Khảo sát mức độ nhiễm vi sinh vật và đánh giá khả năng kháng kháng sinh của salmonella spp trong thực phẩm tại khu vực thành phố hồ chí minh

ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ TRUNG TÂM DỊCH VỤ PHÂN TÍCH THÍ NGHIỆM TP HCM CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ KHẢO SÁT MỨC ĐỘ NHIỄM VI SINH VẬT VÀ ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA SALMONELLA SPP TRONG THỰC PHẨM TẠI KHU VỰC THÀNH PHỐ HỜ CHÍ MINH Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: TRUNG TÂM DỊCH VỤ PHÂN TÍCH THÍ NGHIỆM TP HCM Chủ nhiệm nhiệm vụ: Th.S TRƯƠNG HUỲNH ANH VŨ Thành phố Hồ Chí Minh - 2021 ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ TRUNG TÂM DỊCH VỤ PHÂN TÍCH THÍ NGHIỆM TP HCM CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ KHẢO SÁT MỨC ĐỘ NHIỄM VI SINH VẬT VÀ ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA SALMONELLA SPP TRONG THỰC PHẨM TẠI KHU VỰC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chủ nhiệm nhiệm vụ Trương Huỳnh Anh Vũ Cơ quan chủ trì nhiệm vụ Thành phố Hồ Chí Minh - 2021 TRUNG TÂM DỊCH VỤ CỢNG HỒ XÃ HỢI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM PHÂN TÍCH THÍ NGHIỆM TP HCM Độc lập - Tự - Hạnh phúc TP HCM, ngày 07 tháng 06 năm 2021 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: KHẢO SÁT MỨC ĐỘ NHIỄM VI SINH VẬT VÀ ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA SALMONELLA SPP TRONG THỰC PHẨM TẠI KHU VỰC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Thuộc lĩnh vực: Nông, lâm, ngư nghiệp Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Trương Huỳnh Anh Vũ Ngày, tháng, năm sinh: 28/05/1980 Nam/ Nữ: Nam Học hàm, học vị: Thạc sĩ Chức danh khoa học: Không Chức vụ: Trưởng phòng Điện thoại: Tổ chức: (028) 38295087 Mobile: 0909182442 Fax: (028) 38293087 E-mail: vutha@case.vn; truonghuynhanhvu@yahoo.com Tên tổ chức cơng tác: Trung tâm Dịch vụ Phân tích Thí nghiệm TP HCM Địa tổ chức: 02 Nguyễn Văn Thủ, Phường Đakao, Quận 01, TP HCM Địa nhà riêng: 26B3.1, Trần Não, Phường An Khánh, TP Thủ Đức, TP HCM Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Dịch vụ Phân tích Thí nghiệm TP HCM Điện thoại: (028) 38295087 Fax: (028) 38293087 E-mail: casehcm@case.vn Website: www.case.vn Địa chỉ: 02 Nguyễn Văn Thủ, Phường Đakao, Quận 01, TP HCM Họ tên thủ trưởng tổ chức: Chu Vân Hải Số tài khoản: 3713.0.1047074.00000 Kho bạc: Kho bạc nhà nước Quận Tên quan chủ quản đề tài: Sở Khoa học Cơng nghệ TP HCM II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ - Theo Hợp đồng ký kết: từ tháng 09 năm 2019 đến tháng 09 năm 2021 - Thực tế thực hiện: từ tháng 09 năm 2019 đến tháng 09 năm 2021 - Được gia hạn (nếu có): khơng Kinh phí sử dụng kinh phí a) Tổng số kinh phí thực hiện: 1.945 tr.đ, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 1.945 tr.đ + Kinh phí từ nguồn khác: tr.đ b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số TT Theo kế hoạch Thực tế đạt Thời gian Kinh phí Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) (Tháng, năm) (Tr.đ) 09/2019 972 04/2021 972 09/2020 778 07/2021 748 09/2021 195 Ghi (Số đề nghị toán) 972 c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Trả công lao động (khoa học, phổ thông) Nguyên, vật liệu, lượng Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi khác Tổng cộng - Lý thay đổi (nếu có): Theo kế hoạch Thực tế đạt Tổng NSKH Nguồn khác 227.5 90.10 227.59 0.10 Tổng NSKH 227.59 227.59 0.10 0.10 Nguồn khác Các văn hành q trình thực đề tài/dự án (Liệt kê định, văn quan quản lý từ cơng đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số Số, thời gian ban Ghi Tên văn TT hành văn 847/QĐ-SKHCN Quyết định việc phê duyệt nhiệm vụ khoa ngày 17 tháng 09 học công nghệ năm 2019 Hợp đồng thực nhiệm vụ nghiên cứu 70/2019/HĐkhoa học công nghệ “Khảo sát mức độ QPTKHCN ngày nhiễm vi sinh vật đánh giá khả kháng 20 tháng 09 năm kháng sinh Salmonella spp thực 2019 phẩm khu vực thành phố Hồ Chí Minh” Quyết định việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu nhiệm vụ “Khảo sát mức 1104/QĐ-KHCN độ nhiễm vi sinh vật đánh giá khả ngày 07 tháng 11 kháng kháng sinh Salmonella spp năm 2019 thực phẩm khu vực thành phố Hồ Chí Minh” Tờ trình Phê duyệt điều chỉnh kế hoạch lựa 436/Ttrchọn nhà thầu nhiệm vụ theo hợp đồng số DVPTTN ngày 70/2019/HĐ-QPTKHCN “Khảo sát mức độ 17 tháng 07 năm nhiễm vi sinh vật đánh giá khả kháng 2020 kháng sinh Salmonella spp thực phẩm khu vực thành phố Hồ Chí Minh” 801/QĐ-SKHCN Quyết định việc điều chỉnh kế hoạch lựa ngày 29 tháng 07 chọn nhà thầu năm 2020 Quyết định việc phê duyệt dự tốn gói thầu 540/QĐmua sắm hóa chất, vật tư phục vụ phân tích DVPTTN ngày thuộc nhiệm vụ “Khảo sát mức độ nhiễm vi 27 tháng 08 năm sinh vật đánh giá khả kháng kháng 2020 sinh Salmonella spp thực phẩm khu vực thành phố Hồ Chí Minh” Quyết định việc phê duyệt dự tốn gói thầu 570/QĐmua sắm hóa chất, vật tư phục vụ phân tích DVPTTN ngày thuộc nhiệm vụ “Khảo sát mức độ nhiễm vi 08 tháng 09 năm sinh vật đánh giá khả kháng kháng 2020 sinh Salmonella spp thực phẩm khu vực thành phố Hồ Chí Minh” 602/TBDVPTTN ngày Thơng báo việc thương thảo hồn thiện 25 tháng 09 năm hợp đồng 2020 Quyết định việc phê duyệt kết lựa chọn nhà thầu gói thầu Mua sắm hóa chất, vật tư 612/QĐphục vụ phân tích thuộc nhiệm vụ “Khảo sát DVPTTN ngày mức độ nhiễm vi sinh vật đánh giá khả 30 tháng 09 năm kháng kháng sinh Salmonella spp 2020 thực phẩm khu vực thành phố Hồ Chí Minh” Thơng báo việc phê duyệt kết lựa chọn nhà thầu gói thầu Mua sắm hóa chất, vật tư 638/TBphục vụ phân tích thuộc nhiệm vụ “Khảo sát DVPTTN ngày 10 mức độ nhiễm vi sinh vật đánh giá khả 30 tháng 09 năm kháng kháng sinh Salmonella spp 2020 thực phẩm khu vực thành phố Hồ Chí Minh” Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Không Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh Tên tổ chức tham gia thực Nội dung tham gia chủ yếu Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi - Lý thay đổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, không 10 người kể chủ nhiệm) Số TT Tên cá Tên cá nhân đăng nhân ký theo tham gia thuyết minh thực Trương Huỳnh Anh Vũ Trương Huỳnh Anh Vũ Nội dung tham gia Sản phẩm chủ yếu đạt Xây dựng đề cương thuyết minh nhiệm vụ nghiên cứu khoa học cơng nghệ Chủ trì buổi Bản thuyết minh nhiệm vụ Báo cáo số liệu sau tổng hợp Đăng báo khoa Ghi Huỳnh Yên Hà Lê Thành Thọ Lương Sơn Tùng thảo luận kết nghiên cứu Tổ chức thực nhiệm vụ Tổng hợp số liệu báo cáo Viết báo cáo kỳ tổng kết Viết báo khoa học Điều hành tổ chức thực phân tích mẫu Lựa chọn phương pháp thử nghiệm phù hợp cho Huỳnh đối tượng mẫu Yên Hà Tối ưu hóa quy trình phát gen kháng kháng sinh Salmonella bằng PCR Phân tích số liệu Lê Thành Đánh giá kết Thọ phân tích Xử lý mẫu theo quy trình phù hợp Phân tích tiêu vi sinh thị thực phẩm bằng phương pháp truyền thống Lương Đánh giá sơ Sơn Tùng kết phân tích Tối ưu hóa quy trình phát gen kháng kháng sinh Salmonella bằng PCR học Quy trình phát gen kháng kháng sinh Salmonella bằng PCR Báo cáo đánh giá kết Báo cáo kết phân tích Báo cáo kết tối ưu hóa quy trình phát gen kháng kháng sinh Salmonella bằng PCR Phan Thị Ngọc Điệp Bao Thị Kim Hồng Xử lý mẫu theo quy trình phù hợp Thử nghiệm khả kháng kháng Phan Thị sinh Ngọc chủng Salmonella Điệp spp phân lập từ thực phẩm Đánh giá sơ kết phân tích Xử lý mẫu theo quy trình phù hợp Phân tích tiêu vi sinh thị thực phẩm bằng phương pháp sinh học phân tử Bao Thị Đánh giá sơ Kim Hồng kết phân tích Tối ưu hóa quy trình phát gen kháng kháng sinh Salmonella bằng PCR Trần Hà Phương Dung Trần Hà Phương Dung Chuẩn bị môi trường nuôi cấy Tiến hành thí nghiệm Nguyễn Thanh Dân Nguyễn Thanh Dân Ch̉n bị mơi trường ni cấy Tiến hành thí nghiệm Nguyễn Thị Hồng Hiếu Chuẩn bị môi Nguyễn trường ni cấy Thị Hồng Tiến hành thí Hiếu nghiệm Báo cáo kết kháng kháng sinh chủng Salmonella spp phân lập từ thực phẩm Báo cáo kết phân tích Báo cáo kết tối ưu hóa quy trình phát gen kháng kháng sinh Salmonella bằng PCR Môi trường nuôi cấy tiệt trùng Kết phân tích tiêu vi sinh Mơi trường ni cấy tiệt trùng Kết phân tích tiêu vi sinh Môi trường nuôi cấy tiệt trùng Kết phân 10 Lê Thị Anh Thư Lê Thị Anh Thư tích tiêu vi sinh Mơi trường Chuẩn bị môi nuôi cấy trường nuôi cấy tiệt trùng Tiến hành thí Kết phân nghiệm tích tiêu vi sinh - Lý thay đổi (nếu có): Tình hình hợp tác quốc tế: Không Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Không Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tóm tắt nội dung, cơng việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát nước nước ngồi) Số TT Các nội dung, cơng việc chủ yếu (Các mốc đánh giá chủ yếu) Xây dựng thuyết minh Thời gian (Bắt đầu, kết thúc - tháng … năm) Theo kế Thực tế hoạch đạt 060608/2019 08/2019 Người, quan thực Trương Huỳnh Anh Vũ Nội dung 1: Phân tích xác định mức độ nhiễm vi sinh vật thị cho nhóm thực phẩm khu vực thành phố Hồ Chí Minh Cơng việc 1: Thu thập mẫu để phân tích tiêu vi sinh vật thị mức độ nhiễm nhóm thực phẩm chợ siêu thị địa bàn thành phố Hồ Chí Minh Cơng việc 2: Xây dựng tối ưu hóa quy trình xử lý mẫu sau thu thập, chuẩn bị mẫu thử, huyền phù ban đầu dung dịch pha loãng thập phân để kiểm tra vi sinh vật 09/201912/2020 09/201912/2020 09/201903/2020 05/202011/2020 09/201903/2020 05/202011/2020 Lương Sơn Tùng Nguyễn Thanh Dân 09/201912/2019 Huỳnh Yên Hà Lương Sơn Tùng Phan Thị Ngọc Điệp Nguyễn Thanh Dân 09/201912/2019 Công việc 3: Xây dựng tối ưu hóa quy trình phân tích định tính/định lượng tiêu vi sinh bằng kỹ thuật nuôi cấy truyền thống 09/201910/2020 09/201910/2020 Công việc 4: Xây dựng tối ưu hóa quy trình phân tích định tính tiêu vi sinh bằng kỹ thuật PCR 09/201901/2020 09/201901/2020 Nội dung 2: Khảo sát đánh giá mức độ nhạy cảm kháng sinh chủng Salmonella spp phân lập từ nhóm thực phẩm khác 12/201912/2020 12/201912/2020 Huỳnh Yên Hà Nguyễn Thị Hồng Hiếu Trần Hà Phương Dung Lê Thị Anh Thư Trương Huỳnh Anh Vũ Lương Sơn Tùng Bao Thị Kim Hồng B9 Sự diện integron nhóm kiểu hình kháng kháng sinh Salmonella Nguồn Ký hiệu Serovar Kiểu hình kháng kháng sinh Thịt heo SA11/19 3497 SA11/19 4221 SA07/20 3335 SA11/19 3498 SA12/19 1584 SA05/20 1114 SA07/20 1066 SA07/20 1067 SA11/19 3514 SA11/19 3515 SA11/19 4205 SA12/19 501 SA12/19 1600 SA01/20 66 SA02/20 1524 SA05/20 210 SA06/20 1808 SA06/20 1809 SA07/20 460 SA07/20 462 SA08/20 2058 S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Infantis S Potsdam S Kentucky S Kentucky S Kentucky S Saintpaul S Braenderup S Kentucky S Kentucky S Potsdam S Kentucky S Infantis S Agona S Infantis OMF:1,z6:UT 7:1,z6:UT S Kentucky AMC/AM-C-NA/CIP/OFX-STR-TE CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX, STR, SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE- SXT AM-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE Thịt bò Thịt gà Cá 167 Gen Kích thước vùng gen IntI1 cassette (kbp) + + 0,25 + 1,0; 0,9 + 0,25 + 1,0 + 1,0; 0,6; 0,25 + > 1,0; 0,6 + > 1,0; 0,6; 0,4 + + 0,2 + 1,0; 0,2 + > 1,0 + + 2,5 + 0,6; 0,4 + 1,0; 0,9; 0,6 + 0,6; 0,25 + 1,0; 0,9; 0,5 + 0,6 + 1,0; 0,9; 0,6; 0,25 + > 1,0; 0,9; 0,6 B10 Sự diện integron nhóm kiểu hình kháng kháng sinh Salmonella Nguồn Ký hiệu Serovar Kiểu hình kháng kháng sinh Thịt heo SA11/19 3497 SA11/19 4221 SA07/20 3335 SA11/19 3498 SA12/19 1584 SA05/20 1114 SA07/20 1066 SA07/20 1067 SA11/19 3514 SA11/19 3515 SA11/19 4205 SA12/19 501 SA12/19 1600 SA01/20 66 SA02/20 1524 SA05/20 210 SA06/20 1808 SA06/20 1809 SA07/20 460 SA07/20 462 SA08/20 2058 S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Infantis S Potsdam S Kentucky S Kentucky S Kentucky S Saintpaul S Braenderup S Kentucky S Kentucky S Potsdam S Kentucky S Infantis S Agona S Infantis OMF:1,z6:UTa 7:1,z6:UTa S Kentucky AMC/AM-C-NA/CIP/OFX-STR-TE CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX, STR, SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE- SXT AM-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE Thịt bò Thịt gà Cá 168 Gen IntI2 + + + + + + + + + + + - Kích thước vùng gen cassette (kbp) 0,7 1,0; 0,7 1,0; 0,7; 2,0; 1,6; 1,0; 0,7 1,0; 0,7 2,0; 0,7 0,7 0,7 1,0; 0,6 1,0; 0,7 1,0; 0,7 1,7; 1,0; 0,7 1,6; 1,0; 0,7 2,0; 1,0; 0,7; 0,5 0,7 2,0; 1,0; 0,7 1,0; 0,7 0,7 B11 Sự diện gen mã hóa sinh ESBL Nguồn Ký hiệu Serovar Thịt heo SA11/19 3497 SA11/19 4221 SA07/20 3335 SA11/19 3498 SA12/19 1584 SA05/20 1114 SA07/20 1066 SA07/20 1067 SA11/19 3514 SA11/19 3515 SA11/19 4205 SA12/19 501 SA12/19 1600 SA01/20 66 SA02/20 1524 SA05/20 210 SA06/20 1808 SA06/20 1809 SA07/20 460 SA07/20 462 SA08/20 2058 S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Infantis S Potsdam S Kentucky S Kentucky S Kentucky S Saintpaul S Braenderup S Kentucky S Kentucky S Potsdam S Kentucky S Infantis S Agona S Infantis OMF:1,z6:UT 7:1,z6:UT S Kentucky Thịt bò Thịt gà Cá Kiểu hình kháng kháng sinh AMC/AM-C-NA/CIP/OFX-STR-TE CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX, STR, SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE- SXT AM-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE 169 bla TEM + + + + + + + + + + bla SHV - bla CTX + + + + - B12 Sự diện gen mã hóa kháng tetracycline Nguồn Ký hiệu Serovar Thịt heo SA11/19 3497 SA11/19 4221 SA07/20 3335 SA11/19 3498 SA12/19 1584 SA05/20 1114 SA07/20 1066 SA07/20 1067 SA11/19 3514 SA11/19 3515 SA11/19 4205 SA12/19 501 SA12/19 1600 SA01/20 66 SA02/20 1524 SA05/20 210 SA06/20 1808 SA06/20 1809 SA07/20 460 SA07/20 462 SA08/20 2058 S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Infantis S Potsdam S Kentucky S Kentucky S Kentucky S Saintpaul S Braenderup S Kentucky S Kentucky S Potsdam S Kentucky S Infantis S Agona S Infantis OMF:1,z6:UT 7:1,z6:UT S Kentucky Thịt bò Thịt gà Cá Kiểu hình kháng kháng sinh AMC/AM-C-NA/CIP/OFX-STR-TE CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX, STR, SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE- SXT AM-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE 170 tetA tetB tetC tetD tetE + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + B13 Sự diện gen kháng phenicol Nguồn Ký hiệu Serovar Thịt heo SA11/19 3497 SA11/19 4221 SA07/20 3335 SA11/19 3498 SA12/19 1584 SA05/20 1114 SA07/20 1066 SA07/20 1067 SA11/19 3514 SA11/19 3515 SA11/19 4205 SA12/19 501 SA12/19 1600 SA01/20 66 SA02/20 1524 SA05/20 210 SA06/20 1808 SA06/20 1809 SA07/20 460 SA07/20 462 SA08/20 2058 S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Infantis S Potsdam S Kentucky S Kentucky S Kentucky S Saintpaul S Braenderup S Kentucky S Kentucky S Potsdam S Kentucky S Infantis S Agona S Infantis OMF:1,z6:UT 7:1,z6:UT S Kentucky Thịt bò Thịt gà Cá Kiểu hình kháng kháng sinh AMC/AM-C-NA/CIP/OFX-STR-TE CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX, STR, SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE- SXT AM-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE 171 cmlA cmlB flo + + - + - - B14 Sự diện gen kháng nhóm sulfonamide Nguồn Ký hiệu Serovar Thịt heo SA11/19 3497 SA11/19 4221 SA07/20 3335 SA11/19 3498 SA12/19 1584 SA05/20 1114 SA07/20 1066 SA07/20 1067 SA11/19 3514 SA11/19 3515 SA11/19 4205 SA12/19 501 SA12/19 1600 SA01/20 66 SA02/20 1524 SA05/20 210 SA06/20 1808 SA06/20 1809 SA07/20 460 SA07/20 462 SA08/20 2058 S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Infantis S Potsdam S Kentucky S Kentucky S Kentucky S Saintpaul S Braenderup S Kentucky S Kentucky S Potsdam S Kentucky S Infantis S Agona S Infantis OMF:1,z6:UT 7:1,z6:UT S Kentucky Thịt bò Thịt gà Cá Kiểu hình kháng kháng sinh AMC/AM-C-NA/CIP/OFX-STR-TE CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX, STR, SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE- SXT AM-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE 172 sul1 sul2 + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + B15 Sự diện gen mã hóa kháng aminoglycoside Nguồn Ký hiệu Serovar Thịt heo SA11/19 3497 SA11/19 4221 SA07/20 3335 SA11/19 3498 SA12/19 1584 SA05/20 1114 SA07/20 1066 SA07/20 1067 SA11/19 3514 SA11/19 3515 SA11/19 4205 SA12/19 501 SA12/19 1600 SA01/20 66 SA02/20 1524 SA05/20 210 SA06/20 1808 SA06/20 1809 SA07/20 460 SA07/20 462 SA08/20 2058 S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Infantis S Potsdam S Kentucky S Kentucky S Kentucky S Saintpaul S Braenderup S Kentucky S Kentucky S Potsdam S Kentucky S Infantis S Agona S Infantis OMF:1,z6:UT 7:1,z6:UT S Kentucky Thịt bò Thịt gà Cá Kiểu hình kháng kháng sinh AMC/AM-C-NA/CIP/OFX-STR-TE CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX, STR, SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE- SXT AM-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMC/AM-CAZ-C-STR-TE-SXT AM-C-NA/CIP-STR/GM-TE AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA-STR/GM-TE-SXT AM-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE 173 strA strB aadA2 aadB + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + - B16 Sự diện gen mã hóa kháng quinolon Nguồn Ký hiệu Serovar Thịt heo SA11/19 3497 SA11/19 4221 SA07/20 3335 SA11/19 3498 SA12/19 1584 SA05/20 1114 SA07/20 1066 SA07/20 1067 SA11/19 3514 SA11/19 3515 SA11/19 4205 SA12/19 501 SA12/19 1600 SA01/20 66 SA02/20 1524 SA05/20 210 SA06/20 1808 SA06/20 1809 SA07/20 460 SA07/20 462 SA08/20 2058 S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Infantis S Potsdam S Kentucky S Kentucky S Kentucky S Saintpaul S Braenderup S Kentucky S Kentucky S Potsdam S Kentucky S Infantis S Agona S Infantis OMF:1,z6:UT 7:1,z6:UT S Kentucky Thịt bò Thịt gà Cá Kiểu hình kháng kháng sinh AMC/AM-C-NA/CIP/OFX-STR-TE CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA/CIP/OFX, STR, SXT AMC/AMP-CAZ-C-STR-TE-SXT AMP-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMP-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AMP-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AMP-CAZ-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE- SXT AMP-NA/CIP-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMC/AMP-CAZ-C-STR-TE-SXT AMP-C-NA/CIP-STR/GM-TE AMP-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA-STR/GM-TE-SXT AMP-C-NA/CIP/OFX-STR/GM-TE 174 gyrA gyrB parC parE + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + B17 Kết xác định gen blaTEM, blaCTX 10 11 12 13 14 15 16 17 Chú thích: giếng 1: thang chuẩn 100 bp, giếng 2: chứng âm, giếng 3: chứng dương, giếng - 17: mẫu khảo sát B18 Kết xác định gen tetA, tetB 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 Chú thích: giếng 1: thang chuẩn 100 bp, giếng 2: chứng âm, giếng 3: chứng dương, giếng 4-23: mẫu khảo sát B19 Kết xác định gen cmlA Chú thích: giếng 1: thang chuẩn 100 bp, giếng 2: chứng âm, giếng 3: chứng dương, giếng 4-5: mẫu khảo sát 175 B20 Kết xác định gen sul1, sul2 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 Chú thích: giếng 1: thang chuẩn 100 bp, giếng 2: chứng âm, giếng 3: chứng dương, giếng 4-22: mẫu khảo sát B21 Kết xác định gen strA, strB 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 Chú thích: giếng 1: thang chuẩn 100 bp, giếng 2: chứng âm, giếng 3: chứng dương, giếng 4-22: mẫu khảo sát B22 Kết xác định gen gyrA, gyrB 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 Chú thích: giếng 1: thang chuẩn 100 bp, giếng 2: chứng dương, giếng 3: chứng âm, giếng 4-23: mẫu khảo sát 176 B23 Kết so sánh cấu trúc lắp ráp contigs SA11/19 3497 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) B24 Kết so sánh cấu trúc lắp ráp contigs SA12/19 1600 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) 177 B25 Kết so sánh cấu trúc lắp ráp contigs SA07/20 1066 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) B26 Kết so sánh cấu trúc lắp ráp contigs SA07/20 1067 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) B27 Các vùng integron xác định SA12/19 3497 178 ID_integron integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 Contigs Pos_beg Pos_end 17 6963 7310 17 7413 7472 17 7474 8271 17 8275 8352 17 8347 8721 Strand -1 -1 -1 -1 -1 Type protein attC protein attC protein Annotation emrE attC ANT3 attC AAC3-I Vị trí integron contig 17 B28 Các vùng integron xác định SA12/19 1600 ID_integron integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 Contigs 20 20 20 20 20 Pos_beg 8813 9263 9324 10125 10197 Pos_end Strand 9160 -1 9322 -1 10121 -1 10202 -1 10571 -1 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 39 39 39 39 43 90 982 1043 102 911 1041 2053 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 40 40 40 40 40 237 714 830 1134 1289 719 799 1282 1234 1402 179 Type protein attC protein attC protein Annotation emrE attC ANT3 attC AAC3-I -1 -1 -1 -1 attC protein attC protein attC protein attC ANT3 1 1 protein attC protein attC attC protein attC protein attC attC Vị trí integron contig 20 Vị trí integron contig 39 Vị trí integron contig 40 B29 Các vùng integron xác định SA07/20 1066 1067 ID_integron integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 Contigs 19 19 19 19 19 Pos_beg 371 452 1251 1413 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 37 37 37 37 20 1032 1162 1971 Pos_end Strand Type 376 protein 448 attC 1249 protein 1310 attC 1760 protein 1030 1091 1983 2030 180 1 1 protein attC protein attC Annotation AAC3-I attC ANT3 attC emrE ANT3 attC protein attC integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 38 38 38 38 38 237 714 830 1134 1289 719 799 1282 1234 1402 Vị trí integron contig 19 Vị trí integron contig 37 Vị trí integron contig 38 181 1 1 protein attC protein attC attC protein attC protein attC attC