HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG MÁY REALTIME PCR

CÔNG TY TNHH THIẾT BỊ B.D.E HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG MÁY REALTIME PCR Model: DTPRIME 5M1 DTPRIME 4M1 DTLITE 5S1 DTLITE 4S1 PHẦN I – TỔNG QUAN Tổng quan thiết bị Hệ thống điều khiển hiển thị Hệ thống điều khiển hiển thị bao gồm bàn phím điều khiển tay hình LCD hiển thị quy trình chạy khuếch đại Push-button hình menu hiển thị chức Push-button đưa chế độ hoạt động Push-button phận điều khiển gia nhiệt hoạt động theo dẫn bên dưới:   Mở đóng phận gia nhiệt đặt ống vào khay gia nhiệt trước chạy PCR   Xác định xác vị trí phận gia nhiệt bên dưới. Khi thiết bị hoạt động điều khiển máy tính, mở đóng nắp sử dụng nằm phím cửa sổ Running phần mềm RealTime_PCR Màn hình LCD hiển thị thơng tin chương trình khuếch đại quy trình chạy hình dưới: Cài đặt phần mềm theo bước: Cài đặt driver thiết bị Cài đặt phần mềm 2.1 Cài đặt Driver thiết bị  Bật PC đợi cho hệ thống khởi động xong    Bỏ đĩa CD vào ổ đĩa CD-ROM Trong trường hợp khơng có ổ đĩa CD-ROM, tải driver từ website http://www.dna-technology.ru/eng/support/   Bật thiết bị sử dụng phím nguồn phía sau thiết bị.   Hệ thống hoạt động thiết bị 1-2 phút (đợi tin nhắn  Hiển thị hình máy tính) bắt đầu q trình cài đặt driver sử dụng Found New Hardware Wizard Chú ý! Khi cài đặt driver PC với Windows 7, Windows Windows 10, Found New Hardware Wizard không tự động xuất Thực theo dẫn bên dưới:     Sau kết nối thiết bị với máy tính, mở cửa sổ Device Manager, sau click chuột phải vào DT-964 lựa chọn Update driver danh sách.  Trong cửa sổ Driver Updating lựa chọn Manual driver search and installation, click Browse, lựa chọn folder Drivers_DT96x_W32_2014 (cho phiên 32-bit) folder Drivers_DT96x_W64_2014 (cho phiên 64-bit)  Click Next hoàn tất trình cài đặt driver miêu tả bên dưới. Hiển thị Wizard cho cài đặt driver  Lựa chọn No, not this time click  Lựa chọn loại cài đặt  Lựa chọn Install from a list of specific location click  Tìm folder Drivers_DT96x CD  Chọn đường dẫn đến thư mục cách chọn Add this location to the search click  Lựa chọn folder Drivers_DT96x CD  Trong cửa sổ Browse For Folder lựa chọn Drivers_DT96x folder CD click  Chắc chắn bước thực nhấn  Lựa chọn inf-file CD Lựa chọn phiên cuối driver bỏ qua tin nhắn xác nhận The driver has no digital signature lựa chọn driver nhấn Thêm cài đặt cho Driver_DT96x  Xác nhận lựa chọn driver nhấn  Lựa chọn đường dẫn đến file CD nhấn   Lựa chọn đường dẫn đến file to Dt964R.sys CD  Cửa sổ Locate file tìm thấy Drivers DT96x CD, lựa chọn nhấn Xác nhận lựa chọn file Dt964R.sys CD    Chắc chắn đường dẫn đến file cửa sổ đúng, nhấn  Sau tin nhắn cài đặt driver hoàn tất hiển thị, nhấn   Hoàn thành cài đặt Driver Nếu cài đặt driver hoàn tất, hệ thống hiển thị lời nhắn 2.2 Cài đặt phần mềm RealTime_PCR Cài đặt phần mềm theo bước:  Lựa chọn ngôn ngữ Russian/English sử dụng suốt trình cài đặt nhấn OK Lựa chọn ngôn ngữ  Cài đặt Wizard xuất hiện. Cài đặt Wizard cho RealTime_PCR Lựa chọn folder cài đặt phần mềm Có thể lựa chọn cài đặt RealTime_PCR folder mặc định lựa chọn folder ổ cứng nhấn Lựa chọn Folder để cài đặt phần mềm  Lựa chọn folder cài đặt nhấn   Lựa chọn tên folder, đường tắt RealTime_PCR tạo nhấn Lựa chọn folder để tạo đường dẫn  Cửa sổ Test xuất Nhập thơng số thử nghiệm vào trường thích hợp cửa sổ Kiểm tra (xem phần Tham số Kiểm tra) Nhấn nút OK để lưu thông số định thoát khỏi cửa sổ Kiểm tra 4.1.5.2 Chỉnh sửa kiểm tra Để chỉnh sửa kiểm tra cửa sổ Tạo / Chỉnh sửa kiểm tra, chọn kiểm tra nhấp vào Chỉnh sửa kiểm tra Cửa sổ Test xuất (Hình 6) Thay đổi trường bắt buộc cửa sổ Kiểm tra (xem phần Tham số Kiểm tra) Nhấn nút OK để lưu thông số định thoát khỏi cửa sổ Kiểm tra 4.1.5.3 Tham số thử nghiệm Các thông số mô tả kiểm tra định cửa sổ Kiểm tra (Hình 6) Danh sách thả xuống Kiểm tra thiết kế để chọn thử nghiệm Khi chọn mục từ danh sách cửa sổ Kiểm tra, tham số kiểm tra chọn hiển thị Trong trường Mô tả, bạn nên xác định mục đích tính thử nghiệm Hình Cửa sổ Kiểm tra Mô tả thông số:  Phân tích Trong phần Phân tích, chọn tùy chọn Phân tích loại Phương pháp phân tích  Loại Để biết thêm thơng tin loại phân tích, xem Phụ lục  Phương pháp  Ống Các loại mẫu sử dụng phân tích nên đánh dấu - Mẫu - mẫu thử; - Mẫu hiệu chỉnh chuẩn cần thiết để phân tích định lượng; - Control + - mẫu đối chứng dương tính; - Mẫu kiểm sốt âm tính  Tiêu chuẩn Khi chọn Định lượng với loại phân tích tiêu chuẩn, cần mơ tả mẫu hiệu chuẩn sử dụng ("tiêu chuẩn") Để thực việc này, thông tin sau phải cung cấp: - Điền vào trường Số lượng - cho biết số lượng mẫu hiệu chuẩn khác ("tiêu chuẩn") - Điền vào trường Sao chép - cho biết số lần lặp lại nồng độ mẫu hiệu chuẩn ("tiêu chuẩn") - Điền vào bảng giá trị "tiêu chuẩn" (ghi rõ tên nồng độ "tiêu chuẩn") Số hàng bảng tương ứng với số biến thể "tiêu chuẩn" Đối với "tiêu chuẩn", bạn cần định tên (theo mặc định, "Standard_1", "Standard_2", v.v.) định giá trị (nồng độ "chuẩn") Đơn vị (bản sao, picograms, IU) chọn từ danh sách thả xuống tiêu đề cột bên phải bảng  Điều khiển Trong phần Điều khiển, cần số lượng ống nghiệm sử dụng thử nghiệm với mẫu đối chứng - Tích cực (C +) - số lượng ống có mẫu đối chứng dương tính - Âm tính (C-) - số ống nghiệm có mẫu đối chứng âm tính  Khối lượng pha trộn PCR Trong trường thể tích trộn PCR, cần thể tích hỗn hợp phản ứng mà khơng tính đến lượng dầu parafin (nếu sử dụng) Để thực hiệu xác chế độ nhiệt độ khuếch đại, phương pháp "hoạt động" để kiểm soát nhiệt độ hỗn hợp phản ứng ống sử dụng thiết bị Phương pháp dựa việc áp dụng mơ hình tốn học ống phản ứng u cầu định xác thể tích hỗn hợp phản ứng  Fluorophores Trong bảng Fluorofors, fluorophore mục đích phải chọn định từ danh sách thả xuống cho kênh phân tích kết quả: Mục tiêu cụ thể - tín hiệu chính, cụ thể IC - tín hiệu từ mẫu kiểm sốt nội Nếu số kênh khơng sử dụng, chọn bảng Fluorofors mục Không phát Nếu sử dụng kit chứa thuốc nhuộm R6G, tạo (chỉnh sửa) thử nghiệm kênh HEX chọn từ danh sách thả xuống Khi chọn Phân tích đa hình (2 đầu dò) Phân tích đa hình (MC) tự động Phân tích đa hình (MC) loại phân tích, cần xác định alen cho tín hiệu fluorophore (theo mặc định "a" "b ")  Tiêu chí phân tích đa hình: Phần hoạt động Phân tích đa hình (2 đầu dò) Phân tích đa hình (MC) Phân tích đa hình (MC) phân tích chọn Khi phân tích Phân tích đa hình (2 đầu dò), kết đánh giá diện độ lớn đường cong khuếch đại chuyển vị tương đối ghi lại ống nghiệm cho hai fluorophore (dCp dCt)  Chương trình khuếch đại Trong chương trình khuếch đại phần, chương trình khuếch đại phải xác định theo cách sau: - chọn trước lưu chương trình khuếch đại ổ đĩa cách sử dụng nút - tạo chương trình khuếch đại cách sử dụng nút ,, ,, - chỉnh sửa chương trình khuếch đại cách sử dụng nút Chương trình khuếch đại chọn hiển thị phần Để biết thêm thông tin cách tạo chương trình khuếch đại, xem phần 4.1.6 "Tạo chỉnh sửa chương trình khuếch đại"  Bổ sung Khi bạn nhấn nút Bổ sung, Tham số cửa sổ phân tích mở Xem mơ tả tham số phân tích bổ sung phần «Các tham số phân tích» 4.1.5.4 Tạo thử nghiệm cách sử dụng tùy chọn Sao chép nhóm kiểm tra Việc tạo thử nghiệm sử dụng tệp có tham số thử nghiệm cho phần mềm Real_Time PCR, chúng cung cấp nhà sản xuất dụng cụ (ini-files cung cấp cơng nghệ DNA) Các tệp có tham số thử nghiệm chứa tất thông tin cần thiết nhập cửa sổ Kiểm tra Khi chép kiểm tra, thông tin lưu danh sách phép thử Trong menu phần mềm RealTime_PCR, chọn Test: Nhấp vào Copy group of tests -Sao chép nhóm kiểm tra danh sách thả xuống Cửa sổ Kiểm tra nhóm mở Ở phần bên trái cửa sổ mở, chọn mục "từ tệp * ini" Trong cửa sổ mở, chọn tệp ini mong muốn, nhấp vào "Mở" Trong phần bên phải cửa sổ «Sao chép nhóm kiểm tra», chọn tốn tử sử dụng phép thử Nhấp để chọn kiểm tra sở thích từ danh sách bên trái chọn tất thử nghiệm cách sử dụng nút nhấp vào hiển thị: Sau đó, kiểm tra chuyển sang danh sách bên phải thông báo sau 4.1.5.5 Chế độ đa kiểm tra Chế độ đa kiểm tra tùy chọn cho phép kết hợp số thử nghiệm RUN với chương trình khuếch đại loại phân tích, tạo nghiên cứu hàng loạt Chế độ đa kiểm tra sử dụng cho loại phân tích sau: Phân tích đa hình (MC), Tương đối Định tính Trong tạo phân tích lơ (xem phần 4.1.5 Tạo thử nghiệm cách sử dụng tùy chọn kiểm tra Tạo / Chỉnh sửa), tùy chọn chế độ đa kiểm tra phải kích hoạt: Trong cửa sổ mở Kiểm tra (Hình 7) tốn tử chọn tất phép thử tạo trước đó, chọn từ tốn tử tạo danh sách phân tích lơ Danh sách kiểm tra phân tích lơ theo thứ tự u cầu hiển thị cửa sổ kiểm tra Vị trí (Hình 8) Hình Cửa sổ thực nhiều kiểm tra Hình Cửa sổ thực chế độ nhiều kiểm tra Tạo phân tích Các kiểm tra chọn nên có chương trình khuếch đại Nếu thử nghiệm với chương trình khuếch đại khác thêm vào, thông điệp cảnh báo xuất Sau tạo danh sách phân tích lơ mới, bấm OK Bài kiểm tra tạo lưu danh sách kiểm tra nhà điều hành đánh dấu biểu tượng Khi tạo RUN cho nghiên cứu theo lơ, tốn tử đánh dấu số lượng mẫu cửa sổ Thêm phép thử, có số số lượng ống cho mẫu ngoặc vng (Hình 9) Hình Cửa sổ Thêm kiểm thử làm việc với phân tích lơ 4.1.6 Chương trình khuếch đại 4.1.6.1 Tạo chỉnh sửa chương trình khuếch đại Khi sử dụng tùy chọn Sao chép nhóm kiểm tra, chương trình khuếch đại tự động nạp vào phần mềm Khi tạo thử nghiệm với tùy chọn Create / Edit test, chương trình khuếch đại nhập tốn tử Khi tạo RUN mà khơng có trợ giúp tùy chọn Add test, chương trình khuếch đại tạo toán tử thêm từ danh sách chương trình tạo trước trước lần bắt đầu RUN 4.1.6.2 Tạo chương trình khuếch đại Có tùy chọn để tạo chương trình khuếch đại giai đoạn khác Phần mềm RealTime_PCR: Khi tạo (chỉnh sửa) thử nghiệm với tùy chọn Create/edit test Tạo / chỉnh sửa kiểm tra: - Mở cửa sổ Test Kiểm tra (xem phần 4.1.5.1 Tạo thử nghiệm) - Nhấn nút Create new program Tạo chương trình điểm Amplification program Chương trình khuếch đại Khi tạo chương trình khuếch đại mà khơng sử dụng tùy chọn Thêm kiểm tra: - Chọn tab Start run Bắt đầu chạy cửa sổ RealTime_PCR - Nhấn nút Create new Tạo Khi làm việc trình biên tập chương trình khuếch đại: Chương trình khuếch đại tạo có sẵn để lựa chọn trước bắt đầu RUN - Chọn tab Start run Bắt đầu chạy cửa sổ RealTime_PCR - Nhấn nút - Sau chọn mục trình đơn Tạo chương trình cửa sổ soạn thảo chương trình khuếch đại Khi tạo chương trình khuếch đại phương pháp số này, cửa sổ mẫu chương trình khuếch đại xuất hình (Hình 10) Sử dụng mẫu, bạn định cấu trúc chương trình khuếch đại Có thể tạo chương trình khuếch đại cách sử dụng khơng sử dụng mẫu chương trình khuếch đại  Tạo chương trình khuếch đại cách sử dụng mẫu chương trình khuếch đại Để tạo chương trình khuếch đại cách sử dụng mẫu, bước sau tiến hành: Hình 10 Cửa sổ mẫu chương trình khuếch đại Chọn lệnh Tạo chương trình Sau đó, cửa sổ soạn thảo chương trình khuếch đại cửa sổ mẫu chương trình khuếch đại mở Cửa sổ mẫu chương trình khuếch đại (Hình 10) biểu diễn sơ đồ phận chương trình khuếch đại: khối hai ba giai đoạn chu kỳ nhiệt độ, chế độ sấy sơ lưu trữ Chọn mẫu phù hợp với cấu trúc Nếu cần, thêm chế độ Sấy sơ Chế độ chờ (bật tùy chọn tương ứng) Sau chọn mẫu phù hợp nhất, nhấn nút Apply (Áp dụng) Thông tin định mẫu hiển thị cửa sổ trình biên tập chương trình khuếch đại (Hình 11) Chỉnh sửa chương trình khuếch đại: - Nhập tên chương trình vào trường Tiêu đề chương trình (LƯU Ý! Các chữ chữ số La tinh hồn tồn khơng có dấu cách ký hiệu) - Điền vào trường Mô tả cần Thay đổi liệu cần thiết bảng chương trình khuếch đại Hình 11 Cửa sổ soạn thảo chương trình khuếch đại Thay đổi liệu bảng chương trình khuếch đại Mỗi hàng bảng tương ứng với phạm vi nhiệt độ chương trình khuếch đại Nhiệt độ kệ kết hợp thành khối Số hàng khối xác định số lượng kệ nhiệt độ giai đoạn chương trình Trong bảng, khối phân cách với dòng trống Việc thêm tháo giá nhiệt độ hoạt động sau hoàn tất việc chỉnh sửa dòng khác Trong dòng cho giá nhiệt độ, thông tin sau chỉnh sửa: • nhiệt độ kệ ; • chiều dài kệ ; • diện phép đo quang - Để hiển thị tham số định bảng, bật tùy chọn tương ứng: Việc chỉnh sửa thông số mô tả phần liên quan sách hướng dẫn Trong trình tạo / chỉnh sửa chương trình khuếch đại, biểu diễn đồ họa chương trình khuếch đại hiển thị cửa sổ trình biên tập chương trình khuếch đại Với thay đổi giá trị nhiệt độ, thời lượng nó, số lượng khối nhiệt độ, số chu kỳ, thay đổi loại khối, vv, hiển thị biểu diễn đồ họa chương trình khuếch đại Có thể thay đổi giá nhiệt độ cách chỉnh sửa hình ảnh đồ họa chương trình khuếch đại Để thực việc này, đưa trỏ chuột đến giá nhiệt độ (con trỏ chuột trở thành )) và, giữ nút chuột trái, di chuyển (theo chiều dọc) giá nhiệt độ đến nhiệt độ cần thiết Có thể thay đổi biểu diễn đồ họa chương trình khuếch đại menu ngữ cảnh, mở nút chuột phải chứa mục sau: - Hiển thị nhiệt độ cho bước chương trình - Hiển thị thời lượng bước chương trình - Hiển thị thơng tin gradient tăng (nhiệt độ giảm ma trận, tăng theo thời gian nhiệt độ) - Thay đổi độ phân giải bước di chuyển (một cửa sổ xuất với ba giá trị độ kín việc di chuyển giá: ° C, 0,5 ° C, 0,1 ° C)  Tạo chương trình khuếch đại mà khơng cần sử dụng mẫu chương trình khuếch đại Để tạo chương trình khuếch đại mà khơng cần sử dụng mẫu, thực bước sau: Chọn lệnh Tạo chương trình Sau đó, cửa sổ soạn thảo chương trình khuếch đại cửa sổ mẫu chương trình khuếch đại mở Nhấn nút Hủy cửa sổ mẫu chương trình khuếch đại Nhập tên chương trình khuếch đại vào trường Tiêu đề chương trình Điền vào trường Mơ tả cần Điền vào bảng với chương trình khuếch đại, tương tự việc tạo chương trình khuếch đại cách sử dụng mẫu Lưu ý: Bảng có chương trình khuếch đại điền cách sử dụng nút chỉnh sửa bên phải bảng bàn phím  Điền vào bảng chương trình khuếch đại bàn phím: Để điền vào bảng chương trình khuếch đại cách sử dụng bàn phím, cần thiết để điền vào lĩnh vực nhiệt độ thời gian (phút, giây) Nhập giá trị hồn thành cách nhấn phím Sau giới thiệu tất tham số (nhiệt độ, phút giây) dòng tại, dòng khối với trường trống cho đầu vào tự động xuất Để hoàn thành khối, nhấn mà không cần nhập nhiệt độ thời gian vào dòng Sau đó, việc chỉnh sửa giá trị số chu kỳ khối hoạt động Nhấn phím để nhập giá trị cho "Số chu kỳ" kết thúc nhảy để nhập khối Tiếp theo, loại khối phải xác định, cho phép đo quang và, cần thiết, cho biết thay đổi nhiệt độ ma trận, tăng thời gian nhiệt độ (xem chủ đề liên quan)  Nhiệt độ giảm dần gradient matrix Sử dụng gradient nhiệt độ cho phép nhập gradient nhiệt độ ngang thẳng đứng ma trận thiết bị trang bị ma trận rắn, độc lập để điều chỉnh nhiệt độ sáu khối ma trận (4 x 4), thiết bị trang bị khối giả Giá trị tối đa gradient ma trận chênh lệch nhiệt độ vùng khác ± 10 ° C Do đó, sử dụng chênh lệch nhiệt độ (khi thiết lập nhiệt độ khác khối), sử dụng sáu cấu hình nhiệt độ khác với đầu RUN, cho phép phản ứng đồng thời với thông số nhiệt độ khác Nhiệt độ gradient (thay đổi nhiệt độ ngang thẳng đứng khối) sử dụng phòng thí nghiệm khoa học để tối ưu hóa cấu hình nhiệt độ Để nhiệt độ giảm ma trận, cần thiết để: Bật tùy chọn cửa sổ trình biên tập chương trình khuếch đại Mở cửa sổ hàng tương ứng bảng với chương trình khuếch đại cách sử dụng nút Sử dụng gradient nhiệt độ (Fig.12) (ví dụ cho DTprime) Chọn loại gradient ( tự động đề xuất để sử dụng gradient nhiệt độ) ) (chỉ dành cho DTprime, cho DTlite Hình 12 Sử dụng gradient nhiệt độ (Vertical gradient) Để nhập gradient cửa sổ , chọn biểu tượng gradient nhập nhiệt độ cạnh trước ma trận chọn gradient dọc, cạnh phải ma trận chọn gradient nằm ngang Hình 13 Độ dốc ngang với tùy chọn "dải" Nếu bạn chọn Chọn gradient ngang, tùy chọn thiết lập, sử dụng trường hợp trường ma trận 8x8 với độ tuyến tính cải thiện gradient (vùng màu Fig.13) Hình 14 Nhiệt độ giảm qua khối: a) cho DTprime (chỉ dành cho dụng cụ có khối giả), b) cho DTlite Để nhập chênh lệch nhiệt độ khối cửa sổ sau chọn biểu tượng khác biệt nhập giá trị nhiệt độ kệ cho khối giả ma trận (Fig.14) Nhấp OK để hồn thành mục nhập, khơng nhấp vào Hủy  Tăng dần theo thời gian Sử dụng gia tăng theo thời gian cho phép thay đổi thời lượng giá nhiệt độ định cho chu kỳ giá trị gia số cho Để đặt tăng theo thời gian: Bật tùy chọn Sử dụng nút dụng (Hinh 15) cửa sổ trình biên tập chương trình khuếch đại mở cửa sổ hàng tương ứng bảng chương trình khuếch đại Tăng sử Kích hoạt tùy chọn Sử dụng tăng thời gian (trường nhập gia tăng theo thời gian trở thành hoạt động ) Nhập gia số theo thời gian Nhấp OK để hồn thành mục nhập, khơng nhấp vào Hủy Trong trình chỉnh sửa giá trị gia tăng, thời hạn giá nhiệt độ tự động tính lại cho chu kỳ hiển thị đồ thị dạng phụ thuộc từ số chu kỳ Hình 15 Tăng dần theo thời gian Tăng nhiệt độ cho khối "Chu kỳ" Sử dụng gia tăng nhiệt độ để tạo khối "Chu kỳ", cho phép thay đổi giá trị nhiệt độ ma trận để thực giá nhiệt độ cho chu kỳ giá trị số gia tăng định Để nhiệt độ tăng: Bật tùy chọn cửa sổ trình biên tập chương trình khuếch đại Sử dụng nút mở cửa sổ hàng tương ứng bảng với chương trình khuếch đại Tăng sử dụng (Fig.16) để chỉnh sửa tăng nhiệt độ Bật tùy chọn Sử dụng tăng nhiệt độ Nhập giá trị gia tăng theo nhiệt độ giá nhiệt độ cho chu kỳ khối cuối (giá trị gia tăng tính tự động) Nhấp OK để hồn thành mục nhập, khơng nhấp vào Cancel Hủy Trong trình chỉnh sửa giá trị gia tăng, nhiệt độ giá tự động tính lại cho chu kỳ hiển thị đồ thị dạng phụ thuộc từ số chu kỳ Hình 16 Tăng nhiệt độ cho khối "Chu kỳ" 4.1.6.3 Chỉnh sửa chương trình khuếch đại Chỉnh sửa chương trình khuếch đại có giai đoạn khác phần mềm RealTime_PCR: Để chỉnh sửa chương trình khuếch đại, thực thao tác sau: Chọn lệnh Edit program Chỉnh sửa chương trình, sau cửa sổ soạn thảo chương trình khuếch đại mở Chỉnh sửa chương trình khuếch đại, tương tự việc tạo chương trình khuếch đại sử dụng mẫu 4.1.6.4 Lưu chương trình khuếch đại Để lưu chương trình khuếch đại: Nhấn nút (để lưu chương trình khuếch đại thốt) Biên tập chương trình khuếch đại Trong hộp thoại xuất (Hình 15), nhập tên chương trình khuếch đại tạo trường Tên tệp, sử dụng chữ Latinh Sử dụng trường Thư mục, chọn thư mục đĩa cứng thiết bị lưu trữ liệu để lưu (theo mặc định phần mềm cung cấp thư mục làm việc nhà điều hành) Nhấn nút Lưu Chương trình khuếch đại lưu vào tệp có phần mở rộng * rta 4.2 Tạo giao thức đĩa 4.2.1 Thông tin chung giao thức đĩa Trước khuếch đại, cần thiết để điền vào giao thức (Giao thức tab cửa sổ RealTime_PCR) Giao thức đĩa bao gồm phần sau: Thông tin phân tích: nhận dạng (mơ tả) ống nghiệm, loại ống nghiệm, - số lượng mẫu, nồng độ mẫu hiệu chuẩn (đối với nghiên cứu định lượng), - fluorophore sử dụng (thuốc nhuộm huỳnh quang) mục đích nó, chương trình khuếch đại vị trí ống phận nhiệt thiết bị, Thông tin bổ sung: - Protocol số giao thức đĩa, tên toán tử, ngày phân tích Dữ liệu giao thức đĩa hiển thị bảng, dòng chứa thơng tin ống đơn (Hình 19) Hình.19 Cửa sổ "RealTime_PCR", tab giao thức dạng 4.2.2 Tạo giao thức đĩa cách sử dụng tùy chọn Kiểm tra Để tạo giao thức đĩa cách sử dụng tùy chọn Kiểm tra, thực thao tác sau: Đăng nhập vào phần mềm RealTime_PCR toán tử, sử dụng chế độ Vận hành thiết bị chọn công cụ để kết nối Nếu cần, định số giao thức đĩa trường Số giao thức Nhấp vào nút Thêm kiểm tra tab Giao thức Cửa sổ Add test mở (Fig.20) Từ danh sách thả xuống Kiểm tra (nằm bên phải) chọn loại thử: Đơn (đối với phép thử đơn ống), Phức tạp (đối với thử nghiệm nhiều ống) Tất thử nghiệm Danh sách thả xuống nằm bên trái hiển thị kiểm tra loại chọn Chọn tên kiểm tra từ danh sách thả xuống Kiểm tra Khi kiểm tra chọn, tham số phép thử chọn hiển thị cửa sổ Chỉ định số lượng mẫu thử số lần lặp lại mẫu phần Mẫu Chỉ định số lượng ống nghiệm có mẫu đối chứng phần Điều khiển Hình 20: Thêm cửa sổ “ kiểm tra” Khi thực phân tích định lượng, xác định số mẫu hiệu chuẩn số lần lặp lại mẫu phần Tiêu chuẩn 10 Để lưu liệu quay lại cửa sổ RealTime_PCR, nhấn nút OK để quay lại cửa sổ RealTime_PCR mà không lưu liệu, nhấn nút Cancel 11 Khi sử dụng quy trình Thêm kiểm tra, trường giao thức đĩa điền tự động 12 Chỉ thêm thử nghiệm loại (phù hợp với loại phân tích chương trình khuếch đại) giao thức Chỉnh sửa bổ sung giao thức đĩa (thay đổi tên định danh, tập trung, tiêu chuẩn, vv) tay 4.2.3 Việc điền giao thức theo dòng thủ công Trong tùy chọn này, tất thông tin trường giao thức đĩa nhập theo cách thủ công Với việc tạo giao thức đồ dòng, khơng thể thay đổi loại phân tích liệu, loại phân tích định tính tự động sử dụng Để điền vào giao thức đĩa theo cách thủ công, thực thao tác sau: Đăng nhập vào phần mềm RealTime_PCR toán tử, sử dụng chế độ Vận hành thiết bị chọn công cụ để kết nối Nếu cần, định số giao thức đĩa trường Số giao thức Để thêm dòng (mơ tả ống mới), nhấn nút Add line Có thể chỉnh sửa liệu sau dòng: - Số (số ống) Tự động điền thêm dòng mới, cần, liệu chỉnh sửa - Nhận dạng (chỉ định mẫu ngắn) - mô tả tùy ý ống nghiệm tên bệnh nhân, số mẫu, v.v R (thêm sao) Mỗi lần nhấn nút hàng tương ứng, đường liên kết tạo trường R với mô tả giống hệt ống (trùng lặp) Tạo sau nhập tất thông tin ống nghiệm Để thay đổi thơng tin khối sao, "dòng tiêu đề" khối phải chỉnh sửa Kiểu ống Các loại sau phải chọn từ danh sách thả xuống: Mẫu, Chuẩn, Điều khiển + Điều khiển - Nồng độ Đầy với loại tiêu chuẩn ống nghiệm Cần nồng độ mẫu hiệu chuẩn Fam, Hex, Rox, Cy5 Cy5.5 (đối với công cụ kênh) - chọn từ danh sách thả xuống mục đích fluorophore (mục tiêu cụ thể, IC, khơng phát hiện) 4.2.4 Vị trí ống ma trận đơn vị nhiệt Khi điền vào giao thức phương pháp trên, ống đặt tự động vào ma trận đơn vị nhiệt Sử dụng nút chọn thứ tự điền: theo hàng theo cột (Fig.21) Hình 21 Bố trí sơ đồ ống nghiệm ma trận đơn vị nhiệt 4.2.5 Bắt đầu chương trình khuếch đại Bắt đầu chương trình khuếch đại tab Bắt đầu chạy cửa sổ RealTime_PCR sau tạo giao thức đĩa (xem "Tạo giao thức đĩa") Theo mặc định, tab hiển thị chương trình toán tử nhập vào tạo / chỉnh sửa kiểm tra Khi tạo thử nghiệm cách sử dụng ini-files, chương trình cần thiết tải tự động (Hình 22) Hình 22 Tab "Bắt đầu chạy" cửa sổ "RealTime_PCR" 4.2.6 Sử dụng tùy chọn Tắt thiết bị sau RUN Nếu có nhu cầu cho hoạt động tự động thiết bị với tự động tắt máy (chuyển sang chế độ ngủ) sau hồn thành chương trình khuếch đại, thực sau: Trong cửa sổ Chạy, bật tùy chọn sau: Đóng phần mềm cách nhấn góc bên phải cửa sổ Sau hồn thành chương trình khuếch đại, thiết bị chuyển sang chế độ ngủ báo đèn LED nhấp nháy nút menu OSD (chỉ dành cho thiết bị DTPrime) 4.2.7 Chạy chương trình khuếch đại Nếu chương trình khuếch đại bắt đầu thành công, tab Bắt đầu chạy cửa sổ RealTime_PCR thay tab Đang chạy (Hình 24) Sau bắt đầu chương trình khuếch đại, thiết bị khơng yêu cầu can thiệp người dùng Nếu muốn, q trình thực chương trình, tốn tử thay đổi hiển thị quy trình thay đổi chương trình khuếch đại (chỉ dành cho người dùng nâng cao) Sau hoàn thành chương trình khuếch đại, phần mềm tự động chuyển sang chế độ xem phân tích liệu với kết đo quang học Hình 24: Tab Đang chạy cửa sổ RealTime_PCR Để hiểu thêm, vui lòng đọc Hướng dẫn sử dụng tiếng Anh