Độc tố (toxin) là các vũ khí sinh học có bản chất protein hoặc không phải protein được sản xuất bởi vi khuẩn nhằm tiêu diệt các tế bào vật chủ. Các ví dụ về độc tố không phải protein là nội độc tố (LPS) của các vi khuẩn Gram âm và teichoic acid của các vi khuẩn Gram dương. Các độc tố bản chất protein (ngoại độc tố) thường là các enzyme đi vào tế bào có nhân bằng hai phương thức: (1) tiết vào môi trường lân cận hoặc (2) trực tiếp bơm vào bào tương của tế bào vật chủ thông qua hệ thống tiết loại III (type III secretion system) hoặc một số cơ chế khác. Các ngoại độc tố vi khuẩn có thể tạm chia thành 4 loại chính dựa trên thành phần cấu trúc amino acid cũng như chức năng của chúng: Độc tố A-B, Độc tố tiêu protein, Độc tố hình thành lỗ thủng, và Các độc tố khác. Một số chủng vi khuẩn có độc tố A-B là P. aeruginosa, E. coli, Vibrio cholerae, Corynebacterium diphtheria và Bordetella pertussis. Các độc tố A-B có hai phần: tiểu đơn vị A có hoạt tính enzyme vàtiểu đơn vị B chịu trách nhiệm gắn và đưa độc tố vào tế bào vật chủ. Hoạt tính enzyme của tiểu đơn vị A có thể có hoạt tính tiêu protein ví dụ như độc tố tetanus và botulinum hoặc có hoạt tính ADP ribosyl hóa (ADP ribosylating activity) như độc tố của vi khuẩn tả, ho gà, bạch hầu và độc tố A của trực khuẩn mủ xanh. Các độc tố tiêu protein phá hủy các protein vật chủ đặc hiệu gây nên những đặc tính lâm sàng riêng của bệnh. Ví dụ độc tố botulinum của Clostridium botulinum, độc tố tetanus của Clostridium tetani, elastase và protease IV của P. aeruginosa. Độc tố botulinum được đưa vào bằng đường tiêu hóa và gây nên liệt mềm (flaccid paralysis) các dây thần kinh ngoại biên trong khi độc tố tetanus hình thành ở các vết thương sâu và gây nên liệt cứng (spastic paralysis) do ảnh hưởng đến thần kinh trung ương. Elastase và protease IV của trực khuẩn mủ xanh phả hủy các chất cơ bản của tế bào, cho phép nhiễm trùng lan tỏa đến các khu vực rộng hơn. Các độc tố phá vỡ màng tế bào hiện diện ở một số vi khuẩn. Độc tố này có khả năng tạo lỗ thủng trên màng tế bào vật chủ gây ly giải tế bào. Càng ngày càng có nhiều độc tố tạo lỗ thủng màng tế bào được phát hiện ở các vi khuẩn Gram âm như họ RTX (Repeat arginine Threonine X motif). Mặc dù cơ chế tạo lỗ thủng giống nhau ở các thành viên của họ này, các tế bào đích lại khác nhau. Các độc tố khác bao gồm: các protein dạng enzyme thủy phân globulin miễn dịch A (immunoglobulin A protease-type protein), các độc tố bền với nhiệt hoạt hóa Guanylate cyclase và các độc tố làm thay đổi khung nâng đỡ (cytoskeleton) của tế bào vật chủ. Như vậy, vi khuẩn có khả năng sử dụng nhiều phương thức khác nhau nhằm phá hủy các con đường truyền tin cũng như tính toàn vẹn cấu trúc của tế bào để thiết lập và duy trì nhiễm trùng. Hiện nay y học đã bắt đầu hiểu được cơ chế phân tử của các tác động do độc tố. Điều đáng mừng là một số các độc tố quan trọng trên đây có chung những motif cấu trúc và sinh hóa. Chúng ta có thể lợi dụng đặc điểm này để phát triển các phương pháp trị liệu trong tương lai và các phương pháp này có thể hiệu quả chống lại nhiều vi khuẩn khác nhau. . Các ngoại độc tố vi khuẩn có thể tạm chia thành 4 loại chính dựa trên thành phần cấu trúc amino acid cũng như chức năng của chúng: Độc tố A-B, Độc tố tiêu protein, Độc tố hình thành. độc tố không phải protein là nội độc tố (LPS) của các vi khuẩn Gram âm và teichoic acid của các vi khuẩn Gram dương. Các độc tố bản chất protein (ngoại độc tố) thường là các enzyme đi vào. thủng, và Các độc tố khác. Một số chủng vi khuẩn có độc tố A-B là P. aeruginosa, E. coli, Vibrio cholerae, Corynebacterium diphtheria và Bordetella pertussis. Các độc tố A-B có hai phần: