Nghiên cứu chế tạo đột biến điểm nhằm sàng lọc đột biến ở gen ND6 và MT TK liên quan đến bệnh ty thể

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN VÕ THỊ PHƢƠNG NGHIÊN CỨU TẠO ĐỘT BIẾN ĐIỂM NHẰM SÀNG LỌC ĐỘT BIẾN Ở GEN ND6 VÀ MT-TK LIÊN QUAN ĐẾN BỆNH TY THỂ LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – 2015 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN VÕ THỊ PHƢƠNG NGHIÊN CỨU TẠO ĐỘT BIẾN ĐIỂM NHẰM SÀNG LỌC ĐỘT BIẾN Ở GEN ND6 VÀ MT-TK LIÊN QUAN ĐẾN BỆNH TY THỂ Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 60 42 01 21 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: PGS TS Nguyễn Thị Hồng Vân Hà Nội – 2015 LỜI CẢM ƠN Với lòng kính trọng biết ơn sâu sắc, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS TS Nguyễn Thị Hồng Vân, người thầy tâm huyết, tận tình dìu dắt, hướng dẫn, khích lệ từ ngày bắt đầu làm quen với khoa học Cô tạo điều kiện tốt giúp hoàn thành luận văn này, dành nhiều thời gian trao đổi chia sẻ với kiến thức, kinh nghiệm nhờ trưởng thành nhiều Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới ThS Trần Thị Thùy Anh, người thầy đồng hành, sát cánh suốt trình thực đề tài, đồng thời chia sẻ với nhiều kinh nghiệm quý báu trình học tập sống Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành đến thầy, cô giáo Bộ môn Di truyền học – Trường Đại học Khoa học tự nhiên – ĐHQGHN dạy dỗ, bảo suốt trình học tập làm việc nghiên cứu môn, giúp tiếp cận nhiều kiến thức kĩ thuật Tôi xin gửi lời cảm ơn tới phòng thí nghiệm thuộc Bộ môn Di truyền học, phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzyme Protein, Trung tâm nghiên cứu Khoa học sống tạo điều kiện trang thiết bị vật chất cho hoàn thành luận văn Cuối cùng, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè, anh chị em phòng thí nghiệm môn Di truyền học, giúp đỡ, khích lệ, động viên để có ngày hôm Tôi xin chân thành cảm ơn! Học viên Võ Thị Phƣơng MỤC LỤC DANH MỤC HÌNH DANH MỤC BẢNG DANH MỤC KÍ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT Error! Bookmark not defined MỞ ĐẦU Error! Bookmark not defined CHƢƠNG 1- TỔNG QUAN TÀI LIỆU Error! Bookmark not defined 1.1 Cấu trúc chức ty thể người Error! Bookmark not defined 1.1.1 Cấu trúc ty thể Error! Bookmark not defined 1.1.2 Chức ty thể Error! Bookmark not defined 1.2 Hệ gen ty thể chế di truyền gen ty thểError! Bookmark not defined 1.2.1 Hệ gen ty thể Error! Bookmark not defined 1.2.2 Cơ chế di truyền theo dòng mẹ gen ty thểError! Bookmark not defined 1.2.3 Heteroplasmy homoplasmy Error! Bookmark not defined 1.3 Đột biến gen ty thể bệnh liên quan Error! Bookmark not defined 1.3.1 Đột biến gen ty thể Error! Bookmark not defined 1.3.2 Một số hội chứng phổ biến đột biến gen ty thể gây raError! Bookmark not defined 1.3.2.1 Hội chứng LHON (Leber’s hereditary optic neuropathy – hội chứng liệt thần kinh thị giác di truyền Leber) Error! Bookmark not defined 1.3.2.2 Hội chứng MERRF (Myoclonic Epilepsy and Ragged Red Fibers – bệnh động kinh co giật với sợi đỏ rải rác) Error! Bookmark not defined 1.3.2.3 Hội chứng MELAS (Mitochodrial encephalomyopathy lactic acidosis and strokelike episodes – bệnh viêm não giật có tăng axit lactic máu giả tai biến mạch)………………………………………………………………………………Error! Bookmark not defined 1.3.2.4 Hội chứng Leigh (Leigh syndrome – bệnh viêm não tủy cấp di truyền theo Leigh)………………………………………………………………………………Error! Bookmark not defined 1.4 Gen MT-TK đột biến A8344G, T8356C, G8363AError! Bookmark not defined 1.4.1 Gen MT-TK Error! Bookmark not defined 1.4.2 Đột biến A8344G, T8356C, G8363A Error! Bookmark not defined 1.5 Gen ND6 đột biến T14484C Error! Bookmark not defined 1.5.1 Gen ND6 Error! Bookmark not defined 1.5.2 Đột biến T14484C Error! Bookmark not defined 1.6 Một số phương pháp tạo đột biến điểm định hướngError! Bookmark not defined 1.6.1 Phương pháp Kunkel Error! Bookmark not defined 1.6.2 Tạo đột biến điểm định hướng phương pháp thiết kế vector tái tổ hợpError! Bookmark not defined 1.6.3 Tạo đột biến điểm định hướng phương pháp PCRError! Bookmark not defined 1.6.3.1 Sử dụng PCR truyền thống Error! Bookmark not defined 1.6.3.2 Sử dụng Primer extention Error! Bookmark not defined 1.6.3.3 Sử dụng PCR đảo (Inverse PCR) Error! Bookmark not defined 1.7 Một số phương pháp phát đột biến điểm Error! Bookmark not defined 1.7.1 Phát đột biến điểm ADN ty thể PCR- RFLPError! Bookmark not defined 1.7.2 Phát đột biến điểm ty thể xác định trình tự genError! Bookmark not defined 1.7.3 Phát đột biến điểm ty thể phương pháp SSCP (Single-stranded conformational polymorphism) Error! Bookmark not defined 1.8 Tình hình nghiên cứu đột biến ADN ty thể Việt NamError! Bookmark defined 1.9 Mục tiêu nội dung nghiên cứu đề tài Error! Bookmark not defined 1.9.1 Mục tiêu Error! Bookmark not defined 1.9.2 Nội dung nghiên cứu Error! Bookmark not defined not CHƢƠNG – VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨUError! Bookmark not defined 2.1 Đối tượng nghiên cứu Error! Bookmark not defined 2.1.1 Mẫu bệnh phẩm Error! Bookmark not defined 2.1.2 Hóa chất, dụng cụ địa điểm nghiên cứu Error! Bookmark not defined 2.2 Phương pháp nghiên cứu Error! Bookmark not defined 2.2.1 Tách chiết ADN tổng số Error! Bookmark not defined 2.2.1.1 Quy trình tách chiết Error! Bookmark not defined 2.2.1.2 Kiểm tra định lượng ADN tách chiết Error! Bookmark not defined 2.2.2 Nhân đoạn gen từ nucleotide 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385, 83428582 kĩ thuật PCR (polymerase chain reaction)Error! Bookmark not defined 2.2.3 Kỹ thuật đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn (RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism) Error! Bookmark not defined 2.2.4 Nhân dòng sản phẩm PCR từ khuôn ADN bình thường (không chứa đột biến quan tâm) Error! Bookmark not defined 2.2.4.1 Chuẩn bị tế bào khả biến E.coli DH5α Error! Bookmark not defined 2.2.4.2 Phản ứng gắn đoạn ADN nhân PCR vào vector PTZ57R/T Error! Bookmark not defined 2.2.4.3 Biến nạp phương pháp sốc nhiệt vào tế bào E coli khả biến Error! Bookmark not defined 2.2.4.5 Tách chiết plasmid Error! Bookmark not defined 2.2.4.6 Giải trình tự plasmid nhân dòng Error! Bookmark not defined 2.2.5 Thiết kế đối chứng dương cho phản ứng sàng lọcError! Bookmark not defined 2.2.5.1 Thiết kế mồi tạo đột biến điểm định hướng Error! Bookmark not defined 2.2.5.2 PCR plasmid chứa đoạn gen 14455-14578; 8155-8366; 8166-8385; 83428582 với cặp mồi chứa vị trí đột biến tương ứng Error! Bookmark not defined 2.2.5.3 Đóng vòng sản phẩm PCR sử dụng T4-ligaseError! Bookmark not defined 2.2.5.4 Biến nạp plasmid đóng vòng vào tế bào khả biến E coli DH5α tách chiết plasmid từ khuẩn lạc mang đoạn gen đột biến Error! Bookmark not defined 2.2.6 Sàng lọc kiểm tra có mặt đột biến T14484C, A8344G, T8356C, G8363A 128 mẫu bệnh phẩm Error! Bookmark not defined 2.2.7 Điện di gel agarose Error! Bookmark not defined 2.2.8 Điện di gel polyacrylamide Error! Bookmark not defined 2.2.9 Giải trình tự Error! Bookmark not defined CHƢƠNG – KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Error! Bookmark not defined 3.1 Kiểm tra ADN tổng số mẫu bệnh phẩm Error! Bookmark not defined 3.2 Kết nhân PCR đoạn gen từ nucleotide 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385, 8342-8582 Error! Bookmark not defined 3.3 Nhân dòng đoạn gen 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385, 8342-8582 không chứa đột biến vào vector PTZ57R/T Error! Bookmark not defined 3.3.1 Kiểm tra khuẩn lạc mang plasmid tái tổ hợp PCR trực tiếpError! Bookmark not defined 3.3.2 Tách kiểm tra plasmid mang đoạn gen nhân dòngError! Bookmark not defined 3.3.3 Giải trình tự đoạn gen 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385, 8342-8582 nhân dòng Error! Bookmark not defined 3.3.3.1 Trình tự đoạn gen 14455-14578 Error! Bookmark not defined 3.3.3.2 Trình tự đoạn gen 8155-8366 Error! Bookmark not defined 3.3.3.3 Trình tự đoạn gen 8166-8385 ngẫu nhiên phát đột biến 9bp gen MT-TK Error! Bookmark not defined 3.3.3.4 Trình tự đoạn gen 8342-8582 Error! Bookmark not defined 3.4 Tạo đột biến điểm nhân tạo A8344G, T8356C, G8363A, T14484C Error! Bookmark not defined 3.4.1 PCR plasmid chứa đoạn gen 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385, 8342-8582 với cặp mồi chứa điểm đột biến tương ứng Error! Bookmark not defined 3.4.2 Đóng vòng plasmid dạng thẳng kiểm tra kết biến nạpError! Bookmark not defined 3.4.3 Kết điện di cắt enzyme giới hạn sản phẩm PCR trực tiếp từ khuẩn lạcError! Bookmark not defined 3.4.4 Tách kiểm tra plasmid chứa đoạn gen mang đột biếnError! Bookmark not defined 3.4.4.1 Tách plasmid chứa đoạn gen mang đột biến Error! Bookmark not defined 3.4.4.2 Kiểm tra plasmid chứa đoạn gen mang đột biếnError! Bookmark not defined 3.4.5 Giải trình tự plasmid chứa đoạn gen mang đột biếnError! Bookmark not defined 3.4.5.1 Trình tự đoạn gen 14455-14578 có chứa vị trí đột biến T14484C Error! Bookmark not defined 3.4.5.2 Trình tự đoạn gen 8155-8366 có chứa vị trí đột biến A8344GError! Bookmark not defined 3.4.5.3 Trình tự đoạn gen 8166-8385 có chứa vị trí đột biến T8356CError! Bookmark not defined 3.4.5.4 Trình tự đoạn gen 8342-8582 có chứa vị trí đột biến G8363AError! Bookmark not defined 3.5 Khẳng định có mặt đột biến A8344G, T8356C, G8353A, T14484C PCR-RFLP Error! Bookmark not defined 3.5.1 Sàng lọc đột biến T14484C 68 3.5.2 Sàng lọc đột biến A8344G 69 3.5.3 Sàng lọc đột biến T8356C 70 3.5.4 Sàng lọc đột biến G8363A 71 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Error! Bookmark not defined TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Cấu trúc ty thể Error! Bookmark not defined Hình 1.2 Cấu trúc màng ty thể Error! Bookmark not defined Hình 1.3 Ty thể trình trao đổi lượng tế bàoError! Bookmark not defined Hình 1.4 Hệ gen ty thể người Error! Bookmark not defined Hình 1.5 Thuyết nút cổ chai di truyền Error! Bookmark not defined Hình 1.6 Sơ đồ đột biến gen ty thể liên quan đến số bệnh phổ biến Error! Bookmark not defined Hình 1.7 Tạo đột biến điểm (thay thế) định hướng sử dụng PCR truyền thốngError! Bookmark not defined Hình 1.8 Tạo đột biến điểm định hướng sử dụng PCR primer extention Error! Bookmark not defined Hình 1.9 Tạo đột biến điểm định hướng sử dụng PCR đảoError! Bookmark not defined Hình 2.1 Sơ đồ nghiên cứu sàng lọc số đột biến gen ND6 MT-TK liên quan đến bệnh đột biến gen ty thể Error! Bookmark not defined Hình 2.2 Bản đồ vector PTZ57R/T vị trí đa điểm cắtError! Bookmark not defined Hình 2.3 Quy trình tạo đột biến điểm định hướng Error! Bookmark not defined Hình 2.4 PCR plasmid đích với cặp mồi đột biến nối đầu sản phẩm PCRError! Bookmark not defined Hình 3.1 Điện di sản phẩm ADN tổng số từ mẫu máu bệnh nhân Error! Bookmark not defined Hình 3.2 Kết điện di sản phẩm PCR đoạn gen 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385, 8342-8582 Error! Bookmark not defined Hình 3.3 Khuẩn lạc mang plasmid tái tổ hợp chứa đoạn gen 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385 8342-8582 Error! Bookmark not defined Hình 3.4 Điện di sản phẩm PCR với cặp mồi đoạn chèn cặp mồi vectorError! Bookmark not defined Hình 3.5 Kết tách chiết plasmid nhân dòng Error! Bookmark not defined Hình 3.6 So sánh trình tự đoạn gen 14455-14578 nhân dòng với trình tự gen chuẩn Error! Bookmark not defined Hình 3.7 So sánh trình tự đoạn gen 8155-8366 với trình tự gen chuẩnError! Bookmark not defined Hình 3.8 So sánh trình tự đoạn gen 8166-8385 với trình tự gen chuẩnError! Bookmark not defined Hình 3.9 So sánh trình tự đoạn gen 8342-8582 với trình tự gen chuẩnError! Bookmark not defined Hình 3.10 Kết điện di sản phẩm PCR plasmid đích với cặp mồi tạo đột biếnError! Bookmark not defined Hình 3.11 Kết điện di sản phẩm PCR trực tiếp kiểm tra khuẩn lạc Error! Bookmark not defined Hình 3.12 Kết điện di cắt enzyme giới hạn sản phẩm PCR trực tiếp kiểm tra khuẩn lạc với mồi LHTC (A), MRAG (B), MRTC (C), MRGA (D).Error! Bookmark not defined Hình 3.13 Kết tách plasmid mang đoạn gen 14455-14578 (A), 8166-8385 (B), 81558366 (C), 8342-8582 (D) chứa vị trí đột biến T14484C, A8344G, T8356C, G8363A Error! Bookmark not defined Hình 3.14 Kết điện di sản phẩm PCR plasmid tách chiết với cặp mồi LHTC, MRTC, MRAG, MRGA M13 Error! Bookmark not defined Hình 3.15 Kết so sánh trình tự plasmid chứa đoạn gen 14455-14578 sau tạo đột biến với trình tự plamid trước tạo đột biến trình tự gen tham chiếu NC_012920.1 Error! Bookmark not defined Hình 3.16 Một phần trình tự tạo đột biến T14484C Error! Bookmark not defined Hình 3.17 Kết so sánh trình tự plasmid chứa đoạn gen 8155-8366 sau tạo đột biến với trình tự plamid trước tạo đột biến trình tự gen tham chiếu NC_012920.1 Error! Bookmark not defined Hình 3.18 Một phần trình tự tạo đột biến A8344G Error! Bookmark not defined Hình 3.19 Kết so sánh trình tự plasmid chứa đoạn gen 8166-8385 sau tạo đột biến với trình tự plamid trước tạo đột biến trình tự gen tham chiếu NC_012920.1 Error! Bookmark not defined Hình 3.20 Một phần trình tự tạo đột biến T8356C Error! Bookmark not defined Hình 3.21 Kết so sánh trình tự plasmid chứa đoạn gen 8342-8582 sau tạo đột biến với trình tự plamid trước tạo đột biến trình tự gen tham chiếu NC_012920.1 Error! Bookmark not defined Hình 3.22 Một phần trình tự tạo đột biến G8363A Error! Bookmark not defined Hình 3.23 Kết PCR-RFLP mẫu đối chứng âm đối chứng dương đột biến T14484C Error! Bookmark not defined Hình 3.24 Kết PCR-RFLP mẫu đối chứng âm đối chứng dương đột biến A8344G Error! Bookmark not defined Hình 3.25 Kết PCR-RFLP mẫu đối chứng âm đối chứng dương đột biến T8356C Error! Bookmark not defined Hình 3.26 Kết PCR-RFLP mẫu đối chứng âm đối chứng dương đột biến G8363A Error! Bookmark not defined DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các gen hệ gen ty thể Error! Bookmark not defined Bảng 2.1 Trình tự cặp mồi đặc hiệu cho PCR nhân đoạn ADN gen ND6 MT-TK Error! Bookmark not defined Bảng 2.2 Thành phần phản ứng PCR nhân đoạn gen 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385, 8342-8582 Error! Bookmark not defined Bảng 2.3 Chu trình nhiệt kích thước phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu cho đoạn gen Error! Bookmark not defined Bảng 2.4 Dự đoán sản phẩm phản ứng cắt đoạn ADN với enzyme giới hạn.Error! Bookmark not defined Bảng 2.5 Thành phần phản ứng cắt enzyme giới hạnError! Bookmark not defined Bảng 2.6 Thành phần phản ứng ligase Error! Bookmark not defined Bảng 2.7 Trình tự mồi M13 Error! Bookmark not defined Bảng 2.8 Thành phần phản ứng PCR với mồi M13 Error! Bookmark not defined Bảng 2.9 Chu trình nhiệt phản ứng PCR với mồi M13Error! Bookmark not defined Bảng 2.10 Kích thước sản phẩm PCR trực tiếp từ khuẩn lạc với mồi đoạn chèn mồi vector M13 loại đột biến Error! Bookmark not defined Bảng 2.11 Trình tự mồi oligonucleotide cho PCR tạo đột biến định hướng Error! Bookmark not defined Bảng 2.12 Thành phần phản ứng PCR plasmid nhân dòng với mồi chứa vị trí đột biến Error! Bookmark not defined Bảng 2.13 Chu trình nhiệt phản ứng PCR với loại mồi chứa vị trí đột biếnError! Bookmark not defined Bảng 2.14 Thành phần phản ứng đóng vòng sản phẩm PCRError! Bookmark defined Bảng 2.15 Thành phần gel polyacrylamideError! Bookmark not defined not TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Trương Thị Huệ, Phạm Minh Huệ, Lê Ngọc Yến, Phạm Thị Vân Anh, Ngô Diễm Ngọc, Phan Tuấn Nghĩa (2012), “Phát đoạn bp hệ gen ty thể số bệnh nhân nghi hội chứng não”, Tạp chí Sinh học 34 (2), tr 246-252 Trương Thị Huệ, Nguyễn Văn Liệu, Phạm Vân Anh, Nguyễn Thị Vân Anh, Phan Tuấn Nghĩa (2012), “Phát định lượng đột biến A3243G hệ gen ty thể hội chứng MELAS”, Tạp chí Công nghệ Sinh học 10 (3), tr 421-427 Lê Thị Bích Thảo, Đỗ Quỳnh Hoa, Nguyễn Bích Nhi, Nông Văn Hải, Phan Văn Chi, Phạm Thị Vân Anh, Ninh Thị Ứng (2004), “Xác định đột biến A3243G gen tARNLeu ty thể từ bệnh nhân mắc bệnh ty thể”, Báo cáo khoa học Hội nghị khoa học toàn quốc Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống, tr 463-465 Phạm Hùng Vân, Hoàng Hiếu Ngọc Võ Quang Hồng Điểm (2010), "Các trường hợp bệnh lý thần kinh nhãn cầu Leber xác định kỹ thuật giải trình tự ADN ty thể tách chiết từ bạch cầu bệnh nhân để phát đột biến gây bệnh", Kỷ yếu hội nghị Sinh học phân tử hóa sinh y học, tr 285-289 Tài liệu tiếng Anh Anderson S., Bankier A.T., Barrell B.G., deBruijin M.H., Coulson A.R., Drouin J., Eperon I.C., Nierlich D.P., Rose B.A., Sanger F., Schreier P.H., Smith A.J.H., Staden R., Young I G (1981), “Sequence and organization of the human mitochondrial genome”, Nature 290, pp 457-465 Ballana E, Govea N, de Cid R, Garcia C, Arribas C, Rosell J and Estivill X (2008), “Detection of unrecognized low-level ADN ty thể heteroplasmy may explain the variable phenotypic expressivity of apparently homoplasmic ADN ty thể mutations”, Human Mutation, 29(2), pp.248-257 Bai R.K., Wong L.J.C (2004), “Detection and quantification of heteroplasmic mutant mitochondrial ADN by real-time amplification refractory mutation system quantitative PCR analysis: A single-step approach”, Clin Chem 50, pp 996–100 Berdanier C D (2005), Mitochondria in healthy and disease, 619 pp Taylor and Francis CRC Press, Boca Raton 9 Chen G, W Li, WD DU, HM Cao, HY Tang, XF Tang, ZW Sun, H Zhao, QH Jin, JL Zhao and XJ Zhang (2008), “Development of a DNA biochip for detection of known mtDNA mutations associated with MELAS and MERRF syndromes”, Yi Chuan, 30(10):1279-86 10 Chinnery P.F (2006) “Mitochondrial ADN in Homo Sapiens”, Nucleic Acids Mol Biol 18, pp 3-11 11 Chinnery P.F., Brown D.T., Andrew R.m., Singh- Kler R, Riordan- Eva P, Lindley J, Applegarth D.A., Turnbull D.M., Howell N (2001), “The mitochondrial ND6 gene is a hot spot for mutations that cause Leber's hereditary optic neuropathy”, Brain, 124(1), pp 209-218 12 Cleveland C H (2010), “Mutation”, Encyclopedia of Earth, National Council for Science and the Environment, Washington DC, 290, 457-65 13 Fawcett D.W (1981), The Cell, W B Saunders Company, NewYork 14 Finnila S, S Tuisku, R Herva, K Majamaa (2001), “A novel mitochondrial DNA mutation and a mutation in the Notch3 gene in a patient with myopathy and CADASIL”, J Mol Med 79, 641-647 15 Genetics Home Reference, National Institute of Health, Retrieved 16 October 2013 16 Giles R.E, H Blanc, H M Cann and D.C Wallace (1980), “Maternal inheritance of human mitochondrial DNA”, Proc Natl Acad Sci USA, 77, 6715–6719 17 Gropman A.L (2004), “The neurological presentations of childhood and adult mitochondrial disease: established syndromes and phenotypic variations”, Mitochondrion 4, pp 503–520 18 Guan M.X (2011), “Mitochondrial 12S rARN mutations associated with aminoglycoside ototoxicity”, Mitochondrion 11, pp 237–245 19 Gvozdjáková A (2008), Mitochondrial medicine, Springer Science + Business Media B.V 20 Helen AL Tuppen, L Emma, Blakely, M Douglass, Turnbull, W Robert W and Taylor (2009), “Mitochondrial ADN mutations and human disease, Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Bioenergetics, Volume 1797, Issue 2, Pages 113–128 21 Ho SN, Hunt HD, Horton RM, et al (1989) Site-directed mutagenesis by overlap extension using the polymerase chain reaction Gene, 77(1):51–59 22 Ivanova R, A strinidis, V Lepage, S Djoulah, E Wijnen, Vu Trieu An, J Hors and D Charron (1999),“Mitochondrial DNA polymorphism in the Vietnamese population”, J Eur Immunogenet, 26, 417-422 23 Kirby D.M., Milovac T., Thorburn D.R (1998), “A failse -positive diagnosis for the common MELAS (A3243G) mutation caused a novel variant (A3426G) in the ND1 gene mitochondria ADN”, Mol Diagn 3, pp 211-216 24 Klopstock T., P P Yu-Wai-Man, K Dimitriadis, J Rouleau, S Heck, M Bailie, A Atawan, S Chattopadhyay, M Schubert, A Garip, M Kernt, D Petraki, C Rummey, M Leinonen, G Metz, P P G Griffiths, T Meier, P F Chinnery (25 July 2011), “A randomized placebo-controlled trial of idebenone in Leber's hereditary optic neuropathy”, Brain, 134 (9), pp.2677 25 Koga Y., Y Akita, J Nishioka, et al (2007), “MELAS and L-arginine therapy”, Mitochondrion 7, pp 133–139 26 Kunkel T A (1985), “Rapid and efficient site-specific mutagenesis without phenotypic selection", Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 82 (2), pp.488-492 27 Liu C S., W L Cheng, Y Y Chen, Y.S Ma, C Y Pang and Y H Wei (2005), “High prevalence of the COII/tRNALys intergenic 9-bp deletion in mitochondrial DNA of Taiwanese patients with MELAS or MERRF syndrome”, Ann N.Y Acad Sci., 1042: 82-87 28 Lu C.Y., Tso D.J, Yang T., Jong Y.J., Wei Y.H (2002),“Detection of DNA mutations associated with mitochondrial diseases by Agilent 2100 bioanalyzer”, Clin Chimica Acta 318, pp 97-105 29 Man P Y., D.M Turnbull and P.F Chinnery (2002), “Leber hereditary optic neuropathy”, J Med.Genet, 39, pp.162–169 30 Mingkun Li, Anna Schönberg, Michael Schaefer, Roland Schroeder, Ivane Nasidze and Mark Stoneking (2010), “DetectingHeteroplasmy from High-Throughput Sequencing of Complete Human Mitochondrial DNA Genomes”, The American JouARNl of Human Genetics, 87(2), pp.237–249 31 Muyrers J P., Y Zhang and A F StewarT (2001), “Recombinogenic engineeringnew options for cloning and manipulating ADN”, Trends Biochem Sci, 26, pp.325-331 32 Naviaux R K (2000), “Mitochondrial ADN disorders” Eur J Pediatr, 159 Suppl 3, S 219-26 33 Nelson D.L., Cox M.M (2008), Lehninger principles of biochemistry, Worth publishers, Inc 34 Nikoskelainen E K., K Huopnen, V Juvonen, et al (1996), “Ophthalmoscopic findings in Leber hereditary optic neuropathy, with special reference to ADN ty thể mutations”, Ophthalmology,103, pp.504-514 35 Ochman H, Gerber AS, and Hartl DL (1988) Genetic applications of an inverse polymerase chain reaction Genetics, 120(3): 621–623 36 Ogle R F., J Christodoulou, E Fagan, et al (1997), “Mitochondrial myopathy with tARN (Leu(UUR)) mutation and complex I deficiency responsive to riboflavin”, J Pediatr 130, pp 138-145 37 Ojala D., Montoya J., Attardi G (1981), “tARN punctuation model of ARN processing in human mitichonria”, Nature 290, pp 470-474 38 Orita, M., Iwahana H., Kanazawa H., Hayashi K., and Sekiya T (1989), “Detection of polymorphisms of human ADN by gel electrophoresis as single-strand conformation polymorphisms”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 86 (8), pp 27662770 39 Pavlakis S G., P C Phillips, S DiMauro, D C De Vivo and L P.Rowland (1984), “Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and strokelike episodes: a distinctive clinical syndrome”, Ann Neurol, 16 (4), pp.481-488 40 Poulton J., Macaulay V., Marchington D.R (1998), “Mitochondrial Genetics 98 is the bottleneck cracked”, Am J Hum Genet 62, pp 752-757 41 Reikofski J and Tao BY (1992),“Polymerase chain reaction (PCR) techniques for site-directed mutagenesis”,Biotechnol Adv, 10(4), pp 535–547 42 Roberta Virgilio, Dario Ronchi, Andreina Bordoni, Elisa Fassone, Sara Bonato, Chiara Donadoni, Giuseppe Torgano, Maurizio Moggio, Stefania Corti, Nereo Bresolin, Giacomo P Comi (2009), “Mitochondrial ADN G8363A mutation in the tARNLys gen: Clinical, biochemical and pathological study”, JouARNl of the Neurological Sciences Volume 281, 85–92 43 Robert W Taylor, Doug M Turnbull (2007), “Mitochondrial ADN mutations in human disease”, Nature Reviews Genetics, 6(5), pp.389-402 44 Rodriguez M C , J R MacDonald, D J Mahoney, G Parise, M F Beal, M A Tarnopolsky (2007), “Beneficial effects of creatine, CoQ10, and lipoic acid in mitochondrial disorders”, Muscle Nerve 35(2), pp 235-42 45 Sambrook J and Rusel D.W (2001), Molecular Cloning: A laboratory manual, 3rd edition, Vol 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press 46 Salvatore Dimauro & Guido Davidzon (2005), “Mitochondrial ADN and disease”, Annals of Medicine, 37: 222–232 47 Schneider A., Marechal-Drouard L (2000) “Mitochondrial tARN import: are there distinct mechanisms?”, Cell Biol 10, pp 509-513 48 Shanskea S., Wong L.J.C.(2004), “Molecular analysis for mitochondrial ADN disorders”, Mitochondrion 4, pp 403-415 49 Shoffner, J M., Wallace, D C (1992), “Mitochondrial genetics: principles and practice” (Editorial) Am J Hum Genet, 51: 1179-1186 50 Tajima H., Sueoka K., Moon S.Y., Nakabayashi A Sakurai T., Murakoshi Y., Watanabe H., Iwata S., Hashiba T., Kato S., Goto Y., Yoshimura Y (2007), “The development of novel quantification assay for mitochondrial DNA heteroplasmy aimed at preimplantation genetic diagnosis of Leigh encephalopathy”, J Assist Reprod Genet 24, pp 227-232 51 Tuppen H A L et al (2010), “Mitochondrial DNA mutations and human disease”, Biochimica et Biophysica Acta1797, pp.113–128 52 Varlamov, D.A., A.P Kudin, S.Vielhaber, et al (2002), “Metabolic consequences of a novel missense mutation of the mtDNA CO I gene”, Hum Mol Genet, 11:1797–1805 53 Wallace DC (1999), “Mitochondrial Diseases in Man and Mouse”, Science, 283: 1482-1488 54 Wallace D C., G Singh, M.T Lott, J.A Hodge, T.G Schurr, A.M Lezza, L.J Elsas II and E.K Nikoskelainen (1988), “Mitochondrial ADN mutation associated with Leber's hereditary optic neuropathy”, Science, 242, pp.1427–1430 55 Wong L.J (2007), “Diagnostic challenges of mitochondrial ADN disorders”, Mitochondrion, 7, pp 45–52 56 Wrischnik L.A., R.G Higuchi, M Stoneking, et al (1987), “Length mutations in human mitochondrial DNA: direct sequencing of enzymatically amplified DNA”, Nucleic Acids Res, 15:529–542 57 Yao Y G., W S Watkins and Y P Zhang (2000), “Evolutionary history of the mtDNA 9-bp deletion in Chinese populations and its relevance to the peopling of east and south east Asia”, Hum Genet, 107: 504-512 58 Zhuo G., G Feng, J Leng, L Yu and Y Jiang (2010),“A 9-bp deletion homoplasmy in women with polycystic ovary syndrome revealed by mitochondrial genome-mutation screen”, Biochem Genet, 48: 157-163 Trang web: 59 http://www.med.miami.edu/news/view.asp?id=1098 60 http://www.ifond.org/projects.php3 61 http://cronodon.com/BioTech/Respiration.html 62 http://www.nature.com/scitable/content/a-schematic-illustration-of-the-basicstructural-61487 63 http://www.nature.com/scitable/content/the-mitochondrial-genetic-bottleneck-7260 [...]... plasmid chứa đoạn gen 8166-8385 sau khi tạo đột biến với trình tự plamid trước khi tạo đột biến và trình tự gen tham chiếu NC_012920.1 Error! Bookmark not defined Hình 3.20 Một phần trình tự tạo đột biến T8356C Error! Bookmark not defined Hình 3.21 Kết quả so sánh trình tự plasmid chứa đoạn gen 8342-8582 sau khi tạo đột biến với trình tự plamid trước khi tạo đột biến và trình tự gen tham chiếu... “Xác định đột biến A3243G trên gen tARNLeu ty thể từ các bệnh nhân mắc bệnh ty thể , Báo cáo khoa học Hội nghị khoa học toàn quốc Những vấn đề nghiên cứu cơ bản trong khoa học sự sống, tr 463-465 4 Phạm Hùng Vân, Hoàng Hiếu Ngọc và Võ Quang Hồng Điểm (2010), "Các trường hợp đầu tiên về bệnh lý thần kinh nhãn cầu Leber xác định bằng kỹ thuật giải trình tự ADN ty thể tách chiết từ bạch cầu của bệnh nhân... Kết quả PCR-RFLP mẫu đối chứng âm và đối chứng dương của đột biến G8363A Error! Bookmark not defined DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các gen trong hệ gen ty thể Error! Bookmark not defined Bảng 2.1 Trình tự các cặp mồi đặc hiệu cho PCR nhân bản các đoạn ADN trên gen ND6 và MT- TK Error! Bookmark not defined Bảng 2.2 Thành phần phản ứng PCR nhân bản các đoạn gen 14455-14578, 8155-8366, 8166-8385,... Anh, Ngô Diễm Ngọc, Phan Tuấn Nghĩa (2012), “Phát hiện mất đoạn 9 bp trong hệ gen ty thể ở một số bệnh nhân nghi hội chứng cơ não”, Tạp chí Sinh học 34 (2), tr 246-252 2 Trương Thị Huệ, Nguyễn Văn Liệu, Phạm Vân Anh, Nguyễn Thị Vân Anh, Phan Tuấn Nghĩa (2012), “Phát hiện và định lượng đột biến A3243G trong hệ gen ty thể ở hội chứng MELAS”, Tạp chí Công nghệ Sinh học 10 (3), tr 421-427 3 Lê Thị Bích... 3.22 Một phần trình tự tạo đột biến G8363A Error! Bookmark not defined Hình 3.23 Kết quả PCR-RFLP mẫu đối chứng âm và đối chứng dương của đột biến T14484C Error! Bookmark not defined Hình 3.24 Kết quả PCR-RFLP mẫu đối chứng âm và đối chứng dương của đột biến A8344G Error! Bookmark not defined Hình 3.25 Kết quả PCR-RFLP mẫu đối chứng âm và đối chứng dương của đột biến T8356C ... với mồi đoạn chèn và mồi vector M13 của các loại đột biến Error! Bookmark not defined Bảng 2.11 Trình tự mồi oligonucleotide cho PCR tạo đột biến định hướng Error! Bookmark not defined Bảng 2.12 Thành phần phản ứng PCR plasmid nhân dòng với mồi chứa vị trí đột biến Error! Bookmark not defined Bảng 2.13 Chu trình nhiệt của phản ứng PCR với từng loại mồi chứa vị trí đột biếnError! Bookmark... (2008), “Detection of unrecognized low-level ADN ty thể heteroplasmy may explain the variable phenotypic expressivity of apparently homoplasmic ADN ty thể mutations”, Human Mutation, 29(2), pp.248-257 7 Bai R.K., Wong L.J.C (2004), “Detection and quantification of heteroplasmic mutant mitochondrial ADN by real-time amplification refractory mutation system quantitative PCR analysis: A single-step approach”,... bệnh nhân để phát hiện các đột biến gây bệnh" , Kỷ yếu hội nghị Sinh học phân tử và hóa sinh y học, tr 285-289 Tài liệu tiếng Anh 5 Anderson S., Bankier A.T., Barrell B.G., deBruijin M.H., Coulson A.R., Drouin J., Eperon I.C., Nierlich D.P., Rose B.A., Sanger F., Schreier P.H., Smith A.J.H., Staden R., Young I G (1981), “Sequence and organization of the human mitochondrial genome”, Nature 290, pp 457-465... “Mitochondrial genetics: principles and practice” (Editorial) Am J Hum Genet, 51: 1179-1186 50 Tajima H., Sueoka K., Moon S.Y., Nakabayashi A Sakurai T., Murakoshi Y., Watanabe H., Iwata S., Hashiba T., Kato S., Goto Y., Yoshimura Y (2007), “The development of novel quantification assay for mitochondrial DNA heteroplasmy aimed at preimplantation genetic diagnosis of Leigh encephalopathy”, J Assist Reprod Genet... 57 Yao Y G., W S Watkins and Y P Zhang (2000), “Evolutionary history of the mtDNA 9-bp deletion in Chinese populations and its relevance to the peopling of east and south east Asia”, Hum Genet, 107: 504-512 58 Zhuo G., G Feng, J Leng, L Yu and Y Jiang (2010),“A 9-bp deletion homoplasmy in women with polycystic ovary syndrome revealed by mitochondrial genome-mutation screen”, Biochem Genet, 48: 157-163