Giá trị chẩn đoán của qui trình real time pcr cải tiến phát hiện nhanh streptococcus nhóm b ở thai phụ đủ tháng tại cơ sở 2

ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ NHIỆM VỤ GIÁ TRỊ CHẨN ĐỐN CỦA QUY TRÌNH REAL-TIME PCR CẢI TIẾN PHÁT HIỆN NHANH STREPTOCOCCCUS NHÓM B Ở THAI PHỤ ĐỦ THÁNG TẠI CƠ SỞ 2, BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH Chủ nhiệm nhiệm vụ: PGS TS BS HÀ MẠNH TUẤN Thành phố Hồ Chí Minh – 2022 ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CƠNG NGHỆ NHIỆM VỤ GIÁ TRỊ CHẨN ĐỐN CỦA QUY TRÌNH REAL-TIME PCR CẢI TIẾN PHÁT HIỆN NHANH STREPTOCOCCCUS NHĨM B Ở THAI PHỤ ĐỦ THÁNG TẠI CƠ SỞ 2, BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chủ nhiệm nhiệm vụ (ký tên) Hà Mạnh Tuấn Cơ quan chủ trì nhiệm vụ (ký tên đóng dấu) Thành phố Hồ Chí Minh - 2022 BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc TP Hồ Chí Minh, ngày 30 tháng 11 năm 2022 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Giá trị chẩn đốn quy trình real-time PCR cải tiến phát nhanh Streptococcus nhóm B thai phụ đủ tháng Cơ sở 2, Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh Thuộc: Chương trình/lĩnh vực (tên chương trình/lĩnh vực): Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: HÀ MẠNH TUẤN Ngày, tháng, năm sinh: 01/01/1966 Nam/ Nữ: Nam Học hàm, học vị: Tiến sỹ Y học Chức danh khoa học: Chức vụ: Trưởng sở 2, Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh Điện thoại: Tổ chức: (84.8) 39525367 Nhà riêng: Mobile: 0903 311 709 Fax: E-mail: hamanhtuan@ump.edu.vn Tên tổ chức công tác: Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh Địa tổ chức: 217 Hồng Bàng, quận 5, Thành phố Hồ Chí Minh Địa nhà riêng: 368/17 Lê Hồng Phong, Quận 10, Tp Hồ Chí Minh Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh Điện thoại: (84.8) 38558411 Fax: (84.8) 8552304 E-mail: yds@hcm.vnn.vn Website: www.bvdaihoc.com.vn Địa chỉ: 215 Hồng Bàng, quận 5, Thành phố Hồ Chí Minh Họ tên thủ trưởng tổ chức: PGS TS BS NGUYỄN HỒNG BẮC, Phó Hiệu trưởng Số tài khoản: 3713.0.1057277.00000 -1- Kho bạc: Nhà nước Quận 5, thành phố Hồ Chí Minh Tên quan chủ quản đề tài: Sở Khoa học Công nghệ TP Hồ Chí Minh II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo Hợp đồng ký kết: từ tháng 06/ năm 2020 đến tháng 06/ năm 2022 - Thực tế thực hiện: từ tháng 06 / năm 2020 đến tháng 12 / năm 2022 - Được gia hạn (nếu có): - Lần từ tháng 06 năm 2022 đến tháng 12 năm 2022 - Lần … … Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 785 tr.đ, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 785 tr.đ + Kinh phí từ nguồn khác: tr.đ b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số TT … Theo kế hoạch Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) 06/2020 392 05/2022 314 Thực tế đạt Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) 06/2020 392 05/2022 314 Ghi (Số đề nghị toán) 392 314 c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Xây dựng thuyết minh Trả công lao động (khoa học, phổ thông) Nguyên, vật liệu, lượng Dịch vụ thuê phục vụ nghiên cứu Theo kế hoạch Thực tế đạt Tổng NSKH Nguồn khác Tổng NSKH Nguồn khác 9,7997 9,7997 9,7997 9,7997 272,968 272,968 272,968 272,968 350,750 350,750 350,750 350,750 16 16 16 16 -2- Quản lý chung nhiệm vụ KH&CN quan chủ trì Chi khác Tổng cộng 35 35 35 35 0 0 0 706 706 706 706 - Lý thay đổi (nếu có): Các văn hành q trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ công đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số Số, thời gian ban hành Tên văn Ghi TT văn Chấp thuận Hội đồng đạo đức 370/HĐĐĐ-ĐHYD, nghiên cứu Y Sinh học Đại học Y Dược ngày 02/6/2020 TP Hồ Chí Minh 551/QĐ-SKHCN, ngày Quyết định: việc phê duyệt nhiệm vụ 4/6/2020 nghiên cứu khoa học công nghệ 32/2020/HĐHợp đồng thực nhiệm vụ nghiên cứu QPTKHCN, ngày khoa học công nghệ 25/6/2020 430A/HĐ-ĐHYD, ngày Hợp đồng nghiên cứu khoa học 01/7/2020 431A/HĐ-ĐHYD, ngày Hợp đồng giao khốn chun mơn 01/7/2020 Tờ trình: việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu nhiệm vụ “Giá trị chẩn đoán quy trình real-time PCR cải tiến 1179/TTr-ĐHYD, ngày phát nhanh Streptococcus nhóm B 11/08/2020 thai phụ đủ tháng sở 2, Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh” Quyết định: việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu nhiệm vụ “Giá trị chẩn đốn quy trình real-time PCR 923/QĐ-SKHCN, ngày cải tiến phát nhanh Streptococcus 3/9/2020 nhóm B thai phụ đủ tháng sở 2, Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh” Quyết định: việc phê duyệt kết lựa chọn nhà thầu Gói thầu “Hóa chất nguyên vật liệu vật tư” nhiệm vụ: 3623/QĐ-ĐHYD, ngày Giá trị chẩn đốn quy trình real-time 30/9/2020 PCR cải tiến phát nhanh Streptococcus nhóm B thai phụ đủ tháng sở 2, Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh TS Hà -3- Mạnh Tuấn làm chủ nhiệm nhiệm vụ theo hình thức định thầu rút gọn 44/202/HĐ-KT, ngày 30/9/2020 Hợp đồng kinh tế 10 441/QĐ-SKHCN, ngày 09/06/2022 Quyết định việc điều chỉnh Điều Quyết định số 551/QĐ-SKHCN ngày 04/06/2020; Gia hạn thời gian thực nhiệm vụ 11 43/2022/PLHĐQKHCN, ngày 14/6/2022 Phụ lục Hợp đồng thực nhiệm vụ nghiên cứu khoa học công nghệ Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh Trung tâm Nghiên cứu Di truyền Sức khỏe Sinh sản – Khoa Y – ĐHQG TP HCM Tên tổ chức tham gia thực Bệnh viện Đại học Y Dược TP Hồ Chí Minh Cơ sở 2; Trung tâm Đào tạo Chẩn đoán Y Sinh học phân tử Nội dung tham gia chủ yếu - Thu mẫu - Tư vấn tham gia nghiên cứu - Trình hội đồng y đức - Đánh giá giá trị chẩn đốn lâm sàng quy trình real-time PCR Sản phẩm chủ yếu đạt - 259 mẫu dịch phết âm đạo - trực tràng thai phụ kèm theo giấy đồng thuận tham gia nghiên cứu - Biên chấp thuận Hội đồng Y đức - Giá trị chẩn đốn lâm sàng quy trình realtime PCR xác định với độ nhạy 93.9% độ đặc hiệu 97.9% so với nuôi cấy Ghi chú* -4- Công ty TNHH CNSH Khoa Thương Công ty TNHH CNSH Khoa Thương; Trung tâm Đào tạo Chẩn đoán Y Sinh học phân tử - Tối ưu qui trình real-time PCR chẩn đoán nhanh GBS với tổng thời gian - Xác định độ đặc hiệu độ nhạy kỹ thuật quy trình real-time PCR - Tối ưu qui trình realtime PCR chẩn đốn nhanh GBS với tổng thời gian - Độ đặc hiệu hiệu kỹ thuật 100% độ nhạy kỹ thuật 189 CFU/ml 10.9 sao/phản ứng (tương đương 545 sao/ml) - Lý thay đổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, không 10 người kể chủ nhiệm) Số TT Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh Hà Mạnh Tuấn Tên cá nhân tham gia thực Hà Mạnh Tuấn Nguyễn Tuấn Anh Nguyễn Tuấn Anh Nội dung tham gia - Chủ nhiệm đề tài - Viết đề cương nghiên cứu - Chịu trách nhiệm điều phối thực đề tài - Hướng dẫn học viên Thạc Sỹ - Thư ký: tổng hợp nội dung nghiên cứu tài đề tài - Thực số nội dung nghiên cứu đề tài: Tối Sản phẩm chủ yếu đạt - Đề cương nghiên cứu - Giấy chấp thuận Hội đồng Y Đức - Báo cáo kỳ - Báo cáo tổng kết Ghi chú* - Quy trình real-time PCR tối ưu - Kết xác định giá trị chẩn đốn lâm sàng quy trình -5- Trần Thị Bích Huyền Trần Thị Bích Huyền Nguyễn Thụy Vy Nguyễn Thụy Vy Vũ Trí Thanh Vũ Trí Thanh Bùi Thị Kim Thảo Bùi Thị Kim Thảo ưu hồn quy trình, phân tích số liệu, xác định giá trị chẩn đốn viết báo cáo - Hướng dẫn học viên Thạc Sỹ - Xây dựng quy trình thu mẫu - Tư vấn bệnh nhân tham gia nghiên cứu chọn bệnh theo tiêu chuẩn - Xác định tình trạng nhiễm GBS thai phụ phương pháp real-time PCR nuôi cấy - Xây dựng quy trình thu mẫu - Tư vấn bệnh nhân tham gia nghiên cứu chọn bệnh theo tiêu chuẩn - Xây dựng quy trình thu mẫu - Tư vấn bệnh nhân tham gia nghiên cứu chọn bệnh theo tiêu chuẩn - Chuẩn bị báo cáo kỳ - Chuẩn bị báo cáo tổng kết - Quy trình thu mẫu - 259 đồng thuận tham gia nghiên cứu thu thập thông tin bệnh nhân tương ứng - Kết xác định tình trạng nhiễm GBS thai phụ - Quy trình thu mẫu - 259 đồng thuận tham gia nghiên cứu thu thập thông tin bệnh nhân tương ứng - Quy trình thu mẫu - 259 đồng thuận tham gia nghiên cứu thu thập thông tin bệnh nhân tương ứng -6- Nguyễn Thị Mỹ Linh Nguyễn Thị Mỹ Linh Nguyễn Thanh Danh Nguyễn Thanh Danh Hồ Huỳnh Thùy Dương Hồ Huỳnh Thùy Dương - Lý thay đổi ( có): Tình hình hợp tác quốc tế: Theo kế hoạch Số (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số TT đoàn, số lượng người tham gia ) - Thực công việc thực nghiệm: Tối ưu hồn thiện quy trình realtime PCR, ni cấy vi khuẩn - Quy trình real-time PCR tối ưu đầy đủ thơng số với thời gian hồn thành - Kết nuôi cấy 259 mẫu phết thu thập - Thực - 259 mẫu số khâu kỹ thuật phết âm đạo – đề tài : Xử trực tràng lý mẫu bệnh xử lý phẩm, tách chiết - 259 mẫu DNA thực DNA tách phản ứng chiết real-time PCR - Kết PCR phát GBS - Xây dựng đề - Hoàn chỉnh cương nghiên đề cương cứu nghiên cứu - Chỉnh sửa báo - Báo cáo cáo - Bài báo - Chỉnh sửa báo Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Theo kế hoạch Số (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa TT điểm ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Ghi chú* -7- - Lý thay đổi (nếu có): Tóm tắt nội dung, cơng việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát nước nước ngồi) Số TT Các nội dung, cơng việc chủ yếu (Các mốc đánh giá chủ yếu) Thời gian (Bắt đầu, kết thúc - tháng … năm) Theo kế Thực tế đạt hoạch Tuyển chọn thu mẫu theo tiêu chí chọn mẫu đề tài 01/2021 – 12/2021 4/2021 – 12/2021 Hoàn thiện quy trình real-time PCR sàng lọc nhanh GBS 7/2020 – 12/2020 7/2020 – 3/2021 Giám định kỳ 5/2021 5/2021 01/2021 – 12/2021 4/2021 – 2/2022 01/2021 – 12/2021 4/2021 – 8/2022 Sử dụng quy trình real-time PCR để xác định tình trạng nhiễm GBS thai phụ đồng thời với nuôi cấy truyền thống Xác định khả phát GBS mẫu dịch phết qui trình real-time PCR xây dựng so với kit thương mại lưu hành có phương pháp tiếp cận Viết báo cáo nghiệm thu đề tài 05/2022 11/2022 Nghiệm thu cấp sở 04/2022 11/2022 Người, quan thực Bệnh viện Đại học Y Dược TP Hồ Chí Minh-Cơ sở & Trung tâm Đào tạo Chẩn đốn Y Sinh học phân tử Cơng ty TNHH CNSH Khoa Thương & Trung tâm Đào tạo Chẩn đoán Y Sinh học phân tử Sở Khoa học & Cơng nghệ TP Hồ Chí Minh Trung tâm Đào tạo Chẩn đoán Y Sinh học phân tử Trung tâm Đào tạo Chẩn đoán Y Sinh học phân tử Trung tâm Đào tạo Chẩn đoán Y Sinh học phân tử Đại học Y Dược Thành -8- Phụ lục - 108 Trình tự 23S rRNA-S16 T0222-R Phụ lục - 109 Phụ lục - 110 Trình tự CFB-S16 T0222-F Phụ lục - 111 Phụ lục - 112 Trình tự CFB-S16 T0222-R Phụ lục - 113 Phụ lục - 114 Trình tự 23S rRNA-ATCC 12386-F Phụ lục - 115 Phụ lục - 116 Trình tự 23S rRNA-ATCC 12386-R Phụ lục - 117 Phụ lục - 118 Trình tự CFB-ATCC 12386-F Phụ lục - 119 Phụ lục - 120 Trình tự CFB-ATCC 12386-R Phụ lục - 121 Phụ lục - 122