Nhập môn công nghệ sinh học
356 MỤC LỤC Trang LỜI NÓI ĐẦU Phần I. CÁC KHÁI NIỆM VÀ NGUYÊN LÝ CƠ BẢN 5 Chƣơng 1. MỞ ĐẦU 6 I. Định nghĩa công nghệ sinh học 6 1. Định nghĩa tổng quát 6 1.1. Công nghệ sinh học truyền thống 7 1.2. Công nghệ sinh học hiện đại 7 2. Nội dung khoa học của công nghệ sinh học 7 3. Các lĩnh vực ứng dụng của công nghệ sinh học 9 3.1. Công nghệ sinh học trong nông nghiệp 9 3.2. Công nghệ sinh học trong y dược 10 3.3. Công nghệ sinh học công nghiệp và chế biến thực phẩm 10 3.4. Công nghệ sinh học môi trường 11 II. Sơ lược lịch sử hình thành công nghệ sinh học 12 1. Giai đoạn thứ nhất 13 2. Giai đoạn thứ hai 13 3. Giai đoạn thứ ba 13 4. Giai đoạn thứ tư 14 III. Một số khía cạnh về khoa học và kinh tế của công nghệ sinh học hiện đại 15 1. Về khoa học 15 2. Về kinh tế 16 2.1. Những công ty đa quốc gia về công nghệ sinh học 16 2.2. Sự lệ thuộc vào các công ty đa quốc gia về công nghệ sinh học 16 IV. Các vấn đề pháp lý của công nghệ sinh học hiện đại 17 1. An toàn sinh học 18 1.1. Sự chuyển gen bằng hạt phấn 18 1.2. Sự bền vững của DNA ở trong đất 19 357 1.3. Chuyển gen ngang từ thực vật vào vi sinh vật đất 20 1.4. Chuyển gen từ thực vật vào virus 21 2. An toàn thực phẩm 22 2.1. Các chất gây dị ứng 23 2.2. Đánh giá độ an toàn của các thực phẩm 24 3. Đạo đức sinh học 25 4. Quyền tác giả và sở hữu trí tuệ 27 4.1. Quyền tác giả 27 4.2. Sở hữu trí tuệ 28 Tài liệu tham khảo/đọc thêm 30 Chƣơng 2. CÔNG NGHỆ DNA TÁI TỔ HỢP 31 I. Mở đầu 31 II. Phân lập đoạn DNA/gen 31 1. Tách các đoạn DNA từ genome 32 2. Sinh tổng hợp cDNA từ mRNA 33 3. Phân lập đoạn DNA bằng phương pháp PCR 33 III. Tạo dòng (gắn) đoạn DNA/gen vào vector 36 1. Enzyme hạn chế 36 2. Các vector được dùng để tạo dòng các đoạn DNA 38 2.1. Plasmid vector 39 2.2. Bacteriophage vector 42 3. Gắn đoạn DNA vào vector 43 3.1. Gắn các đoạn cDNA 43 3.2. Gắn các sản phẩm PCR 46 4. Biến nạp vector tái tổ hợp vào vi khuẩn/tế bào vật chủ 47 4.1. Điện biến nạp 47 4.2. Hóa biến nạp 48 IV. Chọn dòng mang DNA tái tái tổ hợp 48 1. Lai khuẩn lạc và vết tan 49 2. Khử hoạt tính bằng chèn đoạn 50 3. Tạo dòng định hướng 50 358 V. Biểu hiện gen được tạo dòng 52 1. Vector biểu hiện 53 2. Xác định mức độ biểu hiện của gen được tạo dòng 55 Tài liệu tham khảo/đọc thêm 58 Chƣơng 3. CÔNG NGHỆ LÊN MEN VI SINH VẬT 59 I. Mở đầu 59 II. Sinh trưởng của vi sinh vật 59 III. Sinh khối vi sinh vật và công nghệ lên men 64 1. Sinh khối vi sinh vật 64 2. Quá trình lên men 65 IV. Các sản phẩm lên men vi sinh vật 68 1. Lên men rượu 68 1.1. Rượu trắng 68 1.2. Rượu vang 70 2. Sản xuất enzyme 71 2.1. Các loại enzyme vi sinh vật 72 2.2. Sinh tổng hợp enzyme cảm ứng 75 2.3. Những phương pháp nuôi cấy vi sinh vật để sản xuất enzyme 76 2.4. Tách và tinh sạch chế phẩm enzyme 82 3. Sản xuất kháng sinh 83 3.1. Penicillin 83 3.2. Streptomycin 85 3.3. Tetracycline 86 4. Sản xuất acid hữu cơ 87 4.1. Acetic acid 87 4.2. Citric acid 89 V. Công nghệ tái tổ hợp vi sinh vật 89 1. Các vi sinh vật tái tổ hợp 90 2. Các ứng dụng trong công nghệ vi sinh 90 Tài liệu tham khảo/đọc thêm 91 359 Chƣơng 4. CÔNG NGHỆ SINH HỌC THỰC VẬT 93 I. Mở đầu 93 II. Nuôi cấy mô và nhân giống in vitro 94 1. Thuật ngữ học 94 1.1. Nuôi cấy đỉnh phân sinh 95 1.2. Sinh sản chồi nách 95 1.3. Tạo chồi bất định 95 1.4. Phát sinh cơ quan 96 1.5. Phát sinh phôi vô tính 96 2. Nhân giống in vitro và các hệ thống nuôi cấy mô 96 2.1. Tái sinh cây mới từ các cấu trúc sinh dưỡng 97 2.2. Nhân giống thông qua giai đoạn callus 101 2.3. Nhân giống thông qua phát sinh phôi vô tính-công nghệ hạt nhân tạo 102 3. Các giai đoạn trong quy trình nhân giống vô tính in vitro 107 3.1. Giai đoạn I-cấy gây 107 3.2. Giai đoạn II-nhân nhanh 108 3.3. Giai đoạn III-chuẩn bị và đưa ra ngoài đất 110 4. Nhân giống in vitro và việc sử dụng giống ưu thế lai 110 5. Nhân giống in vitro và các đặc điểm không di truyền 111 5.1. Hiện tượng các đặc điểm epigenetic được lưu lại 111 5.2. Hiện tượng các đặc điểm epigenetic không lưu lại 112 III. Các kỹ thuật chuyển gen ở thực vật 112 1. Biến nạp gián tiếp thông qua Agrobacterium 114 1.1. Vi khuẩn Agrobacterium 114 1.2. Ti-plasmid 115 1.3. Vùng T-DNA 116 1.4. Chuyển DNA ngoại lai vào tế bào và mô thực vật nhờ Agrobacterium tumefaciens 117 2. Các gen chỉ thị chọn lọc và gen chỉ thị sàng lọc 119 3. Chuyển gen bằng vi đạn 122 360 4. Các ứng dụng của công nghệ chuyển gen 123 4.1. Một số kết quả bước đầu 123 4.2. Triển vọng và hướng phát triển 124 5. Công nghệ di truyền trong kháng chất diệt cỏ 125 6. Công nghệ di truyền trong kháng sâu-bệnh 126 6.1. Kháng côn trùng 126 6.2. Kháng các virus thực vật 127 6.3. Kháng các bệnh nấm 129 6.4. Kháng các bệnh vi khuẩn 130 IV. Sản xuất các dược liệu sinh học 130 1. Các hợp chất tự nhiên 130 1.1. Các alkaloid 132 1.2. Các steroid 132 1.3. Một số chất khác 133 2. Các protein tái tổ hợp 134 3. Vaccine thực phẩm 136 Tài liệu tham khảo/đọc thêm 138 Chƣơng 5. CÔNG NGHỆ SINH HỌC ĐỘNG VẬT 140 I. Mở đầu 140 II. Nuôi cấy tế bào động vật có vú 141 1. Các ưu điểm và hạn chế của nuôi cấy tế bào động vật 141 1.1 Các ưu điểm của nuôi cấy tế bào động vật 141 1.2. Một số hạn chế của nuôi cấy tế bào động vật 143 2. Các dòng tế bào động vật có vú và các đặc điểm của nó 143 2.1. Các tế bào dịch huyền phù 143 2.2. Các tế bào dính bám 144 3. Các sản phẩm thương mại của nuôi cấy tế bào động vật có vú 144 4. Glycosyl hóa protein 145 5. Môi trường nuôi cấy tế bào động vật có vú 147 6. Nuôi cấy tế bào động vật có vú trên quy mô lớn 149 361 6.1. Các điều kiện chung 149 6.2. Nuôi cấy mẻ 150 6.3. Nuôi cấy mẻ có cung cấp chất dinh dưỡng 152 6.4. Nuôi cấy thể ổn định hóa tính 152 6.5. Nuôi cấy perfusion 154 6.6. Số lượng và chất lượng sản phẩm 156 III. Công nghệ di truyền của các tế bào động vật có vú 158 1. Các phương pháp chuyển nạp gen 159 1.1. Phương pháp chuyển nhiễm 159 1.2. Phương pháp lipofection 159 1.3. Phương pháp xung điện 160 1.4. Phương pháp vi tiêm 161 1.5. Phương pháp dùng súng bắn gen 163 1.6. Phương pháp dùng các vector virus 163 2. Các điều kiện cần thiết cho biểu hiện gen ngoại lai 165 3. Các điều kiện thực nghiệm tối ưu 167 4. Đồng chuyển nạp gen chỉ thị và gen thực nghiệm 167 5. Kỹ thuật tế bào mầm phôi, chuyển gen và tái tổ hợp tương đồng 169 IV. Nuôi cấy tế bào mầm để sản xuất cơ quan người 171 1. Ứng dụng tế bào mầm phôi trong nghiên cứu cơ bản 172 2. Nghiên cứu chức năng gen 173 3. Nghiên cứu các mô hình bệnh lý 173 4. Ứng dụng trong y học tái tạo 173 V. Công nghệ phôi động vật có vú 175 1. Cấy truyền hợp tử 175 2. Bảo quản phôi 175 3. Nuôi cấy tạm thời phôi trong cơ thể sống 176 4. Kỹ thuật bọc phôi bằng agar 176 5. Kỹ thuật nuôi cấy tạm thời phôi trong ống dẫn trứng 176 VI. Nhân bản vô tính động vật có vú 177 1. Khái niệm cơ bản 177 362 2. Nhân bản vô tính ở động vật 177 3. Nhân bản vô tính cừu Dolly 178 Tài liệu tham khảo/đọc thêm 181 Chƣơng 6. CÔNG NGHỆ PROTEIN 182 I. Mở đầu 182 II. Cấu trúc protein 183 III. Các công cụ 184 1. Nhận dạng trình tự 184 2. Xác định cấu trúc và mô hình hóa 185 3. Biến đổi trình tự 185 4. Phát triển phân tử 188 5. Thiết kế trình tự de novo 190 6. Biểu hiện 190 7. Phân tích 191 IV. Một số ứng dụng của công nghệ protein 192 1. Các đột biến điểm 192 1.1. Betaseron/Betaferon 192 1.2. Humalog 192 1.3. Các tá dược vaccine mới 193 2. Sắp xếp lại vùng 194 2.1. Các vùng liên kết 194 2.2. Trao đổi các vùng protein 195 3. Sắp xếp lại toàn bộ protein 196 4. Các tương tác protein-phối tử 197 4.1. Biến đổi enzyme 197 4.2. Các chất chủ vận hormone 197 4.3. Thay thế các liên kết đặc hiệu 197 V. Sản xuất protein trên quy mô lớn 198 1. Lên men E. coli tái tổ hợp 199 2. Lên men nấm 200 3. Các enzyme vi sinh vật thay thế các enzyme thực vật 200 363 4. Các nguyên tắc hóa sinh cơ bản 201 4.1. Sự cảm ứng 201 4.2. Ức chế ngược 202 4.3. Ức chế dinh dưỡng 204 5. Công nghệ di truyền 205 VI. Các quá trình tách chiết và tinh sạch protein 207 1. Thu hồi protein 209 1.1. Thu hồi các protein ngoại bào 209 1.2. Thu hồi các protein nội bào 209 2. Tinh sạch sơ bộ 216 2.1. Loại bỏ các mảnh vỡ của tế bào 216 2.2. Ly tâm mẻ 216 2.3. Ly tâm dòng chảy liên tục 217 2.4. Lọc bằng màng 217 3. Hệ phân tách hai pha nước 218 4. Các phương pháp kết tủa 220 4.1. Kết tủa bằng ammonium 220 4.2. Kết tủa bằng các dung môi hữu cơ 220 4.3. Kết tủa bằng các polymer khối lượng phân tử cao 221 4.4. Kết tủa bằng nhiệt 221 5. Các phương pháp sắc ký 221 5.1. Sắc ký lọc gel 222 5.2. Sắc ký trao đổi ion 224 5.3. Sắc ký ái lực 227 5.4. Sắc ký tương tác kỵ nước 230 5.5. Các kỹ thuật sắc ký lỏng hiệu suất cao 230 6. Siêu lọc 231 7. Thiết kế các protein để tinh sạch 232 7.1. Các thể vùi 232 7.2. Các đuôi ái lực 233 Tài liệu tham khảo/đọc thêm 236 364 Phần II. CÁC ỨNG DỤNG CỦA CÔNG NGHỆ SINH HỌC 237 Chƣơng 7. CÁC ỨNG DỤNG TRONG NÔNG NGHIỆP 238 I. Mở đầu 238 II. Cải thiện và nhân nhanh giống cây trồng 238 1. Nhân giống vô tính in vitro 239 2. Sản xuất cây đơn bội in vitro 240 2.1. Phương pháp tạo thể đơn bội in vivo 240 2.2. Phương pháp tạo thể đơn bội in vitro 241 3. Dung hợp protoplast hay lai vô tính tế bào thực vật 241 3.1. Dung hợp protoplast bằng hóa chất 242 3.2. Dung hợp protoplast bằng điện 242 4. Chọn dòng biến dị soma 243 5. Chuyển gen vào cây trồng 244 5.1. Cây lúa 244 5.2. Cây lúa mì 246 5.3. Cây lúa mạch 247 5.4. Cây đậu tương 247 5.5. Cây đậu tây 248 5.6. Cây bông 248 5.7. Cố định đạm 249 III. Chăn nuôi và thú y 250 1. Kỹ thuật cấy chuyển phôi 250 2. Tạo chế phẩm phòng tránh bệnh cho động vật 250 3. Chuyển gen vào động vật 251 IV. Chế biến thực phẩm 252 1. Sản xuất sữa 253 1.1. Sản xuất sữa chua 253 1.2. Sản xuất phomát 255 2. Chế biến tinh bột 257 3. Sản xuất nước uống lên men 257 3.1. Sản xuất bia 258 365 3.2. Sản xuất rượu vang 259 3.3. Sản xuất rượu trắng 262 4. Các sản phẩm chứa protein 265 4.1. Thực phẩm lên men truyền thống giàu protein 265 4.2. Protein vi khuẩn đơn bào 265 5. Chế biến rau quả 268 Tài liệu tham khảo/đọc thêm 268 Chƣơng 8. CÁC ỨNG DỤNG TRONG Y-DƢỢC 270 I. Mở đầu 270 II. Vaccine 270 1. Các phương thức tiêm chủng vaccine hiện nay 271 1.1. Các vaccine bất hoạt 271 1.2. Các vaccine sống nhược độc 272 2. Vai trò của công nghệ di truyền trong nhận dạng, phân tích và sản xuất vaccine 272 2.1. Nhận dạng và tạo dòng các kháng nguyên có tiềm năng vaccine 272 2.2. Phân tích các kháng nguyên vaccine 273 2.3. Sản xuất các vaccine tiểu đơn vị 274 3. Cải thiện và sản xuất các vaccine sống nhược độc mới 275 3.1. Cải thiện các vaccine sống nhược độc 275 3.2. Các vector sống tái tổ hợp 275 4. Các hướng tiếp cận khác trong sản xuất vaccine 278 4.1. Các DNA vaccine 278 4.2. Các peptide vaccine 279 4.3. Kháng các kiểu gen cá thể 279 III. Kháng thể đơn dòng 280 1. Sản xuất hybridoma bằng cách dung hợp tế bào sinh dưỡng 280 2. Sản xuất kháng thể đơn dòng bằng công nghệ DNA tái tổ hợp 281 2.1. Phân lập các gen immunoglobulin 281 [...]... protein 196 4. Các tương tác protein-phối tử 197 4.1. Biến đổi enzyme 197 4.2. Các chất chủ vận hormone 197 4.3. Thay thế các liên kết đặc hiệu 197 V. Sản xuất protein trên quy mô lớn 198 1. Lên men E. coli tái tổ hợp 199 2. Lên men nấm 200 3. Các enzyme vi sinh vật thay thế các enzyme thực vật 200 364 Phần II. CÁC ỨNG DỤNG CỦA CÔNG NGHỆ SINH HỌC 237 Chƣơng 7. CÁC ỨNG DỤNG TRONG... 178 Tài liệu tham khảo/đọc thêm 181 Chƣơng 6. CÔNG NGHỆ PROTEIN 182 I. Mở đầu 182 II. Cấu trúc protein 183 III. Các công cụ 184 1. Nhận dạng trình tự 184 2. Xác định cấu trúc và mơ hình hóa 185 3. Biến đổi trình tự 185 4. Phát triển phân tử 188 5. Thiết kế trình tự de novo 190 6. Biểu hiện 190 7. Phân tích 191 IV. Một số ứng dụng của công nghệ protein 192 1. Các đột biến điểm 192 1.1.... 363 4. Các nguyên tắc hóa sinh cơ bản 201 4.1. Sự cảm ứng 201 4.2. Ức chế ngược 202 4.3. Ức chế dinh dưỡng 204 5. Công nghệ di truyền 205 VI. Các quá trình tách chiết và tinh sạch protein 207 1. Thu hồi protein 209 1.1. Thu hồi các protein ngoại bào 209 1.2. Thu hồi . dụng của công nghệ sinh học 9 3.1. Công nghệ sinh học trong nông nghiệp 9 3.2. Công nghệ sinh học trong y dược 10 3.3. Công nghệ sinh học công nghiệp. tổng quát 6 1.1. Công nghệ sinh học truyền thống 7 1.2. Công nghệ sinh học hiện đại 7 2. Nội dung khoa học của công nghệ sinh học 7 3. Các lĩnh