Phân lập và tuyển chọn một số chủng vi khuẩn nitrate hóa để tạo chế phẩm xử lý ammonium trong ao nuôi tôm

SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRUNG TÂM CƠNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO NGHIỆM THU ĐỀ TÀI CƠ SỞ CẤP TRUNG TÂM Tên nhiệm vụ PHÂN LẬP VÀ TUYỂN CHỌN MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN NITRATE HÓA ĐỂ TẠO CHẾ PHẨM SINH HỌC XỬ LÝ AMMONIUM TRONG AO NUÔI TÔM Mã số: MT01/15-16 Đơn vị chủ trì nhiệm vụ: Tổ CNSH Thực phẩm Chủ nhiệm nhiệm vụ: ThS Đoàn Thị Tám Cán tham gia: ThS Đỗ Ngọc Anh Huy TS Nguyễn Đặng Hải Đăng TP Hồ Chí Minh, tháng năm 2018 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành nhiệm vụ này, nhận giúp đỡ tận tình Ban Giám đốc Trung tâm anh chị em đồng nghiệp Trước hết, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới TS Dương Hoa Xô, người quan tâm, đạo mặt chuyên môn để nhóm hồn thành nhiệm vụ Chúng tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới TS Phạm Hữu Nhượng, TS Nguyễn Đăng Qn tận tình góp ý mặt chuyên môn tạo điều kiện thuận lợi để nhóm hồn thành nhiệm vụ Chúng tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới anh, chị, em công tác tổ CNSH Thực phẩm, tổ CNSH Mơi trường, phịng CN Vi sinh, phịng CNSH Thủy sản, phịng QLKH & HTQT, phịng Tài - Kế Toán, đặc biệt TS Phan Mỹ Hạnh, ThS Mai Thu Thảo hỗ trợ nhiệt tình, tạo điều kiện giúp đỡ nhóm suốt thời gian thực nhiệm vụ Chúng tơi vơ biết ơn gia đình bạn bè ủng hộ suốt thời gian thực nhiệm vụ Một lần xin chân thành cảm ơn MỤC LỤC - Danh mục từ viết tắt - Danh mục bảng - Danh mục hình - Tóm tắt PHẦN THÔNG TIN CHUNG PHẦN NỘI DUNG KHOA HỌC I ĐẶT VẤN ĐỀ Tính cấp thiết đề tài Ý nghĩa khoa học thực tiễn II TỔNG QUAN TÀI LIỆU Q trình nitrate hóa 1.1 Khái niệm 1.2 Vi sinh vật q trình nitrate hóa 1.2.1 Vi khuẩn Nitrosomonas 1.2.2 Vi khuẩn Nitrobacter 11 1.3 Động học trình nitrate hóa 13 1.4 Các yếu tố ảnh hưởng đến trình nitrate hóa 16 Tóm lược số nghiên cứu vi khuẩn nitrate hóa 18 2.1 Trên giới 18 2.2 Ở Việt Nam 19 Tổng quan nuôi tôm 20 3.1 Hiện trạng nuôi tôm Việt Nam 20 3.2 Đặc điểm nước ao nuôi tôm 21 3.3 Tác hại hợp chất nitơ đến sinh trưởng tôm 22 Sơ lược chế phẩm sinh học xử lý ammonium ao nuôi tôm 23 Đặc điểm chất phụ gia PVP (Polyvinylpyrrolidone) 24 III VẬT LIỆU - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 25 Vật liệu 25 1.1 Nguồn phân lập 25 1.2 Đối tượng nghiên cứu 25 Phương pháp nghiên cứu 25 2.1 Phương pháp thu mẫu 26 2.2 Phương pháp phân lập vi khuẩn 26 2.2.1 Phương pháp phân lập vi khuẩn Nitrosomonas sp 26 2.2.2 Phương pháp phân lập vi khuẩn Nitrobacter sp 27 2.2.3 Phương pháp định tính nitrite (NO2-) 28 2.2.4 Phương pháp xác định mật độ vi khuẩn AOB, NOB 29 2.2.5 Phương pháp khiết giống môi trường thạch 29 2.2.6 Phương pháp xác định hiệu suất chuyển hóa ammonium, nitrite 29 2.2.7 Phương pháp định danh vi khuẩn 30 2.3 Phương pháp định lượng ammonium, nitrite 30 2.4 Phương pháp xây dựng đường cong sinh trưởng vi khuẩn 30 2.4.1 Chủng S3 30 2.4.2 Chủng VB 31 2.5 Phương pháp khảo sát môi trường nuôi cấy vi khuẩn 31 2.6 Phương pháp khảo sát yếu tố đệm pH nuôi cấy vi khuẩn 31 2.7 Phương pháp khảo sát chất phụ gia tạo chế phẩm lỏng 32 2.8 Phương pháp khảo sát ảnh hưởng yếu tố đến hiệu xử lý chế phẩm 33 2.8.1 Thời gian xử lý liều lượng chế phẩm 33 2.8.2 Oxi hòa tan (DO) 34 2.9 Phương pháp bố trí thí nghiệm quy mơ pilot 34 2.10 Phương pháp bảo quản mẫu vi khuẩn 35 2.11 Phương pháp xử lý số liệu 35 IV KẾT QUẢ - THẢO LUẬN 35 Phân lập tuyển chọn chủng vi khuẩn nitrate hóa 35 1.1 Biến động mật số vi khuẩn nitrate hóa phương pháp MPN 35 1.2 Thuần khiết vi khuẩn môi trường thạch 36 1.3 Hoạt tính chuyển hóa ammonium 39 1.4 Hoạt tính chuyển hóa nitrite 40 1.5 Kết định danh chủng phân lập 40 Xây dựng quy trình nhân giống, chọn phụ gia bảo quản 41 2.1 Đường cong sinh trưởng chủng vi khuẩn 41 2.1.1 Chủng S3 41 2.1.2 Chủng VB 42 2.2 Khảo sát môi trường nuôi cấy chủng vi khuẩn 43 2.2.1 Chủng S3 43 2.2.2 Chủng VB 44 2.3 Khảo sát yếu tố đệm môi trường nuôi cấy chủng vi khuẩn 45 2.3.1 Chủng S3 45 2.3.2 Chủng VB 45 2.4 Khảo sát nồng độ phụ gia bảo quản chế phẩm 46 2.4.1 Chế phẩm S3 46 2.4.2 Chế phẩm VB 49 2.5 Quy trình tạo chế phẩm 51 Khảo sát ảnh hưởng yếu tố đến hiệu xử lý chế phẩm 51 3.1 Yếu tố liều lượng chế phẩm thời gian xử lý 51 3.2 Yếu tố sục khí 53 Đánh giá hiệu xử lý chế phẩm quy mô pilot 54 V KẾT LUẬN 56 VI KIẾN NGHỊ 56 PHẦN SẢN PHẨM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ 57 PHẦN TÀI LIỆU THAM KHẢO 57 I TIẾNG VIỆT 57 II TIẾNG ANH 59 - PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT AOB BNNPTNT BOD COD cs DO DNA h L MLVSS MPN N NBRC NCBI NC NH4+ NO2NO3NOB QCVN rRNA SL STT TAN TB TCVN TKN T-P TSS OD PC PVP v ammonia oxidizing bacteria (vi khuẩn oxi hóa ammonium) Nơng nghiệp Phát triển nơng thơn biochemical oxygen demand (nhu cầu oxi hóa sinh) chemical oxygen demand (nhu cầu hóa học) cộng dissolved oxygen (oxi hịa tan) deoxi ribonucleic acid Lít Mixed Liquor Volatile Suspended Solid (hàm lượng rắn bay hơi) most probable number (số có khả nhất) nitơ Biological Resource Center, NITE (trung tâm Tài nguyên Sinh học, Nhật Bản) National Center for Biotechnology Information (trung tâm thông tin công nghệ sinh học) negative control (đối chứng âm) ammonium nitrite nitrate nitrite oxidizing bacteria (vi khuẩn oxi hóa nitrite) quy chuẩn Việt Nam ribosomal ribonucleic acid số lượng số thứ tự total ammonia nitrogen (tổng ammonia) tế bào tiêu chuẩn Việt Nam tổng nitơ Kjeldahl tổng phot tổng hàm lượng chất rắn lơ lửng optical density (mật độ quang) positive control (đối chứng dương) poly vinyl pyrrolidone thể tích DANH SÁCH BẢNG Bảng 2.1 Đặc điểm chi vi khuẩn AOB Bảng 2.2 Đặc điểm chi vi khuẩn NOB Bảng 2.3 Đặc điểm sinh lý học cấu trúc đặc trưng Nitrosomonas 10 Bảng 2.4 Đặc điểm sinh lý học cấu trúc đặc trưng Nitrobacter 12 Bảng 2.5 Ức chế q trình nitrate hóa kim loại 17 Bảng 2.6 Các điều kiện tối ưu cho q trình nitrate hóa 18 Bảng 2.7 Diện tích sản lượng tôm nuôi nước 21 Bảng 2.8 Chất lượng nước cấp vào ao nuôi tôm 22 Bảng 2.9 Bố trí thí nghiệm tối ưu đệm mơi trường nuôi chủng S3 32 Bảng 2.10 Bố trí thí nghiệm tối ưu đệm mơi trường ni chủngVB 32 Bảng 2.11 Mã hóa nhóm vi khuẩn 35 Bảng 2.12 Kết tra bảng MPN mật độ AOB, NOB 35 Bảng 2.13 Đặc điểm hình thái chủng vi khuẩn oxi hóa ammonium 37 Bảng 2.14 Đặc điểm hình thái chủng vi khuẩn oxi hóa nitrite 38 Bảng 2.15 Kết so sánh trình tự 16S rRNA sở liệu GenBank 41 Bảng 2.16 Kết khảo sát mật độ vi sinh vật chế phẩm S3 theo thời gian bảo quản 47 Bảng 2.17 Khảo sát hiệu xử lý chế phẩm S3 đầu vào 47 Bảng 2.18 Khảo sát hiệu xử lý chế phẩm S3 sau tháng bảo quản 48 Bảng 2.19 Khảo sát hiệu xử lý chế phẩm S3 sau tháng bảo quản 48 Bảng 2.20 Kết khảo sát mật độ vi sinh vật chế phẩm VB theo thời gian bảo quản 49 Bảng 2.21 Khảo sát hiệu xử lý chế phẩm VB đầu vào 49 Bảng 2.22 Khảo sát hiệu xử lý chế phẩm VB sau tháng bảo quản 50 Bảng 2.23 Khảo sát hiệu xử lý chế phẩm VB sau tháng bảo quản 50 Bảng 2.24 Khảo sát liều lượng thời gian xử lý chế phẩm S3 52 Bảng 2.25 Khảo sát liều lượng thời gian xử lý chế phẩm VB 53 Bảng 2.26 Khảo sát ảnh hưởng yếu tố sục khí đến hoạt tính chủng S3 53 Bảng 2.27 Khảo sát ảnh hưởng yếu tố sục khí đến hoạt tính chủng VB 54 Bảng 2.28 Hiệu xử lý chế phẩm S3 mơ hình pilot 54 Bảng 2.29 Hiệu xử lý chế phẩm VB mơ hình pilot 55 Bảng 2.30 Hiệu xử lý chế phẩm S3 VB bể nuôi tôm giống 55 Bảng 3.1 Danh mục sản phẩm khoa học công nghệ dạng kết I,II 57 DANH SÁCH HÌNH Hình 2.1 Chu trình nitơ Hình 2.2 Nitrosomonas sp Hình 2.3 Hình dạng tế bào cấu trúc bốn chi vi khuẩn NOB 11 Hình 2.4 Q trình nitrate hóa sinh học 14 Hình 2.5 Chu trình nitơ ao ni tơm 23 Hình 2.6 Sơ đồ nội dung nghiên cứu 25 Hình 2.7 Sơ đồ bước phân lập tuyển chọn vi khuẩn nitrate hóa 28 Hình 2.8 Sơ đồ tạo chế phẩm 32 Hình 2.9 Mơ hình pilot 34 Hình 2.10 Biểu đồ hiệu suất chuyển hóa ammonium chủng vi khuẩn 39 Hình 2.11 Biểu đồ hiệu suất chuyển hóa nitrite chủng vi khuẩn 40 Hình 2.12 Đường cong sinh trưởng chủng S3 42 Hình 2.13 Đường cong sinh trưởng chủng VB 43 Hình 2.14 Tốc độ sinh trưởng chủng S3 mơi trường khác 44 Hình 2.15 Tốc độ sinh trưởng chủng VB môi trường khác 44 Hình 2.16 Biểu đồ hiệu suất xử lý NH4+ chủng S3 đệm khác 45 Hình 2.17 Biểu đồ hiệu suất xử lý NO2- chủng VB có đệm khác 46 Hình 2.18 Sơ đồ quy trình tạo chế phẩm 51 TÓM TẮT Nitrosomonas sp., Nitrobacter sp chủng vi khuẩn tự dưỡng hóa vơ bắt buộc, đóng vai trị q trình nitrate hóa Đây chủng tiềm để phát triển chế phẩm xử lý nước nuôi trồng thủy sản, đặc biệt nuôi tôm Trong nghiên cứu này, phân lập tuyển chọn chủng S3 thuộc lồi Nitrosomonas europaea có khả chuyển hóa ammoium cao Chủng VB thuộc lồi Nitrobacter winogradskyi cung cấp NBRC, Nhật Bản có khả chuyển hóa nitrite cao sử dụng làm đối tượng nghiên cứu để hoàn thiện chế phẩm Chúng tơi tiến hành xây dựng quy trình nhân sinh khối tạo chế phẩm lỏng chủng Các môi trường SM4, BM4 lựa chọn cho chủng S3, VB với nguồn đệm thay carbonate phosphate Các khảo sát đơn yếu tố cho thấy, hai chế phẩm S3 VB thu kết tương đồng sau: nghiệm thức phụ gia bảo quản tối ưu cho chế phẩm 1% PVP sau tháng bảo quản nhiệt độ thường trì hoạt tính cao; Liều lượng chế phẩm phù hợp 0,1% (v/v); Yếu tố sục khí định 50% hiệu suất xử lý chế phẩm Khảo sát hiệu xử lý hai chế phẩm quy mô pilot điều kiện phịng thí nghiệm, chúng tơi thu kết khả quan Đối với chế phẩm S3, hàm lượng NH4+ giảm từ 19,4 mg/L ban đầu xuống mg/L sau 24 Chế phẩm VB hàm lượng NO2- giảm từ 13,5 mg/L ban đầu xuống mg/L sau 24 68 Werner D., Newton W E (2005), Nitrogen Fixation in Agriculture, Forestry, Ecology, and the Environment, Springer Science & Business Media , pp 255 - 270 69 Winogradsky S (1890), “Researches sur les organismes de la nitrification”, Ann Inst Pasteur, 4, pp 213 - 331 70 Wlodkowski T J., Speck W T., Rosenkranz H S (1975), “Genetic effects of povidone-iodine”, J Pharm Sci., 64, pp 1235 - 1237 71 Yamanaka T., Fukumori Y (1988), “The nitrite oxidizing system of Nitrobacter winogradskyi”, FEMS Microbiol Lett, 54, pp 259 - 270 72 Yingling B., hengfang Y (2013), “Application of an integrated statistical design for optimization of culture condition for ammonium removal by Nitrosomonas europaea”, PloS One, 8(4), pp e60322 73 Yoshioka T., Saijo Y (1984) “Photoinhibition and recovery of NH4+ oxidizing bacteria and NO2- - oxidizing bacteria”, J Gen App Microbiol., 30, pp 151 - 166 Tp.HCM, ngày 12 tháng ă 2018 Tp.HCM, ngày 12 tháng ă 2018 Phụ trách tổ CNSH Thực phẩm Chủ nhiệm đề tài Nguyễn Đặng Hải Đăng ThS Đoàn Thị Tám Tp.HCM, ngày 12 tháng ă 2018 Tp.HCM, ngày 12 tháng ă 2018 Phó Giám đốc phụ trách Phịng QLKH-HTQT TS Nguyễn Đăng Quân ThS Lâm Vỹ Nguyên Tp.HCM, ngày 12 tháng ă 2018 Giám đốc TS Dương Hoa X 62 PHỤ LỤC Phụ lục Thuốc thử Griess - Ilosvay (Ehrlich, 1975) Bao gồm dung dịch (A, B, C) - Dung dịch A: 0,6 g sulfanilic acid hồ tan 10 mL nước cất nóng (90 °C), để nguội sau dó 20 mL HCl đậm đặc cho thêm vào, Hỗn hợp pha loãng thành 100 mL với nước cất trộn - Dung dịch B: 0,6 g, α - napthylamine hoà tan 10 - 20 mL HCl đậm đặc, sau pha loãng thành 100 mL với nước cất trộn - Dung dịch C: 16,4 g sodium acetate hồ tan nước cất, pha lỗng thành 100 mL với nước cất trộn - Thuốc thử hỗn hợp gồm dung dịch A, B, C theo tỉ lệ thể tích 1:1:1 - Bảo quản riêng biệt dung dịch chai tối, dung dịch giữ tủ lạnh, thời gian sử dụng không tháng Phụ lục Các bước nhuộm Gram (Sharmin Rahman, 2007) - Nhuộm Crytal Violet khoảng1 phút Rửa lame nước cất - Nhuộm Iodine phút - Rửa lame dung alcohol/aceton 10 giây, rửa lại nước cất để khô - Nhuộm Safranin khoảng phút, rửa lại nước cất, để khô quan sát Phụ lục Phương pháp đếm tế bào buồng đếm hồng cầu  - Các bước thực sau: Bước 1: Nhuộm dịch tế bào vi khuẩn safarin với thể tích 1:1 Bước 2: Voltex hỗn hợp nhuộm vòng phút Bước 3: Sử dụng micropippet hút 0,01 mL hỗn hợp nhỏ lên buồng đếm hồng cầu quan sát kính hiển vi với vật kính 100X - Bước 4: Đếm tổng số tế bào trung bình vng lớn theo hình chữ Quy tắc đếm:  Đếm từ trái sang phải, từ xuống  Buồng đếm chia làm 16 ô vuông lớn (khu) bao gồm 16 vng nhỏ tích 1/4000 mm3  Đếm tất các tế bào nằm bên 16 ô vuông nhỏ, tế bào nằm cạnh 16 đếm tế bào cạnh cạnh trái (và tế bào nằm vào phía 1/2)  Tổng số tế bào khu không lệch 10 tế bào  Cơng thức tính mật độ tế bào SLTB/mm³ = [(SLTB đếm ô lớn x 4000) x (độ pha loãng)]/80 SLTB/mL= SLTB/ mm3 x 103, SLTB: số lượng tế bào Bảng PL1 Thành phần môi trường nuôi cấy Nitrosomonas sp SM4 (g) SM1 (Ehrlich, 1975) SM2 (LewisPramer,1958) SM3 (John, 2012) (Satoh, 2004) (NH4)2SO4 0,5 2,5 2,5 K2HPO4 0,7 FeSO4.7H2O 0,03 0,4 NaCl 0,3 MgSO4.7H2O 0,3 CaCO3 7,5 Thành phần 0,1 0,5 0,1 Na2HPO4 13,5 NaHCO3 0,5 FeCl3.6H2O 0,0142 CaCl2.2H2O 0,0184 0,5 0,005 KH2PO4 0,5 Hepes 11,92 Fe-EDTA 0,075 DW (mL) 1000 1000 1000 1000 pH 8 8 *Môi trường thạch bổ sung agar 1,5 g/L Bảng PL2 Thành phần môi trường nuôi cấy Nitrobacter sp (g) BM1 (Ehrlich, 1975) NaNO2 0,006 Thành phần KNO2 BM3 BM2 (Aleem(Benson, Alexander,1960) 2001) BM4 (Kmori, NBRC) 1 0,3 K2HPO4 0,175 0,5 NaCl 0,3 0,1 0,3 0,3 Na2CO3 MgSO4.7H2O 0,1 CaCO3 CaCl2.2H2O 0,3 0,175 KHCO3 1,5 FeSO4.7H2O 0,035 0,5 0,5 0,03 MnSO4 0,002 Fe2(SO4)3 0,005 DW (mL) 1000 1000 1000 1000 pH 8 8 *Môi trường thạch bổ sung agar 1,5 g/L Bảng PL3 tra MPN dùng cho loạt ống nghiệm nồng độ pha loãng liên tiếp (Robert Blodgett, Bacteriological Analytical Manual, U.S Food and Drug Administration, 2010) Số lượng ống dương tính Số lượng ống dương tính Số Số Số g mẫu sử dụng Số g mẫu sử dụng MPN/g MPN/g 0,1 0,01 0,001 0,1 0,01 0,001 0 0 0 1 1 1 1 2 2 2 0 1 0 1 2 0 1 1 0 1 0 2 1100 NC TB01 TB02 TB03 TS03 TS02 TS01 NC Hình PL1 Kết kiểm tra diện Hình PL2 Kết kiểm tra diện nhóm NOB Griess Ilosvay nhóm AOB Griess Ilosvay Phụ lục Một số hình ảnh đại thể vi thể chủng vi khuẩn Chủng Đại thể Vi thể (vật kính X100) S3 VB Không thu khuẩn lạc VB môi trường thạch B5 B9 Hình PL3 Chế phẩm S3 Hình PL4 Chế phẩm VB Hình PL5 Mơ hình bố trí thí nghiệm khảo sát hoạt tính chế phẩm Hình PL6 Mơ hình bố trí thí nghiệm pilot Phụ lục Một phần kết khoa học đề tài Phụ lục Kết định danh chủng vi khuẩn S3, B5 CÔNG TY TNHH DỊCH VỤ VÀ THƯƠNG MẠI NAM KHOA 793/58 Trần Xuân Soạn, P Tân Hưng, Q.7, TP Hồ Chí Minh, Việt Nam Phone: (08)37715818; (08)37752252 Fax: (08)37750583; (08)37752250 Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com Email: namkhoa.biotek@gmail.com ISO 9001:2008 ISO 13485 WHO GMP/GLP KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM Số: FF4949-1 THƠNG TIN VỀ MẪU THỬ Nơi gởi mẫu: ĐOÀN THỊ TÁM Mẫu thử: B5 Yêu cầu: Định danh phương pháp giải trình tự gen 16S PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN  Giải trình tự gen 16S rRNA tra cứu BLAST SEARCH Kết GRAM Kết giải trình tự gen 16S TTGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGCGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATG CAAGTCGAACGGGCTTCTTCGGAAGTCAGTGGCAGACGGGTGAGTAACACGTGG GAACGTGCCCTTCGGTTCGGAATAACTCAGGGAAACTTGAGCTAATACCGGATAC GCCCTTTTGGGGAAAGGTTTACTGCCGAAGGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTT GTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGAT GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAG TGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGA TGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTTGTCCGGGACGATAATGACGGTACCG GAAGAATAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAA Kết tra cứu BLAST SEARCH Methylobacterium populi DNA, complete genome Sequence ID: dbj|AP014809.1|Length: 5705640Number of Matches: Related Information Range 1: 647284 to 647755GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score 872 bits(472) Expect 0.0 Identities 472/472(100%) Gaps 0/472(0%) Strand Plus/Minus Features: rRNA-16S ribosomal RNA Query GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGCGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAA 63 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647755 GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGCGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAA 647696 Query 64 CGGGCTTCTTCGGAAGTCAGTGGCAGACGGGTGAGTAACACGTGGGAACGTGCCCTTCGG 123 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647695 CGGGCTTCTTCGGAAGTCAGTGGCAGACGGGTGAGTAACACGTGGGAACGTGCCCTTCGG 647636 Query 124 TTCGGAATAACTCAGGGAAACTTGAGCTAATACCGGATACGCCCTTTTGGGGAAAGGTTT 183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647635 TTCGGAATAACTCAGGGAAACTTGAGCTAATACCGGATACGCCCTTTTGGGGAAAGGTTT 647576 Query 184 ACTGCCGAAGGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGG 243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647575 ACTGCCGAAGGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGG 647516 Query 244 CGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCA 303 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647515 CGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCA 647456 Query 304 GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCC 363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647455 GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCC 647396 Query 364 ATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTTGTCCGGGACGATAATG 423 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647395 ATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTTGTCCGGGACGATAATG Query 424 ACGGTACCGGAAGAATAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAA 475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 647335 ACGGTACCGGAAGAATAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAA 647284 Methylobacterium populi KẾT LUẬN TP Hồ Chí Minh, ngày 06 tháng 07 năm 2016 TRƯỞNG PHÒNG TS.BS.Phạm Hùng Vân 647336 CÔNG TY TNHH DỊCH VỤ VÀ THƯƠNG MẠI NAM KHOA 793/58 Trần Xuân Soạn, P Tân Hưng, Q.7, TP Hồ Chí Minh, Việt Nam Phone: (08)37715818; (08)37752252 Fax: (08)37750583; (08)37752250 Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com Email: namkhoa.biotek@gmail.com ISO 9001:2008 ISO 13485 WHO GMP/GLP KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM Số: FF4949-2 THƠNG TIN VỀ MẪU THỬ Nơi gởi mẫu: ĐOÀN THỊ TÁM Mẫu thử: S3 Yêu cầu: Định danh phương pháp giải trình tự gen 16S PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN  Giải trình tự gen 16S rRNA tra cứu BLAST SEARCH Kết GRAM Kết giải trình tự gen 16S TTGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATGC AAGTCGAACGGCAGCGGGGGCTTCGGCCTGCCGGCGAGTGGCGAACGGGTGA GTAATACATCGGAACGTGTCCTTAAGTGGGGAATAACGCATCGAAAGATGTGCTA ATACCGCATATCTCTGAGGAGAAAAGCAGGGGATCGCAAGACCTTGCGCTAAAG GAGCGGCCGATGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCTTACCAAGGCAAC GATCAGTAGTTGGTCTGAGAGGACGGCCAACCACACTGGGACTGAGACACGGCC CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGCGAAAGCCTG ATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCTCTTTTAGT CGGAAAGAAAGAGTTGCAATGAATAATTGTGATTTATGACGGTACCGACAGAAAA AGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA Kết tra cứu BLAST SEARCH Nitrosomonas europaea ATCC 19718 strain ATCC 19718 16S ribosomal RNA, complete sequence Sequence ID: ref|NR_074774.1|Length: 1532Number of Matches: Related Information Range 1: to 518GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score 957 bits(518) Query Expect 0.0 Identities 518/518(100%) Gaps 0/518(0%) Strand Plus/Plus AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATGCAAGTCGAAC 64 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCATGCTTTACACATGCAAGTCGAAC 60 Query 65 GGCAGCGGGGGCTTCGGCCTGCCGGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATCGGAACGT 124 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GGCAGCGGGGGCTTCGGCCTGCCGGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATCGGAACGT 120 Query 125 GTCCTTAAGTGGGGAATAACGCATCGAAAGATGTGCTAATACCGCATATCTCTGAGGAGA 184 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GTCCTTAAGTGGGGAATAACGCATCGAAAGATGTGCTAATACCGCATATCTCTGAGGAGA 180 Query 185 AAAGCAGGGGATCGCAAGACCTTGCGCTAAAGGAGCGGCCGATGTCTGATTAGCTAGTTG 244 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AAAGCAGGGGATCGCAAGACCTTGCGCTAAAGGAGCGGCCGATGTCTGATTAGCTAGTTG 240 Query 245 GTGGGGTAAAGGCTTACCAAGGCAACGATCAGTAGTTGGTCTGAGAGGACGGCCAACCAC 304 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GTGGGGTAAAGGCTTACCAAGGCAACGATCAGTAGTTGGTCTGAGAGGACGGCCAACCAC 300 Query 305 ACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAA 364 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 ACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAA 360 Query 365 TGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGC 424 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 TGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGC 420 Query 425 TCTTTTAGTCGGAAAGAAAGAGTTGCAATGAATAATTGTGATTTATGACGGTACCGACAG 484 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TCTTTTAGTCGGAAAGAAAGAGTTGCAATGAATAATTGTGATTTATGACGGTACCGACAG Query 485 AAAAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA 522 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 AAAAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA 518 Nitrosomonas europaea KẾT LUẬN TP Hồ Chí Minh, ngày 06 tháng 07 năm 2016 TRƯỞNG PHÒNG TS.BS.Phạm Hùng Vân 480