Đang tải... (xem toàn văn)
Là phần mềm viết công thức hóa học khá mạnh, sử dụng miễn phí, với một tập tin duy nhất là: draw24.exe có kích thước 7,24Mb (chương trình đã có kèm theo một số plugin hỗ trợ như Wiew in RasMol hay Generate Name with AutoNom). Để chuyển các cấu trúc dưới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3 chiều) cần cài đặt plugin 3ddraw của ACD
Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V Phần mềm ISIS Draw Version 2.4 Giới thiệu Là phần mềm viết công thức hóa học khá mạnh, sử dụng miễn phí, với một tập tin duy nhất là: draw24.exe có kích thớc 7,24Mb (chơng trình đã có kèm theo một số plug-in hỗ trợ nh Wiew in RasMol hay Generate Name with AutoNom). Để chuyển các cấu trúc dới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3 chiều) cần cài đặt plug-in 3ddraw của ACD I. cài đặt 1. Nhắp đúp vào biểu tợng để bắt đầu tiến hành cài đặt. Hình 1: Chọn Next để tiếp tục các bớc cài đặt 2. Tiếp tục chọn Yes và Next để tiếp tục quá trình cài đặt. Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 12 Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V Hình 2: Chọn Yes để cài đặt phần gọi tên tự động 3. Chọn Finish để kết thúc quá trình cài đặt Itiếp tục quá trình cài đặt. Hình 3: Chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt ISIS/Draw 4. Chọn Next và Yes để tiếp tục cài đặt phần gọi tên tự động, sau đó chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt phần gọi tên tự động. Hình 4: Chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt AutoNom Standard II. Cài đặt Muốn chuyển công thức từ 2D sang 3D ở cả hai phiên bản đều phải cài đặt thêm B ớc 1: Nhắp đúp vào biểu tợng để cài đặt chơng trình B ớc 2: Khởi động chơng trình ISIS Draw 2.4 (cài từ trớc). B ớc 3: chọn Add-in Manager từ Menu Options (hình 1) Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 13 Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V Nhắp chuột chọn Installation (hình 2), sau đó chọn Install an Add-in (hình 3) Chọn đờng dẫn đến ACDFREE đã đợc cài trên ổ cứng, nhắp chuột vào Open sau đó nhắp chuột để tiếp tục các xác nhận. Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 14 Hình 1: Chọn Add-in Manager từ Menu Options Hình 2: chọn Installation từ hộp thoại Hình 3: Chọn Install an Add-in từ hộp thoại Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V 1. Nhắp đúp vào biểu tợng để cài lên ổ cứng 2. Khởi động chơng trình ISIS/DRAW 2.4 hoặc 2.5. 3. Vào Menu Option\Add-in và tìm File 3D vừa cài đặt ở bớc 4 (Thao tác theo hớng dẫn) II. Hớng dẫn sử dụng tuy nhiên tải thêm một plug-in plug-in 3ddraw của ACD và cài đặt để chuyển các cấu trúc dới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3 chiều). Để cài đợc Plug-in này ta tiến hành theo các bớc sau: B ớc 1: Cài đặt chơng trình 3ddraw (có biểu tợng nh hình vẽ). B ớc 2: Khởi động chơng trình ISIS Draw (đã cài từ trớc), chọn Add-in Manager từ Menu Options (hình 1) Nhắp chuột chọn Installation (hình 2), sau đó chọn Install an Add-in (hình 3) Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 15 Hình 1: Chọn Add-in Manager từ Menu Options Hình 4: Chọn đờng dẫn để cài đặt Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V Chọn đờng dẫn đến ACDFREE đã đợc cài trên ổ cứng, nhắp chuột vào Open sau đó nhắp chuột để tiếp tục các xác nhận. 2. Khởi động chơng trình: Cách 1: Nắp đúp vào biểu tợng trên màn hình Cách 2: Start>Programs> ISIS Draw 2.4 Standlone> ISIS Draw 2.4 3. Màn hình làm việc của chơng trình: Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 16 Hình 2: chọn Installation từ hộp thoại Hình 3: Chọn Install an Add-in từ hộp thoại Hình 4: Chọn đờng dẫn để cài đặt Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V 4. Nội dung thanh công cụ: 5. Một số ví dụ: a) Biễu diễn phân tử toluen: - Vẽ vòng benzen (dùng công cụ vẽ vòng benzen) - Vẽ liên kết đơn (dùng công cụ Single Bond). - Ghi kí hiệu nhóm nguyên tử - CH 3 (dùng công cụ Atom). Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 17 Hình 5: Màn hình làm việc của chơng trình Hình 6: Biểu tợng các công cụ trên thanh ngang Hình 7: Biểu tợng các công cụ trên thanh dọc Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V CH 3 - Có thể đọc tên tự động (sau khi dùng công cụ chọn toàn bộ phân tử, rồi nhấp vào phần đọc tên tự động. Có thể chuyển công thức vừa vẽ thành công thức không gian 3 chiều với Plug-in 3ddraw của ACD đã cài đặt (nh hớng dẫn ở trên) hoặc sử dụng Plug-in Rasmol đã tích hợp khi cài phiên bản ISIS Draw 2.4. - Sử dụng 3ddraw: Dùng công cụ lựa chọn để chọn phân tử, sau đó chọn ACD 3D Viewer từ Menu Object. Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 18 Hình 8: Công thức sau khi đã hoàn thành Hình 9: Chọn ACD 3D Viewer từ Menu Object Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V Nhấp chuột trái vào biểu tợng (3D-Optimize) để tối u hóa cách sắp xếp trong không gian của phân tử. Sau đó chọn các kiểu biểu diễn phân tử nh: sticks (hình que), spacefill (mô hình đặc) Ví dụ nếu ta chọn mô hình đặc sẽ thu đợc hình sau a. Ví dụ 2: Vẽ phân tử phenolphtalein Bớc 1: Vẽ vòng benzen, dùng công cụ vẽ vòng benzen. Bớc 2: Vẽ vòng 5 cạnh: Dùng công cụ vẽ vòng 5 cạnh (nhấp vào bên phải của vòng benzen) Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 19 Hình 10: Hiển thị ban đầu trong ACD 3D Hình 11: Chọn các kiểu hiển thị phân tử từ thanh công cụ Hình 12: Phân tử toluen dạng hình cầu đặc Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V Bớc 3: Thêm 2 nhóm thế: Dùng công cụ vẽ nối đơn, liên tục. Bứôc 4: Vẽ thêm hai vòng benzen: Dùng công cụ vẽ vòng benzen Bứôc 5:Thêm các nhóm thế, Dùng công cụ vẽ nối đơn và nối đôi Bớc 6: Thêm các kí hiệu nguyên tố, nhóm chức và tên: Dùng công cụ vẽ nguyên tử O OH OH O Phân tử phenolphtalein b. Ví dụ 3: Vẽ sơ đồ biến đổi cấu tạo dẫn đến biến đổi màu sắc của phenolphtalein trong các môi trờng axit, trung tính, kiềm loãng và kiềm đặc. Ban khoa giỏo Trng trung cp Phng Nam 20 Híng dÉn sö dôn phÇn mÒm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ OH C O C O OH OH C O C OH OOH H OH C O C OH H OO C C OO O OH H H O OH O C H OO C O O OH Phenolphtalein (I) (II) Lacton Khong mau Khong mau - Mau hong (III) - Mau do tim (IV) - + + Quinon phenolat - _ - - - - dac Khong mau Nh vËy trong kiÒm ®Æc phenolphtalein kh«n (trong file nén gồm có 2 file hướng dẫn sử dụng và hướng dẫn cài đặt do đó hiển trị trên màm hình 1 trong 2 file này) Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 21 . hộp thoại Hình 4: Chọn đờng dẫn để cài đặt Hớng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. o Anh V 4. Nội dung thanh công cụ: 5. Một số ví dụ: a) Biễu diễn phân tử toluen: - Vẽ vòng benzen (dùng công cụ