Giảm nhiệt độ lai November 2018 BM HS-SHPT YH 47 FISH • Được sử dụng rộng rãi • Nhiệt độ – Thích hợp với bước phản ứng • Nhiệt độ lai – Rã đơng thành phần thí nghiệm cách hợp lý • Antibody • Đoạn dò – Cần thử nghiệm độ xác trước đưa vào XNLS • Chứng? November 2018 BM HS-SHPT YH 48 Một phản ứng FISH thành cơng cần có • • • • Chất lượng mẫu Hiệu suất lai Các bước rửa sau phản ứng lai Phát kháng thể November 2018 BM HS-SHPT YH 49 2d GIẢI TRÌNH TỰ November 2018 BM HS-SHPT YH 50 Trước bắt đầu TN • • • • Chất lượng DNA khuôn Các chất ứng chế? Các hóa chất phản ứng? Primer design có thích hợp? November 2018 BM HS-SHPT YH 51 November 2018 BM HS-SHPT YH 52 November 2018 BM HS-SHPT YH 53 November 2018 BM HS-SHPT YH 54 November 2018 BM HS-SHPT YH 55 Ý • XNSHPT: DNA, primer • Quá trình chuẩn bị mẫu xử lý chất ức chế định mức độ thành cơng phản ứng • Mẫu lặp lại • Các đối chứng November 2018 BM HS-SHPT YH 56 NỘI KIỂM TRA & NGOẠI KIỂM TRA November 2018 BM HS-SHPT YH 57 Đối tượng • Các phòng TN XN SHPT • Nội KT (Internal Quality Control – IQC) • Ngoại KT (External Quality Assessment – EQA) November 2018 BM HS-SHPT YH 58 NỘI KT • Các XN: đảm bảo tiêu chuẩn, hiệu suất, thơng số khác cho nhu cầu xác định phân tích • Hiệu chuẩn: hóa chất thiết bị tần suất • Các quy trình thực xét nghiệm xem xét thông qua (Standard Operation Procedure – SOP) November 2018 BM HS-SHPT YH 59 NGOẠI KT • Giữa phòng TN • Các trung tâm uy tín độc lập – VN: Trung tâm kiểm chuẩn xét nghiệm (Ví dụ: CSQL Việt Nam) November 2018 BM HS-SHPT YH 60 THE END THANK YOU November 2018 BM HS-SHPT YH 61 ... SHPT November 2018 Tầm sốt nguy Kiểm tra dấu hiệu xơ nang Tầm soát Định tính định type HPV Chẩn đốn Tiên lượng Hướng điều trị Phân loại Xác định ung thư vú tình vào Nhiễm trạng phân nhóm đột biến... Theo dõi Định lượng (đo tải lượng) siêu vi viêm gan C (3) PP phân tích • Định tính • PCR • Real-time PCR • Lai PT • Định lượng tuyệt đối • Real-time PCR Đường tiêu chuẩn • Định lượng tương đối... gì? – Chứng âm gì? November 2018 BM HS-SHPT YH (3) PP Phân tích: Đối chứng • Nhóm kiểm tra nhóm chứng: – Nhóm kiểm tra: Xem phản ứng có thay đổi – Nhóm chứng: Khơng tạo thay đổi • Chứng dương: –