Đang tải... (xem toàn văn)
Nguyễn Đồng Tú chủ nhiệm.- Đề tài nhánh “Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử và đặc tínhkháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn tả O1, O139 và V.parahaemolyticus phân lập từ bệnh nhâ
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘYTẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* LẠI VŨ KIM SỰ LƯU HÀNH VÀ KHẢ NĂNG LY GIẢI CỦA THỰC KHUẨN THỂ TẢ (VIBRIOPHAGE) Ở MÔI TRƯỜNG NƯỚC NGOẠI CẢNH TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y TẾ CÔNG CỘNG HÀ NỘI – 2023 BỘYTẾ BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -* -LẠI VŨ KIM SỰ LƯU HÀNH VÀ KHẢ NĂNG LY GIẢI CỦA THỰC KHUẨN THỂ TẢ (VIBRIOPHAGE) Ở MÔI TRƯỜNG NƯỚC NGOẠI CẢNH TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM Chuyên ngành: Y tế công cộng Mã số: 62.72.03.01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y TẾ CÔNG CỘNG Người hướng dẫn khoa học: TS Nguyễn Đồng Tú PGS.TS Đặng Đức Nhu HÀ NỘI – 2023 ii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Đây cơng trình nghiên cứu khoa học riêng tôi, tất kết số liệu luận án tơi thực Tất số liệu trình bày luận án trung thực, phần cơng bố tạp chí khoa học nước Phần lại luận án chưa cơng bố cơng trình nghiên cứu khác Tác giả luận án Lại Vũ Kim iii LỜI CẢM ƠN Lời muốn bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Đồng Tú, Khoa Vi khuẩn, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, PGS TS Đặng Đức Nhu, Khoa Y tế công cộng, Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội người thầy hướng dẫn khoa học, giúp đỡ tôi, tận tình truyền đạt kiến thức kinh nghiệm quý báu để tơi hồn thành luận án Tơi xin chân thành cảm ơn Thầy/Cô Hội đồng khoa học chấm đề cương, chấm chuyên đề luận án đóng góp nhiều ý kiến quý báu để tơi có thêm kiến thức hồn thiện luận án đạt chất lượng tốt Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới Trung tâm Đào tạo Quản lý Khoa học, Bộ môn Y tế công cộng Viện Các Thầy/Cô Trung tâm Bộ môn hướng dẫn, giúp đỡ từ bắt đầu khố học Nghiên cứu sinh, q trình học tập đến hoàn thành luận án Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn sâu sắc đến anh chị bạn Phịng thí nghiệm Vi khuẩn đường ruột, Khoa Vi khuẩn, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương quan tâm, giúp đỡ, hỗ trợ tơi q trình thực nghiên cứu hoàn thành luận án Cuối xin khắc ghi công ơn sinh thành, nuôi dưỡng, dạy dỗ cha mẹ hai bên gia đình; ủng hộ, động viên, thương u, chăm sóc, khích lệ vợ con; anh, chị, em, đồng nghiệp, người bên chỗ dựa vững để tơi n tâm học tập hồn thành luận án iv Nghiên cứu hỗ trợ kinh phí từ đề tài/dự án: - Đề tài quỹ phát triển khoa học công nghệ quốc gia (Nafosted) “Nghiên cứu sản xuất chế phẩm sinh học dùng điều trị xử lý nguồn nước nhiễm chủng vi khuẩn tả đa kháng thuốc” (Mã số: 108.06-2017.04) TS Nguyễn Đồng Tú chủ nhiệm - Đề tài nhánh “Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử đặc tính kháng kháng sinh chủng vi khuẩn tả O1, O139 V parahaemolyticus phân lập từ bệnh nhân tiêu chảy môi trường nước ngoại cảnh” thuộc dự án “Nghiên cứu nâng cao lực nghiên cứu bệnh truyền nhiễm Việt Nam chuyển giao kỹ thuật, công nghệ: 2020-2025” Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương với Trường Đại học Nagasaki, Nhật Bản TS Nguyễn Đồng Tú chủ nhiệm v MỤC LỤC Trang phụ bìa ii LỜI CẢM ƠN iii MỤC LỤC .v CÁC TỪ VIẾT TẮT x DANH MỤC BẢNG .xii DANH MỤC HÌNH/SƠ ĐỒ xiv ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Một số khái niệm liên quan 1.1.1 Bệnh tả 1.1.2 Phẩy khuẩn tả 1.1.3 Dịch lưu hành 1.1.4 Thực khuẩn thể 1.1.5 Thực khuẩn thể tả 1.1.6 Ly giải .5 1.1.7 Môi trường 1.1.8 Môi trường nước ngoại cảnh 1.1.9 Nguồn truyền nhiễm 1.1.10 Đường truyền nhiễm .6 1.2 Tổng quan bệnh tả 1.2.1 Bệnh tả 1.2.1.1 Phương thức lây truyền 1.2.1.2 Tính cảm nhiễm miễn dịch 1.2.1.3 Dịch tễ học vi 1.2.1.4 Phòng bệnh tả vắc xin 1.2.1.5 Kháng kháng sinh 10 1.2.2 Tình hình dịch tả giới Việt Nam 12 1.2.2.1 Tình hình dịch tả giới 12 1.2.2.2 Tình hình dịch tả Việt Nam 13 1.3 Tình hình nghiên cứu lưu hành thực khuẩn thể tả 13 1.3.1 Đặc điểm hình thái, cấu trúc thực khuẩn thể tả 14 1.3.1.1 Thực khuẩn thể tả hình cầu (spherical phages) 14 1.3.1.2 Thực khuẩn thể tả dạng sợi 18 1.3.2 Sự lưu hành thực khuẩn thể thực khuẩn thể tả 20 1.3.3.1 Sự lưu hành thực khuẩn thể 20 1.3.3.2 Sự lưu hành thực khuẩn thể tả 21 1.4 Tình hình nghiên cứu khả ly giải thực khuẩn thể tả 23 1.4.1 Các phương pháp phát đánh giá khả ly giải thực khuẩn thể tả .23 1.4.1.1 Phương pháp phân lập thực khuẩn thể tả từ mẫu nước 23 1.4.1.2 Phương pháp phân lập filamentous phage 23 1.4.1.3 Phương pháp xác định hình dạng thực khuẩn thể tả kính hiển vi điện tử 1.4.1.4 Kỹ thuật PCR 24 24 1.4.1.5 Kỹ thuật Southern blot 26 1.4.1.6 Cách xác định khả ly giải thực khuẩn thể tả 26 1.4.2 Liệu pháp phage 27 1.4.2.1 Liệu pháp phage gì? 28 vii 1.4.2.2 Áp dụng liệu pháp phage 29 1.4.3 Ứng dụng dự phịng, kiểm sốt bệnh/dịch tả .35 1.5 Đặc điểm chung địa bàn nghiên cứu 37 CHƯƠNG PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .39 2.1 Đối tượng, địa điểm, thời gian nghiên cứu .39 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 39 2.1.1.1 Mục tiêu 1: 39 2.1.1.2 Mục tiêu 2: 39 2.1.2 Địa điểm nghiên cứu .39 2.1.2.1 Mục tiêu 39 2.1.2.2 Mục tiêu 41 2.1.3 Thời gian nghiên cứu 42 2.1.3.1 Mục tiêu 42 2.1.3.2 Mục tiêu 42 2.2 Phương pháp nghiên cứu 42 2.2.1 Thiết kế nghiên cứu 42 2.2.2 Cỡ mẫu 42 2.2.3 Chọn mẫu 44 2.3 Biến số nghiên cứu 48 2.4 Phương pháp thu thập thông tin 51 2.4.1 Mục tiêu 51 2.4.1 Mục tiêu 51 2.5 Sai số biện pháp khắc phục 53 viii 2.6 Xử lý, phân tích số liệu 53 2.7 Vấn đề đạo đức nghiên cứu 54 2.8 Sơ đồ nghiên cứu 55 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 56 3.1 Sự lưu hành thực khuẩn thể tả môi trường nước ngoại cảnh số tỉnh miền Bắc Việt Nam, 2018 – 2019 56 3.1.1 Một số đặc điểm chung mẫu nước ngoại cảnh thu thập 56 3.1.2 Kết xét nghiệm mẫu nước, mồi gạc tôm phương pháp nuôi cấy phân lập 57 3.1.3 Kết xét nghiệm mẫu nước bề mặt, mồi gạc tôm phương pháp PCR 65 3.2 Khả ly giải thực khuẩn thể tả phịng thí nghiệm thực địa cộng đồng môi trường nước khác 73 3.2.1 Kết thử nghiệm khả ly giải thực khuẩn thể tả với số chủng vi khuẩn tả vi khuẩn đường ruột khác 73 3.2.2 Khả ly giải thực khuẩn thể điều kiện pha loãng mật độ 77 3.2.3 Khả ly giải thực khuẩn thể với điều kiện pH môi trường khác 78 3.2.4 Khả ly giải thực khuẩn thể với điều kiện nhiệt độ môi trường khác .80 3.2.5 Khả ly giải thực khuẩn thể tả nguồn nước ngoại cảnh cộng đồng, năm 2020 81 CHƯƠNG BÀN LUẬN 86 4.1 Sự lưu hành thực khuẩn thể tả môi trường nước ngoại cảnh .86 4.1.1 Một số đặc điểm chung mẫu nghiên cứu 86 ix 4.1.2 Sự lưu hành thực khuẩn thể tả môi trường nước ngoại cảnh 87 4.2 Khả ly giải thực khuẩn thể tả điều kiện pH, nhiệt độ, mật độ khác .91 4.2.1 Trong phịng thí nghiệm 91 4.2.2 Khả ly giải thực khuẩn thể tả nguồn nước ngoại cảnh cộng đồng 97 4.3 Đề xuất số biện pháp can thiệp để hạn chế bùng phát dịch tả 104 KẾT LUẬN 110 5.1 Sự lưu hành thực khuẩn thể tả môi trường nước ngoại cảnh số tỉnh miền Bắc Việt Nam 110 Khả ly giải thực khuẩn thể tả .110 KHUYẾN NGHỊ 112 CÁC CƠNG TRÌNH LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ĐÃ CÔNG BỐ 113 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC