Tỉ lệ phân bố kiểu gene của siêu vi viêm gan C

Nội dung của bài viết trình bày về viêm gan siêu vi C - nguyên nhân chủ yếu dẫn đến xơ gan và ung thư gan, có nguy cơ gây tử tử vong cao, xác định tỉ lệ các kiểu gene và dưới týp (subtype) của siêu vi viêm gan C và mối liên quan với giới tính, nhóm tuổi, tải lượng siêu vi HCV ‐ RNA ở bệnh nhân viêm gan siêu vi C.

Nghiên cứu Y học  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014 TỈ LỆ PHÂN BỐ KIỂU GENE CỦA SIÊU VI VIÊM GAN C  Nguyễn Hiền Minh*, Lý Khánh Vân*, Lý Văn Xn*  TĨM TẮT  Đặt vấn đề: Viêm gan siêu vi C (HCV) là ngun nhân chủ yếu dẫn đến xơ gan và ung thư gan, có nguy  cơ gây tử vong cao. Việc xác định chính xác kiểu gene (genotype) của HCV có giá trị quan trọng trong chỉ định  điều trị. Về mặt kỹ thuật xét nghiệm sinh học phân tử, ở thời điểm hiện nay các phương pháp xác định kiểu gene  của HCV ở Việt Nam hầu hết vẫn dựa vào vùng 5’NC. Kỹ thuật xác định genotype này có sự nhầm lẫn giữa  genotype 1 và genotype 6, đưa đến kết quả geustype 1 chiếm ưu thế.  Mục tiêu nghiên cứu: Xác định tỉ lệ các kiểu gene và dưới týp (subtype) của siêu vi viêm gan C và mối liên  quan với giới tính, nhóm tuổi, tải lượng siêu vi HCV‐RNA ở bệnh nhân viêm gan siêu vi C.  Phương pháp nghiên cứu: Thiết kế nghiên cứu cắt ngang mơ tả. Đối tượng nghiên cứu là các mẫu huyết  thanh của bệnh nhân đã xác định anti‐HCV dương tính, được thực hiện tại phòng xét nghiệm sinh học phân tử ở  cơng ty Nam Khoa Biotek trong thời gian từ tháng 06 năm 2012 đến tháng 1 năm 2013. Kỹ thuật xác định kiểu  gene siêu vi viêm gan C bằng giải trình tự vùng NS5B.  Kết  quả:  Trong  tổng  số  390  trường  hợp  nghiên  cứu,  HCV  genotype  6  chiếm  tỉ  lệ  cao  nhất  với  216  trường  hợp  (55,4%),  kế  đến  là  genotype  1  với  111  trường  hợp  (28,5%),  genotype  2  chiếm  tỉ  lệ  15,6%  và  genotype 3 chiếm tỉ lệ thấp nhất là 0,5%.Genotype 1 có hai subtype là 1a và 1b; genotype 2 có hai subtype là  2a và 2b; genotype 3 có hai subtype 3a và 3b; genotype 6 có mười subtype là 6a, 6c, 6e, 6f, 6h, 6k, 6l, 6n, 6o,  và 6p. Khơng có mối liên quan giữa các genotype HCV với giới tính và nhóm tuổi. Tải lượng siêu vi trung  bình của nam giới cao hơn tải lượng siêu vi trung bình của nữ giới (P=0,036). Có mối liên quan giữa tải  lượng  siêu  vi  trung  bình  và  các  genotype  HCV.  Tải  lượng  siêu  vi  ngưỡng  thấp  chiếm  ưu  thế  tuy  nhiên  khơng có sự khác biệt giữa các genotype HCV.  Kết  luận:  Trong bốn genotype HCV được ghi nhận, genotype 6 chiếm tỉ lệ cao nhất. Khơng có mối liên  quan giữa các genotype HCV với giới tính và nhóm tuổi. Có mối liên quan giữa tải lượng siêu vi trung bình với  giới tính. Có mối liên quan giữa tải lượng siêu vi trung bình và các genotype HCV. Việc xác định genotype HCV  ở người Việt Nam nên thực hiện bằng kỹ thuật giải trình tự gene dựa trên vùng gene NS5B.  Từ khóa: Viêm gan siêu vi, kiểu gen, giải trình tự vùng NS5B  ABSTRACT  THE DISTRIBITION PATTERN OF HEPATITIS C VIRUS GENOTYPES  Nguyen Hien Minh, Ly Khanh Van, Ly Van Xuan   * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 18 ‐ Supplement of No 1 ‐ 2014: 360 ‐ 365  Background: Hepatitis C virus (HCV) has emerged as a leading cause of chronic hepatitis, liver cirrhosis  and hepatocellular carcinoma worldwide. Genotyping and assessment of the viral load is important for designing  the therapeutic strategies. HCV genotype distribution in Viet Nam has been reported. However, the identification  of HCV genotype was based on 5’Non‐Coding Gene region (5’NC) but its insufficient sequence variation limits  its usefulness for distinguishing certain isolates of HCV genotype 6 from isolates of genotype 1.  Aims: This study was aimed to identify the distribution pattern of HCV genotypes and subtypes in chronic  * Đại học Y Dược Tp. Hồ Chí Minh  Tác giả liên lạc: BS. Nguyễn Hiền Minh   360 ĐT: 0908445498  Email: nguyenhienminh177@yahoo.com  Chuyên Đề Nội Khoa  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014  Nghiên cứu Y học hepatitis patients and their association with the viral load, gender and age.  Methods: This is a  cross‐sectional  descriptive  study.  Anti‐HCV  positive  serum  samples  were  collected  at  Nam Khoa Biotek Co. from June 2012 to January 2013. The Non‐Structural 5B (NS5B) region of the positive  samples were subsequently amplified by RT‐PCR followed by direct sequencing and phylogenetic analysis.  Results: Among three hundred and ninety HCV‐RNA positive samples, nucleotide sequencing of the NS5B  showed that genotype 6 was the most prevalent genotype in this study (55.4%), followed by genotype 1 (28.5%),  genotype 2 (15.6%) and genotype 3 (0.5%). Multiple HCV subtypes were successfully characterized as 1a, 1b,  2a, 2b, 3a, 3b, 6a, 6c, 6e, 6f, 6h, 6k, 6l, 6n, 6o, 6p. As a whole, the viral loads in male patients were higher than in  female  (P=0.036)  and  the  levels  of  mean  viral  loads  in  most  serum  samples  are  low  viral  load  (HCV  –  RNA  400.000 90 (81,1) 21 (18,9) p PR (KTC 95%) 0,61 54 (88,5) (11,5) (0,27 – 1,34) 0,469 Không xác (100,0) định 1,05 173 (80,1) 43 (19,9) (0,66 – 1,68) Nhận  xét:  Tải  lượng  siêu  vi  HCV  –  RNA  trung  bình  là  399248,2  ±  488826  IU/mL.  Giá  trị  trung bình của tải lượng siêu vi HCV genotype 2  cao  nhất  so  với  các  genotype  còn  lại.  Sự  khác  nhau về tải lượng siêu vi trung bình của các loại  genotype  là  có  ý  nghĩa  thống  kê  (p400.000 Subtype 6a 80 (89,9) (10,1) Genotype Subtype 6e 69 (72,6) 26 (27,4) Subtype khác 24 (75,0) (25,0) p PR (KTC 95%) 2,71 0,010 (1,34 – 5,45) 2,47 (1,04 – 5,86) Nhận xét:  Có  mối  liên  quan  có  ý  nghĩa  thống  kê  giữa  phân bố tải lượng siêu vi với subtype 6a, 6e, và  các subtype khác của genotype 6 (p=0,010).  Subtype  6e  có  tải  lượng  siêu  vi  cao  (>400.000UI/ml)  nhiều  gấp  2,71  lần  subtype  6a  và các subtype 6 còn lại cũng có tải lượng siêu vi  cao nhiều gấp 2,47 lần subtype 6a.  BÀN LUẬN  Về tỉ lệ genotype HCV  Tỉ  lệ  genotype  HCV  của  các  nghiên  cứu  được ghi nhận như sau:  Bảng 9  Tác giả Kỹ thuật định genotype Hồ T.Đạt (2006) Hồ T Đạt (2012) Nguyễn T Bảo (2009) Trịnh H Tình (2010) Phương T Hà (2011) INNOLipa 5’NC Sequencing 5’NC Sequencing 5’NC RT Realtime PCR 5’NC RT Realtime PCR 5’NC Nhiễm 58,4% 59,98% 71% 55% 66,23% Tỉ lệ genotype HCV 13,1% 0,3% 23,9% 15,82% 0,05% 24,15% 10,3% 0,05% 18,6% 7.5% 0% 37,5% 2,19% 0% 30,7% Genotype khác 4,3%* 0,05% (4a) 0,88%* 363 Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014 Nghiên cứu Y học  Tác giả Kỹ thuật định genotype Vũ T.T Vân (2011) Cao M Nga (2011) Phạm Đ Anh (2009) Phạm H Vân (2011) Dunfort L (2012) Chúng (2012-2013) RT Realtime PCR 5’NC RT Realtime PCR 5’NC Sequencing NS5B core Sequencing NS5B Sequencing NS5B core/E1 Sequencing NS5B 63,26% 65,6% 48,9% 30,4% 60% 28,5% Tỉ lệ genotype HCV 7,14% 0% 29,6% 15,8% 0% 15,8% 0% 5,2% 45,9% 15,2% 0% 54,4% 0,4% 1,8% 37,8% 15,6% 0,5% 55,4% Genotype khác 0,8%* * không xác định được genotype  Kết quả nghiên cứu 390 trường hợp, chúng  tôi  ghi  nhận  tỉ  lệ  genotype  1  là  28,5%  và  tỉ  lệ  genotype  6  là  55,4%  khác  với  kết  quả  nghiên  cứu  trước  đây  của  các  tác  giả.  Trong  khi  nghiên  cứu  của  các  tác  giả  khác  cho  thấy  tỉ  lệ  genotype 1 dao động từ 55% đến 71%, cao hơn  từ  2  đến  3  lần  so  với  tỉ  lệ  của  genotype  6.  Sự  khác biệt này có thể giải thích do kỹ thuật xác  định genotype HCV của chúng tơi khác so với  các nghiên cứu trước đây.  Việc  xác  định  genotype  HCV  trước  đây  thường  dựa  vào  sự  khác  biệt  về  trình  tự  vùng  5’NC,  tức  là  vùng  khơng  mã  hóa  trên  bộ  gene  của  HCV,  do  đó  đều  cho  kết  quả  genotype  1  chiếm ưu thế. Tuy nhiên gần đây các cơng trình  nghiên  cứu  trên  thế  giới  đã  chứng  minh  là  xét  nghiệm  xác  định  genotype  HCV  dựa  trên  sự  khác  biệt  trình  tự  vùng  5’NC  là  khơng  đủ  khả  năng  để  phân  biệt  được  nhiều  subtype  của  genotype  6  với  genotype  1,  vì  vậy  sẽ  có  khá  nhiều  trường  hợp  được  xác  định  genotype  1  nhưng thật ra là genotype 6. Sự nhầm lẫn này có  thế lên đến 40‐60%, do đó các tác giả đã khuyến  cáo  sử  dụng  giải  trình  tự  đoạn  NS5B  để  phân  loại genotype của HCV.  Do cùng thực hiện kỹ thuật giải trình tự trên  vùng  NS5B  nên  kết  quả  nghiên  cứu  của  chúng  tôi  tương  đồng  với  cơng  trình  nghiên  cứu  của  Phạm Hùng Vân với tỉ lệ HCV genotype 6 chiếm  ưu thế là 55,4% ‐ kế đến là HCV genotype 1 có tỉ  lệ  là  28,5%.  Tuy  nhiên  trong  nghiên  cứu  của  chúng  tơi  có  xác  định  được  tỉ  lệ  genotype  3  là  0,5%, điều này phù hợp với kết quả nghiên cứu  của các tác giả khác về sự hiện diện với tỉ lệ rất  thấp  của  HCV  genotype  3  trong  bệnh  nhân  VGSVC ở Việt Nam.   364 Về  mối  liên  quan  giữa  các  genotype  với  giới tính và nhóm tuổi  Về giới tính, kết quả nghiên cứu của chúng  tơi  cũng  như  các  tác  giả  khác  đều  ghi  nhận  khơng có mối liên quan có ý nghĩa thống kê giữa  các genetype HCV với giới tính.  Về nhóm tuổi, nghiên cứu của chúng tơi ghi  nhận bệnh nhân trong nhóm tuổi 40‐59 chiếm đa  số (tỉ lệ 61%). Tỉ lệ nhiễm HCV nhóm tuổi 40‐59  ở genotype 1,2 và 6 là 61,3%, 64% và 60,6%. Điều  này cho thấy HCV tồn tại lâu dài do có khả năng  rất cao để thốt khỏi sự kiểm sốt của hệ thống  miễn dịch. Hầu hết các số liệu được công bố trên  thế giới cũng cho thấy rằng tần số của anti‐HCV  tăng  theo  tuổi.  Tuy  nhiên  chúng  tôi  ghi  nhận  khơng có mối liên quan giữa các genotype HCV  và nhóm tuổi (p=0,073).  Về mối  liên quan giữa các genotype  HCV  và tải lượng siêu vi  Tải  lượng  siêu  vi  HCV‐RNA  trung  bình  trong  nghiên  cứu  của  chúng  tơi  là  399248  ±  488826  IU/mL.  Giá  trị  trung  bình  định  lượng  HCV‐RNA  của  genotype  2  là  cao  nhất  6,26  x105  IU/mL,  kế  đến  là  genotype  6  (3,96  x105  IU/mL)  và  genotype  1  (2,67  x105  IU/mL);  genotype 3 có tải lượng siêu vi trung bình thấp  nhất  (0,37  x105  IU/mL).  Sự  khác  nhau  về  tải  lượng siêu vi trung bình của các loại genotype  là có ý nghĩa thống kê (p=0,037).  Kết  quả  nghiên  cứu  tải  lượng  siêu  vi  theo  ngưỡng  cao/thấp  ở  genotype  1,  genotype  2,  genotype  3  và  genotype  6  cho  thấy  tải  lượng  siêu vi thấp chiếm ưu thế (trên 80%). Chúng tơi  ghi  nhận  khơng  có  mối  liên  quan  có  ý  nghĩa  thống kê giữa phân bố tải lượng siêu vi cao/thấp  Chun Đề Nội Khoa  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014  và các genotype HCV (p=0,469).  TÀI LIỆU THAM KHẢO  Tuy  nhiên,  đối  với  genotype  6,  nghiên  cứu  của  chúng  tôi  cho  thấy  có  mối  liên  quan  có  ý  nghĩa  thống  kê  giữa  phân  bố  tải  lượng  siêu  vi  ngưỡng  cao/thấp  và  các  subtype  (bảng  8).  Subtype  6e  có  tải  lượng  siêu  vi  cao  nhiều  gấp  2,71  lần  subtype  6a.  Các  subtype  6  khác  có  tải  lượng siêu vi cao nhiều gấp 2,47 lần subtype 6a.  Như vậy dự đốn khả năng đáp ứng với điều trị  của  bệnh  nhân  có  subtype  6a  sẽ  tốt  hơn  so  với  các  subtype  khác  của  genotype  6,  nhất  là  genotype 6e.  KẾT LUẬN  Qua nghiên cứu 390 trường hợp về tỉ lệ phân  bố kiểu gene siêu vi viêm gan C bằng kỹ thuật  giải trình tự vùng gene NS5B cho thấy:  ‐  Trong  bốn  genotype  HCV  được  ghi  nhận,  genotype 6 chiếm tỉ lệ cao nhất.  ‐ Genotype 1 có hai subtype là 1a và 1b với tỉ  lệ  tương  ứng  là  54,1%  và  45,9%.Genotype  2  có  hai  subtype  là  2a  và  2b  với  tỉ  lệ  tương  ứng  là  96,7% và 3,3%.Genotype 3 có một subtype 3a và  một subtype 3b.Genotype 6 có mười subtype là  6a,  6c,  6e,  6f,  6h,  6k,  6l,  6n,  6o,  và  6p  trong  đó  chiếm  tỉ  lệ  cao  là  subtype  6e  (44%),  subtype  6a  (41,2%),  và  subtype  6l  (6%);  các  subtype  khác  chiếm tỉ lệ rất thấp (dưới 3%).  ‐ Khơng có mối liên quan giữa các genotype  HCV với giới tính và nhóm tuổi.  10 11 Nghiên cứu Y học European Association for the Study of the Liver (2011). EASL  Clinical Practice Guidelines: Management of hepatitis C virus  infection.  Journal  of  Hepatology,  50(2),  pp.245‐264.  Retrieved  from http://www.easl.eu/_clinical‐practice‐guideline  Hisada  M,  Chatterjee  N,  Zhang  M,  Battjes  RJ,  Goedert  JJ  (2003). ʺIncreased hepatitis C virus load among injection drug  users  infected  with  human  immunodeficiency  virus  and  human  T  lymphotropic  virus  type  IIʺ.  J  Infect  Dis.,  188(6),  pp.891‐897.  Hồ Tấn Đạt, Phạm Thị Thu Thủy, Nguyễn Thanh Tòng và cs  (2006). ʺKiểu gen của siêu vi viêm gan C ở Việt Namʺ. Tạp chí  Y học TP. Hồ Chí Minh, Tập 10(1), tr.28‐34.  Nguyen  MH,  Trinh  HN,  Ruel  Garcia,  et  al.  (2008).  ʺHigher  rate  of  sustained  virologic  response  in  chronic  hepatitis  C  genotype  6  treated  with  48  weeks  versus  24  weeks  of  peginterferon  plus  ribavirinʺ.  Am.  J.  Gastroenterol,  103(5),  pp.1131‐1135.  Nguyễn  Thanh  Bảo,  Phạm  Hùng  Vân.  (2009).  ʺÁp  dụng  kỹ  thuật giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR thu nhận được từ  thử nghiệm RT Realtime‐PCR vùng 5ʹNC để làm xét nghiệm  định kiểu gen HCVʺ. Y học TP. Hồ Chí Minh, Tập 13(1), tr.242‐ 247.  Phạm DA, Leuangwutivong P, Jittmittraphap A (2009). ʺHigh  prevalence  of  Hepatits  C  Virus  genotype  6  in  Viet  Namʺ.  AsianPac. J. Allergy Immunol, 27(2), pp.153‐160.  Phạm  Hồng  Phiệt,  Đơng  Thị  Hồi  An,  Lý  Trần  Thụy  Vi  (2012). ʺỞ phía Nam Việt Nam, phần lớn HCV‐GT1 xác định  bằng  vùng  5ʹUTR  thực  ra  là  thuộc  HCV‐GT6  khi  xác  định  vùng NS5Bʺ. Tạp chí Gan mật Việt Nam, Số 20, tr.7‐12.  Phạm  Hùng  Vân,  Võ  Đức  Xuyên  An  (2012).  ʺCập  nhật  khả  năng các xét nghiệm sinh học phân tử trong viêm gan siêu vi  mạn tínhʺ. Tạp chí Y học TP. Hồ Chí Minh, Tập 16(3), tr.8‐19.  Phạm Thị Thu Thủy, Hồ Tấn Đạt (2011). ʺThời gian điều trị  tối  ưu  đối  với  bệnh  nhân  viem  gan  siêu  vi  C  mạn  tính  genotype 6ʺ. Tạp chí Gan mật Việt Nam, Số 16, tr.38‐39.  Phương Thị Hà (2011). Xác định kiểu gen virus viêm gan C trong  huyết thanh bệnh nhân viêm gan C bằng kỹ thuật sinh học phân tử  Realtime‐PCR. Đại học Khoa học Tự nhiên Hà Nội: Luận văn  Thạc sĩ Vi sinh vật học.  Trương Thái Phương (2008). Nghiên cứu đặc điểm nhiễm virus  viêm  gan  C  ở  bệnh  nhân  chạy  thận  nhân  tạo  tại  Bệnh  viện  Bạch  Mai. Đại học Y Hà Nội: Luận văn Thạc sĩ Y học.  Pham  HV,  Nguyen  HDP,  Ho  PT,  et  al  (2011).  ʺVery  high  prevalence  of  Hepatitis  C  Virus  Genotype  6  Variants  in  Southern  Viet  Nam:  large  scale  survey  based  on  sequence  determinationʺ. Jpn. J. Infect. Dis, 64, pp.537‐539.  ‐  Có  mối  liên  quan  giữa  tải  lượng  siêu  vi  trung  bình  với  giới  tính  và  với  các  genotype  HCV.  12 ‐  Có  mối  liên  quan  giữa  tải  lượng  siêu  vi  theo  ngưỡng  cao/thấp  với  các  subtype  của  genotype  6:  tỉ  lệ  subtype  6e  và  các  subtype  6  khác có tải lượng siêu vi ngưỡng cao nhiều hơn  so với subtype 6a.  Ngày nhận bài báo: 18/11/2013  Ngày phản biện nhận xét bài báo: 26/11/2013  Ngày bài báo được đăng: 05/01/2014      Nhiễm 365 ... Sau hơn 20 năm kể từ khi siêu vi vi m gan C (Hepatits C virus = HCV) đư c khám phá, bệnh  vi m gan siêu vi C (VGSVC) trở thành vấn đề y  tế tồn c u và là ngun nhân hàng đầu c a c c bệnh về gan.  Hiện nay vi c điều trị bệnh VGSVC ... giảm bớt chi phí điều trị c ng như c c t c dụng  phụ  c a thu c,   góp  phần  nâng  cao  chất  lượng  cu c sống c a bệnh nhân VGSVC.  M c tiêu nghiên c u  M c tiêu tổng qt  X c định tỉ lệ c c kiểu gene c a siêu vi vi m ... X c định tỉ lệ c c kiểu gene c a siêu vi vi m  gan C và mối liên quan với giới tính, nhóm tuổi,  tải lượng siêu vi HCV‐RNA.  M c tiêu c  thể  ‐  X c định  tỉ lệ phân bố c c genotype  HCV  c a bệnh  nhân  VGSVC