THÔNG TIN TÀI LIỆU
BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ Hồ Thị Thƣơng NGHIÊN CỨU TẠO KHÁNG NGUYÊN S CỦA VIRUS GÂY BỆNH TIÊU CHẢY CẤP Ở LỢN (PEDV) TRÊN CÂY THUỐC LÁ NICOTIANA BENTHAMIANA CĨ TÍNH SINH MIỄN DỊCH ĐỊNH HƢỚNG TẠO VACXIN THẾ HỆ MỚI LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hà Nội – 2023 iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC VIẾT TẮT vii DANH MỤC BẢNG xi DANH MỤC HÌNH xii MỞ ĐẦU Chƣơng TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Bệnh tiêu chảy cấp lợn 1.1.1 Tình hình dịch bệnh PED giới 1.1.2 Tình hình dịch bệnh PED Việt Nam 1.2 Tác nhân gây bệnh PED 1.2.1 Phân loại PEDV 1.2.2 Đặc điểm hình thái PEDV 1.2.3 Đặc điểm cấu trúc hệ gen chức protein PEDV 1.2.4 Protein S PEDV 1.2.5 Dịch tễ học phân tử chủng PEDV giới 11 1.2.6 Dịch tễ học phân tử chủng PEDV Việt Nam 13 1.3 Vacxin phòng PEDV 15 1.3.1 Vacxin bất hoạt vacxin nhược độc 16 1.3.2 Vacxin tiểu đơn vị 19 1.3.3 Vacxin axit nucleic 22 1.3.4 Các vấn đề tồn phát triển vacxin phòng PEDV 22 1.4 Vacxin tiểu đơn vị có nguồn gốc từ thực vật 24 1.4.1 Hệ thống biểu tạm thời thực vật 24 1.4.2 Vacxin tiểu đơn vị có nguồn gốc từ thực vật phịng PEDV giới 25 1.4.3 Motif GCN4-pII motif IgM 27 1.4.4 Vacxin tiểu đơn vị có nguồn gốc từ thực vật phòng bệnh động vật Việt Nam 30 Chƣơng VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 32 iv 2.1 Vật liệu 32 2.1.1 Chủng vi sinh vật, tế bào plasmid 32 2.1.2 Mồi 33 2.1.3 Nguồn vật liệu thực vật 34 2.1.4 Nguồn vật liệu động vật 34 2.1.5 Hóa chất 34 2.1.6 Thiết bị vật tư 36 2.2 Phƣơng pháp 37 2.2.1 Thu thập thơng tin, tách dịng, tối ưu mã biểu tổng hợp nhân tạo đoạn gen mã hóa protein S 38 2.2.2 Thiết kế vector biểu mang gen mã hóa kháng nguyên tái tổ hợp 39 2.2.3 Biến nạp cấu trúc mang gen mã hóa kháng nguyên tái tổ hợp vào thuốc N benthamiana 41 2.2.4 Phân tích mức độ biểu kháng nguyên tái tổ hợp SDS-PAGE Western blot 42 2.2.5 Tinh phân tích đặc điểm oligomer kháng nguyên tái tổ hợp 43 2.2.6 Nhân nuôi tinh PEDV từ tế bào nuôi cấy 45 2.2.7 Gây đáp ứng miễn dịch chuột 46 2.2.8 Phân tích đáp ứng sinh kháng thể IgG, IgA, IgM đặc hiệu PEDV huyết chuột ELISA 47 2.2.9 Phân tích đáp ứng sinh kháng thể IgG đặc hiệu PEDV huyết chuột Western blot 47 2.2.10 Phân tích khả kích thích sinh cytokine huyết chuột 48 2.2.11 Phân tích khả trung hòa PEDV huyết chuột 48 2.2.12 Gây đáp ứng miễn dịch lợn mẹ công cường độc lợn 48 2.2.13 Gây đáp ứng miễn dịch lợn với kháng nguyên COE–S1D /G2a-pII 49 2.2.14 Phân tích đáp ứng sinh kháng thể IgG IgA đặc hiệu PEDV huyết lợn ELISA 50 2.2.15 Phân tích đáp ứng sinh kháng thể IgG đặc hiệu PEDV huyết lợn Western blot 50 2.2.16 Phân tích khả kích thích sinh cytokine huyết lợn 51 v 2.2.17 Phân tích khả trung hịa PEDV huyết lợn 51 2.2.18 Phương pháp xử lý thống kê 51 Chƣơng KẾT QUẢ 52 3.1 Tạo đánh giá tính sinh miễn dịch kháng nguyên COE/G1apII tái tổ hợp từ chủng PEDV thuộc nhóm G1a 52 3.1.1 Thiết kế cấu trúc vector biểu mang gen mã hóa kháng nguyên COE/G1a-pII tạo chủng A tumefaciens mang vector tương ứng 52 3.1.2 Biểu kháng nguyên COE/G1a-pII tạm thời thuốc N benthamiana 54 3.1.3 Tinh phân tích đặc điểm oligomer kháng nguyên COE/G1a-pII 55 3.1.4 Đánh giá tính sinh miễn dịch kháng nguyên COE/G1a-pII tái tổ hợp chuột 57 3.2 Tạo đánh giá tính sinh miễn dịch kháng nguyên COE/G2apII tái tổ hợp từ chủng PEDV thuộc nhóm G2a gây bệnh Việt Nam 62 3.2.1 Thu thập thơng tin, lựa chọn tách dịng gen mã hóa protein S chủng PEDV gây bệnh Việt Nam 62 3.2.2 Thiết kế cấu trúc vector biểu mang gen mã hóa kháng nguyên COE/G2a-pII tạo chủng A tumefaciens mang vector tương ứng 63 3.2.3 Biểu kháng nguyên COE/G2a-pII tạm thời thuốc N benthamiana 65 3.2.4 Tinh phân tích đặc điểm oligomer kháng nguyên COE/G2a-pII 69 3.2.4.2 Tinh phân tích đặc điểm oligomer kháng nguyên COE/G2a-pII SEC phản ứng liên kết chéo 71 3.2.5 Đánh giá tính sinh miễn dịch kháng nguyên COE/G2a-pII lợn 72 3.3 Tạo đánh giá tính sinh miễn dịch kháng nguyên COE– S1D /G2a-pII, COE/G2a-pII-tp S2/G2a-pII tái tổ hợp từ chủng PEDV thuộc nhóm G2a gây bệnh Việt Nam 82 3.3.1 Thiết kế cấu trúc vector biểu mang gen mã hóa kháng nguyên COE–S1D /G2a-pII, COE/G2a-pII-tp, S2/G2a-pII tạo chủng A tumefaciens mang vector tương ứng 82 vi 3.3.2 Biểu kháng nguyên tái tổ hợp COE–S1D /G2a-pII, COE/G2a-pII-tp S2/G2a-pII tạm thời thuốc N benthamiana 87 3.3.3 Tinh phân tích đặc điểm oligomer kháng nguyên COE–S1D /G2a-pII, COE/G2a-pII-tp S2/G2a-pII tái tổ hợp 91 3.3.4 Đánh giá tính sinh miễn dịch kháng nguyên tái tổ hợp COE– S1D /G2a-pII, COE/G2a-pII-tp S2/G2a-pII chuột 97 3.3.5 Đánh giá tính sinh miễn dịch kháng nguyên COE–S1D /G2a-pII lợn 105 Chƣơng THẢO LUẬN 116 4.1 Mức độ biểu khả thu hồi kháng nguyên tái tổ hợp từ thuốc N benthamiana 116 4.2 Tính sinh miễn dịch kháng nguyên COE/G1a-pII chuột 119 4.3 Tính sinh miễn dịch kháng nguyên COE/G2a pII lợn nái khả bảo hộ lợn chống lại chủng PEDV G2a độc lực cao 120 4.4 Tính sinh miễn dịch kháng nguyên tái tổ hợp COE–S1D /G2a-pII, COE/G2a-pII-tp S2/G2a-pII động vật thí nghiệm 123 4.4.1 Tính sinh miễn dịch kháng nguyên tái tổ hợp COE–S1D /G2a-pII, COE/G2a-pII-tp S2/G2a-pII chuột 105 4.4.2 Tính sinh miễn dịch kháng nguyên tái tổ hợp COE–S1D /G2a-pII lợn 105 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 130 DANH MỤC CÔNG TRÌNH CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 131 TÀI LIỆU THAM KHẢO 132 vii DANH MỤC VIẾT TẮT Tên viết tắt Tên nguyên gốc tiếng anh Tên tiếng việt aa amino acid axit amin A tumefaciens Agrobacterium tumefaciens Agrobacterium tumefaciens Act1-I Rice actin gene - I Gen mã hóa actin lúa 1-I bp Base pair Cặp base Bis[sulfosuccinimidyl] Bis[sulfosuccinimidyl] suberate suberate CaMV Cauliflower mosaic virus Virus khảm súp lơ Co1 M cell-targeting ligand COE CO-26K equivalent CO-26K tương đương CTB Cholera toxin B subunit Tiểu đơn vị độc tố tả B DAB Diaminobenzidine Diaminobenzidine DCpep Dendritic cell peptide Tín hiệu tế bào tua DNA Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic Deoxyribo nucleotide Deoxyribo nucleotit triphosphate triphotphat E coli Escherichia coli Escherichia coli E Elute Dịch chứa protein tinh Enzyme-linked Xét nghiệm hấp thụ miễn immunosorbent assay dịch liên kết với enzyme ELP Elastin-like polypeptide Polypeptit giống Elastin Fc Fragment crystallizable Mảnh kết tinh BS3 dNTP ELISA Phối tử nhắm mục tiêu tế bào M Dịch chảy qua cột sau FT Flow through đưa hỗn hợp dịch chiết thô trộn Ni-sepharose lên cột HA Hemagglutinin Hemagglutinin HR1 Heptad repeat region Vùng lặp lại Heptad HRP Horseradish peroxidase Peroxidaza cải ngựa HR2 Heptad repeat region Vùng lặp lại Heptad viii IFN-γ Interferon gama Interferon gama IgA Immunoglobulin A Globulin miễn dịch A IgG Immunoglobulin G Globulin miễn dịch G IgM Immunoglobulin M Globulin miễn dịch M Immobilized metal ion Sắc ký lực kim loại cố chromatography định INDEL Insertion deletion Chèn thêm, Kb Kilobase Kilobase kDa Kilodalton Kilodalton LB Luria and Bertani Luria Bertani IMAC LTB Heat-labile enterotoxin B subunit Escherichia Enterotoxin B tiểu đơn vị không bền nhiệt Escherichia M Membrane Màng mARN Messenger ribonucleic acid Axit ribonucleic thông tin N benthamiana Nicotiana benthamiana Nicotiana benthamiana NTD N‐terminal domain Miền tận đầu N N Nucleocapsid Vỏ bọc nhân OD Optical density Mật độ quang PBS Phosphate-buffered saline Đệm muối phosphat PCR Polymerase chain reaction Phản ứng chuỗi polymerase PED Porcine epidemic diarrhea Bệnh tiêu chảy cấp lợn Porcine epidemic diarrhea Virus gây bệnh tiêu chảy virus cấp lợn pII GCN4pII GCN4pII PIGS Polymer immunoglobulin G Polymer immunoglobulin G PLGA Poly-lactic-co-glycolic-acid Axit poly-lactic-co-glycolic RAmy3D Promoter rice a-amylase 3D RE Raw extract Dịch thô RT-PCR Reverse transcript polymerase Phản ứng chép chuỗi PEDV Vùng gen khởi động alphaamylase 3D lúa XXIV Phụ lục 27 Sơ đồ vector tách dòng pRTRA-COE/2a-pII-tp Màu xanh lá: Promoter terminator 35S Cauliflower mosaic virus (CaMV); Màu đỏ nâu: LeB4 SP, peptide tín hiệu từ đậu ngựa; Màu tím: COE/G2a; Màu hồng: isoleucine zipper, GCN4pII; tp: màu xanh da trời; Màu vàng: đuôi 6xHis; Màu cam: đuôi c-myc; Màu đỏ: KDEL, peptide định hướng tích lũy lưới nội chất hạt XXV Phụ lục 28 Sơ đồ vector biểu pCB301-COE/2a-pII-tp Vùng gen từ vị trí HindIII (6999) đến vị trí HindIII (5296) chứa cassette biểu bao gồm promoter terminator 35S Cauliflower mosaic virus (CaMV): màu xanh lá; LeB4 SP, peptide tín hiệu từ đậu ngựa: màu đỏ nâu; COE/G2a: màu tím; isoleucine zipper, GCN4pII: màu hồng; đuôi 6xHis: màu vàng; đuôi c-myc: Màu cam; KDEL, peptide định hướng tích lũy lưới nội chất hạt: màu đỏ OriV: điểm khởi đầu chép; nptII: gen kháng kháng sinh kanamycin; TrfA: mã hóa protein khởi đầu chép, cần thiết cho hoạt động OriV; RB: right bolder: vùng biên giới bên phải; Nos promoter: promoter vi khuẩn, chịu trách nhiệm sinh tổng hợp nopaline; nptIII: gen kháng kanamycin; Ter Nos: terminator vi khuẩn, chịu trách nhiệm sinh tổng hợp nopaline; LacZ: mã hóa enzyme phân cắt đường lactose thành đường đơn XXVI Phụ lục 29 Trình tự nucleotit gen mã hóa protein S2/G2a từ chủng NAVET/PEDV/PS6/2010 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 GAGTTGCCTGGTTTCTTCTACCATTCTAATGATGGCTCTAATTGTACAGAGCCTGTGTTGGTGTATAGTAACATAGGTGTTTGTAAATCTGGCAGTATTG S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 GCTATGTCCCATCTCAGTCTGGCCAAGTCAAGATTGCACCCACGGTTACTGGGAATATTAGTATTCCCACCAACTTTAGTATGAGTATTAGGACAGAATA S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 TTTACAGCTTTACAACACGCCTGTTAGTGTTGATTGTGCTACATATGTTTGTAATGGTAACTCTCGTTGTAAACAATTACTCACCCAGTACACTGCAGCA S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 TGTAAGACCATAGAGTCAGCATTACAACTCAGCGCTAGGCTTGAGTCTGCTGAAGTCAACTCTATGCTTACTATTTCTGAGGAGGCTCTACAGTTAGCTA S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 CCATCAGTTCGTTTAATGGTGATGGATATAATTTTACTAATGTGCTGGGTGTTTCCGTGTATGATCCTGCAAGTGGCAGGGTGGTACAAAAAAGGTCTTT S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 CATTGAAGACCTGCTTTTTAATAAAGTGGTTACTAATGGCCTTGGTACTGTTGATGAAGACTATAAGCGCTGTTCTAATGGCCGCTCTGTGGCAGATCTA S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 GTCTGTGCGCAGTATTACTCTGGTGTCATGGTACTACCTGGTGTTGTTGACGCTGAGAAACTTCATATGTATAGTGCGTCTCTCATCGGTGGTATGGTGC S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 TAGGAGGTTTTACTGCAGCAGCTGCATTGCCTTTTAGCTATGCTGTTCAAGCGAGACTCAATTATCTTGCTCTACAGACGGATGTTCTACAGCGGAACCA S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 GCAATTGCTTGCTGAGTCTTTTAATTCTGCTATTGGTAATATAACTTCAGCCTTTGAGAGTGTTAAAGAGGCTATTAGTCAAACTTCTAAGGGTTTGAAC S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 ACTGTGGCTCATGCGCTTACTAAGGTCCAAGAGGTTGTTAATTCGCAGGGTGCAGCTTTGACTCAACTTACCGTACAGCTGCAACACAACTTCCAAGCCA S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 TTTCTAGTTCTATTGATGACATTTACTCCCGACTTGACATTCTTTCAGCCGATGTTCAAGTAGACCGTCTCATCACCGGCAGATTATCAGCACTTAATGC S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 TTTTGTTGCTCAAACCCTTACTAAGTATACTGAGGTTCAGGCTAGCAGGAAACTAGCACAGCAAAAGGTTAATGAGTGCGTTAAATCGCAATCTCAGCGT S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 TACGGTTTTTGTGGTGGTGATGGCGAGCACATTTTCTCTTTGGTACAGGCCGCACCTCAAGGCCTGCTGTTTTTACACACAGTACTTGTACCAGGTGACT S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 TTGTAAATGTTAGTGCCATCGCTGGCTTATGTGTTAACGATGAAATTGCCTTGACTCTACGTGAGCCTGGCTTAGTCTTGTTTACGCATGAACTTCAAGA S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 TACTGCGACGGAATATTTTGTTTCATCGCGACGTATGTATGAACCTAGAAAACCTACCGTTGGTGATTTTGTTCAAATTGAGAGCTGTGTGGTCACCTAT S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 GTCAATTTGACTAGAGACCAACTACCAGAAGTAATCCCAGATTACATCGATGTTAACAAAACACTTGATGAGATTTTAGCTTCTCTGCCCAATAGAACTG S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 GTCCAAGTCTTTCTCTAGATGTTTTTAATGCCACTTATCTTAATCTCACTGGTGAAATTGCAGATTTAGAGCAGCGTTCAGAGTCTCTCCGTAATACTAC S2/PEDV/NAVET/PS6/2010 AGAGGAGCTCCAAAGTCTTATATATAATATCAACAACACACTAGTTGACCTTGAGTGGCTCAACCGAGTTGAGACATATATCAAGTGGCCG 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | | | 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 | | | | .| | | | | | .| | | | | | .| | XXVII Phụ lục 30 Kết thiết kế vector tách dịng mang gen mã hóa protein S2/G2apII Khuếch đại đoạn gen mã hóa protein S2/G2a PCR B Kết colony-PCR sử dụng cặp mồi 35S-SQF 35S-Term-R 1–6: khuẩn lạc số 1–6 kiểm tra; C Điện di sản phẩm cắt plasmid pRTRA tái tổ hợp với enzyme BamHI PspOMI 1, 6: plasmid số 1, kiểm tra Marker: GeneRuler kb DNA Ladder (Thermo Fisher Scientific) XXVIII Phụ lục 31 Sơ đồ vector tách dòng pRTRA-S2/G2a-pII Màu xanh lá: Promoter terminator 35S Cauliflower mosaic virus (CaMV); Màu đỏ nâu: LeB4 SP, peptide tín hiệu từ đậu ngựa; Màu hồng cam: S2/G2a; Màu hồng: isoleucine zipper, GCN4pII; Màu vàng: đuôi 6xHis; Màu cam: đuôi c-myc; Màu đỏ: KDEL, peptide định hướng tích lũy lưới nội chất hạt XXIX Phụ lục 32 Sơ đồ vector biểu pCB301-S2/G2a-pII Vùng gen từ vị trí HindIII (8123) đến vị trí HindIII (5296) chứa cassette biểu bao gồm promoter terminator 35S Cauliflower mosaic virus (CaMV): màu xanh lá; LeB4 SP, peptide tín hiệu từ đậu ngựa: màu đỏ nâu; S2/G2a: màu hồng cam; isoleucine zipper, GCN4pII: màu hồng; đuôi 6xHis: màu vàng; đuôi c-myc: Màu cam; KDEL, peptide định hướng tích lũy lưới nội chất hạt: màu đỏ OriV: điểm khởi đầu chép; nptII: gen kháng kháng sinh kanamycin; TrfA: mã hóa protein khởi đầu chép, cần thiết cho hoạt động OriV; RB: right bolder: vùng biên giới bên phải; Nos promoter: promoter vi khuẩn, chịu trách nhiệm sinh tổng hợp nopaline; nptIII: gen kháng kanamycin; Ter Nos: terminator vi khuẩn, chịu trách nhiệm sinh tổng hợp nopaline; LacZ: mã hóa enzyme phân cắt đường lactose thành đường đơn XXX Phụ lục 33 Dự đốn vị trí glycosyl hóa trình tự amino acid protein COE–S1D/G2a STT amino acid/dự đốn glycosyl hóa 1V2TG 3L4P5SG 6F7NG 8D9H10 S n 11 F 12 V 13 N G 14 I 15 T n 16 V 17 S n 18 A 19 A 20 F 21 G 22 G 23 H 24 S n 25 G 26 A 27 N n 28 L 29 I 30 A 31 S n 32 D 33 T n 34 T G STT vị trí STT/amino STT vị trí STT/amino STT vị trí STT/amino STT vị trí glycosyl acid/dự glycosyl acid/dự glycosyl acid/dự glycosyl hóa đốn hóa đốn hóa đốn hóa glycosyl glycosyl glycosyl hóa hóa hóa 35 I 36 N G 37 G 38 F 39 S G 40 S n 41 F 42 C 43 V 44 D 45 T G 46 R 47 Q 48 F 49 T n 50 I 51 T n 52 L 53 F 54 Y 55 N G 56 V 57 T G 58 N G 59 S G 60 Y 61 G 62 Y 63 V 64 S n 65 K 66 S n 67 Q 68 D - 10 11 12 69 S n 70 N G 71 C 72 P 73 F 74 T G 75 L 76 Q 77 S n 78 V 79 N G 80 D 81 Y 82 L 83 S n 84 F 85 S n 86 K 87 F 88 C 89 V 90 S n 91 T n 92 S n 93 F 94 L 95 A 96 S G 97 A 98 C 99 T n 100 I 101 D 102 L - 13 14 15 16 103 F 104 G 105 Y 106 P 107 E 108 F 109 G 110 S n 111 G 112 V 113 K 114 F 115 T n 116 S G 117 L 118 Y 119 F 120 Q 121 F 122 T n 123 K 124 G 125 E 126 L 127 I 128 L 129 G 130 T G 131 P 132 K 133 P 134 L 135 E 136 G - 17 18 XXXI STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 136 G 137 V 138 T G 139 D 140 V 141 S G 142 F 143 M 144 T n 145 L 146 D 147 V 148 C 149 T G 150 K 151 Y 152 T n 153 I 154 Y 136 G 137 V 138 T G 139 D 140 V 141 S G 142 F 143 M 144 T n 145 L 146 D 147 V 148 C 149 T G 150 K 151 Y 152 T n 153 I 154 Y - 155 G 156 F 157 K 158 G 159 E 160 G 161 I 162 I 163 T n 164 L 165 T n 166 N G 167 S n 168 S n 169 F 170 L 171 A 172 G 173 V 174 Y 175 Y 176 T n 177 S n 178 D 179 S n 180 G 181 Q 182 L 183 L 184 A 185 F 186 K 187 N G 188 V 189 T n 190 S n 191 G 192 A - 193 V 194 Y 195 S G 196 V 197 T n 198 P 199 C 200 S G 201 F 202 S n 203 E 204 Q 205 A 206 A 207 Y 208 V 209 D 210 D 211 D 212 I 213 V 214 G 215 V 216 I 217 S G 218 S n 219 L 220 S G 221 S n 222 S n 223 T G 224 F 225 N G 226 S G 227 T G 228 R 229 E 230 L - 231 P 232 G 233 F 234 F 235 Y 236 H 237 S n 238 N n 239 D 240 G 241 S n 242 N G 243 C 244 T G 245 E 246 P 247 V 248 L 249 V 250 Y 251 S G 252 N n 253 I 254 G 255 V 256 C 257 K 258 S n 259 G 260 S n 261 I 262 G 263 Y 264 V 265 P 266 S G 267 Q 268 S n 19 20 21 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 XXXII STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 269 G 270 Q 271 V 272 K 273 I - STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 274 A 275 P 276 T n 277 V 278 T n STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 279 G 280 N G 281 I 282 S G 283 I - 284 P 285 T G 286 N G 287 F 288 S G 35 36 37 38 39 "G" = Glycosyl hóa; "n" = Khơng glycosyl hóa; "-" = Khác Dự đốn vị trí glycosyl hóa trình tự amino acid protein COE–S1D /G2a thực sử dụng cơng cụ dự đốn GPP nhóm tác giả [152] Đại học Nottingham XXXIII Phụ lục 34 Dự đốn vị trí glycosyl hóa trình tự amino acid protein S2/G2a STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 1E2L3P4G5F6F7Y8H9Sn 10 N n 11 D 12 G 13 S n 14 N G 15 C 16 T G 17 E 18 P 19 V 20 L 21 V 22 Y 23 S G 24 N n 25 I 26 G 27 V 28 C 29 K 30 S n 31 G 32 S n 33 I - STT vị trí glycosyl hóa STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 34 G 35 Y 36 V 37 P 38 S G 39 Q 40 S n 41 G 42 Q 43 V 44 K 45 I 46 A 47 P 48 T n 49 V 50 T G 51 G 52 N G 53 I 54 S G 55 I 56 P 57 T G 58 N G 59 F 60 S G 61 M 62 S G 63 I 64 R 65 T G 66 E - STT vị trí glycosyl hóa 10 11 12 STT/amino acid/dự đoán glycosyl hóa 67 Y 68 L 69 Q 70 L 71 Y 72 N n 73 T n 74 P 75 V 76 S n 77 V 78 D 79 C 80 A 81 T n 82 Y 83 V 84 C 85 N G 86 G 87 N n 88 S n 89 R 90 C 91 K 92 Q 93 L 94 L 95 T n 96 Q 97 Y 98 T n 99 A - STT vị trí glycosyl hóa 13 STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 100 A 101 C 102 K 103 T G 104 I 105 E 106 S G 107 A 108 L 109 Q 110 L 111 S G 112 A 113 R 114 L 115 E 116 S n 117 A 118 E 119 V 120 N n 121 S G 122 M 123 L 124 T n 125 I 126 S n 127 E 128 E 129 A 130 L 131 Q 132 L - STT vị trí glycosyl hóa 14 15 16 17 XXXIV STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 133 A 134 T n 135 I 136 S G 137 S n 138 F 139 N G 140 G 141 D 142 G 143 Y 144 N G 145 F 146 T n 147 N n 148 V 149 L 150 G 151 V 152 S G 153 V 154 Y 155 D 156 P 157 A 158 S G 159 G 160 R 161 V 162 V 163 Q 164 K 165 R 166 S n 167 F 168 I 169 E 170 D - STT vị trí glycosyl hóa 18 19 20 21 22 STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 171 L 172 L 173 F 174 N n 175 K 176 V 177 V 178 T n 179 N n 180 G 181 L 182 G 183 T G 184 V 185 D 186 E 187 D 188 Y 189 K 190 R 191 C 192 S n 193 N n 194 G 195 R 196 S n 197 V 198 A 199 D 200 L 201 V 202 C 203 A 204 Q 205 Y 206 Y 207 S G 208 G - STT vị trí glycosyl hóa 23 24 STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 209 V 210 M 211 V 212 L 213 P 214 G 215 V 216 V 217 D 218 A 219 E 220 K 221 L 222 H 223 M 224 Y 225 S G 226 A 227 S n 228 L 229 I 230 G 231 G 232 M 233 V 234 L 235 G 236 G 237 F 238 T G 239 A 240 A 241 A 242 A 243 L 244 P 245 F 246 S n STT vị trí glycosyl hóa 25 26 STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 247 Y 248 A 249 V 250 Q 251 A 252 R 253 L 254 N n 255 Y 256 L 257 A 258 L 259 Q 260 T n 261 D 262 V 263 L 264 Q 265 R 266 N G 267 Q 268 Q 269 L 270 L 271 A 272 E 273 S G 274 F 275 N n 276 S G 277 A 278 I 279 G 280 N G 281 I 282 T G 283 S G 284 A - STT vị trí glycosyl hóa 27 28 29 30 31 XXXV STT/amino acid/dự đoán glycosyl hóa 285 F 286 E 287 S n 288 V 289 K 290 E 291 A 292 I 293 S G 294 Q 295 T G 296 S n 297 K 298 G 299 L 300 N n 301 T G 302 V 303 A 304 H 305 A 306 L 307 T n 308 K 309 V 310 Q 311 E 312 V 313 V 314 N G 315 S n 316 Q 317 G 318 A 319 A 320 L - STT vị trí glycosyl hóa 32 33 34 35 STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 321 T n 322 Q 323 L 324 T n 325 V 326 Q 327 L 328 Q 329 H 330 N G 331 F 332 Q 333 A 334 I 335 S G 336 S G 337 S G 338 I 339 D 340 D 341 I 342 Y 343 S G 344 R 345 L 346 D 347 I 348 L 349 S G 350 A 351 D 352 V 353 Q 354 V 355 D 356 R - STT vị trí glycosyl hóa 36 37 38 39 40 41 STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 357 L 358 I 359 T n 360 G 361 R 362 L 363 S n 364 A 365 L 366 N n 367 A 368 F 369 V 370 A 371 Q 372 T n 373 L 374 T n 375 K 376 Y 377 T n 379 V 380 Q 381 A 382 S n 383 R 384 K 385 L 386 A 387 Q 388 Q 389 K 390 V 391 N G 392 E 393 C - STT vị trí glycosyl hóa STT/amino acid/dự đốn glycosyl hóa 394 V 395 K 396 S n 397 Q 398 S G 399 Q 400 R 401 Y 402 G 403 F 404 C 405 G 406 G 407 D 408 G 409 E 410 H 411 I 412 F 413 S G 414 L 415 V 416 Q 417 A 418 A 419 P 420 Q 421 G 422 L 423 L 424 F 425 L 426 H 42 427 T n 428 V 429 L - STT vị trí glycosyl hóa 43 44 XXXVI STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 430 V 431 P 432 G 433 D 434 F 435 V 436 N G 437 V 438 S n 439 A 440 I 441 A 442 G 443 L 444 C 445 V 446 N n 447 D 448 E 449 I 450 A 451 L 452 T n 453 L 454 R 455 E 456 P 457 G 458 L 459 V 460 L 461 F 462 T n 463 H 464 E 465 L 466 Q 467 D - 45 STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 468 T n 469 A 470 T G 471 E 472 Y 473 F 474 V 475 S G 476 S n 477 R 478 R 479 M 480 Y 481 E 482 P 483 R 484 K 485 P 486 T G 487 V 488 G 489 D 490 F 491 V 492 Q 493 I 494 E 495 S n 496 C 497 V 498 V 499 T G 503 L 504 T n 505 R 506 D 507 Q 508 L - 46 47 48 49 STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 509 P 510 E 511 V 512 I 513 P 514 D 515 Y 516 I 517 D 518 V 519 N G 520 K 521 T G 522 L 523 D 524 E 525 I 526 L 527 A 528 S G 529 L 530 P 531 N G 532 R 533 T n 534 G 535 P 536 S G 537 L 538 S G 539 L 540 D 541 V 542 F 543 N G 544 A 545 T n 546 Y - 547 L 548 N G 549 L 550 T G 551 G 552 E 553 I 554 A 555 D 556 L 557 E 558 Q 559 R 560 S G 561 E 562 S G 563 L 564 R 565 N G 566 T n 567 T G 568 E 569 E 570 L 571 Q 572 S G 573 L 574 I 575 Y 576 N G 577 I 578 N G 579 N n 580 T n 581 L 582 V 583 D 584 L - 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 XXXVII STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 585 E 586 W 587 L 588 N G 67 STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 589 R 590 V 591 E 592 T n STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 593 Y 594 I 595 K 596 W - STT/amino STT vị trí acid/dự glycosyl đốn hóa glycosyl hóa 597 P - "G" = Glycosyl hóa; "n" = Khơng glycosyl hóa; "-" = Khác Dự đốn vị trí glycosyl hóa trình tự amino acid protein S2/G2a thực sử dụng công cụ dự đốn GPP nhóm tác giả [152] Đại học Nottingham XXXVIII Phụ lục 35 Đường chuẩn nồng độ IFN-γ tái tổ hợp chuột
Ngày đăng: 23/12/2023, 11:29
Xem thêm: