Phân tích hệ gen các chủng virut HAdV gây bệnh đau mắt đỏ ở Việt Nam Phân tích hệ gen các chủng virut HAdV gây bệnh đau mắt đỏ ở Việt Nam
mã Gen Vị trí
Phân tích tốc độ tiến hóa hệ gen các chủng virut HAdV ở Việt Nam so với chủng gốc
Phân tích mức độ tiến hóa của chủng HAdV-8 phân lập ở Việt Nam
Trình tự hệ gen của các chủng virut HAdV-8 phân lập tại Việt Nam (VN2017) được so sánh với các trình tự hệ gen chủng HAdV-8 phân lập ở các nước trên thế giới như Mỹ (KT340055.1, KT340057.1-KT340070.1, KF429751.1, KF268321.1, KF268205.1), Đức
(KP016729.1, KP016731- KP016733.1, KP016735.1- KP016742.1, KT340055.1, KT340071.1), A rập xê út (AB897885.1), Nhật bản (LC312461.1, LC312462.1) Kết quả chỉ ra mức độ tương đồng rất cao (trên 99%) Trong đó, chủng có mức độ tương đồng lớn nhất thuộc về HAdV-8 phân lập tại Nhật Bản (LC312461.1) với mức độ tương đồng lên đến 99.8% (chỉ sai khác 81 cặp nu); và chủng có mức độ tương đồng thấp nhất với chủng HAdV-8 phân lập tại Mỹ (KF268205.1) với mức độ tương đồng là 99.07% (có sự sai khác ở 326 cặp nucleotit) Cây chủng loại phát sinh được xây dựng dựa trên các trình tự so sánh này chỉ ra vị trí chính xác và mối quan hệ tiến hóa của chủng HAdV-8 ở Việt Nam với các nước khác trên thế giới (Hình S1 thuộc Phụ Lục 2.2)
Mặc dù, hệ gen VN2017 có mức độ tương đồng rất cao với các chủng HAdV-8 trên thế giới (Hình S2 thuộc Phụ Lục 2.2) nhưng chúng tôi cũng vẫn phát hiện ra 34 vị trí biến đổi nucleotit đặc trưng, không xuất hiện ở bất kỳ chủng nào trên thế giới, trong đó có 10 vị trí dẫn đến những thay đổi axit amin (Bảng S5 Phụ Lục 2.2) Điều này chứng tỏ, mặc dù hệ gen các chủng
HAdV-8 rất bảo thủ, nhưng chúng luôn tích lũy các biến đổi theo thời gian Do đó, việc nghiên cứu, theo dõi sự biến đổi hệ gen của chủng HAdV-8 đang lưu hành phổ biến ở Việt Nam là hết sức cấp thiết
Phân tích mức độ tiến hóa của chủng HAdV-3 phân lập ở Việt Nam
Hiện nay, số lượng trình tự hệ gen HAdV-3 đã được công bố trên thế giới rất hạn chế chỉ có 4 trình tự trên ngân hàng gen (Genbank) Trong khi đó, việc giải trình tự hệ gen các chủng HAdV-3 ở các vùng địa lý khác nhau trên thế giới là rất cần thiết cho việc theo dõi và kiểm soát sự biến đổi của các virut HAdV-3 trong tương lai Việc có ít công bố hệ gen HAdV-3 trên
12 Genebank có thể gây hạn chế khả năng phân tích tiến hóa hệ gen của chủng HAdV-3 phân lập tại
Đánh giá về các kết quả đã đạt được và kết luận
Trong đề tài này chúng tôi đã hoàn thành được những mục tiêu đặt ra:
13 2 Đã phát hiện được 67 mẫu bệnh phẩm dương tính với HAdV và đã định loại được các virut
Đã giải trình tự được hệ gen của hai chủng HAdV bổ biến nhất ở bệnh nhân đau mắt đỏ là HAdV-8 và HAdV-3
5 Đã phân tích những đặc điểm tiến hóa hệ gen của hai chủng HAdV-8 và HAdV-3 Các kết quả này được các nhà khoa học quốc tế (tham gia bình duyệt bài báo khoa học ISI của đề tài) đánh giá cao
Những kết quả đạt được của chúng tôi đáp ứng yêu cầu đặt ra ban đầu khi thực hiện đề tài nghiên cứu QG.17.19
Tóm tắt kết quả (tiếng Việt và tiếng Anh) Tiếng Việt
Trong nghiên cứu này, 122 mẫu dịch mắt được thu từ các bệnh nhân đau mắt đỏ nghi nhiễm HAdV ở bệnh viện Mắt Trung Ương được thu thập và nghiên cứu Trong 120 mẫu phân tích bằng PCR, có 67 mẫu dương tính với HAdV trong đó có 3 mẫu HAdV-3 (4.5%), 1 mẫu HAdV-4 (1.5%), 2 mẫu HAdV-7 (3.0%), 56 mẫu HAdV-8 (86.5%), 1 mẫu HAdV-37 (1.5%), và 2 mẫu nghi là mẫu tái tổ hợp giữa chủng HAdV-8 và chủng HAdV-3 (3.0%) Ba chủng HAdV-3, HAdV-7 và HAdV-8 phổ biến nhất tại Việt Nam đã được phân lập và lưu dữ ở -80 o C Phân tích hệ gen chủng HAdV-8 của Việt Nam cho thấy chủng này có mức độ tương đồng hệ gen rất cao so với chủng HAdV-8 của Nhật Bản (99.80%), Saudi Arabia (99.80%), Đức (99.78%), và Mỹ
(99.79%) Kết quả này chỉ ra rằng chủng HAdV-8 đang lưu hành phổ biến tại Việt Nam là chủng có phân bố rộng, đang gây bệnh ở nhiều nơi trên thế giới với mức độ bảo thủ hệ gen rất cao Hệ gen HAdV-3 phân lập tại Việt Nam cũng cho mức độ bao thủ cao khi so sánh với các hệ gen HAdV-3 trên thế giới Tuy nhiên, vẫn có một số biến đổi phân bố trên toàn bộ hệ gen chủng
HAdV-3 và HAdV-8 Điều này cho thấy các chủng vi rút này tiếp tục biến đổi và cần phải có biện pháp điều tra và theo dõi thường xuyên sự biến đổi hệ gen của chúng nhằm có biện pháp phòng chống nguy cơ xuất hiện các chủng mới gây dịch.
Tiếng Anh
Adenoviral conjunctivitis is a common epidemic eye infection worldwide In Vietnam, up to 80,000 patients are infected with adenoviral conjunctivitis annually However, there are few investigations on the pathogenic adenoviruses of conjunctivitis Totally, 120 eye-swab samples were collected from patients with viral conjunctivitis symptoms in Hanoi, Vietnam from 2017 to 2019 HAdV was detected in 67 samples (55.83%) using polymerase chain reaction amplification of at least one of three HAdV-specific marker genes (hexon, penton, and fiber) DNA sequence analysis and phylogenetic tree building based on partial hexon, penton, and fiber sequences revealed six different HAdV types associated with conjunctivitis in Hanoi, including HAdV-3
14 (4.5%), HAdV-4 (1.5%), HAdV-7 (3.0%), HAdV-8 (86.5%), HAdV-37 (1.5%), and a potential recombinant type between types HAdV-8 and HAdV-3 (3.0%) This showed that HAdV-8 is the most common type identified in Hanoi Complete genome analysis of HAdV-8 isolated from a Vietnamese patient (VN2017) using Sanger sequencing revealed high nucleotide sequence homology with HAdV-8 genomes isolated from Japan (99.80%), Saudi Arabia (99.80%), Germany (99.78%), and USA (99.79%) This suggests that genomes of common HAdV-8 strains circulating in many parts of the world are highly conserved; this may give useful insight to design vaccines or drugs for adenoviral conjunctivitis prevention and treatment Complete genome analysis of HAdV-3 strain isolated from Hanoi Vietnam also showed interesting changes distributed throughout the genome These changes in the genomes of HAdV-3 and HAdV-8 in Vietnam suggest that continuous surveillance of HAdV should be conducted in the future.