Giới thiệu về tin sinh học

GIớI THIệU Về TIN SINH HọC NỘI DUNG I. GIỚI THIỆU 1. M t s khái ni mộ ố ệ 2. Phân tích trình tự 3. B t c p trình tắ ặ ự II. HƯỚNG NGHIÊN CỨU CHÍNH 1. Phân tích và b t c p trình tắ ặ ự 2. Gi i thích v b gen ng iả ề ộ ườ 3. Tính toán quá trình ti n hoá c a sinh v tế ủ ậ 4. Đo s đa d ng sinh h cự ạ ọ 5. D đoán c u trúc genự ấ III. GIỚI THIỆU MỘT SỐ CSDL I. GIỚI THIỆU Tin sinh h c (Bioinformatics)ọ : Là 1 lĩnh v c ự khoa h c s d ng các công ngh c a các ngành ọ ử ụ ệ ủ khoa h c khác nh : ọ ư Ứng dụng toán học; sinh h c; ọ Thống kê; Khoa học máy tính Để giải quyết vấn đề sinh học ở cấp độ phân tử  Là khoa h c qu n lý và phân tích DL sinh h c s ọ ả ọ ử d ng các k thu t máy tính.ụ ỹ ậ  M c tiêu: Phát hi n ra nh ng hi u bi t m i v ụ ệ ữ ể ế ớ ề sinh h c; đ ng th i t o cái nhìn t ng quát và ọ ồ ờ ạ ổ th ng nh t trong các v n đ c a sinh h cố ấ ấ ề ủ ọ  Thu th p, l u tr , phân tích, tích h p thông tin ậ ư ữ ợ sinh h c và di truy n đ khai thác các thông tin ọ ề ể m t cách h p lýộ ợ  Là c s h t ng c a sinh h c phân tơ ở ạ ầ ủ ọ ử  Phân tích và gi i thích các lo i ả ạ DL sinh h c nh : nucleotide; ọ ư trình t acid amin; ch c năng và ự ứ c u trúc c a protein.ấ ủ  Phát tri n các thu t toán m i và ể ậ ớ th ng kê s li u đ đánh giá các ố ố ệ ể thông tin sinh h c và m i quan ọ ố h gi a các thành viên trong c ệ ữ ơ s d li u l n.ở ữ ệ ớ  Phát tri n và th c hi c các công ể ự ệ c cho phép truy c p hi u qu và ụ ậ ệ ả qu n lý các lo i thông tin khác ả ạ nhau trong lĩnh v c sinh h c.ự ọ I. GIỚI THIỆU  DNA  RNA  Protein  Trình tự  C u trúcấ  Tính ti n hoáế  S t ng tácự ươ  Đ t bi nộ ế  Nucleic acid: là v t ch t thông tin mang di ậ ấ truy n c a các h th ng s ng.ề ủ ệ ố ố  Nhóm Phosphate  Đ ng Pentoseườ  1 nitrogen base(A(adenine); G(Guanine); T(thymine); C(Cytosime); U(Uraeicl))  Nucleic acid g m 2 lo i phân t có c u t o gi ng ồ ạ ử ấ ạ ố nhau:  DNA (Deoryribonucleic)  RNA(Ribonucleic acid) 1. Một số khái niệm 6 DNA mRNA Protein Gen 1. Một số khái niệm  Gen là m t đo n DNA đ m b o cho vi c t o ra m t ộ ạ ả ả ệ ạ ộ polypeptide, nó bao g m c ph n phía tr c là vùng 5’ ồ ả ầ ướ không d ch mã (5’ untranslation) hay còn g i là vùng ị ọ ng c h ng (upstream) và phía sau là vùng 3’ không ượ ướ d ch mã (3’ untranslation) hay còn g i là vùng cùng ị ọ h ng (downstream) c a vùng mã hóa cho protein, và ướ ủ bao g m c nh ng đo n không mã hóa (intron) xen gi a ồ ả ữ ạ ữ các đo n mã hóa (exon). ạ 1. Một số khái niệm  DNA: là m t chu i xo n kép, ộ ỗ ắ m i s đ n là 1 chu i ỗ ợ ơ ỗ nucleotide. ATCG  DNA th ng đ c coi là v t ườ ượ ậ li u di truy n c p đ phân t ệ ề ở ấ ộ ử tham gia quy t đ nh các tính ế ị tr ng. Trong quá trình sinh ạ s n, phân t DNA đ c nhân ả ử ượ đôi và truy n cho th h sau.ề ế ệ 5' C-G-A-T-T-G-C-A-A-C-G-A-T-G-C 3' | | | | | | | | | | | | | | | 3' G-C-T-A-A-C-G-T-T-G-C-T-A-C-G 5' 1. Một số khái niệm-DNA  Phân tích trình t đ n gi nự ơ ả  Tìm ki m trong CSDLế  Phân tích t ng c pừ ặ  Tìm hi u các vùng đi u ti t Genể ề ế  Tìm ki m genế  Chú thích gen  Tính toán b gen di truy n( phân tích gi a các ộ ề ữ loài và ch ng loài)ủ 1. Một số khái niệm-DNA  Có c u t o gi ng DNA. ấ ạ ố  Khác nhau: RNA là chu i ỗ đ nơ  T đ c thay th b ng Uượ ế ằ  Có 3 lo i: mRNA; tRNA; ạ rRNA 1. Một số khái niệm-RNA CCTGAGCCAACTATTGATGAA PEPTIDE CCUGAGCCAACUAUUGAUGAA  Tìm hi u c u trúcể ấ  S n i ghép các bi n thự ố ế ể  Bi u hi n c a mô c thể ệ ủ ụ ể  Cung c p d li u th c ấ ữ ệ ự nghi m liên quan t i ệ ớ hàng ngàn gen cùng lúc [...]... đề  cột  của  1  ma  trận  2  chiều.  Nếu  2  nucleotide  giống  nhau  thì  điền  vào  1  dấu  chấm Sự bắt cặp được xác định bằng 1  đường từ trái sang phải Ưu  điểm:  Có  thể  làm  sáng  tỏ  thông  tin về sự tiến hoá của các trình tự Nhược điểm: ma trận điểm có thể trở  nên  lộn  xộn  và  có  thể  không  các  định  được sự bắt cặp tốt nhất có thể MA TRậN ĐIểM VÀ KHOảNG TRắNG  Mục tiêu: tìm sự bắt ... là các exon, còn các vùng nằm giữa các exon tương ứng với các intron (mặc dù, nguyên tắc cắt intron khác nhau có thể sử dụng một exon không có mặt trong cDNA hay EST được giải mã trình tự) Các thông tin giải mã trình tự cDNA và EST cũng giúp tìm được sự liên kết giữa các contig, giữa các đoạn khung và giữa chúng với nhau KẾT LUẬN  2 PHÂN TÍCH TRÌNH Tự    Trình tự DNA xác định trình tự protein...1 Một số khái niệm-Protein     Tìm hiểu hệ ptotein của 1 sinh vật Cấu trúc 2D; 3D của ptotein Gồm nhiều acid amin Có 20 loại acid amin: CDEFGHIKLMNPQRSTVWY Mối liên hệ giữa DNA-RNA-Protein  2 PHÂN TÍCH TRÌNH Tự    So  sánh  trình  tự  sắp  xếp  để  tìm ra chuỗi tương tự  . GIớI THIệU Về TIN SINH HọC NỘI DUNG I. GIỚI THIỆU 1. M t s khái ni mộ ố ệ 2. Phân tích trình tự 3. B t c p trình tắ ặ. ườ 3. Tính toán quá trình ti n hoá c a sinh v tế ủ ậ 4. Đo s đa d ng sinh h cự ạ ọ 5. D đoán c u trúc genự ấ III. GIỚI THIỆU MỘT SỐ CSDL I. GIỚI THIỆU Tin sinh h c (Bioinformatics)ọ : Là 1 lĩnh. c khác nh : ọ ư Ứng dụng toán học; sinh h c; ọ Thống kê; Khoa học máy tính Để giải quyết vấn đề sinh học ở cấp độ phân tử  Là khoa h c qu n lý và phân tích DL sinh h c s ọ ả ọ ử d ng các k