Kiểm tra độ tinh sạch đoạn gene 16s RDNA trong xác định loài bằng phương pháp DGGE

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC KỸ THUẬT CÔNG NGHỆ TP HCM ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP KIỂM TRA ĐỘ TINH SẠCH ĐOẠN GENE 16S rDNA TRONG XÁC ĐỊNH LỒI BẰNG PHƯƠNG PHÁP DGGE Ngành: CƠNG NGHỆ SINH HỌC Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn : TS Hồng Quốc Khánh CN Ngơ Đức Duy Sinh viên thực : Hà Trầm Xuân MSSV: 0851110305 Lớp: 08DSH6 TP Hồ Chí Minh, 2012 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP MỤC LỤC DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT iv DANH MỤC CÁC BẢNG v DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ, ĐỒ THỊ, SƠ ĐỒ vi DANH MỤC CÁC HÌNH vii LỜI MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan nhóm vi sinh vật 1.2 Các phương pháp ly trích thu nhận DNA genomic 1.2.1 Phương pháp ly trích thu nhận DNA tổng số vi sinh vật môi trường tự nhiên 1.2.2 Phương pháp ly trích thu nhận DNA tổng số vi sinh vật từ dịch nuôi cấy 1.3 Các ứng dụng phương pháp PCR 1.3.1 Ứng dụng phương pháp PCR xác định trình tự nucleic acid 1.3.2 Ứng dụng phương pháp PCR q trình xác định lồi vi sinh vật 1.3.3 Ứng dụng phương pháp PCR phát tác nhân vi sinh vật gây bệnh nhiễm trùng 1.3.4 Ứng dụng phương pháp PCR trình thúc đẩy nhanh cơng nghệ giải trình tự 1.3.5 Ứng dụng phương pháp PCR chẩn đoán sàng lọc bệnh di truyền 10 1.4 Phương pháp DGGE ứng dụng 10 1.5 Định danh nhóm vi khuẩn 12 i ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP 1.5.1 Định danh phương pháp truyền thống 12 1.5.2 Định danh nhóm vi khuẩn sinh học phân tử 14 1.6 Xây dựng phát sinh loài chủng loài 19 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 20 2.1 Địa điểm nghiên cứu 20 2.2 Vật liệu thí nghiệm 20 2.3 Thiết bị dụng cụ 22 2.4 Quy trình kiểm tra độ tinh đoạn gene 16S rDNA chủng vi khuẩn 23 2.4.1 Quy trình ly trích thu nhận DNA genomic nhiệt 24 2.4.2 Quy trình kiểm tra xuất DNA genomic mẫu sau ly trích 26 2.4.3 Khuếch đại đoạn gene 16S rDNA nhóm vi khuẩn phương pháp PCR 27 2.4.4 Tinh sản phẩm PCR QIAGEN Kit 28 2.4.5 Quy trình Applied Biosystems 30 2.4.6 Xác định thành phần chủng vi khuẩn phương pháp DGGE 32 2.5 Sử dụng phần mềm tin sinh học 36 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ - THẢO LUẬN 37 3.1 Kết tăng sinh kiểm tra hình thái tế bào chủng vi khuẩn 37 3.2 Kết ly trích DNA genomic nhiệt chủng vi khuẩn 42 3.3 Kết khuếch đại đoạn gene 16S rDNA phương pháp PCR 42 3.4 Kết tinh đoạn gene 16S rDNA QIAGEN Kit 43 3.5 Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA chủng vi khuẩn 44 ii ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP 3.6 Kết xây dựng phát sinh chủng loài 54 3.7 Kết khuếch đại vùng V3 cho phương pháp DGGE 56 3.8 Kết kiểm tra nồng độ DNA máy BEKMAN 57 3.9 Kết vùng V3 gel polyacrylamide chủng vi khuẩn phương pháp DGGE 58 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN – KIẾN NGHỊ 59 4.1 Kết luận 59 4.2 Kiến nghị 60 TÀI LIỆU THAM KHẢO 61 PHỤ LỤC iii ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT CTAB Cetyl – trimetyl – ammomiumbromide DNA Deoxyribonucleic acid DGGE Denaturing Gradient Gel Electrophoresis dNTPs Deoxyribonucleotide triphosphates EDTA Ethylene – Diamine – Tetraacetic – Acid EtBr Ethidium bromide PCR Polymerase chain reaction SDS Sodium dodecyl sulfate RNA Ribonucleic acid TAE Tris – Acetic – EDTA Taq Thermus aquaticus TE Tris – EDTA UV Ultra Violet iv ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1: Các chủng vi khuẩn 20 Bảng 2.2: Thành phần phản ứng PCR với tổng thể tích 50 µl 27 Bảng 2.3: Thành phần Big – Dye Reaction mồi xuôi 27F 30 Bảng 2.4: Thành phần Big – Dye Reaction mồi ngược 1492R 30 Bảng 2.5: Thành phần phản ứng PCR vùng V3 thuộc đoạn gene 16S rDNA DGGE 32 Bảng 2.6: Nồng độ pha gel polyacrylamide 34 Bảng 2.7: Tỷ lệ phối trộn gel polyacrylamide vào hai xilanh 34 Bảng 3.1: Kết quan sát hình thái học chủng vi khuẩn 37 Bảng 3.2: Kết soi kính hiển vi 100X chủng vi khuẩn 39 v ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ, ĐỒ THỊ, SƠ ĐỒ Sơ đồ 2.1: Quy trình kiểm tra độ tinh đoạn gene 16S rDNA chủng vi khuẩn 23 Sơ đồ 2.2: Quy trình ly trích thu nhận DNA genomic nhiệt 25 Sơ đồ 3.3: Kiểm tra DNA genomics sau ly trích 26 Sơ đồ 3.4: Quy trình tinh DNA sau chạy PCR 29 Sơ đồ 3.5: Quy trình Applied Biosystems 31 vi ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 2.1: Hệ thống thiết bị chạy DGGE 36 Hình 3.1: Kết tăng sinh chủng vi khuẩn Đó chủng A, B, C, D, E, F, G, H K 41 Hình 3.2: Kết thu nhận DNA genomic chủng vi khuẩn gel agarose 1% 42 Hình 3.3: Kết thu nhận đoạn gene 16S rDNA chạy PCR gel agarose 1% 43 Hình 3.4: Kết tinh đoạn gene 16S rDNA QIAGEN Kit gel agarose 1% 44 Hình 3.5a: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng A 45 Hình 3.5b: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Reverse) chủng A 45 Hình 3.6a: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng B 46 Hình 3.6b: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Reverse) chủng B 46 Hình 3.7a: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng C 47 Hình 3.7b: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Reverse) chủng C 47 vii ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Hình 3.8a: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng D 48 Hình 3.8b: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Reverse) chủng D 48 Hình 3.9a: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng E 49 Hình 3.9b: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Reverse) chủng E 49 Hình 3.10a: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng F 50 Hình 3.10b: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Reverse) chủng F 50 Hình 3.11a: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng G 51 Hình 3.11b: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Reverse) chủng G 51 Hình 3.12a: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng H 52 Hình 3.12b: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA (đoạn Forward) chủng H 52 Hình 3.13a : Kết giải trình tự đoạn 16S rDNA ( đoạn Forward) chủng K 53 Hình 3.13b : Kết giải trình tự đoạn 16S rDNA ( đoạn Reverse) chủng K 53 viii ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Hình 3.14: Kết xây dựng phát sinh loài chủng khảo sát (chủng E, F, G, H, K) so với liệu ngân hàng gene 55 Hình 3.15: Kết khuếch đại vùng V3 đoạn gene 16S rDNA chủng vi khuẩn gel agarose 1% 56 Hình 3.16: Kết chạy DGGE vùng V3 gel acrylamide biến tính 57 ix ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 539 GGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCTGCAACGAG 598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 948 Query 599 GGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCTGCAACGAG 1007 CGCAACCCTTGTTATTAGTTGCTACCATTAAGTTGAGCACTCTAATGAGACTGCCTGGGT 658 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1008 CGCAACCCTTGTTATTAGTTGCTACCATTAAGTTGAGCACTCTAATGAGACTGCCTGGGT 1067 Query 659 AACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTACAC 718 Sbjct 1068 AACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTACAC Query 719 ACG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1127 721 ||| Sbjct 1128 ACG 1130  Burkholderia lata Query 63 ACCCCCTGGGGGAGTACAGTCGCACGATTATAACTCACAGGAGTTGTCAGGGACCCCGCA ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 313 ACCGCCTGGGGGAGTACAGTCGCACGATTATAACTCTCAGGAGTTGAGGGGGACCCCGCA Query 123 CAAGCAGCCGCAGCATGTGGTTTTATTATCTCAAGCAACGCGCAGAAACCTTA Sbjct 371 ||||| | | 122 |||||||| || 370 175 | ||||| | ||||| ||| | ||| |||| | |||| ||| CAAGCGGTGGATGCATGTGGTATTATTATCTCATGCACCGCGAAAAAACCTTA 418  Clostridium thermoamylolyticum Query CGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 227 CGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC 286 Query 61 TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGTGCAATGGGGGAAACCCTGACACAGCGACG 120 Sbjct 287 TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGTGCAATGGGGGAAACCCTGACACAGCGACG 346 Query 121 CCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAGCTCAATAGTATGGGAAGAAAGAAATG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 347 | |||| CCGCGTGAGCGAAGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAGCTCAATAGTATGGGAAGAAAGTAATG 403 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 181 ACGGTACCATACGAAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 404 Query 241 ACGGTACCATACGAAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG 463 GCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGATGCACGTATGCGGCTAATAAAAGTCAG 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||| Sbjct 464 GCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGATGCGCGTAGGCGGCTAATAAAAGTCAG 521 Query 301 ATGTG-AAAAGCTTGGCTGCACCCGAAGGGTATGCATCTGAAATCTAAATAGCTTGAGTC 359 Sbjct 522 ATGTGAAAAACCTGGGCTGCAACCGAAGGGTATGCATCTGAAATCTAAATAGCTTGAGTC 578 Query 360 AAGGAGAGGAGAGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCAGGAAGAATA 419 ||||| |||| || |||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 579 AAGGAGAGGAGAGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCAGGAAGAATA 638 Query 420 CCGTTGCCGAAATCGCCTTTCTGGACTTGAACTGTAGCTGAGGTGGGAAAGCGTGGGGAG 479 || || ||||| || || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 639 CCAGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGACTTGAACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAG 698 Query 480 CAACCAGG-TTAGGATACCTTGTTATTCCAGAGCGGTAAACGATGGATATTAGTTGTGGG 538 Sbjct 699 CAAACAGGATTAGGATACCCTGGTAGTCCAGCGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTGGG 756 Query 539 TTA-GTATAATCCGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGC 597 ||| |||| ||| |||||| || || |||| || |||||||||| ||| ||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 757 TTAGGAATAATCCGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGC 816 Query 598 AAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGGCTTGGTT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 817 Query 658 | |||| AAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGGCTTGGTT TAATTC 873 663 |||||| Sbjct 874 TAATTC 879  Clostridium sporogenes Query 16 Sbjct 264 CTGACACACTCTCCACACTCCTACGGGACGCAATC-TGTGGAATATATTGCACTGTGGGA |||| |||| |||| |||||||||||| ||| || ||||||| ||| || ||| CTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGTGGGG 74 322 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 75 AACACCCTGACACCACCACGCCGCGTGTGATGATG-ACGTGTTTTGATAGTGAAGCCCTG || |||||||| | Sbjct 323 Query 134 | |||||||||| | ||||| | || || 133 ||| || |||||||| AACACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGTGGTGATGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCCCTG 380 TGTTTTTGGGCACTATTATGACTACCCCTGGAGAGGAAG-CACGGCTATATATACGTGAC 192 | ||| |||| || || ||||| || | ||||||| |||||||| | |||||| | Sbjct 381 TGTTTCTGGGCACGATAATGACGGTACCAGAGGAGGAAGCCACGGCTAAATCTACGTGAC 435 Query 193 CA-CA-CC-CGGTAATATACATATGTGGAGAGCGTTCTCCGATATTTACTGGGCGTAAAG 249 Sbjct 436 CAGCAGCCGCGGTAATATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGAGATTTACTGGGCGTAAAG 491 Query 250 GGAGTATGTAGGC-GATATTTTAAATGTCAAATGTAATCTCCCGGGGCTAAACTGGGGGC 308 || || || |||| | |||| || |||| ||||||| |||| || || |||||| ||| ||||| || | |||||||||||||||| || |||| |||||| ||| |||||||| Sbjct 492 GGAGTGCGTAGGCGGATAGTTTAAGTGGGATGTGAAATCTCCCGGGCTTAACCTGGGGGC 548 Query 309 TCGCTTTTAAATCTGATATATCTAGTTGGCAGGAGAAGAGAAA-CGGAATTCTCATTGTG 367 | || || || ||| |||||||| ||||||| || |||| |||||||| | | ||| Sbjct 549 TCGCATTCCAAACTGAGATATCTAGAGTGCAGGAGAAGAGAAAGCGGAATTCTCATAGTG 602 Query 368 GAGCGGTAAAATGCGCTTAGA-TTTGGGAA-CCCACCTTGTGGGAAAAGGGGGGTTTTCT 425 Sbjct 603 TAGCGGTGAAATGCGCTTAGAGATTAGGAAGAACACCTAGTGGGCGAAGGGCGGCTTTCT 657 Query 426 GGACTCTATCTGTAGAC-CT-AGAAATCAAAAACCTgggggggCACACCGGTTTAGATAC 483 |||||| ||||||| ||||| || | |||| | ||| || || || |||| |||| || || | | ||| | | ||| || || || ||||| ||| || || |||||||| Sbjct 658 GGACTGTAACTGTAGACGCTGAGGCATCGAAAGCGTGGGGTAGCAAACAGGATTAGATAC 712 Query 484 CCGTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGGGGTATCAACTCCCTCTG 543 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 713 Query 544 CCGTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGGGGTATCAACTCCCTCTG 771 TGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCA 603 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 772 TGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCA Query 604 AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGA 654 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 832 AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGA 10 882 831 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP  Clostridium botulinum Query 60 GTAAAGGGTGCGTAGGCGGATGTTTAAGTGGGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGG 119 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9780 Query 120 GTAAAGGGTGCGTAGGCGGATGTTTAAGTGGGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGG 9839 GCTGCATTCCAAACTGGATATCTAGAGTGCAGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGC 179 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9840 GCTGCATTCCAAACTGGATATCTAGAGTGCAGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGC 9899 Query 180 GGTGAAATGCGGTAGAGATCACGCAAGAACACCAGTGGCCGAAGG-TGCTTTCTGGACTG 238 |||||||||| |||||||| | | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 9900 GGTGAAATGCGGTAGAGATTACGGAAGAACACCAGTGGCCGAAGGCGGCTTTCTGGACTG 9956 Query 239 TAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCC 298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9957 Query 299 TAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCC 10016 ACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGGGGTATCAACTCCCTCTGTGCCGCAGTTAA 358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 10017 ACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGGGGTATCAACTCCCCCTGTGCCGCAGTTAA 10076 Query 359 CACAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACG 418 Sbjct 10077 CACAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACG 10136 Query 419 GGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACC 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10137 GGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACC 10196 Query 479 TGGACTTGACATCCCTTGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCAAGGAGACA 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10197 TGGACTTGACATCCCTTGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCAAGGAGACA 10256 Query 539 GGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCTGCAACGAG 598 Sbjct 10257 GGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCTGCAACGAG 10316 Query 599 CGCAACCCTTGTTATTAGTTGCTACCATTAAGTTGAGCACTCTAATGAGACTGCCTGGGT 658 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10317 CGCAACCCTTGTTATTAGTTGCTACCATTAAGTTGAGCACTCTAATGAGACTGCCTGGGT 11 10376 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 659 AACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTACAC 718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10377 Query 719 AACCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTACAC ACG 10436 721 ||| Sbjct 10437 ACG 10439  Clostridium thermopalmarium Query 172 ACACCCATGGACACAACC-GTCTTCTTATCCCCGAGAAGGGCTTTCTCCCTATTTAAGGA Sbjct 1008 ACAACCATGGACACCACCTGTCTTCCTAGCCCCGAGAAGGGCTTCCTCCCTATTTACGAG 957 Query 231 TATTGCAGGAGATGTCAAGTCTATGTAAAGGTTCTTCGCGTTGCTTAGAAATAAAACCAC 290 ||| |||| | ||| ||| |||||| | |||| 230 ||||||||| || || | ||| | || | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||| ||||||| Sbjct 956 TAATTCAGGAGATGTCAAGTCTAGGTAAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAAATTAAACCAC 899 Query 291 ATGCTCCGCTGCTTGTGCGGGCCCCCGACAATTCCCTGTGAGTTTTAATCTTGCGACTGT 350 |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| || Sbjct 898 GTGCTCCGCTGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCCTTTGAGTTTTAATCTTGCGACCGT 840 Query 351 ACTCCCCAGGCGGAATACTTATTGTGTTTGCTGCGGCACCGAGGGGTGGTAATACCCCCT 410 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 839 ACTCCCCAGGCGGAATACTTATTGCGTTTGCTGCGGCACCGAGGGGTGGTAATACCCCCG 781 Query 411 ACACATAGTATTCATAGTGTATGGGCGTGTGGTCCCACAGGGTATATATTCTCTGTTTGC 470 |||| |||||||||| || || ||| |||| | |||||||| || || |||||||| Sbjct 780 ACACCTAGTATTCATCGTTTATCGGCGTGTGGACTACCAGGGTATCTAATCTCTGTTTGC 725 Query 471 TCCCCACGCTTTTGTATGTCAGAGTCAGTTATGGTCTAGAAAGCGGCATTTGCCACTGGT 530 |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||| || || ||||||||| Sbjct 724 Query 531 TCCCCACGCTTTCGTATCTCAGCGTCAGTTATGGTCCAGAAAGCCGCCTTCGCCACTGGT 665 GTTCTTCTTAATCTCTACGCATTTCAGCGCTACACTAAGAATTCCGCTTTCCTCTCGTGC 590 ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | Sbjct 664 GTTCTTCCTAATCTCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCCAC 605 Query 591 ACTCTAGATATCCAGTATCAAATGCAGCGCCCCAGGTTAAGCCCGGGAATTTCACATCTG 650 Sbjct 604 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ACTCTAGATATCCAGTATCAAATGCAGCGCCCCAGGTTAAGCCCGGGAATTTCACATCTG 12 546 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 651 ACTTAAATATCCGCTTACATACTCTTTACGCCCAGTAAATCCGGACAACGCTTGCCACAT 710 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 545 Query 711 ACTTAAATATCCGCCTACATACTCTTTACGCCCAGTAAATCCGGACAACGCTTGCCACCT 486 ACGTATAACC-CGTGCTGCTGGCACGTAGATAGCCGTGGTCTTCCTCTTCTGGTACCCGA 769 |||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||| | Sbjct 485 ACGTATTACCGCGTGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGTCTTCCTCCTTAGGTACCCGT 429 Query 770 CAATTATCGTCCCAGAAAACAAGAGTTTTTAATACTCCAGAAGACTTTCATCACACAACG 829 Sbjct 428 CAATTATCGTCCCTAAAGACAAGAGCTTTTACAACTCCAGAAGACCTTCATCGCTCAACG 375 Query 830 CGGCTTTTGCTGCCTCAGAGTTTATCCCCATATTGCCGCCAT-TTCCCGCAGTGGCTGCC 888 || |||||||||| || ||| ||| ||| | |||| || ||||| |||| |||| | ||| |||||| |||||| | || || |||||| | || || || ||||| || || ||||| Sbjct 374 CGGCGTTTGCTGCGTCAGGGTTTCTCCCCATATTGCCGCAATATTCCCGCACTGGCTGCC Query 889 TCCCG-AGAAGAGGTCTG-ACGGGTTCTCAGTTTCCAACGTGACCGA ||||| || Sbjct 321 ||| |||| || | 322 933 |||||||| |||| ||| |||| TCCCGTAGAAGAGGTCTGGACCGTGTCTCAGTTTCCAATGTGGCCGA 279  Clostridium crotonatovorans Query 232 ATTGCAGGAGATGTCAAGTCTATGTAAAGGTTCTTCGCGTTGCTTAGAAATAAAACCACA 291 ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||| |||||||| Sbjct 946 ATTGCAGGAGATGTCAAGTCTAGGTAAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAAATTAAACCACA 890 Query 292 TGCTCCGCTGCTTGTGCGGGCCCCCGACAATTCCCTGTGAGTTTTAATCTTGCGACTGTA 351 |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| Sbjct 889 TGCTCCGCTGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCCTTTGAGTTTTAATCTTGCGACCGTA 831 Query 352 CTCCCCAGGCGGAATACTTATTGTGTTTGCTGCGGCACCGAGGGGTGGTAATACCC-CCT 410 Sbjct 830 CTCCCCAGGCGGAATACTTATTGCGTTTGCTGCGGCACCGAGAGGTGGTAATACCCTCCG 775 Query 411 ACACATAGTATTCATAGTGTATGGGCGTGTGGTCCCACAGGGTATATATTCTCTGTTTGC 470 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| || || ||| |||| | ||||| ||||| || |||||||| || || |||||||| Sbjct 774 ACACCTAGTATTCATCGTTTATCGGCGTGTGGACTACCAGGGTATCTAATCTCTGTTTGC 719 Query 471 TCCCCACGCTTTTGTATGTCAGAGTCAGTTATGGTCTAGAAAGCGGCATTTGCCACTGGT 530 |||||||||||| |||| |||| |||||||| |||| |||||| Sbjct 718 || || ||||||||| TCCCCACGCTTTCGTATCTCAGCGTCAGTTACGGTCCAGAAAGTCGCCTTCGCCACTGGT 13 659 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 531 GTTCTTCTTAATCTCTACGCATTTCAGCGCTACACTAAGAATTCCGCTTTCCTCTCGTGC ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 658 Query 591 590 || GTTCTTCCTAATCTCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTTCCTCTCCCGC 599 ACTCTAGATATCCAGTATCAAATGCAGCGCCCCAGGTTAAGCCCGGGAATTTCACATCTG 650 |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 ACTCTAGATACCCAGTATCAAATGCAGCGTCCCAGGTTAAGCCCGGGAATTTCACATCTG 540 Query 651 ACTTAAATATCCGCTTACATACTCTTTACGCCCAGTAAATCCGGACAACGCTTGCCACAT 710 Sbjct 539 ACTTAAATATCCGCCTACATACTCTTTACGCCCAGTAAATCCGGACAACGCTTGCCACCT 480 Query 711 ACGTATAACC-CGTGCTGCTGGCACGTAGATAGCCGTGGTCTTCCTCTTCTGGTACCCGA 769 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||| | Sbjct 479 ACGTATTACCGCGTGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGTCTTCCTCCTTTGGTACCCGT 423 Query 770 CAATTATCGTCCCAGAAAACAAGAGTTTTTAATACTCCAGAAGACTTTCATCACACAACG 829 || ||||||||||| || ||| ||||||| | | ||| |||||| |||||||| || || Sbjct 422 CAATTATCGTCCCAAAAGACAAGAGTTTTTACAACTCCAGAAGACCTTCATCACTCAACG 369 Query 830 CGGCTTTTGCTGCCTCAGAGTTTATCCCCATATTGCCGCCAT-TTCCCGCAGTGGCTGCC 888 Sbjct 368 CGGCGTTTGCTGCGTCAGGGTTTCTCCCCATATTGCCGCAATATTCCCGCACTGGCTGCC Query 889 TCCCG-AGAAGAGGTCTG-ACGGGTTCTCAGTTTCCAACGTGACCGA |||| || ||||| |||| |||| ||||| || Sbjct 315 ||| |||| || | |||||| | || || || ||||| || || ||||| 316 933 |||||||| |||| ||| |||| TCCCGTAGAAGAGGTCTGGACCGTGTCTCAGTTTCCAATGTGGCCGA 273  Clostridium thermobutyricum Query CGGCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAAGGCAGCAGTGGGGAAGT 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | Sbjct 294 CGGCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAAGGCAGCAGTGGGGAAGT 351 Query 61 ATTGCGCAAGTGGTGGGTACACCTTAGATGGCAGCACTGACGCAGTGAGCCGATGCAACG 120 ||||||||| ||| ||| | ||| | || |||||| | ||| ||||| |||| || | Sbjct 352 ATTGCGCAAGTGGTGGG-AAACCCTAGATCGCAGCAACGCCGCAGTGAGCTGATGCAACG 402 Query 121 TTCTTGCGGAATGTAACCCTCATGTTCTTCAGGGCACGATGATGACGGTACCTAAGGCAG 180 |||| |||| ||||| Sbjct 403 ||| || |||| |||| ||||| |||||||||||||||| || GTCTTGCGGATTGTAAAGCTCATGTTCTTTAGGGCACGATAATGACGGTACCTAAGGCAG 14 457 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 181 GAACGTCTCGTCTAACTACGTAGCGAGCAGCCGCGGTAATAGTATAGGTGGCAAAGCGTT ||| | | || |||||||||| || |||||||||||||||| 240 |||||||| ||||||| Sbjct 458 GAACGCCACGGCTAACTACGTAGCCAGCAGCCGCGGTAATAGCGTAGGTGGCAAAGCGTT 513 Query 241 ATCTCGGATTTAACTGGTGCGTAAAGAGTATGTAGGTGGATATTTAAGTCAGATGTGAAT 300 || ||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 514 GTCTCGGATTTAACTGGTGTGTAAAGAGTATGTAGGCGGATATTTAAGTCAGATGTGAAA 570 Query 301 TTCGGCGGGGCTTAACAATTGGCGCGGCTTTTGATACTGGATCTGTAGAGTGCGGGAGAG 360 Sbjct 571 TTCGGCCGGGCTTAACACTGGGCGCTGCATTTGATACTGGATATCTAGAGTGTGGGAGAG 627 Query 361 GAAAGTGGTATTTCTAGTGTAGCGGTGAGATGGGTAGAGACTGGGAAGTACTACTGA-TG 419 ||| | ||||||||| | ||||| || ||||||||||||| | ||||||| ||||||| || || || ||| ||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||| | || | | || Sbjct 628 GACAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATTAGGAAGTAATACTCAGTG 685 Query 420 G-TAAGGGGGCTGTATGGACCATGT-A-TGTCATCGAGATTGGAAAGCGTGCTGAGCAAT 476 | |||| | || | |||| | ||| | || || ||| ||||||||| |||||| Sbjct 686 GCGAAGGCGCCTTTCTGGACCATGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAA 743 Query 477 CTGGATGTCATTTCTGGGTAGTACACGCGCTTAACGATGTATTGTTGGTGTTGGGGGTTA 536 Sbjct 744 CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCNGTAAACGATGAACACTAGGTGTCGGGGGTTA 803 Query 537 CCACCTTCGGTGCTGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGA 596 | |||| || | |||||| ||||| | ||||||| | | ||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 804 CCACCCTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGA 863 Query 597 TTAAAACTCACAGGAATTGACAGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCG 656 |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 864 Query 657 TTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCG 923 AAGCAACGCGAAGAACCTTATCTAGACTTGACATCTCCTGAATTACTCGTAATGGAGGAA 716 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 924 AAGCAACGCGAAGAACCTTACCTAGACTTGACATCTCCTGAATTACTCGTAATGGAGGAA 983 Query 717 GCCCTTCGGGGCAGGAAGAGAC-G-TGGTGCATGGTTGTCGTCATCATCGTGTCGTGAGA 774 || ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 984 GCCCTTCGGGGCAGGAAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCATCGTGTCGTGAGA 1039 Query 775 TGATAGGGTTACGACCCGCAACAAGCTGCAACCCCTCATCCGTTAGTTGCTACCACTTAG 834 || | |||||| | |||||||| ||| ||||||| | || Sbjct 1040 |||||||||||||| ||| TGTTAGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCTGCAACCCTTCATTCGTTAGTTGCTACCACTTAA 15 1094 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 835 GTTGAGCACCTCTGACGAGACTGCCGCCACTTCATCCTGCAAGTAGGATGGCGGATGACG ||||||||| ||| ||||||||||||| Sbjct 1095 Query 895 Sbjct 1150 || | | || | | ||| ||| |||||||| GTTGAGCACCTCTAACGAGACTGCCGCGGCTTAATCGTGGAGGAAGGATGGCGGATGACG TGCCATCATCCATGACGCGTTATGTATCTACGGTTACAAGCGTGCTACAATGG | |||||| ||| | | |||||| 894 ||| || |||| 1149 947 ||||||||||||| TCAAATCATCCATGCCCCGTTATGTATCTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG 1198  Ilyobacter delafieldii Query 232 ATTGCAGGAGATGTCAAGTCTATGTAAAGGTTCTTCGCGTTGCTTAGAAATAAAACCACA 291 ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||| |||||||| Sbjct 967 Query 292 ATTGCAGGAGATGTCAAGTCTAGGTAAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAAATTAAACCACA 911 TGCTCCGCTGCTTGTGCGGGCCCCCGACAATTCCCTGTGAGTTTTAATCTTGCGACTGTA 351 |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| Sbjct 910 TGCTCCGCTGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCCTTTGAGTTTTAATCTTGCGACCGTA 852 Query 352 CTCCCCAGGCGGAATACTTATTGTGTTTGCTGCGGCACCGAGGGGTGGTAATACCCCCTA 411 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | Sbjct 851 CTCCCCAGGCGGAATACTTATTGCGTTTGCTGCGGCACCGAGGGGTGGTAATCCCCCCGA 795 Query 412 CACATAGTATTCATAGTGTATGGGCGTGTGGTCCCACAGGGTATATATTCTCTGTTTGCT 471 ||| |||||||||| || || ||| |||| | |||||||| || || ||||||||| Sbjct 794 CACCTAGTATTCATCGTTTATCGGCGTGTGGACTACCAGGGTATCTAATCTCTGTTTGCT 739 Query 472 CCCCACGCTTTTGTATGTCAGAGTCAGTTATGGTCTAGAAAGCGGCATTTGCCACTGGTG 531 ||||||||||| |||| |||| |||||||| |||| |||||| || || |||||||||| Sbjct 738 CCCCACGCTTTCGTATCTCAGCGTCAGTTACGGTCCAGAAAGTCGCCTTCGCCACTGGTG 679 Query 532 TTCTTCTTAATCTCTACGCATTTCAGCGCTACACTAAGAATTCCGCTTTCCTCTCGTGCA 591 Sbjct 678 TTCTTCCTAATCTCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTTCCTCTCCCGCA 619 Query 592 CTCTAGATATCCAGTATCAAATGCAGCGCCCCAGGTTAAGCCCGGGAATTTCACATCTGA 651 |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 618 CTCTAGATATCCAGTATCAAATGCAGCGTCCCAGGTTAAGCCCGGGAATTTCACATCTGA 560 Query 652 CTTAAATATCCGCTTACATACTCTTTACGCCCAGTAAATCCGGACAACGCTTGCCACATA 711 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 559 CTTAAATATCCGCCTACATACTCTTTACGCCCAGTAAATCCGGACAACGCTTGCCACCTA 16 500 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 712 CGTATAACC-CGTGCTGCTGGCACGTAGATAGCCGTGGTCTTCCTCTTCTGGTACCCGAC 770 ||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||| | | Sbjct 499 Query 771 CGTATTACCGCGTGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGTCTTCCTCCTTTGGTACCCGTC 443 AATTATCGTCCCAGAAAACAAGAGTTTTTAATACTCCAGAAGACTTTCATCACACAACGC 830 | ||||||||||| || ||| ||||||| | | ||| |||||| |||||||| || ||| Sbjct 442 AATTATCGTCCCAAAAGACAAGAGTTTTTACAACTCCAGAAGACCTTCATCACTCAACGC 389 Query 831 GGCTTTTGCTGCCTCAGAGTTTATCCCCATATTGCCGCCAT-TTCCCGCAGTGGCTGCCT 889 Sbjct 388 GGCGTTTGCTGCGTCAGGGTTTCTCCCCATATTGCCGCAATATTCCCGCACTGGCTGCCT Query 890 CCCG-AGAAGAGGTCTG-ACGGGTTCTCAGTTTCCAACGTGACCGA ||| || ||||| |||| |||| |||| || Sbjct 335 ||| |||| || | |||||| | || || || ||||| || || |||||| 336 933 |||||||| |||| ||| |||| CCCGTAGAAGAGGTCTGGACCGTGTCTCAGTTTCCAATGTGGCCGA 294  Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum Query CGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 251 CGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC 310 Query 61 TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGTGCAATGGGGGAAACCCTGACACAGCGACG 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 311 Query 121 TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGTGCAATGGGGGAAACCCTGACACAGCGACG 370 CCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAGCTCAATAGTATGGGAAGAAAGAAATG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 371 CCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAGCTCAATAGTATGGGAAGAAAGAAATG 430 Query 181 ACGGTACCATACGAAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG 240 Sbjct 431 ACGGTACCATACGAAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG 490 Query 241 GCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGATGCACGTATGCGGCTAATAAAAGTCAG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 491 GCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGATGCACGTAGGCGGCTAATAAAAGTCAG 548 Query 301 ATGTGAAAAGCTTGG-CTGCACCCGAAGGGTATGCATCTGAAATCTAAATAGCTTGAGTC 359 ||||||||| | ||| || || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 549 ATGTGAAAAACCTGGGCTGCAACCGAAGGGTATGCATCTGAAATCTAAATAGCTTGAGTC 17 605 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 360 AAGGAGAGGAGAGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCAGGAAGAATA 419 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 606 Query 420 AAGGAGAGGAGAGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCAGGAAGAATA 665 CCGTTGCCGAAATCGCCTTTCTGGACTTGAACTGTAGCTGAGGTGGGAAAGCGTGGGGAG 479 || || ||||| || || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 666 CCAGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGACTTGAACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAG 725 Query 480 CAACCAGG-TTAGGATACCTTGTTATTCCAGAGCGGTAAACGATGGATATTAGTTGTGGG 538 Sbjct 726 CAAACAGGATTAGGATACCCTGGTAGTCCACAGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGG 783 Query 539 TTAGTATAATCCGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA 598 ||| |||| |||| ||||| || || |||| || |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 784 TTAGTATAATCCGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA 843 Query 599 AGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGGCTTGGTTT 658 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 844 AGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGGCTTGGTTT Query 659 AATTC Sbjct 901 900 663 ||||| AATTC 905  Thermohydrogenium kirishiense Query CGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 269 CGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC 328 Query 61 TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGTGCAATGGGGGAAACCCTGACACAGCGACG 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 329 Query 121 TCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGTGCAATGGGGGAAACCCTGACACAGCGACG 388 CCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAGCTCAATAGTATGGGAAGAAAGAAATG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 389 CCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAGCTCAATAGTATGGGAAGAAAGAAATG 448 Query 181 ACGGTACCATACGAAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG 240 Sbjct 449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACGGTACCATACGAAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG 18 508 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Query 241 GCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGATGCACGTATGCGGCTAATAAAAGTCAG 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 509 GCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGATGCACGTAGGCGGCTAATAAAAGTCAG 566 Query 301 ATGTGAAAAGCTTGG-CTGCACCCGAAGGGTATGCATCTGAAATCTAAATAGCTTGAGTC 359 ||||||||| | ||| || || |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||| Sbjct 567 ATGTGAAAAACCTGGGCTGCAACCGAAGGGTATGCATCTGAAATCTATATAGCTTGAGTC 623 Query 360 AAGGAGAGGAGAGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCAGGAAGAATA 419 Sbjct 624 AAGGAGAGGAGAGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCAGGAAGAATA 683 Query 420 CCGTTGCCGAAATCGCCTTTCTGGACTTGAACTGTAGCTGAGGTGGGAAAGCGTGGGGAG 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| || || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 684 CCAGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGACTTGAACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAG 743 Query 480 CAACCAGG-TTAGGATACCTTGTTATTCCAGAGCGGTAAACGATGGATATTAGTTGTGGG 538 ||| |||| |||| ||||| || || |||| || |||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 744 CAAACAGGATTAGGATACCCTGGTAGTCCACAGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGG 801 Query 539 TTAGTATAATCCGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA 598 Sbjct 802 TTAGTATAATCCGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA 861 Query 599 AGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGGCTTGGTTT 658 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 862 AGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGGCTGGGTTT Query 659 AATTC 663 ||||| Sbjct 919 AATTC 923 19 918 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Phụ lục C: Quy trình ly trích thu nhận DNA tổng số từ dịch vi khuẩn nuôi cấy theo phương pháp CTAB Dịch khuẩn nuôi cấy 24 Ly tâm thu sinh khối 10.000 rpm 10 phút Bổ sung 600CTAB nóng, vortex, ủ 600C 60 phút Biến tính lần 500 μl phenol:chloroform, lắc đều, thu dịch Ly tâm 13.000 rpm phút Biến tính lần 500 μl phenol:choloroform, lắc Ly tâm 13.000 rpm phút, thu dịch Biến tính lần 500 μl phenol:choloroform, lắc Ly tâm 13.000 rpm phút, thu dịch Tủa DNA 500 μl cồn tuyệt đối lạnh Ly tâm lạnh 13.000 rpm 20 phút, 40C Rửa tủa DNA 500 μl cồn 80% lạnh Ly tâm lạnh 13.000 rpm 20 phút, 40C Làm khô ethanol mẫu hòa tan tủa 20 μl dung dịch TE 0,1X, 20 μl RNase (1mg/ml) Thu nhận DNA gene vi khuẩn 20 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Phụ lục D: Quy trình ly trích thu nhận DNA tổng số LaMontagne cộng báo cáo (LaMontagne cộng Năm 2002) Mẫu sau tiền xử lý thêm 1,5 ml dung dịch Lysozyme; 0,5 ml Lysis buffer; 0,5 đệm phosphate, ủ 30 phút 370C Thêm 0,5 ml choloroform/isoamyl alcohol (24:1,v/v), đồng hỗn hợp 10 phút Ly tâm 12.000 rpm phút, thu dịch Thêm 0,5 ml nước khử ion, ly tâm 6.000 rpm phút, tiếp tục ly tâm 12.000 rpm phút Tủa DNA với 0,6 thể tích Isopropanol nhiệt độ phòng Ly tâm 16.000 rpm 10 phút Rửa tủa DNA lần 0,7ml ethanol 70% Để bay ethanol phục hồi DNA 600 μl đệm TE 21 ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Phụ luc E: Kết giải trình tự đoạn gene 16S rDNA 22 ... phương pháp PCR  Giải mã trình tự đoạn gene 16S rDNA chủng vi khuẩn  Xác định chủng vi khuẩn vùng V3 thuộc đoạn gene 16S rDNA phương pháp DGGE  Kiểm tra nồng độ DNA độ tinh đoạn gene 16S rDNA. .. V3 thuộc đoạn gene 16S rDNA phương pháp DGGE, điện di kiểm tra sản phẩm PCR gel acrylamide biến tính  Kiểm tra nồng độ DNA tiến hành chạy DGGE kết tinh đoạn gene 16S rDNA xác Phương pháp nghiên... đại đoạn gene 16S rDNA chủng vi khuẩn phương pháp PCR  Tinh đoạn gene 16S rDNA QIAGEN Kit  Giải mã trình tự đoạn gene 16S rDNA quy trình Applied Biosystems  Khuếch đại vùng V3 đoạn gene 16S rDNA