Tính toán tần suất haplotype hệ 17 y STR phục vụ công tác giám định tại viện khoa học hình sự

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT VŨ LÊ LỢI TÍNH TỐN TẦN SUẤT HAPLOTYPE HỆ 17 Y-STR PHỤC VỤ CÔNG TÁC GIÁM ĐỊNH TẠI VIỆN KHOA HỌC HÌNH SỰ LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC SINH HỌC Hà Nội, tháng 11-2013 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT VŨ LÊ LỢI TÍNH TỐN TẦN SUẤT HAPLOTYPE HỆ 17 Y-STR PHỤC VỤ CÔNG TÁC GIÁM ĐỊNH TẠI VIỆN KHOA HỌC HÌNH SỰ Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60.42.30 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC SINH HỌC Người hướng dẫn: PGS.TS Nguyễn Văn Hà Hà Nội, tháng 11-2013 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành đề tài nghiên cứu này, trước tiên, tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới: PGS.TS Thượng tá Nguyễn Văn Hà, Phó giám đốc Trung tâm giám định Sinh học pháp lý, Viện Khoa học hình - Bộ Cơng an người quan tâm hướng dẫn tận tình ln tạo điều kiện thuận lợi cho suốt thời gian làm luận án Đồng thời, xin gửi lời cảm ơn tới Lãnh đạo, tập thể cán Trung tâm giám định sinh học pháp lý, Viện Khoa học hình - Bộ Cơng an giúp đỡ động viên tơi hồn thành đề tài nghiên cứu Hà Nội, tháng 11 năm 2013 Vũ Lê Lợi Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỤC LỤC Trang MỞ ĐẦU CHƯƠNG I TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Sơ lược người Việt (Kinh) 1.2 Cấu trúc nhiễm sắc thể Y 1.3 Các thị di truyền phân tích nhiễm sắc thể Y 1.4 Các kít thương mại phân tích nhiễm sắc thể Y 1.5 Dữ liệu YSTR Haplotype 1.6 Ý nghĩa thống kê phân tích nhiễm sắc thể Y hình 11 1.7 Ứng dụng phân tích ADN nhiễm sắc thể Y 12 1.8 vấn đề sử dụng Y-STR phân tích AND phục vụ giám định pháp lý 14 CHƯƠNG II VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 16 2.1 Vật liệu 16 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 16 2.1.2 Hóa chất 17 2.1.3 Thiết bị máy móc dụng cụ 17 2.2 Phương pháp nghiên cứu 17 2.2.1 Phân tích AND 17 2.2.2 Phân tích liệu AND 22 CHƯƠNG III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 24 3.1 Kết tách chiết ADN phương pháp vô sử dụng chelex 100 24 3.2 Kết PCR25 3.3 Phân tích alen tính tốn tần suất Y-STR haplotype 25 3.4 Kết sử dụng công cụ trực tuyến YHRD để tính khoảng cách di truyền quần thể nghiên cứu quần thể có sẵn sở liệu 29 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ KẾT LUẬN 33 KIẾN NGHỊ 34 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT - STR Short Tandem Repeat - Y‐STR Y‐ chromosome Short Tandem Repeat - DNA Deoxyribonucleic Acid - PCR Polymerase Chain Reacton - AMPS Ammonium Persulfate - dNTPs Deoxy Nucleotde Tri Phosphates - EDTA Ethylene Diamine Tetra Acetc Di‐Sodium Salt - FDL Forensic DNA Laboratory - DC Discriminaton Capacity - HD Haplotype Diversity - GD Gene Diversity - bp base pairs - PCR Polymerase Chain Reacton - YHRD Y‐Chromosome Haplotype Reference Database - SWGDAM Scientific Working Group on DNA Analysis Methods - NRY Non‐recombining Y‐chromosome - SNP Single Nucleotde Polymorphism - mtDNA Mitochondrial DNA - PAR Pseudo‐Autosomal Region DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1: Các thị di truyền Y-STR chọn lọc Bảng 1.2: Tóm tắt kit Y-STR thương mại Bảng 1.3: sở liệu gen Y-STR giới Bảng 1.4: Các ứng dụng thuận lợi phân tích Y-STR hình Bảng 2.1: Các thành phần hóa chất sử dụng để điện di mao quản Bảng 3.1: Kết định lượng ADN từ 10 mẫu nghiên cứu ngẫu nhiên Bảng 3.2: Bảng đa hình alen quan sát nghiên cứu Bảng 3.3: Tần suất alen 17 locus Y-STR phân tích từ 80 người nghiên cứu Bảng 3.4: Bảng giá trị Фst P quần thể Việt nghiên cứu liệu có sẵn YHRD Bảng 3.5: Bảng giá trị Фst P quần thể người Việt (Kinh) nghiên cứu quân thể nước lân cận Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) PHỤ LỤC Bả ng Tần suất Haplotyep từ 80 ngư i đư ợ c nghiên cứu loci YS YS YS YS YS YS YS YS YS YS YS YS YS 56 89I 90 89II 58 85 93 91 39 35 92 ATAH4 ,0125 5 5 5-19 1 ,0125 4 6-20 ,0125 6 3-18 ,0125 4 2-15 ,0125 0 4-19 ,0125 5 8 3-18 ,0125 4 4-21 ,0125 ,0125 4 ,0125 ,0125 3 t D YS YS YS 37 38 48 11 11 11 1 12 13 0 3 12 2 12 3-13 1 12 5 5-19 11 2-19 2 12 3-21 10 Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý G Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) ,0125 1-12 4 12 ,0125 3-19 2 11 ,0125 5 8 2-19 2 12 ,025 7-20 4 11 ,0125 5 6-18 11 ,0125 3-19 11 8 ,0125 3-19 11 ,0125 2-20 3 11 0 ,0125 4 3-17 1 12 ,0125 4 6-20 11 ,0125 3-22 1 11 0 ,0125 9 4-18 4 10 ,0125 5 5-19 4 11 ,0125 4.3 2-16 2 12 ,0125 5 7-18 3 11 11 Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) ,0125 3-18 ,0125 3 3-18 2 1 10 ,0125 5 3-23 1 10 ,0125 5 3-14 12 ,0125 4 2-18 3 11 ,0125 2-19 3 12 ,0125 5 8 3-18 3 12 ,0125 9 4-18 4 10 ,0125 5 5-19 4 11 ,0125 3 5-21 4 11 ,025 3-19 11 8 ,0125 3-19 11 ,0125 5 8-20 4 11 ,0125 5 3-13 1 13 ,0125 3-19 11 ,0125 5 8 3-18 2 3 12 Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý 8 Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) ,0125 4-18 2 10 ,0125 5 5-19 1 11 ,0125 5 8 3-18 2 3 12 ,0125 3-19 2 12 ,0125 5 5-19 1 11 8 ,0125 3-19 3 14 9 ,0125 2-20 3 12 ,0125 5 6-19 3 14 ,0125 2-20 2 3 12 ,0125 5 5-19 1 11 ,0125 2-20 3 12 ,0125 3-18 3 11 ,0125 4-19 1 12 0 ,0125 4-19 13 ,0125 5 6 3-18 2 12 12 Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) ,025 3-18 2 ,0125 6 3-15 12 ,0125 3-14 12 ,0125 4-19 2 11 ,0125 5 3-19 3 11 ,0125 5 1-14 3 12 4 ,0125 3-20 2 12 5 ,0125 2-20 3 12 ,0125 4 3-18 4 11 ,0125 4 5-15 1 11 8 ,0125 6 4-19 11 ,0125 8 2-15 12 ,0125 3 3-13 13 ,0125 2-21 2 3 12 ,0125 4-19 3 11 ,0125 4 4-19 2 11 Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) ,0125 3-14 3 12 0 ,0125 5-15 1 11 ,0125 4 3-19 4 11 ,0125 4 5-20 1 11 H: Số thứ tự haplotyep f: Tần suất haplotyep n: số lần quan sát haplotype Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) Bảng 2: Số lượng alen quan sát tần suất alen đó, số đa dạng locus LEN YS YS YS YS YS YS YS YS YS YS YS 56 89I 90 89II 58 93 91 39 35 92 ATAH4 ,025 ,025 ,3125 ,325 ,3375 ,0625 ,325 ,5375 ,025 ,0125 ,2 ,0875 ,725 ,0375 ,1625 ,175 ,3875 ,075 ,2625 ,0375 ,1 ,4625 ,5125 ,0125 ,1875 ,375 ,0125 ,2 ,1625 ,4125 ,0375 ,1375 ,075 ,3125 ,0125 ,075 ,0625 ,0125 Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý G ,075 ,475 ,375 ,05 ,025 ,6375 D YS ,025 YS YS YS 37 38 48 LEN YS 85a/b ,0125 13-19 ,1375 ,8375 18-20 ,0125 ,1375 13-13 ,0375 ,0125 2-20 ,0625 13-17 ,0125 ,8 16-20 ,025 ,2 ,0125 13-22 ,0125 14-18 ,0375 ,0375 15-19 ,0875 ,0125 ,45 2-16 ,0125 ,025 ,3 17-18 ,0125 ,1125 ,1125 13-18 ,15 Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) ,025 ,4125 ,0875 13-23 ,0125 ,15 13-14 ,0375 ,1125 ,2 2-18 ,0125 ,45 ,0875 2-19 ,0375 ,3875 ,0125 15-21 ,0125 ,0375 2-15 ,025 ,0125 14-19 ,0875 ,1875 14-21 ,0125 ,375 13-21 ,0125 ,3375 1-12 ,0125 ,075 17-20 ,025 ,0125 16-18 ,0125 1-14 ,0125 13-20 ,0125 15-15 ,025 2-21 ,0125 15-20 ,0125 4,3 ,0125 Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) D ,643 ,691 ,641 GD: Gene Diversity ,713 ,821 ,681 ,648 Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý ,493 ,596 ,756 ,633 ,323 ,448 ,283 ,694 16-19 ,0125 13-15 ,0125 ,943 Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) HỌ VÀ TÊN ĐỊA CHỈ Nguyễn Xuân Đỉnh Phạm Hữu Phi Nguyễn Văn Lại Nguyễn Hữu Thuyết Phạm Văn Thái Ngô Văn Chung Nguyễn Quốc Hùng Nguyễn Tấn Hùng Nguyễn Thái Học Phạm Ngọc Thành Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hưng Yên Hà Nội Hà Nội Hà Nam Hà Nội Hà Nội Nguyễn Văn Lực Hà Nội Trần Văn Bình Hà Nội Trịnh Xuân Bích Bắc Giang Lại Thanh Sơn Hà Nội Lại Xuân Thi Hà Nội Ninh Văn Thẩm Hà Nội THÔNG TIN NHÂN KHẨU CỦA 80 NGƯỜI VIỆT (KINH) NGHIÊN CỨU TT Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý 10 Tính toán tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) 9 Nguyễn Đức Duy Hà Nội Phạm Minh Hóa Hà Nội Nguyễn Hồng Minh Hà Nội Phạm Đình Sơn Hà Nội Nguyễn Văn Xuân Thái Bình Nguyễn Quảng Hà Nội Nguyễn Văn Lành Hà Nội Hà Văn Tuấn Hà Nội Nguyễn Văn Kiên Hà Nội Trương Văn Thọ Hà Nội Nguyễn Đình Chính Hà Nội Nguyễn Văn Ba Vĩnh Phúc Lê Văn Thi Hà Nội Vũ Ngô Vịnh Hà Nội Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý 11 Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) Nguyễn Hữu Long Hà Nội Phạm Thế Lữ Hà Nội Nguyễn Đức Qúy Nam Định Lê Văn Lợi Hà Nội Hà Văn Tuấn Hà Nội Hoàng Hữu Hà Hà Nội Nguyễn Văn Anh Hà Nội Nguyễn Đình Quỳnh Hà Nội Vũ Anh Hà Nội Nguyễn Văn Quân Hà Nội Lưu Ngọc Hiển Hà Nội Ngô Văn Tiệp Hà Nội Lê Văn Thắng Hà Nội Hoàng Xuân Khánh Hà Nội Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý 12 Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) Lê Đình Chinh Thanh Hóa Phạm Ngọc Tiến Nghệ An Nguyễn Hữu Vinh Hà Nội Nguyễn Văn Hòa Hà Nội Lê Tuấn Anh Hà Nội Nguyễn Khả Hoan Hà Nội Lê Thành Trung Hà Nội Vũ Đình Thịnh Hà Nội Tạ Văn Quốc Hà Nội Nguyễn Thành Trung Hà Nội Dương Anh Tuấn Hà Nội Lê Văn Sỹ Hà Nội Nguyễn Văn Vượng Hà Nội Lê Tiến Thành Hà Nội Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý 13 Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) 9 Nguyễn Đình Chung Hà Nội Lê Văn Hồng TP Hồ Chí Minh Vũ Văn Tình TP Hồ Chí Minh Nguyễn Đình Phúc TP Hồ Chí Minh Nguyễn Hữu Tâm TP Hồ Chí Minh Lê Văn Thi TP Hồ Chí Minh Lê Văn Quynh TP Hồ Chí Minh Nguyễn Hữu Hồ TP Hồ Chí Minh Đỗ Qúy Hưng TP Hồ Chí Minh Nguyễn Hưng Nguyên TP Hồ Chí Minh Lê Văn Khuyến TP Hồ Chí Minh Lương Ngọc Chiến TP Hồ Chí Minh Vũ Hữu Hiệp TP Hồ Chí Minh Nguyễn Văn Thiệng TP Hồ Chí Minh Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý 14 Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y-STR người Việt (Kinh) Lê Quang Minh TP Hồ Chí Minh Trần Ngọc Đại TP Hồ Chí Minh Nguyễn Thành Nhân TP Hồ Chí Minh Lê Quang Hiếu TP Hồ Chí Minh Nguyễn Minh Huấn TP Hồ Chí Minh Phạm Cơng Dân TP Hồ Chí Minh Nguyễn Trường Giang TP Hồ Chí Minh Lê Minh Vũ TP Hồ Chí Minh Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý 15 ... pháp đếm Từ tính tốn tần suất Haplotype tính tính số Haplotype số locus gen Đề tài nghiên cứu “ Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y- STR phục vụ công tác giám định ADN Viện Khoa học hình sự tiến hành...ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT VŨ LÊ LỢI TÍNH TỐN TẦN SUẤT HAPLOTYPE HỆ 17 Y- STR PHỤC VỤ CÔNG TÁC GIÁM ĐỊNH TẠI VIỆN KHOA HỌC HÌNH SỰ Chuyên ngành: Sinh học thực... DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS385a/b Vũ Lê Lợi – Trung tâm giám định Sinh học pháp lý Tính tốn tần suất Haplotype hệ Y- STR người Việt (Kinh) để x y dựng Haplotype