Kỹ Thuật - Công Nghệ - Y khoa - Dược - Kinh Doanh - Business Nguyễn Phú Hùng và cs Tạp chí KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 64(02): 91 - 96 91 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http:www.Lrc-tnu.edu.vn BỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KĨ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ ĐỂ ĐÁNH GIÁ SỰ LU HÀNH CỦA MỘT SỐ CHỦNG PSEUDOMONAS AERUGINOSA VÀ STAPHILOCOCCUS AUREUS GÂY NHIỄM TRÙNG BỆNH VIỆN TẠI BỆNH VIỆN ĐA KHOA TRUNG ƠNG THÁI NGUYÊN 1Nguyễn Phú Hùng, 2Nguyễn Đắc Trung 1Trường Đại học Khoa học – ĐH Thái Nguyên, 2Trường Đại học Y-Dược- ĐH Thái Nguyên) TÓM TẮT Ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử là phƣơng pháp có hiệu quả cao trong việc đánh giá bản chấ t di truyền và định loại vi sinh vật. Các phƣơng pháp này ngày càng đƣợc sử dụng rộ ng rãi trong các nghiên cứu y sinh học, kiểm soát sự lƣu hành của các vi sinh vật gây bệnh. Trong nghiên cứu này, từ các 4 chủng P. aeruginosa và 4 chủng S. aureus đã đƣợc phân lập tại bệnh viện Đa khoa Trung ƣơng Thái Nguyên, chúng tôi tiến hành phân tích sự tƣơng đồng trong cấu trúc genome giữa các chủng của mỗi loài bằng kỹ thuật RAPD nhằm xác định sơ bộ xem thực chất có bao nhiêu chủng khác nhau về cấu trúc di truyền trong số các chủng đƣợc phân lập. Sau đó, tiến hành nhân gen 16S - rRNA của các chủng bằng kỹ thuật PCR nhằm phục vụ cho việc đọc trình tự và định tên chủng bằng phân loại học phân tử . Kết quả, bằng kỹ thuật RAPD với việc sử dụng các mồi ngẫu nhiên khác nhau, chúng tôi đã xác định đƣợc có thể có 2 chủng P. aeruginosa và 3 chủng S. aureus khác nhau có mặt trong số các chủng phân lập tại bệnh viện. Bằng kỹ thuật PCR, chúng tôi đã khuếch đại thành công đoạn gen mã hóa cho 16S - rRNA thuộc các chủng đã đƣợc xác định. Từ khóa: Tương đồng di truyền, RAPD, PCR, Nhiễm trùng bệnh viện. ĐẶT VẤN ĐỀ Nhiễm trùng bệnh viện (NTBV) là trƣờ ng hợp nhiễm trùng mắc phải trong bệnh việ n khi nằm điều trị, làm việc hoặc chăm sóc bệnh nhân. Theo thống kê, số ngƣời bị mắc NTBV ngày càng tăng, không chỉ riêng ở các bệnh viện Việt Nam mà đây còn là thực trạng chung đối với nhiều bệnh viện trên thế giới. Các tác nhân gây NTBV thƣờ ng là các vi sinh vật nhƣ vi khuẩn, virus, các loạ i ký sinh trùng và nấm. Khoảng 90 trong số đó là vi khuẩn. Trong đó, Pseudomonas aeruginosa và Staphylococcus aureus đƣợc đánh giá là các đối tƣợng gây NTBV hàng đầu và rấ t nguy hiểm. Nhiễm trùng do P. aeruginosa và S. aureus rất khó điều trị vì chúng có khả năng đề kháng cao với các loại thuốc sát khu ẩn cũng nhƣ hầu hết các loại kháng sinh thông dụng. Đây là các loại vi khuẩn có độc lự c cao và gây nhiễm trùng cơ hội nguy hiểm. Vì vậy, công tác đánh giá sự lƣu hành của các vi sinh vậ t gây NTBV nói chung, của P. aeruginosa và S. aureus nói riêng là vấn đề đặc biệt quan trọng đối với tất cả các bệnh viện trên toàn thế giớ i. Tại Việt Nam, vấn đề này cũng đang là mối Tel: 0914791904, Email: hungnguyenphugmail.com quan tâm hàng đầu. Trong bài báo này chúng tôi đã bƣớc đầu ứng dụng một số kỹ thuậ t sinh học phân tử nhƣ RAPD và PCR để kiể m soát các vi sinh vật gây NTBV - P. aeruginosa và S. aureus tại bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên. NGUYÊN LIỆU VÀ PHƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Nguyên liệu nghiên cứu là các chủng P. aeruginosa (Pa 34, Pa 45, Pa 47 và Pa 63) và S. aureus (Sa 54, Sa 217.1, Sa 411 và Sa 220) đƣợc phân lập từ bệnh phẩm của các bệ nh nhân bị nhiễm trùng bệnh viện tại bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên do Bộ môn Vi sinh vậ t - Bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên cung cấp. Hóa chất dùng cho tách chiết DNA tổng số và các loại hóa chất chuyên dụ ng dùng cho các kỹ thuật sinh học phân tử có chất lƣợng tố t, do các hãng có uy tín cung cấp. Phương pháp nghiên cứu bao gồm phƣơng pháp tách chiết DNA tổng số từ các chủ ng vi khuẩn làm nguyên liệu cung cấp cho các phản ứng RAPD để phân tích sự tƣơng đồ ng trong cấu trúc genome của các chủng vi khuẩn sau đó tiến hành PCR nhân đoạ n gen mã hóa cho 16S - rRNA với cặp mồi đặc hiệu. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Phân tích sự tƣơng đồng trong cấ u trúc genome giữa cá chủng bằng kỹ thuật RAPD Nguyễn Phú Hùng và cs Tạp chí KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 64(02): 91 - 96 92 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http:www.Lrc-tnu.edu.vn Đối với nhiễm trùng bệnh viện do trực khuẩn P. aeruginosa và vi khuẩn S. aureus, điều đáng lo ngại nhất là các đối tƣợng vi sinh vậ t này có tính biến chủng mạnh với khả năng kháng thuốc rất cao. Với mục đính xác định sơ bộ xác định sơ bộ xem các chủng nghiên cứu đƣợ c phân lập tại bệnh viện Đa khoa Trung ƣơng Thái Nguyên thực chất là thuộc một hay nhiề u chủng khác nhau, chúng tôi đã sử dụng phƣơng pháp phân tích sự tƣơng đồ ng trong cấu genome bằng kỹ thuật RAPD với 5 mồ i ngẫu nhiên: RA36, RA40, RA45, RA142 và RA143. Các phân đoạn ngẫu nhiên bằng kỹ thuật RAPD đƣợc điện di trên gel agarose 2. Kết quả điện di sản phẩm RAPD cho thấy: Đối với tất cả các chủng P. aeruginosa đề u xuất hiện các phân đoạn đƣợc nhân lên giố ng nhau khi tiến hành nhân bản với các mồi RA40, RA45, RA142 và RA143. Riêng đố i với mồi RA36, kết cho thấy có sự khác biệ t trong cấu trúc genome giữa các chủng về số phân đoạn đƣợc khuếch đại. Đối với mồ i này, chủng Pa 47 (đƣờng chạy số 3, hình 2a) xuấ t hiện một phân đoạn đặc trƣng khác biệt vớ i các chủng còn lại. Rất có thể đây là mộ t chủng khác biệt so với các chủng còn lại. Tƣơng tự nhƣ vậy, tất cả các chủng S. aureus cũng đều xuất hiện các phân đoạn đƣợ c nhân bản ngẫu nhiên giống nhau khi sử dụ ng các mồi RA40 và RA46 (hình 1b,1c). Nhƣng khi sử dụng các mồi RA142 và RA143 đã cho thấy có sự khác nhau trong cấ u trúc genome giữa các chủng. Với mồi RA142, ở tất cả các chủng Sa 54, Sa 217.1 và Sa 411 đều xuấ t hiện 3 phân đoạn đƣợc nhân bản giố ng nhau, riêng chủng Sa 220 thì chỉ thấy xuất hiện một phân đoạn duy nhất (hình 2b - đƣờng chạy số 4). Với mồi RA143, ở tất cả các chủng đề u xuất hiện 11 phân đoạn đƣợc nhân bản giố ng nhau, riêng chủng Sa 411 thiếu hụt một phân đoạn so với các chủng còn lại (Hình 2 b - đƣờng chạy số 3). Phân tích kết quả nghiên cứu cho phép chúng tôi rút kết luận sơ bộ nhƣ sau, có ít nhất 2 chủng P. aeruginosa và 3 chủng S. aureus khác nhau trong số các chủng đã phân lập tại bệnh vi ện Đa khoa Trung ƣơng Thái Nguyên. M 1 2 3 4 M 1 2 3 4 M 1 2 3 4 a b c Hình 1. Sự đồng nhất về các phân đoạn RAPD của P. aeruginosa (a - mồi RA40) và S. aureus (b- mồi RA40 và c-RA46) Nguyễn Phú Hùng và cs Tạp chí KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 64(02): 91 - 96 93 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http:www.Lrc-tnu.edu.vn Phân tích sự tƣơng đồng di truyền bằng chƣơng trình phần mềm NTSYST, chúng tôi thu đƣợc bảng hệ số tƣơng đồng di truyền và sơ đồ hình cây đƣợc lập theo hệ số giố ng nhau (Jaccard) và kiểu phân nhóm UPGMA nhƣ sau: Bảng 1. Hệ số tƣơng đồng di truyền giữa 4 chủ ng Pa 34, Pa 45, Pa 47 và Pa 63 Chủng P. aeruginosa Pa 34 Pa 45 Pa 47 Pa 63 Pa 34 100 Pa 45 100 100 Pa 47 93,8 93,8 100 Pa 63 100 100 93,8 100 Bảng 2. Hệ số tƣơ...
Trang 191
BƯỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KĨ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ ĐỂ ĐÁNH GIÁ
SỰ LƯU HÀNH CỦA MỘT SỐ CHỦNG PSEUDOMONAS AERUGINOSA VÀ
STAPHILOCOCCUS AUREUS GÂY NHIỄM TRÙNG BỆNH VIỆN
TẠI BỆNH VIỆN ĐA KHOA TRUNG ƯƠNG THÁI NGUYÊN
1 Nguyễn Phú Hùng, 2 Nguyễn Đắc Trung
1 Trường Đại học Khoa học – ĐH Thái Nguyên,
2Trường Đại học Y-Dược- ĐH Thái Nguyên)
TÓM TẮT
Ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử là phương pháp có hiệu quả cao trong việc đánh giá bản chất
di truyền và định loại vi sinh vật Các phương pháp này ngày càng được sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu y sinh học, kiểm soát sự lưu hành của các vi sinh vật gây bệnh Trong nghiên cứu này, từ
các 4 chủng P aeruginosa và 4 chủng S aureus đã được phân lập tại bệnh viện Đa khoa Trung ương
Thái Nguyên, chúng tôi tiến hành phân tích sự tương đồng trong cấu trúc genome giữa các chủng của mỗi loài bằng kỹ thuật RAPD nhằm xác định sơ bộ xem thực chất có bao nhiêu chủng khác nhau về cấu trúc di truyền trong số các chủng được phân lập Sau đó, tiến hành nhân gen 16S - rRNA của các chủng bằng kỹ thuật PCR nhằm phục vụ cho việc đọc trình tự và định tên chủng bằng phân loại học phân tử Kết quả, bằng kỹ thuật RAPD với việc sử dụng các mồi ngẫu nhiên khác nhau, chúng tôi đã
xác định được có thể có 2 chủng P aeruginosa và 3 chủng S aureus khác nhau có mặt trong số các
chủng phân lập tại bệnh viện Bằng kỹ thuật PCR, chúng tôi đã khuếch đại thành công đoạn gen mã hóa cho 16S - rRNA thuộc các chủng đã được xác định
Từ khóa: Tương đồng di truyền, RAPD, PCR, Nhiễm trùng bệnh viện
*ĐẶT VẤN ĐỀ
Nhiễm trùng bệnh viện (NTBV) là trường
hợp nhiễm trùng mắc phải trong bệnh viện
khi nằm điều trị, làm việc hoặc chăm sóc
bệnh nhân Theo thống kê, số người bị mắc
NTBV ngày càng tăng, không chỉ riêng ở các
bệnh viện Việt Nam mà đây còn là thực trạng
chung đối với nhiều bệnh viện trên thế giới
Các tác nhân gây NTBV thường là các vi sinh
vật như vi khuẩn, virus, các loại ký sinh trùng
và nấm Khoảng 90% trong số đó là vi khuẩn
Trong đó, Pseudomonas aeruginosa và
Staphylococcus aureus được đánh giá là các
đối tượng gây NTBV hàng đầu và rất nguy
hiểm Nhiễm trùng do P aeruginosa và S
aureus rất khó điều trị vì chúng có khả năng đề
kháng cao với các loại thuốc sát khuẩn cũng
như hầu hết các loại kháng sinh thông dụng
Đây là các loại vi khuẩn có độc lực cao và gây
nhiễm trùng cơ hội nguy hiểm Vì vậy, công
tác đánh giá sự lưu hành của các vi sinh vật
gây NTBV nói chung, của P aeruginosa và S
aureus nói riêng là vấn đề đặc biệt quan trọng
đối với tất cả các bệnh viện trên toàn thế giới
Tại Việt Nam, vấn đề này cũng đang là mối
*
Tel: 0914791904, Email: hungnguyenphu@gmail.com
quan tâm hàng đầu Trong bài báo này chúng tôi đã bước đầu ứng dụng một số kỹ thuật sinh học phân tử như RAPD và PCR để kiểm soát
các vi sinh vật gây NTBV - P aeruginosa và
S aureus tại bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên
NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP
NGHIÊN CỨU
Nguyên liệu nghiên cứu là các chủng P aeruginosa (Pa 34, Pa 45, Pa 47 và Pa 63) và
S aureus (Sa 54, Sa 217.1, Sa 411 và Sa 220)
được phân lập từ bệnh phẩm của các bệnh nhân bị nhiễm trùng bệnh viện tại bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên do Bộ môn Vi sinh vật - Bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên cung cấp Hóa chất dùng cho tách chiết DNA tổng số và các loại hóa chất chuyên dụng dùng cho các
kỹ thuật sinh học phân tử có chất lượng tốt,
do các hãng có uy tín cung cấp
Phương pháp nghiên cứu bao gồm phương
pháp tách chiết DNA tổng số từ các chủng vi khuẩn làm nguyên liệu cung cấp cho các phản ứng RAPD để phân tích sự tương đồng trong cấu trúc genome của các chủng vi khuẩn sau
đó tiến hành PCR nhân đoạn gen mã hóa cho 16S - rRNA với cặp mồi đặc hiệu
KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
Phân tích sự tương đồng trong cấu trúc genome giữa cá chủng bằng kỹ thuật RAPD
Trang 2Đối với nhiễm trùng bệnh viện do trực khuẩn
P aeruginosa và vi khuẩn S aureus, điều đáng
lo ngại nhất là các đối tượng vi sinh vật này có
tính biến chủng mạnh với khả năng kháng
thuốc rất cao Với mục đính xác định sơ bộ xác
định sơ bộ xem các chủng nghiên cứu được
phân lập tại bệnh viện Đa khoa Trung ương
Thái Nguyên thực chất là thuộc một hay nhiều
chủng khác nhau, chúng tôi đã sử dụng
phương pháp phân tích sự tương đồng trong
cấu genome bằng kỹ thuật RAPD với 5 mồi
ngẫu nhiên: RA36, RA40, RA45, RA142 và
RA143 Các phân đoạn ngẫu nhiên bằng kỹ
thuật RAPD được điện di trên gel agarose 2%
Kết quả điện di sản phẩm RAPD cho thấy:
Đối với tất cả các chủng P aeruginosa đều
xuất hiện các phân đoạn được nhân lên giống
nhau khi tiến hành nhân bản với các mồi
RA40, RA45, RA142 và RA143 Riêng đối
với mồi RA36, kết cho thấy có sự khác biệt
trong cấu trúc genome giữa các chủng về số
phân đoạn được khuếch đại Đối với mồi này,
chủng Pa 47 (đường chạy số 3, hình 2a) xuất
hiện một phân đoạn đặc trưng khác biệt với
các chủng còn lại Rất có thể đây là một chủng khác biệt so với các chủng còn lại
Tương tự như vậy, tất cả các chủng S aureus
cũng đều xuất hiện các phân đoạn được nhân bản ngẫu nhiên giống nhau khi sử dụng các mồi RA40 và RA46 (hình 1b,1c) Nhưng khi
sử dụng các mồi RA142 và RA143 đã cho thấy có sự khác nhau trong cấu trúc genome giữa các chủng Với mồi RA142, ở tất cả các chủng Sa 54, Sa 217.1 và Sa 411 đều xuất hiện 3 phân đoạn được nhân bản giống nhau, riêng chủng Sa 220 thì chỉ thấy xuất hiện một phân đoạn duy nhất (hình 2b - đường chạy số 4) Với mồi RA143, ở tất cả các chủng đều xuất hiện 11 phân đoạn được nhân bản giống nhau, riêng chủng Sa 411 thiếu hụt một phân đoạn so với các chủng còn lại (Hình 2 b - đường chạy số 3) Phân tích kết quả nghiên cứu cho phép chúng tôi rút kết luận sơ bộ như
sau, có ít nhất 2 chủng P aeruginosa và 3 chủng S aureus khác nhau trong số các chủng
đã phân lập tại bệnh viện Đa khoa Trung ương Thái Nguyên
M 1 2 3 4 M 1 2 3 4 M 1 2 3 4
a b c
Hình 1 Sự đồng nhất về các phân đoạn RAPD của P aeruginosa (a - mồi RA40)
và S aureus (b- mồi RA40 và c-RA46)
Trang 393
Phân tích sự tương đồng di truyền bằng
chương trình phần mềm NTSYST, chúng tôi
thu được bảng hệ số tương đồng di truyền và
sơ đồ hình cây được lập theo hệ số giống
nhau (Jaccard) và kiểu phân nhóm UPGMA
như sau:
Bảng 1 Hệ số tương đồng di truyền giữa 4 chủng
Pa 34, Pa 45, Pa 47 và Pa 63
Chủng
P aeruginosa Pa 34 Pa 45 Pa 47 Pa 63
Pa 47 93,8% 93,8% 100%
Pa 63 100% 100% 93,8% 100%
Bảng 2 Hệ số tương đồng di truyền giữa 4 chủng
Sa 54, Sa 220, Sa 217.1 và Sa 411
Chủng
S aureus
Sa 54 Sa
217.1
Sa
411
Sa 220
Sa 54 100% 100% 91,7% 83,3%
Sa 217.1 100% 100% 91,7% 83,3%
Sa 411 91,7% 91,7% 100% 75%
Sa 220 83,3% 83,3% 75% 100%
Từ kết quả phân tích sơ đồ cây hình 3 cho
thấy, ba chủng pa63, pa54 và pa34 có cùng
một gốc hay nói cách khác 3 chủng này có thể
là một chủng duy nhất nhưng bị nhiễm sang
các bệnh nhân khác nhau Chủng pa47 có thể
thể là chủng khác biệt so với 3 chủng nêu trên
do phân tách thành một nhánh riêng biệt tương tự như vậy, kết quả hình 4 cho thấy có
3 nhánh khác nhau của cây phát sinh chủng loại, rất có thể 4 chủng này thực chất là 3 chủng khác nhau trong đó Sa220 và Sa411 là hai chủng riêng biệt còn Sa54 và Sa217.1 là một chủng duy nhất
Sau khi sơ bộ nhận định số lượng chủng khác nhau bằng kỹ thuật phân tích đa hình RAPD, chúng tôi tiếp tục phân lập gen 16S - rRNA từ các chủng thuộc hai nhóm này nhằm phục vụ cho việc xác định trình tự và định tên chủng bằng các kỹ thuật phân loại học phân tử Đây
là vấn đề đặc biệt quan trọng giúp cho việc kiểm soát các chủng vi sinh vật gây bệnh
Kết quả nhân đoạn gen 16S - rRNA của các chủng nghiên cứu bằng kỹ thuật PCR
Để tiếp tục phân tích, định loại các chủng vi khuẩn nêu trên, chúng tôi tiến hành phản ứng PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu ChF và ChR được thiết kế dựa trên vùng DNA mã hóa cho phân tử 16S – rRNA Trình tự của cặp mồi sử dụng là:
Mồi xuôi:
(ChF):5’AGAGTTTGATCCTGGCTCAG 3’
Mồi ngược (ChR): 5’AAAGGAGGTGATCCA 3’
Hình 2 Sự khác biệt trong cấu trúc genome của một số chủng vi khuẩn: Mồi RA36 đối với chủng P
aeruginosa (a); mồi RA142 (b) và RA143 (c) của các chủng S aureus
M 1 2 3 4 M
a
M 1 2 3 4
b
M 1 2 3 4
c
Trang 40.81 0.85 0.90 0.95 1.00
Sa 54
Sa 217.1
Sa 411
Sa 220
Hình 4 Biểu đồ mô tả quan hệ di truyền của các chủng Sa 54, Sa 217.1, Sa 411, Sa 220
Theo tính toán lý thuyết, cặp mồi này cho
phép nhân đoạn gen mã hóa 16S - rRNA có
kích thước khoảng 1,5kb, nhiệt độ bắt cặp
mồi là 520C Kết quả nhân bản được kiểm
tra bằng phương pháp điện di trên gel
agarose 0,8% (Hình 5 (a) và (b)) Dựa vào
marker chuẩntrong bản điện di, chúngtôi
nhận thấy ở tất cả các chủng nghiên cứu đều
xuất hiện một băng DNA có kích thước
khoảng 1,5 kb, điều này hoàn toàn phù hợp
với tính toán lý thuyết Các băng tương đối
rõ và tập trung, chứng tỏ sản phẩm PCR
tương đối đặc hiệu với đoạn gen mã hóa 16S
- rRNA Sản phẩm PCR tiếp tục được chúng
tôi nhân dòng và đọc trình tự để định
loại tên khoa học của các chủng này Nghiên cứu này chỉ mới chỉ dừng lại ở giai đoạn thử nghiệm trên một vài mẫu bệnh phẩm phân lập từ bệnh nhân Đây là tiền đề để chúng tôi có thể tiến hành khảo sát trên một quy
mô rộng, với lượng mẫu lớn phân lập trên người bệnh khi đang điều trị tại bệnh viện cũng như các mẫu lấy từ dụng cụ y tế, mẫu phân lập từ môi trường xung quanh bệnh viện để có thể có những nhận xét khái quát thành phần các chủng vi sinh vật gây bệnh, mối liên quan giữa các chủng ở các mẫu phân lập khác nhau, trên cơ sở đó
có thể đưa ra những đánh giá về công tác phòng chống nhiễm trùng bệnh viện tại địa điểm nghiên cứu
Hình 3 Biểu đồ mô tả quan hệ di truyền của các chủng Pa 34, Pa 45, Pa 47 và Pa 63
Trang 595
KẾT LUẬN
Bằng kỹ thuật RAPD, với các mồi ngẫu nhiên
chúng tôi đã xác định đƣợc có ít nhất 2 chủng
P aeruginosa và 3 chủng S aureus khác nhau
trong số các chủng đƣợc phân lập tại bệnh
viện Đa khoa Trung ƣơng Thái Nguyên Sau
đó, phân đoạn gen 16S – rRNA đã đƣợc
khuếch đại thành công bằng kỹ thuật PCR,
phục vụ cho đọc trình tự và xác định tên
chủng
TÀI LIỆU THAM KHẢO
[1] Lê Huy Chính (Chủ biên) (2007), Vi sinh
vật học y học, NXB Y học HN, Hà Nội, Tr
218-221
[2] Nguyễn Anh Diệp, Trần Ninh, Nguyễn
Xuân Quýnh (2007), Nguyên tắc phân loại sinh
vật, NXB KH - KT, Hà Nội
[3] Campbell M., Mahenthiralingam E.,
Speert D.P (2000), “Evaluation of random
amplified polymorphic DNA typing of
Pseudomonas aeruginosa”, Journal of Clinical
Microbiology, Erope, Vol 38, No 12, Pp
4614-4615 [4] Maribel O H., Armando G G., Lorenzo
P F., Rafael C.J (2004), “RAPD-PCR
characterization of Pseudomonas aeruginosa
strains obtained from cystic fibrosis patients”, Salud publica de Mexico, Mexico, Vol 46, No 2,
Pp 149-157 [5] Nicole R., Ute R., Henri V and Alex V.B (1996), “Comparative Typing of
Pseudomonas aeruginosa by Random Amplification of Polymorphic DNA or Pulsed-Field Gel Electrophoresis of DNA Macrorestriction Fragments”, Journal of Clinical Microbiology, Erope, Vol 40, No 12, Pp
3190-3195 [6] Philippe L., Stephane W., Laurent M., Nathalie D., Aziz R.L., Alain G and Roland Q
(2004), “Genetic features of Pseudomonas aeruginosa isolates from cystic fibrosis patients
compared with those of isolates from other origins”, The Journal of Medical Microbiology, France, No 53, Pp 73-81
Hình 5 Hình ảnh điện di sản phẩm nhân bản đoạn gen mã hóa cho 16S - rRNA bằng kỹ thuật PCR
của các chủng P aeruginosa (a) và S aureus (b)
M 1 2 3 4
a
M 1 2 3 4
b
Trang 6THE FIRST USING SOME MOLECULAR TECHNIQUES TO EVALUATE
CIRCULATION OF SOME STRAINS OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA
AND STAPHILOCOCCUS AUREUS AT THAI NGUYEN CENTRAL GENERAL
Nguyen Phu Hung 2
College of Science – Thai Nguyen University
SUMMARY
Molecular biology is microorganism-classified methods for quick results, with high accuracy It has widely applied in biomedical research to control of microorganism causing the disease To control that microorganism, the first is determining exactly microbial strain
In this study, from 4 genera P aeruginosa and 4 genera S aureus were isolated at Thai Nguyen
Central General Hospital, we analyzed genome structure of these 4 strains by the RAPD technique to determine how strains differ among these isolated Then, we carried out amplify the 16S - rRNA of the determined strains by PCR technique in order to serve gene sequencing and to name them by molecular biology Result, using RAPD technique with the use of random primers, we may have identified 2 P aeruginosa strains and 3 S aureus strains in the isolated strains at the hospital In addition, by PCR technique, we successfully amplified the coding genes for 16S - rRNA of identified strains
Từ khóa: RAPD, PCR, genetic Similarity, hospital Infections, 16S - rRNA.
2
Tel: 0914791904; Email: hungnguyenphu@gmail.com