Nghiên cứu sự phân bố của mycobacterium tuberculosis kiểu gen beijing và mối liên quan đến tính kháng thuốc lao tại việt nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT  KHIẾU THỊ THÚY NGỌC NGHIÊN CỨU SỰ PHÂN BỐ CỦA MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KIỂU GEN BEIJING VÀ MỐI LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH KHÁNG THUỐC LAO TẠI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội – 2010 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT  KHIẾU THỊ THÚY NGỌC NGHIÊN CỨU SỰ PHÂN BỐ CỦA MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KIỂU GEN BEIJING VÀ MỐI LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH KHÁNG THUỐC LAO TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60 42 30 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Cán hướng dẫn khoa học TS BS NGUYỄN VĂN HƯNG Hà Nội – 2010 LỜI CẢM ƠN Trước tiên xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành sâu sắc tới TS.BS Nguyễn Văn Hưng, Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Phổi Trung ương, người thầy hướng dẫn, bảo tận tình cho tơi từ bước tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành khóa luận tốt nghiệp Tơi xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo Bệnh viện, cán viên chức Khoa Vi sinh - Bệnh viện Phổi Trung ương giúp đỡ tơi q trình học tập Tôi xin trân trọng cảm ơn thầy, cô giáo Trường Đại học Thái Nguyên, Viện Sinh thái Tài nguyên Sinh vật Viện Công nghệ Sinh học hướng dẫn truyền thụ kiến thức cho thời gian học tập, nghiên cứu Cuối xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới người thân gia đình tơi, bạn bè đồng nghiệp tạo điều kiện, động viên giúp đỡ suốt thời gian làm luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn tất giúp đỡ q báu đó./ Hà nội, ngày 27 tháng 12 năm 2010 Học viên Khiếu Thị Thúy Ngọc Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Tên đầy đủ AFB Acid fast bacilli BCG Bacillus Calmette-Guerin – vaccine phòng lao bp Base pair - Cặp bazơnitơ CI Confidence Interval – khoảng tin cậy CTCLQG Chương trình chống lao quốc gia ddNTP Dideoxynucleotide dNTP Deoxynucleotide DNA Acid deoxyribonucleic DTS Directly Observed Treatment, Short-course - hóa trị liệu ngắn ngày có kiểm sốt trực tiếp DR Direct Repeat – vùng lặp lại trực tiếp DST Drug Sensitivity test – Thử nghiệm nhạy cảm thuốc ECL Enhanced chemiluminescene - phản ứng quang hóa EMB Ethambuton EtBr Ethidium Bromide INH Izoniazid Mbp Mega base pair LJ Lowenstein-Jensen – môi trường đặc dùng nuôi vi khuẩn lao MGIT Mycobacteria Growth Indicator Tube – môi trường lỏng dùng để nuối cấy vi khuẩn lao Non-Beijing Không phải kiểu gen Beijing OR Odds Ratio – tỷ suất chênh Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc PCR Polymerase Chain Reaction - Phản ứng chuỗi Polymerase RFLP Restriction Fragement Length Polymorphism – đa hình chiều dài đoạn cắt enzym giới hạn RIF Rifampicin SDS Sodium Dodecyl Sulphate SM Streptomycin Spoligotyping Spacer oligonucleotide typing – Trình tự đoạn nucleotide đệm ST no Shared Type number – số thứ tự kiểu gen M.tuberculosis thống giới TE Tris - EDTA UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean – Phương pháp nhóm theo cặp giá trị trung bình số học v/p Vịng/phút VK Vi khuẩn WHO World Health Organization – Tổ chức Y tế giới Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng Trang Bảng Bệnh nhân lao tỷ lệ tử vong lao châu lục 10 Bảng Thành phần phản ứng PCR nhân gen vùng DR VK lao 34 Bảng Các kiểu gen M.tuberculosis phân loại kỹ thuật 40 spoligotyping Bảng Tỷ lệ M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ bệnh nhân 43 lao phổi AFB (+) lao phổi AFB (+) điều trị Bảng Phân bố M.tuberculosis kiểu gen Beijing Việt Nam 45 Bảng Tỷ lệ M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ bệnh nhân lao 46 phổi AFB (+) phân bố theo nhóm tuổi Bảng Tỷ lệ M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ bệnh nhân lao 47 phổi AFB (+) phân bố theo giới tính Bảng Tỷ lệ M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ bệnh nhân lao 47 phổi AFB (+) điều trị phân bố theo nhóm tuổi Bảng Tỷ lệ M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ bệnh nhân lao 48 phổi AFB (+) điều trị phân bố theo giới tính Bảng 10 Tỷ lệ M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ hai nhóm 49 bệnh nhân lao phổi AFB (+) phân bố theo nhóm tuổi Bảng 11 Tỷ lệ M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ hai nhóm bệnh nhân lao phổi AFB (+) phân bố theo giới tính 50 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc Bảng 12 M.tuberculosis kiểu gen Beijing tính kháng thuốc 50 nhóm bệnh nhân lao phổi AFB (+) Bảng 13 M.tuberculosis kiểu gen Beijing tính kháng đa thuốc 51 nhóm bệnh nhân lao phổi AFB (+) Bảng 14 M.tuberculosis kiểu gen Beijing tính kháng thuốc 51 nhóm bệnh nhân lao phổi AFB (+) điều trị Bảng 15 M.tuberculosis kiểu gen Beijing tính kháng đa thuốc 52 nhóm bệnh nhân lao phổi AFB (+) điều trị Bảng 16 Tỷ lệ bệnh nhân mắc M.tuberculosis kiểu gen Beijing 55 vùng khác giới Bảng 17 M.tuberculosis kiểu gen Beijing mối liên quan đến tính kháng thuốc lao số nước giới 63 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Tên hình Trang Hình Đối tượng gây bệnh chủ yếu M.tuberculosis complex Hình Vi khuẩn lao soi kính hiển vi Hình Cấu tạo thành tế bào M.tuberculosis Hình Vi khuẩn lao xâm nhập vào quan thể Hình Tình hình bệnh lao giới (WHO 2010) Hình Tình hình bệnh lao Việt Nam 12 Hình Tác dụng thuốc lao lên trình phát triển 15 M.tuberculosis Hình AFB nhuộm Ziehl-Neslsen nhuộm Auramin 17 Hình Yếu tố quận thừng VK lao mọc môi trường lỏng 19 hệ thống BACTEC MGIT960 Hình 10 M.tuberculosis mơi trường Lowenstein-Jensen 19 Hình 11 Kết điện di sản phâm PCR cho chẩn đoán xác định 20 M.tuberculosis có kích thước 249 bp Hình 12 Trình tự gen M.tuberculosis có kích thước khoảng 4,4 Mbp 22 Hình 13 Vùng DR gen M.tuberculosis 24 Hình 14 Ngun tắc phát tín hiệu lai Streptavidine-peroxidase 25 Hình 15 Tỷ lệ phân bố M.tuberculosis kiểu gen Beijing giới 27 Hình 16 Sơ đồ nghiên cứu 32 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc Hình 17 Các bước tiến hành kỹ thuật Spoligotyping 36 Hình 18 Phịng Sinh học Phân tử - Khoa Vi sinh, Bệnh viện Phổi TƯ, 38 nơi thực kỹ thuật spoligotyping phân loại M.tuberculosis Hình 19 Kết phim spoligotyping M.tuberculosis 39 Hình 20 Cây phân loại trình tự đệm M.tuberculosis nhóm 42 phương pháp UPGMA Hình 21 Tỷ lệ nhóm kiểu gen M.tuberculosis 43 Hình 22 Phân bố M.tuberculosis kiểu gen Beijing Việt Nam 45 Hình 23 Phân bố M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ bệnh nhân 46 lao phổi AFB (+) theo nhóm tuổi Hình 24 Phân bố M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ bệnh nhân 48 lao phổi AFB (+) điều trị theo nhóm tuổi Hình 25 Phân bố M.tuberculosis kiểu gen Beijing phân lập từ hai 49 nhóm bệnh nhân lao phổi AFB (+) theo nhóm tuổi Hình 26 Tỷ lệ phân bố mối liên quan đến tính kháng thuốc lao M.tuberculosis kiểu gen Beijing giới 64 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc MỤC LỤC   ĐẶT VẤN ĐỀ 1  CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3  1.1.  ĐẠI CƯƠNG VỀ BỆNH LAO 3  1.1.1.  Lịch sử bệnh lao 3  1.1.2.  Vi khuẩn lao - Mycobacterium tuberculosis 4  1.1.3.  Cơ chế gây bệnh lao 7  1.1.4.  Một số yếu tố nguy mắc lao 8  1.1.5.  Triệu chứng lâm sàng bệnh nhân lao phổi 8  1.1.6.  Tình hình bệnh lao Thế giới 8  1.1.7.  Tình hình bệnh lao Việt Nam 11  1.2.  TÍNH KHÁNG THUỐC CỦA VI KHUẨN LAO 13  1.2.1.  Định nghĩa phân loại 13  1.2.2.  Cơ chế kháng thuốc vi khuẩn lao 14  1.2.3.  Yếu tố nguy làm tăng tỷ lệ vi khuẩn lao kháng thuốc 16  1.3.  PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN VI KHUẨN HỌC BỆNH LAO 17  1.3.1.  Phương pháp nhuộm soi kính trực tiếp 17  1.3.2.  Phương pháp nuôi cấy vi khuẩn lao 18  1.3.3.  Phương pháp Sinh học phân tử 20  1.4.  M.TUBERCULOSIS KIỂU GEN BEIJING 23  1.4.1 Định nghĩa 23  1.4.2 Kỹ thuật spoligotyping phân loại chủng M.tuberculosis 23  1.4.3 Chỉ số phân loại - discrimation index 25  1.4.4 Một số nghiên cứu Mycobacteriu tuberculosis kiểu gen Beijing tính kháng thuốc lao 26  Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc KIẾN NGHỊ Nghiên cứu chế kháng thuốc lao động lực lây truyền M.tuberculosis kiểu gen Beijing Việt Nam Nghiên cứu đánh giá hiệu phương pháp spoligotyping với phương pháp phân loại chủng vi khuẩn khác RFLP, VNTR nhằm lựa chọn phương pháp phù hợp cho phân loại chủng M.tuberculosis Việt Nam 69 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc CÁC BÁO CÁO KHOA HỌC ĐÃ CÔNG BỐ N.V Hung, K.T.T Ngoc, D.N Sy, N.T.N Lan, E.W Tiemersma, F.G.J Cobelens and D van Soolingen (2010), “ La répartition de Mycobacterium tuberculosis du génotype Beijing et sa relation avec la résistance des médicaments antituberculeux au Vietnam”, J Fran Viet Pneu : 01(02):105109 NV Hung, DN Sy, TTB Thuy, KTT Ngoc and PT Huyen (2010), “Phenotype, genotype and relationship with drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in Vietnam” Abtract for the 41st Union World Conference on Lung Health in Berlin, Germany 10-15 November 2010 NV Hung, H Ando, TTB Thuy, NTL Hang, T Hamabata, S Sakurada, T Kuwahara, PM Tuan, KTT Ngoc, LT Lien, DN Sy, T Kirikae, N Keicho (2010), “Clonal expansion of Mycobacterium tuberculosis isolates from patiens newly diagnosed as pulmonary tuberculosis in Hanoi” Abtract for Asian – African Research Forum on Emerging and Reemerging Infections, Hà Nội 10-15 November 2010 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Đặng Đức Anh (2001), Nghiên cứu đáp ứng miễn dịch số thể bệnh Lao, Luận án tiến sĩ sinh học, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Đái Duy Ban (2006), Công nghệ Gen, Nhà xuất Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội: tr 124-128, 171-173 Chương trình Chống lao Quốc gia (2009), Hướng dẫn quản lý bệnh lao, Nhà xuất Y học Hà Nội Lê Huy Chính, Lê Văn Phủng (2003), Vi sinh Y học, Bộ môn Vi sinh,Trường Đại học Y Hà Nội tr 146-152 Hồ Huỳnh Thùy Dương (2005), Sinh học phân tử, Nhà xuất Giáo dục TP Hồ Chí Minh: tr.190-204 Nguyễn Đình Hường (1995 ), Dịch tễ học bệnh Lao, Bệnh học Lao bệnh Phổi tr 76-83 Nguyễn Văn Hưng (2001), Nghiên cứu đặc điểm sinh học M.tuberculosis phân lập Viện Lao Bệnh phổi từ 9/1994 đến 10/1996, Luận án tiến sỹ y học, Trường Đại học Y Hà Nội Hoàng Thị Phượng (2009), Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng,cận lâm sàng,tính kháng thuốc vi khuẩn bệnh nhân lao phổi kết hợp bệnh đái tháo đường, Luận án tiến sỹ y học, Trường Đại học Y Hà Nội Phạm Khắc Quảng (1994 ), Sinh bệnh học bệnh Lao , Bệnh học Lao bệnh Phổi, Nhà xuất Y học tr 55-65 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc 10 Đinh Ngọc Sỹ (2010), "Chương trình chống lao Việt Nam : “thành cơng thách thức” ", Tạp chí Hơ hấp Pháp-Việt 01: 13-14 11 Trần Văn Sáng (2002), Vi khuẩn Lao, Bệnh học Lao bệnh Phổi, Nhà xuất Y học tr 29-44 12 Lê Thị Kim Tuyến (1999), Tìm enzym giới hạn từ vi khuẩn thiên nhiên Việt Nam nhằm ứng dụng nghiên cứu dịch tễ học chẩn đoán bệnh phương pháp RFLP (sự đa dạng độ dài đoạn cắt giới hạn), Luận án tiến sỹ khoa học Y dược, Trường Đại học Y Hà Nội Tài liệu tiếng Anh 13 Anh D.D., M.W Borgdorff, L.N Van et al (2000), "Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype emerging in Vietnam", Emerg Infect Dis 6: 302-305 14 Aranaz A., E Liebana, A Mateos et al (1996), "Spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium bovis strains from cattle and other animals: a tool for studying epidemiology of tuberculosis", J Clin Microbiol 34: 2734-2740 15 Aristimuno L., M Espana, A Guilarte et al (2007), "Multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis Beijing/W genotype in Venezuela", J Med Microbiol 56: 1707-1708 16 Augustynowicz-Kopec E., T Jagielski, M Kozinska et al (2007), "The significance of spoligotyping method in epidemiological investigations of tuberculosis", Pneumonol Alergol Pol 75: 22-31 17 Bifani P.J., B Mathema, N.E Kurepina et al (2002), "Global dissemination of the Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family strains", Trends Microbiol 10: 4552 18 Brudey K., J.R Driscoll, L Rigouts et al (2006), "Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology", BMC Microbiol 6: 23 19 Buu T.N., M.N Huyen, N.N Lan et al (2009), "Mycobacterium tuberculosis genotype and case notification rates, rural Vietnam, 2003-2006", Emerg Infect Dis 15: 1570-1577 20 Buu T.N., M.N Huyen, N.T Lan et al (2009), "The Beijing genotype is associated with young age and multidrug-resistant tuberculosis in rural Vietnam", Int J Tuberc Lung Dis 13: 900-906 21 Buu T.N., M.N Huyen, D van Soolingen et al (2010), "The Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype does not affect tuberculosis treatment failure in Vietnam", Clin Infect Dis 51: 879-886 22 Caminero J.A (2005), "Management of multidrug-resistant tuberculosis and patients in retreatment", Eur Respir J 25: 928-936 23 Chan M.Y., M Borgdorff, C.W Yip et al (2001), "Seventy percent of the Mycobacterium tuberculosis isolates in Hong Kong represent the Beijing genotype", Epidemiol Infect 127: 169-171 24 Dominguez J., S Blanco, A Lacoma et al (2008), "Utility of molecular biology in the microbiological diagnosis of mycobacterial infections", Enferm Infecc Microbiol Clin 26 Suppl 9: 33-41 25 Dou H.Y., F.C Tseng, C.W Lin et al (2008), "Molecular epidemiology and evolutionary genetics of Mycobacterium tuberculosis in Taipei", BMC Infect Dis 8: 170 26 Driscoll J.R (2009), "Spoligotyping for molecular epidemiology of the Mycobacterium tuberculosis complex", Methods Mol Biol 551: 117-128 27 Duong D.A., T.H Nguyen, T.N Nguyen et al (2009), "Beijing genotype of Mycobacterium tuberculosis is significantly associated with high-level fluoroquinolone resistance in Vietnam", Antimicrob Agents Chemother 53: 48354839 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc 28 European Concerted Action on New Generation Genetic Markers and Techniques for the Epidemiology and Control of Tuberculosis RIVM B, the Netherlands (2006), "Beijing/W genotype Mycobacterium tuberculosis and drug resistance.", Emerg Infect Dis 12: 736 29 Fan L., X.W Gui, L.H Qin et al (2010), "Associated factors for the infection of Beijing genotype Mycobacterium tuberculosis.", Zhonghua Jie He He Hu Xi Za Zhi 33: 132-134 30 Farnia P., M.R Masjedi, M Mirsaeidi et al (2006), "Prevalence of Haarlem I and Beijing types of Mycobacterium tuberculosis strains in Iranian and Afghan MDRTB patients", J Infect 53: 331-336 31 Feng J.Y., W.J Su, C.C Tsai et al (2008), "Mycobacterium tuberculosis W-Beijing genotype strain infection on age patients in Taiwan", J Clin Microbiol 46: 31273129 32 Flynn J., J Chan (2001), "Immunology of tuberculosis", Annu Rev Immunol 19: 93 - 129 33 Fujiki A (2001), "TB bacteriology examination to stop", The reseach Institute of Tuberculosis Japan 34 Ghebremichael S., R Groenheit, A Pennhag et al (2010), "Drug resistant Mycobacterium tuberculosis of the Beijing genotype does not spread in Sweden", PLoS One 5: e10893 35 Glynn J.R., J Whiteley, P.J Bifani et al (2002), "Worldwide occurrence of Beijing/W strains of Mycobacterium tuberculosis: a systematic review", Emerg Infect Dis 8: 843-849 36 Gori A., A Bandera, G Marchetti et al (2005), "Spoligotyping and Mycobacterium tuberculosis", Emerg Infect Dis 11: 1242-1248 37 Helen S C., D Doshetov, Y Kebede et al (2005), "The Beijing genotype and drug resistant tuberculosis in the Aral Sea region of Central Asia", Respiratory Research 6: 134 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc 38 Hoa N.B., D.N Sy, N.V Nhung et al (2010), "National survey of tuberculosis prevalence in Viet Nam", Bull World Health Organ 88: 273-280 39 Huet G., P Constant, W Malaga et al (2009), "A lipid profile typifies the Beijing strains of Mycobacterium tuberculosis: identification of a mutation responsible for a modification of the structures of phthiocerol dimycocerosates and phenolic glycolipids", J Biol Chem 284: 27101-27113 40 Hunter P.R., M.A Gaston (1988), "Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity", J Clin Microbiol 26: 2465-2466 41 Iwamoto T (2009), "Population structure analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing family in Japan", Kekkaku 84: 755-759 42 Jiao W.W., I Mokrousov, G.Z Sun et al (2008), "Evaluation of new variablenumber tandem-repeat systems for typing Mycobacterium tuberculosis with Beijing genotype isolates from Beijing, China", J Clin Microbiol 46: 1045-1049 43 Jou R., C.Y Chiang, W.L Huang (2005), "Distribution of the Beijing family genotypes of Mycobacterium tuberculosis in Taiwan", J Clin Microbiol 43: 95-100 44 Kremer K., B.K Au, P.C Yip et al (2005), "Use of variable-number tandem-repeat typing to differentiate Mycobacterium tuberculosis Beijing family isolates from Hong Kong and comparison with IS6110 restriction fragment length polymorphism typing and spoligotyping", J Clin Microbiol 43: 314-320 45 Kremer K., J.R Glynn, T Lillebaek et al (2004), "Definition of the Beijing/W lineage of Mycobacterium tuberculosis on the basis of genetic markers", J Clin Microbiol 42: 4040-4049 46 Kremer K., M.J van-der-Werf, B.K Au et al (2009), "Vaccine-induced immunity circumvented by typical Mycobacterium tuberculosis Beijing strains", Emerg Infect Dis 15: 335-339 47 Kremer K, L Schouls, D van Soolingen et al (2002), ""Spoligotyping" a PCR- based method to simultaneously detect and type Mycobacterium tuberculosis Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc complex bacteria", Research laboratory for infectious diseases,National Institute of Public Health and the Environment, 48 Lan N.T., H.T Lien, B Tung le et al (2003), "Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and risk for treatment failure and relapse, Vietnam", Emerg Infect Dis 9: 1633-1635 49 Lipin M.Y., V.N Stepanshina, I.G Shemyakin et al (2007), "Association of specific mutations in katG, rpoB, rpsL and rrs genes with spoligotypes of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates in Russia", Clin Microbiol Infect 13: 620-626 50 Lopez B., D Aguilar, H Orozco et al (2003), "A marked difference in pathogenesis and immune response induced by different Mycobacterium tuberculosis genotypes", Clin Exp Immunol 133: 30-37 51 Moss A.R., D Alland, E Telzak et al (1997), "A city-wide outbreak of a multipledrug-resistant strain of Mycobacterium tuberculosis in New York", Int J Tuberc Lung Dis 1: 115-121 52 Ottenhoff T., D Kumararatne, J Casanova (1998), "Novel human immunodeficiencies reveal the essential role of type-I cytokines in immunity to intracellular bacteria", Immunol Today 19: 491 - 494 53 Parwati I., R van Crevel, D van Soolingen (2010), "Possible underlying mechanisms for successful emergence of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains", Lancet Infect Dis 10: 103-111 54 Ritacco V., B Lopez, P.I Cafrune et al (2008), "Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype are rarely observed in tuberculosis patients in South America", Mem Inst Oswaldo Cruz 103: 489-492 55 Sakula A (1983), "Robert koch: centenary of the discovery of the tubercle bacillus, 1882", Can Vet J 24: 127-131 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc 56 Selvakumar N., M G Sekar, V Kumar et al (2006), "Sensitivity of Ziehl-Neelsen method for centrifuged deposit smears of sputum samples transported in cetylpyridinium chloride", Indian J Med Res 124: 439-442 57 Streicher E.M (2007), "Application of spoligotyping in the understanding of the dynamics of Mycobacterium tuberculosis strains in high incidence communities", PHD Thesis Biomedical Sciences 58 Tanaka M.M., A.R Francis (2006), "Detecting emerging strains of tuberculosis by using spoligotypes", Proc Natl Acad Sci U S A 103: 15266-15271 59 Toungoussova O.S., A Mariandyshev, G Bjune et al (2003), "Molecular epidemiology and drug resistance of Mycobacterium tuberculosis isolates in the Archangel prison in Russia: predominance of the W-Beijing clone family", Clin Infect Dis 37: 665-672 60 van der Zanden A.G., K Kremer, L.M Schouls et al (2002), "Improvement of differentiation and interpretability of spoligotyping for Mycobacterium tuberculosis complex isolates by introduction of new spacer oligonucleotides", J Clin Microbiol 40: 4628-4639 61 van Maaren P.J (2010), "Fighting the tuberculosis epidemic in the Western Pacific region: current situation and challenges ahead", Kekkaku 85: 9-16 62 van Soolingen D., T Hoogenboezem, P.E de Haas et al (1997), "A novel pathogenic taxon of the Mycobacterium tuberculosis complex, Canetti: characterization of an exceptional isolate from Africa", Int J Syst Bacteriol 47: 1236-1245 63 van Soolingen D., L Qian, P.E de Haas et al (1995), "Predominance of a single genotype of Mycobacterium tuberculosis in countries of east Asia", J Clin Microbiol 33: 3234-3238 64 Victor T.C., P.D van Helden, R Warren (2002), "Prediction of drug resistance in M tuberculosis: molecular mechanisms, tools, and applications", IUBMB Life 53: 231-237 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc 65 Viegas S.O., A Machado, R Groenheit et al (2010), "Molecular diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from patients with pulmonary tuberculosis in Mozambique", BMC Microbiol 10: 195 66 World Health Organization (2010), "Multidrug and extensively drug-resistant TB (M/XDR-TB): 2010 global report on surveillance and response" 67 World Health Organization (2010), "2010/2011 Tuberculosis Global facts " 68 World Health Organization (2010), "Drug-resistant tuberculosis now at record levels " 69 World Health Organization (2010), "The global plan to stop TB 2011-2015: transforming the fight towards elimination of tuberculosis" 70 World Health Organization (2010), "Global Tuberculosis Control" 71 World Health Organization (2009), "New survey finds highest rates of drugresistant TB to date" 72 Zhenkun M., L Christian, M Helen et al (2010), "Global tuberculosis drug development pipeline: the need and the reality", The Lancet 375: 2100-2109 Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc PHỤ LỤC Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc Phụ lục Danh sách 80 điểm nghiên cứu Số TT Quận/Huyện Tỉnh/Tp Số TT Quận/Huyện 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 Hà Nội Hà Nội Hải Phịng hải Dương Hưng n Thái Bình Thái Bình Phủ lý Nam Định Ninh Bình Thanh hóa Thanh hóa Thanh hóa Nghệ An Nghệ An Hà Tĩnh Hà Tĩnh Vĩnh Phúc Bắc Ninh Bắc Giang Hà Tây Hà Tây Yên Bái Bắc Cạn Lạng Sơn Tuyên Quang Thanh hóa Quảng Bình Quảng Bình Quảng Nam Quảng nam Đà Nẵng Bình Định Bình Định Quảng Ngãi Phú Yên Khánh hòa Đắc Lắc An Giang An Giang 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 Hai Bà Trưng Thanh Trì Vĩnh Bảo Nam Sách Kim Động Kiễn xương Đông Hưng Hà Nam Nam Trực Gia Viễn Hà Trung Thọ Xuân Bỉm Sơn Yên Thành Đô Lương Hương Khê Trạm lao tỉnh Lập Thạch Tiên Du BV Lao Thường Tín Đan Phượng Văn yên BV Đa khoa Hữu Lũng Sơn Dương BV K71 Bố Trạch Lệ Thủy Hội An Nam Giang Thanh Khê An Nhơn TP Quy Nhơn Tư Nghĩa Sông Cầu Diên Khánh K Rong Năng Long yên Châu Thành An Phú Chợ Mới Tịnh Biên Châu Phú Vinh Lợi Ba Tri Bến Cát Lộc ninh Hàm Thuận Nam TP Cà Mau Ninh Kiều Thốt Nốt Vị Thủy Xuân Lộc Tân Phú Châu Thành lai Vung Lấp Vò Hòn Đất Kiên Lương Đức Hòa Phan Rang Kế Sách Viĩnh Châu Hòa Thành Mỹ Tho Cai Lậy TP Trà Vinh Trà Cú Long Hổ TP Vũng Tàu Quận Quận Quận Quận 10 Bình Thạnh Phú Nhuận Tân Bình Củ Chi Thủ Đức Tỉnh/Tp An Giang An Giang An Giang An Giang Bạc liêu Bế Tre Bình Dương Bình Phước Bình Thuận Cà Mau Cần Thơ Cần Thơ Hậu Giang Đồng Nai Đồng Nai Đồng Tháp Đồng Tháp Đồng Tháp Kiên Giang Kiên Giang Long An Ninh Thuận Sóc Trăng Sóc Trăng Tây Ninh Tiền Giang Tiền Giang Trà Vinh Trà Vinh Vĩnh long Bà Rìa TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM TPHCM Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc Phụ lục Công thức pha hóa chất 500 mM NaHCO3, pH8.4 10.5 g NaHCO3 / 250 ml nước cất 16% (w/v) EDAC 1.6 g EDAC / 10 ml nước cất 100 mM NaOH 0.8 g NaOH / 200 ml nước cất 0.5 M EDTA, pH 8.0 186.12 g EDTA / L nước cất 20 mM EDTA, pH 8.0 Pha loãng 0.5 M EDTA 25 lần 20xSSPE 0.2 M Na2HPO4*2H2O 35.6 g/l 3.6 M NaCl 210.24 g/l 20 mM EDTA 7.4 g/l pH 7.4 Hấp ướt 121 C / 15 phút Bảo quản nhiệt độ phịng khơng q năm 2xSSPE Pha loãng 20xSSPE 10 lần với nước cất 10% SDS 10 g SDS / 100 ml nước cất 2xSSPE/0.1%SDS Cho 100 ml 20xSSPE vào 10 ml 10% SDS 890 ml nước cất 2xSSPE/0.5%SDS Cho 100 ml 20xSSPE vào 50 ml 10% SDS 850 ml nước cất Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc Phụ lục Trinh tự oligonucleotides 1: ATAGAGGGTCGCCGGTTCTGGATCA 23: AGCATCGCTGATGCGGTCCAGCTCG 2: CCTCATAATTGGGCGACAGCTTTTG 24: CCGCCTGCTGGGTGAGACGTGCTCG 3: CCGTGCTTCCAGTGATCGCCTTCTA 25: GATCAGCGACCACCGCACCCTGTCA 4: ACGTCATACGCCGACCAATCATCAG 26: CTTCAGCACCACCATCATCCGGCGC 5: TTTTCTGACCACTTGTGCGGGATTA 27: GGATTCGTGATCTCTTCCCGCGGAT 6: CGTCGTCATTTCCGGCTTCAATTTC 28: TGCCCCGGCGTTTAGCGATCACAAC 7: GAGGAGAGCGAGTACTCGGGGCTGC 29: AAATACAGGCTCCACGACACGACCA 8: CGTGAAACCGCCCCCAGCCTCGCCG 30: GGTTGCCCCGCGCCCTTTTCCAGCC 9: ACTCGGAATCCCATGTGCTGACAGC 31: TCAGACAGGTTCGCGTCGATCAAGT 10: TCGACACCCGCTCTAGTTGACTTCC 32: GACCAAATAGGTATCGGCGTGTTCA 11: GTGAGCAACGGCGGCGGCAACCTGG 33: GACATGACGGCGGTGCCGCACTTGA 12: ATATCTGCTGCCCGCCCGGGGAGAT 34: AAGTCACCTCGCCCACACCGTCGAA 13: GACCATCATTGCCATTCCCTCTCCC 35: TCCGTACGCTCGAAACGCTTCCAAC 14: GGTGTGATGCGGATGGTCGGCTCGG 36: CGAAATCCAGCACCACATCCGCAGC 15: CTTGAATAACGCGCAGTGAATTTCG 37: CGCGAACTCGTCCACAGTCCCCCTT 16: CGAGTTCCCGTCAGCGTCGTAAATC 38: CGTGGATGGCGGATGCGTTGTGCGC 17: GCGCCGGCCCGCGCGGATGACTCCG 39: GACGATGGCCAGTAAATCGGCGTGG 18: CATGGACCCGGGCGAGCTGCAGATG 40: CGCCATCTGTGCCTCATACAGGTCC 19: TAACTGGCTTGGCGCTGATCCTGGT 41: GGAGCTTTCCGGCTTCTATCAGGTA 20: TTGACCTCGCCAGGAGAGAAGATCA 42: ATGGTGGGACATGGACGAGCGCGAC 21: TCGATGTCGATGTCCCAATCGTCGA 43: CGCAGAATCGCACCGGGTGCGGGAG 22: ACCGCAGACGGCACGATTGAGACAA Luận văn thạc sỹ sinh học Khiếu Thị Thúy Ngọc Phụ lục Hình ảnh phim Spoligotyping