ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ MICROSATELLITE CHỌN LỌC CÁC CÁ THỂ CON LAI GIỐNG LÚA OM576 CÓ HÀM LƯỢNG AMYLOSE TRUNG BÌNH

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ************************* TRƯƠNG THỊ TÚ ANH ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ MICROSATELLITE CHỌN LỌC CÁC CÁ THỂ CON LAI GIỐNG LÚA OM576 CÓ HÀM LƯỢNG AMYLOSE TRUNG BÌNH LUẬN VĂN THẠC SĨ CƠNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 10/2011 i BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ************************* TRƯƠNG THỊ TÚ ANH ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ MICROSATELLITE CHỌN LỌC CÁC CÁ THỂ CON LAI GIỐNG LÚA OM576 CĨ HÀM LƯỢNG AMYLOSE TRUNG BÌNH Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 60 42 80 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hướng dẫn khoa học: TS TRẦN KIM ĐỊNH Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 10/ 2011 ii ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ MICROSATELLITE CHỌN LỌC CÁC CÁ THỂ CON LAI GIỐNG LÚA OM576 CĨ HÀM LƯỢNG AMYLOSE TRUNG BÌNH TRƯƠNG THỊ TÚ ANH Hội đồng chấm luận văn: Chủ tịch: PGS TS TRẦN CÔNG LUẬN Trung tâm nghiên cứu sâm dược liệu TP HCM Thư ký: TS LÊ THỊ DIỆU TRANG Đại học Nông Lâm TP HCM Phản biện 1: TS LÊ ĐÌNH ĐƠN Đại học Nông Lâm TP HCM Phản biện 2: TS BÙI MINH TRÍ Đại học Nơng Lâm TP HCM Ủy viên: TS TRẦN KIM ĐỊNH Viện Khoa học Kỹ thuật Nơng nghiệp Miền Nam ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH HIỆU TRƯỞNG iii LÝ LỊCH CÁ NHÂN Tơi tên Trương Thị Tú Anh, sinh ngày 29 tháng 01 năm 1986 huyện Phước Long, tỉnh Sông Bé cũ Con Ông Trương Dễ Bà Nguyễn Thị Tư Tốt nghiệp tú tài trường Trung học phổ thông Phước Bình, tỉnh Bình Phước năm 2002 Tốt nghiệp Đại học ngành Sinh học Mơi trường hệ quy Đại học Dân lập Hồng Bàng, thành phố Hồ Chí Minh Tháng 09 năm 2008 theo học Cao học ngành Công nghệ sinh học Đại học Nông Lâm, Thủ Đức, thành phố Hồ Chí Minh Tình trạng gia đình: độc thân Địa liên lạc: Trương Thị Tú Anh, 16A/4, Đồng An 1, Bình Hòa, Thuận An, Bình Dương Điện thoại: 0986910658 Email: tuanhbp@gmail.com iv LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chưa công bố cơng trình khác Ký tên Trương Thị Tú Anh v LỜI CẢM ƠN Thành kính ghi nhớ công ơn ba mẹ người thân gia đình ln chỗ dựa vững cho con, động viên, khuyến khích tạo điều kiện cho học tập tốt Xin chân thành cảm ơn: - Ban Giám Hiệu trường Đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh tạo điều kiện cho tơi suốt thời gian học tập trường - Quý Thầy, Cô Bộ môn Công nghệ sinh học quý thầy cô trực tiếp giảng dạy suốt khóa học - Ban lãnh đạo phòng Cơng Nghệ Sinh Học, Viện Khoa Học Kỹ Thuật Nông Nghiệp Miền Nam tạo điều kiện thuận lợi cho suốt thời gian thực luận văn - TS Trần Kim Định, ThS Trương Quốc Ánh tận tình hướng dẫn động viên thời gian thực luận văn tốt nghiệp - TS Lê Đình Đơn, TS Bùi Minh Trí TS Lê Thị Diệu Trang quan tâm, góp ý chỉnh sửa thiếu sót cho tơi thời gian hồn thiện luận văn - KS Lý Hậu Giang anh chị thuộc phòng Công nghệ sinh học, Viện Khoa Học Kỹ Thuật Nông Nghiệp Miền Nam quan tâm giúp đỡ suốt thời gian thực luận văn - Tập thể lớp Cao Học khóa 08 hỗ trợ, giúp đỡ động viên tơi suốt khóa học TP Hồ Chí Minh, ngày 15 tháng 09 năm 2011 TRƯƠNG THỊ TÚ ANH vi TÓM TẮT Đề tài “Ứng dụng thị phân tử microsatellite chọn lọc cá thể lai giống lúa OM576 có hàm lượng amylose trung bình” tiến hành phòng nghiên cứu cơng nghệ sinh học, Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam, thời gian từ 01/08/2010 đến 01/07/2011 OM576 giống lúa có suất tương đối cao, ổn định, khả thích nghi tốt Tuy nhiên, giống lúa có hàm lượng amylose cao, nên phẩm chất cơm thấp Nhiều công trình nghiên cứu chứng minh hàm lượng amylose kiểm soát locus Wx nằm vùng vai ngắn nhiễm sắc thể số Vì vậy, hàm lượng amylose giống cải thiện cách du nhập gen có hàm lượng amylose thấp từ giống lúa VD20 thông qua phương pháp lai hồi giao Hai thị phân tử RM190 RM510 liên kết với gen wx nhờ cho băng đa hình phân biệt hai giống OM576 VD20, sử dụng để chọn lọc lai mang alen VD20 OM576 quần thể hồi giao BC1F1 BC2F1 Ở quần thể BC1F1 mức độ tương đồng cá thể mang gen dị hợp hai thị RM190 RM510 30% Có 30 lai mang gen dị hợp sử dụng để làm vật liệu lai xây dựng quần thể BC2F1 Đánh giá kiểu hình quần thể BC2F1 có 53 cá thể có hàm lượng amylose trung bình, 35 cá thể có hàm lượng amylose cao 12 cá thể có hàm lượng amylsose thấp Mức độ xác kiểu gen kiểu hình RM190 cá thể mang gen Aa 81,63%, RM510 74% Kết so sánh kiểu gen kiểu hình chọn 34 lai mang gen dị hợp có hàm lượng amylose trung bình Kết tạo tiền đề cho công tác chọn tạo giống lúa có hàm lượng amylose trung bình thị phân tử vii ABSTRACT The study, “Applying the microsatellite molecular marker to select progenies’OM576 rice variety having medium amylose content”, was carried out in the laboratory of Biotechnology Department, Institute of Agricultural Sciences for Southern Vietnam from August, 2010 to July, 2011 OM576 is an rice variety with high grain yield, adaptability and good tolerance However, this rice variety is poor quality due to high amylose content Amylose is proved to be controlled by the Waxy locus on short arm of chromosome In this study, amylose content of OM576 was improved by introgressing the Waxy gene region from VD20 rice variety - that is low in amylose content by backcrossing method Markerassisted selection was applied to select the inviduals carrying parent’s allele from VD20 and OM576 varieties RM190 and RM510 markers showing polymorphism between parents closely linked to the waxy gene were surveyed of 100 individuals of BC1F1 and 100 individuals of BC2F1 population in this research Thirty individuals exhibiting heterozygotes were selected to produce BC2F1 population The results showed that heterozygous level of two markers RM190 and RM510 was 30% at BC1F1 population.The evaluation on phenotype of the BC2F1 population showed that 53 individuals medium amylose content, 35 individuals of high amylose and 12 exhibited low amylose The exact exhibition between genotype and phenotype by marker RM190 showing heterozygous genotype Aa was 81.63%, and marker RM510 was 74% The result of comparison of genotype and phenotype showes that 34 progenies heterozygous with RM190 and RM510, and have medium amylose content These results pointed toward the potential to use marker-assisted backcrossing to improve rice genotype with medium and low amylose content viii MỤC LỤC CHƯƠNG TRANG Trang tựa Trang chuẩn y i Lý lịch cá nhân ii Lời cam đoan iii Lời cảm ơn .iv Tóm tắt v Abstract vi Mục lục ix Danh sách chữ viết tắt x Danh sách bảng xi Danh sách hình xii Chương MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu .3 1.3 Mục đích 1.4 Đối tượng nghiên cứu Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tổng quan lúa 2.2 Tinh bột 2.2.1 Amylose 2.2.2 Amylopectin 2.3 Chỉ thị di truyền 2.3.1 Khái niệm 2.3.2 Phân loại 2.3.3 Chỉ thị phân tử ix 2.3.4 Chọn giống thực vật nhờ thị phân tử .11 2.4 Phương pháp lai hồi giao 14 2.4.1 Khái niệm 14 2.4.2 Cơ sở di truyền phép lai hồi giao .15 2.4.3 Ứng dụng thị phân tử vào phương pháp lai hồi giao 16 2.5 Chỉ thị phân tử microsatellite 17 2.5.1 Khái niệm 17 2.5.2 Phân loại 18 2.5.3 Ứng dụng microsatellite chọn tạo giống lúa 19 2.6 Phương pháp PCR 21 2.6.1 Khái niệm 21 2.6.2 Nguyên tắc 21 2.7 Cơ sở liệu khai thác QTL từ gramene 23 2.8 Các nghiên cứu di truyền tính trạng amylose lúa gạo 25 2.8.1 Các nghiên cứu nước .25 2.8.2 Các nghiên cứu nước 27 Chương NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 31 3.1 Nội dung vật liệu nghiên cứu 31 3.1.1 Nội dung nghiên cứu .31 3.1.2 Vật liệu nghiên cứu 31 3.2 Thời gian, địa điểm nghiên cứu 34 3.2.1 Thời gian nghiên cứu 34 3.2.2 Địa điểm nghiên cứu .34 3.3 Phương pháp nghiên cứu 34 3.3.1 Đánh giá kiểu gen 34 3.3.1.1 Ly trích DNA tổng số 34 3.3.1.2.Tuyển chọn thị phân tử cho phản ứng PCR 36 3.3.1.3 Phản ứng PCR với thị phân tử 38 3.3.2 Đánh giá kiểu hình quần thể BC2F1 39 3.3.3 So sánh kiểu gen kiểu hình quần thể lai BC2F1 41 Chương KẾT QUẢ THẢO LUẬN 41 x 30 He P., Hi S.G., Qian Q., Ma Y.Q., Li J.Z., Wang W.M., Chen Y., Zhu L.H., 1999 Genetic analysis of rice grain quality Theor Appl Genet 98: 502-508 31 He Y., Han Y., Jiang L., Xu C., Lu J., and Xu M., 2006 Funtional analysis of starch-synthesis genes in determining rice eating and cooking qualities Mol Breeding 18: 277 – 290 32 Joshi S., Ranjekar P., and Gupta V., 1999 Molecualar markers in plant genome analysis Curr Sci 77: 230-240 33 Kuipers A G J, Jacobsen E., and Visser R.G.F., 1994 Formation and deposition of amylose in the potato tuber starch granule are effected by the reduction of granule – bound starch synthase gene expression Plant cell 6: 43 – 52 34 Lakin P.D., and Park W.D., 2003 Association of waxy gene single nucleotide polymorphisms with starch characteristics in rice (Oryza sativa L.) Molecular Breeding 12: 335–339 35 Lande R., and Thomson R., 1990 Efficiency of marker-assisted selection in the improvement of quantitative traits Genetics 124: 743 – 756 36 Ma Z.Q., Roder M., and Sorrells M.E., 1996 Frequencies and sequence characteristics of di-, tri-, and tetra-nucleotide microsatellites in wheat Genome 39: 123–130 37 MacDonald F.D., and Preiss J., 1985 Partial purification and characterization of granule-bound starch synthase from normal and waxy maize Plant Physiol 78:849–852 38 McCouch S.R, Chen X., Panaud O., Temnykh S., Xu Y., Cho Y.G, Huang N., Ishii T., and Blair M., 1997 Microsatellite marker development, mapping and applications in rice genetics and breeding Plant Mol Biol 35: 89-99 39 McCouch S.R., Teytelman L., Xu Y., Lobos K.B., Clare K., Walton M., Fu B., Maghirang R., Li Z., Xing Y.Z., Zhang Q., Kono I., Yano M., Fjellstrom R., Declerck G., Schneider D., Cartinhour S., Ware D., and Stein L., 2002 Development and mapping of 2240 new SSR marker for rice (Oryza sativa L.) DNA Research 9: 199-207 69 40 Mckenzie K.S, and Rutger J.N., 1983 Genetic analysis of amylose content, akali spreading score, and dimension in rice Crop Sci 23: 306-313 41 Mikami L., Dung L.V., Hirano H.Y., Sano Y., 2000 Effects of the two most common Wx alleles on different genetic background in rice Plant Breed 119: 505 – 508 42 Mohan M., Nair S., Bhagwat A., Krishna T.G., Yano M., 1997 Genome mapping, molecular marker and marker-assisted selection in crop plants Molecular Breed 3: 87-103 43 Murray M.G., Thompson W.F., 1980 Rapid isolation of high molecular weight plant DNA Nucleic Acids Res 8: 4321-4325 44 Paterson A H., 1996 Making genetic maps In Genome Mapping in Plants (Eds A.H Paterson) R G Landes Company, San Diego, California; Academic Press, Austin, Texas,USA, pp 23 – 39 45 Pooni H.S., Kumar I., Khush G.S., 1992 A comprehensive model for disomically inherited metrical in triploid tissues Heredity 69: 166-174 46 Sadasivam S., and Manickam A., 1996 Biochemical method for agricultural sciences Wiley eastern New Age International limited P Publisher, Charman offset New Delhi, India, pp 12-13 47 Sano Y., Katsumata M., Okumo K., 1986 Genetic studies of speciation in cultivated rice inter specific differentiation in the waxy gene expression of rice Euphitica 35: 1-9 48 Shi C H, Zhu J., Zhang R.C., and Cheng G L., 1997 Genetic and heterosis analysis for cooking quality traits of indica rice in different environments Theor Apply Genet 95: 294-300 49 Shu Q.Y., Wu D.X., Xia Y.W., Gao M.W., Ayres N.M., Larkin P.D., and Park W.D., 1999 Microsatellite polymorphisms on the waxy gene locus and their relationship to amylose content in indica and japonica rice, Oryza sativa Acta Genet Sinica 26: 350 – 358 70 50 Shure M., Wessler S., Federoff N., 1983 Molecular identification and isolation of the Waxy locus in maize Cell 35:225–233 51 Smith A.M, Denyer K., and Martin, 1997 The synthesis of the starch granule Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol 48:67-87 52 Tan Y.F., Li J.X., Yu S.B., Xing Y.Z., and Xu C.G., 1999 The three important traits for cooking and eating quality of rice grains are controlled by a singlr locus in an elite rice hybrid, Shanyou 63 Theor Appl Genet 99: 642 – 648 53 Tang S.X., Khush G.S., and Juliano B.O., 1991 Genetics of gel consistency in rice Indian J Genet 70 (2): 69 – 78 54 Temnykh S., Park W., Ayres N., Cartinhour S., Hauck N., Lipovich L., Cho Y.G., Ishii T., and McCouch S.R., 2000 Mapping and genome organization of microsatellite in rice (Oryza sativa L) Theor Appl Genet 100: 689-712 55 Tian R., Jiang G.H., Shen L.H., Wang L.Q., He Y.Q., 2004 Mapping quantitative trait loci underlying the cooking and eating quality of rice using a DH population Molecular Breeding 15:117-124 56 Varshney R.K., and Tuberosa R., 2007 Genomics- Assisted crop improvement, volume 1: Genomics approaches and platforms Springer, Nertherlands, pp 13-97 57 Wang Z.Y., Zheng F.Q., Shen G.Z., Gao J.P., Snustad D.P., Li M.G., Zhang J.L., Hoang M.M., 1995 The amylase content in rice endosperm is related to the post-transcriptional regulation of the waxy gene Plant jour 7:613-622 58 Winter P., and Kahl G., 1995 Molecular marker technologies for plant improvement World Journal of Microbiology and Biotechnology 11: 438 – 448 59 Wu K.S., and Tanksley S.D., 1993 Abudance, polymorphism and genetic mapping of microsatellite in rice Mol Gen Genet 241: 225-235 60 Xu C.W., Mo H.D., 1995 Genetical control of quality traits of rice grains in indica – japonica hybrids Acta Genet Simica 22: 192 – 198 71 61 Xu Y., Zhu L., Xiao J., Huang N., and McCouch S R., 1997 Chromosomal regions associated with segregation distortion of molecular markers in F2, backcross, doubled haploid, and recombinant inbred populations in rice (Oryza sativa L.) Mol Gen Genet 253: 535-545 62 Young N D., 1994 Constructing a plant genetic linkage map with DNA markers In DNA – based markers in plants (Eds T.K.V Ronald and L Phillips) Kluwer, Dordrec – ht, Boston, London, England, pp 39 – 57 63 Zhou P.H., Tan Y.F., He Y.Q., Xu C.G., and Zhang Q., 2003 Simultaneous improvement for four quality traits of Zhenshan 97, an elite parent of hybrid rice, by molecular marker-assisted selection Theor Appl Genet 106: 326 – 331 INTERNET 64 http://www.bio.miami.edu/dana/pix/amylose.jpg&imgrefurl 65 http://www.scientificpsychic.com/fitness/amylopectin.gif 66 http://www.gramene.org 67.http://universe-review.ca/I11-50-PCR.jpg 72 PHỤ LỤC PHỤ LỤC Giá trị OD quần thể BC1F1 BC2F1 Bảng 1: Giá trị OD DNA quần thể BC1F1 sau ly trích Số thứ A260/A280 tự Nồng Số độ DNA thứ (ng/µl) tự A260/A280 Nồng Số độ DNA thứ (ng/µl) tự A260/A280 Nồng Số độ DNA thứ (ng/µl) tự A260/A280 Nồng độ DNA (ng/µl) 1,868 852,463 26 1,779 122,155 51 1,660 362,721 76 2,049 380,762 1,545 166,910 27 1,857 658,991 52 1,614 288,192 77 2,098 585,523 1,693 195,057 28 1,804 364,385 53 1,756 334,913 78 2,255 539,756 1,593 315,903 29 1,459 255,383 54 1,857 113,144 79 2,02 505,619 1,956 437,529 30 1,843 733,598 55 1,444 98,745 80 1,967 455,296 1,856 341,235 31 1,554 913,912 56 1,658 518,944 81 1,819 526,225 1,906 106,536 32 1,590 531,480 57 1,667 371,712 82 1,832 650,994 1,854 132,884 33 1,263 636,940 58 1,800 115,833 83 1,953 752,463 1,917 229,222 34 1,203 702,570 59 1,574 340,256 84 1,844 1.102,72 10 1,909 267,345 35 1,970 325,012 60 1,750 118,527 85 1,856 1.127,87 11 1,816 152,122 36 1,626 215,166 61 2,136 216,435 86 1,860 597,154 12 1,892 384,620 37 2,013 448,213 62 2,071 263,446 87 1,962 763,815 13 1,822 146,683 38 1,762 424,000 63 1,862 235,264 88 1,983 758,716 14 1,987 412,834 39 1,852 994,000 64 2,6 260,000 89 1,554 875,000 15 1,819 159,019 40 1,864 996,123 65 2,235 177,820 90 1,590 980,001 16 1,905 192,421 41 1,946 508,678 66 1,957 200,256 91 1,26 1.100,354 17 1,880 220,926 42 1,982 178,000 67 1,957 400,578 92 1,203 908,345 18 1,882 163,561 43 1,923 674,235 68 1,786 106,859 93 1,929 458,923 19 1,952 273,201 44 1,952 496,000 69 1,923 110,453 94 1,366 356,783 20 1,894 229,426 45 1,752 896,000 70 1,951 355,612 95 1,755 414,213 21 1,765 439,392 46 1,862 346,000 71 2,025 365,496 96 1,862 230,000 22 1,541 693,447 47 1,678 530 72 2,024 374,475 97 1,678 700,000 23 1,554 120,178 48 1,929 278,245 73 1,9 417,558 98 1,929 870,123 24 1,740 681,264 49 2,203 908,000 74 2,000 457,986 99 2,203 890,675 25 1,241 793,192 50 1,645 922,345 75 1,852 491,174 100 1,645 357,861 73 Bảng 2: Giá trị OD DNA quần thể BC2F1 sau ly trích Nồng Tên cá A260/A280 thể độ DNA (ng/µl) Tên cá A260/A280 thể Nồng độ Tên DNA cá (ng/µl) thể A260/A280 Nồng độ Tên DNA cá (ng/µl) thể Nồng độ A260/A280 DNA (ng/µl) 1,663 362,751 26 2,056 380,756 51 1,860 462,723 76 1,745 340,258 1,714 388,19 27 1,856 588,946 52 1,615 278,790 77 1,759 218,527 1,576 434,915 28 1,769 364,854 53 1,657 444,987 78 2,036 316,436 1,758 213,145 29 1,849 235,829 54 1,859 331,164 79 2,071 263,449 1,342 98,745 30 1,883 733,987 55 1,544 398,147 80 1,862 235,267 1,853 483,394 31 1,554 913,935 56 1,651 518,394 81 2,613 260,532 1,867 471,127 32 1,590 531,485 57 1,567 371,217 82 2,035 377,827 1,820 215,830 33 1,273 636,945 58 1,852 491,175 83 1,978 300,458 1,674 340,275 34 1,703 702,579 59 2,194 480,376 84 1,957 500,513 10 1,850 318,527 35 1,970 325,102 60 2,132 685,523 85 1,876 406,858 11 2,136 316,483 36 1,566 215,663 61 2,135 539,755 86 1,973 510,745 12 2,172 363,465 37 2,013 448,345 62 2,023 505,619 87 1,951 355,628 13 1,826 435,26 38 1,762 1.424,357 63 1,967 455,298 88 2,025 365,498 14 2,351 260,763 39 1,852 1.994,000 64 1,913 562,227 89 2,024 374,731 15 2,212 277,825 40 1,892 986,000 65 1,875 650,918 90 1,900 417,755 16 1,973 300,253 41 1,946 508,000 66 1,893 752,468 91 2,013 357,985 17 1,978 400,519 42 1,928 1.178,321 67 1,883 1.002,729 92 1,803 315,831 18 1,867 206,853 43 1,923 674,231 68 1,856 1.127,817 93 1,574 340,258 19 1,958 310,457 44 1,925 961,000 69 1,869 597,158 94 1,750 318,523 20 1,915 355,685 45 1,752 698,713 70 1,926 663,817 95 2,036 316,432 21 2,052 365,495 46 1,862 346,000 71 1,893 758,719 96 1,862 805,412 22 2,016 374,478 47 1,678 530,679 72 1,754 460,341 97 1,786 1.700,327 23 1,903 417,558 48 1,294 278,,451 73 1,590 530,485 98 1,929 870,701 24 2,000 457,978 49 2,037 108,985 74 1,263 781,347 99 1,609 409,451 25 1,823 491,713 50 1,875 922,000 75 1,809 215,813 100 1,945 309,649 74 PHỤ LỤC Dụng cụ thiết bị thí nghiệm Dụng cụ thí nghiệm - Chén sứ chày giã (Đức) - Eppendorf 0,2 ml; 0,5 ml; 1,5 ml (Mỹ) - Cân phân tích số (Ohaus – Mỹ) - Máy hút tủ cấy vô trùng (ESCO IEC6010-1) - Pipet loại (Nichiryo – Nhật) - Găng tay - Đầu tuýp loại (Đức) - Máy ly tâm lạnh (Hettich – Đức) - Tủ cấy vô trùng - Máy PCR (Biorad – Thụy Điển) - Máy điện di (Cosmo Bio Co, – Nhật) - Máy chụp hình gel UV (UVP laboratory , GDS-8000 system,) - Lò viba (Electrolux – Thụy Điển) - Máy định ôn (Memmert – Đức) - Tủ lạnh -800C, -200C, 40C (Sanyo – Nhật) - Máy chụp ảnh kỹ thuật số (Sony – Nhật) - Máy đo quang phổ Jenway 6051 colorimeter (Anh) Hóa chất thí nghiệm Các hố chất dùng ly trích DNA - Nitơ lỏng - Dung dịch CTAB (100 ml)  2,0 g CTAB  28,0 ml NaCl (5 M)  10,0 ml Tris – HCl (1 M) pH 8,0  4,0 ml EDTA (5 M) pH 8,0 (Ethylenediaminetetra acetic acid di- sodium salt)  g PVP 40 (polyvinyl pyrrolidone, MW 40,000) 75  40,0 ml H2O cất hai lần, tiệt trùng Điều chỉnh pH 5,0 HCL, định mức lên 100 ml nước cất hai lần tiệt trùng - TE buffer (10 mM Tris – HCl (pH 8,0), mM EDTA (pH 8,0)) - Dung dịch Chloroform/isoamylalcohol tỉ lệ 24 : - Dung dịch isopropanol lạnh - Ethanol 70% 100% Các hóa chất dùng phản ứng PCR - 5X PCR buffer (do công ty Fermentas cung cấp) - 25 mM MgCl2 (do công ty Fermentas cung cấp) - 10 mM dNTPs (do công ty Fermentas Biorad cung cấp) - Taq DNA polymerase (do công ty Fermentas cung cấp) - DNA mẫu (ly trích từ giống lúa bố mẹ quần thể lai) - H2O cất lần, siêu lọc, hấp khử trùng, chiếu UV - Nước cất free nuclease (Ultrapure Distilled Water – invitrogen) - Mồi SSR (do công ty Invitrogen cung cấp) Các hóa chất dùng điện di - Agarose (Agarose Ultrapure – Invitrogen) % % - Dung dịch TBE 10X (108 g Tris base, 55 g Boric acid, 40 ml 0,5 M EDTA (pH 8,0) - Dung dịch TBE 0,5 X: pha loãng dung dịch TBE 10 X thành 0,5 X - DNA Ladder 100 bp (Invitrogen) - Loading dye X ( 0,1% bromophenol blue (0,01 g), 0,1% xylene cyanol (0,01 g), 30% glycerol (v/v) (6 ml glycerol 50%), 60 mM EDTA (1,2 ml EDTA 0,5 M, pH 8,0), 2,2 ml Nước cất hai lần, tiệt trùng) - Dung dịch nhuộm ethidium bromide 76 PHỤ LỤC Hình DNA tổng số 77 Hình sản phẩm PCR quần thể BC1F1 Sản phẩm PCR quần thể BC1F1 với thị RM190 M J V O 10 11 12 13 14 15 16 17 78 Sản phẩm PCR quần thể BC1F1 với thị RM510 M J V O 79 10 11 12 13 14 15 16 17 18 Hình sản phẩm PCR quần thể BC2F1 V O M V 80 O Sản phẩm PCR quần thể BC2F1 với thị RM190 81 Sản phẩm PCR quần thể BC2F1 với thị RM510 82 69 ... trạng gia đình: độc thân Địa liên lạc: Trương Thị Tú Anh, 16A/4, Đồng An 1, Bình Hòa, Thuận An, Bình Dương Điện thoại: 0986910658 Email: tuanhbp@gmail.com iv LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng... TS Bùi Minh Trí TS Lê Thị Diệu Trang quan tâm, góp ý chỉnh sửa thi u sót cho tơi thời gian hồn thi n luận văn - KS Lý Hậu Giang anh chị thuộc phòng Cơng nghệ sinh học, Viện Khoa Học Kỹ Thuật... Department, Institute of Agricultural Sciences for Southern Vietnam from August, 2010 to July, 2011 OM576 is an rice variety with high grain yield, adaptability and good tolerance However, this rice