Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn phân lập tại khoa phục hồi chức năng ở bệnh viện bạch mai từ tháng 01 12 2018

BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Đào Thị Ngọc Bích CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ MỨC ĐỘ NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TẠI KHOA PHỤC HỒI CHỨC NĂNG Ở BỆNH VIỆN BẠCH MAI TỪ THÁNG 01-12/2018 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội - 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Đào Thị Ngọc Bích CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ MỨC ĐỘ NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TẠI KHOA PHỤC HỒI CHỨC NĂNG Ở BỆNH VIỆN BẠCH MAI TỪ THÁNG 01-12/2018 Chuyên ngành: Động vật học (Vi sinh vật y học) Mã số: 8420103 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Hướng dẫn 1: TS Phạm Hồng Nhung Hướng dẫn 2: PGS TS Phí Quyết Tiến Hà Nội - 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan những số liệu và kết quả là bản thân tham gia thực hiện nghiên cứu nghiêm túc và trung thực Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm với những kết quả đã nêu luận văn LỜI CẢM ƠN Trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn này, đã nhận được rất nhiều sự giúp đỡ tận tình của thầy cô, đồng nghiệp, bạn bè và gia đình Tôi xin chân thành cảm ơn Ban giám đốc Học viện Khoa học công nghệ, Phòng đào tạo Học viện Khoa học công nghệ - Viện hàn lâm Khoa học công nghệ đã tạo điều kiện thuận lợi cho quá trình học tập trường Đặc biệt, xin được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới: Ts Phạm Hồng Nhung, Phó chủ nhiệm Bợ mơn Vi sinh - Trường Đại học Y Hà Nợi, Phó khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai đã dìu dắt, hướng dẫn trực tiếp, giúp đỡ tận tình, và cho những ý kiến quý báu để hoàn thành luận văn này tơi PGS.TS Phí Quyết Tiến, Viện phó - Viện cơng nghệ sinh học, Viện hàn lâm Khoa học và công nghệ đã hướng dẫn, tư vấn, dạy dỗ tôi, đã tạo điều kiện giúp đỡ quá trình học tập, nghiên cứu và thực hiện luận văn này Bằng tất cả lòng biết ơn và kính trọng, tơi xin chân thành cảm ơn: PGS.TS Lương Tuấn Khanh - Giám đốc trung tâm PHCN Bệnh viện Bạch Mai đã cho phép và tạo mọi điều kiện thuận lợi để thực hiện luận văn này trung tâm Ths Trương Thái Phương, Phụ trách khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai đã hướng dẫn, tạo điều kiện thuận lợi và dẫn hoàn thành luận văn này Tôi cũng xin chân thành cảm ơn tất cả các đồng nghiệp của Khoa Vi sinh - Bệnh viện Bạch Mai, khoa PHCN, phòng Kế hoạch tổng hợp những người đã tạo điều kiện giúp đỡ vượt qua những khó khăn quá trình học tập, làm việc và nghiên cứu Và cuối cùng, xin dành những tình cảm trân trọng nhất cho những người thân gia đình đã đợng viên tơi vượt qua những khó khăn quá trình học tập, làm việc và nghiên cứu CÁC CHỮ VIẾT TẮT TRONG LUẬN VĂN CAUTI : NKTN liên quan đến ống thông tiểu CFU : Colony forming unit ESBL : Extended spectrum beta - lactamase NKBV : Nhiễm khuẩn bệnh viện NKTN : Nhiễm khuẩn tiết niệu PHCN : Phục hồi chức E coli : Escherichia coli K pneumoniae : Klebsiella pneumoniae P aeruginosa : Staphycoccus aureus S aureus : Pseudomonas aeruginosa DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Tỷ lệ phân lập các tác nhân gây NKTN 50 Bảng 3.2 Tỷ lệ phân lập nhóm tác nhân 51 Bảng 3.3 Tỷ lệ các tác nhân phân lập gây NKTN 52 Bảng 3.4 Tỷ lệ mắc NKTN bệnh viện 54 Bảng 3.5 Căn nguyên gây NKTN bệnh viện 55 Bảng 3.6 Tỷ lệ NKTN liên quan đến thời gian đặt ống thông tiểu 56 Bảng 3.7 Dấu hiệu lâm sàng của NKTN bệnh viện 58 Bảng 3.8 Mật độ NKTN liên quan đến đặt ống thông tiểu/1000 ngày đặt ống thông tiểu 59 Bảng 3.9 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E coli qua một số nghiên cứu bệnh phẩm nước tiểu 62 Bảng 3.10 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E coli qua một số nghiên cứu bệnh phẩm máu và bệnh phẩm hô hấp 63 Bảng 3.11 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K pneumoniae qua một số nghiên cứu bệnh phẩm nước tiểu 65 Bảng 3.12 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K pneumoniae qua một số nghiên cứu bệnh phẩm hô hấp và bệnh phẩm máu 66 Bảng 3.13 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của P aeruginosa qua một số nghiên cứu và ngoài nước 69 DANH MỤC HÌNH VẼ, BIỂU ĐỒ Hình 1.1 Khung thời gian nhiễm khuẩn bệnh viện Hình 1.2 Khung thời gian giai đoạn cửa sổ 10 Hình 1.3 Khung thời gian dấu hiện và triệu chứng xảy trước ngày lấy mẫu 11 Hình 1.4 Khung thời gian dấu hiệu và triệu chứng xảy sau ngày lấy mẫu .11 Hình 1.5 Khung thời gian biến cố 14 ngày 11 Hình 1.6 Khung thời gian liên quan đến CAUTI 12 Hình 1.7 Khuẩn lạc E coli môi trường nuôi cấy UTI agar 18 Hình 1.8 Khuẩn lạc K pneumoniae môi trường nuôi cấy UTI agar 19 Hình 1.9 Khuẩn lạc P aeruginosa môi trường nuôi cấy UTI agar 21 Hình 1.10 Khuẩn lạc Enterococcus sp môi trường nuôi cấy UTI agar 22 Hình 1.11 Khuẩn lạc S aureus môi trường nuôi cấy UTI agar 23 Hình 1.12 Khuẩn lạc A baumanii môi trường nuôi cấy UTI agar 25 Hình 1.13 Khuẩn lạc E aerogenens môi trường nuôi cấy UTI agar 26 Hình 1.14 Nhuộm Gram bệnh phẩm lâm sàng nước tiểu 28 Hình 1.15 Bộ sinh phẩm test 10 thông số nước tiểu 29 Hình 1.16 Bệnh phẩm nước tiểu được nuôi cấy 30 Hình 1.17 Kết quả định danh API 20E của chủng Proteus mirabilis 31 Hình 1.18 Hệ thống máy định danh Vitek COMPACT .32 Hình 1.19 Hệ thông máy định danh MALDI - TOF 33 Hình 1.20 Kết quả kháng sinh đồ của chủng P aeruginosa 35 Hình 1.21 Kết quả Etest của chủng K pneumonie 36 Hình 1.22 Kháng sinh đồ pha loãng môi trường canh thang 37 Hình 1.23 Kháng sinh đồ pha loãng thạch 38 Hình 2.1 Quy trình nghiên cứu 43 Biều đồ 3.1 Tỷ lệ phân lập nhóm tác nhân ………………………………51 Biểu đồ 3.2 Tỷ lệ các tác nhân phân lập gây NKTN 52 Biểu đồ 3.3 Tỷ lệ người bệnh mắc nhiễm khuẩn bệnh viện 54 Biểu đồ 3.4 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của E coli (n = 161) .61 Biểu đồ 3.5 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của K pneumoniae (n = 59) 64 Biểu đồ 3.6 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của Enterococcus sp (n = 48) 67 Biểu đồ 3.7 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của P aeruginosa (n = 34) 68 MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH VẼ, BIỂU ĐỒ MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Nhiễm khuẩn tiết niệu, nhiễm khuẩn bệnh viện và nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến catheter 1.1.1 Nhiễm khuẩn tiết niệu 1.1.1.1 Định nghĩa 1.1.1.2 Tiêu chuẩn vi sinh đánh giá NKTN 1.1.1.3 Nhận định NKTN theo triệu chứng lâm sàng 1.1.2 Nhiễm khuẩn bệnh viện 1.1.2.1 Định nghĩa 1.1.2.2 Nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện 1.1.3 Nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến ống thông tiểu (CAUTI) 1.1.3.1 Đặt ống thông tiểu 1.1.3.2 Một số thuật ngữ 1.1.3.3 CAUTI 1.2 PHÂN LOẠI 1.2.1 Phân loại theo thể bệnh 1.2.2 Phân loại theo chế bệnh sinh 1.2.2.1 Nhiễm khuẩn tiết niệu ngược dòng 1.2.2.2.Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường máu 1.2.2.3 Nhiễm khuẩn tiết niệu theo đường bạch huyết 1.2.2.4 Nhiễm khuẩn tiết niệu từ các quan phụ cận 1.3 TÌNH HÌNH NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ CĂN NGUYÊN GÂY NKTN THƯỜNG GẶP 1.3.1 Tình hình nhiễm khuẩn tiết niệu 1.3.2 Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu thường gặp 1.3.2.1 Escherichia coli 1.3.2.2 Klebsiella pneumoniae 1.3.2.3 Pseudomonas aeruginosa 1.3.2.4 Entercoccus sp 1.3.2.5 Staphycoccus aureus 1.3.2.6 Acinetobacter sp 1.3.2.7 Enterobacter sp 1.4 PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐỐN PHỊNG XÉT NGHIỆM CĂN NGUYÊN GÂY NKTN 1.4.1 Phương pháp lấy bệnh phẩm 1.4.2 Nhuộm Gram 1.4.3 Kỹ thuật chẩn đoán nhanh 1.4.4 Nuôi cấy và định danh 1.4.4.1 Nuôi cấy 1.4.4.2 Định danh 1.4.4.3 Sinh học phân tử…………………………………………… 34 1.5 KỸ THUẬT XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ NHẠY CẢM 1.5.1 Phương pháp kháng sinh khuếch tán 1.5.1.1 Phương pháp kháng sinh đồ khoanh giấy kháng sinh khuếch tán 1.5.1.2 Phương pháp kháng sinh đồ dải giấy khuếch tán theo bậc nồng độ (Etest) 1.5.2 Phương pháp kháng sinh đồ pha loãng 1.5.2.1 Pha loãng canh thang kháng sinh 1.5.2.2 Pha loãng thạch 1.5.3 Hệ thống tự động 1.5.3.1 Máy VITEK 1.5.3.2 Máy M50 CHƯƠNG NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU 2.2 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 2.2.1 Tiêu chuẩn chọn mục tiêu cho NKTN 2.2.2 Tiêu chuẩn chọn bệnh nhân cho mục tiêu ca bệnh giám sát 2.2.3 Tiêu chuẩn loại trừ 2.3 VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU 2.3.1 Bệnh phẩm 2.3.2 Môi trường nuôi cấy, định danh và làm kháng sinh đồ vi khuẩn 41 2.3.1.1 Môi trường nuôi cấy vi khuẩn 2.3.1.2 Môi trường làm kháng sinh đồ vi khuẩn 2.3.1.3 Các hóa chất khác 2.3.1.4 Các dụng cụ khác 2.4 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu 2.4.2 Phương pháp lấy mẫu 2.4.3 Phương pháp thu thập số liệu 2.4.4 Quy trình nghiên cứu: 2.4.5 Các bước tiến hành 2.4.5.1 Xử lý bệnh phẩm 2.4.5.2 Nuôi cấy 2.4.5.3 Đọc kết quả 2.4.6 Định danh và làm kháng sinh đồ 71 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 KẾT LUẬN Nghiên cứu 728 mẫu cấy nước tiểu của 618 bệnh nhân nằm điều trị khoa PHCN - Bệnh viện Bạch Mai thời gian từ tháng 1/2018 đến tháng 12/2018, chúng rút một số kết luận sau đây: 4.1.1 Căn nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu 391/728 (53,7%) mẫu nước tiểu đã được nuôi cấy, phân lập tác nhân gây bệnh Phát hiện được 32 bệnh nhân mắc NKTN bệnh viện chiếm 5,2% Mật độ nhiễm khuẩn tiết niệu/1000 ngày thông tiểu liên quan đến ống thông tiểu chiếm 2,5 Trong nhóm tác nhân gây NKTN, vi khuẩn Gram âm chiếm ưu với 82,9%, vi khuẩn Gram dương chiếm 13,5% E coli (41,2%), sau đến K pneumoniae (15,1%), Enterococcus sp (12,3%), P aeruginosa (8,7%) E coli (41,2%), K pneumoniae (23,5%), Enterococcus sp (14,7%), P aeruginosa (11,8%) là nguyên gây NKTN bệnh viện chủ yếu Tỷ lệ nhiễm khuẩn nhóm lưu thông tiểu gây nhiễm khuẩn bệnh viện 15 ngày là lớn nhất chiếm 93,7% Triệu chứng nhiễm khuẩn tiết niệu hay gặp nhất là sốt chiếm 100% 4.1.2 Mức độ nhạy cảm kháng sinh Trên 80% E coli có tỉ lệ nhạy cảm rất cao với các kháng sinh carbapenems Trong nhóm aminoglycosides, vi khuẩn đã đề kháng gentamycin 47% lại nhạy cảm tốt với amikacin 87,3% Trên 90% các chủng E coli còn nhạy cảm với fosfomycin và nitrofurantoin K pneumonae đã giảm nhạy cảm với tất cả nhóm kháng sinh fosmycin, aminoglycosides, nhóm nitrofurations (21,6 - 47,9%) còn nhạy cảm cao với nhóm carbapenems (61,2 - 69,4%) Các nhóm kháng sinh dùng cho NKTN hầu hoạt tính K pneumoniae phân lập được Đã có gần 20% các chủng Enterococcus sp kháng với vancomycin chưa gặp chủng nào đề kháng với linezolid Nhóm quinolones hầu 72 đã bị kháng gần hết P aeruginosa đã giảm nhạy cảm cefepime 28,6%, nhóm aminoglycosides (14,3 - 20,7%), ciprofloxacin (14,3%) 4.2 KIẾN NGHỊ Để hạn chế việc NKTN cũng NKTN liên quan đến ống thông cần: Giảm thời gian đặt ống thông tiểu hoặc thay ống thông tiểu thời gian lưu ống thông tiểu >10 ngày Thực hiện tốt nguyên tắc vô khuẩn tiến hành đặt ống thông Tăng cường công tác phòng ngừa và kiểm soát nhiễm khuẩn để hạn chế lây lan Để sử dụng kháng sinh NKTN điều trị hiệu quả hạn chế sự gia tăng đề kháng kháng sinh cần lựa chọn kháng sinh điều trị theo kết quả kháng sinh đồ 73 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Hà Phan Hải An, 2017, Nhiễm khuẩn tiết niệu, Bài giảng Bệnh học nội khoa, Bộ môn Nội trường Đại học Y Hà Nội, tr 385-398 Phạm Thị Hoài An, 2014, Khảo sát kháng kháng sinh Klebsiella pneumonia viện Pasteur TP Hồ Chí Minh, Luận văn thạc sĩ sinh học, Đại học sư phạm Thành phớ Hồ Chí Minh Lê Thị Bình, 2012, Tình trạng nhiễm khuẩn tiết niệu người bệnh đặt xông tiểu các khoa lâm sàng bệnh viện Bạch Mai, Tạp chí y học dự phòng, 12(7), tr 125-134 Lê Huy Chính, 2009, Staphylococcus, Vi sinh vật y học, Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam, tr 45-61 Nguyễn Duy Cường, 1996, Nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh nhân hồi sức cấp cứu có đặt ống thông bàng quang, Luận văn thạc sĩ y học, Đại học Y Hà Nội, Hà Nội Đinh Hữu Dung, 2009, Vi khuẩn Gram âm, Vi sinh vật y học, Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam, tr 198-252 Đinh Hữu Dung, 2009, Một số vi khuẩn đường ruột gây nhiễm trùng hội thường gặp, Vi khuẩn y học, Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam, Hà Nội, tr 247-259 Nguyễn Ngọc Dự, 2011, Bước đầu tìm hiểu tình trạng nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh nhân liệt tủy trung tâm phục hồi chức năng, Bệnh viện Bạch Mai, Khóa ḷn tớt nghiệp bác sĩ đa khoa, Đại học Y Hà Nội, Hà Nội Bùi Hồng Giang, 2013, Nghiên cứu đặc điểm vi khuẩn điều trị nhiễm khuẩn bệnh viện khoa Hồi sức tích cực Bệnh viện Bạch Mai năm 2012, Luận văn thạc sĩ y học, Đại học Y Hà Nội, Hà Nội 10 Trần Văn Hinh, 2008, Giải phẫu và sinh lý hệ tiết niệu liên quan đến nhiễm khuẩn tiết niệu, Nhiễm khuẩn tiết niệu, Nhà Xuất bản y học Hà Nội, tr 9-68 74 11 Mai Thị Lan Hương, 2011, Căn nguyên gây nhiễm trùng huyết mức độ kháng kháng sinh vi khuẩn phân lập bệnh viện Bạch Mai từ 01/01/2011 đến 30/06/2011, Luận văn thạc sĩ y học, Đại học Y Hà Nội, Hà Nôi 12 Nguyễn Thị Huệ, 2013, Đánh giá tình trạng nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh nhân sau phẫu thuật chấn thương cột sống có liệt tủy khoa phẫu thuật thần kinh Bệnh viện Việt Đức, Khóa ḷn tớt nghiệp cử nhân điều dưỡng, Đại học Y Hà Nội, Hà Nội 13 Vũ Thị Thanh Hà, 2004, Đánh giá tình trạng nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh viện bệnh nhân hồi sức cấp cứu có đặt ống thông bàng quang, Luận văn tốt nghiệp cử nhân điều dưỡng, Đại học Y Hà Nội, Hà Nội 14 Nguyễn Thị Kim Liên, 2016, Tình hình nhiễm khuẩn tiết niệu bệnh nhân bị tổn thương tủy sớng, Tạp chí nghiên cứu y học, 450(2), tr 108-112 15 Bùi Thị Mùi, 2014, Tỷ lệ nhiễm mang gen kháng cephalosporin hệ quinolone chủng Klebsiella gây nhiễm khuẩn hô hấp phân lập Bệnh viện Nhi Tung ương 2009-2010, Luận văn tiến sỹ y học, Viện vệ sinh dịch tễ trung ương, Hà Nội 16 Đoàn Mai Phương, 2011, Đánh giá mức độ đề kháng kháng sinh của các vi khuẩn gây bệnh phân lập Bệnh viện Bạch Mai năm 20082009-2010, Tạp chí y học lâm sàng, Bệnh viện Bach Mai, 61, tr 192-199 17 Đoàn Mai Phương, 2012, Xét nghiệm cấy nước tiểu tìm vi khuẩn gây bệnh, Bài giảng vi sinh vật lâm sàng, Khoa vi sinh bệnh viện Bạch Mai, tr 95-99 18 Lê Văn Phủng, 2009, Họ Pseudomonadaceae, Vi sinh vật y học, Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam, tr 290-305 19 Nguyễn Sâm, 2016, Tình hình đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây nhiễm khuẩn hô hấp bệnh viện Bạch Mai năm 2016, Đề tài nghiên cứu sở Bệnh viện Bạch Mai, Hà Nội 75 20 Nguyễn Bửu Triều, 2000, Nhiễm khuẩn tiết niệu-sử dụng kháng sinh, Bài giảng Bệnh học Ngoại Khoa, Bộ môn Ngoại trường đại học Y Hà Nội, Tập 2, Nhà xuất bản y học Hà Nội, tr 150-159 21 Nguyễn Thị Tuyến, 2009, Cầu khuẩn Gram dương, Vi sinh vật y học, Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam, tr 23-44 22 Nguyễn Thị Tuyến, 2018, Phân tích thực trạng sư dụng kháng sinh carbapenem bệnh viện bạch mai, Luận văn thạc sĩ dược học, Đại học dược Hà Nội, Hà Nội 23 Nguyễn Vũ Trung, 2009, Acinetobacter, Vi sinh vật y học, Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam, tr 319-335 TIẾNG ANH 24 Arias C.A., Murray B.E., 2012, The Rise of the Enterococcus: Beyond Vancomycin Resistance, Nature Reviews Microbiology, 10(4), pp 266-278 25 Alam M S., Pillai P K., Prem Kapur, Pillai K K., 2011, Resistant patterns of bacteria isolated from bloodstream infections at a university hospital in Delhi, Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences, 3(4), pp 525530 26 Alagesan M., Gopalakrishnan R., Panchatcharam S.N., Dorairajan S., Mandayam Ananth T., Venkatasubramanian R., 2015, A decade of change in susceptibility patterns of Gram-negative blood culture isolates: a single center study, Germs, 5(3), pp 65-77 27 Álvarez-Lerma F., Grau S., 2012, Management of Antimicrobial Use in the Intensive Care Unit, Drugs, 72(4), pp 447-470 28 Brau B.J., Raventós R.P., Valeiras L.L., Virto Barrio J.L., Pastor G.P., Garau G.V., 1991, Urinary infection in patients with short-term bladder catheterization, Medicina Clinica, 96(5), pp 161-164 29.Baker C.N., Stocker S.A., Culver D.H., Thornsberry C., 1991, Comparison of the Etest to agar dilution, broth microdilution, and agar diffusion 76 susceptibility testing techniques by using a special challenge set of bacteria, Journal of Clinical Microbiology, 29(3), pp 533-538 30 Baron E.J., Peterson L., Finegold., 1994, Microorganism encountered in the urinary tract, Bailey and Scott’s diagnostic microbiology, Nine ed ition, Mosby-Year book, pp 249-257 31 Biering-Sørensen F., Bagi P., Høiby N., 2001, Urinary Tract Infections in Patients with Spinal Cord Lesions: Treatment and Prevention, Drugs, 61(9), pp 1275-1287 32 Berghaus L.J., Giguère S., Guldbech K., Warner E., Ugorji U., Berghaus R.D., 2015, Comparison of Etest, Disk Diffusion, and Broth Macrodilution for in Vitro Susceptibility Testing of Rhodococcus Equi, Journal of Clinical Microbiology, 53(1), pp 314-318 33 Bilge Y., Yavuz F., Adigüzel E., 2014, Retrospective Analysis of Nosocomial Urinary Tract Infections with Spinal Cord Injury Patients in a Rehabilitation Setting, Original Article/Orijinal Makale, Turkish Journal Physical of Medicine and Rehabilitation, 60, pp 289-94 34 Campbell E.F., Moore J.B., 2016, Preventing catheter-associated urinary tract infections-One patient at a time, American Journal of Infection Control, 44(6), S97-S98 35 Clark A.B., 1883, Catheter fever, Lancet, pp 1075-1077 36 Chibeu A., Lingohr E.J, Masson L., Manges A., Harel J., Ackermann H., Kropinski A.M., Boerlin P., 2012, Bacteriophages with the Ability to Degrade Uropathogenic Escherichia coli Biofilms, Viruses, 4(10), pp 471-487 37 Cantey J.B., Gaviria-Agudelo C., TeKippe E.M., Doern C.D., 2015, Lack of Clinical Utility of Urine Gram Stain for Suspected Urinary Tract Infection in Pediatric Patients, Journal of Clinical Microbiology, 53(4), pp 1282-1285 38 Centers for Disease Control and Prevention, Urinary Tract Infection (CatheterAssociated Urinary Tract Infection [CAUTI] and Non-Catheter-Associated Urinary Tract 77 Infection [UTI]) and Other Urinary System Infection [USI]) Events, Available from: https://www.cdc.gov/nhsn/pdfs/pscmanual/7psccauticurrent.pdf 39 CLSI - Clinical and laboratory standards institute, 2010, Performance standards for antimicrobial susceptibility testing, Twentieth informational supplement M100-S20, vol 30, no.1 40 Chen Y.H., Wen-Chien K., Po-Ren H., 2013, Emerging Resistance Problems and Future Perspectives in Pharmacotherapy for Complicated Urinary Tract Infections, Expert Opinion on Pharmacotherapy, 14(5), pp 587-596 41 Dedeić-Ljubović A., Hukić M., 2009, Catheter-Related Urinary Tract Infection in Patients Suffering from Spinal Cord Injuries, Bosnian Journal of Basic Medical Sciences, 9(1), pp 2-9 42 Diggle SP, 2006,The galactophilic lectin, LecA, contributes to biofilm development in Pseudomonas aeruginosa, Environ Microbiol, 8, pp 10951104 43 Dickinson G.M., Bisno A.L., 1989, Infections Associated with Indwelling Devices: Infections Related to Extravascular Devices, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 33(5), pp 602-607 44 Dow G., Rao P., Harding G., Brunka J., Kennedy J., Alfa M., Lindsay E., Nicolle L.E., 2004, A Prospective, Randomized Trial of or 14 Days of Ciprofloxacin Treatment for Acute Urinary Tract Infection in Patients with Spinal Cord Injury, Clinical Infectious Diseases: An Official Publication of the Infectious Diseases Society of America, 39(5), pp 658-664 45 Durando P., Bassetti M., Orengo G., Crimi P., Battistini A., Tiberio G., Bellina D., 2010, Hospital-acquired infections and leading pathogens detected in a regional university adult acute-care hospital in Genoa, Liguria, Italy: results from a prevalence study, Journal of Preventive Medicine and Hygiene, 51(2), pp 80-86 78 46 Devillé W.LJM., Yzermans J.C., Duijn N.P., Bezemer P.D, Windt D.A., Bouter L.M., 2004, The urine dipstick test useful to rule out infections A meta-analysis of the accuracy, BMC Urology, 4(2), pp 47 Danese PN, Pratt LA, Dove SL, Kolter R, 2000, The outer membrane protein, antigen 43, mediates cell-to-cell interactions within Escherichia coli biofilms, Mol Microbiol, 37, pp 424-432 48.Erten K., Sezer O., Yilmaz B., Tan A.K., 2015, Antimicrobial susceptibility pattern of nosocomial urinary tract infections in patients with spinal cord injury in a rehabilitation setting, ics, Programme Non Discussion Abstracts, Abstract 614 49 Edwards J.R., Dudeck M.A., Horan T.C., Peterson K.D., Allen-Bridson K., Morrell G., Anttila A., Pollock D.A., Edwards J.R , 2013, National Healthcare Safety Network (NHSN) Report, Data Summary for 2011, Deviceassociated Module, American journal of infection control, 41(4), pp 286-300 50 Fisher JF, Kavanagh K, Sobel JD, 2011, Candida urinary tract infection: pathogenesis, Clinical Infectious Diseases, 52(6), S437 51 Fridkin S.K., Jarvis W.R., 1996, Epidemiology of nosocomial fungal infections, Clinical Microbiology, 9(4), pp 499-511 52 Glahn B.E., 1988, Influence of Drainage Conditions on Mucosal Bladder Damage by Indwelling Catheters I Pressure Study, Scandinavian Journal of Urology and Nephrology, 22(2), pp 87-92 53 Gilmore DS, Aeilts GD, Alldis BA, 1981, Effects of bathing on Pseudomonas and Klebsiella colonization in patients with spinal cord injuries, Journal of Clinical Microbiology, 14, pp 404-407 54 Gopalkrishna K., Govida M,, 1995, Atypical Escherichia coli in Urinary Tract Infection, Tropical Doctor, 25(3), pp.127 55 Gupta K., Bhadelia N., 2014, Management of Urinary Tract Infections from Multidrug-Resistant Organisms, Infectious Disease Clinics of North 79 America, 28(1), pp 49-59 56 Goble N.M., Clarke T., Hammonds J.C., 1989, Histological Changes in the Urinary Bladder Secondary to Urethral Catheterisation, British Journal of Urology, 63(4), pp 354-357 57 Girard R.C, Morandat L., 2002, Les patients pre´sentent des facteurs de risques de plus en plus fre´quents Pourronsnous continuer a` re´duire les infections nosocomiales, Bulletin Epide´miologique Hebdomadaire, 11, pp 45-47 58 Huttner A., Verhaegh E.M., Harbarth S., Muller A.E., Theuretzbacher U., Mouton J.W., 2015, Nitrofurantoin revisited: a systematic review and meta-analysis of controlled trials, Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 70, pp 2456-2464 59 Hamood A.N., Griswold J.A., Duhan C.M., 1996, Production of Extracellular Virulence Factors by Pseudomonas aeruginosa Isolates Obtained from Tracheal, Urinary Tract, and Wound Infections, The Journal of Surgical Research, 61(2), pp 425-432 60 Heintz B.H., Halilovic J., Christensen C.L., 2010, VancomycinResistant Enterococcal Urinary Tract Infections, Pharmacotherapy, 30(11), pp 1136-1149 61 Hoban D.J., Lascols C., Nicolle L.E., Badal R., Bouchillon S., Hackel M., Hawser S., 2012, Antimicrobial Susceptibility of Enterobacteriaceae, Including Molecular Characterization of Extended-Spectrum Beta-LactamaseProducing Species, in Urinary Tract Isolates from Hospitalized Patients in North America and Europe: Results from the SMART Study 2009-2010, Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 74(1), pp 62-67 62 Jinnah F., Islam M.S, Rumi M.A., Morshed M.G., Huq F., 1996, Drug Sensitivity Pattern of E coli Causing Urinary Tract Infection in Diabetic and Non-Diabetic Patients, The Journal of International Medical Research, 24(3), pp 296-301 80 63 Jdias Neto J.A., Silva L.D.M., Martins A.C.P., Tiraboschi R.B., Domingos A.L.A., Suaid H.J., Tucci Jr S., Cologna A.J., 2003, Prevalence and bacterial susceptibility of hospital acquired urinary tract infection, Acta Cirurgica Brasileira, 18, pp 36-38 64 Jonathan R.E., Peterson K.D., Banerjee S., Allen-Bridson K., Morrell G., Dudeck M.A., Pollock D.A., Horan T.C., 2007, National healthcare safety network (NHSN) report, data summary for 2006, issued june 2007, American Journal of Infection Control, 35(5), pp 290-301 65 Jean S.S., Coombs G., Ling T., Balaji V., Rodrigues C., Mikamo H., Kim M.J., Rajasekaram DG., Mendoza M., Tan T.Y., Kiratisin P., Ni Y., Weinman B., Xu Y., Hsueh P.R., 2016, Epidemiology and Antimicrobial Susceptibility Profiles of Pathogens Causing Urinary Tract Infections in the Asia-Pacific Region: Results from the Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART), 2010-2013, International Journal of Antimicrobial Agents ,47(4), pp 328-334 66 Jayawardena V., Midha M., 2004, Significance of Bacteriuria in Neurogenic Bladder, The Journal of Spinal Cord Medicine, 27(2), pp 102105 67 Jean S.S., Hsueh P.R., 2011, High burden of antimicrobial resistance in Asia, International Journal of Antimicrobial Agents, 37, pp 291-295 68 Klevens R.M., Edwards J.R., Richards C.L., Horan T.C., Gaynes R.P., Pollock D.A., Cardo D.M., 2007, Estimating Health Care-Associated Infections and Deaths in U.S Hospitals 2002, Public Health Reports, 122(2), pp 160-166 69 Lapage S.P., Holmes B., Willcox W.R., 1978, Identification of Enterobacteriaceae by the API 20E system, Jouranal of Clinical Pathology, 31(1), pp 22-30 70 Lepoutre A., Branger B., Carbonne A., 2002, Enqueˆte nationale d e pre´valence, principaux re´sultats, Hygie`neS, 2, pp 96-97 81 71 López-Oviedo E., Aller A.I., Martín C., Castro C., Ramirez M., Pemán J M., Cantón E., Almeida C., Martín-Mazuelos E., 2006, Evaluation of Disk Diffusion Method for Determining Posaconazole Susceptibility of Filamentous Fungi: Comparison with CLSI Broth Microdilution Method, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 50(3), pp 1108-1111 72 Lo E., Nicolle L.E., Coffin S.E., Gould C., Maragakis L.L., Meddings J., Pegues D.A., Pettis A.M., Saint S., Yokoe D.S., 2014, Strategies to Prevent Catheter-Associated Urinary Tract Infections in Acute Care Hospitals: 2014 Update, Infection Control and Hospital Epidemiology, 35(5), pp 464-479 73 Lockhart G.R., Lewander W.J., Cimini D.M., Josephson S.L., Linakis J G., 1995, Use of Urinary Gram Stain for Detection of Urinary Tract Infection in Infants, Annals of Emergency Medicine, 25(1), pp 31-35 74 Lehmann L.E., Stefan H., Thomas M., Sven K., Stefan U.W., Jens Christian S., Frank S., Malte B., 2011, Rapid Qualitative Urinary Tract Infection Pathogen Identification by SeptiFast Real-Time PCR, PloS One, 6(2), e17146 75 Lee N.Y., Ching-Chi L., Wei-Han H., Ko-Chung T., Po-Ren H., WenChien K., 2013, Cefepime Therapy for Monomicrobial Bacteremia Caused by Cefepime-Susceptible Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Enterobacteriaceae: MIC Matters, Clinical Infectious Diseases: An Official Publication of the Infectious Diseases Society of America, 56(4), pp 488-495 76 Loeb M., Hunt D., O’Halloran K., 2008, Stop orders to reduce inappropriate urinary catheterization in hospitalized patients: a randomized controlled trial, Journal of General Internal Medicine, 23(6), pp 816-820 77 Lu P.L., Liu Y.C., Toh H.S., Lee Y.L., Liu Y.M., Ho C.M., Huang C.C., 2012, Epidemiology and Antimicrobial Susceptibility Profiles of GramNegative Bacteria Causing Urinary Tract Infections in the Asia-Pacific Region: 2009-2010 Results from the Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART), International Journal of Antimicrobial Agents, 40 Suppl, S37-43 82 78 Lichtenberger P., Hooton T.M., 2008, Complicated Urinary Tract Infections, Current Infectious Disease Reports, 10(6), pp 499-504 79 Murray B.E., 1998, Diversity among multidrug-resistant enterococci, Emerging Infectious Diseases, 4(1), pp 37-47 80 Misset B., Jean-Franỗois T., Marie-Franỗoise D., Maitộ G., Annie C., Isabelle F., Fred G., Jean C., 2004, A Continuous Quality-Improvement Program Reduces Nosocomial Infection Rates in the ICU, Intensive Care Medicine, 30(3), pp 395-400 81 Ma L., Jackson K.D., Landry R.M., Parsek M.R., Wozniak D.J., 2006, Analysis of Pseudomonas aeruginosa Conditional Psl Variants Reveals Roles for the Psl Polysaccharide in Adhesion and Maintaining Biofilm Structure Postattachment, Journal of Bacteriology, 188(23), pp 8213-8221 82 Mgrabe M., Bartoletti R., Bjerklund J.T.E., 2013, Guidelines on Urological Infections, European Association of Urology, pp 83 Martínez J.A., Cobos-Trigueros N., Soriano A., Almela M., Ortega M., Marco F., Pitart C., Sterzik H., Lopez H., Mensa J., 2010, Influence of Empiric Therapy with a Beta-Lactam Alone or Combined with an Aminoglycoside on Prognosis of Bacteremia Due to Gram-Negative Microorganisms, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 54(9), pp 3590-3596 84 Michelson J.D., Lotke P.A., Steinberg M.E., 1988, Urinary-bladder management after total joint-replacement surgery, The New England Journal of Medicine, 319(6), pp 321-326 85 Mylotte J.M., Graham R., Kahler L., Young L., Goodnough S., 2000, Epidemiology of Nosocomial Infection and Resistant Organisms in Patients Admitted for the First Time to an Acute Rehabilitation Unit, Clinical Infectious Diseases: An Official Publication of the Infectious Diseases Society of America, 30(3), pp 425-432 86 Paterson D.L., 2004, Collateral Damage’ from Cephalosporin or 83 Quinolone Antibiotic Therapy, Clinical Infectious Diseases: An Official Publication of the Infectious Diseases Society of America, 38(4), pp 341345 87 Paterson D.L., 2006, Resistance in Gram-Negative Bacteria: Enterobacteriaceae, The American Journal of Medicine, 119(6), Suppl 1, S20-28, discussion S62-70 88 Paul M., Mical P., Bishara J., Levcovich A., Chowers M., Goldberg E., Singer P., Lev S., 2010, Effectiveness and Safety of Colistin: Prospective Comparative Cohort Study, The Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 65(5), pp 1019-1027 89 Paul M., Lador A., Grozinsky-Glasberg S., Leibovici L 2014, Beta Lactam Antibiotic Monotherapy versus Beta Lactam-Aminoglycoside Antibiotic Combination Therapy for Sepsis, The Cochrane Database of Systematic Reviews, 1, CD003344 90 Pendleton J.N., Gorman S.P., Gilmore B.F., 2013, Clinical Relevance of the ESKAPE Pathogens, Expert Review of Anti-Infective Therapy, 11(3), pp 297-308 91 Patterson T.F., Andriole V.T., 1987, Bacteriuria in Pregnancy, Infectious Disease Clinics of North America, 1(4), pp 807-822 92 Rosenthal V.D., Guzman S., Safdar N., 2004, Effect of Education and Performance Feedback on Rates of Catheter-Associated Urinary Tract Infection in Intensive Care Units in Argentina, Infection Control and Hospital Epidemiology, 25(1), pp 47-50 93 Stephan F., Sax H., Wachsmuth M., 2006, Reduction of urinary tract infection and antibiotic use after surgery: a controlled, prospective, beforeafter intervention study, Clin Infect Dis, 42(11), pp 1544-1551 94 Stone P.W., Hedblom E.C., Murphy D.M., Miller S.B., 2005, The Economic Impact of Infection Control: Making the Business Case for 84 Increased Infection Control Resources, American Journal of Infection Control, 33(9), pp 542-547 95 Stamm Walter E., 1991, Catheter-associated urinary tract infections: Epidemiology, pathogenesis, and prevention, The American Journal of Medicine, 91(3), pp 65-71 96 Tang J, Chen J, Li H, Zeng P, Li J (2013) Characterization of adhesin genes, staphylococcal nuclease, hemolysis, and biofilm formation among Staphylococcus aureus strains isolated from different sources, Foodborne Pathogens and Disease, 10(9), pp 757-763 97 The French Prevalence Survey Study Group, 2000, Prevalence of Nosocomial Infections in France: Results of the Nationwide Survey in 1996, The Journal of Hospital Infection, 46(3), pp 186-193 98 Togan T., Azap O.K., Durukan E., Arslan H , 2014, The Prevalence, Etiologic Agents and Risk Factors for Urinary Tract Infection Among Spinal Cord Injury Patients, Jundishapur Journal of Microbiology, 7(1) 99 Warren J.W., Tenney J.H., Hoopes J.M, Muncie H.L., Anthony W.C., 1982, A Prospective Microbiologic Study of Bacteriuria in Patients with Chronic Indwelling Urethral Catheters, The Journal of Infectious Diseases, 146(6), pp 719-723 100 Wilson M.L, Gaido L., 2004, Laboratory diagnosis of urinary tract infections in adult patients, Clinical Infectious Diseases, 38, pp 1150-1158 101 Wilde M.H., Carrigan M.J., 2003, A Chart Audit of Factors Related to Urine Flow and Urinary Tract Infection, Journal of Advanced Nursing, 43(3), pp 254-262 102 Waites K.B., Canupp K.C., DeVivo M.J., 1993, Epidemiology and Risk Factors for Urinary Tract Infection Following Spinal Cord Injury, Archives of Physical Medicine and Rehabilitation, 74(7), pp 669-695 85 103 Waites K.B., Chen Y., DeVivo M.J., Canupp K.C., Moser S.A., 2000, Antimicrobial Resistance in Gram-Negative Bacteria Isolated from the Urinary Tract in Community-Residing Persons with Spinal Cord Injury, Archives of Physical Medicine and Rehabilitation, 81(6), pp 764-769 104 Wasuwat K., Sukonthamarn K., Unhasuta C., Suankratay C., Tantisiriwat W., Aksaranugrah S., 2007, Uropathogens and Empiric Antibiotics for the Treatment of Urinary Tract Infections in Spinal Cord Injured Patients at Rehabilitation Center, Thai Red Cross Society during 2001 to 2005, Journal of the Medical Association of Thailand = Chotmaihet Thangphaet, 90(11), pp 2482-2486 105 White R.L., Burgess D.S., Manduru M., Bosso J.A., 1996, Comparison of three different in vitro methods of detecting synergy: timekill, checkerboard, and E test, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 40(8), pp 1914-1918 Zhanel G.G., Laing N.M., Nichol K.A., Palatnick L.P., Noreddin A., Hisanaga T., Johnson J.L., Hoban D.J , NAVRESS Group, 2003, Antibiotic Activity against Urinary Tract Infection (UTI) Isolates of VancomycinResistant Enterococci (VRE): Results from the 2002 North American Vancomycin Resistant Enterococci Susceptibility Study (NAVRESS), The Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 52(3), pp 382-388 106 ... SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TẠI KHOA PHỤC HỒI CHỨC NĂNG Ở BỆNH VI N BẠCH MAI TỪ THÁNG 01- 12/ 2018 Chuyên ngành: Động vật học (Vi sinh vật y học) Mã số: 84 2010 3 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC... DỤC VÀ ĐÀO TẠO VI N HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VI T NAM HỌC VI N KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Đào Thị Ngọc Bích CĂN NGUYÊN GÂY NHIỄM KHUẨN TIẾT NIỆU VÀ MỨC ĐỘ NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA... Bệnh vi ̣n Bạch Mai từ 01- 12/ 2018 ” với hai mục tiêu: Xác định nguyên gây nhiễm khuẩn tiết niệu và nhiễm khuẩn tiết niệu liên quan đến catheter bệnh nhân đến khám và điều trị khoa Phục hồi