Phân lập, định danh và xác định tỷ lệ, độ nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn kị khí trên các mẫu bệnh phẩm

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI - LUẬN VĂN THẠC SĨ Chuyên ngành : Công nghệ sinh học Mã ngành : 60420201 PHÂN LẬP, ĐỊNH DANH VÀ XÁC ĐỊNH TỶ LỆ, ĐỘ NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN KỊ KHÍ TRÊN CÁC MẪU BỆNH PHẨM HỌC VIÊN THỰC HIỆN : NGUYỄN THỊ THỦY HƯỚNG DẪN KHOA HỌC : TS TRỊNH THỊ THU HẰNG Hà Nội, 10/2016 LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình học tập hồn thành luận văn này, tơi nhận hướng dẫn, giúp đỡ quý báu thầy cô, anh chị, em bạn Với lòng kính trọng biết ơn sâu sắc xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới: Ban Lãnh đạo, Phòng sau đại học, Bộ mơn - Cơng nghệ sinh học - Viện đại học Mở Hà Nội, khoa Vi Sinh - Bệnh viện Việt Đức, Bệnh viện Đa Khoa Đức Giang TS Trịnh Thị Thu Hằng - Viện đại học Mở Hà Nội, cô trực tiếp hướng dẫn, dìu dắt tơi hồn thành luận văn PGS.TS Trương Quốc Phong - Trưởng phòng Thí nghiệm Proteomics - Trung tâm nghiên cứu phát triển CNSH, Viện Công Nghệ sinh học, Trường Đại Học Bách Khoa Hà Nội, thầy dậy bảo, giúp đỡ tơi nhiều để tơi hoàn thành luận văn Trưởng khoa Ths Nguyễn Thị Vân toàn thể anh chị em khoa Vi Sinh Bệnh viện Việt Đức Bệnh viện Đức Giang Các anh chị tạo điều kiện tốt cho tơi q trình làm việc, học tập thu thập số liệu để tơi hồn thành luận văn Tôi xin trân trọng cảm ơn GS, PGS, TS hội đồng chấm luận văn cho nhiều ý kiến xác đáng quý báu để tơi hồn thành luận văn Cuối cho tơi gửi lời cảm ơn tới gia đình, người thân bạn bè cạnh tôi, giúp đỡ động viên tơi q trình thực hồn thành luận văn Hà Nội, ngày … tháng… năm 2016 Nguyễn Thị Thủy LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài nghiên cứu tôi, tất số liệu kết luận văn trung thực chưa công bố đề tài khác Hà Nội, ngày 28 tháng 10 năm 2016 Tác giả Nguyễn Thị Thủy MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN LỜI CAM ĐOAN DANH MỤC CHỮ VIẾT TẲT DANH MỤC BẢNG BIỂU DANH MỤC HÌNH ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Lịch sử phát triển ngành vi khuẩn học kị khí 1.2 Đặc điểm chung vi khuẩn kị khí 1.2.1 Khái niệm vi khuẩn kị khí 1.2.2 Phân loại vi khuẩn kị khí theo mức độ nhạy cảm với oxy 1.2.3 Vị trí tồn vi khuẩn kị khí 1.2.4 Một số đặc điểm vi khuẩn kị khí gây bệnh người 1.3 Tình hình nhiễm khuẩn vi khuẩn kị khí người 1.4 Một số bệnh cảnh vi khuẩn kị khí gây nên người 10 1.5 Tình hình nghiên cứu vi khuẩn kị khí giới Việt Nam 15 1.5.1 Trên giới 15 1.5.2 Tại Việt Nam 16 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 2.1 Đối tượng nghiên cứu 20 2.2 Vật liệu 20 2.2.1 Môi trường 20 2.2.2 Hóa chất 20 2.2.3 Thiết bị 20 2.3 Phương pháp nghiên cứu 21 2.3.1 Phương pháp lấy lưu trữ mẫu 21 2.3.2 Phương pháp nuôi cấy phân lập vi khuẩn kị khí 22 2.3.3 Phương pháp định danh vi khuẩn kị khí kít định danh ID 32A 22 2.3.4 Định danh phương pháp giải trình tự gen 16S rARN 24 2.3.5 Phương pháp thử nghiệm kháng sinh đồ với vi khuẩn kị khí 27 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 32 3.1 Kết phân lập vi khuẩn kị khí 32 3.1.1 Tỷ lệ VKKK mẫu bệnh phẩm lâm sàng 32 3.1.2 Tỷ lệ phân lập vi khuẩn kị khí theo loại bệnh phẩm 33 3.2 Kết định danh chủng vi khuẩn kị khí phân lập 34 3.2.1 Kết định danh kiểu hình 34 3.2.2 Kết phương pháp định danh kiểu gen 35 3.3 Kết nhạy cảm kháng sinh chủng VKKK phân lập 43 3.3.1 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chủng VKKK gram âm 43 3.3.3 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chủng VKKK gram dương 46 KẾT LUẬN 49 KIẾN NGHỊ 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO 51 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẲT ADN Acid deoxyribonucleic CLSI Clinical & Laboratory Standards Institute Viện chuẩn thức Hoa Kỳ lâm sàng xét nghiệm MALDI-TOF MS Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry MIC The minimum inhibitory concentration Nồng độ ức chế tối thiểu rARN Ribosomal Acid ribonucleic ARN Riboxom PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase VKKK Vi khuẩn kỵ khí TZP Piperacillin tazobactam CHL Cloramphenicol DOX Doxycyclin IPM Imipenem MTR Metronidazole bfr Bacteroides fragilis gm+ Gram positive bacteria cpe Clostridium perfringens pro Propionibacterium acnes pin Prevotella intermedia gmo Gemella morbillorum bur Bacteroides ureolyticus pmg Finegoldia magna pol Prevotella oralis ame Actinomyces meyeri clo Clostridium sp mib Microbacterium sp DANH MỤC BẢNG BIỂU Bảng 1.1: Số lượng, tỉ lệ vị trí tồn vi khuẩn kị khí Bảng 1.2: Tỉ lệ hình thái nhiễm trùng phân lập vi khuẩn kị khí [15] Bảng 2.1: Các cặp mồi sử dụng cho phản ứng PCR 26 Bảng 2.2: Tiêu chuẩn diễn giải kết đường kính vùng ức chế 29 B fragilis chủng vi khuẩn kị khí mọc chậm [12] 29 Bảng 2.3: Tiêu chuẩn diễn giải kết đường kính vùng ức chế 29 Bảng 2.4: Tiêu chuẩn diễn giải kết đường kính vùng ức chế chủng vi khuẩn kị khí mọc nhanh [12] 30 Bảng 2.5: Tiêu chuẩn diễn giải kết MIC chủng vi khuẩn kị khí [12] 30 Bảng 3.1: Tỷ lệ phân lập VKKK loại bệnh phẩm 32 Bảng 3.2: Phân lập VKKK theo loại bệnh phẩm 33 DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Xác định khả nhạy cảm kháng sinh phương pháp khoanh giấy kháng sinh 27 Hình 2.2 Xác định khả nhạy cảm kháng sinh phương pháp etest 28 Hình 3.1 Kết định danh kiểu hình vi khuẩn kị khí 34 Hình 3.2 Kết tách ADN tổng số chủng VKKK 36 Hình 3.3 Kết điện di sản phẩm PCR 36 Hình 3.4 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chủng VKKK gram âm 43 Hình 3.5 Mức độ nhạy cảm với số kháng sinh Bacteroides fragilis 44 Hình 3.6 Mức độ nhạy cảm với số kháng sinh Prevotella intermedia 45 Hình 3.7 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chủng VKKK gram dương 46 Hình 3.8 Mức độ nhạy cảm với số kháng sinh Clostridium perfringens 47 ĐẶT VẤN ĐỀ Vi khuẩn kị khí nguyên nhân quan trọng gây nhiều loại nhiễm khuẩn người năm gần Chúng gây nhiễm trùng quan thể người như: nhiễm trùng huyết, nhiễm trùng liên quan đến ung thư, áp xe não, gan, phổi, lách, thận, quan sinh dục, nhiễm trùng da, cơ, mô mềm Các hình thức nhiễm khuẩn người đơn độc mà thường nhiễm khuẩn hỗn hợp vi khuẩn hiếu khí vi khuẩn kị khí Nhiễm trùng vi khuẩn kị khí câu hỏi đặt xem xét tất hình thái nhiễm khuẩn người Ở Việt Nam nước phát triển nói chung, việc nuôi cấy, phân lập, định danh thử mức độ nhậy cảm với kháng sinh vi khuẩn kị khí phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng gặp nhiều khó khăn, chưa trở thành thường quy, thường bị bỏ sót Vi khuẩn kị khí chưa có vị trí xứng đáng chương trình giảng dạy chưa ni cấy thường quy phòng xét nghiệm vi sinh Nguyên nhân tình trạng thiếu hiểu biết vi khuẩn kị khí, điều kiện kỹ thuật phòng xét nghiệm nhiều thiếu thốn Trong xét nghiệm tìm vi khuẩn kị khí nói chung phức tạp, tốn kém, đòi hỏi nhiều thời gian kinh nghiệm Việc thử nghiệm kháng sinh với vi khuẩn kị khí gây nhiễm trùng việc làm cần thiết sau định danh vi khuẩn kị khí gây bệnh Tuy nhiên, với vi khuẩn kị khí gây bệnh để có kết kháng sinh đồ cần thời gian từ đến ngày sau có kết định danh Mức độ gia tăng đề kháng kháng sinh ngày nghiêm trọng, năm gần khơng có kháng sinh FDA (Cục an toàn thực phẩm Dược phẩm Hoa Kỳ) chấp nhận, mà tốc độ đa kháng kháng sinh tăng hàng ngày Xuất phát từ thực tiễn trên, tiến hành nghiên cứu đề tài : “Phân lập, định danh xác định tỷ lệ, độ nhạy cảm kháng sinh vi khuẩn kị khí mẫu bệnh phẩm” với mục tiêu là: 1 Phân lập, xác định tỷ lệ phân lập vi khuẩn kị khí mẫu bệnh phẩm lâm sàng Định danh chủng vi khuẩn kị khí phân lập Xác định mức độ nhạy cảm kháng sinh loại vi khuẩn kị khí phân lập mẫu bệnh phẩm lâm sàng TTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATATAGTTGAGTTATT GAGAAATTGATAAGTCCCTCGGGACAACTATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAG TTGCCAGCACGTA > 4205 Bact TGCAGTCGAGGGGCATCAGGAAGAAAGCTTGCTTTCTTTGCTGGCGACCGGCGCAC GGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCCTTTACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAA AGATTAATACCCGATGGCATAATGATTCCGCATGGTTTCATTATTAAAGGATTCCG GTAAAGGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAG CCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACAC GGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGGTAGC CTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAACTTCTTTT ATATAAGAATAAAGTGCAGTATGTATACTGTTTTGTATGTATTATATGAATAAGGA TCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGG ATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACTGGTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTG CGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGTCAGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGG GCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGC GAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAA ACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGC GATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGC CGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACA TGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGTGGA ATGATGTGGAAACATGTCAGTGAGCAATCACCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGT CGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTAT CTTCAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTGGAGAGACTGCCGTCGTAAGATG TGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTAGCGGGTGACCGTATGCTAATCC CAAAATCCTCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGAT TCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTAC ACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAAGG ATCGTCCTAGG Trình tự đoạn gen 16S rDNA chủng phân tích sử dụng để Blast lên 40 ngân hàng liệu NCBI để nhận diện lồi có kết sau: > 4111 Micro- Định tên: Eggerthella lenta (Peptostreptococcus micros or Micromonas micros) >4183 Pre - định tên: Prevotella intermedia 41 >4111 Clos - định tên: Clostridium perfringens >4134 Acti - định tên: Parvimonas micra (Actinobacteria) 42 > 4205 Bact- định tên: Bacteroides fragilis Kết cho thấy chủng 4111 Micro, 4183 Prev, 4111 Clos, 4134 Actino 4205 Bacte định danh kít ID32 tương ứng có tương đồng định danh kiểu gen Eggerthella lenta (Peptostreptococcus micros or Micromonas micros), Prevotella intermedia, Clostridium perfringens, Parvimonas micra (Actinobacteria), Bacteroides fragilis Điều cho thấy phương pháp định danh kiểu hình nhờ kit định danh ID32 đủ độ xác để tiến hành xác định độ nhạy cảm kháng sinh để từ bác sỹ có định hướng dùng thuốc hợp lý cho bệnh nhân 3.3 Kết nhạy cảm kháng sinh chủng VKKK phân lập 3.3.1 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chủng VKKK gram âm Hình 3.4 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chủng VKKK gram âm 43 Vi khuẩn kị khí Gram âm nhạy cảm cao với Imipenem 87,44%, đứng thứ hai Piperacillin-tazobactam 85,44%, Chloramphenicol 80,88%, Doxycyclin có độ nhạy tương tự 79,71%, đề kháng cao gặp nhóm kháng sinh Metronidazole 34,95% Tỷ lệ nhạy cảm chủng VKKK gram âm với metronidazole thấp so với nghiên cứu tác giả Bao Zy cộng Theo tác giả Bao Zy: “Các chủng vi khuẩn kỵ khí gram âm hay gặp Porphyromonas Prevotella Các chủng kị khí chưa cho kết kháng với kháng sinh Metronidazole, Cefoxitin, Amoxicillin”.[8] Từ kết nghiên cứu trên, lựa chọn chủng vi khuẩn kị khí gram âm hay gặp Bacteroides fragilis Prevotella intermedia tiến hành nghiên cứu mức độ nhạy cảm kháng sinh với kháng sinh TZP (Piperacillin tazobactam), CHL (Chloramphenicol), DOX (Doxycyclin), IPM (Imipenem) MTR (Metronidazole) kết thể hình 3.5 3.6 Hình 3.5 Mức độ nhạy cảm với số kháng sinh Bacteroides fragilis Qua hình 3.5 chúng tơi nhận thấy Bacteroides fragilis nhạy cảm cao với Imipenem 79,31%, Piperacillin-tazobactam 79,31%, Chloramphenicol 44 72,41%, Doxycyclin có độ nhạy tương tự 72,41%, đề kháng cao gặp nhóm kháng sinh Metronidazole 17,24% So sánh với nghiên cứu Handal cộng với 197 chủng vi khuẩn kị khí phân lập tỉ lệ Bacteroides spp kháng với kháng sinh penicillin đến 99,2%, kháng clindamycin 18,55 % Các chủng nhạy cảm tốt với Meropenem Metronidazole[17] So sánh với kết chúng tơi nhóm Bacteroides mà chúng tơi phân lập nhạy cảm với kháng sinh nhóm Carbapenem kháng cao với Metronidazol Điều giải thích nhóm Bacteroides tiếp xúc thời gian dài với loại kháng sinh khả kháng kháng sinh cao Mà bệnh viện Việt Đức bệnh viện tuyến cuối nên việc sử dụng kháng sinh metronidazole nhiều nên tỷ lệ kháng lại kháng sinh cao Tiếp tục nghiên cứu độ nhạy cảm kháng sinh chủng VKKK gram âm Prevotella intermedia kết thể hình 3.6 Hình 3.6 Mức độ nhạy cảm với số kháng sinh Prevotella intermedia Prevotella intermedia nhạy cảm 100% với Piperacillin-tazobactam, Chloramphenil Imipenem.Tỷ lệ nhạy cảm với kháng sinh Doxycyclin 96,77%, độ nhạy thấp gặp nhóm kháng sinh metronidazole 64,52% 45 3.3.3 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chủng VKKK gram dương Hình 3.7 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chủng VKKK gram dương Vi khuẩn kị khí Gram dương nhạy cảm cao với Imipenem 92.96%, đứng thứ hai Piperacillin-tazobactam 89,74%, Doxycyclin có độ nhạy 87,91% Chloramphenicol 75,36%, đề kháng cao gặp nhóm kháng sinh Metronidazole 16,6% Các VKKK gram dương có 80% số chủng cho kết nhạy cảm với kháng sinh cefoxitin kết tương tự với nghiên cứu Trung Quốc tác giả Bao Zy cộng Theo nghiên cứu chủng VKKK gram dương phổ biến Peptostreptococcus, Bifidobacterium Pemphigus Propionibacterium chủng cho kết nhạy cảm với kháng sinh Cefoxitin, Amoxicillin Chúng tiếp tục lựa chọn chủng vi khuẩn kị khí gram dương hay gặp Clostridium perfringens Propionibacterium acnes để xác định độ nhạy cảm kháng sinh chúng, kết thu hình 3.8 3.9 46 Hình 3.8 Mức độ nhạy cảm với số kháng sinh Clostridium perfringens Nhìn hình 3.8 chúng tơi nhận thấy Clostridium perfringens nhạy cảm cao với Imipenem 91,67%, Piperacillin-tazobactam 86,49%, Chloramphenicol 59,46%, Doxycyclin có độ nhạy tương tự 40,54%, đề kháng cao gặp nhóm kháng sinh Metronidazole 10,81% Kết cho gợi ý hạn chế sử dụng kháng sinh metronidazole cho nhiễm khuẩn Clostridium perfringens, với nhiễm khuẩn Piperacillintazobactam Imipenem nên sử dụng Theo tác giả Fan YC cộng C perfringens phân lập nhạy cảm với kháng sinh amoxicillin, bacitracin enrofloxacin kháng với Chlortetracycline, Erythromycin, and Lincomycin [47] Hình 3.9 Mức độ nhạy cảm với số kháng sinh Propionibacterium acnes 47 Qua hình 3.9 chúng tơi nhận thấy Propionibacterium acnes nhạy cảm tuyệt Piperacillin-tazobactam 100%, nhạy cảm cao với Imipenem 96,97%, Doxycyclin 96,97%, Chloramphenicol 93,55%, đề kháng cao gặp nhóm kháng sinh Metronidazole 6,06% Theo Wilson JR cộng cho nguyên nhân Propionibacterium acnes gây nhiễm khuẩn huyết 0% vi khuẩn tồn da gây bệnh chủ yếu da, đặc biệt trứng cá Tuy nhiên, nhiễm trùng ổ bụng vi khuẩn kị khí thường gặp có vai trò Propionibacterium spp[43] Từ kết nói bác sỹ lâm sàng đưa hướng điều trị xác sau xác định vi sinh vật kị khí mẫu bệnh phẩm 48 KẾT LUẬN Từ 1795 mẫu bệnh phẩm bệnh nhân nằm điều trị Bệnh viện Việt Đức bệnh viện Đa khoa Đức Giang xác định 372 mẫu cho kết ni cấy dương tính với VKKK chiếm 20,72% Trong 372 mẫu dương tính phân lập 486 chủng vi khuẩn kị khí Tỷ lệ mọc vi khuẩn kị khí cao bệnh phẩm mủ chiếm 36,83%, dịch ổ bụng 28,19%, thứ ba dịch mật 14,61% Đã định danh 486 chủng vi khuẩn kít định danh ID 32 A hãng Bio Merieux Tỷ lệ vi khuẩn kị khí phân lập cao Bacteroides fragilis 17,9%, trực khuẩn gram dương chưa xác định tên xác có tỷ lệ 17,9%, sau đến Clostridium perfringens 7,61%, Propionibacterium acnes 6,79%, Prevotella intermedia 6,38% Đã tiến hành định danh phương pháp giải trình tự gen mã hóa 16S-rARN chủng vi khuẩn kị khí 4111 Micro, 4183 Prev, 4111 Clos, 4134 Actino 4205 Bacte thu kết tương đồng 100% tương ứng chủng Eggerthella lenta (Peptostreptococcus micros or Micromonas micros), Prevotella intermedia, Clostridium perfringens, Parvimonas micra (Actinobacteria), Bacteroides fragilis Đã xác định độ nhạy cảm kháng sinh chủng VKKK gram âm gram dương Kết VKKK Gram âm nhạy cảm cao với Imipenem 87,44%, đứng thứ hai piperacillin-tazobactam 85,44%, chloramphenicol 80,88%, doxycyclin có độ nhạy tương tự 79,71%, đề kháng cao gặp nhóm kháng sinh metronidazole 34,95% Các VKKK gram dương nhạy cảm cao với Imipenem 92.96%, đứng thứ hai piperacillin-tazobactam 89,74%, doxycyclin có độ nhạy 87,91% chloramphenicol 75,36%, đề kháng cao gặp nhóm kháng sinh metronidazole 16,6% 49 KIẾN NGHỊ Tiếp tục phân lập tuyển chọn chủng VKKK với quy mô lớn Cần nghiên cứu sâu khả gây bệnh khả kháng thuốc vi khuẩn kị khí để bác sỹ có hướng đắn giải pháp điều trị bệnh vi khuẩn kị khí gây nên Đưa quy trình xác định vi khuẩn kị khí vào quy trình thường quy bệnh viện Đầu tư thêm trang thiết bị xác định vi khuẩn kị khí 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO Lê Tiến Hải (2001) Nghiên cứu tình trạng nhiễm khuẩn đường mật bệnh nhân sỏi đường mật Luận án tiến sĩ y học, Hà Nội Lê Thiều Hoa (1988) Phương pháp nuôi cấy phân loại vi khuẩn kị khí cho phòng xét nghiệm khơng chuyên Luận án tiến sĩ, Trường đại học Huboldt Berlin Lê Thiều Hoa (1990) “Kết 101 trường hợp ni cấy vi khuẩn kị khí khoa vi sinh bệnh viện Hữu Nghị Việt Đức” Ngoại khoa 2/1990, tr.1-7 Lê Thiều Hoa (1996) “ Kết nuôi cấy phân lập 632 bệnh phẩm tìm vi khuẩn kị khí, khoa Vi sinh bệnh viện Hữu Nghị Việt Đức từ 30/12/1992 đến 5/10/1995” Tạp chí Y học thực hành, 11, tr.17-19 Lê Thị Thiều Hoa, Nguyễn Thị Mai, Đỗ Kim Sơn cộng (2000) “Nghiên cứu kết nuôi cấy vi khuẩn nước mật, kháng sinh đồ tình hình sử dụng kháng sinh điều trị 100 bệnh nhân mổ sỏi mật khoa phẫu thuật gan mật bệnh viện Việt Đức thời gian 8/1999 đến 1/2000 Ngoại khoa 5/2000, tr 41-48 Trần Thị Lan Phương (2003), “Nghiên cứu vi khuẩn dịch mật bệnh nhân sỏi đường mật mức độ nhạy cảm với kháng sinh chúng” Luận văn bác sĩ chuyên khoa cấp II, Đại học Y Hà Nội Bae KS1, Baumgartner JC( 1998 )“Developmenan anaerobic bacterial leakage model” J Endod Apr;24(4):233-5 Bao ZY, Lin Q, Meng YH, He C, Su JZ, Peng X (2016), “Application of anaerobic bacteria detection in oral and maxillofacial infection” Journal of Peking University, 48(1):76-9 Biomérieux (1994) “Anaerobier- Diagnostik”, Biomérieux Deutschland GmbH 10 Burhard F (1992) “Mikrobiologische dianostik”, Geoge Thieme Verlag Stuttgart New York 51 11 Choi TK, Wong J (1990) “Current management of intrahepatic stones”; Wold Surg 14, p487-491 12 CLSI(2015) Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-first Informational 13 Connie R.Mahon, Donald C.Lehman, George Manuselis Textbook of Diagnostic Microbiology fifth edition, chapter 41 “anaerobic bacteriology” section 13, tr: 458-482 14 Ceylon Med J 2003 “Microbiology of cerebral abscess at the neurosurgical unit of the National Hospital of Sri Lanka” Mar;48(1):14-6 15 Hahn H., D.Falke, S.H.E Kaufmann, U Ulmann (1999) “Mediznische Mikrobiologie und Infektiologie”; Springer - Verlag Berlin Heideberg 16 Hammond JM, Potgieter PD, Hanslo D, Scott H, Roditi D (1995) “The etiology and antimicrobial susceptibility patterns of microorganisms in acute community-acquired lung abscess” Chest 108(4): 937-41 17 Handal N, Bakken Jørgensen S, Smith Tunsjø H, Johnsen BO, Leegaard TM (2015) “Anaerobic blood culture isolates in a Norwegian university hospital: identification by MALDI-TOF MS vs 16S rRNA sequencing and antimicrobial susceptibility profiles” Acta Pathologica, Microbiologica et Immunologica Scandinavica 123(9):749-58 18 Holdeman L.V., Kelley R.W., Moore W.E.C (1984) “Anaerobic Gram Negative straight, curved and helical rods”; Section 6, Bergey’s Manual of Systematic Baltimo 19 Jacquenlyin G Black, “Mirobiology” principles exphorations “ eighth edition, tr 514-533 20 Jawetz, melnick and Adelbery’s, “Medical microbiology ” 26 edition, chapter 21, Section III “Infection caused by anaerobic”, tr 296-303 21 Kenneth J., Ryan C., George Ray, “Sherris Medical microbiology” (sixth edition), tr: 326-349 22 Lafaix C (1981) “Infections par les baterises anaerobies non sporulées”; I’ Atelier 606 Paris 52 23 Lynne S Garcia, Clinical microbiology procedures handbook Second edition, volum 1, Section 4, Tr: 4.0.1- 4.12.6 24 M, Doğan, et al (2013), “A Case Report of Cerebellar Abscess Caused by Bacteroidesfragilis.”, American Journal of Clinical Medicine Research 1.4: 48-50 25 Mandell, Douglas and Rennett’t (2015), “Principles and practice of infections deseases”, tr2736-2781 26 Miranda KR, Neves FP, Santos-Filho Jd, de Paula GR, Lobo LA, Oelemann WM, Domingues RM (2013), “Application of DNA sequence analysis based on five different conserved genes (16S rDNA, rpoB, gdh, est and pgm) for intra-species discrimination of Bacteroides fragilis.” Anaerobe 19:58-61 27 Murray, Rosenthal, Pfaller, “Medical microbiology”, tr 327-350 28 Paster BJ, Dewhirst FE, Olsen I, Fraser GJ.(1994) “Phylogeny of Bacteroides, Prevotella, and Porphyromonas spp and related bacteria” Bacteriol 176(3):725-32 29 Pasteur L (1861) “Animalcules infusoires vivant sans oxygène libre et déterminant des fermentations”; C.R Acad Sci.[D] (Paris) 56: 1189 - 1894 30 Rosenblatt J.E (1976), “Isolation and identification of anaerobic bacteria”, Hum Pathol 7: 177-186 31 .Seneviratne Rde S, Navasivayam P, Perera S, Wickremasinghe RS, (2003), “Microbiology of cerebral abscess at the neurosurgical unit of the National Hospital of Sri Lanka” Ceylon Med J 48(1):14-6 32 Silver S (1980), “Anaerobic bacteriology for the clinical laboratory”, The C.V.Mosby company st Louis Toronto London, Washington D.C 33 Smith L.D.S (1967) “Anaerobes an oxygen” In Fredelle V editor: “The anaerobic bacteria”, Montreal, Institut of Microbiology an Hygiene of Monteal Universit 34 Somer H.R.J., Summanen P.H, Finegold S M (1995), “Bacteroides, porphyromonas, prevotella, fusobacterium, and other anaerobic”; Manual of clinical microbiology, ed.6 ASM press; Washington D C chap 49 p603-620 53 35 Sudhaharan S, Chavali P, Vemu L, (2016), “Anaerobic brain abscess” Iran J Microbiol 8(2):120-4 36 Sutter V.L., Citron D.M , Finegold S.M (1980), “Wadsworth anaerobic bacteriology manual”; Ed 3, St Louis Toronto London 1980 37 Veillon A (1893) “Sur un microcoque anaerobie trouvé dans des suppurations fétides” C.R.Soc.Biol (Paris) 45: 807 - 809 38 Veillon A , Zuber A (1897) “Sur quelques microbes strictment anaérobies et leur role dans la pathologie humanine”; C.R.SOC Biol (Paris) 49: 253 - 255 39 Veillon A , Zuber A (1898) “Sur quelques microbes strictment anaérobies”; Arch Med Exp Anatopathol 10: 517 - 545 40 Wagner C (1999) “III Anaerobe wachsenden Bakterien”; Resistezen UK Benjamin Franklin 1999 alle Materialien; Institut fur Infektionsmedizin, Abteilung Medizinnische Mikrobiologie des UKBF/FU Berlin P41 41 Werner H.(1985) “Anaerobier-Infektionen-pathogenese, Klinik, Therapie, Diagnostik”; 2.Auflage, Georg Thieme Verlag Stuttgart New York 42 Werner H (1992) “Medizinische Mikrobiologie mit Repetiorium” Walter de Gruyter Berlin New York 1992 43 Wilson JR1, Limaye AP, (2004), “Risk factors for mortality in patients with anaerobic bacteremia” Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 23(4):310-6 44 Yang NW, Kim JM, Choi GJ, Jang SJ, (2010), “Development and evaluation of the quick anaero-system-a new disposable anaerobic culture system” Korean J Lab Med, 30(2):133-7 45 Yang Y, Gong S, Liu Y (2001) The clinical investigation of bacteriology of chronic suppurative otitis media Journal of clinical otorhinolaryngology 15(12): 550-2 46 Yi-Weitang, Max sussman, Dongyou Liu, Ian Poxton and Joseph Schwart zman “Medical microbiology” tr 875-968 47 Fan YC, Wang CL, Wang C, Chen TC, Chou CH, Tsai HJ1(2016)” Incidence and Antimicrobial Susceptibility to Clostridium perfringens in Premarket Broilers in Taiwan” Avian Dis 2016 Jun;60(2):444-9 doi: 10.1637/11315-110915-Reg 54 ... định tỷ lệ, độ nhạy cảm kháng sinh vi khuẩn kị khí mẫu bệnh phẩm với mục tiêu là: 1 Phân lập, xác định tỷ lệ phân lập vi khuẩn kị khí mẫu bệnh phẩm lâm sàng Định danh chủng vi khuẩn kị khí phân. .. lập Xác định mức độ nhạy cảm kháng sinh loại vi khuẩn kị khí phân lập mẫu bệnh phẩm lâm sàng CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Lịch sử phát triển ngành vi khuẩn học kị khí Các nhiễm trùng vi khuẩn kị khí. .. lượng mẫu lớn công bố tỉ lệ mọc vi khuẩn kị khí bệnh phẩm người bệnh có nhiễm trùng hay mức độ nhạy cảm kháng sinh chủng vi khuẩn kị khí Ngun nhân tình trạng thiếu hiểu biết vi khuẩn kị khí, điều